심판청구를 기각한다.

1.처분개요



가.청구법인은 2006.8.29. 설립되어 자동차용 기타 부품 제조업을 영위하는 법인으로 청구법인의 감사 및 사내이사로 등재되어 있고, 청구법인의 지배주주인 A의 동생 B(이하  "쟁점임원”이라 한다)에게 2022사업연도 OOO원 및 2023사업연도 OOO원을 급여로 지급하고 이를 손금 산입하여 각 사업연도별 법인세를 신고ㆍ ㆍ 납부하였다.



나.대구지방국세청장(이하  "조사청”이라 한다)은 2024.7.4.부터 2024.9.24.까지 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과 청구법인이 2022∼2023사업연도 중 쟁점임원에게 지급한 급여가 유사 업무를 수행하는 비지배주주이자 대표이사인 C(이하  "비교대상 임원”이라 한다)에게 지급한 급여 대비 과다한 것으로 보아 「법인세법 시행령」제43조 제3항에 따라 청구법인의 지배주주와 친족 관계인 쟁점임원에게 지급한 급여 중 아래 ＜표1＞과 같이 2022∼2023사업연도 합계 OOO원을 손금불산입하여야 한다는 내용 등의 과세자료를 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 청구법인에게 2024.11.20. 법인세 합계 OOO원(2022사업연도분 OOO원 및 2023사업연도분 OOO원)을 경정ㆍ ㆍ 고지하였다.



＜표1＞ 비교대상 임원 및 쟁점임원에 대한 급여 지급 내역 및 손금불산입 산정 대상 급여

○○○



다.청구법인은 이에 불복하여 2025.1.21. 심판청구를 제기하였다.





2.청구법인 주장 및 처분청 의견



가.청구법인 주장



(1) 청구법인은 2022.8.31. 쟁점임원이 대표이사로 재직하던 금형제작 전문업체인 D 주식회사(이하  "피합병법인”이라 한다)를 합병하면서 피합병법인의 보유 기술, 장비 및 인력을 모두 청구법인으로 귀속시킴과 동시에 쟁점임원이 당초 피합병법인의 금형 관련 업무를 총괄하던 노하우를 청구법인에게 전수하면서 청구법인과의 합병 이후 청구법인과 동종 업종을 창업하지 않는다는 조건으로 피합병법인의 대표이사로 재직하던 당시 받던 급여와 동일한 급여를 지급받기로 하고 청구법인에서 계속 근무하는 것으로 계약을 체결하였는데, 이러한 계약 체결 경위는 다음과 같다.



(가) 청구법인은 냉간단조품 제조업을 영위하는 법인으로 청구법인의 제품 생산에 있어 금형 공정이 핵심이고, 청구법인에 적합한 금형 부품을 생산하여 청구법인의 고객사 요청에 적합하게 대응하고자 금형제작 전문업체인 피합병법인을 인수하고자 하였다.



(나) 한편, 피합병법인의 대표이사로 재직하였던 쟁점임원이 합병 이후 청구법인에서 계속 근무하지 않고 청구법인과의 거래를 통한 노하우와 금형제작 기술을 보유한 채 별도로 금형제작 법인을 설립할 경우 청구법인의 거래처를 잃을 수도 있었는바, 쟁점임원이 청구법인에서 계속 근무하는 것으로 계약을 체결하였다.



(다) 쟁점임원의 경우 E를 위한 교육을 이수한 뒤 2002년 8월경부터 2011년 10월경까지 청구법인의 운영팀장으로 재직하면서 도면설계 및 연구개발업무를 책임지고 수행하였고, 이후 2012년 1월경 피합병법인을 설립하여 대표이사로 재직하면서, 금형제작연구를 총괄하고 청구법인과 협업하여 청구법인에게 안정적인 금형부품 공급 등의 업무를 수행하는 등 금형제작업체의 대표이사로서 경영ㆍ관리능력이 입증된 재원이었으며, 청구법인이 피합병법인을 합병한 이후 청구법인에서 임원으로 재직하면서 모든 금형 제작과정에 기술전수 및 관리ㆍ감독업무를 수행하고, 금형원재료 매입처의 주주로서 원활한 원재료 수급에 기여를 하고 있다.



(2) 조사청은 청구법인의 대표이사인 비교대상 임원 대비 쟁점임원에 대한 급여가 과다한 것으로 보아 이 건 처분을 하였으나, 청구법인이 쟁점임원에게 지급한 인건비는 사전에 합의된 합병조건 이행 및 쟁점임원의 업무 내역과 기여도를 고려한 합리적인 의사결정에 따라 지급된 인건비로서 「법인세법 시행령」제43조 제3항의 정당한 사유없이 지급한 과다보수에 해당하지 않는다.



