1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 원고에 대하여 한 별지 기재 각 부가가치세(가산세 포함) 부과처분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위
가. aaaaa(이하 ‘aaaa’라 한다)는 여러 나라에 자회사를 설립하여 운송주선업 등을 영위하고 있다. 원고는 aaaa가 국내에 설립한 회사로 aaaa 및 aaaa가 해외 각국에 설립한 회사 등(이하 ‘aaaa 국외법인’이라 한다)과 연계하여 운송용역을 공급하여 왔다.
나. 원고는 2017년 제2기부터 2022년 제1기까지의 과세기간 운송의뢰업체가 aaaa 국외법인 등에 국제운송용역을 의뢰하여 운임을 지급하고, 원고는 위 용역 중 국내 운송용역을 수행한 다음 aaaa로부터 원고가 담당한 국내 운송용역에 관한 대가를 수취하는 구조로 이루어진 운송용역(이하 ‘이 사건 운송용역’이라 한다)이 부가가치세법상 외국항행용역에 해당한다는 전제에서 이에 관한 부가가치세를 영세율로 신고하였다.
다. 피고는 2023. 1. 11. 및 2023. 3. 2. 이 사건 운송용역이 부가가치세법상 영세율적용대상이 아니라고 보고, 원고에게 별지 기재 각 부가가치세(가산세 포함) 부과처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

2. 이 사건 처분의 위법 여부
가. 관련 규정 및 법리
1) 부가가치세법은 선박 또는 항공기에 의한 외국항행용역의 공급에 대하여는 부가가치세에 관하여 영세율을 적용하고(제23조 제1항), 이때 외국항행용역은 선박 또는 항공기에 의하여 여객이나 화물을 국내에서 국외로, 국외에서 국내로 또는 국외에서 국외로 수송하는 것을 말하며, 외국항행사업자가 자기의 사업에 부수하여 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것을 포함하고(제23조 제2항), 외국항행용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록(제23조 제3항) 규정하고 있다.
위와 같은 부가가치세법의 위임에 따른 부가가치세법 시행령은 외국항행용역에 포함되는 외국항행사업자가 자기 사업에 부수하여 공급하는 재화 또는 용역으로 ① 다른 외국항행사업자가 운용하는 선박 또는 항공기의 탑승권을 판매하거나 화물운송계약을 체결하는 것, ② 외국을 항행하는 선박 또는 항공기 내에서 승객에게 공급하는 것, ③ 자기의 승객만이 전용(專用)하는 버스를 탑승하게 하는 것, ④ 자기의 승객만이 전용하는 호텔에 투숙하게 하는 것을 규정하고(제32조 제1항), 운송주선업자가 국제복합운송 계약에 의하여 화주로부터 화물을 인수하고 자기 책임과 계산으로 타인의 선박 또는 항공기 등의 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 화주로부터 운임을 받는 국제운송용역은 외국항행용역의 범위에 포함된다고 규정하고 있다(제32조 제2항 제1호, 이하 ‘이 사건 규정’이라 한다).

2) 부가가치세제하에서 영세율의 적용은 예외적, 제한적으로 인정되는 것이고(대법원 2008. 5. 8. 선고 2007두10082 판결 등 참조), 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 그리고 어떠한 거래에 대하여 영세율 적용 여부의 다툼이 있는 경우 영세율 적용요건에 관한 증명책임은 영세율 적용을 주장하는 자에게 있다(대법원 2024. 4. 12. 선고 2023두58701 판결 등 참조).

나. 판단
원고는 이 사건 운송용역이 이 사건 규정 등에 따른 국제운송용역에 해당하므로 이에 관하여 영세율이 적용되어야 한다고 주장한다. 그러나 앞서 든 증거들과 갑 제4내지 15호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 또는 사정 등을 종합하여 보면, 이 사건 운송용역은 부가가치세법상 영세율이 적용되는 국제운송용역에 해당한다고 볼 수 없다. 이와 다른 전제에 있는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

1) 이 사건 규정의 문언에 의하면, 이에 따른 영세율이 적용되기 위해서는 운송주선업자가 국제복합운송계약에 의하여 화주로부터 화물을 인수하고, 화물을 운송한 다음 화주로부터 운임을 지급받아야 한다. 여기서 화주는 ‘운송계약에 의하여 운송인에게 운송을 위탁한 사람’을 의미하고, 이 사건 규정은 운송주선업자가 자기의 책임과 계산으로 운송용역을 수행할 것을 요구하고 있으므로, 이 사건 규정이 적용되기 위해서는 운송주선업자가 직접 국제복합운송계약의 당사자가 되어야 한다.

