○ 질의법인은 리튬이온 배터리 음극재용 나노분말을 생산하는 연구개발기업으로 설립되었으며, 현재 이차전지 실리콘 음극제 제조업을 영위하고 있음

○ 질의법인의 모회사는 차세대 이차전지 소재 개발 역량 강화를 위해 ’22.7월 질의법인 지분 100%를 인수하였고 질의법인은 계열그룹 편입됨

○ 질의법인은 ’22.10월 공정거래위원회(이하  "공정위”라 함)에 계열편입 신고 및 유예 신청을 하였고, 공정거래위원회로부터 승인을 받아 ’29.7.4.까지 상호출자제한기업집단에서 제외되었으며

- 질의신청일 현재 중소벤처기업부장관으로부터 중소기업기본법(이하  "중기법”이라 함)상 중소기업 확인증을 발급받은 상태임

○ 공정위로부터 계열편입 유예통지를 받아 중기법상 중소기업 지위를 인정받은 질의법인이 조특법상 실질적 독립성 기준 중 자산기준* 충족 여부와 상관없이 중소기업 유예기간을 적용받을 수 있는 지 여부

* 자산총액 5천억원 이상인 법인이 주식의 30% 이상 직ㆍ간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업에 해당하지 않을 것

「조세특례제한법 시행령」 제2조제2항의 중소기업 유예기간을 적용함에 있어, 질의법인이 공정거래위원회로부터 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 의거『계열편입 유예통지』를 받아 상호출자제한기업집단에서 제외되었다 하더라도, 「조세특례제한법 시행령」제2조제1항제3호 후단의 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」제3조제1항제2호나목의 기준에 적합하지 않아 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 「조세특례제한법 시행령」제2조제2항 각 호 외의 부분 본문에 따른 중소기업 유예기간을 적용하지 않는 것입니다.

○ 조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】

① 법 제6조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 않는다

1.~2. (생략)

3. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제31조제1항에 따른 공시대상기업집단에 속하는 회사 또는 같은 법 제33조에 따라 공시대상기업집단의 국내 계열회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사에 해당하지 않으며, 실질적인 독립성이「중소기업기본법 시행령」제3조제1항제2호에 적합할 것. 이 경우「중소기업기본법 시행령」제3조제1항제2호나목의 주식등의 간접소유 비율을 계산할 때 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목을 적용할 때 "평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업"은 "매출액이 「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항제1호에 따른 중소기업기준에 맞지 않는 기업"으로 본다.

4.~5. (생략)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(「중소기업기본법 시행령」제3조제1항제2호다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 5개 과세연도(최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 종료일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일 현재 해당 기업이 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 유가증권시장 또는 코스닥시장에 상장되어 있는 경우에는 7개 과세연도)까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 해당 사유가 발생한 날(제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업이 중소기업과 합병하는 경우에는 합병일로 한다)이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항제3호(「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

○ 중소기업기본법 시행령 제3조【중소기업의 범위】

① 「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 기업일 것

가. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 평균매출액 또는 연간매출액(이하 "평균매출액등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞을 것

나. 자산총액이 5천억원 미만일 것

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업일 것

가. 삭제 < 2020.6.9>

나. 자산총액이 5천억원 이상인 법인(외국법인을 포함하되, 비영리법인 및 제3조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제2조제3항을 준용한다.

1) 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업

라. 삭제 < 2017.12.29.>

○ 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제2조【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1.~10. (생략)

11."기업집단"이란 동일인이 다음 각 목의 구분에 따라 대통령령으로 정하는 기준에 따라 사실상 그 사업내용을 지배하는 회사의 집단을 말한다.

가. 동일인이 회사인 경우: 그 동일인과 그 동일인이 지배하는 하나 이상의 회사의 집단

나. 동일인이 회사가 아닌 경우: 그 동일인이 지배하는 둘 이상의 회사의 집단

12. "계열회사"란 둘 이상의 회사가 동일한 기업집단에 속하는 경우에 이들 각각의 회사를 서로 상대방의 계열회사라 한다.

○ 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제4조【기업집단의 범위】

① 법 제2조제11호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기준에 따라 사실상 그 사업내용을 지배하는 회사"란 다음 각 호의 회사를 말한다.

