1. 원고들의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

피고가 2024. 4. 30. 원고 유**에게 한 2018년 귀속 양도소득세 68,549,726원(가산세 포함) 및 2024. 5. 2. 원고 소**에게 한 2018년 귀속 양도소득세 68,549,726원(가산세 포함)의 각 경정거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 이 사건 주택의 양도와 양도소득세 신고ㆍ납부

1) 부부인 원고들은 2010. 6. 10. 서울 **구 **동 **-* *****아파트 제1**동 1***호(이하  "이 사건 주택”이라 한다)의 각 1/2 지분을 합계 825,000,000원에

취득하였고, 2018. 9. 18. 이 사건 주택을 이**에게 1,795,000,000원에 양도(이하  "이 사건 양도”라고 한다)하였다.

2) 원고들은 2018. 11. 30.경 이 사건 주택은 고가주택인 1세대 1주택에 해당한다고 보아 9억 원을 초과하는 부분의 양도차익에 대하여 장기보유특별공제(8년 보유에 따른 64%)와 일반 양도소득세율을 적용하여 각 양도소득세액 14,495,831원을 신고ㆍ납부하였다.

3) 이 사건 주택의 양도 당시 원고들 소유의 주택은 다음과 같다.



나. 원고들의 양도소득세 수정신고 및 경정청구

1) 원고들은 2020. 7. 20. 이 사건 양도 당시 9억 원을 초과하는 양도차익 부분에 대하여 장기보유 특별공제를 적용하지 않고 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제7항에 따른 중과세율(기본세율에 20%를 가산)을 적용하는 방식으로 1세대 3주택에 따른 양도소득세를 산정한 다음, 양도소득세액(가산세 포함)을 각 140,095,738원으로 수정하여 신고하고 그 차액을 납부하였다.

2) 원고들은 2023. 9. 4. 피고에 대하여 ‘이 사건 양도에 대하여도 장기보유 특별공제가 적용되어야 하고 중과세율이 배제되고 일반 양도소득세율이 적용되어야 한다’고 주장하면서 최초 신고ㆍ납부한 14,495,831원으로 양도소득세액의 경정을 청구하였다.

3) 피고는 원고 유**에 대하여는 2024. 4. 30., 원고 소**에 대하여는 2024. 5. 2., ‘이 사건 양도에 대하여는 장기보유 특별공제는 적용될 수 없고, 다만 세율은 구 소득세법 제104조 제7항에 따른 중과세율이 아니라 제55조 제1항에 따른 일반 양도소득세율이 적용되어야 한다’고 판단하면서, 정당한 양도소득세액(가산세 포함)을 각 83,045,557원으로 경정하였다(이하 피고가 원고들에 대하여 각 양도소득세액 54,506,204원, 가산세 14,043,522원 합계 68,549,726원의 경정을 거부한 처분을  "이 사건 거부처분”이라고 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지



2. 이 사건 거부처분의 위법 여부

가. 원고들의 주장

다음과 같은 이유로 이 사건 양도에 대하여 장기보유 특별공제가 적용되어야 한다.

1) 이 사건 양도에 따른 양도차익은 구 소득세법 제95조 제3항에 따라 결정되어야 하고, 구 소득세법 제95조 제3항은 ‘1세대 1주택으로 보는’ 고가주택에 대하여는 장기보유 특별공제를 적용한다는 취지로 해석하여야 한다.

2) 구 소득세법 제95조 제2항은  "제104조 제7항 각호에 따른 자산”을 장기보유 특별공제 적용대상에서 제외하고 있는바, 제104조 제7항에 따른 중과세율이 적용되는 주택만이  "제104조 제7항 각호에 따른 자산”에 해당한다고 보아야 한다. 소득세법 부칙(2008. 12. 26. 법률 제9270호) 제14조(이하  "이 사건 부칙규정”이라고 한다)는 제1항에서 2009. 3. 16.부터 2012. 12. 31.까지 취득한 주택에 대하여는 다주택자라고 하더라도 중과세율을 적용하지 않고 일반 양도소득세율을 적용하도록 정하였으므로, 이 사건 양도에 대하여는 구 소득세법 제104조 제7항에 따른 중과세율이 적용되지 않고 그 결과 구 소득세법 제95조 제2항에 따라 장기보유 특별공제가 적용되어야 한다.

