1. 피고가 2021. 11. 19. 원고에게 한 2021년 귀속 종합부동산세 83,594,970원 중 53,325,028원을 초과하는 부분 및 농어촌특별세 16,718,990원 중 10,665,005원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용은 각자 부담한다.

1. 처분의 경위



가. 원고는 2016. 2. 11. 원고의 어머니 이**(이하 ‘피상속인’이라 한다)으로부터 서울 **구 **동 **-* 소재 다가구주택(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)을 상속받았다.



나. 원고는 이 사건 주택과 별도로 2017. 1. 2. 서울 **구 ***동 *** **아파트 **동 1***호(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)의 1/2 지분을 취득하여 소유하고 있다.



다. 피고는 이 사건 주택이 종합부동산세법 과세표준 합산배제 대상에 포함되지 않는다고 보아 이 사건 주택과 이 사건 아파트를 과세대상으로 조정대상지역 내 2주택 이상 소유자에 대한 세율 3.6%를 적용하여 2021. 11. 19. 원고에게 2021년 귀속 종합부동산세 83,594,970원, 농어촌특별세 16,718,990원 합계 100,313,960원을 결정ㆍ 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지



2. 이 사건 처분의 위법 여부



가. 원고 주장의 요지



1) 임대사업자의 사업자등록은 임대부동산을 상속받아 이를 계속 임대하는 상속인에게 당연히 승계되므로 이 사건 주택은 종합부동산세법 시행령 부칙(제30404호, 2020. 2. 11.) 제6조에 따라 합산배제 임대주택에 해당한다.



2) 원고는 유류분반환청구소송에서 패소하여 이 사건 주택 중 40% 지분을 상실하였으므로 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에서 정한 후발적 경정사유에 따라 이 사건 처분 중 해당 부분만큼은 감액되어야 한다.



나. 관계 법령



[별지] 관계 법령의 기재와 같다.



다. 판단



1) 인정사실



가) 피상속인은 1994. 12. 10. 배우자로부터 이 사건 주택을 상속받은 후 2006. 6. 1. 종합부동산세 합산배제를 신청할 당시에는 임대주택법령상 주택임대사업자 등록기준 호수(5호 이상)를 충족하지 못하여(이 사건 주택은 1호) 임대주택법령상 주택임대사업자로 등록하지는 못하였으나, 부가가치세법상 부동산업으로 사업자등록(등록번호 ***-**-*****, 이하 ‘이 사업 사업자등록’이라 한다)을 한 상태였고, 그 외 다른 종합부동산세법상 합산배제 요건을 모두 충족하여 이 사건 주택을 종합부동산세법상 합산배제 대상으로 인정받아 임대하여 왔다.



나) 원고는 이 사건 주택을 상속받은 후 계속하여 임대하여 왔으나 이 사건 사업자등록의 대표자를 원고로 변경하는 사업자등록 정정은 2020. 12. 3. 이루어졌다.



다) 원고의 동생 4명은 2020. 3. 13. 원고를 상대로 서울**지방법원에 이 사건 주택에 대한 유류분반환청구의 소를 제기하였다. 위 법원은 2023. 7. 7. ‘원고는 원고의 동생 4명에게 이 사건 주택 중 각 10분의 1 지분에 관하여 유류분반환을 원인으로 한소유권이전등기절차를 각 이행하라.’는 판결을 선고(2020가합52****)하였고, 위 판결은 항소, 상고가 모두 기각되어 2024. 4. 19. 확정되었다(서울고등법원 2023. 11. 16. 선고 2023나2033826 판결, 대법원 2024. 4. 12.자 2024다201123 판결).



