1. 금천세무서장의 2022년 제2기 부가가치세 본세 OOO원 및 납부지연가산세 OOO원의 각 감액경정처분에 대한 청구법인 주식회사 A의 심판청구를 각하한다.

2. 금천세무서장이 2024.6.10. 청구법인 주식회사 B에게 한 부가가치세 합계 OOO원(2022년 제2기분 OOO원, 2013년 제1기분 OOO원)의 각 부과처분 및 2024.6.12. 청구법인 주식회사 A에게 한 부가가치세 합계 OOO원(2022년 제2기분 세금계산서불성실가산세 OOO원, 2023년 제1기분 OOO원)의 각 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요



가. 청구법인 주식회사 C(업종 : 전기용 기계ㆍ 장비 도소매업, 구, 주식회사 D로 이하  "청구법인1”이라 한다)은 2022.9.5. 서울특별시 OOO(OOO)를 사업장 소재지로 하여 개업하였고, 대표이사 E을 1인 주주로 하여 사업자등록을 신청하였다.



한편, 청구법인 주식회사 B(업종 : 전자제품 제조업, 이하  "청구법인2”라 하고, 청구법인1과 합하여  "청구법인들”이라 한다)은 2012.1.20. 청구법인1의 대표이사 E을 1인 주주로 하여 사업자등록을 한 후 사업장을 2022.10.27. 서울특별시 OOO로 이전하였다가, 2023.9.5. 서울특별시 OOO(OOO)로 재이전하였다.



나. 서울지방국세청장은 2023.12.14.부터 2024.4.22.까지 청구법인들에 대한 부가가치세 조사를 실시한 결과, 아래 ＜표1＞과 같이 2022년 제2기～2023년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 청구법인2가 청구법인1에게, 청구법인1이 F 주식회사(이하  "F”라 한다)에게, F가 청구법인2에게 발급한 세금계산서들(이하  "쟁점세금계산서들”이라 한다) 관련 거래(이하  "쟁점거래”라 한다)를 실물 없이 이루어진 가공거래로 보아 과세자료를 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2024.6.10. 및 2024.6.12. 청구법인1에게 부가가치세 합계 OOO원(2022년 제2기분 △OOO원, 2023년 제1기분 OOO원)을, 청구법인2에게 부가가치세 합계 OOO원(2022년 제2기분 OOO원, 2013년 제1기분 OOO원)을 각 경정ㆍ 고지하였다.



＜표1＞ 쟁점세금계산서들 내역

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다. 청구법인들은 이에 불복하여 2025.1.31. 심판청구를 각 제기하였다.





2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인들 주장



(1) 쟁점거래는 ① 사업구조개편, ② 자금경색 상황을 극복하기 위한 구매대행 방식의 사업 진행, ③ 유리한 수입조건의 선택, ④ 영업망을 지키기 위한 거래 방식 결정으로 불가피하게 형성된 거래 흐름(거래흐름도 참고)으로 이는 청구법인들이 선택할 수 있는 여러 가지의 법률관계 중 경제적 목적 달성에 가장 부합하여 청구법인들이 선택한 최선의 정상적인 거래방법이며 실제 재화의 거래가 있고 금융증빙 등으로 확인할 수 있는 실제 거래이다.



＜그림1＞ 거래흐름도




나. 처분청 의견



(가) 청구법인들은 경영위기 극복과 사업역량 강화를 위해 청구법인2의 사업부문 중 의료사업 부문을 분리 독립하는 사업구조 개편의 일환으로 청구법인1을 설립하였다. 청구법인1은 현재 의료사업 부문에서 기술 혁신을 통해 획기적인 성장을 이룩하고 있는 우수한 벤처기업이다.



1) 청구법인들의 대표이사(E)는 동일인으로 2020년부터 본격화된 코로나19와 2021년 반도체 가격의 급변, 거래처 대표의 사망, 파산 등으로 사업이 위기에 처하고 심각한 자금경색이 오자 이를 극복하기 위한 최선의 방법으로 2022.9.5. 청구법인1을 설립하고 청구법인2의 사업부문 중 의료 관련 사업을 분리하여 독립시키는 사업구조개편을 단행하였다.



2) 현재 청구법인1은 사업구조개편 목적에 맞게 의료 관련 전자부품 공급부터 의료기기 개발 생산에 이르기까지 의료 관련 사업에 집중하고 있다. 특히, 스마트 체온계, 환자가 병원 방문없이 간편하게 자가진단하고 그 결과를 AI로 분석하여 가장 적합한 치료방법과 의료진을 매칭할 수 있는 휴대용 스마트 편도염 카메라를 개발하여 비대면 원격진료의 인증과 벤처기업 인증(2024.4.29.)을 받고 한국ㆍ미국ㆍ일본에 특허를 출원 중에 있다. 또한 일본에서는 기술력과 성장 가능성을 인정받아 벤처스타트업 지원기업 대상으로 확정되었으며, 특히 미국 라스베가스에서 개최하는 세계적인 가전박람회인 2025년 CES에 초청되어 참가하였고, 특히 CES의 주최사인 미국소비자기술협회(CTA)가 전 세계 혁신제품 중 기술성, 디자인, 혁신성이 뛰어난 극소수의 제품에만 수여하는 OOO상을 수상하는 등 의료부문에서 큰 성과를 이룩하였다.



(나) 청구법인들은 자금경색 상황을 극복하기 위하여 의료 관련 반도체 사업을 구매대행 방식으로 진행하였다.