3) 이 사건 부칙규정 제2항에서는 해당 주택을 양도하는 경우 장기보유 특별공제를 적용하지 않는다고 규정하고 있었다. 그러나 위 부칙이 2012. 1. 1. 법률 제11146호로 개정되면서 장기보유 특별공제를 배제하는 제14조 제2항 규정이 삭제된 이상 이 사건 부칙규정의 내용이 이 사건 주택에 대한 장기보유 특별공제의 적용을 배제하는 근거가 될 수는 없다.

4) 이 사건 양도에 대하여는 구 소득세법 시행령(2018. 10. 23. 대통령령 제29242호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제155조 제1항의 일시적 2주택자의 특례, 제155조 제20항의 거주주택 특례가 중복적으로 인정될 수 있어 이 사건 양도는 구 소득세법 제89조, 구 소득세법 시행령 제154조, 제155조에 따라 ‘1세대 1주택으로 보는 경우’에 해당하는바, 그렇다면 이 사건 주택은 구 소득세법 제104조 제7항, 구 소득세법 시행령 제167조의3이 규정하고 있는 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’이라고 볼 수 없다.

5) 2018년도 이전까지는 장기임대주택을 보유한 임대사업자의 거주주택과 관련하여 대체주택 취득 과정에서 일시적 2주택(장기임대주택을 제외할 경우)이 된 경우에도 비과세가 적용된다는 행정해석이 다수 존재하였는바, 이와 다른 새로운 해석을 소급하여 적용한 이 사건 거부처분은 국세기본법 제18조 제3항에 위반되어 위법하다.

6) 구 소득세법 제95조 제2항은 1세대 3주택에 해당하는 주택에 대하여는 장기보유 특별공제의 적용을 제외하도록 규정하고 있는바, 이는 입법목적을 달성하기 위한 부적절한 수단에 해당하고 침해의 최소성이나 법익 균형성도 갖추지 못하여 납세자의 재산권을 과하게 침해하므로 위헌에 해당한다.

나. 판단

1) 이 사건 양도에 대하여는 구 소득세법 제95조 제3항에 따라 장기보유 특별공제가 적용되어야 하는지

살피건대 구 소득세법 시행령 제154조, 제155조에 따라 ‘1세대 1주택으로 보는 경우’에 해당하지만 양도가액이 9억 원을 초과하는 ‘고가주택’에 대하여 장기보유 특별공제를 적용할 것인지의 여부는 구 소득세법 제95조 제2항에 따라 결정되어야 하고, 장기보유 특별공제가 인정되는 경우든 인정되지 않는 경우든 그 양도차익과 장기보유 특별공제액의 산정은 구 소득세법 제95조 제3항의 위임에 따른 구 소득세법 시행령 제160조에 의하여 이루어져야 한다고 해석함이 상당하다. 그 근거는 아래 기재와 같다.

그렇다면 이 사건 양도는 아래 4)항에서 살피는 것과 같이 구 소득세법 제104조 제7항 제3호, 구 소득세법 시행령 제167조의3이 규정한 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’의 양도에 해당하여 구 소득세법 제95조 제2항에 따라 장기보유 특별공제의 대상이 될수 없으므로, 구 소득세법 제95조 제3항과 구 소득세법 시행령 제156조의 내용 중 장기보유 특별공제에 대한 부분은 적용될 여지가 없다고 보아야 한다. 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

