처분청은 2023. 1. 17. 청구인에게 한 경정청구 거부처분을
취소하여야 한다.

1. 원 처분의 요지
가. 청구인1)은 2021. 4. 12. 경기도 이천시 B 등 18개 필지에 물류창고(지하
1층 및 지상 2층, 연면적 19,331.76㎡, 이하  "이 사건 창고”라 한다)를 신축하여 사용승인2)을 받은 후, 같은 해 7. 8. 처분청에 과세표준액 18,819,854,161원에 대한
취득세 등 계 580,360,070원3)을 납부하였다.
나. 청구인은 2022. 12. 22. 처분청에 물류창고운영업 및 물류창고임대업 등을영위하기 위해 취득한 이 사건 창고가 구 「 지방세특례제한법」 (2021. 1. 5. 법률제17883호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제58조의3 제1항에 따라 창업중소기업이 창업일 당시 업종(물류창고임대업 등 ‘보관 및 창고업’)의 사업을 계속 영위하기
위하여 창업일 이후 4년 이내 취득한 부동산에 해당한다며 기납부한 세액의 ‘100분의 75’를 돌려달라고 경정청구를 하였다.
다. 처분청은 2023. 1. 17. 청구인이 이 사건 창고를 제3자에게 임대하고 있고이는 구 「 지방세특례제한법」 제2조 제1항 제8호에 따른 소유자의 ‘직접 사용’에
해당하지 않는다는 이유로 경정청구 거부처분(이하  "이 사건 거부처분”이라 한다)을하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유
가. 청구 취지
이 사건의 청구 취지는 이 사건 거부처분을 취소하여 달라는 것이다.
나. 청구 이유
청구인은 창고임대차계약에 따라 ■주식회사(이하  "이 사건 임차인”이라 한다)에 이 사건 창고를 임대하였으나, 처분청으로부터 고압가스냉동제조 허가를
받은 후 오수처리, 소방안전관리, 경비 및 출입통제 등을 하기 위해 용역계약을 체결하고 직원을 채용하여 이 사건 창고를 운영하는 등 직접 관리하고 있다. 따라서 청구인은 창업일 당시 업종(물류창고임대업 등 ‘보관 및 창고업’)의 사업을 영위하기 위하여 이 사건 창고를 취득하였으므로 구 「 지방세특례제한법」 제58조의3 제1항에 따라 취득세를 경감받아야 하는데도, 처분청이 선결례 등4)에 반하여 이 사건 거부처분을 한 것은 부당하다.

3. 처분청의 의견
이 사건 임차인이 창고임대차계약에 따라 이 사건 창고 내 물품의 입출고 및재고관리 등의 업무를 수행하며 물류창고업의 등록 등을 이유로 등록면허세를
납부한 점, 청구인이 제시한 선결례는 「 지방세특례제한법」 제71조와 관련되어
그대로 원용할 수 없는 점, 물류창고를 임대하여 사용하는 경우는 「 지방세특례제한법」 제2조 제1항 제8호에 따른 소유자가 ‘직접 사용’하는 것으로 볼 수 없는 점등을 고려할 때 이 사건 거부처분은 정당하다.

4. 우리 원의 판단
가. 다툼
이 사건의 다툼은 청구인이 창업중소기업으로서 구 「 지방세특례제한법」
제58조의3 제1항 등에 따라 이 사건 창고에 대한 취득세를 경감받을 수 있는지여부이다.
나. 인정사실
이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.
청구인은 2018. 5. 4. 물류창고운영업 및 물류창고임대업 등 6개 사업5)을영위할 목적으로 설립되었다.
청구인은 2020. 8. 25. 등 처분청으로부터 고압가스냉동제조 허가를 받은 후
오수처리, 소방안전관리, 경비 및 출입통제 등을 위한 용역계약을 체결하고관리직원 4명을 채용하여 청구인이 직접 이 사건 창고를 관리 ㆍ 운영하고 있다.
청구인은 2021. 3. 9. 이 사건 임차인6)에게 아래와 같은 내용의 창고임대차 계약을 체결하여 창고 공간을 임대하였으며, 이 계약에 따르면 청구인은 이 사건창고의 보관온도를 냉장 5℃, 냉동 - 18℃ 이하(중심온도)로 유지할 의무를 부담한다.




청구인은 2021. 3. 31. 사명(社名)을 ‘주식회사 ◈센터’에서 ‘주식회사A’ 변경하였으며, 같은 해 4. 12. 이 사건 창고를 신축하여 사용승인을 받은 후, [표]와
같이 같은 해 7. 8. 처분청에 과세표준액 18,819,854,161원에 대한 취득세 등 계 580,360,070원을 납부하였다.



청구인은 2022. 12. 22. 이 사건 창고에 대하여 기납부한 취득세의 ‘100분의75’를 돌려 달라며 경정청구를 하였으나, 처분청은 2023. 1. 17. 이 사건 거부처분을하였다.

