A지방국세청장이 2025.3.27. 청구법인에게 한 2017년 법인세 과세표준 결손금 감액, 2018년 법인세 3,043,324,880원, 2019년 법인세 1,084,528,290원, 2021년 법인세 1,235,782,482원의 세무조사결과통지는

1. 2017년 법인세 결손금 감액과 관련한 청구는 【심사제외】결정하고,

2. 나머지 청구는 이를 【불채택】결정합니다.

1. 사실관계 및 통지내용

가. 청구법인은 2009.12월 홍콩을 본점으로 하여 설립된 법인으로 대주주(100%)이자 대표자는 B이고, 홍콩에 본점을 두고 있는 자회사 C Company Limited(이하  "C”이라 한다) 등 다수의 국내ㆍ 외 자회사를 지배하고 있는 지주회사이다. C은 B 등 ㈜D의 사주 일가가 2007.7월 홍콩에 설립한 법인으로, 2017년말 현재 주주는 B, E, F(이하  "대주주”라 한다)으로 구성되어 있다.

나. C은 2014.6.24. 재무적 투자자인 G 유한회사(이하  "G”라 한다)로부터 500억원을 투자받는 계약을 체결하였다. 이에 따라 2014.6.25. 전환사채(권면액 250억원, 이율 7%, 전환가격 81,250원, 이하  "쟁점전환사채”라 한다)와 전환상환우선주(250억원=307,692주×@81,250원)를 G에 발행하였는데, 투자계약서 상 C의 대주주 또는 대주주가 지정하는 자에게 쟁점전환사채를 매수청구할 수 있는 권리(이하  "쟁점콜옵션”이라 한다)가 부여되어 있었다.

다. C의 대주주는 2017.8.8. 및 2017.12.19. 청구법인을 쟁점콜옵션권자로 각각 지정하였고, 청구법인은 이 콜옵션을 행사하여 G로부터 2017.9.19. 190억원, 2017.12.19. 60억원 총 250억원의 전환사채를 양수하였다. 한편 청구법인은 2018.7.13. G로부터 전환상환우선주 전부를 양도하였고, 2018.11.29. 쟁점전환사채 및 상환전환우선주를 보통주식으로 전환하였다.

라. 조사청은 2024.12.2. ∼ 2025.3.21. 청구법인에 대한 2017～2023사업연도 법인제세 통합 세무조사를 실시하여 ① 청구법인은 ‘사업의 실질적 관리장소’를 국내에 두고 있는 내국법인이므로 국ㆍ 내외 원천소득에 대하여 납세의무가 있다는 전제로, ② 특수관계인 C의 대주주로부터 2017년 쟁점콜옵션(36억원)을 무상으로 이전받았으며, ③ 콜옵션을 행사하여 취득한 쟁점전환사채를 2018년 주식으로 전환함에 따라 발생한 이익(132억원) 등 관련 법인세를 무신고한 것으로 보아, 2025.3.27. 청구법인에게 2017년 법인세 과세표준 결손금 감액, 2018년 법인세 3,043,324,880원, 2019년 1,084,528,290원, 2021년 1,235,782,482원, 총 5,363,635,652원을 결정ㆍ 고지하는 내용의 세무조사결과통지를 하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.25. 이 건 과세전적부심사를 청구하였다.

2. 청구주장

가. (쟁점①) 청구법인은 내국법인이 아닌 외국법인이다.

1) 조사청 주장의 요지 및 그 위법성의 요지

조사청은 청구법인을 내국법인으로 의제하여 세무조사 결과 통지하였으나, 청구법인은 홍콩 현지 사업을 총괄하는 지주회사로서 외국법인이고, 외국법인이라면 과세처분의 근거인 법인세법 시행령이 적용될 수 없다.

그런데, 기술발전을 바탕으로 새로운 의사소통 수단이 등장함에 따라 기업의 중요한 의사결정을 담당하는 임원들이 어느 한 곳에 모여 논의할 필요조차 없게 되어 기업 임원들이 인터넷을 통한 화상회의 또는 이메일을 통해 전세계에 흩어져 기업 경영을 담당하고 있는 현실을 감안하면 물리적 장소 어느 하나를 그 법인의 실질적 관리장소라 고정하기가 결코 쉽지 않은 점을 염두에 둔다면 조사청의 주장은 부당하다.

특히, 법인은 사법상 민법 및 상법 등에 의해 권리의무주체로서 창설되고 세법 역시 사법상 거래관계를 토대로 적용되는 점을 감안하면, 세법 목적만으로 쉽게 내국법인ㆍ 외국법인 속성까지 변경할 수 있다는 것은 지나친 해석일 것이다. 외국 법률에 따라서 성립된 외국법인을 전혀 입법목적이 다른 우리나라 법인세법에서 내국법인으로 규정한다고 해서 해당 외국법인이 그 설립국가 또는 우리나라의 사법상 근거도 없이 우리나라 내국법인으로서 권리의무주체가 될 수는 없기 때문이다.

이러한 현실적, 이론적 문제점을 염두에 둔다면 청구법인의 내국법인 여부에 대한 입증책임을 부담하는 조사청의 주장에 대한 엄격한 해석이 필요하다.

2) 내국법인과 외국법인의 판단기준

구 법인세법(2018.12.14. 법률 제16008호 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제1조 제1호는  "내국법인이란 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말한다.”라고 규정하고 있다. ‘실질적 관리장소’는 2005.12.31. 법률 제7838호로 법인세법이 개정되면서 ‘국내에서 사업의 실질적 관리가 이루어지는 경우에도 외국에 본점 또는 주사무소를 두어 외국법인으로 취급됨에 따라 조세를 회피하는 행위가 가능하므로 이를 개선할 필요가 있고, 법인의 거주지 결정기준으로 관리장소를 적용하는 외국 대부분 국가들의 입법례와 조세조약을 체결할 때 위 관리기준을 채택하는 국제관행과 상충하는 문제점을 해결한다.’는 것을 제안 이유로 하고, OECD 모델조세조약의‘실질적 관리장소’라는 개념을 차용하여 내국법인ㆍ외국법인의 판정기준으로 도입되었다.

한편, 구 국제조세조정에 관한 법률(2017.12.19. 법률 제15221호로 개정되기 전의 것, 이하  "구 국조법”이라 한다) 제3조에서는  "이 법은 국세와 지방세에 관하여 규정하는 다른 법률보다 우선하여 적용한다.”고 하여 구 국조법이 법인세법보다는 특별한 지위에 있다는 원칙을 선언하고 있다. 같은 법 제17조 제1항에서는  "법인의 부담세액이 실제 발생소득의 100분의 15 이하인 국가 또는 지역에 본점 또는 주사무소를 둔 ‘외국법인’에 대하여 내국인이 출자한 경우에는 그 외국법인 중 내국인과 특수관계(제2조 제1항 제8호 가목의 관계에 해당하는지를 판단할 때에는 친족 등 대통령령으로 정하는 내국인의 특수관계인이 직접 또는 간접으로 보유하는 주식을 포함한다)가 있는 법인(이하  "특정외국법인”이라 한다)의 각 사업연도 말 현재 배당 가능한 유보소득(留保所得) 중 내국인에게 귀속될 금액은 내국인이 배당받은 것으로 본다.”고 규정하고 있는데, 이 규정을 반대해석하면 내국법인은 그 본점 또는 주사무소의 소재지가 국내에 있는 것을 의미한다고 해석된다. 외국법인의 국내법인에 대한 배당과 같은 국제거래에 대하여 법인세법보다 우선하여 적용하는 구 국조법이 상정하고 있는 내국법인, 외국법인의 개념은 법인세법이 정의하고 있는 그것과는 그 범위 면에서 확연히 다르다고 할 것이다.

특히, 특정외국법인 유보소득 합산과세제도의 적용범위를 규정하고 있는 구 국조법 제18조 제2항에 따르면  "과세당국은 외국법인의 사업의 실질적 관리 장소가 제17조 제1항의 국가 또는 지역에 있는 경우에는 사업의 실질적 관리 장소를 제17조 제1항의 본점이나 주사무소로 보아 제17조를 적용할 수 있다.”고 규정하고 있는데, 그 취지는 본점 또는 주사무소의 소재지가 제17조 제1항의 국가 또는 지역 외에 있더라도 그 외국법인의 사업의 실질적 관리장소가 제17조 제1항의 국가 또는 지역에 있는 경우에는 제17조 제1항에 따른 본점이나 주사무소로 의제한다는 것으로서, 구 국조법 제17조 제1항의 국가 또는 지역에 국한하여 사업의 실질적 관리장소라는 기준을 본점 또는 주사무소 소재지 기준과 다르게 취급하고 있음을 알 수 있다.

따라서, 어느 일방 당사자가 외국법인인 국제거래에 관하여 법인세법에 우선하여 적용되는 국조법상 외국법인 또는 내국법인의 구분은 그 법인의 본점 또는 주사무소의 소재지가 어디인지를 기준으로 우선하여 판단하는 것이고, 이는 종래 상법이나 2005년 개정 전 과거의 법인세법과 동일한 태도이며, 일정한 예외적인 경우에 한하여서만 정책적 필요에 따라 ‘사업의 실질적 관리장소’를 본점 또는 주사무소 소재지로 의제할 수 있다고 봄이 타당하다.

내국법인의 실질적 관리장소에 관하여 대법원 2021.2.25. 선고 2017두237 판결은  "대한민국에 법인세법 제1조 제1항에 정한 ‘사업의 실질적 관리장소’를 둔 것으로 인정할 수 있는지 여부는 국내에서 해당 법인의 사업 수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이 실제로 이루어지는지 등의 기준에 의하여 판단하여야 하는 것이므로 외국에 인적ㆍ물적 시설을 두고 있다는 사정만으로 바로 국내에 실질적 관리장소를 둔 것으로 인정할 수 없는 것은 아니다. 내국법인과 외국법인을 구분하는 기준의 하나인 ‘실질적 관리장소’란 법인의 사업 수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이 실제로 이루어지는 장소를 뜻하고, 법인의 사업수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이란 법인의 장기적인 경영전략, 기본 정책, 기업재무와 투자, 주요 재산의 관리ㆍ처분, 핵심적인 소득창출 활동 등을 결정하고 관리하는 것을 말한다. 법인의 실질적 관리장소가 어디인지는 이사회 또는 그에 상당하는 의사결정기관의 회의가 통상 개최되는 장소, 최고경영자 및 다른 중요 임원들이 통상 업무를 수행하는 장소, 고위 관리자의 일상적 관리가 수행되는 장소, 회계 서류가 일상적으로 기록ㆍ보관되는 장소 등의 제반 사정을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2016.1.14. 선고 2014두8896 판결 참조).”고 판시한바 있다.

위와 같은 구 국조법의 입법 태도를 염두에 둔다면 위와 같은 대법원의 법인세법상 내국법인ㆍ외국법인 구별 기준은 설립지국 또는 주사무소 소재지국에 법인의 소득에 대한 적절한 세금을 부담한 바 있는지 그 밖에 납세자가 외국에 설립되거나 외국에 주사무소를 둔 것이 조세회피 의도에서 비롯되었음을 드러내는 사정들이 있는지 여부를 가장 중요한 척도로 삼아 제반 사정을 참작하여야 한다는 취지임을 알 수 있다.

이와 같은 맥락에서 대법원 2016.1.14. 선고 2014두8896 판결은 법인의 실질적 관리장소는 그 결정ㆍ관리행위의 특성에 비추어 어느 정도의 시간적ㆍ장소적 지속성을 갖출 것이 요구되므로, 실질적 관리장소를 외국에 두고 있던 법인이 이미 국외에서 전체적인 사업활동의 기본적인 계획을 수립ㆍ결정하고 국내에서 단기간 그 사업활동의 세부적인 집행행위만을 수행하였다면 종전 실질적 관리장소와 법인 사이의 관련성이 단절된 것으로 보이는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 법인이 실질적 관리장소를 국내라고 할 수 없다고 하여 ‘내국에서의 사업의 지속적인 관리행위’ 또는 ‘의사결정 장소의 지속성’ 여부를 내국법인 판단 요소로 고려한바 있다.

조심 2013중1114, 2013.12.31. 결정에서는  "청구 외 법인에는 종업원이 없고, 그 업무는 청구법인 등으로부터 쟁점 외화표시채권을 인수하고 이를 기초자산으로 하여 외화표시채권을 해외투자자에게 발행하는 것에 한정되었으며, 청구법인 등으로부터 이자를 지급받아 이를 해외투자자에게 지급하여 청구 외 법인의 통장상 잔액은 0이었던 것으로 나타나고 있어, 청구 외 법인은 설립 시부터 해외자금조달을 위한 특수목적기구로서 청구법인 등의 자금차입을 위한 명목회사인 것으로 보이는 점, 청구 외 법인과 같은 금융 또는 자금조달을 위한 특수목적기구가 명목회사의 형태를 가지는 것은 이례적이라 할 수 없고, 신용등급이 낮고 소규모의 다수 자회사로 구성된 청구법인 등이 목표로 한 금액의 사채를 발행하기 위해서는 청구 외 법인을 통하여 사채를 집합적으로 발행할 필요가 있었던 것으로 보이는 점, 청구법인 등이 쟁점 외화표시채권을 청구 외 법인에 발행하고, 청구 외 법인이 이를 기초로 투자자들에게 외화표시채권을 발행한 구조로 보았을 때, 이자소득의 최종 귀속자는 외화표시채권의 인수인이고, 청구법인이나 청구 외 법인은 이자의 지급자일 뿐 이자소득의 귀속자라 할 수 없으며, 이에 따라 청구법인 등이 청구 외 법인을 실질적으로 관리함으로써 청구법인 등이나 청구 외 법인이 회피할 이자소득에 대한 법인세를 상정하기 어렵고, 그러한 사정에서 청구법인의 원천징수의무 회피를 들어 청구법인 등이나 청구 외 법인의 조세회피를 인정하기는 어려운 점, 조특법 제21조는 외화표시채권의 이자소득자가 비거주자 또는 해외법인일 경우 그에 대한 소득세 또는 법인세를 면제하는바, 청구 외 법인이 쟁점 외화표시채권을 기초자산으로 하여 발행한 외화표시채권의 인수인 299명 중 293명이 외국인이고, 발행금액으로도 일부 금액을 외국인이 인수한 것으로 나타나고 있어, 내국인이 인수한 외화표시채권은 소규모인 한편, 내국인이 청구법인 등으로부터 외화표시채권을 직접 인수할 경우에 부담해야 할 소득세 또는 법인세를 회피하기 위하여 청구 외 법인을 외국에서 설립하였다는 정황은 나타나지 아니하는 점 등을 종합하면, 청구법인 등이 실질적으로는 외화표시채권을 조특법 제21조에 따라 소득세와 법인세가 면제되는 비거주자 또는 해외법인에게 발행하였고, 조세회피 의도가 있었다고 인정하기는 어렵다고 보이므로, 처분청이 「법인세법」 제1조 제1호에 따라 청구 외 법인을 내국법인으로 보아 청구법인에게 이 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있다.”고 판단한바 있다.

3) 청구법인은 홍콩 법인이다.

① 청구법인 설립 목적은 조세회피 의도에서 비롯한 것이 아니며, 청구법인 지배주주인 B은 2004년부터 북경D 유한공사에 근무하고 있었고 C 경영시 모든 의사결정에 주주인 형제 모두의 동의가 필요하여 새로운 투자안 결정시 갈등이 발생하자, B 본인의 의지를 반영한 투자를 수행할 법인이 필요해서 청구법인을 설립하였다. 이는 C이 영유아 의약품을, 청구법인이 백신이나 의약품개발을 영위하는 등 서로 다른 분야의 사업을 주력으로 하거니와, B이 청구법인 설립 후 9년이 지난 2017 ~ 2018년 신약 연구개발, 영유아 제품, 산후조리원 등을 영위하는 C 지분을인수하였는 바, 이는 정당한 사업상 목적으로 청구법인을 홍콩에 설립한 것임을 잘 알 수 있다.

청구법인이 외국법인이라 하더라도 최종적으로 지배주주인 B에게 급여나 배당을 지급하면 한국 거주자인 B이 종합소득세, 배당소득세 등을 회피할 수 없으므로, 홍콩 법인인 청구법인을 조세 회피를 위해 이용할 필요도 없다. 청구법인은 조사 대상 기간 동안 자회사 잉여금 중 약 33%만 배당받았는데, 배당소득세를 회피할 목적으로 청구법인을 설립하였다면 그 목적을 달성하기 위해서 R 등 자회사로부터 받은 배당금은 C을 통해서 사주 B 등 3명에게 대부분 배당하면 됨에도, C도 최종 주주 4인에게 배당한 금액은 잉여금의 약 33%인 점을 보면 청구법인이 B 등 주주의 배당금을 대신 받아주는 법인이 아니라 재투자 법인임을 알 수 있다.

게다가 투자지주회사의 본점 소재지를 홍콩에 두는 근본적인 목적은 홍콩에서의 투자 활동을 통해 다양한 제도적 혜택을 누리고자 함에 있다. 홍콩은 국제무역의 중심지로서 사업하기 좋은 환경과 잘 발달된 금융거래 시스템을 활용하려는 많은 다국적 기업들의 본점이 소재하고 있고, 그 배후 생산지 및 소비지로서 중국이 있는바, B 대표 선친의 글로벌 혁신 신약 개발 꿈 등을 세대간 이어갈 투자활동의 최적지가 홍콩이었다. 즉, 사업의 새로운 성장동력으로 의약품 뿐만 아니라 맞춤형 건강관리를 통한 예방과 치료를 연결하는 ‘토털 헬스케어’ 영역과 이를 위해 신약 개발 분야에서 ‘오픈 이노베이션(개방형 혁신)’을 통해 바이오벤처, 글로벌 제약기업들과 파트너십을 더욱 강화하기 위한 투자활동은 금융거래가 발달한 홍콩이 최적지였던 것이다. 특히 발달된 자본시장에서 청구법인을 상장하기 위해서는 홍콩에서의 선진화된 자본시장이 필수적이었다. 내국법인이라면 굳이 홍콩 거래소에 상장하려 하지 않았을 것이라는 점에서 청구법인이 홍콩에서 사업기반을 갖고 있다는 점을 잘 보여 준다.

② 청구법인의 중요한 상업적 의사결정 장소가 어디인지는 청구법인 설립부터 현재까지 전체 기간을 보고 판단함이 필요하다. B은 2009년 청구법인 설립부터 2016년까지 8년 간 중국 등 해외 체류기간이 1,187일로 확인되고, 이는 전체 기간의 45%에 이른다. D 그룹 회장인 부친 故H가 위중하였던 2017년부터 한국에서 부친의 간호에 집중하기 위해 국내에 체류할 수 밖에 없는 특수한 상황이 있었음을 양지해 주시기 바란다. 또한 B 대표가 주로 중국 등 해외에 오래 있다 보니 국내 사정에 어두워 D 경영권 승계방안을 전문가와 협의할 현실적 필요성도 있었다.

C 지분인수와 관련한 이사회 회의록을 보면 결의 일자에는 모두 홍콩, 영국, 이태리 등 외국에 있었다. 다만, 이사회 회의 개최 관련 제출명세 중 일련번호 3, 4, 5, 7, 10, 11, 19, 20, 31, 32, 76번 총 11건은 해외 계열회사에 체류 확인되는 등 86회 중 22건은 체류국 불명, 11건은 해외 체류로 확인된다.

선친이 2020.8월 사망하기 3 ~ 4년 전부터 청구법인 지배주주 B이 국내 체류했다는 사정만으로 청구법인의 사업수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이 국내에서 지속적으로 이루어진 것으로 볼 수 없을 뿐만 아니라, 실질적 관리장소를 홍콩에 두고 있던 법인이 홍콩과의 관련성을 단절한 채 이를 국내로 이전한 것으로 보기 어려우므로 청구법인은 외국법인으로 판단되어야 한다(대법원 2016.1.14. 선고 2014두8896 판결 참조).