1) 청구법인1이 의료 관련 반도체사업을 처음 전담하여 진행하기 시작했던 2022년 말부터 2023년 6월까지 청구법인들은 자금난이 심각하였다. 청구법인1은 심각한 자금난을 극복하기 위해 F와 함께 구매대행 방식으로 의료 관련 반도체사업을 진행하였다. 이후 구매대행 방식은 수입품목 및 거래처가 다양해짐에 따라 F로부터 선결제를 받아 반도체를 수입하는 것으로 개편하였다.



2) F와의 선결제 사업방식에서는 청구법인1이 수입 반도체의 종류, 수량, 매입처 등이 자세히 기재된 견적서를 F에 제시하여야 했다. 이는 F가 청구법인1의 반도체 구입을 확신하고 확인할 수 있도록 하는 불가피한 조치였다. F는 청구법인1이 구입할 반도체의 제조사, 종류 수량 등을 자세히 확인한 후에야 발주를 하고 선결제를 진행하였다. 이 과정에서 청구법인1이 F로부터 수령한 선결제 금액에 대해서는 「부가가치세법」 제17조에 따라 선발행세금계산서 및 같은 법 제34조에 의한 월합계 세금계산서를 정상적으로 발행하였다.



(다) 청구법인1을 대신하여 청구법인2가 중국 매입(수입)처에서 반도체를 구매한 것은 유리한 수입조건을 적용받기 위한 최선의 선택이었다.



1) 중국 매입(수입)처와 기존에 거래하던 청구법인2는 신설법인이었던 청구법인1과는 달리 중국 매입(수입)처로부터 유리한 수입조건을 적용받고 있었다. 청구법인2가 적용받은 유리한 조건은 반도체를 먼저 공급받고 추후 결제대금을 지급할 수 있는 조건과 수입물품의 할인율 적용 등과 같은 것으로, 극심한 자금경색에 시달리던 청구법인들에게는 아주 필요한 조건이었다.


2) 청구법인1은 사업을 위해 중국 소재 수입처인 G에 수입조건 등을 문의하였으나, G에서 신생법인인 청구법인1은 유리한 수입조건을 지원할 수 없다는 회신을 받고 유리한 매입조건을 적용받기 위해 부득이 기존에 거래처 등록이 되어있는 청구법인2가 청구법인1을 대신하여 G 등으로부터 반도체를 수입하게 되었다.



3) 이러한 사유로 반도체를 수입처로부터 유리한 조건으로 매입하고자 청구법인2가 청구법인1을 대신하여 구매할 수밖에 없었다. 당초 사업은 청구법인1이 전담하여 F와 진행한 거래였으므로 청구법인1은 청구법인2가 유리한 조건으로 수입한 반도체를 청구법인2로부터 구매하여 F에 납품하게 되었다.



(라) 청구법인2는 영업망을 지키기 위해 부득이하게 F로부터 반도체를 구입하여 최종매출처에 공급하였다.


1) 반도체가 청구법인1에서 F로 납품된 이후 F는 직접 청구법인1의 거래처인 최종매출처로 매출할 수 있었고 그렇게 하려고 하였으나, 청구법인들은 F에 선결제 조건에 따라 견적서 등에 매입처와 매입조건 등을 아주 자세히 공개한 상태에서 매출처마저 공개할 경우 청구법인들이 갖은 노력으로 구축한 영업망(매입처와 매출처) 전체가 F에 넘어갈 수 있었으므로 F에게 최종 매출처와 매출조건을 알려줄 수는 없었다.



2) 청구법인들이 F와 거래를 하면서도 최종 매출처와 매출조건 등 영업망을 지키기 위해 노력한 것은 2023년 1월 청구법인1의 H 부장이 F의 I 이사와 주고받은 이메일들만 보더라도 충분히 확인 가능하다. 처분청에서는 동 이메일들을 근거로 처음부터 청구법인1이 매출한 재화가 F를 거쳐 청구법인2로 이동하는 거래구조를 협의했으므로 쟁점거래가 가공거래라는 의견이나, 동 이메일들은 청구법인1이 영업망을 지키기 위하여 F에 사업구조를 제안하고 승인받은 이메일들로 실질거래를 증명하기 위하여 조사 시 청구법인들이 처분청에 증빙으로 제출한 자료이다.



3) H 부장은 2022.11.14. 외 7차례에 걸쳐 청구법인들의 영업망을 보존하기 위해 F의 I 이사에게 청구법인1→F→청구법인2→공급처 순의 사업구조를 이메일로 제안하였고, I 이사로부터 동 사업구조를 최종적으로 승인받고 F로부터 선결제를 받아 쟁점거래를 할 수 있게 되었으며 어렵게 성사된 상기 사업구조 덕분에 청구법인들은 매출처를 공개하지 않으면서 반도체 거래를 할 수 있게 되어 전체 영업망을 유지할 수 있었다.



(2) 쟁점거래는 반도체를 매입처인 G 등에서 수입하여 최종적으로 매출처인 J(주) 등에 인도한 실질거래로, 견적서, 발주서, 세금계산서, 금융증빙 등으로 실질재화를 확인할 수 있다.



(가) 청구법인들은 세무조사 시 쟁점거래가 비록 거래품목의 개수가 많고 복잡하여 자료가 방대함에도 불구하고 아래와 같이 반도체 등의 판매가 실제임을 증명하고자 모든 관련 자료(A4박스 5개 분량)들을 충실히 제출하고 입증하였다.



