동작세무서장이 2024.12.5. 청구법인에게 한 2021년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 2014.3.10. 부동산매매업을 주요 업종으로 하여 설립된 법인으로, 2022.1.6. OOO 지역주택조합(이하  "지역주택조합”이라 한다)에게 분양대행 등 업무대행용역(이하  "쟁점용역”이라 한다)을 제공한 것으로 하여 공급가액 OOO원의 매출세금계산서(이하  "쟁점매출세금계산서”라 한다)를 발급하였다.



나. 처분청은 2024.8.20.부터 2024.10.26.까지 청구법인의 2017년 제2기∼2021년 제2기 부가가치세에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점용역의 공급시기는 2021년 제2기 부가가치세 과세기간이므로, 쟁점매출세금계산서를 공급시기 이후에 발행된 사실과 다른 세금계산서로 보아, 2024.12.5. 청구법인에게 2021년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정ㆍ 고지하였다.



다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.4. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



(1) 처분청은 세무조사 개시시점(2024.8.20.)을 기준으로 장기 부과제척기간에 해당하는 조사대상기간(2017년 제2기∼2021년 제2기 부가가치세 과세기간)을 선정하였으므로, 이 건 처분은 위법하다.



(가) 장기부과제척기간을 적용하기 위해서는 무신고 또는 사기ㆍ 기타 부정한 행위에 해당하여야 하는데, 청구법인은 조사대상기간 동안 부가가치세 관련 세무신고를 기한 내에 처리하였으며 쟁점매출세금계산서상 부가가치세액을 2022년 제1기분 매출세액에 포함하여 부가가치세를 신고ㆍ 납부하였으므로, 포탈세액이나 국고의 손실이 발생하지 않았고, 청구법인에게 관련 세액의 일실로 인한 국고 손실에 관한 인식이 있었다고 볼 근거도 없다.



(나) 처분청은 청구법인이 2017.11.20. 공사도급계약서(제17조 제11항 제1호)상 기지급분 OOO원에 대하여 OOO원의 세금계산서를 발행한 사실을 확인하여 사실과 다른 세금계산서 발행 및 공급시기의 적정성 여부 확인을 위해 조사대상기간을 2017년 제2기∼2021년 제2기 부가가치세 과세기간으로 선정하였다는 의견이나,



중간지급조건부 거래에서 공급시기인 ‘대가를 받기로 한 때’와 ‘대가를 실제로 지급받는 것’은 별개의 문제이므로, 기 지급한 금액보다 더 큰 금액을 공급대가로 하여 매출세금계산서를 발행하였다고 해서 장기부과제척기간에 해당하는 과세기간을 조사대상기간으로 선정한 처분은 정당하다고 보기 어렵다.



(다) 따라서, 이 건 처분은 절차상 하자가 있으므로 무효이다.



(2) 설령 처분청의 조사대상기간 선정이 정당하다 하더라도, 쟁점용역의 공급시기를 2021년 제2기 부가가치세 과세기간으로 보아 청구법인에게 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다.



(가) 「부가가치세법 시행령」 제29조 제1항 제3호는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 용역의 공급시기로 본다고 규정하고 있다. 즉, 실제 대금을 받는 것과는 별개로 각 대가를 받기로 한 때가 공급시기가 되는 것이다.



(나) 2018년 1월에 작성된 공사도급계약서(제17조 제11항 제2호)에 따르면, 당초 차입금이 입금되는 시점에 OOO원을 인출하기로 명시되어 있으므로, 차입금의 기표일인 2018.3.30.이 쟁점용역의 공급시기가 되어야 한다.



(다) 청구법인은 지역주택조합으로부터 분양금액의 일정비율을 업무대행비로 받는 업무대행사로서, 쟁점매출세금계산서는 당초 2018년 1월 청구법인과 시행사(지역주택조합) 및 시공사(A 주식회사) 간에 작성된 공사도급계약서에 기재된  "제15조 제3항 차입금 기표시” OOO원을 청구법인이 업무용역비로 받기로 한 계약내용에 근거한다.



(라) 위 공사도급계약서  "제15조 제3항 차입금”은 시공사의 지급 보증에 의해 지역주택조합에게 차입금 OOO원이 대출되는 것으로, 동 차입금의 기표일은 2018.3.30.인 것으로 확인되며, 당초 청구법인은 2018.3.30. OOO원의 업무대행용역비를 청구할 예정이었다.



(마) 그러나, 지역주택조합의 자금문제로 용역대금을 지급받지 못해 세금계산서를 발행하지 못하였고, 조합원의 차입금 등으로 청구법인의 운영비를 대체하다가 2022.1.6. 당초 용역대가(OOO원)보다 OOO원이 감액된 OOO원으로 업무대행용역비를 지급하기로 최종 결정되어 이 시기를 공급시기로 보아 쟁점세금계산서를 발급하게 된 것이다.