2) 구체적 판단



가) 이 사건 주택이 종합부동산세법상 합산배제 임대주택에 해당하는지 여부



(1) 관련 규정



(가) 피상속인이 이 사건 주택에 대하여 종합부동산세 합산배제를 신청할 당시인 2006. 6. 1.경부터 원고에게 이 사건 주택에 대한 2021년 귀속 종합부동산세가 부과될 기준 시점인 2021. 6. 1.에 이르기까지 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호는 ‘임대주택법1) 제2조 제1호의 규정에 의한 임대주택 또는 민간임대주택에 관한 특별법(이하 ’민간임대주택법‘이라 한다)에 따른 민간임대주택, 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택’은 과세표준 합산배제 대상으로 정하고 있었다. 종합부동산세법 시행령이 2020. 2. 11. 대통령령 제30404호로 개정되기 전에는 제3조 제2항은 ‘법 제8조 제2항 제1호에서 " 대통령령이 정하는 다가구 임대주택" 이라 함은 제3항의 규정에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 건축법 시행령 별표 1 제1호 다목의 규정에 따른 다가구주택(이하 이 조에서 " 다가구주택" 이라 한다) 또는 다가구주택과 그 밖의 주택을 말한다.’고 정하고, 제3조 제3항은 ‘다가구주택 또는 다가구주택과 그 밖의 주택을 소유한 납세의무자가 주택임대를 위하여 사업자등록을 하는 경우에는 그 사업자등록을 한 날에 임대사업자에 해당하는 것으로 본다.’고 정하며, 제3조 제4항은 ‘제3항의 규정에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구 임대주택이 제1항의 규정에 따른 요건을 갖춘 경우에는 법 제8조 제2항 제1호의 규정에 따른 합산배제 임대주택으로 본다.’고 정하고, 제3조 제1항은 ‘사업자등록’에 대해 과세기준일 현재 소득세법 제168조에 따른 주택임대업 사업자등록이라고 정하여, 민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록을 하지 않더라도 소득세법 제168조 제2항, 부가가치세법 제8조에 따라 주택임대업 사업자등록을 한 경우 해당 다가구 임대주택은 종합부동산세법상 합산배제 대상이 될 수 있었다.

그러나 2020. 2. 11. 대통령령 제30404호로 개정된 종합부동산세법 시행령은 제3조 제1항을 ‘법 제8조 제2항 제1호에서 " 대통령령이 정하는 주택" 이란 공공주택 특별법 제4조에 따른 공공주택사업자 또는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제7호에 따른 임대사업자(이하 " 임대사업자" 라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 " 사업자등록" 이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 " 합산배제 임대주택" 이라 한다)을 말한다.’고 정하고, 제3조 제2항을 ‘법 제8조 제2항 제1호에서 " 대통령령이 정하는 다가구 임대주택" 이란 임대사업자로서 사업자등록을 한 자가 임대하는 건축법 시행령 별표 1 제1호 다목에 따른 다가구주택(이하 이 조에서 " 다가구주택" 이라 한다)을 말한다.’고정하며, 제3조 제3항, 제4항을 삭제함으로써 해당 다가구 임대주택이 종합부동산세법 상 합산배제 대상이 되기 위해서는 구 민간임대주택에 관한 특별법(2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것) 제2조 제7호, 제5조에 따라 임대사업자로 등록을 하도록 하였다. 다만 부칙 <대통령령 제30404호, 2020. 2. 11.> 제6조(이하 ‘이 사건 부칙규정’이라 한다)로 개정 시행령 시행 전에 종전 제3조 제3항 및 제4항의 요건을 충족하여 임대하고 있는 다가구주택에 대해서는 계속하여 합산배제 임대주택으로 보도록 하는 경과규정을 두었다.



(나) 한편 부가가치세법 제8조 제8항은 ‘제7항에 따라 등록한 사업자는 휴업 또는 폐업을 하거나 등록사항이 변경되면 대통령령으로 정하는 바에 따라 지체 없이 사업장 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.’고 정하고 있고, 같은 조 제11항은 ‘제1항부터 제11항까지에서 규정한 사항 외에 사업자등록, 사업자등록증 발급, 등록사항의 변경 및 등록의 말소 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.’고 정하고 있다. 부가가치세법 시행령 제11조 제1항은 ‘법 제8조 제1항에 따라 사업자등록을 하려는 사업자는 사업자의 인적사항, 사업자등록 신청 사유, 사업개시 연월일 등을 적은 사업자등록 신청서를 세무서장에게 제출하여야 한다.’고 정하고 있고 제14조 제1항 제5호는 상속으로 사업자 명의가 변경되는 경우 지체 없이 사업자의 인적사항, 사업자등록 변경 사항 및 그 밖의 필요한 사항을 적은 사업자등록 정정신고서를 세무서장에게 제출하여야 한다.‘고 정하고 있다.