③ 홍콩 현지 임직원의 역할

그룹 계열사 전반에 관한 인사, 자금관리 등 관리 업무와 지배구조의 설계, 신규 계열사의 설립 등 기획업무, 청구법인의 주요 영업에 관한 분석 및 검토ㆍ보고 업무를 홍콩 현지 직원들이 수행했다. 특히 계열사의 투자 등 관련 자금집행은 자금집행상황 공유시스템을 통해 이뤄졌다.

청구법인의 기업 운영에 필요한 인사 정책은 정관에 정한 바에 따르고 홍콩 현지 법인들에 적용되는 일반적인 법인 운영 규칙을 따르며 특히 직원 채용과 해촉시 홍콩 세무국에 직원 등록 보고를 한다.

청구법인의 비용지출 규정은 캐쉬플로우 시스템을 통해 홍콩 현지에서 출납을 담당하는 것으로 규정되어 있다. 캐쉬플로우 시스템은 홍콩뿐만 아니라 L그룹에 속한 전 계열사가 모두 사용하고 있는 L그룹의 독창적인 시스템이며, 캐쉬플로우 시스템의 의사결정 구조는 비용을 집행하는 법인뿐만 아니라 다른 계열사의 업무 관련자도 모두 참여할 수 있는 구조로 되어 있으며, 다만, 해당 비용의 집행자는 위 업무 관련자가 모두 결재를 하여야만 지급할 수 있는 구조가 아니라 업무 관련자의 의견을 참조하여 결정하고 집행하는 구조이다.

④ 청구법인의 회계기록이 보관되는 장소는 홍콩이며, 홍콩 회사조례(Companies Ordinance) 및 홍콩 재무보고기준(HongKong Financial Reporting Standards, HKFRS)에 근거하여 홍콩 현지에서 자체적이고 독립적으로 회계처리 및 결산을 하고 있으며, 회계 감사 또한 외부의 독립된 감사인으로부터 매년 외부감사를 받고 있고 현재까지도 동일하게 진행해 오고 있다. 세무 보고 역시 지속적으로 홍콩 세무국(IRD)에 해오고 있다. 이사회 의사록, 주주총회 의사록 투자계약서 법인설립 서류 등의 원본을 작성하고 보관하는 장소도 홍콩이었다. 단지, 청구법인 법무팀이 계약서 검토를 위해서 한글로 번역한 사본만을 N타워 15층에서 관리하고 있을 뿐, 사업 관련 원본 영문 서류는 보관하고 있지 않았다. 법무팀이 계열사와 이메일 송수신을 통해서 수신한 문서를 검토 후 회신한 사본 문서만이 한국에 있을 뿐이다.

⑤ 청구법인 및 그 자회사는 대부분 국외에서 수익사업을 영위하는바, L그룹 지분 관계도 및 소재지와 주요 사업 내용은 증빙으로 제출하였다. 또한 각 자회사의 매출 및 수익은 아래 표와 같다.

표

우선, 연구개발 센터도 한국인이지만 중국 법인 소속 연구원(I), 이태리 법인 소속 연구개발 인력이 주도적으로 참여하는 구조이다.

또한, L그룹 법인의 상표권 등을 각국에 L홍콩 명의로 총괄 등록하고 있다. 특허권 47개 출원 중 중국 33개, 상표권 314개 중 중국 등 해외 266개 등 지적재산권 출원ㆍ등록 대부분이 해외에서 이뤄지고 있고, 중국에 등록된 지적재산권은 별도 중국 소재 지적재산관리팀이 관리하는 점을 감안하면 법무팀의 지적재산관리팀(2명)의 업무는 지주회사 관리 업무 차원에 불과하다.

⑥ 홍콩 본사의 임대차 계약 및 현황은 아래와 같고, 홍콩 세무당국은 청구법인에 대한 홍콩 거주자 증명서를 발급하였다.

표

나. (쟁점②) 쟁점콜옵션의 시가는 처분 근거와 다르다.

1) 조사청 주장의 요지 및 그 위법성의 요지

조사청은 2017년 8월 말 기준으로 3,649,874,932원에 이르는 전환사채를 살 수 있는 권리인 콜옵션이라는 자산을 무상으로 B, Q, E 등 C의 대주주들로부터 수익하였다고 주장한다.

그러나, 콜옵션에 대한 위 평가가액은 조사청의 조사 기간 동안 J회계법인에 의뢰한 평가자료를 토대로 한 것이고, 기초자산인 C 주식에 대해 상증세법상 보충적 평가에 의한 시가를 산정하는 전제로 콜옵션의 가치를 이항모형에 따라 계산한 것으로 추정되는데, 이는 상증세법상 전혀 근거가 없다.

2) 콜옵션 가치평가의 판단기준

① 콜옵션 평가에 관한 귀 위원회의 적부심 선결정례

전환사채에 부여된 콜옵션 행사자를 특수관계인으로 지정한데 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 있는지 여부가 문제된 사안에서 적부-국세청-2022-0035 결정은 경제적 가치가 있는 쟁점콜옵션 행사자를 특수관계인으로 지정하면서 대가를 수취하지 않은 것은 부당행위계산부인 대상으로 볼 수 있으나, 쟁점콜옵션 가액은 조건부 권리 평가방법 등에 따라 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 산정함이 타당하다고 다음과 같이 결정한바 있다.

또한, 전환사채에 부여된 콜옵션 행사자를 특수관계인으로 무상으로 지정한 것은 부당행위계산부인 대상인지가 문제된 적부-국세청-2023-0126, 2023.12.6. 결정 역시 쟁점전환사채와 이를 취득할 수 있는 권리인 쟁점콜옵션은 동일하다고 볼 수 없다는 이유로 재조사 결정을 한바 있다.

② 국외재산에 대한 상증세법상 시가 평가방법

한편, 외국법인인 C이 발행한 쟁점전환사채의 콜옵션은 국외재산으로서 매매사례가격이 존재하지 않고 거래시장이 없으므로 법인세법상 시가를 파악할 수 없으며, 이는 필연적으로 그 가치에 대해서 납세자와 과세관청 간에 이견을 초래한다.

구 상증세법 시행령 제58조의3에서는  "외국에 있는 상속 또는 증여재산으로서 법 제60조 내지 법65조의 규정을 적용하는 것이 부적당한 경우에는, 당해 재산이 소재하는 국가에서 양도소득세, 상속세 또는 증여세 등의 부과목적으로 평가한 가액을 평가액”으로 하며, 그 평가액이 없는 경우에는  "세무서장 등이 2 이상의 국내 또는 외국의 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액을 참작하여 평가한 가액”에 의한다고 규정되어 있다.

3) J회계법인 평가보고서상 콜옵션 평가액 산정의 문제점

조사청은 상증세법상 콜옵션 가치를 평가하는 방법은 명확히 규정된 바는 없으므로, 경제적 실질 및 거래의 합리성을 고려하여 청구법인이 C의 쟁점전환사채의 취득과 관련하여 지급할 수 있는 콜옵션의 최대 금액은 취득 시점의 전환사채의 시가와 전환사채의 취득가액의 차이 금액으로 전제하고 있는 것으로 추측된다.

콜옵션 가치를 3,649,874,932원으로 산정한 근거로서 조사청이 제시한 J회계법인의 2017년 8월말 기준 전환사채 평가보고서에는  "조기상환권(콜옵션)을 보유하고 있을 경우, 조기상환금액이 전환사채 가치보다 작은 경우에 행사를 하게 되면 차이금액만큼 이익이 발생함. 해당 이익은 제3자 지정 콜옵션을 보유하고 있는 회사 또는 대주주에게 귀속되기 때문에 별도의 파생상품자산으로 볼 수 있으며, 전환사채 취득을 위해서는 콜옵션 금액만큼 지급해야함. 콜옵션 보유자에게 약 36억원을 지급하면 전환사채를 약 269억원에 취득할 수 있음”으로 기술되어 있다. 이는 콜옵션이 없는 전환사채의 공정가치는 305억원이고, 콜옵션이 있는 전환사채의 가치는 269억원임에 따라 두 평가금액의 차이 금액인 36억원을 콜옵션 금액만큼 지급하여야 한다는 의미이다. 그러나 조사청의 이러한 평가방법을 전제한다고 하더라도 다음과 같은 문제가 있다.

① 전환사채 취득가액 산정의 문제점

그러나 청구법인이 실제로 G로부터 2017년 2차례에 걸쳐 취득한 전환사채의 실제 취득금액은 285억원으로, 위 평가보고서상 콜옵션 대가 지급을 통해 전환사채를 취득할 수 있는 금액 269억원과 상당한 괴리가 있어, 콜옵션 가치 산정의 신뢰성이 매우 의문시 된다고 할 수 있다. 이러한 현실과 평가 결과의 괴리는 아래와 같은 사유에서 발생할 것으로 추정된다.

첫째, 조사청 제시 평가보고서에서는 전환사채 평가시 주요 가정에 기대 배당금을 반영하지 않았다.

둘째, 조사청 제시 평가보고서에서는 전환사채 평가를 위한 기초자산 산정시 전환사채 전환에 따른 희석화 효과를 반영하지 않았다.

전환사채 전환에 따른 희석화 효과를 기초자산 가격에 반영하지도 않고, 주가변동성에도 고려하지 않았다면 전환사채 가치는 과대하게 평가되어 콜옵션가치의 평가금액도 과대하게 된다.

② 전환사채에 대한 상증세법상 보충적 평가방법을 통한 시가 평가

조사청이 제시한 J회계법인의 평가보고서에 적용된 보통주 1주당 기초자산 가격 및 전환사채의 1주당 전환가격을 근거로 2017년 8월말 기준 상증세법상 보충적 평가에 따른 외부평가기관의 평가보고서에 따르면, C의 쟁점전환사채 평가금액은 28,746,024,293원이다.

따라서, 청구법인의 전환사채 취득금액 28,468,952,003원을 감안하면, 청구법인이 쟁점전환사채를 취득하면서 지급할 수 있는 콜옵션의 최대지급 가능액은 277,072,290원으로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

4) 콜옵션 취득 당시 독립적인 홍콩 현지 평가기관의 평가가액 존재

무엇보다도, 청구법인이 콜옵션의 취득 무렵 C은 재무보고 목적으로 독립적인 외부평가기관으로부터 쟁점콜옵션을 포함한 전환사채를 평가하였다. 2016년 말을 평가기준일로 하여 2017년 4월에 홍콩 현지 감정평가법인에서 평가한 평가보고서에 따르면, 콜옵션의 가치는 이항옵션을 적용하여 평가하였으며, 당시 환율로 170만원에 불과하였다. 위 평가내용은 한국공인회계사회에서 2023년 발간한 제3자 콜옵션 평가방법과 일치한다.

표

따라서, 홍콩 감정평가법인 보고서상 콜옵션의 가치는 콜옵션 취득 무렵 독립적인 외부 평가기관이 조사청이 제시한 이항모형을 적용하여 감정하였고, 외부감사인에 의해 그 평가의 적정성도 검증받았으므로, 위의 평가금액을 적용하는 것이 타당하다.

다. (쟁점③) 쟁점전환사채를 전환한 이익에 대한 과세의 위법ㆍ부당성

1) 조사청 주장의 요지 및 그 위법성의 요지

조사청은 C의 자본을 증가시키는 자본거래 과정에서 청구법인의 콜옵션 행사로 인해 취득한 전환사채를 보통주식으로 전환한 이익을 청구법인의 특수관계인인 B 및 B의 특수관계자로부터 분여받았고, 이는 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2에서 정하고 있는 부당행위계산의 유형인 ‘제8호 외의 경우로서 증자ㆍ감자, 합병ㆍ분할, 「상속세 및 증여세법」제40조 제1항에 따른 전환사채 등에 의한 주식의 전환ㆍ인수ㆍ교환 등 법인의 자본을 증가시키거나 감소시키는 거래’로서 구 법인세법 시행령 제11조 제9호의 특수관계인으로부터 분여받은 이익에 해당한다고 주장한다.

① 조사청의 주장이 적법하려면 전환사채의 전환이 구 상속세 및 증여세법(2017. 12. 19. 법률 제15224호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제40조 제1항에 따른 전환사채에 의한 주식의 전환이 있었어야 하나, 이러한 주식 전환이 없었다는 점에서 조사청의 처분은 그 전제 자체에 오류가 있다.

② 또한, 분여받은 이익은 청구법인의 특수관계인으로부터 분여받아야 하나, (조사청 주장에 의한다고 하더라도) 청구법인의 주주로서 특수관계인인 B은 청구법인을 콜옵션 행사자로 지정하였을 뿐, 청구법인이 콜옵션을 행사하여 이미 전환사채를 취득한 후 전환을 통해 이익을 누림에 있어서 청구법인의 법인세법상 특수관계인이 청구법인에게 이익을 분여한 사실이 없다.

2) 구 상증세법 제40조 제1항 제2호의 적용 가부

즉, 구 상증세법 제40조 제1항 제2호 가목은 전환사채 등을 특수관계인으로부터 취득한 자가 얻은 전환이익에 대해 과세하는 규정이나 청구법인은 전환사채를 비특수관계자인 G로부터 취득하였고, 구 상증세법 제40조 제1항 제2호 나목은 전환사채를 발행한 법인의 최대주주나 그의 특수관계인인 주주가 그 소유주식 수에 비례하여 균등한 조건으로 배정받을 수 있는 수를 초과하여 인수 등을 한 경우로서 청구법인은 2018년 처음으로 주주가 되어 최대주주의 특수관계인인 주주가 아니거나 인수 등을 한 경우가 아니므로 나목이 적용이 안되며, 구 상증세법 제40조 제1항 제2호 다목은 전환사채를 발행한 법인의 최대주주의 특수관계인(그 법인의 주주는 제외한다)이 그 법인으로부터 전환사채 등의 인수 등을 한 경우에 적용되나, 청구법인은 C으로부터 전환사채 등을 인수 등을 한바 없다.

라. (쟁점④, ⑤) 쟁점 연도별 세액 산정에 대한 과세의 위법ㆍ부당성

1) 조사청 주장의 요지 및 그 위법성의 요지

조사청은 청구법인을 내국법인으로 의제하여 2017년부터 2023년까지 과세기간에 대한 과세표준을 산정함에 있어 연도별 당기순이익에 2017년에는 전술한 콜옵션의 무상취득에 따른 자산수증이익, 2018년에는 전술한 전환사채를 보통주식으로 전환하는 자본거래를 통한 이익분여액을 별도 가산(익금산입)하여 연도별 각 사업연도 소득금액을 계산하고, 이월결손금을 차감하여 산정한 과세표준을 기준으로, 2018년 사업연도에 대한 법인세(가산세 포함) 3,043,324,880원, 2019년 사업연도에 대한 법인세(가산세 포함) 1,084,528,290원, 2021년 사업연도에 대한 법인세(가산세 포함) 1,235,782,482원을 부과하겠다고 주장한다.

그러나, 조사청의 2018년 전환이익 계산식에 일부 오류가 있어 전환이익이 과대하게 계상되어 산출세액이 계산되었으며, 연도별 납부세액을 산정함에 있어 청구법인의 외국자회사의 수입배당금에 대한 간접외국납부세액을 산출세액 차감하지 않는 등 산출세액을 재계산할 필요성이 있다.

2) 전환시 교부받은 주식가액의 산정 오류로 전환이익 과대계상

구 상증세법 제40조 제1항 제2호에 따르면, 전환이익은  "전환사채 등에 의하여 교부받았거나 교부받을 주식의 가액이 전환ㆍ교환 또는 인수 가액(이하 이 항에서  "전환가액등”이라 한다)을 초과함으로써 얻은 이익”으로 규정하고 있다. 이에 조사청은 아래와 같이 전환이익 13,195,384,925원을 산정하였다.

표



교부받은 주식의 평가는 상증세법 시행령 제30조 제1항 제2호에 따라 아래와 같이 계산된다.

조사청은 전환사채에 대한 전환후 1주당 주식가액 111,926원을 산정함에 있어 J회계법인의 콜옵션 평가보고서에 기술된 바와 같이 쟁점전환사채는 원화채권임에 따라 주식 1주당 전환가격은 61,750원(희석화 반영후 금액으로 희석화 반영전 81,250원)을 적용함여야 함에도, 주식 1주당 전환가격을 원화가 아닌 외화 USD60.63(희석화 반영후 금액으로 희석화 반영전 USD79.78)에 전환일의 환율로 산정한 68,450원을 적용함에 따라 전환후 1주당 주식가액이 과대평가 되었다.

표

따라서, 다른 조건이 일정하다는 가정하에 주식 1주당 전환가격을 61,750원을 적용할 경우 전환후 1주당 주식가액은 110,801원으로 감소함에 따라, 전환이익은 조사청이 제시한 전환이익 대비 455,734,478원 감소되어야 한다.

만일, 전환사채의 1주당 전환가격이 원화가 아닌 외화일 경우, J회계법인의 콜옵션 평가보고서상 1주당 전환금액은 81,250원이 아닌 USD79.78에 평가기준일인 2017년 8월말 환율을 적용하여 콜옵션의 가치를 재산정 하여야 할 것이다.

3) 청구법인의 외국납부세액을 세액공제 방식으로 산출세액 산정

조사청은 2017년부터 2023년까지 과세기간에 대한 과세표준을 산정함에 있어, 연도별 당기순이익을 각 사업연도소득금액으로 산정함에 따라 결과적으로 청구법인의 소재지인 홍콩에서 납부한 법인세에 한정하여 손금산입 방식으로 법인세 산출세액을 산정하였다.

법인세법은 내국법인의 각 사업연도소득에 대한 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있고 동 국외원천소득에 대하여 외국법인세액을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우 국제적 이중과세를 조정하기 위하여 손금산입 방법 외에 외국납부세액공제를 선택하여 적용할 수 있도록 규정하고 있다. 외국납부세액에는 내국법인이 외국정부에 납부하였거나 납부할 세액(이하  "직접외국납부세액”이라 한다) 뿐만 아니라, 구 법인세법 제57조 제4항에 따라  "내국법인의 각 사업연도 소득금액에 외국자회사로부터 받은 수입배당금액이 포함되어 있는 경우, 그 외국자회사의 소득에 대하여 부과된 외국법인세액 중 그 수입배당금액에 대응하는 것으로 대통령령으로 정하는 바에 따른 계산한 금액(이하  "간접외국납부세액”이라 한다)”을 포함하고 있다.

관련하여 구 법인세법 시행령 제94조 제8항에서는 외국자회사가 외국손회사로부터 지급받는 수입배당금액이 외국자회사 소재지국에서 국외소득 비과세 면제를 적용받았거나 적용받을 경우 해당 외국손회사로부터 수령한 수입배당금에 대하여 외국자회사가 외국손회사의 소재지국 법률에 따라 외국손회사 소재지국에 납부한 세액 중 100분의 50에 상당하는 금액을 외국자회사의 해당 사업연도 법인세액에 포함하여 간접외국납부세액을 계산하도록 하고 있다.

청구법인은 신사업 인큐베이션 및 벤처기업 투자를 통해 글로벌 지주회사의 역할을 수행함에 따라 홍콩 소재 외국자회사인 C으로 부터 수령한 수입배당금이 주된 수입원이다. C은 100% 외국자회사인 중국 소재 K으로부터 수입배당금을 수령하면서 홍콩-중국 조세조약에 따라 수입배당금의 5%를 중국에 납부하고 있다. 외국자회사인 C이 외국손회사인 K으로부터 수령하는 배당금은 홍콩에서 과세면제되는 소득에 해당하므로, C이 외국손회사 소재지국인 중국에 납부한 세액은 간접외국납부세액에 의한 외국납부세액공제 적용대상에 해당한다.

구 국세기본법 제18조 제1항은  "세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.”고 규정하고 있고, 국세청 예규 서이- 650(2006.5.3.)에 따르면  "외국자회사로부터 배당금을 받은 내국법인이 법인세 신고시 외국납부세액 공제세액 계산서를 제출하지 아니한 경우 경정청구를 할 수 있는 것임”으로 기술하는 점을 감안하면, 청구법인의 외국납부세액은 손금산입 방식이 아닌 세액공제 방식을 적용하여 납부할 세액을 산정하는 것이 타당하다.