다. 관계 법령
이 사건과 관계되는 법령은 「 지방세기본법」 제34조 제1항 제1호 등 [별지]
기재와 같다.
라. 판단
「 지방세기본법」 제34조 제1항 제1호에 따르면 취득세는 과세물건을 취득하는때납부하도록 되어 있다. 한편, 구 「 지방세특례제한법」 제58조의3 제1항 제1호는과밀억제권역 외의 지역에서 창업하는 중소기업이 창업일부터 4년 이내에 창업일당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의‘100분의 75’를 경감하도록 규정하면서 같은 법 제58조의3 제4항에서는 이와 같은경감 혜택을 받기 위해 창업중소기업이 영위하여야 하는 업종을 제4항 각호에
열거된 것으로 제한하고 있는 바, 물류산업 중 ‘보관 및 창고업’은 제4항 제9호에따른 감면 대상 업종에 해당한다.

한편, 같은 법 제58조의3 제7항 제1호는제58조의3 제1항 제1호에 따라 경감된 취득세를 추징할 수 있는 사유로  "정당한
사유없이 취득일로부터 3년 이내에 그 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우”를 규정하고 있다.
물류창고는 현재 운영방식에 따라 화주가 창고업자에게 화물을 넘겨주면 창고업자가 임의로 보관하는 위탁방식으로 운영되는 이른바 ‘수탁창고’와 창고업자가운영하는 물류창고의 일정 공간을 화주에게 임대한 후 화주가 직접 해당 공간에 물품을 보관하도록 하는 방식으로 운영되는 이른바 ‘임대창고’의 두 종류가 있는 바,
대법원 판결에 따르면, 임대창고 방식으로 영위한 창고업 역시 물류정책기본법이정한 물류사업9)에 해당된다.
최근 소셜커머스 업체, 온라인쇼핑몰, 홈쇼핑 등의 발달로 물류량이 급격히 증가하여 창고가 부족하게 됨에 따라 물류창고에 대한 화물보관방식이 기존의
수탁창고 방식에서 임대창고 방식으로 변화하고 있는 현상을 고려할 때 임대창고를물류사업에서 배제하는 것은 물류사업의 현실에 부합하지 아니하므로, 임대창고
방식의 운영을 목적으로 체결된 창고 임대차계약을 단순한 부동산 임대차계약으로볼 수는 없고, 임대창고 방식으로 창고를 운영하더라도 임대인이 해당 창고 건물을물류시설운영업(창고업) 자체에 직접 사용하였다고 봄이 타당하다.
구 「 지방세특례제한법」 제58조의3 제6항에 따르면 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우 또는 사업을 확장하거나 다른
업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한경우에는 창업으로 보지 아니한다고 되어 있다.
위 관계 법령 및 법리, 인정사실 등의 내용에 비추어 청구인이 창업중소기업으로서 구 「 지방세특례제한법」 제58조의3 제1항 등에 따라 이 사건 창고에 대한 취득세를 경감받을 수 있는지 여부를 살펴보면, ① 처분청은 소유자인 청구인이이 사건 창고를 ‘직접 사용’하지 않고 이 사건 임차인에게 임대하였다는 이유로
이 사건 거부처분을 하였으나, 청구인이 임대창고 방식으로 이 사건 창고를 운영하더라도 청구인이 직접 이 사건 창고를 이용한 창고업을 영위하고 있다고 보는것이 합리적인 점, ② 청구인은 구 「 지방세특례제한법」 제58조의3 제6항에서 규정한폐업 후 같은 종류의 사업을 개시하는 등 창업의 범위에서 제외하는 경우에해당하지 않고, 창업일(2018. 5. 4.) 당시의 목적사업인 물류창고운영업 및 물류창고임대업 등을 영위하기 위하여 이 사건 부동산을 취득하였으므로 구 「 지방세특례제한법」 제58조의3 제4항 제9호 등에 따른 ‘보관 및 창고업’의 물류산업을 영위하는창업중소기업에 해당하는 것으로 보아야 하는 점, ③ 청구인이 이 사건 임차인과체결한 창고임대차계약에서 정한 화물보관 방식에 따라 이 사건 창고를 이용한 창고업을 직접 운영하면서 수익을 실현하고 있는 이상 이 사건 창고 임대차계약을단순한 부동산 임대차계약으로 볼 수는 없으며 이 사건 창고는 청구인이 영위하는창고업에 직접 사용되고 있다고 보는 것이 합리적인 점, ④ 창업중소기업에 대한
감면 취지는 새로운 사업을 최초 개시함으로써 원시적인 사업 창출의 효과가 있는경우에만 감면혜택을 주려는 데 있는바, 청구인이 목적사업인 물류창고운영업
및 물류창고임대업 등을 창업한 이후의 매출액(월 임대료 215,205,000원) 및 고용현황(관리직원 4명) 등을 비추어 볼 때 이 사건 창고 취득으로 인한 원시적 사업
창출의 효과가 있는 점 등을 종합적으로 고려할 때 처분청이 이 사건 거부처분을 한 것은 법리를 오해한 잘못이 있다.

5. 결론
그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 「 감사원법」 제46조
제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.