1. 동일인이 단독으로 또는 다음 각 목의 자(이하 "동일인관련자"라 한다)와 합하여 해당 회사의 발행주식(「상법」 제344조의3제1항에 따른 의결권 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조, 제5조, 제33조제2항 및 제34조제2항에서 같다)총수의 100분의 30 이상을 소유하는 경우로서 최다출자자인 회사

○ 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제5조【기업집단으로부터의 제외】

② 공정거래위원회는 제4조제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 회사에 대해서는 이해관계자의 요청에 따라 동일인이 지배하는 기업집단의 범위에서 제외할 수 있다. 다만, 제3호 또는 제5호의 회사에 대해 법 제47조를 적용하는 경우와 제5호의 회사 중 벤처지주회사가 주식을 소유한 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업 또는 「벤처기업육성에 관한 특별법」에 따른 벤처기업에 대해 제3조제3항을 적용하는 경우에는 기업집단의 범위에 속하는 것으로 본다.

1.~4. (생략)

5. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 회사(해당 회사가 그 사업내용을 지배하는 회사를 포함한다)

가. 해당 회사가 제4조제1항의 요건에 해당하게 된 날의 전날을 기준으로 다음의 어느 하나에 해당하는 회사일 것

1) 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업 중 공정거래위원회가 정하여 고시하는 바에 따라 산정한 연간 매출액에 대한 연간 연구개발비의 비율이 100분의 3 이상인 중소기업

2) 「벤처기업육성에 관한 특별법」에 따른 벤처기업

나. 동일인 또는 동일인관련자가 해당 회사의 사업내용을 지배하는 자와 합의하여 그 회사의 주식을 취득 또는 소유하여 제4조제1항의 요건에 해당하게 된 날부터 7년[해당 회사가 벤처지주회사의 자회사인 경우나 일반지주회사의 자회사인 「벤처투자 촉진에 관한 법률」에 따른 벤처투자회사 또는 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융전문회사가 투자한 회사(투자조합의 업무집행을 통한 투자를 포함한다)인 경우에는 10년] 이내일 것

다. 해당 회사(해당 회사가 그 사업내용을 지배하는 회사를 포함한다. 이하 라목 및 마목에서 같다)가 동일인이 지배하는 회사(동일인이 회사인 경우 동일인을 포함한다)에 출자하고 있지 않을 것

라. 해당 회사와 동일인이 지배하는 회사(동일인이 회사인 경우 동일인을 포함한다) 간에 채무보증 관계가 없을 것

마. 나목에 따른 요건해당일 이후 해당 회사와 동일인(그 친족을 포함한다) 간 또는 해당 회사와 동일인이 지배하는 회사 간에 법 제45조제1항제9호, 같은 조 제2항 또는 제47조를 위반하여 해당 회사, 동일인(그 친족을 포함한다) 또는 동일인이 지배하는 회사가 공정거래위원회로부터 시정조치(시정권고 또는 경고를 포함한다)를 받거나 과징금을 부과받은 사실이 없을 것

○ 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제31조【상호출자제한기업집단 등의 지정 등】

① 공정거래위원회는 대통령령으로 정하는 바에 따라 산정한 자산총액이 5조원 이상인 기업집단을 대통령령으로 정하는 바에 따라 공시대상기업집단으로 지정하고, 지정된 공시대상기업집단 중 자산총액이 국내총생산액의 1천분의 5에 해당하는 금액 이상인 기업집단을 대통령령으로 정하는 바에 따라 상호출자제한기업집단으로 지정한다. 이 경우 공정거래위원회는 지정된 기업집단에 속하는 국내 회사와 그 회사를 지배하는 동일인의 특수관계인인 공익법인에 지정 사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 통지하여야 한다.

○ 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제32조【계열회사 등의 편입 및 제외 등】

① 공정거래위원회는 공시대상기업집단의 국내 계열회사로 편입하거나 국내 계열회사에서 제외하여야 할 사유가 발생한 경우에는 해당 회사(해당 회사의 특수관계인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 요청에 의하거나 직권으로 국내 계열회사에 해당하는지를 심사하여 국내 계열회사로 편입하거나 국내 계열회사에서 제외하고 그 내용을 해당 회사에 통지하여야 한다.

※ 유사사례

■ 서면법인 2022-3946, 2022.10.26

「중소기업기본법 시행령」제3조제1항제2호나목의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 「조세특례제한법 시행령」제2조제2항 각 호 외의 부분 본문에 따른 유예기간을 적용하지 아니하는 것임

■ 대법 2013두10458, 2015.04.23

조세특례제한법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업의 해당 여부나 유예 여부는 조세특례제한법과 그 시행령에 따라 판단하여야 하고, 중소기업기본법령에 의하여 판단할 수 없음