심사청구를 기각한다.

1. 원 처분의 요지

가. 청구인과 청구 외 가다주식회사1)(이하  "가다”이라 한다)는 2021. 7. 26.청구 외 주식회사 가라2)(이하  "가라”이라 한다)에 ●3) 소재 토지4)(이하  "쟁점토지”라 한다)와 토지에 건축된 창고 건물5)(이하  "쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 쟁점건물을 합하여  "쟁점부동산”이라 한다)을 3,380억 원(토지가액 1,352억 원, 건물가액 2,028억 원)에 일괄 매각(이하  "쟁점거래”라 한다)하였다.

나. 청구인은 2021년 부가가치세 제2기 과세기간 중 쟁점거래에 대하여 쟁점토지 가액 1,352억 원(40%), 쟁점건물 가액 2,028억 원(60%)으로 안분하여2022. 1. 25. 부가가치세 202.8억 원을 신고ㆍ납부하였다.

다. 가바(이하  "조사청”이라 한다)은 청구인에 대해 2024. 9. 10.부터 같은 해10. 25.까지 세무조사를 실시하여 구 「부가가치세법」(2021. 12. 8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제9항 본문 및 제2호와 구 「부가가치세법 시행령」(2022. 1. 21. 대통령령 제32352호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조에 따라 [표]와 같이 청구인이 실지거래가액으로 구분한 쟁점토지와 쟁점건물의 가액이 기준시가로 안분 계산한 금액(이하  "안분계산금액”이라 한다)과 100분의30 이상 차이가 있는 것을 확인하고 과소 신고한 건물 과세표준 59,199,112,825원에 대해 처분청에 과세자료로 통보하였다.

*1) 매도인 겸 수탁자

*2) 가마의 신탁업자의 지위

*3) ⊙ 1,243m2와 2021. 5. 31. 합병

*4) 대지면적: 31,191.20m2

*5) 건축면적: 21,333.29m2, 연면적 합계: 148,111.39m2



라. 이에 처분청은 2024. 12. 1. 부가가치세 7,510,344,460원(가산세 1,935,093,767원포함)을 경정ㆍ고지(이하  "이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하여 달라는 것이다.

나. 청구 이유

1) 구 「부가가치세법」제29조 제9항 제2호에 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 등의 가액이 안분계산금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 건물 등의 안분계산금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있는데 토지의 실지거래가액과 건물 등의 실지거래가액이 ‘모두’ 독립하여 안분계산금액과 30%이상 차이가 나는 경우에만 적용할 수 있다고 보아야 하므로 쟁점토지의 실지거래가액과 안분계산금액의 차이가 30% 난다는 이유만으로 쟁점건물의 안분계산금액을 공급가액으로 본 것은 부당하다.

2) 처분청의 주장과 같이 토지와 건물 중 어느 하나의 실지거래가액과 안분계산금액의 차이가 100분의 30 이상이면 건물의 안분계산금액을 공급가액으로 간주한다고 하더라도 구 「부가가치세법」제29조 제9항 제2호의 입법취지를 고려하면그 100분의 30 이상의 차이가 발생하는 부분은 토지분이 아니라 건물분이라고보아야 한다.

3. 처분청의 의견

법 문언은 엄격하게 해석해야 하는바 구 「부가가치세법」제29조 제9항 제2호에서 토지와 건물을 구분하여 각각의 가액이 독립적으로 모두 30% 이상 차이가 나는 경우를 의미하는 것은 아니며, 관련 심판례,6) 국세청 예규7)에도 건물가액 차이가 30% 이내라 하더라도 토지 가액 차이가 30% 이상이면 안분계산하여야 한다고 판단하였으므로 이 사건 부과처분은 정당하다.

*6) 조세심판원 2022. 3. 14. 자 조심2021인5907 결정: 실지거래가액으로 구분한 토지ㆍ건물 가액과 기준시가비율로계산한 토지ㆍ건물 가액과의 차이가 100분의 30 이상인 경우에는 대통령령에 정한 방식으로 안분계산한 금액을공급가액으로 하는 것인바, 쟁점세대의 건물가액과 기준가액비율로 안분계산한 금액의 차이가 100분의 30 이내라 하더라도 토지 가액과의 차이가 100분의 30을 초과하는 이상, 쟁점세대 건물가액에 대하여 기준시가비율로안분계산하여야 함