표

청구법인의 2018년부터 2021년까지 외국납부세액 공제방식에 의하여 산출세액에서 공제될 직접외국납부세액 및 간접외국납부세액은 위 표와 같다.

상기 간접외국납부세액은 청구법인이 외국자회사 지분을 25% 이상을 배당확정일 현재 6개월 이상 계속 보유한 이후 받은 수입배당금 등 법인세법 시행령 제94조 제9항, 제10항의 외국자회사 및 외국손회사 요건을 충족한 이후 받은 수입배당금을 기준으로 계산하였다.

따라서, 상기 외국납세세액을 세액공제 방식으로 연도별 산출세액을 재계산하여야 할 것이다.

마. 결어

조사청의 청구법인에 대한 세무조사 결과 통지는 2009년 이후 줄곧 홍콩 현지의 법률 및 세법에 따라 운영되어 온 청구법인을 세무조사 과정에서 내국법인으로 무리하게 의제하여 법인세법을 적용한 점 자체만으로 위법ㆍ부당하다.

조사청이 콜옵션의 적정한 가치에 대한 정확한 검증 없이 콜옵션 취득 당시 독립적이고 객관적인 평가기관의 콜옵션 평가 내용이 있음에도 이를 간과한채 청구법인의 수익으로 산입하거나, 구 상증세법 제40조 제1항에 따른 주식 전환의 요건을 충족하는 경우에 한하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익을 과세할 수 있음에도 구 상증세법 제40조 제1항 제2호의 인수 등이 발생하지 아니하거나, 법인세법상 특수관계자로부터 분여받은 이익이 없음에도 전환이익으로 과세를 한 것, 가사 내국법인으로 의제하더라도 산출세액을 산정함에 있어 수입배당금액에 대한 간접외국납부세액 등을 감안하지 않아 세액이 과대하게 산정된 점을 보면 금번 세무조사 결과통지가 면밀한 검토 없이 이뤄진 것임을 방증한다.

이와 같은 점을 널리 혜량하시어 귀 위원회에서 위법ㆍ부당한 처분을 시정하여 주시기를 간청드린다.

바. 사전열람에 대한 청구법인 추가의견

1) (쟁점②)  "회계법인이 이항모형으로 객관적이고 합리적으로 산정한 쟁점콜옵션의 평가가액은 시가로 봄이 타당하다”는 조사청 주장에 대한 반박

가) 조사청 주장의 요지

조사청이 제시한 쟁점콜옵션 평가는 ‘이항모형’으로 평가한 적법한 평가이며, 청구법인이 제시한 홍콩 감정평가법인의 평가 결과에는 과소평가된 C의 주식가치를 반영한 오류가 있다.

나) 조사청 주장의 위법ㆍ부당성

(1) 조사청의 쟁점콜옵션의 시가에 관한 평가방법의 위법성

① 쟁점콜옵션이 회계상 독립된 자산이라 하더라도 상증세법 제65조의 조건부 권리 평가에 의해 세법상 시가를 산정하여야 한다는 것이 적부심 선결정례이다.

귀 위원회의 적부-국세청-2022-0035 결정 등 다수 결정에서 전환사채 콜옵션은 공정가치 평가에 의해 산정함이 타당하다고 결정하였고, 옵션에 대한 공정가치 평가는 이항모형 등 금융공학적 방법에 의해 시가를 산정함을 의미한다. 위 이항모형상 전환사채 발행자(또는 제3자)의 콜옵션 가치를 결정하는 주요 요인은 기초자산인 전환사채의 가치[채권가치(원금, 표면이자율, 금리), 전환권 가치(주가 상승, 주가 변동성 심화)], 행사가능 최초시점, 잔존만기 등 콜옵션 행사 조건 등이다.

② 조사청이 제시한 J회계법인 평가자료는 전환사채의 기초자산인 C의 주식가치를 구 상증세법상 보충적 평가를 통해 주당 96,470원으로 산출하였는데, 이는 쟁점콜옵션 평가시 허용되지 않는 상증세법상 보충적 평가하여 주가 가치를 과대평가한 것이다.

즉, 외국법인인 C이 발행할 주식은 국외재산으로서 매매사례가격이 존재하지 않고 거래시장이 없으므로 상증세법상 관련 규정에 따라 법인세법상 시가를 산정하여야 한다. 구 법인세법 제52조 제2항, 같은 법 시행령 제89조 제2항 제2호, 구 상증세법 제60조 내지 제65조에 의해 법인세법상 부당행위계산 부인을 위한 시가 산정을 함에 있어 적용 가능한 구 상증세법 시행령 제58조의 3에서는  "외국에 있는 상속 또는 증여재산으로서 법 제60조 내지 법65조의 규정을 적용하는 것이 부적당한 경우에는, 당해 재산이 소재하는 국가에서 양도소득세, 상속세 또는 증여세 등의 부과목적으로 평가한 가액을 평가액”으로 하며, 그 평가액이 없는 경우에는  "세무서장 등이 2 이상의 국내 또는 외국의 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액을 참작하여 평가한 가액”에 의한다고 규정되어 있다.

대법원 2010. 1. 14. 선고 2007두5646 판결 등 다수 판결은 "구 상증세법 시행령 제54조와 구 상증세법 시행규칙 제17조 제1항 소정의 순손익가치는 미래의 기대수익을 우리나라의 3년 만기 회사채 유통수익율을 반영한 이자율에 의하여 현재가치로 할인한 것이므로 이는 원칙적으로 우리나라에 있는 비상장법인의 주식을 그 적용 대상으로 한다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 보면, 그 평가대상 주식이 외국에 있는 비상장 법인의 주식인 경우 위 보충적 평가방법을 그대로 적용하는 것이 부적당하다.”고 한바 있으므로 조사청의 평가는 위법하다.

③ 쟁점콜옵션의 가치를 2017년 말 기준으로 775백만 원(2016년 말 171만 원)으로 평가한 홍콩에서의 감정평가 결과는 기초자산인 전환사채의 전환권 가치 산정시 DCF 방법을 통해 C 주식 시가를 income approach에 의해 산정한 것으로서 이 방법은 일반적으로 적용되는 공정가치 평가 방법에 부합한다. 또한 위 홍콩에서의 감정평가금액은 감사보고서로 공시되어 있는바 언제든지 홍콩 현지 과세당국의 과세자료로 활용될 수 있으므로 쟁점콜옵션의 시가로서 인정되기에 충분하다.

(2) J회계법인의 쟁점콜옵션 시가 평가에 있어 기초자산인 전환사채의 시가를 확인하지 않은 오류가 있다.

① 쟁점콜옵션이 가치가 있기 위해서는 콜옵션을 행사하여 전환사채를 취득할 수 있는 지위에 있는 청구법인이 전환사채의 시가보다 전환사채를 싸게 구입하였어야 한다(구별할 점은 콜옵션의 가치는 전환권의 가치와 구별되는 것으로서 향후 전환사채가 주식으로 전환될 때 전환가격이 전환 당시 주식의 시가보다 싸다는 점은 쟁점콜옵션의 가치 산정과 무관하다). 그러나 콜옵션이 없는 상태의 전환사채 평가금액과 콜옵션이 있는 상태의 전환사채 평가금액의 차액이 쟁점콜옵션의 시가라는 J회계법인의 평가방법을 전제로 하더라도 쟁점콜옵션의 기초자산인 전환사채를 청구법인이 시가보다 싸게 매입하였는지에 관해 조사청은 전혀 확인한 바 없다.

상증세법 제60조 제2항에서 규정한 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우를 의미하는바, 2014.6월 C과 특수관계에 있지 아니한 G는 투자계약서에서 C이 조기상환 청구권을 행사하지 않을 경우 사채 원금 및 그에 대한 연 복리 9.5%의 이자를 가산한 금액에서 콜옵션 행사 시점까지 지급한 이자를 공제한 금액을 콜옵션 행사가액으로 약정하였고, 청구법인은 전환사채를 제3자인 G로부터 매입하였는바, 이는 쟁점콜옵션의 무상증여와 별개의 거래로서 전환사채 매입가액(28,469백만원)은 그 자체로 시가에 해당한다. 청구법인이 전환사채를 시가대로 매입하였다면 쟁점콜옵션의 가치는 0이다.

② 만약 위 실제 매입가액을 시가로 보지 않더라도, 시가가 불분명하다고 보아 상증세법상 전환사채에 대한 보충적 평가를 적용할 수 없다. 왜냐하면 앞서 살펴 본바와 같이 C이 발행한 전환사채는 국외재산으로서 상증세법 제58조의3에 의해 보충적 평가 방법을 사용할 수 없기 때문이다.

그렇다면, 홍콩에서 과세 목적으로 쟁점전환사채를 평가한 가액으로 볼 수 있는 홍콩 현지 감정평가기관의 쟁점전환사채에 대한 평가액인 246억원(2016년 말 기준) 또는 260억원(2017년 말 기준, 콜옵션 가치가 8억원이므로 콜옵션 행사 후 전환사채 가치는 260억원)이 쟁점콜옵션의 기초자산인 전환사채의 시가이므로, 청구법인은 시가보다 비싼 284억원에 매입하여 쟁점콜옵션은 비싸진 기초자산을 미리 정해진 낮은 가격으로 살 수 있는 콜옵션 개념에 부합하지 않는 것이다.

2) (쟁점③)  "쟁점전환사채를 주식으로 전환함에 따라 대주주로부터 분여받은 이익을 익금에 산입한 과세처분은 적법하다”는 조사청 주장 중 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2에 관한 해석에 대한 반박

가) 조사청 주장의 요지

구 법인세법 시행령 제11조 제9호에서 인용하고 있는 법인세법 시행령 제88조 제8호의2의 ‘제8호 외의 경우로서 증자ㆍ감자, 합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할, 「상속세 및 증여세법」 제40조 제1항에 따른 전환사채 등에 의한 주식의 전환ㆍ인수ㆍ교환 등 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통하여 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’는 상증세법 제40조 제1항의 요건을 충족하지 않아도 주식의 전환으로 인한 이익의 분여가 발생한 경우 과세 가능하다.

나) 조사청 주장의 위법ㆍ부당성

(1) 조사청 주장은 법인세법 시행령 명문 규정에 반하는 주장이다.

구 법인세법 시행령 제89조 제6항에서는  "제88조제1항제8호 및 제8호의2의 규정에 의하여 특수관계인에게 이익을 분여한 경우 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액의 계산에 관하여는 그 유형에 따라 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3ㆍ제40조ㆍ제42조의2와 같은 법 시행령 제28조제3항부터 제7항까지, 제29조제2항, 제29조의2제1항ㆍ제2항, 제29조의3제1항, 제30조제5항 및 제32조의2의 규정을 준용한다. 이 경우  "대주주” 및  "특수관계인”은 이 영에 의한  "특수관계인”으로 보고,  "이익” 및  "대통령령으로 정하는 이익”은  "특수관계인에게 분여한 이익”으로 본다. 고 규정하고 있다.

처분청 주장대로 단순히 상증세법 제40조 제1항에 따른 전환사채 등만 상증세법이 적용된다면 분여되는 이익에 관하여 구 법인세법 시행령 제89조 제6항에서 그 유형에 따라 상증세법 제40조를 준용한다고 규정할 필요가 없고, 법인세법 익금의 개념에 따라 익금 산입액을 정하면 되었을 것이다.

처분청 주장과 달리 법인세법 스스로 명문 규정을 통해 구 법인세법 제88조 제1항 제8호의2에서 인용하고 있는 상증세법 제40조 제1항에 따른 전환사채 등에 의한 주식의 전환은 상증세법상 요건을 충족함을 전제로 적용됨을 잘 보여주고 있는 것이다.

(2) 조사청의 논리로 과세한 사안에서 조세심판원의 선결정례도 구 법인세법 시행령 제11조 제9호에서 인용하고 있는 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2를 해석하고 있는바, 조사청 주장은 향후 조세심판원 등 행정심판에서 배척될 가능성이 매우 높다.

① 조세심판원 2020. 11. 9. 조심2018서0387 결정

 "「법인세법 시행령」제11조 제9호 및 「법인세법 시행령」제88조 제1항 제8호의2에 따른 자본거래 부분은 변칙적 자본거래를 통해 분여받은 이익을 과세하기 위해 2009년 2월경 개정된 것으로 그 과세논리가 「상속세 및 증여세법」(이하  "상증세법”이라 한다) 제40조와 동일해 보이고, 실제 청구법인과 같은 방법으로 쟁점신주인수권부사채를 취득한 OOO신주인수권부사채 전환이익(시가-전환가액)에 대하여 상증세법 제40조에 따라 증여세를 신고ㆍ납부하였는바, 청구법인이 얻은 이익 역시 OOO얻은 이익과 성격이 유사한 점을 감안하면 이 건 과세도 OOO대한 증여세와 같은 논리로 타당해 보이는 점, 신주인수권부사채를 포함한 전환사채 등의 전환이익 과세여부 판정시점은 전환시점(행사시)라고 보아야 하는 점(조심 2015서1851, 2017.6.13. 조세심판관합동회의 같은 뜻임), 신주인수권부사채를 통한 분여받은 이익 계산은 신주인수권부사채가 아닌 청구법인이 전환하여 취득한 OOO상장주식을 기준으로 판단하여야 하는데,「법인세법 시행령」제89조 제2항 및 제6항에 따르면 상장주식은 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 평가하도록 규정하고 있고, 상증세법상 상장주식은 평가기준일 전후 2개월 간의 최종 시세가액의 평균액으로 평가하도록 규정하고 있으므로 처분청의 시가계산 및 분여받은 이익 계산에 잘못이 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.”

② 조세심판원 2021. 8. 9. 조심2021중1492 결정

 "쟁점근거규정1)은 ‘증자ㆍ감자, 합병ㆍ분할 등 법인의 자본을 증가시키는 거래를 통하여 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’를 부당행위계산부인 대상으로 규정하고 있을 뿐, 달리 ‘제3자 배정방식 증자’를 적용대상에서 제외하고 있지 아니하고, 「법인세법 시행령」제89조 제6항은 쟁점근거규정에 따라 특수관계인에게 이익을 분여한 경우 그 익금에 산입할 금액의 계산에 있어 상증법 제39조 규정을 준용하도록 하고 있는데 위 규정 역시 ‘증자에 있어서 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기하는 경우"뿐만 아니라 ‘해당 법인의 주주 등이 아닌 자가 해당 법인으로부터 신주를 직접 배정받아 인수하는 경우", 즉 제3자 배정방식 증자에 대해서도 증여세 과세대상으로 삼고 있는 점 등에 비추어 쟁점유상증자에 대하여 쟁점근거규정을 적용한 이 건 처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.”

③ 조세심판원 2023. 7. 25. 조심 2022서7295 결정

 "「법인세법 시행령」 제88조 제1항 제8호의2에 따른 부당행위계산부인 규정 및 같은 영 제11조 제8호 규정은 상증세법 제40조를 준용하여 특수관계 있는 다른 법인 주주로부터 분여받은 이익을 익금에 산입하라는 것이므로,  "분여받은 이익”이라는 것은 증여받았다고 인정되는 금액이며, 이는 「법인세법」상 순자산을 증가시키는 수익으로 볼 수 있다.「법인세법」상 부당행위계산의 부인 규정은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 적용되는 것이고, 이러한 원칙에 따라 상증세법 제40조 제1항 제2호 나목의  "전환사채 등을 발행한 법인의 최대주주나 그의 특수관계인인 주주가 그 법인으로부터 전환사채 등을 그 소유주식 수에 비례하여 균등한 조건으로 배정받을 수 있는 수를 초과하여 인수 등을 한 경우로서 전환사채 등에 의하여 교부받았거나 교부받을 주식의 가액이 전환가액등을 초과함으로써 얻은 이익”이라는 것은 청구법인이 교부받아야 할 주식을 초과함으로써 얻은 이익을 말한다. (나) 청구법인이 자본거래에서 다른 특수관계 주주인 DDD의 자기지분에 해당하는 전환사채 인수를 포기한 부분에 상당하는 이익으로만 국한하거나 「법인세법 시행령」 제88조 제1항 제8호와 같이 자본거래로 주주 등인 법인이 특수관계인인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우처럼 주주간 분여 이익을 계산하는 방식을 적용하여 청구법인의 이익으로 계산해야 한다고 하는 것은 법률을 유추해석 또는 확대해석한 것으로 이는 부당하다.”

(3) 상증세법상 증여세 포괄주의 규정의 적용 한계를 명확히 설정하고 있는 대법원 판례에 비춰 보아도 조사청 주장은 부당하다.

① 구 상증세법 제40조 제1항이 적용되지 않는 사안에 대해 구 상증세법 제4조, 이른바 증여세 포괄주의 규정을 근거로 개인에 대한 증여세 과세가 가능한지가 문제된 대법원 2024. 4. 12. 선고 2020두53224 판결에서 대법원은  "구 상속세 및 증여세법(2016. 12. 20. 법률 제14388호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법’이라 한다) 제40조 제1항은  "전환사채, 신주인수권부사채(신주인수권증권이 분리된 경우에는 신주인수권증권을 말한다) 또는 그 밖의 주식으로 전환ㆍ교환하거나, 주식을 인수할 수 있는 권리가 부여된 사채(이하 ‘전환사채 등’이라고 한다)를 인수ㆍ취득ㆍ양도하거나, 전환사채 등에 의하여 주식으로 전환ㆍ교환 또는 주식의 인수(이하 ‘주식전환 등’이라고 한다)를 함으로써 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 이익을 얻은 경우에는 그 이익에 상당하는 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다.”라고 규정하고 있고, 제2호 (다)목은 ‘전환사채 등을 발행한 법인의 최대주주의 특수관계인(그 법인의 주주는 제외한다)이 그 법인으로부터 전환사채 등을 인수ㆍ취득한 경우로서, 전환사채 등에 의하여 주식전환 등을 함으로써 교부받았거나 교부받을 주식의 가액이 전환가액 등을 초과함으로써 얻은 이익’을 증여세 과세대상으로 규정하고 있다. 즉, 구 상증세법 제40조 제1항 제2호 (다)목은 전환사채 등의 주식전환 등에 따른 모든 이익을 증여세 과세대상으로 규율한 것이 아니라, 전환사채 등을 인수ㆍ취득한 자가 발행 법인 최대주주의 특수관계인으로서 발행 법인의 주주가 아닐 것을 요구하는 등 과세대상과 과세범위를 한정함으로써 증여세 과세의 범위와 한계를 설정한 것으로 보아야 한다. 증여세 완전포괄주의 관련 법령의 문언, 체계, 개정 경과, 입법 취지 및 개별 가액산정규정이 설정한 증여세 과세의 범위와 한계에 따라 증여세 과세대상에서 제외된 거래ㆍ행위에 대하여 구 상속세 및 증여세법(2016. 12. 20. 법률 제14388호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법’이라 한다) 제4조 제1항 제6호를 근거로 증여세를 과세할 경우 납세자의 예측가능성과 법적 안정성을 현저히 침해하게 되는 점 등을 종합하여 보면, 구 상증세법 제4조 제1항 제6호는 새로운 금융기법이나 자본거래 등의 방법으로 부를 무상이전하는 변칙적인 증여에 대처하기 위하여 그 거래ㆍ행위의 경제적 실질이 개별 가액산정규정과 유사한 경우 개별 가액산정규정을 준용하여 증여세를 부과하기 위한 규정이라고 봄이 상당하고, 개별 가액산정규정이 설정한 증여세 과세의 범위와 한계에 들어맞지 않아 증여세 과세대상에서 제외되는 거래ㆍ행위도 특별히 과세대상으로 삼기 위한 별도의 규정으로 볼 수는 없다.”고 판시한바 있다.

구 법인세법 시행령 제11조 제9호, 제88조 제1항 제8호의2를 근거로 구 상증세법 제40조 제1항에 따른 전환사채 등에 의한 주식의 전환을 그 거래 경위와 관계 없이 포괄적으로 과세가 가능하다고 한다면, 개인에 대한 증여세를 과세할 수 없는 경우에도 그 이익을 분여받은 상대방이 법인이라는 이유만으로 과세되어 조세평등주의에 반하는 결과가 초래된다.