(가) 비교대상 임원은 청구법인의 대표이사 C으로 청구법인의 주주가 아닌 청구법인의 영업 및 관리업무를 담당하는 전문경영인이고, 청구법인의 자산이 일정 규모 이상이 되어 「외부감사법」상 대주주가 대표이사로 재직할 경우 지정회계감사대상이 되는 이유로 인해 비교대상 임원이 대표이사로 재직하게 된 것으로서, 실질적인 청구법인의 이사회 의결 권한 등을 청구법인의 지배주주인 A이 행사하고 있다.



(나) 한편, 「법인세법 시행령」제43조 제3항의 동일직위에 있는 임원인지 여부는 법인등기부상 직위에 관계없이 실제 종사하는 사실상의 직무 및 기여도를 기준으로 판단하여야 할 것인바, 쟁점임원의 청구법인에서의 역할, 기여도 및 지배주주등으로서의 위험 부담 여부 등을 고려하지 않고, 단순히 대표이사라는 직함을 사용하면서 제한된 위험 부담과 의사결정 업무만을 수행하는 비교대상 임원을 쟁점임원과 동일 직위에 해당하는 것으로 보아 비교대상 임원에 대한 급여를 기준으로 쟁점임원에 대한 급여의 과다 지급여부를 판단하는 것은 타당하지 않다.



(다) 또한 대법원은 ‘동종업계 임원들의 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적ㆍ계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감 추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려하여, 해당 보수가 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다고 판단되는 경우에만 예외적으로 손금에 산입할 수 없을 뿐이다’라고 판시(대법원 2017.9.21. 선고 2015두60884 판결)하였는바, 쟁점임원이 청구법인으로부터 지급받은 급여는 쟁점임원이 피합병법인에서 지급받은 급여와 동일한 수준인 점, 청구법인이 쟁점임원에게 정기적ㆍ일률적ㆍ고정적으로 급여를 지급한 것을 고려할 때 이는 통상임금에 해당하는 점, 쟁점임원에게 지급된 급여는 청구법인의 영업이익 수준에 비해 과다하다고 보기 어려운 점, 청구법인이 매년 주주들에게 배당금으로 지급하여 유보이익을 급여 형태로 사외유출한 것으로 보기도 어려운 점, 청구법인과 피합병법인간의 합병계약에 따라 쟁점임원에 대한 급여를 산정하고 이를 지급하여 청구법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도가 있었다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 비교대상 임원에 대한 급여를 기준으로 쟁점임원이 과다한 수준으로 급여를 지급받은 것으로 보아 한 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다.



나. 처분청 의견



(1) 쟁점임원은 비교대상 임원의 하위 직위 또는 동일 직위에 해당하는 임원에 해당한다고 볼 수 있다.



(가) 비교대상 임원은 청구법인에서 30년 이상 재직한 임원으로 생산 및 영업 관련 부서의 업무 중 금액 등에 따른 중요도에 따라 비교대상 임원이 최종 결재권자로 확인되거나 청구법인의 지배주주의 최종 결재 전 단계에 결재를 한 임원으로서 위 부서의 업무를 총괄 관리한 사실이 청구법인의 내부 결재 문서를 통해 확인된다.



(나) 한편 청구법인은 쟁점임원의 경우 금형 제작 관련 업무 및 내부감사 업무를 총괄 수행하면서, 청구법인의 재무, 인사 및 총무 업무 또한 수행하였다고 주장하였으나, 쟁점임원이 금형 제작 관련 내부 결재 문서상 최종 결재자로서 확인되기는 하나 청구법인의 위 주장한 업무와 관련된 최종 결재권자의 경우 청구법인의 사주 A으로 확인될 뿐, 쟁점임원이 위 업무를 수행하였다는 사실관계를 확인할 수 있는 객관적인 증빙자료를 제출하지 못하였다.



(다) 청구법인의 주장과 같이 쟁점임원이 청구법인의 금형 제작 및 감사 업무를 총괄하여 수행하였다고 인정하더라도 쟁점임원과 비교대상 임원의 경우 각각 청구법인 내부에서 부사장의 직책으로 각자 별도 부서의 업무를 총괄 수행하는 임원이었다고 볼 수 있으므로 비교대상 임원이 쟁점임원의 동일 직위에서 근무한 임원에 해당한다고 볼 수 있다.



