심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 2011.2.18. 개업하여 서울특별시 강남구 OOO에서 설립되어 기업에 대한 투자 및 인수업을 영위하는 법인으로, 2011.3.13. 주식회사 A(이하  "쟁점법인”이라 한다) 발행 주식 250만주를 취득하여 2023.2.1. 매각하였는바, 그 과정에서 제공받은 자문 용역 등에 대하여 지급한 수수료(이하  "쟁점자문수수료”라 한다)를 2023년 제1기 부가가치세 신고 시 매입세액불공제대상으로 신고하였으나, 2024.6.17. 쟁점자문수수료가 청구법인의 사업과 직접 관련이 있다고 보아 당초 매입세액불공제한 부가가치세 OOO원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.



나. 처분청은 2024.7.18. 쟁점자문수수료가 부가가치세 과세대상이 아닌 주식의 매각과 관련된 용역의 대가로서, 청구법인의 사업과 직접 관련이 없는 지출에 해당하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부하였다.



다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.9.25. 이의신청을 거쳐 2025.2.28. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



(1) 주식과 관련된 매입세액이라고 하더라도 사업과 관련된 경우에는 공제대상이므로, 쟁점자문수수료가 매입세액 공제대상에 해당하지않는다고 보아 경정청구를 거부한 당초 처분은 위법하다.



(가) 사업지배를 위하여 주식을 취득하는 것과 관련된 매입세액은 비록 주식 매수와 관련된 것이더라도 과세사업 매입세액에 해당하여 공제대상에 해당하고(대법원 2017.10.26. 선고 2017두52320 판결, 심리불속행 기각), 과세사업자가 자회사 지분을 매각하면서 관련 자문용역을 제공받고 수수료를 지급한 경우로서 해당 자문용역이 법인의 과세사업과 직접 관련된 경우 수수료에 대한 매입세액은 공제할 수 있는 것이다.



(나) 처분청은 청구법인이 자문법인과 사이에 작성한 자문계약서에  "M＆A 자문업무 위임”이라고 명확하게 기재되어 있음에도 기업의 인수와 매각은 염두에 두지 않고 부수적인 주식 거래만 부각하여 자의적으로 주식이 화폐대용증권 등에 포함되어 매입세액 공제를 할 수 없다고 해석하였고, 청구법인이 기업의 인수와 매각을 전문으로 하는 부가가치세 과세사업자임에도 주식을 매각하였다는 이유만으로 임의적으로 과세사업자가 아니라고 단정하였다.



(2) 청구법인은 쟁점법인 주식을 단순 매매목적으로 취득한 것이 아니라 경영권을 포함하여 취득하였고, 그 후 쟁점법인의 기업가치가 증가되어 시가에 경영권프리미엄을 포함하여 사업 전체를 양도한 것이므로, 주식 거래가 면세라는 이유로 매입세액 공제를 거부한 처분은 사실관계를 명백히 오인한 것으로 위법하므로 취소되어야 한다.



(가) 부가가치세 매입세액 불공제는 법령에 열거된 사유에 해당하여야 하고, 열거된 사유에 해당하지 아니하면 당연히 매입세액 공제되어야 하는바, 처분청은 청구법인이 주식 매매업을 하였다며 매입세액 불공제하여 청구법인의 경정청구를 거부하였다.



(나) 청구법인이 「자본시장 및 금융투자업에 관한 법률」(이하  "자본시장법”이라 한다)에 따라 주식매매업을 영위하기 위해서는 금융투자업이나 자산운용업으로 금융위원회의 허가를 받아 등록해야 하며, 이를 위반하면 처벌받도록 규정되어 있는바, 청구법인은 기업을 인수하여 기업가치를 증대시킨 후 기업 자체를 매각하는 사업을 하였을 뿐이므로, 청구법인이 주식매매업을 영위하였다고 보아 쟁점자문수수료를 매입세액 공제대상에 해당하지 않는다고 보아 경정청구를 거부한 처분은 위법하여 취소되어야 한다.



(3) 처분청의 답변에 대한 청구법인의 항변은 다음과 같다.



