처분청이 2024. 7. 29. 청구인에 대하여 한 2019년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 경정청구 거부처분을 취소한 후[별지 1] 기재 각 토지의 50%에 해당하는 토지를 분리과세대상으로 보아 종합부동산세 및 농어촌특별세 과세표준 및 세액을 경정하여야 한다.

1. 원 처분의 요지

가. 청구인은 2019. 12. 15. ⊙도 ●시 소재 토지 등 [별지 1] 기재 토지5건을 포함한 청구인 소유 부동산에 대하여 2019년 귀속 종합부동산세7,830,493,965원 및 농어촌특별세 1,566,098,793원 계 9,396,592,758원(이하  "종부세등”이라 한다)을 신고ㆍ납부하였다.

나. 청구인은 2024. 6. 3. [별지 1] 기재 각 토지(이하  "쟁점토지”라 한다)의구 「지방세특례제한법」(2021. 12. 28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제84조 제2항에 따른 재산세 경감비율(50%)에 해당하는 토지(62,737㎡)는 분리과세대상에 해당하므로 종합부동산세 과세대상이 아니고 나머지 토지(62,737㎡)에 대한 종합부동산세는 재산세 감면비율 상당액을 감면하여야 한다는 사유로 청구인이 납부한 2019년 귀속 종부세 등에서 539,623,170원을 감액경정하여환급해 달라는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 같은 해 7. 29. 경정청구를 거부(이하  "이 사건 거부처분”이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건의 청구 취지는 이 사건 거부처분을 취소하여 달라는 것이다.

나. 청구 이유

구 「지방세법」(2019. 12. 3. 법률 제16663호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항에 따르면 토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분되는데 이 사건 토지 중 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 종합합산과세대상ㆍ별도합산과세대상으로 보지 아니하여 분리과세대상에 해당하므로 종합부동산세 과세대상에서 제외하여야 한다.

3. 처분청의 의견

구 「지방세법」제106조 제1항에 따르면 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 또는 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지를 종합합산과세대상ㆍ별도합산과세대상으로 보지 않는다고 규정하고 있을 뿐 분리과세대상이 된다고 규정하고 있지 아니하며, 쟁점토지의 재산세 경감비율에 해당하는 토지는 종부세 등 과세표준에서 이미 제외된 점 등을 볼 때 이 사건 거부처분은 정당하다.

4. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 사건의 다툼은 쟁점토지 중 재산세 경감비율에 해당하는 토지를 분리과세대상으로 보아 종합부동산세 과세대상에서 제외하고 나머지 토지에 대해서는그 과세표준액에 해당 경감비율을 곱한 금액을 경감하여야 하는지 여부이다.

나. 인정사실

이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.

1) 청구인은 쟁점토지에 대해서 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한법률」에 따른 공공시설을 위한 토지로서 도시관리계획의 결정 및 도시관리계획에 관한 지형도면의 고시가 된 후 과세기준일 현재 미집행된 토지(125,474㎡, 이하  "쟁점토지”라 한다)에 해당한다는 이유로 구 「지방세특례제한법」제84조 제2항에 따라 [표]와 같이 2019년 귀속 재산세를 50% 경감받았다.1)

*1) 사권 제한토지 등으로 재산세의 100분의 50이 경감됨


2) 청구인은 쟁점토지 중 재산세가 과세된 토지 62,737㎡를 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상으로 구분하여 2019년 귀속 종부세 등을 납부하였다.

3) 청구인은 2024. 6. 3. 쟁점토지 중 재산세 경감비율에 해당하는 토지(62,737㎡)는 분리과세대상이므로 종합부동산세 과세대상에서 제외하여야 하고나머지 토지(62,737㎡)에 대한 종합부동산세는 재산세 경감비율 상당액을 감면하여야 한다는 이유로 2019년 귀속 종부세 등에서 539,623,170원을 감액경정하여환급해 달라는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 같은 해 7. 29. 쟁점토지의 재산세 경감비율에 해당하는 토지는 분리과세대상에 해당한다고 볼 수 없고종합부동산세 등 과세표준에서 이미 제외되었다는 사유로 이 사건 거부처분을 하였다.

다. 관계 법령

이 사건과 관계되는 법령은 「종합부동산세법」제11조 등 [별지 2] 기재와같다.

라. 판단

「종합부동산세법」제11조에 따르면 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 「지방세법」제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 별도합산과세대상으로 구분하여 과세한다고되어 있다.

구 「지방세법」제106조 제1항에 따르면 토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다고 하면서 이법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다고 되어 있다.

이와 관련하여 구 「지방세법」제106조 제1항은 재산세 과세대상인 토지를 종합합산과세대상ㆍ별도합산과세대상ㆍ분리과세대상으로 분류하고 있으므로 이 법또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지 역시 종합합산과세대상ㆍ별도합산과세대상ㆍ분리과세대상 중 어느 하나에 반드시 포섭되어야 하는데, 같은 항 제1호 단서 나목 및 제2호 단서에서 이 법 또는 다른법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상으로 보지 않으므로 명시적으로 같은 항 제3호 소정의 분리과세대상에 해당하지 않더라도 정책적인 고려에 따라 마련된 제106조 제1항 제1호 단서 나목 및 제2호 단서의 규정으로 인하여 종합합산과세대상이나별도합산과세대상이 아닌 분리과세대상으로 간주되어야 한다.2)

한편 「지방세특례제한법」제179조에 따르면 이 법 또는 다른 법령에서 토지에 대한 재산세의 경감 규정을 둔 경우에는 경감대상 토지의 과세표준액에 해당경감비율을 곱한 금액을 경감한다고 되어 있고, 「종합부동산세법」제6조 제1항에는 「지방세특례제한법」또는 「조세특례제한법」에 의한 재산세의 비과세ㆍ과세면제 또는 경감에 관한 규정은 종합부동산세를 부과하는 경우에 준용한다고 되어 있다.

