심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구인은 2016.3.29.~ 2017.1.31. 기간 중 A 조합으로부터 취득한 주식회사 B 주식 280,000주(이하  "쟁점주식”이라 한다)를 2017.10.23. A 조합에 OOO원에 양도하였으나, 이에 대하여 양도소득세를 신고하지 아니하였다.



나. 처분청은 쟁점주식의 양도소득세 무신고와 관련하여 2025.2.24. 청구인에게 2025.3.18.부터 2025.4.6.까지 양도소득세 세무조사를 하겠다는 내용의 ‘세무조사 사전통지’를 하였고, 청구인은 2025.2.24. ‘2025.3.4. 조사착수 희망’한다는 내용의 세무조사 조기착수 신청(조기종결)을 하였다.



다. 이에 따라 처분청은 2025.3.4.부터 2025.3.7.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사(이하  "이 건 세무조사”라 한다)를 실시한 후, 2025.3.12. 청구인에게 이 건 세무조사 결과통지를 하였으며, 2025.4.7. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정ㆍ고지 하였다.



라. 청구인은 이에 불복하여 2025.6.16. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구인 주장 및 처분청 의견



가. 청구인 주장



(1) 청구인은 쟁점주식의 양도일인 2017.10.23. 이후 현재까지 우리나라에 거주하고 있는바, 처분청의 부과처분에 대하여 고의로 회피할 의도가 전혀 없다.



처분청은 오래전부터 쟁점주식의 양도에 대한 내용을 확인하였음에도 불구하고 처리하고 있지 않다가, 부과제척기간이 얼마남지 않은 시점에 이를 부과함으로서 납부지연가산세만 약 OOO원이나 발생하였다.



(2) 청구인은 사전적 권리구제제도인 과세전적부심사청구도 하지 못하게 되어 절차적으로 중대한 하자가 있는 부당한 처분을 받았고, 더구나 과세전적부심사청구에 대한 ‘심사제외결정’통지를 2025.4.17. 수령하였는데, 이 건 양도소득세 부과처분은 2025.4.7.에 이루어졌는바, 절차상의 문제가 있다.



(가) 청구인은 2025년 2월말(또는 3월초)에 처분청을 방문하였고, 양도소득세 세무조사를 2025.3.18.부터 2025.4.6.까지 실시한다는 내용의 세무조사 사전통지에 대하여 안내받은 사실이 있다.



(나) 그 당시 담당 세무공무원은 가산세를 최대한 적게 내려면 세무조사 조기착수(조기종결 포함)신청을 하는게 좋다고 설명하였고, 이에 따라 청구인은 세무대리인의 조언을 구할 세도 없이 급하게 동의하였다.



(다) 상기 과세 근거가 되는 과세자료는 이미 2019.7.16. 발생하였고, 처분청이 미리 상기 내용에 대하여 알려주어 소명절차 등을 거쳤다면 OOO원이 넘는 납부지연가산세 등은 발생하지 않았을 것이므로 납세자의 당연한 권리인 과세전적부심사청구에 대한 권리도 부여받았을 것이다.



(라) 청구인은 2006년도부터 지금까지 현재 주소지에서 20여년 동안 계속 거주하고 있는바, 처분청은 부과제척기간을 임박하여 세무조사 조기착수를 종용하였고, 사전권리구제 수단인 과세전적부심사청구권을 박탈하였다.


나. 처분청 의견



(1) 이 건 과세처분은 과세전적부심사청구 예외 사유에 해당한다.



(가) 청구인은 상장주식 대주주요건에 해당되는 지분을 정규거래소를 통하지 않는 방식으로 양도하면서, 이에 대한 양도소득세를 신고하지 아니하였다.



(나) 「국세기본법」 제26조의2에 따르면, 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우 국세부과제척기간은 ‘그 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간’으로 규정하고 있는바,



쟁점주식 양도와 관련한 양도소득세 부과제척기간은 2025.5.31.까지이고, 세무조사 결과통지일의 송달일은 2025.3.12. 기준으로 3개월 이하인 경우이므로 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호에 따른 과세전적부심사청구의 예외사유에 해당한다.



(다) 부과제척기간이 얼마 남지 않은 상태에서 과세전적부심사 절차를 거치도록 하는 경우, 부과제척기간의 도과로 정당한 세금을 징수하지 못하게 될 위험이 발생하고, 납세의무자로서는 이의신청, 심판청구 및 행정소송 등을 통하여 과세처분에 대하여 다툴 수 있는 절차적 기회가 보장되어 있으므로 과세전적부심사의 기회가 주어지지 아니한다고 하여 양도소득세 부과처분이 위법한 처분에 해당한다고 볼 수 없다.



