1. 피고가 2021. 8. 13. 원고에게 한 2019년 귀속 종합소득세 18,789,926,257원의 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1. 처분의 경위 등



가. 원고의 지위



원고는, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 합자회사 형태 경영참여형 사모집합투자기구로 2018. 1. 22. 설립된 AAAAA 사모투자 합자회사(이하 ‘AAAAA PEF’라 한다)의 사원이었다. 2019년 7월 무렵부터 AAAAA PEF의 사원 구성은 아래와 같았다.



나. AAAAA PEF의 해산과 원고의 의제배당소득 신고



1) AAAAA PEF는 2019. 9. 6. 서면을 통한 결의 방식으로 임시사원총회를 열고, 보유 재산인 AAAAA 주식회사(現 상호는 ‘주식회사 HHHHH’이고, 이하 ‘AAAAA SPC’라 한다) 주식 1,046,000주를 아래와 같이 사원들에게 분배하기로 했다. 당시 작성된 의사록에는 ‘보유하고 있는 투자자산인 AAAAA SPC의 보통주식 평가액을, AAAAA SPC가 발행한 전환사채 전환가격(보통주식 1주당 사채금액 133,843원)을 인용하여 133,843원으로 하는 안건을 총사원의 동의에 의해 승인한다’고 적혀 있다.



2) AAAAA PEF는 2019. 9. 9. 해산했고, 보유한 현금도 원고를 비롯한 사원들에게 전부 분배해 주었다.



3) 원고는 2020. 5. 31. 2019년 귀속 종합소득세 신고를 하면서, AAAAA PEF로부터 잔여재산을 분배받아 투자원금을 넘어 현금 6,304,946,355원과 주식 486,041주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다) 가액 65,053,185,563원(= 486,041주 × 133,843원) 상당 의제배당소득을 얻은 것으로 세액을 계산하고 납부했다.



다. 경정청구와 거부



1) 원고는 2021. 6. 15. 이 사건 주식 가액은 「상속세 및 증여세법」(이하 ‘상증세법’이라 한다)에 따른 보충적 평가방법으로 계산한 20,301,932,570원(= 481,041주 × 주당 41,770원)이 옳다고 주장하면서, 2019년 귀속 종합소득세 중 18,789,926,257원(= 당초 세액 30,347,561,807원 - 경정세액 11,557,635,550원)이 과오납 되었으므로 환급하여 달라는 취지의 종합소득세 경정청구 하였으나, 피고는 2021. 8. 13. 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).



2) 원고는 이 사건 거부처분을 취소해달라는 조세심판청구를 하였으나 2023. 9. 11. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증의 기재, 변론 전체의 취지



2. 관련 법령과 법리



가. 해산한 법인의 주주．사원．출자자 또는 구성원이 잔여재산의 분배로 취득하는 재산의 가액이 해당 주식．출자 또는 자본을 취득하는데 쓴 금액을 초과한 만큼은 그 주주 등의 ‘의제배당소득’이 되고[구 소득세법(2020. 12. 29. 법률 제17757호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제1항 제3호, 제2항 제3호], 잔여재산 분배로 주식을 취득한 경우 그 가액은 ‘취득 당시의 시가’를 기준으로 계산한다[구 소득세법 시행령

(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조 제1항 제1호 라목]. 여기서 말하는 ‘시가’는 따로 정의되지 않았으나, 소득세법과 그 위임을 받은 하위 법령(소득세법 제17조 제3항, 제24조 제2, 3항, 같은 법 시행령 제51조 제5항 제5호, 같은 법 시행규칙 제22조의2)이 배당소득금액이 되는 해당 과세기간 총수입금액에 관해 열거되지 않은 것의 시가를 구 법인세법 시행령 제89조(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)를 준용해 계산하도록 하므로, 의제배당소득이 되는 주식의 시가 또한 같은 방식으로 계산함이 옳다.



