원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 다음 제출된 각 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다.
1. 사안의 개요
원심이 인용한 제1심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
가. 원고는 온라인 숙박예약 플랫폼 ‘○○○’[(도메인 주소 생략), 이하 ‘이 사건 숙

박예약 플랫폼’이라 한다]를 운영하는 사업자로서, 모텔 등 숙박업소(이하 ‘제휴점’이라
한다)와 이용객 사이의 숙박계약을 중개하고, 제휴점으로부터 총 판매대금의 일정비율을 예약대행수수료(이하 ‘이 사건 용역수수료’라 한다)로 지급받는 내용의 계약(이하
‘이 사건 이용계약’이라 한다)을 체결하였다(이하 원고가 이 사건 이용계약에 따라 제휴점에 공급하는 용역을 ‘이 사건 용역’이라 한다). 나. 원고는 이 사건 숙박예약 플랫폼을 이용하는 이용객들에게 할인쿠폰 등을 발행하거나 포인트를 적립해 주고, 향후 이용객이 이 사건 숙박예약 플랫폼을 통하여 제휴점의 숙박상품을 예약하면서 이를 사용할 경우 제휴점으로부터 지급받아야 하는 이 사건 용역수수료에서 할인 상당액을 공제해주었다. 원고는 이와 같이 공제를 마친 뒤 일별 정산금액을 산정하여 4영업일 후에 제휴점에 송금하였다.
다. 한편 원고는 매월 말일에 제휴점에 1개월분 중개수수료에 대한 세금계산서를
발행하였다. 원고는 △△△라는 홈페이지를 통해 제휴점으로 하여금 객실 수, 숙박요금
등의 세부사항을 업로드하게 하고 나아가 예약 현황과 입금, 취소내역도 확인할 수 있게 하였다. 이로써 제휴점은 이 사건 숙박예약 플랫폼을 통해 원고와 사이에 이루어지는 정산금액을 직접 확인할 수 있었다. 라. 원고는 당초 이 사건 용역수수료에서 공제된 할인 상당액을 부가가치세 과세표준 신고 시 공급가액에 포함하여 신고하였다가, 2018. 11. 21. 피고에게 그 할인 상당액이 매출에누리에 해당한다고 주장하며 이를 2015년 1기부터 2018년 1기까지의 각
공급가액에서 차감하여 부가가치세 합계 2,114,824,201원을 감액해 달라는 경정청구를
하였다. 이에 피고는 정산기간 내의 총 판매대금이 아닌 각 개별 숙박계약 건별로 계산한 수수료를 한도로 하여 해당 수수료에서 공제된 할인액만을 매출에누리로 인정한

후 부가가치세를 감액경정하였고, 2018. 12. 24. 원고에게 환급가산금을 포함하여
2,117,952,030원을 환급하였다. 마. 원고는 2019. 2. 15. 각 개별 숙박계약 건별로 계산한 수수료를 초과하여 발생한 할인액(이하 ‘이 사건 초과할인액’이라 한다) 합계 10,628,242,318원도 매출에누리에
해당한다고 주장하면서 2016년 1기부터 2018년 1기까지 각 부가가치세 합계
1,062,924,224원(= 2016년 1기에 관한 95,391,641원 + 2016년 2기에 관한 116,256,790
원 + 2017년 1기에 관한 180,595,891원 + 2017년 2기에 관한 254,464,374원 + 2018
년 1기에 관한 416,215,528원)을 감액해 달라는 경정청구를 하였으나, 피고는 2019. 4.
2. 경정을 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).
2. 원심의 판단
원심은 이 사건에서 부가가치세의 최종적인 세부담자는 제휴점으로부터 숙박용역을
공급받는 이용객이므로 원고가 제휴점에 공급한 이 사건 용역의 단위는 각 숙박계약의
중개행위라고 봄이 타당하다는 등 판시와 같은 이유로, 이 사건 초과할인액은 매출에누리가 아닌 장려금이라고 판단하고, 나아가 ‘제휴점별로 다음에 체결되는 숙박계약에
관한 이 사건 용역수수료에서 초과할인액을 차감하기로 사전에 약정하였으므로 적어도
정산의 기준인 하루 내에 발생한 초과할인액은 다음 계약에 관한 이 사건 용역수수료에서 차감하여야 한다’는 원고의 주장에 대해서도, 각 숙박계약을 하나의 공급단위로
보아야 하는 이상, 선행하는 어느 한 이용객이 체결한 숙박계약에 관하여 생긴 초과할인액을 후행하는 다른 이용객이 체결한 숙박계약과 관련된 이 사건 용역수수료에서 공제하는 것은 제3자와의 거래조건에 따라 해당 거래의 공급가액을 공제해주는 것과 마찬가지인데, 선행하는 숙박계약의 이용객과 후행하는 숙박계약의 이용객 사이에는 서

