1. 피고들의 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 피고들이 부담한다.

1. 청구취지

가. 피고 AA세무서장이 2023. 1. 30. 원고 XX 주식회사에게 한 2018사업연도 법인세 1,674,624,933원, 2019 사업연도 법인세 1,480,973,051원, 2020 사업연도 법인세 136,146,817원의 경정거부처분을 취소한다.

나. 피고 BB세무서장이 2023. 2. 13. 원고 TT 주식회사에게 한 2019사업연도 법인세 112,225,458원, 2020 사업연도 법인세 92,035,785원, 2021 사업연도 법인세 27,069,348원의 경정거부처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심판결을 취소한다. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

1. 제1심판결의 인용

피고들이 이 법원에서 주장하는 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제1심 및 이 법원에 제출된 증거들에 이 법원에서의 변론 내용을 종합하여 보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다고 인정된다.

이에 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 제1심판결 중 일부를 아래와 같이 고쳐 쓰는 외에는 제1심판결 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다.

[고쳐 쓰는 부분]

○ 제1심판결 제3면 1행의 ‘2018 내지 2020 사업연도’를 ‘2018 내지 2021 사업연도’로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제4면 3행부터 8행까지를 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『1) 구 법인세법(1995. 12. 29. 법률 제5033호로 개정되기 전의 것) 제16조 제5호는 ‘대통령령이 정하는 것 이외의 공과금’을 손금불산입 대상으로 규정하였고, 구 법인세법 시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14861호로 개정되기 전의 것) 제25조 제1항 각 호는 손금산입 대상이 되는 공과금으로 각종 부담금 등을 열거하고 있었으며, 장애인 고용부담금을 손금산입되는 공과금 중 하나로 정하고 있었다(제32호). 그 후 법인세법 개정으로 구 법인세법(1995. 12. 29. 법률 제5033호로 개정되고 1998. 12. 29. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것) 제16조 제5항은 ‘대통령령이 정하는 공과금’을 손금불산입 대상으로 규정하는 것으로 변경되었으나, 구 법인세법 시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제16861호로 개정되고 1997. 12. 31. 대통령령 제15564호로 개정되기 전의 것) 제25조 제1항 각 호는 종전에 손금산입 대상으로 열거하고 있던 각종 부담금 등을 거의 그대로 손금불산입 대상에서 제외되는 공과금(즉, 손금산입 대상이 되는 공과금)으로 열거하였으며, 장애인 고용부담금도 여전히 손금산입되는 공과금 중 하나로 규정하였다(제32호).』

○ 제1심판결 제5면 5행부터 15행까지를 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『3) 이에 따라 법인세법 시행령이 1997. 12. 31. 대통령령 제15564호로 개정되어 제25조에서 손금불산입의 대상이 되는 공과금을 별도로 규정하게 되었으며, 구체적으로 법령에 의하여 의무적으로 납부하는 것이 아닌 것(제1호)과 법령에 의한 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 것(제2호)이 손금불산입 대상인 ‘공과금’에 해당하게 되었다.

4) 이후 법인세법이 2000. 12. 29. 법률 제6293호로 개정되면서 제21조에서 ‘법령에 의하여 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금(제5호)’, ‘법령에 의한 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금(제6호)’을 위임입법의 형식이 아니라 법률에 직접 규정하였다.』

○ 제1심판결 제11면 6행 이하에 다음과 같은 내용을 추가하고, 제7행의  "6)”을  "7)”로 고쳐 쓴다.

『6) 앞서 본 법인세 관계 법령의 개정 연혁을 보더라도, 1997. 12. 31. 대통령령 제15564호로 법인세법 시행령이 개정되기 전까지 장애인 고용부담금은 명시적으로 손금산입 대상이 되는 공과금으로 규정되어 있었다. 위 법인세법 시행령 개정 이후 장애인고용부담금을 손금에 산입하도록 하는 명시적 규정이 삭제된 것은, 헌법재판소가 ‘공과금은 원칙적으로 손금산입하도록 규정하고 있음에도, 손금산입하는 공과금을 시행령에 열거적으로 규정하도록 위임한 것이 위헌’이라는 취지로 결정함에 따라 손금불산입 대상인 공과금들을 모법에 포괄적 정의 규정의 형태로 열거하는 대신 위 손금산입 규정을 시행령에서 삭제한 데에 지나지 않고, 그 개정 전후 및 이 사건 처분 당시까지 사회적인 변화나 정책적 전환 등으로 인해 장애인 고용부담금을 손금불산입할 필요성이 새로 생겼다거나 법령 개정 또는 입법 과정에서 그에 대한 논의가 있었다고 보기 어렵다.』

2. 결 론

제1심판결은 정당하므로, 피고들의 항소는 이유 없어 이를 모두 기각한다.