나. 구 법인세법 시행령 제89조는, ‘시가’에 관해 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 ‘특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격’ 또는 ‘특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격’이 있는 경우에는 그에 따르도록 하고(제1항), 시가가 불분명한 경우 상증세법 제63조 등에 규정된 보충적 평가방법에 의할 수 있다(제2항 제2호). 따라서 이 사건 거부처분이 정당하려면, 원고가 최초 신고한 의제배당 소득 계산의 기초가 된 주당 133,843원이 구 법인세법 시행령 제89조에서 말하는 이 사건 주식의 ‘시가’에 해당해야 한다.



다. 경정거부처분 취소소송에서 그 거부처분이 적법한지는 과세표준신고서에 기재된 과세표준과 세액이 정당한 금액을 초과하느냐에 달려있는데(대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결 참조), 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있고 이 사건에서 문제된 ‘시가’의 증명책임도 마찬가지이다(대법원 2018. 7. 26. 선고 2016두40375 판결 참조). 특수관계인이 아닌 제3자 간 거래라도, 그 가격이 거래대상이 되는 자산의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하지 못한 것일 때에는 ‘시가’라고 할 수 없다(대법원 2005. 6. 23. 선고 2005두3066 판결 등 참조).



3. 이 사건 거부처분의 위법성에 관한 판단



가. 인정 사실



앞서 든 증거와 갑 제5, 10 내지 18, 26 내지 31호증, 을 제5 내지 12호증(가지번호 있는 것 포함)의 기재, QQQQQQ(유)에 대한 사실조회 결과에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래와 같은 사실을 인정할 수 있다.



1) AAAAA PEF의 설립 경위



가) 원고는 1984년경 변압기 등 전기 관련 장비를 제조하는 주식회사 WWWW(이하 ‘㈜WWWW전’이라 한다)을 설립한 사람으로, 2015년경 사모펀드 운영업체인 SSSSSS인베스트먼트 주식회사 측에 보유하던 WWWW㈜ 발행주식 총수의 70%를 매도했다가, 2017년경 그 무렵 새로 설립된 사모펀드 운영업체인 QQQQQQ 파트너스 유한회사(이하 ‘QQQQQQ(유)’라 한다)와 협력해 ㈜WWWW의 상장을 추진하기로 했다.



나) QQQQQQ(유)는 2017년 12월경 원고가 일부 매도하고 나머지는 보유하던 ㈜WWWW 주식 전부를 다시 매수하는 한편, 2018. 1. 18. 한국증권금융 주식회사 등 재무적 투자자를 모집하고 원고로부터도 출자를 받아 총 1,100억 원의 자본금으로 AAAAA PEF를 설립했다. 아울러 QQQQQQ(유)는 그 이사인 KKK이 대표이사가 되어 2018. 1. 22. 특수목적법인인 AAAAA SPC를 설립하고 ㈜WWWW 주식 전부를 넘겼다.



2) AAAAA PEF의 해산 전후의 경위



가) 원고는 새로운 투자자를 물색해 기존 투자자들의 투자금을 돌려주는 한편, 코스닥 상장기업인 JJJJJ 주식회사(現 상호는 주식회사 ****이고, 이하 ‘JJJJJ㈜’라 한다)를 통해 ㈜WWWW을 지배하는 방법을 모색했다. 원고는 2019년 3월경 350억 원을 추가로 출자했고, 원고가 2019년 4월경 이사로 취임한 주식회사 DDDDDDD(現 상호는 주식회사 *****이고, 이하 ‘㈜DDDDDD’라 한다)가 450억 원을 내고 후순위 출자자가 되었다. 그 출자금으로 기존 재무적 투자자들은 투자금을 돌려받고 퇴사했다. 원고는 최대 출자자로서 새로운 사모펀드(**** 제1호사모투자 합자회사)를 조성해 JJJJJ㈜의 최대주주(주식 18.95% 보유)가 되게 하고, JJJJJ㈜는 2019년 6월 주식회사 OOOO(이하 ‘㈜OOOO’라 한다)의 주식 99.15%를 취득했다. ㈜OOOO가 2019년 7월경 원고의 투자지분 중 320억 원어치를 양수함으로써 AAAAA PEF의 사원 구성과 출자비율은 그 해산 당시의 상태처럼 되었다.