① 구 소득세법 제95조, 제89조 제1항, 구 소득세법 시행령 제159조의3, 제160조의 문언과 체계를 종합해 보면, 구 소득세법 제95조 제1항은 양도소득금액을 계산하는 방식(= 양도가액 - 필요경비 - 장기보유 특별공제액)을 규정하고, 제95조 제2항은 장기보유 특별공제의 적용요건과 보유기간별 인정되는 특별공제액(공제율)을 규정한 것으로 볼 수 있다. 보다 구체적으로는 제2항 본문에서는 ‘구 소득세법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것’에 대하여 표1에 기재된 보유기간별 공제율을 정하고 있다고 보아야 하고, 제2항 단서에서는 ‘구 소득세법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다) 중 대통령령으로 정하는 1세대 1주택으로서 보유기간이 3년

이상인 것’에 대하여 표2에 기재된 보유기간별 공제율을 정하고 있다고 해석함이 상당하다.

② ‘1세대 1주택으로 보는 경우’에 해당하지만 양도가액이 9억 원을 초과하는 ‘고가주택’의 양도는 비과세대상에 해당하지 않으므로, 이에 대하여도 원칙적으로 구 소득세법 제95조 제1항과 제2항에 따라 양도차익과 장기보유 특별공제액을 산정하여야 한다. 다만 구 소득세법 제95조 제3항은 이런 경우에는 대통령령이 정하는 방식으로 양도차익과 장기보유 특별공제를  "계산”한다고 규정하고 있는바, 구 소득세법 제95조 제3항은 ‘고가주택’에 대하여 구 소득세법 제95조 제2항과 독자적으로 장기보유 특별공제를 인정하는 근거규정에 해당하지 않고, 구 소득세법 제95조 제2항에 의하여 장기보유 특별공제가 인정될 경우 장기보유 특별공제액을 계산하는 구체적인 계산식을 규율한 것으로 봄이 타당하다. 소득세법은 ‘1세대 1주택으로 보는’ 주택 중 양도가액이 9억 원 이하인 주택이 비과세 대상인 점을 고려하여 9억 원을 초과하는 ‘고가주택’에 대하여는 실제 발생한 전체 양도차익 중 일정한 비율만을 양도차익으로 인정하고 있고, 그 당연한 귀결로서 해당 ‘고가주택’에 대한 장기보유 특별공제액을 계산하기 위한

계산식이 필요하다고 할 것인바, 구 소득세법 제95조 제3항은 이를 규율한 것으로 보아야 한다.

③ 구 소득세법 제95조 제3항의 위임에 따른 구 소득세법 시행령 제160조 제1항은 고가주택의 양도차익은 ‘법 제95조 제1항에 따른 양도차익’에 일정한 비율(전체 양도가액 중 9억 원 초과분의 비율)을 곱하여 계산하도록 하였고, 고가주택의 장기보유 특별공제액은 ‘법 제95조 제2항에 따른 장기보유 특별공제액’에 동일한 비율을 곱하여 계산하도록 규정하고 있다. 이는 구 소득세법 제95조 제1항이 규정한 대로의 양도차익에 일정한 비율을 적용하여 양도차익을 구하고, 구 소득세법 제95조 제2항이 규정한 대로의 장기보유 특별공제액에 일정한 비율을 적용하여 장기보유 특별공제액을 구하도록 명시한 것으로 볼 수 있다. 제95조 제2항은  "장기보유 특별공제액”을 법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산을 제외한다)의 양도에 대한 것으로 규정하고 있는바, 위 조항의 해석에 의할 때 구 소득세법 제104조 제7항에 해당하는 자산에 대하여는 ‘소득세법 제95조 제2항에 따른 장기보유 특별공제액’이 존재할 수 없다고 보아야 한다.

2) 구 소득세법 제95조 제2항의 해석에 의할 때 제104조 제7항에 따른 중과세율을 적용받는 경우에만 장기보유 특별공제 대상에서 제외되는 것으로 보아야 하는지

원고는 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호에서 장기보유 특별공제 대상에서 제외되어 있는  "제104조 제7항 각 호에 따른 자산”은  "제104조 제7항에 따른 중과세율을 적용받는 자산”을 의미하는 것으로 해석하여야 한다고 주장한다.