1) 청구법인들, F가 2022년부터 2023년 6월까지 거래했던 반도체들은 동일한 거래형태를 가지고 있다. 반도체의 실재 여부와 거래금액의 정상 수수 여부, 세금계산서의 실질 여부는 거래품목 중 품목번호 OOO과 OOO(이하  "예시품목”이라 한다)의 거래만 살펴보아도 확인할 수 있다.



2) 청구법인2는 2023.3.24. G로부터 예시품목이 포함된 반도체를 수입하였다. 동 반도체의 수입대금은 G가 청구법인2에게 부여한 유리한 수입조건에 따라 반도체가 수입된 후 1개월 이내에 지불할 수 있었으므로 청구법인2는 F가 반도체 구입대금을 선결제한 후인 2023.4.6.에 반도체 대금을 G에 결제하였다. 이와 같이 반도체가 실제 수입되고 대금지급이 정상적으로 이루어졌다는 것은 청구법인2가 세무조사 시 제출했던 G가 발행한 ACCOUNT LIST, 수입신고서, 인천세관장이 발행한 세금계산서, 기업은행 일반(송금)확인증 등으로 확인할 수 있다.



3) 청구법인2는 청구법인1에게 예시품목이 포함된 반도체를 판매하면서 공급시기에 맞추어 세금계산서를 발행하여야 했으나, 담당자의 실수로 2023년 1월～2023년 6월의 판매물품에 대해 3월과 6월에 각 3개월치 세금계산서를 한번에 발행하였다. 비록 공급시기를 달리하여 세금계산서가 발행되었으나 이는 담당자의 무지에서 비롯된 단순 실수이다. 예시품목이 포함된 2023.6.30.자 매입세금계산서(공급대가 OOO원)에 대해 청구법인1(OOO은행 계좌번호 OOO)은 2023.4.6. 청구법인2(OOO은행 계좌번호 OOO)에게 반도체 대금 OOO원을 지급하는 등 수차례에 걸쳐 정상적으로 결제하였다.



4) 청구법인1은 F에 예시품목이 포함된 반도체에 대해 2023.4.3. 견적서를 발행하였으며, F는 구매할 반도체의 견적서를 확인하고 같은 날 동 반도체에 대한 발주서를 발행하였다. F는 2023.4.6. 청구법인1의 OOO은행 계좌(OOO)에 OOO원의 반도체 대금을 입금하여 선결제하였다. 청구법인1은 2023.4.21. F에게 해당 거래에 대한 매출세금계산서(공급대가 OOO원)를 발행하였다.


5) F는 2023.4.12. 청구법인2에게 예시품목이 포함된 반도체에 대한 견적서를 발행하였으며, 청구법인2는 같은 날 F에게 예시품목이 포함된 반도체에 대한 발주를 하였고, F는 2023.4.28. 동 반도체 거래에 대하여 매출세금계산서(공급대가 OOO원)를 (청구)발행하였으며, 청구법인2는 2023.5.31. F가 발행한 (청구)세금계산서에 대한 반도체 구입대금 OOO원을 F의 OOO은행 계좌(OOO)로 입금함으로써 정상적으로 결제하였다.



6) 청구법인2는 2023.6.1. F로부터 예시품목이 포함된 반도체를 납품받아 최종공급처인 J(주)에 판매하고 2023.6.30. 세금계산서(공급대가 OOO원)를 발행하였으며 2023.7.11. 최종공급처 ㈜J는 OOO은행 구매전용카드로 반도체 대금을 정상 결제하였다.



(나) 청구법인들, F 사이의 반도체 이동은 반도체라는 제품 특성상 고가인데 비해 부피가 작았으므로 주로 인편으로 자가 차량을 이용해 직접 배달하였으며, 주로 같은 일자에 납품과 인수가 이루어지는 경우가 많았다.



(3) 착오 등에 의해 공급시기를 달리하여 발행된 세금계산서는 가산세 대상일 뿐 이를 근거로 가공세금계산서 여부를 판단할 수 없다.



청구법인1이 청구법인2로부터 반도체를 매입하면서 청구법인2의 담당자 실수로 매출세금계산서를 재화를 공급한 때 발행하지 아니하고 3개월을 합산하여 2023.3.31.과 2023.6.30.에 발행함으로써 세금계산서의 발행순서가 청구법인2, 청구법인1, F, 청구법인2 순으로 순차적으로 되어야 했음에도 불구하고 청구법인1과 청구법인2 사이의 거래에 따른 세금계산서가 청구법인1과 F의 세금계산서 발행보다 늦게 발행됨으로써 판매하는 물량의 흐름이 왜곡되었으나, 전체 거래금액을 확인하면 각 단계에 적정한 이익을 가산하여 정상적으로 매입ㆍ매출이 이루어졌다.



＜그림2＞

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(4) 처분청은 세무조사 시 쟁점거래 중 일부 반도체 품목(이하  "조사예시품목”이라 한다)에 대해 확인하면서 청구법인2가 청구법인1에게 반도체 부품을 매출하고 청구법인1은 매입한 그 가격대로 동일제품을 F에게 매출하여 청구법인1은 쟁점거래를 통해 이익의 귀속 주체가 되지 않았다는 의견이나, 이는 논리의 비약이다.



(가) 반도체는 제품의 특성상 각 반도체의 수요ㆍ공급의 변화와 단기 가격 등락, 환율변동 등에 따라 이익의 유무ㆍ과소가 각기 다를 수 있고, 일부 품목에서 손해를 보더라도 다른 품목에서 이익을 보충하는 결정을 하거나, 추후 거래를 위해 일부 품목의 손해를 감수하면서 사업을 진행하는 경우도 있으므로 일부 품목의 거래내역만으로 각 사의 이익 유무ㆍ과소 등을 측정하고 그 결과를 거래 전체에 적용하여 거래의 실질을 판단하는 것은 논리의 비약이다.