위 관계 법령 및 법리 등에 비추어 쟁점토지 중 재산세 경감비율에 해당하는 토지를 분리과세대상으로 보아 종합부동산세 과세대상에서 제외하고 나머지토지에 대해서는 그 과세표준액에 해당 경감비율을 곱한 금액을 경감하여야 하는지 여부를 살펴보면, ① 쟁점토지는 구 「지방세특례제한법」제84조 제2항에 따라 재산세의 100분의 50이 경감되었는데 구 「지방세법」제106조 제1항에서 이법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 종합합산과세대상이나 별도합산과세대상으로 보지 않는다고 규정하고 있으므로 쟁점토지의 100분의 50에 해당하는 토지는 분리과세대상으로 간주되어야 하는 점, ② 처분청은 쟁점토지의 재산세 경감비율인 100분의 50에 해당하는 토지는 종합부동산세 등 과세표준에서 이미 제외되었다고 주장하나 쟁점토지의 100분의 50에 해당하는 토지는 분리과세대상으로 종합부동산세 과세대상에서 제외하고나머지 100분의 50에 해당하는 토지에 대해서는 그 과세표준액에 해당 경감비율을 곱한 금액을 경감하여야 한다는 점3) 등을 고려할 때 쟁점토지의 재산세 경감비율에 해당하는 토지가 분리과세대상이 아니라거나 이미 종합부동산세 등 과세표준에서 제외되었다는 이유 등으로 이 사건 거부처분을 한 것은 토지에 대한 종합부동산세 과세대상의 구분에 관한 법리를 오해하여 위법한 결론에 이른 잘못이있다고 할 것이다.

*2) 대법원 2018. 11. 29. 선고 2018두45725 판결(제1심: 인천지방법원 2017. 11. 10. 선고 2017구합51406 판결, 제2심:서울고등법원 2018. 5. 3. 선고 2017누87441 판결), 대법원 2021. 12. 16. 자 2021다277556 심리불속행 상고 기각판결(제1심: 서울중앙지방법원 2020. 10. 16. 선고 2019가합567435 판결, 제2심: 서울고등법원 2021. 8. 26. 선고2020나2041789 판결), 감사원 2020-심사-262 참조

*3) 대법원 2021. 12. 16. 자 2021다277556 심리불속행 상고 기각 판결(제1심: 서울중앙지방법원 2020. 10. 16. 선고 18. 11. 29 2019가합567435) 참조

5. 결론

그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 「감사원법」제46조제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.

[별지 1]

2019년 귀속 종합부동산세 과세대상 중 구 「지방세특례제한법」(2021. 12. 28. 법률제18656호로 개정되기 전의 것) 제84조 제2항에 따른 재산세 경감 대상 토지 명세

(생략)

[별지 2]

※ 관련법령

□ 「종합부동산세법」

○ 종합부동산세법 제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 「지방세법」제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상(이하  "종합합산과세대상”이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하  "별도합산과세대상”이라 한다)으로 구분하여 과세한다.

□ 구 「지방세법」(2019. 12. 3. 법률 제16663호로 개정되기 전의 것)

○ 구 지방세법 제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만,다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지아니한다.

가. 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지. 다만, 제1호 가목 및 나목에 따른 토지는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

가.~다. (생략)

3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가.~마. (생략)

②~③ (생략)

□ 구 「지방세법」(2019. 12. 3. 법률 제16663호)

○ 구 지방세법 제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지

가. < 삭제>

나. < 삭제>

(이하 생략)

□ 구 「지방세특례제한법」(2021. 12. 28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것)

○ 구 지방세특례제한법 제84조(사권 제한토지 등에 대한 감면) ① (생략)

② 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제2조 제13호에 따른 공공시설을 위한 토지(주택의 부속토지를 포함한다)로서 같은 법 제30조 및 제32조에 따라도시ㆍ군관리계획의 결정 및 도시ㆍ군관리계획에 관한 지형도면의 고시가 된후 과세기준일 현재 미집행된 토지의 경우 해당 부분에 대해서는 재산세의100분의 50을 2021년 12월 31일까지 경감한다.

③ (생략)

○ 구 지방세특례제한법 제179조(토지에 대한 재산세의 경감율 적용) 이 법 또는 다른 법령에서 토지에 대한 재산세의 경감 규정을 둔 경우에는 경감대상 토지의 과세표준액에 해당 경감비율을 곱한 금액을 경감한다.

□ 「국세기본법」

○ 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

②~⑦ (생략)

□ 「감사원법」

○ 제46조(심사청구에 대한 결정) ① (생략)

② 감사원은 심리 결과 심사청구의 이유가 있다고 인정하는 경우에는 관계기관의 장에게 시정이나 그 밖에 필요한 조치를 요구하고, 심사청구의 이유가없다고 인정한 경우에는 이를 기각한다.

③~④ (생략)