*7) 국세청 사전-2018-법령해석재산-0011, 2018. 2. 13.: 토지와 건물을 일괄 양도하는 경우로서 토지와 건물을 구분기장한 가액과 「소득세법」 제100조 제2항 및 같은 법 시행령 제166조 제6항에 따라 안분계산한 가액이 토지의경우 100분의 30 이상 차이가 발생하지 않으나 건물의 경우 100분의 30 이상 차이가 발생하는 경우에도 「소득세법」 제100조 제3항의 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때에 해당하는 것이라 판단

4. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 사건의 다툼은 청구인이 일괄 양도한 쟁점부동산 중 쟁점토지만 실지거래가액과 안분계산금액의 차이가 100분의 30 이상인 경우 쟁점건물의 안분계산금액을 공급가액으로 하는 것이 정당한지 여부이다.

나. 인정사실

이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.

1) 청구인은 1991년에 설립되어 부동산 개발업 등을 영위하는 법인이다.

2) 청구인(위탁자)과 가다(수탁자 겸 매도인)은 2021. 1. 28. 가사주식회사에쟁점토지 및 쟁점토지 지상에 건축 중인 건물을 합계 3,380억 원에 매각하기로하는 부동산 매매계약을 체결하였다.

3) 가라(매수인)과 가아주식회사8)(집합투자업자)는 2021. 4. 28. 가사주식회사와  "2)항”의 부동산 매매계약에 따른 매수인의 권리ㆍ의무 및 지위 전부를 포괄적으로 승계하는 계약을 체결하였다.

4) 청구인과 가다은 2021. 7. 23. 매수인인 가라 및 가아과 정산합의서를 체결하면서 쟁점부동산의 매매대금 3,380억 원을 쟁점토지분의 실지거래가액 1,352억 원(40%) 및 쟁점건물분의 실지거래가액 2,028억 원(60%)으로 안분하였다.

5) 청구인은 2021. 7. 26. 쟁점부동산의 소유권을 가라으로 이전등기하고,2021년 제2기 과세기간에 쟁점부동산 양도가액 3,380억 원을 정산합의서에 따라 쟁점토지 가액 1,352억 원(40%)과 쟁점건물 가액 2,028억 원(60%)으로 안분하여2022. 1. 25. 쟁점건물 공급에 관한 부가가치세 202.8억 원을 처분청에 신고ㆍ납부하였다.

*8) 가마의 집합투자업자의 지위

6) 쟁점토지와 쟁점건물의 2020년 기준시가는 각각 25,907,757,920원,89,312,241,510원이고, 이에 따라 쟁점부동산의 매매대금을 안분계산하면 쟁점토지 가액은 76,000,887,175(22.5%),9) 쟁점건물 가액은 261,999,112,825원(77.5%)10)이다.11)

7) 조사청은 2024. 9. 10.부터 같은 해 10. 25.까지 청구인의 2020~2021 사업연도 법인세 통합조사를 실시하여 청구인이 본건 매매목적물 정산합의서에 의하여 안분한 토지ㆍ건물의 신고가액이 구 「부가가치세법」제29조 제9항 제2호 및구 「부가가치세법 시행령」제64조에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상차이가 있어 과소 신고한 건물 과세표준 59,199,112,825원에 대하여 과세한다는세무조사 결과를 청구인에게 통지한 후 관련 과세자료를 처분청에게 통보하였고, 처분청은 2024. 12. 1. 이 사건 부과처분을 하였다.

다. 관계 법령

이 사건과 관계되는 법령은 구 「부가가치세법」제29조 제9항 제2호 등 [별지] 기재와 같다.

라. 판단

구 「부가가치세법」(2018. 12. 31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것) 제29조제9항은  "사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만,실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다”고만 규정하고 있었으나, 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피 방지를 위하여 위 조항이 2018. 12. 31. 법률 제16101호로 개정(2021. 12. 8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것)되면서  "사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다”고 규정하고 각 호에서는‘실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우’(제1호), ‘사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우’(제2호, 이하  "쟁점규정”이라 한다)를 규정함으로써 위 쟁점규정을 추가하였다.

*9) 388,000,000,000원×25,907,757,920원÷115,219,999,430원

*10) 388,000,000,000원×89,312,241,510원÷115,219,999,430원

*11) 구 「부가가치세법 시행령」 제64조에 따라 공급계약일 2021. 1. 28., 현재의 기준시가에 의해 안분계산함

구 「부가가치세법 시행령」제64조는 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 토지와 건물 또는 구축물 등에대한 「소득세법」제99조에 따른 기준시가가 모두 있는 경우, 공급계약일 현재의기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다고 규정하였다.