1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정된 법인세법 시행령이 1999. 1. 1. 시행되기 이전에는, 개인인 주주가 불균등증자 등으로 인하여 특수관계자로부터 이익을 분여받은 경우에는 상속세 및 증여세법의 증여의제 규정에 의하여 증여세를 부담하였던 반면, 법인인 주주가 특수관계자로부터 이익을 분여받은 경우에는 법인세법에 명문규정이 없는 관계로, 과세관청이 불균등증자 등으로 인하여 발생하는 자본수증이익이 있을 때 수증자인 법인인 주주에게 그 이익이 발생한 사업연도에 법인세를 부과하지 못하다가 당해 법인인 주주가 소유하고 있던 주식을 처분한 때에 주식양도차익의 형태로 법인세를 과세하였던 것을, 1999. 1. 1. 시행된 구 법인세법 시행령 제11조 제9호에서 해당 사업연도의 익금으로 산입하여 법인세의 과세대상으로 변경하였고, 2008. 2. 22. 대통령령 제20619호로 개정된 구 법인세법 시행령 제11조 제9호에 의하여 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호에서 규정한 불공정 합병, 불균등 증자 또는 감자 외의 경우에서 경제적 이익이 발생한 경우에도 해당 사업연도 법인소득금액 계산상 익금산입하여 법인세를 과세하는 제도로 확대하여 법인과 특수관계에 있는 자 와의 거래가 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되어 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 보일 때 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기한다는 위 제도의 취지(대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두7268 판결 참고)였다는 위 규정의 입법 연혁을 살펴보더라도 증여세가 과세되지 않는 사안에 대해 법인세를 과세하는 것은 합리적이지 않다.

② 조사청이 제시한 대법원 2024. 6. 13. 선고 2023두39809 판결은 이익을 분여한 주체가 법인 주주인지 개인 주주인지가 문제된 사안에 대해  "구 법인세법 시행령 제11조 제9호는 일정한 유형의 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익을 법인세 과세대상으로 포착하여 과세하는 규정으로, 이익 분여자가 법인 주주인지 개인 주주인지에 따라 과세 여부가 달라진다고 보기 어렵다.”고 판시한 것으로서 처분청 주장을 뒷받침하는 대법원 판례가 아니라 오히려 청구법인 주장에 부합하는 판례이며, 대법원 2023. 10. 26. 선고 2022두51567 판결은 증여세 포괄주의 규정인 구 상증세법 제42조 제1항 제3호는 구 상증세법 제40조 제1항과 마찬가지로 구 상증세법 제2조 제3항에서 증여세 과세대상으로 포괄적으로 정의한 증여에 관한 가액산정규정 중 하나로서 그 법 조문 자체에서 구 상증세법 제40조 제1항의 과세요건을 충족하지 않는 경우에 적용되는 규정으로서 구 상증세법 제42조 제1항 제3호의 과세요건을 충족하면 위 조항에 의하여 증여재산가액을 산정하여 증여세를 과세할 수 있다고 봄이 타당하다는 판결로서 법인세법 시행령 제11조 제9호, 제88조 제1항 제8호의2에 관한 판결이 아니어서 역시 처분청 주장을 뒷받침하는 판결이 아니다. 특히 대법원 2023. 10. 26. 선고 2022두51567 판결의 대상이 된 구 상증세법 제42조 제1항 제3호는 2015년 상증세법 개정 이전의 조문에 관한 것으로서 삭제된 동 규정의 해석이 증여세 포괄주의 관련 규정들이 대폭 개정되어 상증세법 개별 열거조항의 요건을 충족하지 못하는 경우 증여세 포괄주의 규정을 적용할 수 없다는 대법원 판례가 확립된 2016년 이후 사안에 대해 적용될 합리적인 근거도 없다.

3. 조사청 의견

가. 기초 사실관계

1) 청구법인의 일반현황

청구법인은 2009.12.31. ㈜D의 창업주(故H)의 2세인 B이 100% 출자하여 설립한 법인으로, 이사회 구성원은 이사 B 1인이며 본점은 홍콩에 소재하고 있다.

B이 제출한 해외현지법인명세서 상 청구법인의 업종은 연구개발 서비스업으로 기재되어 있으나, 신고 수입금액은 C 외 다수의 자회사를 지배하여 발생하는 배당수입금액 및 관련 수익만으로 구성되어 있다.

2) 관련법인의 일반현황

C은 B 등 ㈜D의 사주 2세들이 2007년 7월 홍콩에 설립한 회사로 액상분유, 산후조리원 관련사업 등을 영위하면서 중국법인 K 외 다수의 자회사를 지배하고 있다.

C의 2014년경부터 지분은 B 33.5%, E 25.2%, F 25.2%, G 16.1%로 구성되어 있었는데, 청구법인이 2017년 G로부터 C 발행 쟁점전환사채 및 전환상환우선주를 인수하여 2018년 주식으로 전환한 이후에는 B 26.6%, E 19.9%, F 19.9%, 청구법인 33.6%로 지분구조가 변경되었다.

표





3) C 쟁점전환사채 발행

C은 2014.6.25. 재무적투자자 G로부터 500억원을 투자받기 위해 쟁점전환사채 250억원 및 전환상환우선주 250억원을 발행하였는데, 쟁점전환사채는 조기에 상환할 수 있고 회사가 조기상환권을 미행사하는 경우 대주주(B, E, F) 또는 대주주가 지정하는 자가 미행사한 사채를 행사가액과 동일한 가액으로 매수할 수 있는 조건이 설정되어 있었다.

표



4) 청구법인의 쟁점전환사채 등 취득

C은 쟁점전환사채 조기상환 가능기간이 도래하였음에도 조기상환권을 행사하지 아니하였고, C의 대주주들은 청구법인을 쟁점전환사채의 ‘매수권 행사자(쟁점콜옵션 행사자)’로 지정한다는 사실을 기존 사채권자인 G에 문서로 통지하였다.

표

이렇게 C의 대주주로부터 쟁점전환사채의 ‘매수권 행사자’로 지정된 청구법인은 2017.9.19.～2018.7.13. G로부터 아래와 같이 쟁점전환사채 및 전환상환우선주를 취득하였는데, 쟁점전환사채의 취득자금은 전액 B으로부터 차입하여 지급한 것이었다.

표

이후 청구법인은 매수권을 행사하여 취득한 쟁점전환사채 및 전환상환우선주를 2018.11.29. 주식으로 전환하였다.

<쟁점전환사채 및 전환상환우선주 주식전환 내역>



* C의 당기순이익에 따라 리픽싱에 의하여 전환가격 및 전환비율 조정

<상환우선주 리픽싱에 따른 전환비율 조건>



<전환사채 리픽싱에 따른 전환비율 조건>



5) 청구법인의 주요 사업내용

청구법인은 L& C 그룹의 사실상 지주회사로서 의약품 및 분유사업 관련 연구ㆍ개발 등의 목적으로 계열사를 설립하고 자금을 투자하는 등의 투자개발업을 주로 하고 있으며, 연도별 손익내역을 요약하면 아래와 같다.

<청구법인이 제출한 연도별 손익계산서 요약>



L& C 그룹의 주요 수입원은 중국에서 의약품 도매업을 영위하는 K1)으로부터 수취하는 배당금이며, K의 2023년 매출액은 3,653억원, 당기순이익은 320억원 수준이다.

6) 청구법인 사업장 및 직원 현황

청구법인은 별도의 물적ㆍ인적 자원이 없는 사실상 페이퍼컴퍼니로 그룹 계열사의 자원을 이용하여 사업을 운영하고 있으며, 국내에서는 계열사 C코리아컴퍼니㈜ 소속 법무지원팀 직원이 청구법인을 포함한 그룹사 업무를 수행하고, 홍콩에서는 C 소속 직원이 C의 영업활동을 수행하며 청구법인의 자금집행과 관련한 업무를 수행하였다.

가) 국내사업장

청구법인의 국내사업장은 서울시 M구 P동 N타워 15층에 소재하고 있으며, C의 국내 계열사 C코리아컴퍼니㈜와 동일한 사업장을 사용하고 있다.

나) 홍콩사업장

청구법인의 홍콩사업장은 V에 소재한 C의 사무실을 공동으로 사용하고 있으며 청구법인의 2017～2019년 해외현지법인 재무상황표(요약 손익계산서)상 인건비 및 사무실 임차료 지출은 없는 것으로 나타난다.

7) 쟁점콜옵션 평가

세무조사 기간 중 조사청은 회계법인에 2017.8.31. 기준 쟁점전환사채에 대한 공정가치 평가를 의뢰하였고, 의뢰받은 회계법인은  "이항모형”으로 그 가치를 평가하였는데, 평가내역에는 쟁점콜옵션의 가치가 포함되어 있다.



(이 면 이하 여백)



<쟁점콜옵션 가치평가 결과>



* 평가기관 : J회계법인

나. 처분의 정당성 및 청구주장 반박

1)(쟁점①) 청구법인은 사업의 실질적 관리장소를 국내에 두고 있는 내국법인이므로 국내ㆍ 외 원천소득에 대해 납세의무가 있다.

가)내국법인과 외국법인

내국법인이란 본점, 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소가 국내에 있는 법인을 말하고 외국법인은 본점 또는 주사무소가 외국에 있는 단체로서 사업의 실질적 관리장소가 국내에 있지 아니한 것(구 법인세법 제1조)을 말하며, 외국법인은 내국법인과 달리 원칙적으로 국내원천소득에 대하여만 법인세를 납부할 의무가 있다(구 법인세법 제2조제1항).

나) 사업의 실질적 관리장소의 의미

내국법인과 외국법인을 구분하는 기준의 하나인 ‘사업의 실질적 관리장소’에 대하여 법원은 ‘법인의 사업 수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이 실제로 이루어지는 장소’를 뜻하고 법인의 사업수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이란 법인의 장기적인 경영전략, 기본 정책, 기업재무와 투자, 주요 재산의 관리ㆍ처분, 핵심적인 소득창출 활동 등을 결정하고 관리하는 것을 말하는 것(대법원 2016.1.14. 선고 2014두8896 판결 참조)이라고 판시하였다.

다) ‘사업의 실질적 관리장소’의 판단기준

‘법인의 사업 수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이 실제로 이루어지는 장소’를 판단하기 위해서는 ①이사회 또는 그에 상당하는 의사결정기관의 회의가 통상 개최되는 장소 ②최고경영자 및 다른 중요 임원들이 통상 업무를 수행하는 장소 ③고위관리자의 일상적 관리가 수행되는 장소 등 구체적인 사정을 종합하여 판단하되, 설립 경위와 조세회피 의도 등 설립 목적, 회계기록이 보관되는 장소 등도 추가적으로 고려할 수 있다(대법원 2021.2.25. 선고 2017두237 판결, 대법원 2016.1.14. 선고 2014두8896 판결 참조).

라) 청구법인의 ‘사업의 실질적 관리장소’

(1) 최고경영자 B은 연평균 296일 국내에 체류하면서 단독으로 중요한 의사결정을 하였다.

청구법인은 B이 지분 100%를 보유ㆍ 지배하는 법인으로, 설립시점부터 2023년까지 계속하여 이사회 단독구성원으로서 중요한 의사결정을 한 최고경영자이다.

청구법인과 같이 최고경영자 1인이 단독으로 법인의 실질적 의사결정을 한 경우에는 그 최고경영자가 의사결정을 한 장소가 실질적 관리장소의 중요한 판단기준이 되는 것(서울고등법원 2017.2.7. 선고 2014누 3381판결 참조)이며, 최고경영자가 국내에 통상적으로 체류한 이상 국외에서 의사결정이 이루어졌다는 특별한 사정이 없는 한 최고경영자의 체류국가가 곧 의사결정이 이루어진 국가로 볼 수 있는데

청구법인의 최고경영자 B은 2010년～2023년 연평균 국내 체류일수가 약 263일에 달하는 것으로 확인되므로, B이 통상적으로 업무를 수행한 장소는 국내이다.

청구법인은 B이 부친 故H가 위중하였던 특수한 상황으로 인해2017년부터 국내에 체류할 수밖에 없었다고 주장하고 있으나, B은 2010.7.5.부터 2013.3.15.까지 故H와 N그룹의 지주사인 S㈜의 공동 대표이사로, 2013.3.13.부터 2022.3.24.까지는 단독으로 대표이사를 역임하였으며, 이에 따라 2017년부터가 아닌 지주사의 단독 대표이사가 된 2013년부터 국내 체류일수가 증가한 것이므로 청구법인의 주장은 사실과 다르다.

또한, 청구법인의 국내사업장이 위치한 서울 M구 P동 N타워의 사무실 전화번호를 안내하는 문서를 보면, N타워 건물 안에 업무를 수행하는 장소가 있었음을 알 수 있다.

따라서 B이 국내에서 계속 체류한 것은 단순히 부친의 간호 목적이 아닌 N그룹 지주사의 대표이사로서의 업무를 수행하기 위한 것이며, N타워 15층에 청구법인의 사무실을 설치한 이유도 청구법인의 중요한 업무를 국내에서 원활히 지시하기 위한 것으로 최고경영자 B이 통상적으로 업무를 수행한 장소는 국내로 보아야 한다.

(2) 최고경영자 B을 보좌하는 중요 임원 O 법무총괄도 통상적으로 국내에서 업무를 수행하였다.

청구법인의 이사로서 이사회 단독 구성원인 B은 정관에 따라 2020.1월에 O를 청구법인의 CEO로 임명하였고, 이에 조사청은 중요 임원 O에게 청구법인의 중요한 의사결정 과정 및 본인의 역할 등에 대해 서면으로 질문조사를 하였는데 O는 본인을 지주사의 대표로서 최대주주인 B의 의사결정을 위한 보고와 논의까지 하는 핵심적인 임원이라고 답변하였다.

O는 2016년도에 입사하여 그룹의 법무총괄업무를 수행하던 중 2020년부터는 청구법인의 CEO를 겸임하며 청구법인의 자금계획, 전환사채인수ㆍ 출자전환, 연간계획, 합병, 관계사 지분인수 등 장기적 경영전략 및 투자, 핵심적 소득창출에 관한 업무를 총괄하면서 청구법인의 국내사업장인 N타워 15층에 주재하는 법인지원실(구 기획조정실) 소속 직원들에게도 청구법인의 업무를 지시하고 수행하도록 한 것으로 확인된다.

조사기간 중 일시보관으로 청구법인에서 확보한 내부서류 중 O가 작성한 주요업무 성과보고서, 업무계획 서류 및 이사회 결정을 위해 작성한 결재서류 등을 통해 O가 청구법인의 중요한 업무를 수행하였음을 확인할 수 있다.

이와 같이 청구법인의 중요 핵심임원인 O는 2017년부터 2023년까지 연평균 353일간 국내에 체류한 것이 확인되므로, 청구법인의 주요 임원이 통상적으로 업무를 수행하는 장소는 국내임을 알 수 있다.

(3) 사업상 중요한 의사결정이 국내에서 이루어졌다.

청구법인은 2017～2023사업연도 수입금액 100%가 자회사로부터 발생하는 배당수입인 사실상의 지주회사이므로, 투자와 관련한 의사결정이 ‘중요하고 본질적인 사업상 의사결정’에 해당하며 투자금의 집행이 ‘주요 사업활동’에 해당한다.

청구법인의 2017년 자산총액 대비 51.1%2)에 달하는 쟁점전환사채를 취득하는 계약체결 시점 최고 의사결정권자 B과 투자금 집행을 통제하는 주요 임원 O는 국내에 체류하고 있어 청구법인의 사업상 중요한 의사결정이 국내에서 이루어졌음을 알 수 있다.

또한, 쟁점전환사채 매매계약서에 기재된 통지를 받은 직원은 청구법인의 국내사업장에서 근무하고 있는 직원으로 수신된 팩스번호는 국내 번호로 확인되고, 계약체결을 위해 회계법인의 자문에 따라 진행하는 중요한 업무 역시 국내 직원이 수행한 것으로 보아, 쟁점전환사채 인수와 관련된 업무는 모두 국내에서 이루어진 것이 확인된다.

쟁점전환사채 매매계약 이외에도 다른 중요한 계약체결을 위한 업무 역시 청구법인의 국내사업장에서 수행하고 있음을 다음과 같이 관련 직원들의 이메일, 업무보고서 등을 통해 충분히 확인할 수 있다.

(4) 청구법인의 이사회는 통상적으로 국내에서 개최되었다.

청구법인의 前 법무총괄이자 L그룹의 CEO인 O로부터 이사회 개최 및 절차에 대해 확인한 바, 청구법인의 내부규정상 이사회는 서면으로 진행이 가능하여 실제 대부분 서면으로 진행된 것으로 확인되었다.

서면으로 진행된 이사회는 단독 구성원인 B만 참여하여 결정하였으며, 이사회 개최를 위한 중요 서류는 O 이사가 작성하였는데, O가 의사결정과 관련된 서류와 결정에 참고할 검토서를 작성하여 보고하면 B이 서명하는 형식으로 진행하였다.

청구법인이 2017～2023년 기간 동안 총 86회의 이사회를 개최하는 동안 이사회의 단독 구성원인 B이 홍콩에 체류한 것은 단 3회에 불과하다.

또한, 재무제표와 감사보고서 제출을 승인하는 정기 주주총회의 경우 2018～2023년 기간 동안 계속하여 B의 주거지인 서울 W에서 개최된 사실이 있다.

(5) 사업수행에 필요한 중요한 관리업무를 국내에서 수행하였다.

대법원은 ‘사업의 실질적 관리장소’를 판단하는 기준에서 법인의 사업수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이란 법인의 ‘장기적인 경영전략, 기본 정책, 기업재무와 투자, 주요 재산의 관리ㆍ처분, 핵심적인 소득창출 활동’ 등을 결정하고 관리하는 것을 말하는 것(대법원 2016.1.14. 선고 2014두8896 판결 참조)이라고 판시하였다.

또한, 앞서 살펴본 바와 같이 청구법인은 사실상 최고경영자 B 1인이 단독으로 의사결정을 하였는데, 최고경영자의 중요한 관리 및 상업적 의사결정이 일어난 장소는 그러한 결정을 보좌하는 인력이 있는 곳이 중요한 기준이 된다(서울고등법원 2017. 2. 7. 선고 2014누3381 판결 참조).

따라서 다음의 사정을 종합해 보면, B을 보좌하는 업무를 수행하는 법인지원실이 소재하는 국내사업장에서 중요한 관리가 이루어진 사실을 알 수 있다.

㈎ 장기적인 사업전략의 수립

청구법인은 국내ㆍ 외 자회사의 배당수입을 주요 수입원으로 하는 법인으로서 중요한 상업적 의사결정은 그룹내 계열사들 전반에 대한 사항을 포함하는 것이고, 국내사업장인 N타워 15층 법인지원실(구 기획조정실)에서 청구법인을 포함한 그룹사 전체의 중장기 사업계획을 수립하고 구조조정안 등을 작성하였다.

㈏ 기본정책 수립ㆍ 결정

법인지원실은 B의 위임을 받아 청구법인을 포함한 각 계열사들의 내부규정 및 직무권한규정 등을 정함으로써 그룹사 내 기본정책을 수립하였고 인사발령 ㆍ 근무평가 업무를 수행한 사실이 있다.

㈐ 재무관리 및 투자업무

법인지원실은 L& C 그룹사의 자금소요 계획 및 사업실적을 집계하여 최고경영자 B에게 보고함으로써 기업의 재무관리와 투자를 위한 의사결정을 보좌하는 역할을 수행하였다.

㈑ 주요 재산의 관리 및 핵심적인 소득창출 활동

법인지원실은 각 계열사의 주요 연구개발 실적 및 유ㆍ 무형자산 현황을 파악하고 배당금 지급을 관리하는 등 B을 보좌하여 L& C그룹의 핵심적인 소득창출 활동을 총괄적으로 수행하였다.

마) 청구주장에 대한 반박

(1) 조세회피 목적의 유무에 따라 사업의 실질적 관리장소를 판단할 수 없다.