2) 이에 대하여 원고는 해운법 제2조 제10호는 화주에는 물류정책기본법 제2조 제1항 제11호에 따른 국제물류주선업에 종사하는 자를 포함한다고 규정하고 있고, 물류정책기본법 제2조 제1항 제11호에서 국제물류주선업을 타인의 수요에 따라 자기의 명의와 계산으로 타인의 물류시설ㆍ장비 등을 이용하여 수출입화물의 물류를 주선하는 사업을 말한다고 규정되어 있으며, 조세제한특례법 제104조의30 제1항은 화주기업에 물류정책기본법에 따라 국제물류주선업자로 등록한 기업을 포함하고 있는바, 이와 같은 법령 내용에 비추어 볼 때 ‘화주’ 개념에는 단순히 화물의 소유권자뿐만 아니라 그자로
부터 운송주선 위탁을 받은 다른 운송주선업자도 포함한다고 주장한다. 그러나 이 사건 규정의 문언과 과세요건에 관한 조세법규의 엄격 해석의 원칙에 비추어 보면, 운송주선업자가 화주와 국제복합운송계약을 체결함이 없이 다른 운송주선업자 등과의 계약관계에 따라 그로부터 대가를 수취하는 국내운송용역은 국제운송용역에 연결되어 있다는 사정만으로 이 사건 규정 등에 따른 외국항행용역에 해당한다고 볼 수 없다.

3) 원고는 이 사건 운송용역에 관하여 화주로 볼 수 있는 외국 수입업자 또는 국내 수출업자와 국제복합운송계약을 체결하고 운송용역을 제공한 다음 그로부터 운임을 지급받은 것이 아니라, aaaa와의 계약관계 등에 따라 이 사건 운송용역을 수행한 다음 그로부터 이에 대한 운임 등을 정산받았으므로, 이 사건 운송용역은 이 사건 규정 등에 따른 외국항행용역에 해당한다고 볼 수 없다. 이에 대하여 원고는 aaaa와의 운송협약(이하 ‘이 사건 운송협약’이라 한다)에 기초하여 원고, aaaa, aaaa 국외법인 등이 공동으로 화주로부터 운송을 의뢰받은 것이라는 취지로 주장하나, 원고가 화주와의 운송계약에 관하여 aaaa 등과 함께 계약당사자의 지위에 있었다고 볼 만한 객관적인 자료(이사건 운송용역에 관하여 원고가 계약당사자로 포함된 화주와의 계약서, 원고가 화주로부터 이 사건 운송용역에 관한 대금을 지급받았음을 확인할 수 있는 자료 등)가 없다. 또한 원고와 aaaa가 공동으로 국제복합운송영업을 하기로 하고 국제운송서비스 제공과 관련한 내부적인 역할 분담을 위해 이 사건 운송협약을 체결하였다거나, 이 사건 운송협약에 aaaa가 원고가 수행한 업무에 관하여 손실을 보전해주고, 일정 비율의 수익을 보장해 주는 내용이 포함되어 있다는 사정만으로는 제3자인 화주와의 관계에서 원고가 국제복합운송계약의 당사자 지위에 있었다고 볼 수 없다. 나아가 원고와 aaaa가 상호출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정하였다고 볼 만한 자료도 없으므로, 원고가 주장하는 것과 같이 원고와 aaaa가 조합 관계에 있었다고 볼 수 없고, 설령 원고와 aaaa가 조합 관계에 있었다고 하더라도 그와 같은 조합계약에 의한 조합이 이 사건 운송용역에 관한 화주와 국제복합운송계약을 체결하였다고 볼 만한 자료도 없다.

4) 원고가 국내 수출자 또는 국내 수입자와 국제복합운송계약을 체결하고 전체 구간에 관한 운임을 수취한 후, 국외구간에 대하여 aaaa에 운송을 의뢰하고 이 사건 운송협약 등에 의하여 비용을 지급 또는 정산하는 방식으로 수행한 용역(이하 ‘이 사건 외국항행용역’이라 한다)은 운송주선업자가 국제복합운송계약에 의하여 화주로부터 화물을 인수하고 자기 책임과 계산으로 타인의 선박 또는 항공기 등의 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 화주로부터 운임을 받는 국제운송용역으로 부가가치세법상 영세율이 적용되는 외국항행용역으로 볼 수 있다. 그러나 이 사건 운송용역은 국제복합운송계약에 의하여 화주로부터 화물을 인수하고, 화물을 운송한 다음 화주로부터 운임을 지급받는 방식으로 수행한 용역이 아니라는 점에서 이 사건 외국항행용역과 분명히 구분된다.

3. 결론
그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.