(가) 제조업 등의 사업 목적을 수행하면서 단순 투자 목적으로 보유한 주식을 단기 매매하는 경우 사업관련성이 부인되는 것은 당연하나 쟁점법인 주식 매매는 청구법인의 사업 목적에 부합할 뿐만 아니라 경영권을 포함한 고용 승계 등 포괄적인 사업양도에 해당하므로 쟁점법인 주식 매매가 면세사업이므로 쟁점자문수수료가 부가가치세 매입세액 불공제 대상에 해당한다고 본 것은 취소되어야 한다.



(나) 처분청은 쟁점법인이 개업 이후 현재까지 부가가치세 신고 시 과세표준이 ‘OOO’원이고 목적 사업에 대한 매출 실적이 전혀 없다는 의견이나, 쟁점법인은 장기 결손 및 배당가능 이익이 없어 수입배당금이 발생하지 않았고 이에 따라 청구법인의 매출 또한 발생하지 않았던 것이고, 청구법인의 경영진이 쟁점법인의 경영에 참여하여 업무를 수행하였기 때문에 청구법인에서 별도의 매출, 매입 관련 과세거래가 발생하지 않았으며, 신고의무를 성실히 이행하기 위하여 무실적으로라도 신고를 했었던 것이다.



(다) 청구법인은 쟁점법인을 반도체 부품회사로 성장시켜 지속적인 경영활동을 할 목적으로 쟁점법인 주식을 취득한 것이고, 쟁점법인의 지속 경영과 고용 안정 등을 위해 추가 재원을 조달할 수 있는 경영적 판단에 따라 사업을 양도한 것이다.



(라) 청구법인은 쟁점법인 주식 취득 후 직접 경영에 참여하여 동분서주하느라 이 건 경정청구와 관련한 사항을 인지하지 못하다가 쟁점법인 주식을 양도한 후에야 사실을 인지하게 되었으며, 쟁점자문수수료가 사업관련성이 있는 비용이라는 상식적 판단에서 이 건 경정청구를 한 것이다.



(마) 부가가치세 매입세액 공제와 관련한 판단은 단순한 거래가 아니라 사업 목적을 고려하도록 되어 있는바,



청구법인은 사업자등록증에 정한 주사업 목적에 충실하였고, 쟁점법인을 2011년 3월경 인수하여 2023년 1월경 매각 시까지 직접 경영에 참여하였으며, 쟁점법인 주식 매매 당시 시가에 의한 매각이 아니라 경영권이 포함된 금액으로 매각한 점을 고려할 때 처분청이 단순 주식 매매로 보아 경정청구를 거부한 처분은 사실관계를 오해한 결과이다.



나. 처분청 의견



(1) 주식의 매각은 부가가치세 과세대상인 재화 또는 용역의 공급에 해당하지 아니하므로, 사업자가 보유주식 매각과 관련하여 지출한 수수료에 대한 매입세액은 사업과 관련이 없는 매입세액으로 매출세액에서 공제되지 아니하는 것이다.



(가) 「부가가치세법」은 매출세액에서 공제하는 매입세액에 관하여 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액에 해당하는 이상 그 전부를 공제하도록 규정함으로써 사업 관련성을 기준으로 두고 있고, 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액을 들고 있다.



(나) 청구법인은 쟁점법인 주식을 매각할 때까지 목적 사업에 대한 매출 실적이 전혀 없고, 매입세액으로 인한 환급세액만 발생하였으며 법인세 신고서 검토 결과 정상적인 사업을 영위하고 있다고 보기 어렵다.



(다) 쟁점자문수수료와 관련된 계약서상 현재 쟁점법인의 주가 수준을 초과하는 금액으로 주식을 매각하는 경우 그 초과금액의 20%를 성과보수로 지급하는 내용이 기재되어 있어, 청구법인은 쟁점법인의 주식을 인수하는 방법으로 경영권을 취득하고 기업가치를 증대시킨 후 쟁점법인의 주식을 매각하여 수익을 얻고자 한 것으로 보인다.