(2) 청구인이 제시한 심판례(조심 OOO)는 이 건 부과처분에 적용할 수 없다.



(가) 처분청은 청구인의 과세전적부심사청구 권리를 박탈하기 위해 장기간 과세권의 행사를 해태한 사실이 없다.



(나) 청구인이 출자한 A 조합은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구 또는 「중소기업창업지원법」에 따른 개인투자조합에 해당하지 않는 투자조합으로 금융감독원이나 금융위원회 또는 중소벤처기업부의 관리감독에서 제외되어 있다.



(다) 투자조합의 경우, 주식발행법인의 주주명부상 A 조합 명의로 등재되어 조합원별 주식변동 사항이 과세자료로 생성되는 것이 불가능하므로, 등기사항전부증명서상 소유권 변동내역에 따라 양도소득세 과세자료 생성이 가능한 부동산 양도와 같은 경우로 볼 수 없다.



(라) 청구인은 대주주요건에 해당되는 지분을 보유하여 출자금 대비 상당한 수익을 거두었음에도 불구하고 상장주식 거래에 따른 신고의무를 수년간 이행하지 아니하였다.



(마) 이 건 양도소득세 부과처분은 투자조합 조합원들의 익명성으로 인해 세원이 쉽게 노출되지 않고, 세원관리가 용이하지 않은 특수성으로 인하여 부득이하게 부과제척기간 임박하여 과세처분을 하게 된 경우이다. 청구인은 이 건 양도소득세 부과처분의 과세요건 적법성 여부에 대하여 이의신청ㆍ심판청구ㆍ행정소송 등 사후적으로 다툴 수 있는 기회가 충분히 보장되어 있다.



(3) 과세전적부심사의 예외를 적용함에 있어서 과세관청의 고의 또는 과실여부를 고려하는 것은 적절하지 아니하다.



(가) 대법원 판례(대법원 2025.2.13. 선고 OOO 판결)에 따르면, 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호 규정의 예외사유 존부를 판단함에 있어서 과세관청의 귀책 사유 유무나 정도 등을 고려한 것은 적절하지 않다고 판시하고 있다.



(나) 또한 「국세기본법」 및 같은 법 시행령에서 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 과세예고통지 후 과세전적부심사청구나 그에 대한 결정이 있기 전에 과세처분을 하였다 하더라도 이를 위법하다고 볼 수 없고(대법원 2016.12.27. 선고 OOO 판결, 같은 뜻임), 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호의 예외사유 존부를 판단하는데 과세관청의 귀책사유 유무나 정도를 고려하는 것도 적절하지 않다(대법원 2025.2.13. 선고 OOO 판결)고 판시하였다.



즉, 부과제척기간은 과세관청과 납세의무자간 조세채권 및 채무관계를 조속히 종결지어 납세의무자의 법적 안정성을 보장하려는데 그 취지가 있고, 「국세기본법」은 과세전적부심사의 예외와 관련하여 그에 해당하는 일정한 사유의 발생 경위, 과세관청의 고의 또는 과실 여부 등의 다른 요건을 규정하지 않고 있다.



따라서 과세관청으로서는 부과제척기간을 도과하지 않는 한 제척기간내에 언제든지 부과권을 행사할 수 있으므로 이러한 부과제척기간 제도의 취지나 특성상 단지 부과권 행사가 제척기간이 얼마 남지 않은 상태에서 이루어졌다는 사정만으로 위법하다고 할 수 없다.



(다) 위의 사실관계와 같이 과세전적부심사의 예외를 적용함에 있어 과세관청의 고의 또는 과실을 고려하는 것이 적절하지 않고, 부과제척기간제도의 취지나 특성상 제척기간이 얼마 남지 않은 상태에서 이루어졌다는 사정만으로 이를 두고 위법하다고 할 수 없는바, 이 건 양도소득세 부과처분은 적법하다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



이 건 부과처분이 청구인의 과세전적부심사청구권을 박탈한 절차상 하자 있는 처분에 해당하는지 여부



나. 관련 법령



(1) 국세기본법



제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하  "부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하  "국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우: 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년



제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서  "과세예고통지”라 한다)하여야 한다.

1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, 「감사원법」 제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서  "과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

1. 「국세징수법」 제9조에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우

2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우. 다만, 고발 또는 통고처분과 관련 없는 세목 또는 세액에 대해서는 그러하지 아니하다.

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

④ 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 각각 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 한다.