청구법인은 외국법인의 국제거래에 대해 법인세법에 우선하여 적용하는 「구 국제조세조정에 관한 법률」 제18조 제2항에 따르면 내국법인과 외국법인의 구분은 원칙적으로 본점 또는 주사무소의 소재지가 어디인지에 따라야 하며 같은 법 제17조 제1항3) 등 예외적인 경우에 한해 사업의 실질적 관리장소를 기준으로 내국법인 여부를 판단할 수 있는데, 청구법인은 조세회피를 목적으로 설립한 것이 아니므로 홍콩에 본점을 두고 있는 청구법인을 내국법인 의제할 수 없다는 주장이다.

그러나, 사업의 실질적 관리장소의 위헌 여부에 대해 헌법재판소는,  "심판대상 조항은 조세회피목적이 인정되는 경우에 한하여 적용되도록 하는 완화규정을 두고 있지 않으므로 지나치게 가혹한 것이 아닌가 하는 의문이 제기될 수 있다. 그러나 심판대상 조항의 입법취지는 단지 실질적 관리 장소를 이용한 조세회피방지에만 있는 것이 아니라, 외국 소재의 본점이 명의상인 것에 불과하고 주된 활동의 본거지가 국내에 있는 경우에도 본점소재지주의에 집착하게 되면 그 실질적 활동장소가 내국법인의 그것과 다르지 않은데도 내국법인과 달리 취급되는 불합리한 결과가 생길 수 있으므로 이를 방지하여 우리나라의 과세기반을 확대하기 위한 것이다. …(중략)…국제조세조정에 관한 법률 제17조 제1항은 조세피난처를 이용하여 조세를 회피하는 것을 방지하고자 하는 데에 입법취지가 있고, 그 적용대상자와 과세요건은 위 법률에 규정된 내용에 따라야 하므로 법인세법상 내국법인의 결정기준 및 과세요건과는 다르다”라고 판시(헌법재판소 2020. 2. 27. 선고 2017헌바159 결정 참조)하여, 내ㆍ 외국법인의 판단기준인 「구 법인세법」 제1조는 조세회피 목적에서 비롯된 경우에 한정하는 것이 아니며 「국제조세조정에 관한 법률」 과 요건 및 효과가 상이함을 명확히 하였다.

또한, 대법원은  "「구 법인세법」 제1조에서 ‘실질적 관리장소’를 둔  "목적”이 조세를 회피하기 위한 것일 때에만 내국법인으로 볼 수 있다고 규정하지 않은 이상, ‘실질적 관리장소’를 판단함에 있어 조세회피 목적이 있을 것이 요구되는 것으로는 볼 수 없다(대법원 2022.1.27. 선고 2021두52471 판결 참조)”라고 판시함으로써 이러한 내용을 다시 한번 확인하였다.

따라서 조세회피 목적이 있는 경우에 한해 실질적 관리장소를 기준으로 내국법인 여부를 판단해야 한다는 청구법인의 주장은 타당하지 않을 뿐만 아니라, 청구법인의 주된 활동의 본거지가 국내임에도 본점을 홍콩에 설립함으로써 실제로 국내에서의 조세를 회피하는 결과가 초래된 사실은 부인할 수 없다.

(2) 청구법인의 전체적인 사업활동의 기본계획은 국내에서 이루어져 단기간의 집행행위만을 수행한 것으로 볼 수 없다.

청구법인은 실질적 관리장소를 외국에 두고 있던 법인이 국외에서 전체적인 사업활동의 기본적 계획을 수립ㆍ 결정하고 국내에서 단기간 사업활동의 세부적 집행행위만을 수행하였다면 실질적 관리장소를 국내로 이전하였다고 볼 수 없는 것(대법원 2016.1.14. 선고 2014두8896 판결 참조)이며, B이 2020년 8월 사망한 부친의 병간호 및 경영권 승계 등으로 인해 국내에 체류할 수밖에 없었던 사정을 감안하여야 한다는 주장이다.

그러나, 앞에서도 설명한 것처럼 B은 2013년 S㈜의 단독 대표이사로 부임한 이후 주로 국내에서 체류한 것이 확인되므로 부친의 병간호를 위해 2017년부터 부득이하게 국내에서 체류하였다는 청구주장은 사실과 달라 설득력이 없을 뿐만 아니라, ‘실질적 관리장소’의 구분기준인 사업수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이 국내가 아닌 홍콩에서 이루어졌다는 객관적인 근거를 제시하지 못하고 있다.

오히려 조사결과 사업활동의 기본적 계획은 국내에서 최고경영자 B 1인과 그를 보좌하는 법인지원실을 통하여 수립ㆍ 결정된 것으로 확인되는 반면, 홍콩에서는 부수적 집행행위만 일어난 것으로 보이고, B이 2017～2023년 연평균 296일간 국내에 체류하며 사업상 중요한 의사결정을 한 것을 두고 ‘단기간 국내에 체류하며 사업활동의 세부적 집행행위만을 수행하였다고 주장하는 것은 납득할 수 없다.

청구법인이 작성한 2023.1.17. 기준 연도별 투자현황을 보면 설립시 부터 2016년까지의 청구법인의 투자금액은 2,666백만원에 불과하나 2017년부터 청구법인의 경영에 막대한 영향을 미칠 정도로 투자규모가 확대되었으며, 청구법인이 2020년 작성한 회사 소개서를 보면 ‘자회사 투자를 활용하여 사업기반을 구축 중’이라고 한 것을 볼 때, 2017년부터 본격적으로 사업계획을 수립하고 있어 국내에서 단기간 사업활동의 세부적인 집행행위만을 수행했다고 볼 수 없다.

(3) 청구법인의 홍콩사업장 임직원들은 사업상 중요한 관리업무가 아닌 부수적 집행행위만 수행하였다.

청구법인은 ①그룹 계열사 전반에 대한 인사, 자금관리 업무, 지배구조 설계, 신규계열사 설립 등 업무가 홍콩 현지 임직원에 의해 수행되었고 ②투자 관련 자금집행이 글로벌 ‘자금집행 공유시스템’을 통해 수행되어 청구법인의 사업의 실질적 관리장소가 국내에 있는 것으로 볼 수 없다는 주장이나 이는 조사청이 확인한 사실과 달라 받아들일 수 없다.

㈎ 홍콩 현지 임직원의 역할 및 소속

청구법인의 홍콩사업장은 그룹사의 사무실일 뿐 청구법인이 독자적으로 사용하는 물적자원이라 보기 어렵고 홍콩사업장에 주재하는 직원들 또한 C 소속 직원들로 청구법인의 인적자원이라 볼 수 없으며, 해당 직원들은 청구법인의 CEO인 O의 관리하에 국내 의사결정권자의 결정에 따라 부수적인 집행행위만을 수행한 것으로 확인되었다.

조사청은 홍콩사업장의 설치 여부와 홍콩사업장 직원이 수행하는 역할, 중요한 서류 보관 여부를 확인하기 위해 조사기간 중인 2025.3.13. 청구법인의 홍콩사업장을 방문하여 현장확인을 실시하였다.

홍콩사업장 소속 직원은 모두 홍콩현지인 3명으로, COO 1명과 재무팀 직원 2명만 근무하고 있고 별도의 영업활동을 수행하는 직원은 없었다.

COO에게 홍콩사업장 비용 지출시 작성한 서류에 최종승인권자에 O가 서명한 문서와 인사고과평가와 관련한 서류를 제시하며 홍콩 소속 직원의 관리자가 국내에 있는 그룹사 CEO인지 확인한 바, CEO O가 최종 관리자임을 확인하였다.

CEO O에게도 홍콩사업장 운영에 대해 O가 관리자로서 업무를 지시하고 보고를 받는 위치에 있는지 확인하는 질문에 대해 본인이 관리자가 맞다고 답변하였으며, 청구법인에서 확보한 그룹의 조직도를 보면 홍콩 현지 직원도 O의 관리 하에 업무를 수행하고 있는 것으로 확인된다.

이와 같은 사실을 보면 청구법인의 주장과 달리 홍콩사업장은 청구법인의 업무에 대해서는 별도의 사업장이 아닌 국내 법인지원실에 소속된 하나의 부서로 보는 것이 타당하다.

㈏ 자금집행 공유시스템

청구법인이 글로벌 의사결정의 근거로 제시한 ‘자금집행상황 공유시스템’은 세부적 자금집행과 관련된 내역일 뿐 청구법인의 사업수행에 필요한 중요한 상업적 결정이 국외에서 이루어졌다는 점을 입증할 만한 중요한 자료로 볼 수 없다.

청구법인의 주장과 달리 전체 그룹의 계열사가 모두 해당 시스템을 사용한 것은 2020년 6월경 부터이며 청구법인의 중요한 의사결정을 위해 만든 것이 아닌 계열사의 자금결제 내용을 확인하고재무분석을위해 만든 시스템이다.

청구법인은 이 시스템을 관리한 것은 홍콩 본사 직원이며 L그룹의 독창적 시스템이라고 주장하지만 이는 ㈜S의 중국 현지법인 ‘U’가 운영하는 시스템이다.

(4) 청구법인의 중요 기록물은 국내에서 생산되었다.

청구법인은 이사회 회의록, 주주총회 의사록, 경영관련 서류 등 원본이 모두 홍콩에서 작성ㆍ 보관되어 왔고 세무보고도 홍콩에서 수행하였으므로 중요한 의사결정이 홍콩에서 이루어진 것으로 볼 수 있다는 주장이다.

그러나 국내사업장 법인지원실 직원 PC에는 중요업무 수행을 위해 작성된 수많은 문서가 보관중인 것이 확인되었는데, 특히 법인지원실 직원들이 공용으로 사용하는 ‘OneDrive- L LIMITED> 법인지원 공용> 99.법인지원실 연도별 진행업무’ 폴더에서는 쟁점전환사채 거래를 포함한 중요 거래와 관련된 문서가 확인되고,

법인지원실 직원들이 작성한 다수의 업무보고 메일을 통해 사업상 중요한 업무를 수행한 내용들이 확인된 것을 보면, 중요 기록물들은 홍콩사업장이 아닌 국내에서 작성된 것임을 알 수 있다.

요컨대 청구법인의 중요 서류 등은 사실상 모두 국내에서 생산된 것이 확인되며, 일부 문서가 홍콩에 보관되어 있다고 하더라도 청구법인이 형식상 홍콩에 설립된 이상 법인설립 관계서류, 세무보고 서류 등은 홍콩에서의 필요에 의해 보관될 수밖에 없으므로 홍콩사업장을 ‘회계기록이 일상적으로 기록ㆍ 보관되는 장소’라고 판단할 수 있는 근거로는 매우 부족하다.

설사 일부서류 및 회계기록 등이 형식상의 필요에 의해 불가피하게 실제로 홍콩에 보관되어 있다고 하더라도, ‘회계기록 보관장소’는 ‘사업의 실질적 관리장소’를 종합적으로 판단함에 있어 하나의 고려요소(대법원 2021.2.25. 선고 2017두237 판결 참조)에 불과하고, 청구법인의 중장기 사업계획, 재무관리와 투자 및 핵심적 소득창출 활동 등에 대해 결정하고 관리하는 것이 국내에서 이루어진 이상 청구법인은 내국법인으로 봄이 타당하다.

바) 그 밖의 고려사항

청구법인의 주요 투자계약4)인 쟁점전환사채 매매계약서가 한글로 작성되었으며 법적 분쟁발생 시 적용되는 준거법을 한국법률로, 관할법원을 서울중앙지방법원으로 정하고 있는 점 또한 청구법인의 ‘사업의 실질적 관리장소’가 국내라는 사실을 간접적으로 입증하는 것이라 할 수 있다.

사) 소결

앞서 살펴본 관련 법령ㆍ 판례 및 사실관계를 종합해 보면, 청구법인의 최고 의사결정권자이자 100% 주주인 B과 중요 임원이 국내에서 통상적 업무를 수행하였고, 사업수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이 국내에서 이루어졌으며, 중요한 계약이 체결되는 장소 및 통상 이사회가 개최되는 장소가 모두 국내이므로 청구법인은 ‘사업의 실질적 관리장소’를 국내에 두고 있는 내국법인이다.

2) (쟁점②) 회계법인이 이항모형으로 객관적이고 합리적으로 산정한 쟁점콜옵션의 평가가액은 시가로 봄이 타당하다.

가) ‘무상으로 받은 자산’의 취득가액

법인세법 제41조 제1항은 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다고 규정하고 있고 제3호에서 타인으로부터 매입한 자산(제1호)과 자기가 제조ㆍ 생산 또는 건설한 자산(제2호) 외의 자산은 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액을 규정하고 있으며 그 위임에 따라 같은 법 시행령 제72조 제2항은 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다고 하면서 제1호부터 제6호까지 일정한 자산의 취득가액을 열거한 후 제7호에서 그 밖의 방법으로 취득한 자산의 취득가액은 ‘취득 당시의 시가’로 한다고 규정하고 있다.

즉, 내국법인이 현금을 수증하였다면 그 금액이, 현금 이외의 자산을 무상으로 받았다면 그 시가가 익금에 산입되는 것이다[임승순, 조세법(제21판), 박영사(2021), p570].

한편, 법인세법상 시가는 법인세법 시행령 제89조에 따라 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따라야 하고, 시가가 불분명한 경우에는 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 에 따른 감정평가법인 등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액, 감정가액이 없는 경우에는 상증세법상 보충적 평가방법을 준용하여 평가한 가액에 따라야 한다.

이와 관련하여 대법원은 ‘시가’라 함은 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 말하는 것으로서(대법원 2007.5.17. 선고 2006두8648 판결 참조), 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념이라고 판시한 바 있다(대법원 1991.4.12. 선고 90누8459 판결 참조).

나) 조사청의 쟁점콜옵션의 시가 산정은 적법ㆍ 타당하다.

당해 사안에서 쟁점콜옵션은 재산적 가치가 있는 자산에 해당하나 법인세법은 이를 평가하기 위한 별도의 평가규정을 두고 있지 않으므로 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액이 있다면 그 가액을 시가로 볼 수 있다.

기업회계기준은 매출채권을 제외하고는 최초 인식시점에 금융자산이나 금융부채를 공정가치로 측정한다고 규정하고 있으며(K-IFRS 제1109호 문단 5.1.1) 공정가치 측정 접근법 중 하나인 이익접근법 평가기법의 예시로 블랙숄즈머튼 공식, 이항모형 등 옵션가격결정모형을 열거하고 있다(K-IFRS 제1113호 문단 B11).

표

아울러 금융위원회는 2022년 5월경 공표한 「전환사채 콜옵션 회계처리에 대한 감독지침」 에서 콜옵션을 별도의 파생상품자산으로 인식할 경우 결산시점 마다 콜옵션 공정가치를 평가하여 재무제표에 반영해야 한다고 규정하였다.

그리고 대법원은 통화옵션 가격 산정과 관련하여 블랙숄즈, 가먼콜하겐 등 이론가 산정방식의 적정여부를 다툰 사안(키코사건)에서 옵션 이론가 산정과 관련하여 어느 하나의 방식이 반드시 옳고 다른 방식은 옳지 아니하다고 단정할 수 없다고 판단하였다(대법원 2013.9.26. 선고 2011다53683, 53690 판결 참조).

당해 사안에서 조사청은 J회계법인에 2017.8.31. 기준 쟁점전환사채 공정가치 평가를 의뢰하였고, 이에 J회계법인은  "이항모형”으로 쟁점전환사채의 가치를 총 269억원으로 평가하면서 세부적으로는 ①일반사채 공정가치 270억원, ②전환권의 가치 35억원, ③쟁점콜옵션의 가치 △36억원(차감항목)으로 각각 평가하였다.

조사청이 평가를 의뢰한 J회계법인과 같은 회계법인은 일반적으로 쟁점콜옵션과 같은 전환사채 옵션에 관하여 이항모형(Binomial Tree Model)을 사용하고 있다.

공인회계사법 제2조는 공인회계사가 타인의 위촉에 의하여 행하는 직무의 범위를 회계에 관한 감사ㆍ 감정ㆍ 증명ㆍ 계산ㆍ 정리ㆍ 입안 또는 법인설립등에 관한 회계(제1호), 세무대리(제2호), 제1호 및 제2호에 부대되는 업무(제3호)로 제한적으로 열거하고 있는데,

회계법인이 수행하는 가치평가서비스는 사업, 사업의 지분, 유가증권 등 가치추정대상에 대하여 가치추정접근법(이익기준, 자산기준, 시장기준 등)을 적용하여 전문가로서의 판단을 수행하여 가치를 추정하는 것을 말하며,

이러한 가치평가는 회계서류에 대한 전문적 회계지식과 경험에 기초한 분석과 판단에 대한 보고가 포함되는 업무로 회계의 감정이 수반되므로 공인회계사법 제2조의 직무에 해당한다고 할 것이다(대법원 2023.11.9. 선고 2023도2742 판결 참조).

나아가 공인회계사법에 따른 회계법인은 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제260조제2항제3호나목에 따라 투자대상자산을 평가하여 집합투자기구에게 그 가격을 제공할 수 있는 주체로서 채권평가회사(가목), 신용평가회사(다목), 감정평가법인(라목) 등과 함께 열거되어 있기도 하다.

이처럼 자산평가에 있어 전문성이 인정되는 회계법인에 의뢰하여 옵션의 평가방법으로 일반적으로 사용되는 이항모형에 따라 쟁점콜옵션을 평가한 가액은 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액으로 볼 수 있다.

따라서 기업회계기준에서 금융자산의 공정가치 평가방법 중 하나로 이항모형을 들고 있고, 회계법인을 통해 객관적이고 합리적인 방법으로 쟁점콜옵션을 평가하였으므로 그 평가액을 시가로 봄이 타당하다.

다) 청구주장에 대한 반박

(1) 청구법인이 제시한 홍콩 감정평가법인의 평가결과에는 과소평가된 C의 주식가치를 반영한 오류가 있다.

청구법인은 쟁점콜옵션의 가치가 없다는 주장이며 그 근거로 홍콩 감정평가법인이 작성한 전환사채 평가보고서를 제시하였으나, 이 보고서는 C의 실제 주식가치를 제대로 반영하지 않은 평가로 평가결과에 중대한 오류가 있다.

청구법인이 제시한 평가보고서를 보면, 전환사채 평가에 기초가 되는 평가일 기준 C의 기본주가(Underlying Stock Price as at the Valuation Date)를 1주당 12,871원으로 적용하였다. 그러나 청구법인이 제출한 2017.7.31. 기준 C 주식의 상증세법상 보충적 평가방법에 의한 1주당 평가액은 96,470원이며, 조사청이 평가의뢰한 J회계법인도 1주당 가액을 96,470원으로 하여 평가하였다.

따라서 홍콩 감정평가법인의 평가는 쟁점전환사채 평가 시 기초자산인 C의 실제 주식가치를 반영하지 아니한 중대한 잘못이 있고, 이에 따라 전환사채 및 콜옵션 평가액에도 큰 차이가 발생한 것임을 알 수 있다.

표

또한, 청구법인은 쟁점콜옵션이 가치가 없다는 근거로 재무적 투자자인 G가 전환권을 포기한 사실을 제시하였으나, 이는 청구법인의 추측에 불과하다. 오히려 C의 지분을 취득하게 되면 N그룹의 중국 현지법인 T가 생산한 의약품을 중국 제약시장에 안정적인 유통망을 구축하여 공급하고 있는 알짜회사인 K5)을 간접지배할 수 있게 되는 것임에도 불구하고 쟁점콜옵션의 가치가 없다는 청구법인의 주장은 일방적이고 설득력이 없는 것이다.

표

청구법인이 청구이유서에서 언급한 L그룹의 IPO와 관련된 언론기사를 보면,  "L그룹의 주력 사업은 의약품 위탁판매(CSO)로 수익의 90%가량을 차지한다”라고 되어 있는데 여기서 CSO업체는 K을 의미하는 것으로 K은 청구법인의 기업가치에 상당 부분을 차지하고, 청구법인이 K을 지배하게 되면서 조단위의 기업가치로 평가받는 것임을 알 수 있으므로 쟁점콜옵션이 가치가 없다는 청구법인의 주장은 사실과 다른 잘못된 것이다.