살피건대 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장 또는 유추해석하는 것은 허용할 수 없는바(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조), 1세대 다주택인 주택이 양도소득세 중과세율 대상에서 제외된다고 하여 장기보유 특별공제를 적용해야 하는 필연적인 연관성이 있다고 인정하기 어렵고, 원고의 위 주장은  "구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 따른 자산”을 명확한 근거 없이 한정적으로 축소하여 해석하는 것으로서 규정의 문언에 명백히 반하여

받아들일 수 없다.

3) 이 사건 부칙규정 제2항이 삭제되었음을 고려할 때, 이 사건 양도에 장기보유 특별공제가 적용되는 것으로 보아야 하는지

이 사건 부칙규정 제1항은 여러 차례 소득세법의 개정을 거치면서도 삭제되거나 적용범위가 제한되는 등의 조치가 없었으므로 ‘2009. 3. 16.부터 2012. 12. 31.까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율을 적용한다’는 조항은 계속 그 효력을 유지한다. 반면 해당 주택을 양도하는 경우 장기보유 특별공제를 적용하지 않는다고 규정한 부칙규정 제2항은 삭제되었으므로 부칙규정 제1항의 기간 동안 취득한 주택의 장기보유 특별공제와 관련하여서는 이 사건 부칙규정에 아무런 규율이 없는 상태가 되었다(2012. 1. 1. 법률 제11146호로 소득세법이 개정되면서 이 사건 부칙규정 제2항이 삭제된 것은 위 개정 당시 소득세법 제95조 제2항에서 다주택자가 장기간 보유한 주택에 대하여도 장기보유 특별공제를 적용하도록 하였기 때문에 그 개정 취지에 따르기 위한 것으로 보인다). 따라서 이 사건 부칙규정의 내용이 이 사건 양도에 대하여 장기보유 특별공제를 배제하는 논거가 될 수 없다는 원고의 주장은 기본적으로 타당성이 인정된다.

다만 소득세법이 2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되면서 소득세법 제95조 제2항의 장기보유 특별공제와 관련하여 ‘제104조 제7항 각 호에 따른 자산’은 그 적용대상에서 제외되게 되었다. 개정 소득세법의 시행과 관련하여 부칙 제1조, 제2조 제2항은 ‘양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행일인 2018. 1. 1. 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용하고, 제95조 제2항 각 표 외의 부분 본문의 개정규정은 2018. 4. 1.부터 시행한다’라고 규정하였을 뿐 그 적용대상을 달리 정한 바가 없다.

그렇다면 이 사건 양도에 대하여는 양도시의 법률인 구 소득세법 제95조 제2항이 적용되고 그 결과 장기보유 특별공제가 적용될 수 없다고 해석되어야 한다.

4) 구 소득세법 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제154조, 제155조에 의해 ‘1세대 1주택으로 보는 경우’에 해당하는 이상 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에 따른 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’에서 제외되는지 여부

가) 양도소득에 대한 세율은 구 소득세법 제104조에 따라 계산하게 되는데, 주택의 경우 원칙적으로 구 소득세법 제55조 제1항에 따른 일반 양도소득세율을 적용하되(제1항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하게 된다(제7항 제3호). 한편 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항은  "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 ‘국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서 제1호에서 수도권, 광역시ㆍ 특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제2호에서 장기임대주택을, 제10호에서 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(일반주택)을 들고 있다.

나) 이러한 관계 법령의 문언 및 체계에 의하면, 양도소득에 대한 세율은 주택 수에 따라 결정하게 되는바, 법문상 1세대가 소유하는 주택 수가 3개 이상인지 여부를 판단할 때에는 거주자가 실제 소유하는 모든 주택을 산입하게 되고, 다만 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호에 규정된 주택(수도권 및 광역시, 특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택)만을 주택 수 산정에서 제외할 뿐 나머지 각호에 규정된 주택은 모두 주택 수 산정에는 포함되며, 각 호에 해당하는 주택이 양도대상이 되는 경우에만 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’에 따른 중과세율에서 제외하고 있다.