(바) 따라서, 쟁점세금계산서의 공급시기는 용역대가가 최종 결정된 시점인 2022년 제1기 과세기간(2022.1.6.)으로 보거나, 아니면 당초 계약서에 명시된 2018년 제1기 과세기간(2018.3.30.)으로 보는 것이 타당하다.



(사) 처분청은 공사도급계약서상 청구법인의 쟁점용역비는 집행순위가 후순위이므로, 그 공급시기가 확정되지 않았다고 보아 청구법인이 시공사에 용역대금의 지급요청을 한 2021.10.29. 또는 실제 용역대금이 입금된 2021.12.9.을 공급시기로 보아야 한다는 의견이나, 이는 다음과 같은 이유로 부당하다.



1) 후순위로 자금이 집행된다고 해서 공급시기(각 대가를 받기로 한 때)가 달라지지 않는다.



공사도급계약서 제17조 제1항은  "제11항 집행기준”을 따른다고 정하고 있고, 같은 조 제11항은  "제15조 제3항 차입금 기표 시 OOO원을 인출하기로 한다”고 명시하고 있다.



따라서, 쟁점용역의 공급시기는 당초 인출을 예정한 차입금 기표일(2018.3.30.)로 보아야 하고, 그 시기를 변경하는 별도의 합의나 계약변경이 없다면 이는 그대로 인정되어야 한다.



2) 처분청이 쟁점용역의 공급시기를 2021년 제2기로 결정한 근거로 제시한 청구법인이 시공사에 보낸 지급협조 공문(2021.10.29.)은 단순히 잔금 중 일부를 긴급히 지급해 달라는 내용으로, 잔금 중 일부의 지급을 요청하는 것은 쟁점용역과 그 문언상 직접적 관련성 여부를 확인하기 어렵고, 나아가 당초 합의내용의 변경이나 공급시기의 변경을 확인할 수 있는 내용도 없으며, 도급계약서상 갑(지역주택조합), 을(시공사), 병(청구법인) 중 갑에 해당하는 지역주택조합이 제외된 양자 간 공문으로 3자 간의 합의내용의 변경이나 공급시기의 변경을 확인할 수 있는 내용이 아니다.



3) 또한, 2018년 1월 공사도급계약서가 작성된 이후 2018.3.30.이 차입금 기표일이 되었으므로, 이후에 공급시기의 변경에 관한 합의가 있었다 하더라도 공급시기가 이미 도래한 이후에 공급시기의 변경에 관한 합의는 기존의 확정된 공급시기에 영향을 미칠 수 없다(대법원 2015.8.19. 선고 2015두1588 판결 참조).



나. 처분청 의견



(1) 사실과 다른 세금계산서 발행 및 공급시기의 적정성 여부 확인을 위한 처분청의 조사대상기간 선정은 적법하고, 이 건 처분의 귀속시기(2021년 제2기 부가가치세 과세기간)는 부과제척기간(5년) 이내이다.



(가) 청구법인은 지역주택조합에 업무대행용역을 제공하고, 공사도급계약서에 따라 2017년 제2기 부가과치세 과세기간부터 중간지급조건부로 세금계산서를 발급하였다.



(나) 처분청은 청구법인이 2017.11.20. 공사도급계약서 제17조 제11항 제1호의 기지급분 OOO원에 대하여 OOO원의 세금계산서를 발행한 사실을 확인하여, 사실과 다른 세금계산서 발행 및 공급시기의 적정성 여부를 확인하기 위하여 조사대상기간을 2017년 제2기∼2021년 제2기 부가가치세 과세기간으로 선정한 것이다.



(다) 또한, 처분청의 이 건 처분의 귀속시기(2021년 제2기)는 부과제척기간(5년) 이내이므로, 이 건 처분은 적법하다.



(2) 쟁점용역의 공급시기는 2021년 제2기 부가가치세 과세기간이다.



(가) 「부가가치세법 시행령」 제29조 제1항 제3호는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 용역의 공급시기로 본다고 규정하고 있다.



(나) 쟁점용역은 중간지급조건부 용역계약으로, 공사도급계약서(제17조 제11항 제2호)에 기재된  "제15조 제3항 차입금”은 2018.3.30. 대출 시행되었다.



(다) 그러나, 청구법인은  "제15조 제3항 차입금 기표 시 OOO원”에 대한 공급시기(대가의 각 부분을 받기로 한 때)가 특정되지 아니하였으므로, 공급시기를 분양수입금(일반분양수입금, 차입금)의 인출배분 지급요청 및 입금 시점으로 판단하여 2018년 제1기에 세금계산서를 발행하지 않았다.