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요컨대 청구법인이 제출한 홍콩 감정평가법인의 평가서류에 중대한 오류가 있고 G가 전환권을 행사하지 않았다는 추측만으로 쟁점콜옵션이 가치가 없다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다.

(2) 조사청이 제시한 쟁정콜옵션 평가는 ‘이항모형’으로 평가한 적법한 평가이다.

청구법인은 쟁점콜옵션은 조건부 권리이므로 「구 상증세법 시행령」 제60조 제1항에 규정된 조건부 권리의 평가방법에 따라 평가하여야 하나, 조사청이 법령에 근거하지 아니한 방법인 ‘이항모형’으로 쟁점콜옵션의 시가를 산정하였으므로 위법하다는 취지로 주장하며, 그 근거로 국세청 과세전적부심사(적부-국세청-2023-0126, 적부-국세청-2022-0035)결정례 등을 제시하고 있다.

그러나 청구법인이 주장의 근거로 제시하고 있는 과세전적부심사 결정은 콜옵션 행사자 지정통지일 현재의 주가와 전환가격의 차액을 콜옵션의 시가로 보는 것이 적합하지 않다는 취지(적부-국세청-2022-0035)이거나, 조사청이 쟁점콜옵션을 평가한 것과 같이 ‘이항모형’에 따라 콜옵션을 평가하는 것이 타당하다는 취지(적부-국세청-2023-0126)인 것으로 이 사건의 사실관계 및 쟁점과는 달라 원용할 수 없는 것이고,

설령, 쟁점콜옵션이 조건부 권리에 해당한다고 하더라도 구 상증세법 시행령 제60조 제1항은 구체적인 평가산식 등을 정하고 있지 아니하므로 결과적으로 이항모형 등 합리적인 평가방법으로 평가할 수밖에 없는 것이다.

청구법인의 주장과는 다르게 최근 콜옵션의 가치를 이항모형으로 평가한 것이 타당한지 여부가 쟁점이 된 국세청 과세전적부심사에서도 ‘상증세법령에서 조건부 권리에 대해 모든 경제적 사정을 고려하여 평가하도록 규정하고 있는 점을 고려할 때,  "회계법인 등이 적용하고 있는 이항모형에 따른 콜옵션 가치 평가가 전환당시의 주가에서 전환가격을 차감하는 통지관서가 적용한 방식보다 더 합리적인 콜옵션의 가치 평가방식”(적부-국세청-2024-0031)이라고 판단한 바 있다.

청구법인은 이항모형 평가 시  "보통주에 대한 배당을 합리적으로 기대한다면 배당률을 감안해야 한다”는 주장이나, 이는 말그대로 미래의 배당을 합리적으로 기대할 수 있는 경우에만 고려해야 하는 것으로, 이 건 투자계약과 상관없는 제3자인 비특수관계자의 입장에서 쟁점콜옵션을 얼마에 거래할 것인가를 가정했을 때에는 불확실한 배당에 대해 고려하지 않는 것이 보다 합리적인 것이다.

한편, 청구법인이 제시한 홍콩 평가기관의 평가서를 보면 경영진의 요구에 따라 배당을 고려하였다고 기재되어 있다. 그러나 조사 당시 조사청은 청구법인에 콜옵션 평가를 제안하였으나 평가할 의향이 없다고 하였으며, 홍콩 평가기관의 평가서도 조사종결일인 2025.3.21.이 되어서야 제출하였다.

이처럼 청구법인이 불성실하게 조사에 임하는 상황에서 경영진의 배당에 대한 의견을 알 수 없어 배당을 고려하지 않고 평가한 것은 근거없이 추측에 의하지 않고 객관적인 정보 등을 통해 합리적으로 평가하였다는 방증이다.

또한, 청구법인이 주장하는 희석효과는 전환사채를 발행한 회사의 부채 및 이자비용이 감소하면서 자본금이 증가하는 효과로 전환ㆍ 취득하는 주식의 가액에 미치는 효과가 미비하며 홍콩 평가기관에서도 이를 고려하여 평가한 내역이 확인되지 않는다.

따라서 청구법인의 주장은 쟁점콜옵션 평가 결과에 영향이 없는 청구법인의 일방적인 추측에 의한 근거없는 주장으로 받아들일 수 없는 것이다.

3) (쟁점③) 쟁점전환사채를 주식으로 전환함에 따라 대주주로부터 분여받은 이익을 익금에 산입한 과세처분은 적법하다.

가) 구 법인세법 시행령 제11조 제9호의 법리

구 법인세법 제15조 제1항은 익금을 ‘자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하  "수익”(收益)이라 한다]의 금액’으로 규정하고, 같은 조 제3항의 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제11조 제9호는 그러한 수익의 하나로 ‘제88조 제1항 제8호 각 목의 어느 하나 및 같은 항 제8호의2에 따른 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익’을 들고 있다.

그리고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2는 ‘제8호 외의 경우로서 증자ㆍ감자, 합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할, 「상속세 및 증여세법」 제40조 제1항에 따른 전환사채 등에 의한 주식의 전환ㆍ인수ㆍ교환 등 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통하여 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’를 들고 있다.

한편, 대법원은 구 법인세법 시행령 제11조 제9호는 일정한 유형의 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익을 법인세 과세대상으로 포착하여 과세하는 규정으로, 동 규정을 해석함에 있어 ‘같은 항 제8호의2에 따른’은 제8호의2에서 규정한 자본거래의 유형만 인용한 것으로 해석하여야 하고 이익분여자인 ‘특수관계인’은 법인 주주뿐만 아니라 개인 주주도 포함한다고 판시하고 있다(대법원 2024. 6. 13. 선고 2023두39809 판결 참조).

나) 과세요건사실 및 쟁점의 정리

앞서 살펴본 규정에 따르면 쟁점전환사채 주식전환의 이익에 대해 과세하기 위해서는 ①제88조 제1항 제8호 각 목의 어느 하나 및 같은 항 제8호의2의 유형에 해당하는 자본거래가 있어야 하고 그로 인하여 ②법인ㆍ 개인을 불문한 특수관계인으로부터 분여받은 이익이 있어야 한다.

당해 사건에서는 ①요건과 관련하여 쟁점전환사채의 주식전환이 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2에서 규정한 자본거래 유형에 해당하는지가 문제되고, ②요건과 관련해서는 C의 대주주들을 쟁점전환사채 주식전환 이익의 분여자로 볼 수 있는지가 문제되고 있다.

특히 ①요건과 관련하여 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2 규정에서 ‘상증세법 제40조 제1항에 따른’이 인용하고 있는 범위에 대해 조사청은 상증세법 제40조 제1항에서 규정한 ‘전환사채 등’의 의미만을 인용하는 것으로 해석하는 반면, 청구법인은 상증세법 제40조 제1항의 ‘과세요건 모두’를 인용하는 것으로 해석하고 있다.

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이처럼 ‘상증세법 제40조 제1항에 따른’의 인용범위에 대해 조사청과 청구법인 사이에 다툼이 있는바, 이하에서는 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2에서 말하는 ‘상증세법 제40조 제1항에 따른’이 ‘전환사채 등’의 의미만을 인용하고 있을 뿐 상증세법 제40조 제1항의 과세요건 전부를 충족할 것을 요하지 아니한다는 점에 대해 먼저 말씀드린 후 ②요건과 관련하여 대주주들을 이익분여자로 볼 수 있는지에 대해 순차적으로 밝히고자 한다.

다) 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2 규정의 ‘상증세법 제40조 제1항에 따른’은 상증세법 제40조 제1항에 따른 과세요건 모두를 인용한다고 볼 수 없다.

(1) 관련 법령의 문언 상 ‘상증세법 제40조 제1항에 따른’은 ‘전환사채 등’의 의미만을 인용하고 있다.

㈎ 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2의 문언을 통한 해석

구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2는 부당행위계산의 유형으로 ‘제8호 외의 경우로서 ①증자ㆍ감자, ②합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할, ③상증세법 제40조 제1항에 따른 전환사채 등에 의한 주식의 전환ㆍ인수ㆍ교환 등 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통하여 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’를 들고 있고

구 상속세 및 증여세법 제40조 제1항은  "전환사채, 신주인수권부사채(신주인수권증권이 분리된 경우에는 신주인수권증권을 말한다) 또는 그 밖의 주식으로 전환ㆍ교환하거나 주식을 인수할 수 있는 권리가 부여된 사채(이하 이 조 및 제41조의3에서 " 전환사채 등”이라 한다)를 인수ㆍ취득ㆍ양도하거나, 전환사채 등에 의하여 주식으로 전환ㆍ교환 또는 주식의 인수(이하 이 조에서 " 주식전환등" 이라 한다)를 함으로써 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이익을 얻은 경우에는 그 이익에 상당하는 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다.”라고 규정하고 있다.

위 규정을 살펴보면 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2는 부당행위계산의 유형으로 일정한 자본거래를 병렬적으로 나열하면서, ①증자ㆍ감자, ②합병ㆍ분할, ③전환사채 등에 의한 주식의 전환ㆍ인수ㆍ교환을 들고 있으며, 각 자본거래 유형에 동등한 무게를 두고 있다.

문언상으로만 보아도 ①증자ㆍ감자, ②합병ㆍ분할과 달리 ③전환사채 등에 의한 주식의 전환ㆍ인수ㆍ교환에만 특별한 과세요건을 더하여 그 범위를 제한하고 있다고 볼 아무런 이유가 없다.

‘합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할’이 괄호규정을 통해 합병의 범위를 구체화한 것과 마찬가지로 ‘상증세법 제40조 제1항에 따른’이라는 문구 역시 전환사채 등의 범위를 명확히 하기 위해 사용된 것으로 보아야 한다.

청구법인은 증자ㆍ감자, 합병ㆍ분할이라는 앞의 단어들은 외면한 채 ‘상증세법 제40조 제1항에 따른 전환사채 등에 의한 주식의 전환ㆍ인수ㆍ교환’이라는 문구만을 따로 떼어내어 그 의미를 자의적으로 해석하고 있으나, 법령해석은 조문 전체를 고려하여야 하는 것으로 청구법인과 같이 자구나 문장의 일부만을 떼어내 의미를 확정할 경우 그 의미는 왜곡될 수밖에 없는 것이다.

따라서 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2의 조문 전체를 고려하면 ‘상증세법 제40조 제1항에 따른’은 ‘전환사채 등’의 의미만을 인용하는 것으로 해석함이 타당하다.

㈏ 구 상증세법 제40조 제1항의 문언을 통한 해석

청구법인은 ‘상증세법 제40조 제1항에 따른 전환사채 등에 의한 주식의 전환ㆍ인수ㆍ교환’이 ‘상증세법 제40조 제1항의 과세요건을 모두 갖춘 전환사채에 의한 주식전환’을 의미한다고 주장하고 있으나, 상증세법 제40조 제1항의 문언을 살펴보면 이러한 해석은 매우 어색하고 부자연스럽다.

구 상증세법 제40조 제1항은 일정한 사채의 종류를 나열하고 이를  "전환사채 등”으로 정의한 후 전환사채 등을 인수ㆍ취득ㆍ양도하거나 전환사채 등에 의하여 주식으로 전환ㆍ교환 또는 주식의 인수를 함으로써 각 호의 어느 하나에 해당하는 이익을 얻은 경우를 과세요건으로 하고, 제2호 각 목에서는 전환사채 등에 의하여 주식전환등을 함으로써 얻는 이익의 유형을 열거하고 있다.

만약 입법자가 청구법인의 주장과 같이 구 상증세법 제40조 제1항의 과세요건을 모두 갖춘 경우를 과세대상으로 삼으려는 의도였다면 ‘상증세법 제40조 제1항에 따른’이 아닌 ‘상증세법 제40조 제1항 제2호 각 목의 이익을 얻은’이라는 문구를 사용하였어야 한다.

또한 구 상증세법 제40조 제1항은 전환사채 등에 의하여 ①주식으로 전환ㆍ교환ㆍ인수하는 경우 중에서도 ②각 호의 이익을 얻은 경우에만 과세하도록 규정하고 있으므로 ①주식으로 전환ㆍ 교환ㆍ 인수하는 경우는 ②각호의 이익을 얻은 경우보다 넓은 개념으로 해석된다.

즉, ‘상증세법 제40조 제1항에 따른 전환사채 등에 의한 주식의 전환ㆍ인수ㆍ교환’이라는 문구만으로는 상증세법 제40조 제1항의 과세요건을 모두 충족하는 경우를 의미하는 것으로 해석될 여지가 없다.

더욱이 구 상증세법 제40조 제1항은 주식전환 등 거래의 종류를 구체화하기 위해 ‘전환사채 등에 의하여 주식으로 전환ㆍ교환 또는 주식의 인수’라는 문구를 사용하였는데 이는 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2에서 사용한 ‘전환사채 등에 의한 주식의 전환ㆍ인수ㆍ교환’과 단어의 나열 순서조차 상이하다.

따라서 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2 및 구 상증세법 제40조제1항 규정의 문언을 종합하여 보면 ‘상증세법 제40조 제1항에 따른’은 상증세법 제40조 제1항의 과세요건 모두를 인용하는 것으로 볼 수 없다.

(2) 구 법인세법 시행령 제88조 제1항의 개정취지에 비추어 ‘상증세법 제40조 제1항에 따른’은 ‘전환사채 등’의 의미만을 인용한 것이다.

2007년 개정세법 해설은 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2 신설과 관련하여 법령에 규정되지 아니한 새로운 변칙행위에 대해 사전적으로 대처하지 못하는 한계점을 보완하기 위해 부당행위계산부인 규정상 포괄주의 도입하였다고 밝히면서, 증ㆍ 감자, 합병, 분할, 신종사채에 의한 주식전환 등 법인의 자본을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통한 이익의 분여를 과세대상에 추가하는 것으로 설명하고 있다.

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위 개정내용을 살펴보면 자본거래의 종류 중 하나로 ‘신종사채에 의한 주식전환’을 들고 있을 뿐 증ㆍ 감자, 합병, 분할과 달리 전환사채에 의한 주식전환에 있어서만 별도의 과세요건을 추가로 갖춰야 한다고 볼만한 어떠한 언급도 없다.

더욱이 위 규정이 그동안 과세하지 못했던 새로운 변칙행위에 대해 포괄적으로 과세하기 위해 신설되었다는 점으로 미루어 볼 때 ‘상증세법 제40조제1항에 따른’은 신종사채를 정의하기 위해 상증세법 제40조 제1항에서 전환사채 등의 의미만을 인용한 것으로 봄이 타당하다.

전환사채에 의한 주식전환에 대해서만 상증세법 제40조 제1항의 과세 요건을 모두 적용하여 제한적으로 과세하여야 한다고 해석하는 것은 포괄 주의 도입이라는 개정취지에 전혀 부합하지 않기 때문이다.

위 규정은 2019. 2. 12. 개정되었는데 2019년 개정세법 해설은 그 개정 취지가 ‘자본거래 시 특수관계자에게 이익을 분여하는 범위에 자본거래로 인하여 이익을 분여하는 모든 법인이 포함되도록 규정을 명확화’하기 위한 것이라고 밝히고 있다.

즉, 2019년 개정 전부터 자본거래로 인한 이익분여에 대해 폭넓게 과세하도록 해석되던 규정이지만 그 의미를 더욱 분명하게 하기 위해 조문을 명확화한 것이다.

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따라서 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2 규정의 연혁과 개정취지에 비추어 ‘상증세법 제40조 제1항에 따른’은 ‘전환사채 등’의 정의만 인용하고 있음이 분명하다.

(3) 관련 판례에 비추어 보더라도 상증세법 제40조 제1항에 따른 과세요건 모두를 충족하여야 한다고 볼 수 없다.

구 법인세법 시행령 제11조 제9호의 적용 시 ‘상증세법 제40조 제1항에 따른’의 인용범위에 대한 법원의 직접적인 판단은 찾아보기 어려우나 당해 사안에 참고할만한 증여세 관련 판례가 있어 살펴보고자 한다.

상속세 및 증여세법(2015. 12. 15. 법률 제13557호로 개정되기 전의 것, 이하  "2015년 개정전의 상증세법”이라 한다)은 제40조 제1항에서 개인이 얻은 전환사채 취득 및 전환에 따른 일정한 이익을, 제42조 제1항 제3호에서 그 외에 전환사채 등의 주식전환으로 얻은 이익을 각각 증여세 과세대상으로 규정하고 있었다.

위 제42조 제1항 제3호의 조문을 살펴보면 ‘출자ㆍ감자, 합병(분할합병을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)ㆍ분할, 제40조 제1항에 따른 전환사채 등에 의한 주식의 전환ㆍ인수ㆍ교환(이하 이 조에서 " 주식전환등" 이라 한다) 등 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키거나 감소시키는 거래’로 얻은 이익을 과세대상으로 삼고 있다.

그리고 구 법인세법 시행령 제11조 제9호는 ‘제88조 제1항 제8호 각 목의 어느 하나 및 같은 항 제8호의2에 따른 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익’을 수익으로 규정하고 있고, 여기서 ‘같은 항 제8호의2에 따른’은 제8호의2에서 규정한 자본거래의 유형만을 인용하고 있는데(대법원 2024. 6. 13. 선고 2023두39809 판결 참조), 그 자본거래의 유형이 2015년 개정 전의 상증세법 제42조 제1항 제3호의 그것과 완전히 동일하다.

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대법원은 위 제42조 제1항 제3호 규정의 적용과 관련하여  "구 상증세법 제42조 제1항 제3호는 구 상증세법 제40조 제1항과 마찬가지로 구 상증세법 제2조 제3항에서 증여세 과세대상으로 포괄적으로 정의한 증여에 관한 가액 산정규정 중 하나이고, 구 상증세법 제40조 제1항의 과세요건을 충족하지 않더라도 구 상증세법 제42조 제1항 제3호의 과세요건을 충족하면 위 조항에 의하여 증여재산가액을 산정하여 증여세를 과세할 수 있다고 봄이 타당하다.”라고 판시하였고(대법원 2023. 10. 26. 선고 2022두51567 판결)

이어서 위 대법원 판결의 환송심인 서울고등법원 2024. 5. 2. 선고 2023누63767 판결은  "구 상증세법 제42조 제1항 제3호는 ‘거래 경위 여하에 관계없이’ 전환사채 등에 의한 주식의 전환 등으로 대통령령으로 정한 이익 이상을 얻은 경우를 적용대상으로 삼는다.”라고 판시한 바 있다.

2015년 개정 전의 상증세법 제42조 제1항 제3호가 구 법인세법 시행령 제11조 제9호와 동일한 내용의 거래로 얻은 이익을 과세대상으로 삼는 규정이라는 점을 고려하면 위와 같은 해석은 구 법인세법 시행령 제11조 제9호의 적용이 문제되는 사안에서도 유의미하게 참고할 수 있을 것이다.

당해 사안에서 청구법인은 구 법인세법 시행령 제11조 제9호를 적용할 때 구 상증세법 제40조 제1항의 과세요건을 모두 충족하여야 한다고 전제한 후, 쟁점전환사채를 특수관계인으로부터 취득(제2호 가목)하거나 인수 등을 한 경우(제2호 나목, 다목)에만 법인세를 과세할 수 있다고 주장한다.

그러나 앞서 살펴본 판례에 비추어 볼 때 구 법인세법 시행령 제11조 제9호는 구 상증세법 제40조 제1항의 과세요건을 충족하지 않더라도 과세할 수 있는 것으로 거래 경위 여하에 관계없이 법인이 전환사채 등에 의한 주식의 전환으로 인하여 특수관계인으로부터 이익을 분여받았다면 법인세를 과세할 수 있다고 봄이 타당하다.

라) 청구법인은 쟁점전환사채의 주식전환으로 인하여 대주주들로부터 이익을 분여받았다.

