○ 신청인은 웹툰작가로써 2023.1.1. 만화출판업으로 최초 창업, 개인 사업자등록을 하고 창업중소기업세액감면을 적용받고 있었음

○ 2025.3.11. 사업양도ㆍ양수의 방법으로 개인사업자에서 법인사업자로 전환하였으며 그 과정에서 사업용 고정자산에 대하여 하나의 감정평가법인에서 감정평가를 받음

○ 「조세특례 제한법」제32조 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세를 적용받기 위해서는 현물출자 또는 사업양도ㆍ양수의 방법에 따라 새로 설립되는 법인의 자본금이 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액 이상일 것으로 규정하고 있고

- 순자산 가액은 현물출자일 또는 법인전환일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액으로 규정하고 있는 바,

- 법인 전환일 현재 자산의 시가 평가시 감정가액은 「법인세법 시행령」 제89조제2항제1호를 적용하여 평가하는 것인지

「조세특례제한법」 제32조 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세 규정을 적용함에 있어 새로 설립되는 법인의 자본금은 사업용 고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산 가액 이상이어야 하며, 해당 순자산 가액 계산시 ‘시가’는 국세청의 기존 해석사례(서면-2016-부동산-3274, 2016.08.30.)를 참조하시기 바랍니다.
< 서면-2016-부동산-3274, 2016.08.30.>
「조세특례제한법」 제32조에 따른 현물출자 법인전환 이월과세를 적용할 때 실지거래가액이 불분명한 경우의 양도가액 또는 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액은 「법인세법 시행령」제89조제1항에 해당하는 가격, 같은 조 제2항제1호의 감정가액, 「상속세 및 증여세법」제61조부터 제64조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액을 순서대로 적용하는 것입니다.

〔1〕 「조세특례제한법」

□ 조세특례제한법 제31조【중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세】

④ 제6조제1항및제2항에 따른 창업중소기업 및 창업벤처중소기업 또는 제64조제1항에 따라 세액감면을 받는 내국인이 제6조 또는 제64조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 제6조 또는 제64조를 적용받을 수 있다. < 개정 2014.12.23>

⑤ 제63조에 따른 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업 또는 제68조에 따른 농업회사법인이 제63조 또는 제68조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 제63조 또는 제68조를 적용받을 수 있다.

⑥ 제144조에 따른 미공제 세액이 있는 내국인이 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 내국인의 미공제 세액을 승계하여 공제받을 수 있다.

□ 조세특례제한법 제32조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. 다만, 해당 사업용고정자산이 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리인 경우는 제외한다.

② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.

③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.

⑤ 제1항에 따라 설립된 법인의 설립등기일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 제1항을 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우

□ 조세특례제한법 시행령 제28조【중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】

① 법 제31조제1항에서 "대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합"이란 제29조제3항에 따른 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(「중소기업기본법」에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(「국세기본법」제39조제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.

1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)의 주주 또는 출자자일 것

2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것

□ 조세특례제한법 시행령 제29조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

① 삭제 < 2002.12.30>

② 법 제32조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법"이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

③ 법 제32조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 소비성서비스업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 말한다.

1. 호텔업 및 여관업(「관광진흥법」에 따른 관광숙박업은 제외한다)

2. 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및 「식품위생법 시행령」제21조에 따른 단란주점 영업만 해당하되, 「관광진흥법」에 따른 외국인전용유흥음식점업 및 관광유흥음식점업은 제외한다)

3. 그 밖에 오락ㆍ유흥 등을 목적으로 하는 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업

④ 법 제32조제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑤ 법 제32조제2항에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조제1항제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

□ 조세특례제한법 시행규칙 제15조【이월과세 적용대상 자산의 취득가액】

① 영 제28조 및 영 제29조에 따른 이월과세를 적용함에 있어서 이월과세적용대상자산의 취득가액은 당해자산 취득당시의 실지거래가액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 실지거래가액이 불분명한 때에는 통합일ㆍ법인전환일 또는 현물출자일 현재의 당해자산에 대하여 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액을 「소득세법 시행령」제176조의2제2항제2호의 규정을 준용하여 환산한 가액으로 한다.

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식등을 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」제38조ㆍ동법 제39조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액

□ 조세특례제한법 기본통칙 32-29…2【법인전환시 순자산가액 요건】

① 사업장의 순자산가액을 계산함에 있어서 영업권은 포함하지 아니한다.