로 아무런 관련이 없고 대가관계도 인정되지 않는다는 이유로 이를 배척하여, 결과적으로 이 사건 거부처분을 적법하다고 판단하였다.
3. 대법원의 판단
위와 같은 원심의 판단은 그대로 수긍하기 어렵다.
가. 부가가치세법 제29조 제1항은  "재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.”
라고 규정하고, 제5항 제1호는 ‘공급가액에 포함하지 아니하는 금액’의 하나로 ‘재화나
용역을 공급할 때 그 품질이나 수량, 인도조건 또는 공급대가의 결제방법이나 그 밖의
공급조건에 따라 통상의 대가에서 일정액을 직접 깎아주는 금액’(이하 ‘에누리액’이라
한다)을 들고 있다. 에누리액은 그 발생시기가 재화나 용역의 공급시기 전으로 한정되지 아니하고, 그 공제ㆍ차감의 방법에도 특별한 제한이 없다(대법원 2015. 12. 23. 선고 2013두19615 판결 참조). 그리고 당사자 사이에 계약을 둘러싸고 의사표시의 해석이 문제되는 경우에는 의사표시의 내용, 의사표시가 이루어진 동기와 경위, 의사표시에 의하여 달성하려는 목적, 당사자의 진정한 의사 등을 종합적으로 고찰하여 논리와 경험칙에 따라 합리적으로 해석하여야 한다(대법원 2005. 5. 27. 선고 2004다60065 판결, 대법원 2007. 9. 20. 선고
2006다15816 판결 등 참조).
나. 원심판결 이유를 위와 같은 법리 및 기록에 비추어 살펴본다.
1) 이 사건 숙박예약 플랫폼을 통한 거래구조는 제휴점과 이용객 사이의 숙박계약과 원고와 제휴점 사이의 이 사건 이용계약이라는 두 가지 법률관계에 따라 형성되었다. 이 두 가지 법률관계는 경제적 이해관계가 중첩되는 최소한의 영역을 제외하면 특

별한 사정이 없는 한 서로 견련관계에 있지 아니하고 각 계약당사자의 자율적인 의사에 따라 독립적으로 규율되는 것으로 보아야 한다(대법원 2016. 6. 23. 선고 2014두298, 304, 311 판결 참조). 즉, 플랫폼사업자인 원고와 제휴점은 이 사건 숙박예약 플랫폼을 기반으로 제휴점과 이용객 사이의 숙박계약과 구별되는 계약을 독립적으로 체결하였고, 그 계약에서 플랫폼 이용에 대한 수수료를 어떻게 산정할 것인지는 기본적으로 계약자유의 원칙에 따라 이들 사이의 약정에 맡겨졌다. 제휴점과 이용객의 개별
숙박계약에서 발생한 초과할인금을 가지고 플랫폼사업자인 원고와 제휴점 사이에 어떤
거래를 대상으로 어떻게 정산할 것인지도 원고와 제휴점의 자율적인 의사에 따라 정해졌다. 2) 원고와 제휴점 사이에 체결된 이 사건 이용계약의 내용과 이 사건 용역수수료의 정산이 실제 이루어진 방식 등을 살펴보면, 이 사건 이용계약의 이행 과정에서 원고는 할인쿠폰 등을 이용객에게 발행하여 프로모션을 시행할 수 있고, 이로 인해 숙박상품의 판매가격이 인하될 경우 그에 상응하는 금액을 제휴점이 원고에게 지급할 이
사건 용역수수료에서 차감하기로 하는 데에 쌍방이 명시적 또는 묵시적으로 합의한 것으로 볼 수 있다. 이에 따라 원고와 제휴점 사이에는 할인액의 발생 근거, 적용 사유, 공제 액수 등 용역제공의 조건에 대해서까지 사전적 합의가 구체적으로 성립하였다고
할 것이다. 3) 이 사건 이용계약에서는 원고가 제휴점에 공급하는 이 사건 용역의 대가를 ‘총
판매대금’의 일정비율로 산정하도록 약정하였다. 그 약정의 내용과 실제로 초과할인액이 계산된 내역 등을 종합하여 보면, 여기서 말하는 ‘총 판매대금’은 ‘합의된 정산기간
동안의 대실, 숙박 등 모든 판매대금을 합한 금액’을 의미한다. 그러므로 해당 정산기