(1) 이익분여 당사자인 특수관계인의 의미

신주발행, 감자, 합병 등 주식거래는 회사와 주주 사이의 행위일 뿐이고 주주 사이에는 아무런 법률행위가 존재하지 않으므로 법인세법은 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익을 익금산입하는 규정을 시행령 제11조 제9호에 특별히 따로 두게 되었다[이창희, 제18판 세법강의, 박영사(2025), p1016. 참조].

처음에는 이익분여 당사자인 특수관계인이 주주인지, 발행법인인지에 대해 일관된 해석이 없었으나, 자본거래를 통한 부당행위계산부인 규정을 명확히하기 위해 법인세법 시행령 제88조가 개정되었고, 이 때 2006년 개정세법 해설은 발행법인의 부당행위를 인정한 기존의 재경부 예규를 사문화함으로써 자본거래로 인한 이익분여가 주주간의 이익분여임을 분명히 하였다.

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대법원도 다수의 판례에서 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호가 주주 등인 법인과 주식발행법인 간의 이익분여로 보아 적용할 수 있는 규정으로 보기 어렵고, 다만 특수관계자인 다른 주주와의 이익분여에 대해 적용할 수 있을 뿐이라고 하면서 위 규정이 주주간 이익분여를 대상으로 함을 거듭 확인하였다(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두23488 판결, 대법원 2014. 7. 24. 선고 2013두15729 판결, 대법원 2020. 12. 10. 선고 2018두56602 판결 등 참조).

법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2는 제8호에서 규정하고 있는 유형 외 자본거래를 포괄하여 규정하기 위해 2007년 신설된 조항으로, 이익분여 당사자 간의 관계에 대해서는 위와 같은 법리가 동일하게 적용된다.

또한 앞서 밝혀두었듯이 구 법인세법 시행령 제11조 제9호에서 말하는 ‘특수관계인’은 법인 주주뿐만 아니라 개인 주주도 포함하는 것이다(대법원 2024. 6. 13. 선고 2023두39809 판결 참조).

당해 사건에서 주식발행법인인 C의 기존주주인 대주주들과 청구법인 사이에 법인세법상 특수관계가 존재한다는 점에 대해서는 다툼이 없다.

따라서 대주주들은 구 법인세법 시행령 제11조 제9호에서 규정한 자본거래를 통한 이익분여의 당사자인 ‘특수관계인’에 해당한다고 봄이 타당하다.

(2) 청구법인은 쟁점전환사채의 주식전환으로 인하여 대주주들로부터 이익을 분여받았다.

조사청은 조사 당시 청구법인에 쟁점전환사채를 취득한 경위와 이와 관련된 검토자료 등의 제출을 요구하였으나 청구법인은 어떠한 자료도 제출하지 않았으며, 청구법인이 쟁점전환사채 취득에 대해 검토한 내용은 설명하지 못하고, B과 C의 입장에서 쟁점콜옵션의 행사자를 청구법인으로 지정한 경위에 대해서만 설명할 뿐, 청구법인이 합리적인 의사결정에 의해 어떤 목적으로 쟁점전환사채를 취득하였는지 제시하지 못하였다.

청구법인은 쟁점전환사채의 전환권이 가치가 있다고 보기 어렵고 오히려 콜옵션을 지정받는 것을 청구법인이 거부할 수 있었다며 쟁점콜옵션이 가치가 없다고 주장하고 있다.

또한, C이 자금여력이 없어 부득이 청구법인이 쟁점전환사채를 취득하였다고 주장하고 있으나, 청구법인 또한 자금여력이 없어 B으로부터 차입한 자금으로 쟁점전환사채를 취득하였다.

청구법인의 주장대로라면 쟁점콜옵션 지정을 거부할 수 있음에도 가치가 없는 쟁점전환사채를 자금여력이 없어 자금을 차입하면서 까지 취득하는 것은 합리적인 의사결정이라고 보기 어렵고, C이 B으로부터 자금을 차입하여 직접 상환하거나 B이 직접 쟁점전환사채를 취득하는 것이 더 합리적인 의사결정일 것이다.

청구법인이 주식 전환권을 행사한 2018년 11월에 C의 지분율 변화를 보면, 청구법인이 주식 전환이익을 대주주로부터 부여받았다는 사실을 알 수 있다. 청구법인이 전환권을 행사한 결과 C에 대한 지분율은 33.6%로 증가하였고 대주주의 지분율은 감소하였으나 대주주에게 어떤 대가도 지불하지 않았다.

또한, 청구법인과 B의 지분율의 합은 60.2%(B 26.6%+청구법인 33.6%)로 C에 대한 지배력이 강화되었고, 청구법인은 C으로부터 배당금을 지급받아 청구법인의 계열사에 투자할 수 있는 안정적인 재원을 마련할 수 있게 되어 청구법인은 실질적인 이익을 얻게 되었다.

결과적으로 쟁점전환사채의 주식전환으로 인하여 기존주주인 대주주들은 주식가치의 하락으로 손해를 보게 된 반면, 청구법인은 그 만큼의 이익을 얻게 되어 결국 대주주들의 부(富)가 청구법인에게 이전되었다고 볼 수 있다.

따라서 쟁점전환사채의 주식전환으로 인하여 청구법인이 얻은 이익 중 대주주들의 주식가치 하락분에 상응하는 부분은 C의 기존주주인 대주주들로부터 분여받은 것으로 보아야 한다.

마) 소결

이상 살펴본 바와 같이 청구법인은 쟁점전환사채를 C 주식으로 전환함에 따라 특수관계인인 대주주로부터 전환이익을 분여받았으므로 구 법인세법 제15조 제1항 및 같은법 시행령 제11조 제9호에 따라 분여받은 이익을 익금에 산입한 이 사건 처분은 적법ㆍ 타당한 처분임이 분명하다.

4) (쟁점④, ⑤) 연도별 산정 세액은 적정하게 계산된 세액이다.

가) 전환이익 계산시 적용한 1주당 전환가액은 당초 투자계약서 및 해외직접투자신고 내용 등을 근거로 계산한 적정가액이다.

2014년 쟁점전환사채 발행시 거래 당사자간 작성한 투자계약서에 의하면, C의 향후 예상되는 당기순이익의 범위에 따른 전환비율(Refixing)을 약정하고 있는데 당기순이익과 전환가액을 모두 USD로 표시하고 있음을 알 수 있다.

또한, 청구법인은 쟁점전환사채를 주식으로 전환하여 취득한 주식에 대해 국내에서 외국환거래법에 따라 해외직접투자신고를 하였는데 이 때 제출한 사업계획서를 보면, 쟁점전환사채를 주식으로 전환 시 취득한 주식을 위에서 설명한 투자계약서의 조건인 리픽싱 요건에 따라 외화를 기준으로 계산하고 있다는 사실을 알 수 있다.

따라서 조사청이 당초 투자계약서 및 해외투자 사업계획서 등 외국환거래법에 따라 신고한 가액인 USD 60.63433을 1주당 전환가액으로 하여 계산한 것은 객관적 근거에 따라 적정하게 계산한 가액이므로 이에 반하는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없는 것이다.

나) 법인세 무신고자는 외국납부세액공제 적용대상이 아니다.

법인세법 시행령 제94조 제3항에 의하면, 외국납부세액공제는 법인세법 제60조에 따른 신고와 함께 외국납부세액공제세액계산서를 납세지 관할 세무서정에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다.

그러나 청구법인의 경우 국내에서 법인세를 신고하지 않아 외국납부세액공제는 원칙적으로 적용되지 않는 것이며, 특히 청구법인은 조사 당시부터 비협조적인 태도로 일관하면서 조사청이 요구한 대부분의 자료를 제출하지 않았고 법인세 산정 및 외국납부세액공제에 대한 의견 역시 없었다.

따라서 법인세 신고의무도 이행하지 않고 세무조사 협력의무에도 성실히 응하지 않은 청구법인이 본 건 청구를 하면서 세액공제 방식의 외국납부세액공제를 주장하는 것은 부적법한 것으로 받아들일 수 없다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인은 외국법인이어서 법인세 적용 대상이 아니라는 청구주장의 당부

② (쟁점① 기각시) 쟁점콜옵션의 시가 산정이 부적정하다는 청구주장의 당부

③ (쟁점① 기각시) 쟁점전환사채의 주식 전환에 따른 이익은 과세대상이 아니라는 청구주장의 당부

④ (쟁점①,③ 기각시) 쟁점전환사채를 원화채권이 아닌 외화채권으로 보아 전환이익을 산정한 것은 부당하다는 청구주장의 당부

⑤ (쟁점① 기각시) 연도별 세액 계산시 외국납부세액공제를 반영해야한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

<쟁점① 관련>

1) 법인세법 제1조【정의】(2018.12.24. 법률 제16008호 개정되기 전의 것, 이하 같다)

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. " 내국법인" (內國法人)이란 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말한다.

3. " 외국법인" 이란 외국에 본점 또는 주사무소를 둔 단체(국내에 사업의 실질적 관리장소가 소재하지 아니하는 경우만 해당한다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 법인을 말한다.

2) 국제조세조정에 관한 법률 제3조【다른 법률과의 관계】(2018.12.31. 법률 제16099호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

① 이 법은 국세와 지방세에 관하여 규정하는 다른 법률보다 우선하여 적용한다.

2-1) 국제조세조정에 관한 법률 제17조【특정외국법인의 유보소득의 배당간주】

① 법인의 부담세액이 실제발생소득의 100분의 15 이하인 국가 또는 지역에 본점 또는 주사무소를 둔 외국법인에 대하여 내국인이 출자한 경우에는 그 외국법인 중 내국인과 특수관계(제2조제1항제8호가목의 관계에 해당하는지를 판단할 때에는 친족 등 대통령령으로 정하는 내국인의 특수관계인이 직접 또는 간접으로 보유하는 주식을 포함한다)가 있는 법인(이하 " 특정외국법인" 이라 한다)의 각 사업연도 말 현재 배당 가능한 유보소득(留保所得) 중 내국인에게 귀속될 금액은 내국인이 배당받은 것으로 본다.

2-2) 국제조세조정에 관한 법률 제18조【적용 범위】

② 과세당국은 외국법인의 사업의 실질적 관리 장소가 제17조제1항의 국가 또는 지역에 있는 경우에는 사업의 실질적 관리 장소를 제17조제1항의 본점이나 주사무소로 보아 제17조를 적용할 수 있다.

<쟁점② 관련>

3) 국세기본법 제81조의15 【과세전적부심사】

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 " 과세전적부심사" (課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

<쟁점③ 관련>

4) 법인세법 제15조【익금의 범위】

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

③ 제1항에 따른 수익의 범위와 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

4-1) 법인세법 시행령 제11조【수익의 범위】

법 제15조제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

9. 제88조제1항제8호 각 목의 어느 하나 및 같은 항 제8호의2에 따른 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익

4-2) 법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52조제1항에서 " 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우" 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

8의2. 제8호 외의 경우로서 증자ㆍ감자, 합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할, 「상속세 및 증여세법」제40조제1항에 따른 전환사채 등에 의한 주식의 전환ㆍ인수ㆍ교환 등 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통하여 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우. 다만, 제19조제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등 중 주식매수선택권의 행사에 따라 주식을 발행하는 경우는 제외한다.

4-3) 상속세 및 증여세법 제40조【전환사채 등의 주식전환 등에 따른 이익의 증여】(2018.12.31. 법률 제16102호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

① 전환사채, 신주인수권부사채(신주인수권증권이 분리된 경우에는 신주인수권증권을 말한다) 또는 그 밖의 주식으로 전환ㆍ교환하거나 주식을 인수할 수 있는 권리가 부여된 사채(이하 이 조 및 제41조의3에서 " 전환사채 등" 이라 한다)를 인수ㆍ취득ㆍ양도하거나, 전환사채 등에 의하여 주식으로 전환ㆍ교환 또는 주식의 인수(이하 이 조에서 " 주식전환등" 이라 한다)를 함으로써 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이익을 얻은 경우에는 그 이익에 상당하는 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다. 다만, 그 이익에 상당하는 금액이 대통령령으로 정하는 기준금액 미만인 경우는 제외한다.

1. 전환사채 등을 인수ㆍ취득함으로써 인수ㆍ취득을 한 날에 얻은 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 이익

가. 특수관계인으로부터 전환사채 등을 시가보다 낮은 가액으로 취득함으로써 얻은 이익

나. 전환사채 등을 발행한 법인(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인으로서 같은 법 제9조제7항에 따른 유가증권의 모집방법(대통령령으로 정하는 경우를 제외한다)으로 전환사채 등을 발행한 법인은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)의 최대주주나 그의 특수관계인인 주주가 그 법인으로부터 전환사채 등을 시가보다 낮은 가액으로 그 소유주식 수에 비례하여 균등한 조건으로 배정받을 수 있는 수를 초과하여 인수ㆍ취득(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제9조제12항에 따른 인수인으로부터 인수ㆍ취득하는 경우와 그 밖에 대통령령으로 정하는 방법으로 인수ㆍ취득한 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 " 인수 등" 이라 한다)함으로써 얻은 이익

다. 전환사채 등을 발행한 법인의 최대주주의 특수관계인(그 법인의 주주는 제외한다)이 그 법인으로부터 전환사채 등을 시가보다 낮은 가액으로 인수 등을 함으로써 얻은 이익

2. 전환사채 등에 의하여 주식전환등을 함으로써 주식전환등을 한 날에 얻은 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 이익

가. 전환사채 등을 특수관계인으로부터 취득한 자가 전환사채 등에 의하여 교부받았거나 교부받을 주식의 가액이 전환ㆍ교환 또는 인수 가액(이하 이 항에서 " 전환가액등" 이라 한다)을 초과함으로써 얻은 이익

나. 전환사채 등을 발행한 법인의 최대주주나 그의 특수관계인인 주주가 그 법인으로부터 전환사채 등을 그 소유주식 수에 비례하여 균등한 조건으로 배정받을 수 있는 수를 초과하여 인수 등을 한 경우로서 전환사채 등에 의하여 교부받았거나 교부받을 주식의 가액이 전환가액등을 초과함으로써 얻은 이익

다. 전환사채 등을 발행한 법인의 최대주주의 특수관계인(그 법인의 주주는 제외한다)이 그 법인으로부터 전환사채 등의 인수 등을 한 경우로서 전환사채 등에 의하여 교부받았거나 교부받을 주식의 가액이 전환가액등을 초과함으로써 얻은 이익

라. 전환사채 등에 의하여 교부받은 주식의 가액이 전환가액등보다 낮게 됨으로써 그 주식을 교부받은 자의 특수관계인이 얻은 이익

<쟁점④, ⑤ 관련>

5) 법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】

⑥ 제88조제1항제8호 및 제8호의2의 규정에 의하여 특수관계인에게 이익을 분여한 경우 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액의 계산에 관하여는 그 유형에 따라 「상속세 및 증여세법」제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3ㆍ제40조ㆍ제42조의2와 같은 법 시행령 제28조제3항부터제7항까지, 제29조제2항, 제29조의2제1항ㆍ제2항, 제29조의3제1항, 제30조제5항 및 제32조의2의 규정을 준용한다. 이 경우 " 대주주" 및 " 특수관계인" 은 이 영에 의한 " 특수관계인" 으로 보고, " 이익" 및 " 대통령령으로 정하는 이익" 은 " 특수관계인에게 분여한 이익" 으로 본다.

5-1) 상속세 및 증여세법 시행령 제30조【전환사채 등의 주식전환등에 따른 이익의 계산방법 등】

⑤ 법제40조제1항 제2호에서 " 교부받았거나 교부받을 주식의 가액" 이란 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 가액을 말한다.

1.교부받은 주식가액 : 전환사채 등에 의하여 주식으로 전환ㆍ교환하거나 주식을 인수(이하 이 조에서 " 전환등" 이라 한다)한 경우 다음 산식에 의하여 계산한 1주당 가액. 이 경우 주권상장법인등의 주식으로 전환등을 한 경우로서 전환등 후의 1주당 평가가액이 다음 산식에 의하여 계산한 1주당 가액보다 적은 경우(법 제40조제1항제2호 라목의 경우에는 높은 경우를 말한다)에는 당해 가액



6) 법인세법 제57조【외국 납부 세액공제 등】

① 내국법인의 각 사업연도의 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우 그 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국법인세액(이하 이 조에서 " 외국법인세액" 이라 한다)을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우에는 제21조제1호에도 불구하고 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다.

1. 제55조에 따라 산출한 해당 사업연도의 법인세액(토지등 양도소득에 대한 법인세액과 제56조에 따른 미환류소득에 대한 법인세액은 제외한다)에 국외원천소득이 해당 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율(「조세특례제한법」이나 그 밖의 법률에 따라 면제되거나 세액 감면을 적용받는 경우에는 대통령령으로 정하는 비율)을 곱하여 산출한 금액을 한도(이하 이 조에서 " 공제한도" 라 한다)로 외국법인세액을 해당 사업연도의 법인세액에서 공제하는 방법

2. 국외원천소득에 대하여 납부하였거나 납부할 외국법인세액을 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하는 방법

④ 내국법인의 각 사업연도의 소득금액에 외국자회사로부터 받는 이익의 배당이나 잉여금의 분배액(이하 이 조에서 " 수입배당금액" 이라 한다)이 포함되어 있는 경우 그 외국자회사의 소득에 대하여 부과된 외국법인세액 중 그 수입배당금액에 대응하는 것으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액은 제1항에 따른 세액공제 또는 손금산입되는 외국법인세액으로 본다.

⑤ 제4항에서 " 외국자회사" 란 내국법인이 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 25(「조세특례제한법」제22조에 따른 해외자원개발사업을 하는 외국법인의 경우에는 100분의 5를 말한다) 이상을 출자하고 있는 외국법인으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 법인을 말한다.

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 국외원천소득의 계산방법, 세액공제 또는 손금산입에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

6-1) 법인세법 시행령 제94조【외국납부세액의 공제】

① 법 제57조제1항 각 호 외의 부분에서 " 대통령령으로 정하는 외국법인세액" 이란 외국정부(지방자치단체를 포함한다. 이하 같다)에 의하여 과세된 다음 각 호의 세액(가산세 및 가산금은 제외한다)을 말한다. 다만, 「국제조세조정에 관한 법률」제10조제1항에 따라 내국법인의 소득이 감액조정된 금액중 국외특수관계인에게 반환되지 아니하고 내국법인에게 유보되는 금액에 대하여 외국정부가 과세한 금액을 제외한다.

1. 초과이윤세 및 기타 법인의 소득 등을 과세표준으로 하여 과세된 세액

2. 법인의 소득 등을 과세표준으로 하여 과세된 세의 부가세액

3. 법인의 소득 등을 과세표준으로 하여 과세된 세와 동일한 세목에 해당하는 것으로서 소득외의 수익금액 기타 이에 준하는 것을 과세표준으로 하여 과세된 세액

③ 법 제57조제1항에 따른 외국납부세액은 해당 국외원천소득이 과세표준에 산입되어 있는 사업연도의 산출세액에서 공제하거나 필요경비로 산입한다. 이 경우 법 제57조제1항을 적용받으려는 내국법인은 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 외국납부세액공제세액계산서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑧ 법 제57조제4항에서 " 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액" 이란 다음의 계산식에 따라 계산한 금액을 말한다. 이 경우 외국자회사의 해당 사업연도 법인세액은 다음 각 호의 세액으로서 외국자회사가 외국납부세액으로 공제받았거나 공제받을 금액 또는 해당 수입배당금액이나 제3국(본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소 등을 둔 국가 외의 국가를 말한다) 지점 등 귀속소득에 대하여 외국자회사의 소재지국에서 국외소득 비과세ㆍ면제를 적용받았거나 적용받을 경우 해당 세액 중 100분의 50에 상당하는 금액을 포함하여 계산하고, 수입배당금액(외국자회사가 외국손회사로부터 지급받는 수입배당금액을 포함한다)은 이익이나 잉여금의 발생순서에 따라 먼저 발생된 금액부터 배당되거나 분배된 것으로 본다.