⑧ 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 과세전적부심사를 청구하지 아니하고 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지받은 내용의 전부 또는 일부에 대하여 과세표준 및 세액을 조기에 결정하거나 경정결정해 줄 것을 신청할 수 있다. 이 경우 해당 세무서장이나 지방국세청장은 신청받은 내용대로 즉시 결정이나 경정결정을 하여야 한다.

⑨ 과세전적부심사의 신청, 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.



(2) 국세기본법 시행령



제63조의15(과세전적부심사의 범위 및 청구 절차 등) ① 법 제81조의15 제2항 각 호 외의 부분 단서에서  "법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 것

2. 국세청장의 훈령ㆍ예규ㆍ고시 등과 관련하여 새로운 해석이 필요한 것

3. 세무서 또는 지방국세청에 대한 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 하는 과세예고 통지에 관한 것

4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 해당하지 아니하는 사항 중 과세전적부심사 청구금액이 5억원 이상인 것

5.「감사원법」 제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정 요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받지 못한 것

③ 법 제81조의15 제3항 제4호에서  "대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 「국제조세조정에 관한 법률」에 따라 조세조약을 체결한 상대국이 상호합의 절차의 개시를 요청한 경우

2. 법 제65조 제1항 제3호 단서(법 제66조 제6항 및 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우

④ 법 제81조의15 제2항에 따라 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구부분에 대하여 같은 조 제4항에 따른 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보(留保)하여야 한다. 다만, 법 제81조의15 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 또는 같은 조 제8항에 따른 신청이 있는 경우에는 그러하지 아니하다.



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.



(가) 청구인은 2016.3.29. A 조합에 OOO원을 출자하면서 90,000주를 취득하였고, 2016.5.18. A 조합의 조합원 2인으로부터 50,000주를 OOO원에 취득하여 140,000주를 보유하던 중 2017.1.31. 주식회사 B가 무상증자함에 따라 총 280,000주(쟁점주식)를 취득ㆍ보유하다가, 2017.10.23. A 조합에 쟁점주식을 OOO원(1주당 OOO원)에 양도하였으나, 이에 대하여 양도소득세를 신고하지 아니하였다.



(나) 처분청은 청구인의 쟁점주식에 대한 양도소득세 무신고와 관련하여 2025.2.24. 청구인에게 2025.3.18.부터 2025.4.6.까지 양도소득세 세무조사를 하겠다는 내용의 ‘세무조사 사전통지’를 하였으나, 청구인은 2025.2.24. ‘2025.3.4. 조사착수 희망’한다는 내용의 세무조사 조기착수 신청을 하였고, 이에 따라 처분청은 2025.3.4.부터 2025.3.7.까지 이 건 세무조사를 실시한 후, 2025.3.12. 청구인에게 이 건 세무조사 결과통지를 하였다.



(다) 이에 청구인은 이 건 세무조사 결과통지에 대하여 2025.4.7. 과세전적부심사 청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.4.17. 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호에 따라 과세전적부심사청구 대상이 되지 아니한다고 보아 ‘심사제외’ 결정을 하였다.



(라) 처분청은 청구인이 주장하는 2019.7.16. 청구인에 대한 과세자료 요약서를 제출하였는바, 이는 청구인이 주식발행법인 C 주식회사의 주식을 양도하고 무신고를 하였다는 내용으로서, 2019.8.19. 처리완료된 것으로 나타난다(아래 ＜표＞ 참고).



＜표＞ 과세자료요약서(2019.7.16.)

OOO



(2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.



청구인은 처분청이 2019.7.16. 수보한 과세자료를 장기간 과세권을 행사하지 아니하고 부과제척기간 만료일에 임박하여 과세를 함으로써 납세자의 사전권리구제 수단인 과세전적부심사청구권을 침해하였다고 주장하나, 처분청이 2019.7.16. 수보한 과세자료는 쟁점주식 양도와 관련한 자료가 아닌 별개의 과세자료로서 2019.8.19. 이미 처리완료된 것으로 나타나는 점, 「국세기본법」 제81조의15 제3항에 따르면 ‘세무조사 결과통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’에는 과세전적부심사 청구권을 적용하지 아니한다고 규정하고 있는 바, 이 건 세무조사는 청구인의 양도소득세 무신고에 따라 기인한 것이고, 이에 대하여 처분청은 부과제척기간 내(7년)에 부과권을 행사한 점, 처분청이 정당한 사유 없이 국세행정을 장기간 해태함으로써 부과제척기간 만료일이 임박한 경우에 처리하였다거나 자의적으로 납세자의 사전적인 권리구제 절차 또는 기회를 박탈하였다고 보기는 어려운 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.