다) 이 사건에서 살피면, 원고들은 이 사건 양도 당시 이 사건 주택, 이 사건 대체주택, 이 사건 임대주택의 3주택을 소유하고 있었고, 위 3개의 주택은 모두 수도권 소재 주택으로 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호에 해당하지 않으므로 원고들은 위 시행령에 의할 때 1세대가 3주택을 소유하는 경우에 해당한다. 다음으로 양도 대상인 이 사건 주택이 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항의 각호에 해당하는지를 살피면, 이 사건 주택은 제2호의 장기임대주택의 요건을 갖추지 못하고 있고, 원고들은 이 사건 임대주택을 제외하고도 2개의 주택을 소유한 경우이므로 이 사건 주택은 제10호의 일반주택에도 해당하지 않는다. 그렇다면 이 사건 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에서 규정한 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 양도한 경우에 해당한다.

라) 원고는, 이 사건 양도는 이 사건 임대주택(장기임대주택에 해당함)을 소유한 1세대가 2년 이상 거주한 거주주택을 양도하는 경우로서 거주주택을 양도하기 전에 이 사건 대체주택을 취득함으로써 일시적 2주택(장기임대주택을 제외할 경우)이 되었다가 대체주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전 주택을 양도하는 경우에 해당하므로, 구 소득세법 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제154조 제1항, 제155조 제1항, 제20항에 의할 때 ‘1세대 1주택으로 보는 경우’(다만 양도가액 9억 원을 초과하여 ‘고가주택’에 해당함)의 요건을 충족하고, 그 결과 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에서 규정한 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’에는 해당하지 않는 것으로 해석되어야 한다고 주장한다.

살피건대, 구 소득세법 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제154조, 제155조는 양도소득세 비과세 대상(다만 양도가액 9억 원을 초과하는 ‘고가주택’의 경우는 비과세 대상에서 제외되고 구 소득세법 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령 제160조에 따라 일정한 범위에서만 양도차익을 산정하게 된다)이 되는 ‘1세대 1주택’ 또는 ‘1세대 1주택으로 보는 경우’를 규정한 것인 반면, 구 소득세법 제104조 제7항, 구 소득세법 시행령 제167조의3은 양도소득세 중과세율이 적용되는(그 결과 구 소득세법 제95조 제2항에 의해 장기보유 특별공제 대상에서도 제외되게 된다) ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 인정하는 범위에 관한 규정으로서, 전자는 비과세 사유, 후자는 중과세율 대상 사유에 관한 독자적인 규정에 해당한다. 전술한 바와 같이 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장 또는 유추해석하는 것은 허용할 수 없는바, 이 사건 양도가 ‘1세대 1주택으로 보는 경우’에 해당한다고 하여 곧바로 구 소득세법 제104조 제7항, 구 소득세법 시행령 제167조의3에 따른 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’에서 제외된다고 해석할 근거가 없다.

한편 소득세법 시행령이 2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정되면서 제167조의3 제1항 13호에 ‘제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항에 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택’이라는 조항이 신설되었고, 이로써 구 소득세법 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령 제154조, 제155조에 따라 ‘1세대 1주택으로 보는 경우’는 구 소득세법 제104조 제7항에 따른 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’ 범위에서 명시적으로 제외되게 되었으나, 이 사건 양도 당시에는 위와 같은 명시적인 규정이 없었던 이상 구 소득세법 제104조 제7항에 따른 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’의 범위를 원고의 주장과 같이 해석할 수는 없다.

5) 국세기본법 제18조 제3항 위반 여부에 대한 판단

국세기본법 제18조 제3항이 규정하고 있는 ‘일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행’이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 그와 같은 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하는바, 위와 같은

공적 견해의 표시는 비과세의 사실상태가 장기간에 걸쳐 계속되는 경우에 그것이 그 사항에 대하여 과세의 대상으로 삼지 아니하는 뜻의 과세관청의 묵시적인 의향의 표시로 볼 수 있는 경우 등에도 이를 인정할 수 있다(대법원 2009. 12. 24. 선고 2008두15350 판결 등 참조).