(라) 청구법인은 2021.10.29. OOO원(부가가치세 포함)을 지급 요청하였으나, 분양수입금의 인출배분에 따라 청구법인의 업무대행수수료는 후순위에 있어 2021.12.9. OOO원(부가가치세 포함)을 지급받았으므로, 쟁점용역의 공급시기는 2021년 제2기 부가가치세 과세기간으로 보아야 한다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



① 부과제척기간(5년)이 도과한 과세기간을 조사대상 기간으로 한 세무조사는 위법하다는 청구주장의 당부



② 쟁점용역의 공급시기를 2021년 제2기 부가가치세 과세기간으로 보아 청구법인에게 부가가치세를 부과한 처분의 당부



나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.



(가) 쟁점용역이 「부가가치세법 시행령」 제29조 제1항 제3호에서 규정하고 있는 중간지급조건부 용역이라는 것에 대해서는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다.



(나) 청구법인과 지역주택조합(시행사) 및 A 주식회사(시공사) 간에 체결한 공사도급계약서(2018년 1월)에 따르면, 조합대행 업무용역비는 차입금 기표시 OOO원(부가가치세 별도)을 인출하기로 하는 내용이 기재되어 있는 것으로 나타나며, 동 계약서의 주요내용은 아래 ＜표1＞과 같다.



＜표1＞ 공사도급계약서(주요내용 발췌)

○○○



(다) 청구법인은 2021.10.29. A 주식회사에 공문(업무대행비 지급 협조요청의 건)을 발송한 것으로 나타나며, 동 공문의 주요내용은 아래 ＜표2＞와 같다.



＜표2＞ 공문(업무대행비 지급 협조요청의 건)

○○○



(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.



(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 2024.8.20.부터 2024.10.26.까지 청구법인에 대하여 조사대상기간을 2017년 제2기∼2021년 제2기 부가가치세 과세기간으로 하는 세무조사를 실시하였고, 청구법인은 부과제척기간(5년)이 도과한 조사대상기간이 포함된 세무조사에 따른 이 건 처분은 위법하다고 주장하나, 이 건 세무조사는 부과제척기간이 도과한 부가가치세 과세기간의 경정에 관한 것이 아닌, 2021년 제2기 부가가치세 경정에 관한 것인바, 처분청은 사실과 다른 세금계산서의 발행 및 공급시기의 적정성 여부 등을 확인할 수 있다고 보아야 하고, 단순히 부과제척기간을 도과한 과세기간이 조사대상기간에 포함되어 있다는 점만으로 이 건 세무조사가 위법하다고 할 수 없는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.



(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 2018.3.30.을 쟁점용역의 공급일이 아닌 것으로 보아 2018년 제1기 부가가치세 과세기간에 세금계산서를 발급하지 않았고, 2021.10.29. 시공사에 쟁점용역비의 지급을 요청하여 2021.12.9. 쟁점용역비를 지급받았으므로, 쟁점용역의 공급시기는 2021년 제2기 부가가치세 과세기간으로 보아야 한다는 의견이나, 「부가가치세법 시행령」 제29조 제1항 제3호는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 용역의 공급시기로 본다고 규정하고 있는바, 쟁점용역이 중간지급조건부 용역에 해당한다는 것에 대해서는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없고, 청구법인이 시행사(지역주택조합) 및 시공사와 체결한 공사도급계약서에는  "차입금 기표시” 쟁점용역비를 인출하기로 한다고 명시되어 있으며, 2018.3.30. 지역주택조합 차입금의 대출 실행이 완료되었으므로, 쟁점용역의 공급시기는 2018년 제1기 부가가치세 과세기간으로 보는 것이 타당해 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점용역의 공급시기를 2021년 제2기 부가가치세 과세기간으로 보아 청구법인에게 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등



(1) 국세기본법



제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하  "부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하  "국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우 : 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(역외거래의 경우 10년)

2. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하  "부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우 : 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(역외거래에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다.



(2) 부가가치세법



제16조(용역의 공급시기) ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.



(3) 부가가치세법 시행령



제29조(할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조 제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.

1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부판매의 경우

2. 완성도기준지급조건부로 재화를 공급하는 경우

3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우

4. 전력이나 그 밖에 공급단위를 구획할 수 없는 재화를 계속적으로 공급하는 경우



(4) 부가가치세법 시행규칙



제20조(중간지급조건부 용역의 공급) 영 제29조 제1항 제3호에서  "기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 용역의 제공을 완료하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 경우