(2) 청구법인은 쟁점임원이 정당하게 급여를 지급하였으므로 비교대상 임원에게 지급한 급여 수준을 기준으로 손금불산입 대상 급여를 산정한 이 건 처분이 위법ㆍ부당하다고 주장하나, 쟁점임원과 비교대상 임원의 근무기간 및 경영상의 위험부담 여부 등을 종합적으로 고려할 때 정당한 사유 없이 과다한 수준으로 쟁점임원에게 급여를 지급한 것으로 판단되므로 이 건 처분은 정당하다.



(가) 「법인세법 시행령」제43조 제3항의 정당한 사유에 해당하는지는 해당 보수가 법인의 매출이나 이익에서 차지하는 비중, 규모, 기여도 등으로 판단해야 하는바, 자동차부품 제조업을 영위하는 청구법인에게 있어 쟁점임원이 총괄적으로 수행한 금형 제작 업무가 비교대상 임원이 수행한 영업 및 제품생산 전반에 대한 관리 업무보다 이익에 대한 기여도가 크다고 볼 수 없고, 피합병법인의 합병 전 최근 5개년 간 당기순손익율 수준(1∼2%)을 고려할 때 쟁점임원이 보유한 금형제작 기술 및 노하우의 우수성이 청구법인의 매출 또는 이익에 기여한 바가 크므로 쟁점임원에게 비교대상 임원 대비 높은 급여를 지급한 정당한 사유가 있었다고 보기 어렵다.



(나) 청구법인은 쟁점임원이 청구법인의 지배주주 등에 해당하는 임원으로서 비교대상 임원 대비 더 큰 경영상의 위험을 부담하고 있으므로 비교대상 임원 대비 높은 급여를 지급하는데 정당한 사유가 있다고 주장하나, 쟁점임원의 경우 청구법인의 발행 주식 중 0.8%를 보유하고 있을 뿐이고, 비교대상 임원의 경우 법인등기사항전부증명서상 대표이사로 등재된 법인 대표자로서 경영상의 위험을 등기 사내이사인 쟁점임원 대비 더 많이 부담한다고 볼 수 있으므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다.



(다) 한편, 청구법인은 피합병법인을 합병할 당시 계약조건에 따라 쟁점임원에게 급여를 지급한 것이므로 이는 정당한 사유에 해당한다고 주장하나, 청구법인과 피합병법인은 각각 형제가 대주주(청구법인의 지배주주 A) 및 대표이사(피합병법인의 대표이사 쟁점임원)로서 의사결정 권한을 가진 것으로 볼 수 있어 합병계약이 시장가치를 반영한 객관적ㆍ합리적 수준에 따른 것이라고 인정하기는 어렵고, 합병이후 청구법인이 쟁점임원에게 지급한 급여의 경우 피합병법인의 기업가치 평가와 무관하게 각 지배주주간의 개인적 협의에 따라 책정된 수준이므로 합병계약 조건에 따라 쟁점임원에게 급여를 지급하였다고 인정하더라도 이를 정당한 사유에 따른 급여 지급이라고 인정할 수 없다.



(라) 또한 쟁점임원의 경우 1994년부터 청구법인에서 근무하다가 2012년 피합병법인 설립 후 청구법인에 합병될 2021년 8월경까지 피합병법인에서 대표이사로 재직한 반면, 비교대상 임원의 경우 1990년부터 현재까지 청구법인에서만 30년 이상 재직한 것으로 확인되어 비교대상 임원이 청구법인에서 장기간 재직하면서 청구법인에 기여한 바가 더 큰 임원에 해당한다고 볼 수 있다.





3.심리 및 판단



가.쟁점



청구법인이 쟁점임원에게 정당한 사유 없이 동일직위 임원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 것으로 보아 그 초과금액을 손금불산입하여 과세한 처분의 당부



나.관련 법령 : ＜별지＞ 기재



다.사실관계 및 판단



(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다.



(가) 청구법인은 2006.8.29. 설립되어 자동차용 기타 부품 제조업을 영위하는 법인으로, 원재료인 코일선재를 매입하여 금형을 통한 냉간단조 제품(샤프트, 볼핀, 볼스터드 등)을 생산하여 국내외 자동차 부품 제조사에 공급 중이고, 2022∼2023사업연도 주주구성은 아래 ＜표2＞와 같다.