간 동안 총 판매대금을 기준으로 계산한 이 사건 용역수수료에서 같은 기간 동안의 숙박상품 할인액을 일괄 공제한 다음 그 잔액을 정산ㆍ지급하기로 원고와 제휴점 사이에
의사의 합치가 있었고, 그에 따라 이 사건 용역수수료에서 할인 상당액이 직접 차감되었다고 볼 수 있는 이상 이 사건 초과할인금은 해당 정산기간 동안 총 수수료의 한도
내에서 에누리액에 해당한다고 보아야 한다. 4) 원고와 제휴점이 체결한 이 사건 이용계약은 제휴점과 이용객이 체결한 숙박계약과 구별되는 별개의 독립된 계약이다. 나아가 이 사건 용역의 내용을 살펴보더라도
그 계약의 실질은 제휴점과 이용객 사이의 숙박상품거래를 단순히 중개하는 것에 그치지 않는다. 즉, 원고는 이 사건 숙박예약 플랫폼이라는 온라인 거래공간과 회원 사이의 신뢰, 안전 등을 확보하는 지원서비스와 함께 제휴점의 숙박상품에 관한 예약대행 서비스를
제공하면서 그 대가로 이 사건 용역수수료를 지급받기로 제휴점과 약정하였다. 원고는
이 사건 숙박예약 플랫폼을 관리하면서 청약, 승낙, 예약, 대금수수 등 숙박예약에 필요한 거의 모든 업무를 제휴점으로부터 포괄적으로 위임받아 처리하였고, 구체적인 숙박일자, 금액 등 숙박계약의 모든 조건이 확정된 상태에서 이 사건 숙박예약 플랫폼에서 예약이 이루어졌다. 숙박대금 역시 원고가 이용자로부터 직접 수취하여 수수료를
공제한 후 제휴점에 정산ㆍ지급하였다. 특히 원고는 이 사건 이용계약에 따라 플랫폼
시스템을 구축하고 유지ㆍ관리함으로써 제휴점의 상품이 플랫폼에 노출되어 고객과 개별적으로 숙박계약을 체결할 수 있도록 기회를 제공하였다. 이와 같이 원고는 이 사건
용역을 공급하는 과정에서 제휴점에 다양한 서비스를 제공하였다. 이 사건 용역수수료는 원고와 제휴점 사이의 별도 합의에 따라 정해졌고, 마찬가지로 이 사건 용역수수료

할인의 이익 역시 애당초 이용객과 제휴점 간 숙박상품거래의 대가 중 일부를 구성하는 것이 아니라 원고와 제휴점 사이에 별도로 이루어진 이 사건 용역에 관한 거래의
대가와 관련된 것이었다. 위와 같은 사정들을 고려하면, 원고가 제휴점에 제공한 이 사건 용역의 단위가 각 숙박계약의 중개행위에 그친다고 보기 어렵다. 5) 사업자가 고객에게 재화를 공급하는 1차 거래를 하면서 매출액의 일정비율에
해당하는 점수를 적립해 주고, 향후 그 고객에게 다시 재화를 공급하는 2차 거래를 하면서 그 적립된 점수 상당의 가액을 공제하고 나머지 금액만 현금 등으로 결제할 수
있도록 한 경우, 2차 거래에서 그 적립된 점수 상당만큼 감액된 가액은 결국 사업자와
고객 사이에서 미리 정해진 공급대가의 결제 조건에 따라 공급가액을 직접 공제ㆍ차감한 것으로서 에누리액에 해당한다(대법원 2016. 8. 26. 선고 2015두58959 판결 참조).
여러 거래를 통산하여 공급조건을 정한 다음 그에 따라 공급가액에서 일정 금액을 공제하는 경우도 마찬가지이다. 따라서 이 사건 용역이 개별 숙박계약의 중개행위마다
그 단위가 나누어질 수 있다고 하더라도, 원고가 이 사건 숙박예약 플랫폼을 기반으로
제휴점과 이용객 사이의 숙박계약과 구별되는 독립된 계약에 따라 제휴점에 이 사건
용역을 공급하였고, 나아가 원고와 제휴점 사이에 정산기간 범위에서 개별 숙박계약
중개 건별 수수료와 할인액을 모두 통산하여 정산ㆍ공제하기로 합의가 이루어져 여러
거래를 통산하여 공급조건이 정해진 것으로 볼 수 있는 이상, 이 사건 용역수수료에서
실제로 공제된 할인 상당액은 해당 정산기간 동안의 총 수수료를 상한으로 하여 통상의 공급가액에서 직접 공제ㆍ차감되어야 할 에누리액에 해당한다고 보아야 한다. 다. 그런데도 원심은 판시와 같은 이유만으로 이 사건 초과할인액이 에누리액이 아닌 장려금에 해당한다고 보아 이 사건 거부처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원

심 판단에는 부가가치세법상 에누리액의 인정요건과 판단기준 등에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 않음으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 원고의 상고이유 주장은 이유 있다.
4. 결론
나머지 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리ㆍ 판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과
같이 판결한다.