(2) 청구법인이 쟁점법인 주식의 매각과 관련한 수익을 2023사업연도 법인세 신고 시 영업외수익(기타투자자산처분이익)으로 계상한 것으로 보아, 쟁점자문수수료는 부가가치세가 과세되지 않는 사업활동인 주식 등의 투자업을 영위하기 위하여 제공받은 용역에 대한 대가임이 명백하다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



쟁점자문수수료는 기업의 인수, 투자 및 양도 과정에서 발생한 사업 관련성 있는 지출로서 매입세액공제대상이라는 청구주장의 당부



나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.



(가) 청구법인이 쟁점자문수수료와 관련하여 경정청구한 내역은 아래 ＜표1＞과 같다.



＜표1＞ 경정청구 내역

○○○



(나) 청구법인이 쟁점법인 주식 매각과 관련하여 수취한 세금계산서는 아래 ＜표2＞와 같다.



＜표2＞ 세금계산서 수취 내역

○○○



(다) 청구법인은 경정청구 처리결과 통지서를 제출하였고, 그 중 처리사유는 아래 ＜표3＞과 같다.



＜표3＞ 경정청구 처리결과 통지서 중 처리 사유(발췌)

- 청구법인은 기업에 대한 주식 투자 및 인수를 주된 사업으로 영위하고 있는 자로서 주식은 부가가치세 과세대상이 아니므로 매출세액이 발생하지 않는 부가가치세 비과세사업자로 볼 수 있음



- 청구법인이 보유한 주식 매각을 위해 법무법인 등으로부터 제공받은 자문용역에 대한 수수료는 부가가치세 과세대상이 아닌 주식과 관련된 지출로서 사업과 직접 관련없는 지출에 해당하는 것으로 보아 해당 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 것임



- 따라서 청구내용 부적정하여 경정청구 기각하고자 함





(라) 청구법인은 기업의 인수와 매각을 목적으로 하는 법인이라며, 법인등기사항전부증명서를 제출하였고, 그 중 목적은 아래 ＜표4＞와 같다.



＜표4＞ 청구법인 법인등기사항전부증명서 중 ‘목적’(발췌)

○○○



(마) 청구법인은 쟁점법인 주식의 양수 및 양도와 관련한 계약서를 제출하였고, 그 중 주요 내용은 아래 ＜표5＞ㆍ ㆍ ＜표6＞과 같다.



＜표5＞ 쟁점법인 주식 양수계약서

○○○



＜표6＞ 쟁점법인 주식 양도계약서

○○○



(바) 청구법인은 쟁점법인을 인수하여 직접 경영에 참여하였다며 쟁점법인의 법인등기사항전부증명서를 제출하였고, 그 중 주요내용은 아래 ＜표7＞과 같다.



＜표7＞ 쟁점법인 법인등기사항전부증명서 중 일부 발췌

○○○



(사) 청구법인은 사업목적에 따라 쟁점법인의 경영권을 인수하여 투자 후 매각한 것이라며, 쟁점법인과 사이에 작성한 합의서, 양해각서, 이사회 의사록 등을 제출하였으며, 그 중 주요내용은 아래 ＜표8＞~ ＜표10＞과 같다.



＜표8＞ 합의서

○○○



＜표9＞ 양해각서

○○○



＜표10＞ 이사회 회의록

○○○



(아) 청구법인은 쟁점자문수수료와 관련한 계약서를 제출하였으며, 그 중 주요내용은 아래 ＜표11＞~ ＜표13＞과 같다.



＜표11＞ 특별자문계약서(2023년 1월경)

○○○



＜표12＞ 용역계약서

○○○



＜표13＞ 용역계약서(2022년 9월경)

○○○



(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점자문수수료가 청구법인의 사업과 직접 관련이 있으므로 매입세액공제 대상이라고 주장하나,



사업 관련성이 없는 지출에 대한 매입세액은 「부가가치세법」상매출세액에서 공제될 수 없으나, 여기에서 말하는 사업 관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 하는바(대법원 2013.5.9. 선고 2010두15902 판결, 같은 뜻임), 청구법인은 기업의 인수와 투자업을 영위하기 위하여 설립되었으나, 쟁점법인 주식을 매각할 때까지 다른 기업을 인수하거나 투자하는 등의 결과에 따른 매출이 없었고, 쟁점법인 주식의 매각과 관련한 수익을 법인세 신고 시 영업외수익으로 계상하였으며, 제시된 자료에 의할 때 쟁점자문수수료는 단순히 보유 주식의 매각과 관련한 수수료에 불과한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.