(나) 쟁점거래의 전체 반도체 거래금액과 관련 세금계산서 등을 확인하면 청구법인1은 쟁점거래를 통해 OOO원(=OOO)의 이익이 있었고 F는 OOO원(=OOO)의 이익이 있었음을 확인할 수 있다.



(5) 처분청은 청구법인들과 F의 조사예시품목 거래에서 ＜표4＞와 같이 환율을 잘못 적용한 결과를 바탕으로 청구법인2는 이익이 발생하지 않고 오히려 손실이 발생하나, 청구법인2가 공급받은 제품을 최종거래처에 매출함으로써 경제적 이익이 귀속된다는 의견이나, 이는 적용환율 오류에 기인한 것으로 사실과 다르다.



(가) 처분청은 청구법인2가 수입한 조사예시품목의 가격을 수입신고필증에 적용된 OOO원(부품대금 OOO$, 운임 OOO원 포함)으로 보았으나, 수입신고필증상 부품대금에 적용한 환율(OOO원/미국 달러)은 수입신고일 전 주의 월요일부터 금요일까지의 은행 전신환 매도ㆍ 매수율의 평균을 기초로 한 주간환율로서 수입세금계산서를 위한 명목금액이다.



(나) 청구법인2는 부품대금 책정을 위한 기준으로 서울외국환중개소에 공시되는 당일 재정환율을 기준으로 부품대금을 책정하고 있으며 물품대금을 달러로 결제하는바, 청구법인2의 부품대금을 수입 당시(2023.3.24.) 재정환율(OOO원/미국 달러)을 적용하면 제품가격은 OOO원(운임 OOO원 포함)이므로 아래 ＜표2＞와 같이 청구법인2는 청구법인1과의 거래에서 OOO원의 이익이 정상적으로 발생하였음을 확인할 수 있다.



＜표2＞ 거래흐름

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(6) 처분청은 F가 쟁점거래에 참여하여 청구법인들에게 자금을 지원하고 자금지원에 상당하는 이자소득을 수취한 것이라는 의견이나, 청구법인들과 F는 각 사의 사업목적에 맞게 합리적으로 쟁점거래에 실질 참여한 것이다.



(가) 쟁점거래가 있었던 2022년 12월부터 2023년 6월까지의 시기는 이자율이 급등하던 고금리 시기였다. 예를 들어 2023년 5월 기준 1개월 만기 시중은행 금리는 최저 2.85%～최고 3.05%였다. 예시 금리는 시중은행 금리이며 통상적으로 제3금융권이나 사채이자율은 시중은행 금리를 크게 상회했을 것이다.



＜표3＞ 2023년 5월 기준 1개월 만기 시중은행 금리

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(나) 처분청이 F의 청구법인1에 대한 자금지원에 상당하는 이자소득이라고 보고 있는 F의 쟁점거래 마진은 약 1.3%～1.5% 전후에 불과하다. F가 정상적인 이익을 생각하는 법인이라면 시중은행에 단기적금만 하더라도 안전하게 더 많은 소득을 실현할 수 있었음에도 불구하고 낮은 수익률, 거래에 대한 불확실성ㆍ위험성ㆍ책임부담을 감수하면서까지 실질자금거래를 쟁점거래에 참여하는 형식으로 가장하였다고 주장하는 것은 현실적으로 타당하지 않다.



(다) F가 쟁점거래에 참여한 목적은 청구법인들이 영위하는 실제 반도체 거래에 참여하면서 취할 수 있는 반도체 영업망 확보가 주된 목적일 것이다. F가 취급하는 반도체는 청구법인들이 취급하는 반도체와는 다른 OOO 반도체였다. F는 쟁점거래를 통해 OOO 반도체와는 다른 반도체 영업망을 확보하려고 하였다. 실제로 F는 쟁점거래를 통해 청구법인들이 취급하는 반도체들의 수입(매입)처를 확보하는 데 성공하였다고 할 수 있다.



(7) 처분청은 청구법인1이 근로소득지급명세서가 제출된 사실이 없고 인력 파견과 관련한 세금계산서 수수가 없는 등 실제 거래를 할 수 있는 종사직원이 없었으므로 청구법인2와의 거래는 실제 거래가 아니라는 의견이나, 청구법인1과 청구법인2는 쟁점거래 당시 각각 사업장을 달리하여 존재하였음이 확인되고, 청구법인2로부터 파견받은 직원들로 쟁점거래뿐만 아니라 다른 매매업무도 정상적으로 수행하였으며, 처분청에서도 쟁점거래 외 거래들을 실제거래로 인정한 사실이 있으므로 종사직원이 없었다는 이유만으로 쟁점거래를 가공거래로 확정할 수는 없다.



(가) 청구법인1은 2022.9.5. 법인을 설립하고 2023.9.20. 서울특별시 OOO(OOO) 132.6㎡ 전부를 보증금 OOO원, 월세 OOO원에 임차하여 사업을 시작하였다. 청구법인1의 설립 당시 청구법인2는 서울특별시 OOO에서 사업을 영위하였다.