1. 외국자회사가 외국손회사로부터 지급받는 수입배당금액에 대하여 외국손회사의 소재지국 법률에 따라 외국손회사의 소재지국에 납부한 세액

2. 외국자회사가 제3국의 지점 등에 귀속되는 소득에 대하여 그 제3국에 납부한 세액

⑨ 법 제57조제5항에서 " 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 법인" 이란 내국법인이 직접 외국자회사의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 25 이상을 해당 외국자회사의 배당확정일 현재 6개월 이상 계속하여 보유하고 있는 법인을 말한다.



다. 사실관계

1) 쟁점① 관련 양당사자 제출 증빙 검토

가) 청구법인 제출 증빙 검토

(1) 홍콩거래소 상장 관련 기사 등

청구법인이 홍콩에서 사업기반을 가지고 있다고 주장하며, 아래와 같은 청구법인의 홍콩거래소 상장 관련 한국경제신문 기사 등 자료를 제시하였다.

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(2) B 대표 출입국 내역

청구법인은 C 지분인수와 관련한 이사회 회의록을 보면 결의 일자에는 모두 B 대표가 홍콩, 영국, 이태리 등 외국에 있었다고 주장하며, 아래와 같은 출입국 내역을 제시하였다.

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(3) 홍콩 세무국에 대한 세무보고 자료

청구법인은 회계기록이 보관되는 장소는 홍콩이며, 세무보고 역시 지속적으로 홍콩 세무국(IRD)에 해오고 있다고 주장하며, 아래와 같은 홍콩 세무국에 대한 세무보고 자료를 제시하였다.

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(4) L그룹 지분 관계도 및 주요 사업내용 등 관련 자료

청구법인과 그 자회사는 대부분 국외에서 수익사업을 영위한다고 주장하며 L그룹 지분 관계도 및 소재지와 주요 사업내용 관련 자료를 제시하였다.

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(5) 연구개발 보고서

연구개발 센터도 한국인이지만 중국 법인 소속 연구원(I), 이태리 법인 소속 연구개발 인력이 주도적으로 참여하는 구조라고 주장하며, 아래와 같은 연구개발 보고서 예시를 제시하였다.

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(6) L홍콩 상표권 등록 및 특허권 출원 현황

특허권 47개 출원 중 중국 33개, 상표권 314개 중 중국 등 해외 266개 등 지적재산권 출원ㆍ등록 대부분이 해외에서 이뤄지고 있다고 주장하며, 아래와 같은 L홍콩 상표권 등록 및 특허권 출원 현황을 제시하였다.

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(7) 홍콩 거주자 증명서

홍콩 세무당국은 청구법인에 대한 홍콩 거주자 증명서를 발급하였다며, 아래와 같은 증명서를 제시하였다.

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나) 조사청 제출 증빙 검토

(1) 청구법인의 국내사업장(M구 N타워)

조사청은 청구법인의 국내사업장은 서울시 M구 N타워 15층에 소재하고 있으며, C의 국내 계열사 C코리아컴퍼니㈜와 동일한 사업장을 사용하고 있다고 주장하며, 아래와 같은 N타워 층별 안내도 등을 제시하였다.

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(2) 최고경영자 B의 출입국 내역

조사청은 청구법인의 최고경영자 B의 2010년～2023년 연평균 국내 체류일수가 약 263일에 달하는 것으로 확인되므로, B이 통상적으로 업무를 수행한 장소는 국내다라고 주장하며, 아래와 같은 B의 국가별 체류일수 자료를 제시하였다.

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(3) N타워의 사무실 전화번호 안내 문서

조사청은 청구법인의 국내사업장이 위치한 서울 M구 P동 N타워의 사무실 전화번호를 안내하는 문서를 보면, N타워 건물 안에 업무를 수행하는 장소가 있었음을 알 수 있다고 주장하며, 아래와 같은 문서를 제시하였다.

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(4) 최고경영자 B을 보좌하는 중요 임원 O에 대한 청구법인의 CEO 임명서 등

조사청은 청구법인의 이사로서 이사회 단독 구성원인 B은 정관에 따라 2020.1월에 O를 청구법인의 CEO로 임명하였고, O에 대한 서면 질문조사 결과 O는 본인을 지주사의 대표로서 최대주주인 B의 의사결정을 위한 보고와 논의까지 하는 핵심적인 임원이라고 답변하였다고 주장하며, 아래와 같은 자료를 제시하였다.

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(5) 청구법인 국내 수행업무 확인 이메일 목록

조사청은 ‘O는 그룹의 법무총괄업무와 청구법인의 CEO를 겸임하며 청구법인의 자금계획, 전환사채인수ㆍ 출자전환 등 업무를 총괄하면서, 청구법인의 국내사업장인 N타워 15층에 주재하는 법인지원실(구 기획조정실) 소속 직원들에게도 청구법인의 업무를 지시하고 수행하도록 한 것으로 확인된다’고 주장하며 아래와 같은 청구법인 국내 수행업무 이메일 내용을 제시하였다.

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(6) O 작성 주요업무 성과보고서 등

조사청은 O가 청구법인의 중요한 업무를 수행하였다고 주장하며, 아래와 같은 O 작성 주요업무 성과보고서, 업무계획 서류 및 이사회 결정 관련 결재서류를 제시하였다.

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(7) 쟁점전환사채 취득 계약 체결시 B과 O 국내 체류 관련

조사청은 ‘청구법인의 중요 핵심임원인 O는 2017년부터 2023년까지 연평균 353일간 국내에 체류한 것이 확인되고, 특히 2017년 자산총액 대비 51.1%에 달하는 쟁점전환사채를 취득하는 계약체결 시점 최고 의사결정권자 B과 투자금 집행을 통제하는 주요 임원 O는 국내에 체류하고 있고, 쟁점전환사채 매매계약서에 기재된 통지를 받은 직원은 청구법인의 국내사업장에서 근무하고 있는 직원으로 수신된 팩스번호는 국내 번호로 확인되는 등 청구법인의 사업상 중요한 의사결정이 국내에서 이루어졌다’로 주장하며, 아래와 같은 자료들을 제시하였다.

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(8) 기타 중요 계약체결 업무 관련 직원들의 이메일, 업무보고서 등

조사청은 쟁점전환사채 매매계약 이외에도 다른 중요한 계약체결을 위한 업무 역시 청구법인의 국내사업장에서 수행하고 있다고 주장하며, 아래와 같은 중요한 계약체결 업무보고, 계약체결 업무 관련 이메일을 제시하였다.

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(9) 청구법인의 이사회 국내 개최 관련

조사청은 ‘청구법인의 이사회는 대부분 서면으로 진행되었는데 이사회 단독 구성원인 B만 참여하여 결정하였으며, 이사회 개최를 위한 중요 서류는 O 이사가 작성하여 보고하면 B이 서명하는 형식으로 진행되었다’고 주장하며 아래와 같은 이사회 결재 상신 등 자료를 제시하였다.

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(10) 청구법인의 이사회 개최 목록

조사청은 청구법인이 2017～2023년 기간 동안 총 86회의 이사회를 개최하는 동안 이사회의 단독 구성원인 B이 홍콩에 체류한 것은 단 3회에 불과하다고 주장하며, 아래와 같은 이사회 개최 목록을 제시하였다.

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(11) 장기적 사업전략 수립 등 중요한 관리업무의 국내 수행 관련 증빙

조사청은 청구법인의 ①장기적인 사업전략의 수립, ②기본정책 수립ㆍ 결정, ③재무관리 및 투자업무, ④주요 재산의 관리 및 핵심적인 소득창출 활동 등 중요한 관리업무가 청구법인의 국내사업장인 N타워 15층 법인지원실(구 기획조정실)에서 수행하였다고 주장하며, 법인지원실이 작성한 구조조정안 등 관련 증빙을 제시하였다.

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(12) 국내에서는 단기간 집행행위만 하였다는 청구주장에 대한 반박 자료

국내에서는 단기간 집행행위만 하였다는 청구주장에 대해 조사청은 아래의 2020년 작성 회사 소개서를 제시하며, 2017년부터 본격적으로 사업계획을 수립하고 있어 국내에서 단기간 사업활동의 세부적인 집행행위만을 수행했다고 볼 수 없다고 주장하고 있다.

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(13) 홍콩사업장은 국내 법인지원실 소속 부서로서 부수집행행위만 한 것이라는 조사청 주장에 대한 증거 자료

조사청은 아래의 O 문답내용, 그룹 조직도 등을 제시하며, 홍콩사업장 운영에 대해 O가 업무지시와 보고를 받는 관리자이고 홍콩 현지 직원들은 O의 관리 하에 업무를 수행하고 있다고 주장하고 있다.

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(14) 자금집행 공유시스템 관련

청구법인이 글로벌 의사결정의 근거로 제시한  "자금집행상황 공유시스템”에 대해, 조사청은 전체 그룹의 계열사가 모두 해당 시스템을 사용한 것은 2020년 6월경 부터이며 청구법인의 중요한 의사결정을 위해 만든 것이 아닌 계열사의 자금결제 내용을 확인하고재무분석을위해 만든 시스템이고, 이 시스템을 관리한 것은 홍콩 본사 직원이 아닌 ㈜S의 중국 현지법인 ‘U’가 운영하는 시스템이다라고 주장하며, 아래의 이메일, 캐시플로우 시스템 사용가이드 등 자료를 제시하였다.

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(15) 중요 기록물의 국내 생산ㆍ보관 관련 증빙

조사청은 아래의 법인지원실 공유폴더 화면 캡쳐 자료를 제시하며, 폴더에서는 쟁점전환사채 거래를 포함한 중요 거래와 관련된 문서가 확인되고, 법인지원실 직원들이 작성한 다수의 업무보고 메일을 통해 사업상 중요한 업무를 수행한 내용들이 확인된 것을 보면, 중요 기록물들은 홍콩사업장이 아닌 국내에서 작성되었다고 주장하고 있다.

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2) (쟁점④ 관련) 전환사채 투자계약서 등

가) 쟁점콜옵션의 기초자산인 쟁점전환사채가 원화채권인지 외화채권인지에 대해 양당사자 사이에 다툼이 있는데, C, G, C의 대주주 사이에 체결된 아래의 2014.6.24.자 투자계약서(별지3)에 의하면, 사채 권면총액은 원화(250억원)로 기재되어 있고,

전환가격은 원화(81,250원)와 외화(USD 79.78202) 모두 기재되어 있는데, 외화는 수기로 기재한 것으로 확인되고 환산비율은 1,018.40원인데, 계약 시점의 환율을 살펴보면 2014.6.24. 1017.70원, 2014.6.23. 1,019.30원, 2014.6.20. 1,021.20원, 2014.6.19. 1,018.50원으로 위 환산비율과 계약 체결일 직전의 환율이 유사한 것으로 확인된다.

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나) 청구법인이 외국환거래법에 따라 해외직접투자신고 시 제출한 아래의 사업계획서에 의하면, 전환가격을 외화로 기재하고 있는 것으로 확인된다.

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다) J회계법인의 콜옵션 평가보고서에 의하면, 전환가격을 위 쟁점전환사채 투자계약서 상의 원화가액인 81,250원을 적용한 것으로 확인된다.

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라. 판단

1) 쟁점①에 대한 판단

가) 관련 법리

구 법인세법 제2조 제1항 등은 내국법인과 달리 외국법인은 원칙적으로 국내원천소득에 대하여만 법인세 납세의무를 지는 것으로 정하고 있는데, 제1조 제1호는  "내국법인이란 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말한다." 고 규정하고, 제3호는  "외국법인이란 외국에 본점 또는 주사무소를 둔 단체(국내에 사업의 실질적 관리장소가 소재하지 아니하는 경우만 해당한다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 법인을 말한다." 고 규정하고 있다.

내국법인과 외국법인을 구분하는 기준의 하나인 ‘실질적 관리장소’란 법인의 사업수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이 실제로 이루어지는 장소를 뜻하고, 법인의 사업수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이란 법인의 장기적인 경영전략, 기본 정책, 기업재무와 투자, 주요 재산의 관리ㆍ처분, 핵심적인 소득창출 활동 등을 결정하고 관리하는 것을 말한다. 이러한 법인의 실질적 관리장소가 어디인지는 이사회 또는 그에 상당하는 의사결정기관의 회의가 통상 개최되는 장소, 최고경영자 및 다른 중요 임원들이 통상 업무를 수행하는 장소, 고위 관리자의 일상적 관리가 수행되는 장소, 회계서류가 일상적으로 기록ㆍ보관되는 장소 등의 제반 사정을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다. 다만 법인의 실질적 관리장소는 그 결정ㆍ관리행위의 특성에 비추어 어느 정도의 시간적ㆍ장소적 지속성을 갖출 것이 요구되므로, 실질적 관리장소를 외국에 두고 있던 법인이 이미 국외에서 전체적인 사업활동의 기본적인 계획을 수립ㆍ결정하고 국내에서 단기간 그 사업활동의 세부적인 집행행위만을 수행하였다면 종전 실질적 관리장소와 법인 사이의 관련성이 단절된 것으로 보이는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 법인이 실질적 관리장소를 국내로 이전하였다고 쉽사리 단정할 것은 아니다(대법원 2016.1.14. 선고 2014두8896 판결 등 참조).

한편, 구 법인세법 제1조의 문언을 살펴보면, 위 규정은  "장소”를 기준으로, 국내에 본점이나 주사무소를 설치한 법인 또는 국내에 사업의 ‘실질적 관리장소’를 둔 법인을 내국법인으로 정의하고 있을 뿐이고, ‘실질적 관리장소’를 둔  "목적”이 조세를 회피하기 위한 것일 때에만 내국법인으로 볼 수 있다고 규정하지 아니하였다. 이러한 문언과 달리 주관적 요소인 조세회피목적의 존부를 기준으로 내국법인 여부를 결정하도록 해석하는 것은 구 법인세법의 문언에 반하여 창설적인 요건을 만들어내는 해석으로 보인다. 구 법인세법 제1조 제1호가 내국법인의 판단기준인 ‘실질적 관리장소’와 관련하여 조세회피목적을 별도로 요구하고 있지 아니함에도, 그 판단에 있어 조세회피목적이 있을 것이 요구된다고 보기 어렵다(대법원 2022.1.27. 선고 2021두52471 판결, 서울고등법원 2012.8.25. 선고 2020누39268 판결 등 참조).

나) 청구법인이 내국법인인지에 대한 판단

(1) 위 법리와 다음과 같은 사정들을 종합해보면, 청구법인은 사업의 실질적 관리장소를 한국에 둔 내국법인으로 봄이 타당하다.

(2) 우선, 청구법인의 주장과 달리 내국법인 여부의 판단에 있어 조세회피 목적 유무는 고려대상이 아니라 할 것이다.

(3) 다음으로 사업의 실질적 관리장소에 대해 살펴보면, 청구법인의 최고경영자 B의 국내체류 일수는 쟁점콜옵션이 청구법인으로 이전되어 행사된 2017년보다 훨씬 전인 2013년부터 최소 230일에 이르고, B을 보좌하는 중요 임원 O의 국내체류일수, 청구법인의 업무와 관련한 O와 N타워 15층에 주재하는 법인지원실의 역할, 홍콩 직원들에 대한 O의 관리ㆍ감독, 홍콩 현지직원은 3명으로 부수적 집행행위만 수행한 것으로 보이는 점, 주주총회 개최장소가 B의 국내 거주지인 점, 청구법인의 중요 기록물이 법인지원실 직원이 공용으로 사용하는 폴더에 저장되어 있는 점 등을 종합해 보면, 사업의 실질적 관리장소는 한국으로 봄이 타당하므로 청구법인은 내국법인에 해당한다고 할 것이다.

2) 쟁점②에 대한 판단(본안 전 판단)

본안 심리에 앞서 동 쟁점에 대한 과세전적부심사청구가 적법한 청구인지를 살펴보면, 국세기본법 제81조의15 제2항 제1호는 세무조사결과통지를 과세전적부심사청구의 대상으로 규정하면서, 같은 조 제3항 제3호에서 세무조사결과통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 그 대상에서 제외하도록 규정하고 있는바,

이 사건에서 동 쟁점은 2017년 귀속에 대한 건으로서, 세무조사결과통지일인 2025.3.27.로부터 국세부과제척기간의 만료일(무신고 7년)인 2025.3.31.까지의 기간이 3개월 이하인 경우에 해당하여, 과세전적부심사청구의 대상에 해당하지 않으므로 부적법한 청구라 할 것이다.

3) 쟁점③(전환이익 과세의 적법성)에 대한 판단

가) 청구법인은 구 법인세법 제15조, 같은 법 시행령 제11조 제9호, 제88조 제1항 제8의2에 따라 쟁점전환사채의 주식 전환이익에 대해 과세하려면, 구 상증세법 제40조 제1항 각호의 요건을 갖춰야 하는데, 이 건에서 그 요건을 충족하지 못한다고 주장하고 있다.

나) 그러나, 구 법인세법 시행령 제11조 제9호는 ‘제88조 제1항 제8호의2에 따른 자본거래’로 인하여 ‘특수관계인’으로부터 분여받은 이익을 익금산입하는 특례규정으로서 이익을 분여받는 법인을 대상으로 하고 있는데, 법문언 상 동 조항은 ‘이익을 분여한 법인을 대상으로 하고 있는 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8의2 및 구 상증세법 제40조 제1항의 규정’ 중 자본거래의 유형만을 원용한 것이 명백하므로, 청구법인의 주장은 자의적 법해석에 불과하여 이를 받아들이기는 어렵다.

4) 쟁점④(쟁점전환사채가 원화채권인지)에 대한 판단

쟁점전환사채 투자계약서상 사채 권면액이 원화로 기재되어 있기는 하나, 이는 사채발행법인(C)이 홍콩법인임에도 투자자 및 대주주가 내국법인 및 거주자이어서 기재상의 고려를 한 것으로 보이며, 동 계약서 상 C의 향후 예상되는 당기순이익의 범위에 따른 전환비율(Refixing)을 약정하고 있는데, 당기순이익과 전환가액 모두 외화로 표시하고 있고, 청구법인이 외국환거래법에 따라 해외직접투자신고 시 제출한 사업계획서 상 위 리픽싱 요건에 따라 외화를 기준으로 계산하고 있는 등의 사정을 종합해 보면, 쟁점전환사채는 외화채권으로 봄이 타당하므로 원화채권이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

별론으로 조사청은 쟁점전환사채를 기초자산으로 하는 쟁점콜옵션의 가치 평가를 J회계법인에 의뢰하였는데, J회계법인의 평가보고서에 의하면 쟁점전환사채를 원화채권으로 보고 쟁점콜옵션 가치를 산정한 것으로 보이므로, 외화채권으로 하여 재평가해야 할 필요가 있다고 판단된다.

5) 쟁점⑤(외국납부세액공제 가능 여부)에 대한 판단

청구법인은 이 건 세무조사 당시 외국납부세액과 관련된 자료를 제출하지도 이에 대한 의견을 제시하지도 않았으며, 과세전적부심사청구 시에 제출한 자료도 이체 증빙 등 직접(원본)증빙이 아니라 연도별 외국납부세액을 단순 계산한 한글파일만 제출하고 있어, 청구법인의 외국납부세액이 실제 있는지 여부와 그 적정성에 대한 검증이 불가능하므로, 외국납부세액공제를 반영해 달라는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

5. 결론

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 없거나 부적법하므로 「국세기본법」제81조15 제5항 제1호, 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.

1) C이 지분 100% 보유

2) 청구법인의 2017사업연도 해외현지법인 재무상황표상 자산총액 558억원, 쟁점전환사채 인수가액 385억원

3)구국조법 제17조 [특정외국법인의 유보소득에 대한 배당간주] 제1항 : 조세피난처(법인의 부담세액이 실제 발생소득의 100분의 15이하인 국가 또는 지역)을 이용하여 조세를 회피하는 것을 방지하는 규정

4) 해외현지법인 재무상황표상 2017년말 청구법인 자산총액 558억원, 쟁점전환사채 인수가액 285억원(자산총액의 51.1%)

5) C이 100% 지배하고 있는 중국내 의약품 도매업체로 매출 대부분이 N그룹의 중국현지법인 T와의 거래에서 발생하며 L& C 그룹의 캐시카우(CASH COW)