나) 원고는 위와 같은 지배구조 형성에 필요한 자금을 조달하기 위해 새로운 사모펀드 운영업체인 주식회사 ****파트너스와 접촉하고, 2019. 8. 19. AAAAA SPC는 1,800억 원어치의 전환사채(이하 ‘이 사건 전환사채’라 한다)를 발행했다. 이 사건 전환사채의 전환가격(사채금액 133,843원당 1주)이, AAAAA PEF 해산 직전 임시사원총회 서면 결의에서 사원들에게 분배할 재산인 AAAAA SPC 주식 가액을 산정하기 위한 금액으로 인용된 것이다.



다) AAAAA PEF가 2019년 9월 해산됨으로써 AAAAA SPC의 주식은 원고, ㈜DDDDDD, ㈜OOOO가 나눠 갖게 되었다. 원고는 ㈜OOOO에 2019. 9. 6. 이 사건 주식 중 190,625주를 230억 원(주당 약 120,655원)에 양도했고, 2019. 10. 2. 나머지 295,416주를 350억 원(주당 118,476원)에 양도했다(이로써 ㈜OOOO는 AAAAA SPC의 최대주주가 되고, 그 자회사인 ㈜WWWW도 지배하게 되었다). 그 대금은 JJJJJ㈜가 발행한 530억 원어치 전환사채와 ㈜OOOO가 발행한 530억 원어치 회사채를 위 회사들과 원고 사이에 앞쪽 개요도와 같이 주고받는 방식으로 치르기로 했다. 그 후 자금 조달의 차질 등으로 계획이 변경되어, ㈜OOOO는 2020. 4. 3. 원고에게 AAAAA SPC 주식 404,225주를 530억 원(1주당 가액 약 131,115원)에 매도하고, 대금은 원고가 보유하던 ㈜OOOO 발행 회사채 530억 원과 상계하기로 했다.



3) AAAAA SPC 주식 가액 평가



가) @@회계법인은 AAAAA PEF로부터 AAAAA SPC 주식 가액에 대한 평가를 의뢰받고, 2019. 8. 21. 기준 주당 가치를 130,813원으로 평가하였다.

나) 위 평가 금액은, 구 상증세법(2019. 12. 31. 법률 제16846호로 개정되기 전의 것) 제63조 제1항 제1호 나목, 같은 법 시행령(2021. 1. 5. 대통령령 제31380호로 개정되기 전의 것) 제54조에 따른 평가방법(보충적 평가방법)으로, 먼저 AAAAA SPC가 보유한 투자유가증권인 ㈜WWWW 주식에 대하여 순손익가치과 순자산가치를 각각 3과 2로 가중평균한 가액과 순자산가치의 100분의 80을 곱한 가액 중 큰 가액에 대해 30%의 최대주주 할증율을 적용하여 주당 2,067,547원으로 산정한 후, 이를 기초로 AAAAA SPC 주식을 주당 순자산가치에 따라 평가하고 30%의 최대주주 할증율을 적용함으로써 산출된 것이다.



나. 이 사건 주식 시가를 133,843원으로 인정할 수 있는지



위에서 인정한 사실과 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래 사정에 비추어, 133,843원이 이 사건 주식의 객관적 교환가치를 반영한 것으로서 구 법인세법 시행령 제89조에 들어맞는 ‘시가’라고 보기 어렵다.