＜표2＞ 청구법인 주주구성내역

○○○



(나) 청구법인은 아래 ＜표3＞과 같이 2022.7.18. 피합병법인과 피합병법인을 청구법인이 합병하기로 하는 합병계약을 체결하면서 합병계약 특약사항으로 쟁점임원에 대한 급여를 피합병법인이 지급한 급여와 동일한 수준으로 지급하기로 합의하였고, 쟁점임원이 보유하고 있던 피합병법인의 지분 100분의 60을 양수한 뒤 2022.8.31. 피합병법인을 합병하였다.



＜표3＞ 합병계약서

○○○



＜표4＞ 피합병법인 주주변동내역(2022사업연도)

○○○



(다) 피합병법인 합병 이후 쟁점임원 및 비교대상 임원의 법인등기사항전부증명서상 임원 등재내역 및 청구법인 내부 직위는 아래 ＜표5＞와 같고, 청구법인 및 피합병법인이 쟁점임원에 대하여 지급한 급여 내역은 아래 ＜표6＞과 같다.



＜표5＞ 쟁점임원 등 임원 등재 내역 및 조직도상 직책

< img src=" https://classic.taxnet.co.kr/images/pl/조심2025구949_1.jpg" >

＜표6＞ 쟁점임원에 대한 급여 지급 내역

○○○



(2) 조사청은 쟁점임원이 비교대상 임원의 급여 대비 과다한 수준의 급여를 지급받았다는 의견으로 다음과 같은 자료를 제출하였다.



(가) 청구법인의 경우 영업 및 생산업무의 경우 대표이사가 책임경영을 하고 연구 및 관리업무의 경우 청구법인의 지배주주인 A이 담당하는 분리경영 형태로 운영 중으로, A의 경우 청구법인을 실질적 지배ㆍ경영 하는 최종 의사결정권자로서, 연구소, 경영지원팀, 재무감사팀의 업무를 총괄하면서 내부적으로 ‘사장’의 직책을 수행한 내부 결재문서상 최종결재권자로 확인되고, 비교대상 임원의 경우 제품생산 및 영업분야의 최고 책임자로서, 생산팀, 구매팀, 영업팀, 품질팀, 해외현지법인의 업무를 총괄하면서, 내부적으로 ‘부사장’의 직책을 수행한 내부 결재문서상 최종 결재권자 및 차순위 결재권자로 확인되며, 쟁점임원의 경우 금형 관련 전반적 업무 및 내부감사(일상, 전산, 업무) 업무를 총괄하면서 내부적으로 ‘부사장’ 직책을 수행한 일부 서류(업무메뉴얼 등 금형 및 감사 관련)의 결재내역상 결재자로 확인된다는 의견으로 청구법인의 내부 결재 문서, 쟁점임원 및 비교대상 임원 등에 대한 문답서를 제출하였다.



＜표7＞ 쟁점임원의 문답서

○○○



＜표8＞ 비교대상 임원의 문답서

○○○



(나) 피합병법인의 2018∼2022사업연도매출 및 영업이익 수준 등을 고려할 때 쟁점임원의 금형 관련 기술 및 노하우가 청구법인의 매출 등에 기여하였다고 인정하기 어렵다는 의견으로 피합병법인 2018∼2022사업연도 매출 및 당기순손익 내역을 제출하였다.



＜표9＞ 피합병법인 2018∼2022사업연도 매출 및 당기순손익 내역

○○○



(3) 청구법인은 쟁점임원이 업무 수행 내역 등을 고려하여 적정한 수준의 급여를 지급받았다고 주장하면서 다음과 같은 자료를 제출하였다.



(가) 청구법인은 쟁점임원의 경우 청구법인의 경영혁신추진, 금형교육, 금형기술력향상 등의 업무를 총괄하면서 청구법인의 매출 및 영업이익에 기여를 한 임원으로, 쟁점임원이 주요 원재료 매입 거래처(F 주식회사)의 주주로서 지분투자(F 발행주식의 0.82%)를 하여 원재료 수급 및 단가 안정화에 기여했다고 주장하면서 F 주주명부(2024.11.1.자) 및 쟁점임원의 업무수행자료 등을 제출하였다.



(나) 비교대상 임원의 경우 법인등기사항전부증명서상 대표이사로 등재되어 있으나, 청구법인의 지배주주 A이 실질적인 청구법인의 대표이사로서 업무를 수행하고 있어 쟁점임원과 동일 직위의 임원에 해당한다고 볼 수 없다고 주장하면서 비교대상 임원이 작성한 진술서를 제출하였다.