＜별지＞ 관련 법령



(1) 부가가치세법



제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.



제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액



(2) 부가가치세법 시행령



제77조(사업과 직접 관련이 없는 지출) 법 제39조 제1항 제4호에 따른 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 「소득세법 시행령」 제78조 또는 「법인세법 시행령」 제48조, 제49조 제3항 및 제50조에서 정하는 바에 따른다.



(3) 법인세법 시행령



제48조(공동경비의 손금불산입) ①법인이 해당 법인 외의 자와 동일한 조직, 자산, 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 다음 각 호의 기준에 따른 분담금액을 초과하는 금액은 해당 법인의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.



제49조(업무와 관련이 없는 자산의 범위 등) ①법 제27조 제1호에서  "대통령령으로 정하는 자산”이란 다음 각호의 자산을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 「자산유동화에 관한 법률」에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 기간(이하 이 조에서  "유예기간”이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다.

나. 유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한다.

2. 다음 각목의 1에 해당하는 동산

가. 서화 및 골동품. 다만, 장식ㆍ환경미화 등의 목적으로 사무실ㆍ복도 등 여러 사람이 볼 수 있는 공간에 상시 비치하는 것을 제외한다.

나. 업무에 직접 사용하지 아니하는 자동차ㆍ선박 및 항공기. 다만, 저당권의 실행 기타 채권을 변제받기 위하여 취득한 선박으로서 3년이 경과되지 아니한 선박 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 자동차ㆍ선박 및 항공기를 제외한다.

다. 기타 가목 및 나목의 자산과 유사한 자산으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 자산

② 제1항 제1호의 규정에 해당하는 부동산인지 여부의 판정 등에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

③ 법 제27조 제1호에서  "대통령령으로 정하는 금액”이란 제1항 각호의 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용을 말한다.



제50조(업무와 관련이 없는 지출) ① 법 제27조 제2호에서  "대통령령으로 정하는 금액”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지출금액을 말한다.

1. 해당 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주등이 아닌 임원과 소액주주등인 임원 및 직원은 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소ㆍ건축물ㆍ물건 등의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금. 다만, 법인이 「대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」 제35조에 따른 사업을 중소기업(제조업을 영위하는 자에 한한다)에 이양하기 위하여 무상으로 해당 중소기업에 대여하는 생산설비와 관련된 지출금 등은 제외한다.

2. 해당 법인의 주주등(소액주주등은 제외한다)이거나 출연자인 임원 또는 그 친족이 사용하고 있는 사택의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금

3. 제49조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하기 위하여 지출한 자금의 차입과 관련되는 비용

4. 해당 법인이 공여한 「형법」 또는 「국제상거래에 있어서 외국공무원에 대한 뇌물방지법」에 따른 뇌물에 해당하는 금전 및 금전 외의 자산과 경제적 이익의 합계액



(4) 소득세법 시행령



제78조(업무와 관련 없는 지출) 법 제33조 제1항 제13호에서  "직접 그 업무와 관련이 없다고 인정되는 금액”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 사업자가 그 업무와 관련 없는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 발생하는 취득비ㆍ유지비ㆍ수선비와 이와 관련되는 필요경비

2. 사업자가 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 타인(종업원을 제외한다)이 주로 사용하는 토지ㆍ건물등의 유지비ㆍ수선비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금

3. 사업자가 그 업무와 관련 없는 자산을 취득하기 위하여 차입한 금액에 대한 지급이자

4. 사업자가 사업과 관련 없이 지출한 기업업무추진비

4의2. 사업자가 공여한 「형법」에 따른 뇌물 또는 「국제상거래에 있어서 외국공무원에 대한 뇌물방지법」상 뇌물에 해당하는 금전과 금전 외의 자산 및 경제적 이익의 합계액

4의3. 사업자가 「노동조합 및 노동관계 조정법」 제24조제2항 및 제4항을 위반하여 지급하는 급여

5. 제1호부터 제4호까지, 제4호의2 및 제4호의3에 준하는 지출금으로서 기획재정부령으로 정하는 것