(나) 청구법인1은 신생 소기업으로 자본력이 약해 처음부터 근로자를 채용하여 급여를 지급하면서 근무시킬 여건이 못 되었고, 애초 청구법인1의 설립 목적이 청구법인2의 의료사업 부문을 분리 독립하는 것이었으므로 청구법인1의 의료사업이 자리를 잡을 때까지 청구법인2에서 의료사업 부문에서 근무했던, H, K, L, M, N이 청구법인1의 업무를 병행하도록 하였다. 파견종사직원들은 청구법인들의 업무를 병행하였으므로 청구법인들은 파견 관련 세금계산서 수수를 미처 생각하지 못하였지만, 파견종사직원들은 실제 청구법인1의 OOO사업장에 상주하면서 청구법인1의 업무를 수행하였다.



1) 청구법인2에서 의료부문의 업무를 담당했던 파견종사직원들은 청구법인1에 파견되면서 청구법인2의 의료부문 거래처들에게 의료부문 사업이 순차적으로 청구법인1에서 변경되어 진행될 것임을 알리는 이메일 등을 발송하고 청구법인1의 업무를 수행하였다.



2) 청구법인1의 OOO 사업장에 청구법인1의 업무를 수행하는 파견종사직원들이 근무하였다는 점은 상기 파견종사직원들은 청구법인1의 OOO 사업장에 출근하였으므로 청구법인2의 OOO 사업장에서는 근무하지 않았다는 출퇴근 기록과 파견종사직원들의 OOO 사업장 인근 식사 내역, 관리비 내역, 일일 전기사용량 등과 파견종사직원들이 청구법인2의 직원들과 주고받은 SNS에서 의료용 반도체 등을 청구법인2의 OOO사업장과 청구법인1의 OOO사업장에서 서로 인수요청한 내역만 보아도 확인할 수 있다.



(다) 청구법인1의 대표자와 파견종사직원들은 쟁점거래 외 2022년 하반기 OOO개업체 매출 OOO원(공급가액), OOO개 업체 매입 OOO원(공급가액), 2023년 상반기 OOO개 업체 매출 OOO원(공급가액), 2023년 OOO개 업체 매입 OOO원(공급가액)의 매매 업무도 정상적으로 수행하였으며, 처분청에서도 쟁점거래 외 상기 거래들을 실제거래로 인정한 사실이 있다. 처분청이 청구법인1의 파견종사직원들이 수행했던 쟁점거래 외 사업은 모두 인정하면서, 청구법인1의 쟁점거래는 종사직원이 없었다면서 쟁점거래를 부인하는 것은 부당하다.



(8) ① 처분청은 조사 당시(2023.12.14.) 확보한 ‘OOO’라는 엑셀파일에 ‘B 월별매입, OOO’, ‘B 월별매출, OOO’, ‘OOO 월별매입, OOO’, ‘OOO 월별매출, OOO’로 기재되어 있고, ② 청구법인1의 파견종사직원인 H 부장이 거래처들에게 보내는 이메일에  "B H입니다”라고 하면서  "당사 구매진행 건이 있어 혹시 진행 가능하신지 검토 부탁드립니다 (중략) ‘OOO’입니다”라고 하였으므로 쟁점거래는 시작할 때부터 청구법인2에서 공급을 시작한 재화를 청구법인2가 다시 공급받을 것으로 예정되어 있었던바, 이는 재화의 공급에 해당하지 않는다는 의견이나, 이는 사실을 오해하고 있는 것이다.



(가) ‘OOO’라는 엑셀파일은 처분청의 현장확인 시 ‘청구법인2가 청구법인1에게 월 합계 금액이 아닌 분기 합계금액으로 3개월 금액을 한꺼번에 발행하여 고액의 세금계산서가 발행된 것’에 대해 지적되었거나 미흡한 사항을 H 부장이 검토하면서 그동안의 쟁점거래를 거래단계별로 점검하려고 2023.9.22. 작성한 파일이다. 따라서 처분청이 쟁점거래 이후에 작성된 ‘OOO’를 근거로 쟁점거래 시점에 이미 청구법인2가 반도체를 다시 공급받을 것으로 예정되어 있었다는 의견은 이치에 맞지 않다.



(나) 처분청이 확인한 이메일은 청구법인1이 F에 수입반도체의 종류, 수량, 매입처가 기재된 견적서 등을 제시하여 실제 반도체가 수입된다는 것과 동 반도체가 매출이 보장된 안전한 거래라는 것을 증명하면서도 매출거래처의 노출을 방지하고자 부득이하게 F는 다시 청구법인2에게 반도체를 판매해 주어야만 하는 거래임을 사전 승인받기 위한 이메일이다. 만약, F가 대금만 대여해준 법인이라거나 가공의 거래 주체였다면 청구법인1이 이메일을 통해 거래를 승인받을 필요도 없었을 것이다. F도 쟁점거래를 통해 대금을 지급하고 재화를 매매하는 주체였으므로 쟁점거래에 F도 참여하고 있음을 명확히 하고 만약 최종 공급처에서 반도체의 하자를 문제삼으면 F도 책임에서 자유롭지 않다는 점도 주지시키는 이메일이었다.



(다) 또한, 처분청은 H 부장이 2022.11.14. 및 2023.2.7. 작성한 이메일에  "청구법인2 H입니다”라고 기재되어 있으므로 청구법인2가 공급받기로 예정되어 있었다라는 의견이나, 이메일 꼬리말에는  "청구법인1”이라고 명시되어 있고, 당시 H 부장이 2023.1.2. 등에 작성한 다른 전자메일 본문에는  "청구법인1 H입니다”라고 기재되어 있는 등 청구법인1의 업무총괄자 H 부장이 업무이관 시기였던 당시에 청구법인2와 청구법인1을 혼동하여 기재한 것일 뿐이다.