살피건대, 원고가 지목하고 있는 행정해석들은 2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되기 이전의 소득세법령의 해석상 장기임대주택을 소유한 임대사업자가 장기임대주택을 제외하고 1주택인 거주주택을 양도하기에 앞서 대체주택을 취득하여 일시적 2주택자(장기임대주택을 제외할 경우)에 해당하는 경우 소득세법 제89조 제1항 제3호, 소득세법 시행령 제154조, 제155조가 규정한 ‘1세대 1주택으로 보는 경우’로 인정할 수 있다는 취지(그 결과 양도소득세 비과세 대상에 해당하게 되고, ‘고가주택’인 경우에는 전체 양도차익 중 일정 비율에 대하여 양도차익을 산정하게 된다)인 것으로 볼 수 있다. 이 사건 거부처분 역시 이 사건 주택이 위 조항에 따라 ’1세대 1주택으로 보는 경우‘에 해당함을 전제로 하고 있으므로, 위의 해석은 이 사건 처분에서도 그대로 유지된 것으로 볼 수 있다.

반면 원고가 제출하는 자료만으로는 장기임대주택을 제외하고 일시적 2주택자에 해당하는 임대사업자의 기존 거주주택이 소득세법 제104조, 소득세법 시행령 제167조의3이 규정한 ’1세대 3주택 이상에 해당하는 주택‘에 해당하지 않는다거나 그 결과 소득세법이 2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정된 이후에도 장기보유 특별공제가 적용될 수 있다는 취지의 과세관청의 해석이나 확고한 과세관행이 존재하였다고 인정하기 어렵다. 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

6) 구 소득세법 제95조 제2항의 괄호부분의 위헌 여부에 대한 판단

다음과 같은 이유에서 구 소득세법 제95조 제2항의  "제104조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다” 부분이 과잉금지의 원칙 등에 위배되어 원고들의 재산권을 침해한다고 볼 수 없으므로, 원고들의 주장은 받아들이지 아니한다(구체적인 판단내용은 이 법원 2025아11119호 결정의 내용과 같다).

① 해당 조항은 투기 목적이 있는 주택 소유를 억제하여 국민 다수의 주거생활 안정과 주택 가격안정을 이룩하려는 공익을 위한 것이므로 입법목적의 정당성이 인정된다.

② 해당 조항은 시행일이 2018. 4. 1.로 3개월 이상의 유예기간이 부과되었을 뿐만 아니라, 1세대 2주택 이상의 다주택자의 주택양도에 관하여 예외 없이 일률적으로 장기보유특별공제를 배제하는 규정이 아니고 오히려 대통령령으로 여러 예외를 규정할 수 있는 여지를 두고 있다. 이 사건 법률조항이 앞서 본 입법목적을 달성하는 데 부절적한 수단을 채택하였다고 하기 어렵고, 침해 최소성 원칙을 벗어났다고 보기도 어렵다. 또한 이 사건 법률조항으로 인해 1세대 2주택 이상에 해당하는 납세의무자가 입게 되는 불이익이 이 사건 법률조항이 추구하는 공익에 비해 균형을 상실할 정도로 크다고 할 수도 없으므로 이 사건 법률조항은 법익의 균형성도 충족한다.

③ 헌법재판소는 이미 ’소득세법상 1세대 3주택 이상에 해당하는 자에게 양도소득금액을 정함에 있어 장기보유 특별공제를 배제하고 있는 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되고, 2007. 12. 31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것) 제95조제2항 본문 중  "제104조 제1항 제2호의3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산을 제외한다” 부분이 과잉금지원칙에 위배되어 1세대 3주택 이상에 해당하는 자의 재산권을 침해한다고 볼 수 없다‘고 결정하였는바(헌법재판소 2010. 10. 28. 선고 2009헌바67 결정 참조), 위 헌법재판소 결정과 달리 판단할 만한 사정이 확인되지 않는다.



3. 결론

원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.