＜표10＞ 진술서

○○○



(다) 청구법인의 매출 및 영업이익 대비 쟁점임원에 대한 급여 지급 수준을 고려할 때 이는 과다하게 지급된 급여에 해당하지 않고, 청구법인이 2022∼2023사업연도 중 주주들에게 배당금을 지급하여 쟁점임원에 대한 급여가 이익처분 성격의 상여로 보기도 어렵다고 주장하면서 청구법인의 매출 및 영업이익 대비 쟁점임원에 대한 급여 지급 비율 산정내역 및 배당금 지급내역을 제출하였다.



＜표11＞ 청구법인의 매출 및 영업이익 대비 쟁점임원에 대한 급여 지급 수준

○○○



＜표12＞ 청구법인의 배당금 지급 내역

○○○



(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점임원을 비교대상 임원과 동일직위에 있는 임원이라고 볼 수 없으므로, 쟁점임원에 대한 급여가 비교대상 임원의 급여 대비 과도한 수준이 아니라고 주장하나, 「법인세법」 제26조 및 같은 법 시행령 제43조 제3항은 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함)인 임원 또는 직원에게 정당한 사유 없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있고, 여기에서 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원은 사실상의 직무를 기준으로 판단하나 사실상 직무에는 완전히 동일한 경우뿐만 아니라 유사한 직무를 수행하는 경우도 포함되는 것인바, 이 건의 경우 비교대상 임원의 경우 법인등기사항전부증명서상 대표이사로 등재된 등기임원이자 청구법인의 내부 직위상 부사장으로 확인되고, 쟁점임원의 경우 사내이사로 등재된 등기임원이자 청구법인의 내부 직위상 부사장으로 확인되며, 쟁점임원과 비교대상 임원이 청구법인에서 수행하는 업무 부분이 상이한 것으로 확인되나 각자 해당 부서의 총괄 책임자로서 동일한 청구법인의 부사장 직위에서 유사한 업무책임을 부담하고 있는 것으로 보이므로 쟁점임원과 비교대상 임원의 경우 「법인세법」 제26조 및 같은 법 시행령 제43조 제3항에 따른 동일직위에 있는 임원에 해당한다고 볼 수 있는 점, 청구법인이 쟁점임원의 경우 비교대상 임원에 비해 청구법인의 실적에 기여하는 바가 더 크고, 경영상 위험부담이 더 높아 쟁점임원이 비교대상 임원에 비해 높은 급여를 지급받는 것에 정당한 사유가 있다고 주장하나, 비교대상 임원이 청구법인의 대표이사로 재직하면서 청구법인의 영업 전반에 책임을 지면서 큰 경영상의 위험을 부담하고 있다고 볼 수 있는 반면, 쟁점임원이 구체적으로 청구법인의 실적에 기여한 내역이나 경영상 위험을 상대적으로 더 부담한 사실에 관하여 객관적인 증빙자료를 통해 입증하지 못한 점 등에 비추어 청구법인의 위 주장들을 인정하기는 어려우므로 처분청이 청구법인의 지배주주와 친족 관계인 쟁점임원에게 지급한 급여가 동일 직위의 비교대상 임원의 급여 대비 과도한 것으로 보아 그 초과금액을 손금불산입하여 청구법인에게 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.





4.결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.



＜별지＞ 관련 법령



(1)법인세법



제26조(과다경비 등의 손금불산입) 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 인건비

2. 복리후생비

3. 여비(旅費) 및 교육ㆍ훈련비

4. 법인이 그 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 경영함에 따라 발생되거나 지출된 손비

5. 제1호부터 제4호까지에 규정된 것 외에 법인의 업무와 직접 관련이 적다고 인정되는 경비로서 대통령령으로 정하는 것



(2)법인세법 시행령



제43조(상여금 등의 손금불산입) ③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 직원에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

⑦ 제3항에서  "지배주주등”이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등(이하  "지배주주등”이라 한다)을 말한다.

⑧ 제3항 및 제7항에서  "특수관계에 있는 자”란 해당 주주등과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

1. 해당 주주등이 개인인 경우에는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자

가. 친족(「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항에 해당하는 자를 말한다. 이하 같다)

나. 제2조 제8항 제1호의 관계에 있는 법인

다. 해당 주주등과 가목 및 나목에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인

라. 해당 주주등과 그 친족이 이사의 과반수를 차지하거나 출연금(설립을 위한 출연금에 한한다)의 100분의 30 이상을 출연하고 그 중 1명이 설립자로 되어 있는 비영리법인

마. 다목 및 라목에 해당하는 법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인

2. 해당 주주등이 법인인 경우에는 제2조 제8항 각 호(제3호는 제외한다)의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자