(9) 처분청은 청구법인2의 판매관리프로그램 그린피에 F로부터 매입한 물품내역의 입력일자가 2023.9.26.～2023.10.12.로 확인되므로 이는 실제 거래가 아닌 것으로 보았으나, 물품입력 내용이 늦게 입력된 이유는 대표이사의 베트남 장기출장, 관련 직원의 해외파견, 출산휴가 등으로 인한 인력부족과 업무미숙때문이다. 청구법인2는 처분청의 2023년 7월 현장확인 시 지적되었던 사항과 미흡한 점을 검토하여 추후 정상 입력하였는바, 처분청이 쟁점거래에 대해 단순히 거래 당시 전산입력이 누락되었거나 지연입력이 되었으니 실제 거래가 아니었을 것이라고 추정하는 것은 사실과 다를 뿐 아니라 논리의 비약이다.



(10) 처분청은 청구법인1이 청구법인2로부터 반도체를 인수하면서 인수증 등 거래증빙이 제출되지 않았으므로 반도체를 인도하였다는 증빙이 없다는 의견이나, 청구법인2와 청구법인1은 동일인이 대표자인 법인이지만 쟁점거래 당시 청구법인2는 서울특별시 OOO에 소재하였고, 청구법인1은 서울특별시 OOO에 소재하였다. 당시 직원들은 업무 편의상 카카오톡에서 청구법인2를 ‘OOO’, 청구법인1을 ‘OOO’이라고 칭하면서 제출한 카카오톡 메시지 내역과 같이 반도체의 배송과 인수를 확인하였다. 이는 반도체가 고가인 데 비해 부피가 작아 인편으로 자가 차량을 이용한 직접 배달이 용이하여 가능하였으며 통상적인 반도체업계의 관행이다.



(11) 처분청은 F에 기존 매출처가 노출될 우려가 있기 때문에 청구법인2가 재매입하여 기존 매출처에 매출한 것이라면, 1회성 거래에 그치고 이후 정상적인 거래가 이루져야 함에도, 이후 10회에 걸쳐 거래가 진행되었으므로 실제 거래가 아니라는 의견이나, 청구법인1은 최소한의 기간에 사업목적에 부합하면서도 현실에 맞는 합리적인 사업진행을 한 것이다.



(가) 청구법인들은 기왕에 F와 거래형태를 합의하였으므로 편의상 거래구조를 최대한 유지하면서 사업구조 개편으로 의료사업 부문은 청구법인1이 전담하기로 한 이상 장기적인 관점에서도 청구법인1이 의료사업을 계속적으로 수행하는 것이 타당하고, 최종거래처들의 동의를 얻어 최종 납품회사를 청구법인2에서 청구법인1로 빠르게 변경하는 것이 맞다고 판단했으며 실제로 그렇게 진행하였다.



(나) 또한, 금리가 점차 안정을 찾고 세계적인 반도체 파동도 진정 기미를 보이면서 매출이 회복됨에 따라 청구법인들은 공급망 노출부담을 없애기 위해 선결제에 의한 거래를 중단하였으며 그 시기는 2023년 7월 처분청의 현장확인 이전이었다.



나. 처분청 의견



(1) 서울지방국세청장은 이의신청 당시 다음과 같은 점으로 보아 ‘쟁점거래는 청구법인2가 공급한 재화를 다시 청구법인2가 공급받을 것으로 예정되어 있는 사정을 확인할 수 있고, 청구법인2가 청구법인1에게 실질적 재화의 인도ㆍ 인수를 하였다고 보기 어렵다’고 판단하였다.



(가) 청구법인들은 동일인인 1인 주주가 대표이고, 청구법인2가 수입한 물품이 청구법인1과 F를 거쳐 청구법인2에게 공급되는 일련의 거래는 정상적인 상황에서는 찾아보기 힘든 이례적인 구조에 해당한다.



(나) 청구법인들 사이의 거래와 관련하여, 재화의 실질적 인도가 이루어졌음을 입증할 만한 증빙이 없다.



(다) 청구법인2 직원과 F가 ‘청구법인1이 반도체 부품을 F에게 매출하고, F가 그 제품을 청구법인2에게 매출하도록 하는 거래구조’를 사전에 서로 협의한 사실이 이메일 등으로 확인되고, 그 거래구조에 따라 거래가 이루어졌으며, 일련의 거래는 인도ㆍ 인수가 같은 날짜에 이루어진 것으로 인수증이 작성된 사실이 있다.



(라) 청구법인2가 청구법인1에게 반도체 부품을 매출하고 청구법인1은 매입한 그 가격대로 동일 제품을 F에게 매출하여 청구법인1은 이 거래를 통한 이익의 귀속주체가 되지 않는다.



(마) 쟁점거래는 다품종 소량품목인 반도체 부품이나, 매입전표가 2023년 9월 및 10월에 일괄 입력되었고, 다른 거래처와는 다르게 판매관리프로그램에 거래 입력내역이 확인되지 않는다.



(바) F는 사전에 약속된 거래구조를 통해 청구법인1로부터 매입한 부품을 같은 날짜에 청구법인2에게 매출하는 구조를 통해 자금지원에 상당하는 이자상당액을 수취한 것으로 보인다.



