○ 질의법인은 관광숙박업ㆍ체육시설업 등을 영위하는 법인이며,

- ’21.7.1.(합병등기일) 부동산 기획, 시설관리업 및 정보통신공사업 등을 영위하던 내국법인(이하, 피합병법인)을 적격합병함

- 적격합병 당시 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금은 없음

○질의법인은 합병등기일 현재 보유 중인 이월결손금(1,882억원)을 ’22사업연도 중 발생한 각 사업연도 소득금액에서 공제하고자 함

○ 질의법인의 영위하던 기존사업에서 발생한 이월결손금의 공제한도

ㆍ (1안) 기존사업에서 발생한 각 사업연도 소득금액의 60%(1,655억원)

ㆍ(2안)피합병법인으로부터 승계한 사업에서 발생한 결손금을 차감한 후 통산된 질의법인의 각 사업소득금액의 60%(1,592억원)

구 법인세법 제45조 제5항의 제1호(법률 제19193호, 2022.12.31.로 개정되기 전의 것)의 규정을 적용함에 있어서 합병법인의 합병등기일 현재 결손금의 경우에는 합병법인의 소득금액에서 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 차감한 소득금액의 100분의 60(’23.1.1.이후 개시하는 사업연도분부터는 100분의 80)을 한도로 공제하는 것입니다.
이 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 결손금이 발생된 경우에는 해당 결손금은 합병법인의 소득금액에 가산되는 것입니다.

○ 법인세법 제13조【과세표준】[법률 제17652호, 2020.12.22.]

① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 60[「조세특례제한법」 제6조제1항에 따른 중소기업(이하 " 중소기업" 이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로 한다. < 개정 2020.12.22.>

1. 제14조제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액

가. 각 사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것

나. 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것

2. 이 법과 다른 법률에 따른 비과세소득

3. 이 법과 다른 법률에 따른 소득공제액

○ 법인세법 제14조【각 사업연도의 소득】

① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 뺀 금액으로 한다. < 개정 2018.12.24>

② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다.

③ 내국법인의 이월결손금은 각 사업연도의 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액으로 한다.

○ 법인세법 제45조【합병시 이월결손금 등 공제 제한】

① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조제1항제1호에 따른 결손금 중 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 결손금을 제외한 금액은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다. < 개정 2018.12.24., 2020.12.22>

② 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.

③ ~ ④ < 생략>

⑤ 제1항과 제2항에 따른 합병법인의 합병등기일 현재 결손금과 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금에 대한 공제는 제13조제1항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른 소득금액의 100분의 80(중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100)을 한도로 한다. < 신설 2019.12.31, 2022.12.31>

1. 합병법인의 합병등기일 현재 결손금의 경우: 합병법인의 소득금액에서 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 차감한 금액

2. 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금의 경우: 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액

○ 법인세법 제113조【구분경리】

①∼② < 생략>

③ 다른 내국법인을 합병하는 법인은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 다만, 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 합병하는 경우에는 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있다. < 개정 2011.12.31, 2013.1.1, 2018.12.24>

1. 합병등기일 현재 제13조제1항제1호의 결손금이 있는 경우 또는 제45조제2항에 따라 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우: 그 결손금 또는 이월결손금을 공제받는 기간

2. 그 밖의 경우: 합병 후 5년간

○ 법인세법 시행령 제10조【결손금 공제】

① < 생략>

② 법 제13조제1항제1호에 따라 결손금을 공제할 때에는 먼저 발생한 사업연도의 결손금부터 차례대로 공제한다.