② 영 제28조 제1항 및 제29조 제5항의 순자산가액을 계산함에 있어서 "시가"라 함은 불특정다수인 사이에 자유로이 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액을 말하며 수용ㆍ공매가격 및 감정가액 등 상속세및증여세법시행령 제49조의 규정에 의하여 시가로 인정되는 것을 포함한다. < 개정 2013.05.24>

□ 조세특례제한법 집행기준 32-29-1【사업용 고정자산의 범위】

사업용 고정자산은 사업에 직접 사용하는 유형자산과 무형자산을 말하는 것으로, 사업에 직접 사용하지 아니하는 토지나 건설중인 자산(그에 딸린 토지 포함) 또는 재고자산을 현물출자하는 경우에는 이월과세가 적용되지 아니한다. 다만, 해당 사업용고정자산이 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리인 경우는 제외한다.

□ 조세특례제한법 집행기준 32-29-2【새로이 설립되는 법인의 자본금】

법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세 규정을 적용하는 경우 새로이 설립되는 법인의 자본금은 기업회계기준에 의한 재무상태표상 자본금을 의미한다.

〔2〕 「법인세법」

□ 법인세법 제52조【부당행위 계산의 부인】

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】

① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. 다만, 주권상장법인이 발행한 주식을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제8조의2제2항에 따른 거래소(이하 "거래소"라 한다) 최종시세가액(거래소 휴장 중에 거래한 경우에는 그 거래일의 직전 최종시세가액)으로 하며, 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우(해당 주식이 「상속세 및 증여세법 시행령」제53조제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식인 경우는 제외한다)에는 그 가액의 100분의 20을 가산한다.

1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제8조의2제4항제1호에 따른 증권시장 외에서 거래하는 방법

2. 대량매매 등 기획재정부령으로 정하는 방법

② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 및 가상자산은 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」제63조제1항제1호나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」제63조제2항제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조제1항ㆍ제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

〔3〕 「상속세 및 증여세법」

□ 상속세 및 증여세법 제60조【평가의 원칙】

① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 "평가기준일"이라 한다) 현재의 시가(時價)에 따른다. 이 경우 다음 각 호의 경우에 대해서는 각각 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 시가로 본다.

1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식등 중 대통령령으로 정하는 주식등(제63조제2항에 해당하는 주식등은 제외한다)의 경우: 제63조제1항제1호가목에 규정된 평가방법으로 평가한 가액

2. 「가상자산 이용자 보호 등에 관한 법률」제2조제1호에 따른 가상자산의 경우: 제65조제2항에 규정된 평가방법으로 평가한 가액

② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다.

□ 상속세 및 증여세법 시행령 제49조【평가의 원칙 등】

① 법 제60조제2항에서 "수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것"이란 상속개시일 또는 증여일(이하 "평가기준일"이라 한다) 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다. 이하 이 항에서 "평가기간"이라 한다)이내의 기간 중 매매ㆍ감정ㆍ수용ㆍ경매(「민사집행법」에 따른 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 조 및 제49조의2에서 "매매등"이라 한다)가 있는 경우에 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다.

(중략)

1. 해당 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

(각 목 생략)

2. 해당 재산(법 제63조제1항제1호에 따른 재산을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 기획재정부령으로 정하는 공신력 있는 감정기관(이하 "감정기관"이라 한다)이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외하며, 해당 감정가액이 법 제61조ㆍ제62조ㆍ제64조 및 제65조에 따라 평가한 가액과 제4항에 따른 시가의 100분의 90에 해당하는 가액 중 적은 금액(이하 이 호에서 "기준금액"이라 한다)에 미달하는 경우(기준금액 이상인 경우에도 제49조의2제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 감정평가목적 등을 고려하여 해당 가액이 부적정하다고 인정되는 경우를 포함한다)에는 세무서장(관할지방국세청장을 포함하며, 이하 "세무서장등"이라 한다)이 다른 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액에 의하되, 그 가액이 납세자가 제시한 감정가액보다 낮은 경우에는 그렇지 않다.

가. 일정한 조건이 충족될 것을 전제로 당해 재산을 평가하는 등 상속세 및 증여세의 납부목적에 적합하지 아니한 감정가액

나. 평가기준일 현재 당해재산의 원형대로 감정하지 아니한 경우의 당해 감정가액