(사) 쟁점거래를 통해 청구법인2는 이익이 발생하지 않고, 오히려 손실이 발생하나, 쟁점거래 이후 청구법인2가 공급받은 제품을 최종거래처에 매출함으로써 청구법인2에게 경제적 이익이 귀속된다.



(2) 쟁점거래는 거래의 시작단계부터 청구법인2가 공급한 재화를 다시 청구법인2가 공급받을 것으로 예정되어 있는 이례적인 구조이다.



(가) ‘OOO’라는 엑셀파일을 보면  "B 월별매입, OOO”,  "B 월별매출, OOO”,  "OOO 월별매입, OOO”,  "OOO 월별매출, OOO”라고 기재되어 있는바, 이는 재화가 청구법인2에서 청구법인1로 이동하고, 청구법인1에서 F로 이동하고, 다시 F에서 청구법인2로 이동하는 것으로, 처음부터 청구법인2가 자신이 공급한 재화를 자신이 공급받는 것으로 예정되어 있었다는 것이다.



(나) 청구법인2가 F에게 보낸 전자메일 중 2022.11.14.자 메일에는  "당사 구매진행 건이 있어 혹시 진행 가능하신지 검토 부탁드립니다. 거래명세표/사업자/통장 사본 미리 보내드리오니 첨부 파일 확인 부탁드립니다. ㈜D=＞OOO=＞(주)B”으로, 2023.2.7.자 메일에는  "당사 구매진행 건이 있어 진행 가능하신지 검토 부탁드립니다. 이번 주 가능한지도 같이 확인 부탁드립니다. ㈜D=＞OOO=＞(주)B”으로 기재되어 있는바, 이는 재화가 청구법인1에서 F로 이동하고, 다시 F에서 청구법인2로 이동하는 것으로, 처음부터 청구법인1이 공급한 재화를 청구법인 2가 공급받는 것으로 예정되어 있었다는 것이다.



(3) 청구법인2가 청구법인1에게 반도체 부품을 매출하고, 청구법인1은 매입한 그 가격대로 동일 제품을 F에게 매출하는 등 청구법인1은 이 거래를 통한 이익의 귀속자가 되지 않는다.



＜표4＞ 거래내역

○○○


(가) 청구법인1과 F 간의 거래에 대한 인수증상 인수일자와 F와 청구법인2 간의 거래에 대한 인수증상 인수일자가 모두 동일하다.



(나) F는 OOO원에 청구법인1로부터 물품을 인수하여, 동일한 날 OOO원에 청구법인2로 인도한 결과, 1.5%(OOO원)의 마진을 얻게 되었으나, 청구법인들을 공동체로 보았을 때, F와 세금계산서를 주고 받고, F와 같은 날에 재화를 주고받으면서 OOO원의 수수료를 F에게 주는 것이 된다.



(다) 청구법인2가 청구법인1에게 매출하고, F를 거친 후, 청구법인2가 F로부터 OOO원(공급가액)에 다시 매입하였으며, 청구법인2가 J(주)에 OOO원(공급가액)에 판매한 것으로 확인되는바, 청구법인2 입장에서는 순환거래(쟁점거래)를 통해 손해를 보았고, 이후 OOO원의 이익(마진율 13.38%)을 얻으면서 J(주)에 판매한 결과가 된다.



(라) 위의 내용에 근거할 때, 청구법인들은 F와 재화의 공급거래를 한 것이 아닌, ‘매입대금을 차입하기 위하여’(청구법인들은  "자금경색을 극복하기 위하여”라는 표현을 사용하였다) 세금계산서를 주고받은 것으로 볼 수 있다.




3. 심리 및 판단



가. 쟁점



① 청구법인1의 2022년 제2기 부가가치세 본세 및 납부지연가산세에 대한 심판청구의 적법 여부



② 쟁점세금계산서들을 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부



나. 관련 법률



(1) 국세기본법



제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.



제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. (단서 및 각 호 생략)



(2) 부가가치세법



제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하  "세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일



제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하  "필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). (단서 생략)



다. 사실관계 및 판단



(1) 먼저, 본안심리에 앞서 쟁점①에 대하여 살펴본다.



(가) 이 건 부가가치세 결의서에 따르면 처분청은 쟁점세금계산서들을 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인1의 2022년 제2기 부가가치세 OOO원의 감액경정을 한 것으로 나타나는바, 그 내역은 아래 ＜표3＞과 같다.



＜표3＞ 청구법인1의 2022년 제2기 부가가치세 감액경정 내역

○○○



(나) 「국세기본법」 제55조 제1항 본문은  "이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다”고 규정하고 있는바, 청구법인1의 2022년 제2기 부가가치세 본세 및 납부지연가산세에 대한 처분청의 각 감액경정처분은 청구법인1에게 불이익한 처분으로 보기 어려우므로 이에 대한 심판청구는 부적법한 것으로 판단된다.



(2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.



(가) 청구법인1에 대한 부가가치세 조사종결보고서 보충조서(조사기간 : 2023.12.14.～2024.4.22.)상 서울지방국세청장의 검토내역은 아래와 같고, 청구법인1의 기타 거래처와의 거래내역은 정상으로 확인된 것으로 나타난다.

○○○



(나) 처분청이 제출한 ‘OOO’ 엑셀파일 출력자료(작성일자 미확인)상 ‘B 월별매입’ 부분에는 ‘OOO’, ‘B 월별매출’ 부분에는 ‘OOO’, ‘OOO 월별매입’ 부분에는 ‘OOO’, ‘OOO 월별매출’ 부분에는 ‘OOO’로 기재되어 있고, ‘OOO 받은 금액 데이터 만든 후 세부일정 들어가서 파트 흐름을 맞춰야 한다’고 기재되어 있다.