(2) 구체적 판단



위 인정사실, 앞서 든 각 증거, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고의 2021년 귀속 종합부동산세 산정에 있어 이 사건 주택은 종합부동산세법상 합산배제 임대주택에 해당한다고 볼 수 없다. 그러므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.



(가) 2021년 귀속 종합부동산세의 과세기준일은 구 종합부동산세법(2021. 9. 14. 법률 제18449호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 종합부동산세법’이라 한다) 제3조, 지방세법 제114조에서 정한 2021. 6. 1.인데, 당시 구 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호에 따라 이 사건 주택이 과세표준 합산배제 대상이 되기 위해서는 원고가 이 사건 주택에 대해 민간임대주택법에 따른 임대사업자로 등록하였거나 이 사건 부칙 규정에 따라 개정 시행령 시행 전에 종전 제3조 제3항 및 제4항의 요건을 충족한 임대사업자였어야 한다. 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제3항, 제4항은 합산배제 임대주택으로 취급되기 위해서는 납세의무자가 부가가치세법 제8조에 따라 주택임대업 사업자등록을 하도록 정하고 있다.



(나) 그런데 원고는 2021. 6. 1. 당시 이 사건 주택과 관련하여 민간임대주택법에 따른 임대사업자로 등록하지 않았고, 부가가치세법상 이 사건 사업자등록을 원고 명의로 정정하지도 않았다.



(다) 원고는 이 사건 사업자등록이 상속으로 원고에게 당연히 승계되므로 원고 명의로 사업자등록 정정을 하지 않아도 이 사건 부칙 규정이 적용된다고 주장한다. 부가가치세법 제14조 제1항 제5호가 사업자등록사항 변경 사유 중 하나로 상속을 정하고 있기는 하나, 부가가치세법상 사업자등록은 그 제도적 취지가 과세관청으로 하여금 납세의무자를 파악하고 과세자료를 확보케 하려는데 있는 것으로 사업자의 인적 요소와 밀접하게 연관되어 있는 점(대법원 2011. 1. 27. 선고 2008두2200 판결 등 참조), 상속인이 상속포기 등의 사정으로 인해 임대사업을 이어받지 않을 가능성이 있는 점 등을 고려하면, 부가가치세법상 사업자등록은 상속 개시로서 당연히 상속인에게 승계되는 것이 아니라 상속인이 부가가치세법상 절차에 따라 사업자등록 정정신고를 하고 세무서장으로부터 기재사항이 정정된 사업자등록증을 재발급 받은 때로부터 사업자등록이 승계되는 것이라고 판단된다. 그러므로 이 사건 주택에 대해 2021. 6. 1. 기준으로 이 사건 부칙 규정이 적용된다고 볼 수 없다.



나) 후발적 경정사유 해당 여부



(1) 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호는 ‘최초의 신고ㆍ 결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때’를 후발적 경정청구 사유로 정하고 있다. 피고는 2021. 11. 19. 이 사건 주택이 종합부동산세 과세표준 합산배제 대상이 아니라고 보아 이 사건 처분을 하였다. 그런데 2024. 4. 19. 유류분반환청구소송에서 원고의 패소 판결이 확정된 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 주택 중 4/10 지분의 소유권은 상속개시일인 2016. 2. 11. 소급하여 원고의 동생들에게 귀속되는바(대법원 2013. 3. 14. 선고 2010다42624, 42631 판결 등 참조), 이는 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에서 정한 후발적 경정청구 사유에 해당하여 이 사건 처분 중 원고가 이 사건 주택의 6/10 지분을 초과하여 소유하고 있음을 전제로 부과된 부분은 취소되어야 한다.



(2) 원고가 이 사건 주택 중 6/10 지분만을 소유하고 있는 것을 전제로 하는 경우 2021년 귀속 종합부동산세는 53,325,028원, 농어촌특별세는 10,665,005원임은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 이 사건 처분 중 위 금액을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.



다) 소결론



이 사건 처분 가운데 2021년 귀속 종합부동산세 83,594,970원 중 53,325,028원을 초과하는 부분 및 농어촌특별세 16,718,990원 중 10,665,005원을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.



3. 결론



그렇다면, 원고의 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고 나머지는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.