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 엄격하게 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다고할 것이다.12)

*12) 대법원 2001. 3. 15. 선고 2000두7131 판결 참조

위 관계법령 및 인정사실 등에 비추어 청구인이 일괄 양도한 쟁점부동산 중쟁점토지만 실지거래가액과 안분계산금액의 차이가 100분의 30 이상인 경우 쟁점건물의 안분계산금액을 공급가액으로 하는 것이 정당한지 여부를 살펴보면,① 쟁점규정의 입법취지는 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우 자산별 가액을 임의로 구분하여 조세를 회피하는 사례를 방지하기 위하여 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물의 가액이 안분계산금액과100분의 30 이상 차이가 있는 경우 안분계산금액을 공급가액으로 한 것인 점,② 청구인은 토지의 실지거래가액과 건물의 실지거래가액이 모두 독립하여 안분계산금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에만 쟁점규정이 적용된다고 주장하나, 이는 쟁점규정의 문언 내용과 맞지 않을 뿐만 아니라 부가가치세 과세대상인 건물의 실지거래가액과 안분계산금액의 차이가 100분의 30 이상인데도 토지의 실지거래가액과 안분계산금액의 차이가 100분의 30 미만이라는 이유로 쟁점규정의 적용을 배제하면 자산별 가액을 임의로 구분하여 조세를 회피하는 사례를 방지한다는 쟁점규정의 입법취지에도 어긋나는 점, ③ 또한 청구인은 쟁점규정의 입법취지를 고려하여 쟁점규정이 적용되기 위해서는 적어도 건물의 실지거래가액과 안분계산금액이 100분의 30 이상 차이가 있어야 한다고 주장하나,쟁점규정은 사업자가 실지거래가액으로 구분한 ‘토지와 건물 등’의 가액이 안분계산금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우라고 규정하고 있는데 이를 건물의 실지거래가액이 안분계산금액과 100분의 30 이상 차이가 있어야 한다고 해석하는 것은 조세법규의 엄격해석의 원칙에 반하는 점 등을 종합적으로 고려할 때토지와 건물을 함께 양도하는 경우 토지와 건물 중 어느 하나라도 실지거래가액과 안분계산금액의 차이가 100분의 30 이상인 경우 건물의 안분계산금액을 공급가액으로 한다고 해석하여야 할 것인바 쟁점토지의 실지거래가액과 안분계산금액의 차이가 100분의 30 이상이므로 쟁점건물의 안분계산금액을 공급가액으로한 이 사건 부과처분은 정당하다고 할 것이다.13)

*13) 부산고등법원은 2024. 7. 19. 원고가 구분한 이 사건 토지 중 원고 소유 부분의 실지거래가액 537억 3,500만 원,이 사건 건물의 실지거래가액 0원은 기준시가로 안분계산한 가액(토지: 48,724,421,896원, 건물 4,555,071,003원)과 100분의 30 이상 차이가 있으므로, 이 사건 매매계약에 따른 이 사건 건물의 부가가치세법상 공급가액을 계산함에 있어서는 이 사건 부가가치세법 규정에 의하여 기준시가에 따라 안분계산한 금액을 기준으로 하여야 한다고 판시함(부산고등법원 2024. 7. 19. 선고 2024누20086 판결 참조)

5. 결론

그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 「감사원법」제46조제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.

[별지]

※ 관련법령

□ 구 「부가가치세법」(2021. 12. 8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것)

○ 구 부가가치세법 제29조(과세표준)

①~⑧ 생략

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상차이가 있는 경우

(이하 생략)

□ 구 「부가가치세법」(2018. 12. 31, 법률 제16101호로 개정되기 전의 것)

○ 구 부가가치세법 제29조(과세표준)

①~⑧ 생략

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

(이하 생략)

□ 구 「부가가치세법 시행령」(2022. 1. 21. 대통령령 제32352호로 개정되기 전의 것)

○ 구 부가가치세법 시행령 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서  "건물 등”이라 한다)에 대한「소득세법」제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서  "기준시가”라 한다)가모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

□ 「소득세법」

○ 소득세법 제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

(이하 생략)

□ 「소득세법 시행령」

○ 소득세법 시행령 제166조(양도차익의 산정 등) ①~⑤

⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」제64조에 따라 안분계산하며, 이를 적용함에 있어「상속세 및 증여세법」제62조 제1항에 따른선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여「부가가치세법 시행령」제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 「상속세 및 증여세법」제62조 제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다.

(이하 생략)