한편, 처분청이 제출한 H의 F 이사 I에 대한 메일 내역은 아래와 같다.

○○○



(다) 물품인수증(2023.4.7.)과 청구법인2의 인수증(2023.4.7.)에 따르면 F는 2023.4.7. 청구법인1로부터 OOO 외 품목을 인수하였고, 청구법인2는 같은 날 F로부터 OOO 외 28가지 품목을 인수한 것으로 나타난다.



(라) 청구법인들이 제출한 증빙은 아래와 같다.



1) G의 공문에는 ‘귀사에서 신규회사에 OOO와 동일한 거래방식을 적용해 달라고 요청하신 것에 대하여, 시스템에서는 새로운 회사가 절차를 따라야 한다고 표시되어 단기적으로 지원을 제공할 수 없습니다’라고 기재된 것으로 나타난다.



2) 청구법인들은 최종매출처를 노출하지 않기 위해 물품이 청구법인1, F, 청구법인2, 최종매출처 순으로 거래되는 사업구조를 F에게 제안하였고, F로부터 승인을 받았다며 F I 이사의 H에 대한 메일(2023.1.10.)을 제출하였는바, 그 내역은 아래와 같다.

○○○



3) 청구법인2의 수입신고필증(수입신고서), 세관장의 수입전자세금계산서, G의 Account List, 금융거래 증빙 및 견적서, 발주서 등에 따르면 예시품목의 가격은 아래와 같다.

○○○



4) 청구법인들은 위 처분청 의견 ＜표4＞의 청구법인2의 수입가격 OOO원은 수입신고필증상 환율을 적용한 금액이고, 자신들은 서울외국환중개소의 재정환율을 기준으로 대금을 책정하고 있어, 재정환율 적용 시 수입가격은 OOO원으로 청구법인2에게 이익이 발생하였다고 주장하나, 관련 증빙을 제출하지 아니하였다.



이와 관련하여 청구법인2의 2023.3.24.자 수입신고서상 위 ＜표4＞ 품목의 과세가격(CIF)은 미화 OOO달러(OOO원)로 나타나고, 처분청이 계산한 해당 품목의 가격과 청구법인1의 F에 대한 견적서상 해당 품목의 가격을 비교하면 아래와 같다.

○○○



5) H의 2023.2.24.～2023.5.24. 등 메일에 따르면 H은 청구법인1 H이라고 기재하는 한편, 아래와 같이 F의 I 이사에게 구매대행을 요청한 것으로 나타난다.

○○○



6) H은 2022.10.4.자 ‘청구법인2→청구법인1로 사업자를 변경 요청 건’ 메일에서 ‘청구법인2에서 청구법인1로 사업자를 변경하였다. 앞으로 귀사에 관한 모든 업무, 결제 부분은 청구법인1로 이루어질 것’이라며 OOO의 메일주소로 청구법인1의 사업자등록증과 통장 사본을 송부한 것으로 나타난다.



7) 청구법인들이 제출한 카카오톡 메시지 내역에 따르면 ‘OOO, ‘이거 포함해서 OOO 요청한 제품들 오후 OOO 이동오는 사람 없으면...’, ‘OOO 이동했다가 납품 예정있습니다. 이동편에 전달 드리도록 하겠...’, ‘대표님 이거 10개 구매하겠습니다. OOO편 부탁드리겠습니다’ 등의 내용이 나타난다.



(마) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점거래가 실물 없는 가공거래에 해당하므로 쟁점세금계산서들을 사실과 다른 세금계산서로 보아 이루어진 이 건 부가가치세 부과처분이 정당하다는 의견이나, 제3자인 F의 물품인수증상 F가 물품을 인수한 것으로 나타나고, 부피가 작은 반도체의 특성상 별도의 물류회사를 이용할 필요성이 적으며, 청구법인들이 제출한 카카오톡 대화 내역에 따르면 반도체로 추정되는 물품들이 직원들의 이동 시 같이 전달된 것으로 나타나는바, 쟁점거래에 있어 실물의 거래는 있었던 것으로 보이는 점, 부가가치세는 실질적인 소득이 아닌 거래의 외형에 대하여 부과되는 거래세이므로 거래단계마다 수수해야 하는 특성을 고려하여야 하고, 쟁점거래의 경위를 보면 F의 신규 사업진출을 통한 사업확장의 목적을 배제하기 어려우며, G의 공문 등에 의할 때 최종거래처 노출의 방지 및 유리한 매입조건의 적용을 위해 청구법인2가 쟁점거래에 참여하였다는 청구법인들의 주장은 일응 납득이 되고, 이는 경제주체로서의 합리적인 이유로 보일 뿐만 아니라, 청구법인1이 자금융통 목적으로 쟁점거래에 참여하였다고 하여 경제적 합리성이 결여되었다거나 실물의 거래가 없었다고 단정하기는 어려운 점, 경제적 합리성이 결여되었음이 확인되거나 실물 이동이 없었음이 확인되는 등의 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 할 것인 점, 쟁점거래와 관련하여 청구법인들의 역할과 책임이 확인되고, 거래당사자들이 각 거래단계마다 세금계산서를 수수하고 매매대금을 정산하면서 부가가치세 및 법인세 등의 조세를 탈루하거나 조세회피를 한 사실이 나타나지 아니하는 점 등에 비추어 쟁점세금계산서들을 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인들에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나, 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제1호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.