1) 국립국어원은 ‘거래’를 ‘주고받음, 사고팖’이라고 정의하므로, 각각 급부와 반대급부를 하는 두 당사자를 전제한다. ‘주당 133,843원’은 AAAAA PEF 사원들이 그 보유 재산인 AAAAA SPC 주식을 나눠 갖는 집합적 의사결정 과정에서 매긴 금액일 뿐, 주식에 대한 반대급부의 액수가 아니므로 ‘거래된 가격’이라고 볼 수 없다.[피고는, 사원들 중 현금을 더 많이 받은 측과 주식을 더 많이 받은 측 사이에 현금과 주식의 교환이라는 ‘거래’가 일어났다고 주장하나, 잔여재산 분배 방식은 사원들이 정하기 나름이고 현금과 주식을 각각 동일한 비율로 안분해야 한다는 원칙은 없으므로, ‘(현금 또는 주식을) 더 많이 받았다’는 전제가 성립할 수 없는 이상 받아들일 수 없다]



2) AAAAA PEF 해산은, 원고가 QQQQQQ(유)와 결별하고 새로운 투자업체를 찾아 ㈜WWWW 지배권 획득을 추진하는 과정에서 생긴 일이다. QQQQQQ(유)는 업무집행사원으로서 @@회계법인에 AAAAA SPC 주식 가액 평가를 의뢰하고 이를 ‘주당 133,843원’으로 평가해 분배한다는 의안을 상정하는 등 잔여재산 분배 과정에서의 업무를 주도한 것으로 보인다. QQQQQQ(유)는 운영한 사모펀드 재산으로부터 이득을 얻는 회사로서 분배액 산정의 기초가 되는 AAAAA SPC 주식의 가액을 높게 잡도록 할 유인이 있었으므로, 그 주도 아래 평가된 133,843원이 주식의 객관적 교환가치라고 단정하기 어렵다.



3) ‘주당 133,843원’은 AAAAA SPC가 그 무렵 발행한 전환사채의 전환가격을 따온 것인데, 전환사채는 투자금 유치의 수단으로 금리의 높고 낮음 등 다양한 요인의 영향으로 전환가격이 결정되므로 반드시 주식의 시가를 그대로 반영한다고 할 수 없다. @@회계법인이 평가한 주당 130,813원 또한, ㈜WWWW 주식에 대해 최대주주 할증율을 적용한 후 또다시 AAAAA SPC 주식에 대해 최대주주 할증율을 적용한 결과로서 비상장주식에 이른바 ‘경영권 프리미엄’을 반영하고자 하는 당시 법령의 평가방법에 따른 것으로, 주식이 항상 경영권을 확보할 수 있을 정도의 대규모로 거래되지 않는 이상 이를 두고 ‘시가’, 즉, ‘일반적으로 거래된 가격’이라고 하기 어렵다.



4) AAAAA PEF 해산 당시 원고 외의 유한책임사원은 ㈜DDDDDD, ㈜OOOO였는데, ㈜DDDDDD는 원고가 임원으로 재직 중인 ‘특수관계인(국세기본법 제2조 제20호 나목, 같은 법 시행령 제1조의2 제2항 제1호)’이었고, ㈜OOOO는 원고가 ㈜JJJJJ을 통해 지배하는 회사로, 원고의 ㈜WWWW 지배라는 궁극적 목적 달성을 위해 협력하던 사이였을 뿐 AAAAA SPC 주식의 가액 결정에 있어서 각기 독자적인 이해관계를 가진다고 보기 어렵다. 원고가 이 사건 주식을 분배받은 직후 ㈜OOOO에 주당 약 11만 원 내지 12만 원 정도로 양도했는데 그 대금 대부분을 회사채로 갈음하는 등 실제 그만큼의 ㈜지오닉스 재산 출연이 있었다고 보기에 부족하고, 이 사건 주식 시가가 133,843원에 달했다는 사정을 뒷받침하기 어렵다.



다. 소결론



결국 이 사건 주식 시가가 133,843원임을 전제로 원고의 종전 의제배당소득 납세를 유지한 이 사건 거부처분은 위법하다. 제출된 증거만으로는 분명한 시가의 존재 여부나 액수를 정할 수 없으므로, 이 사건 거부처분을 전부 취소한다.



4. 결 론



원고의 청구는 이유 있으므로 인용한다.