1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 202* **.**. 원고에 대하여 한 2016년 귀속, 양도소득세 *,***,***,***원, 증권거래세 35,992,606원의 각 경정거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 *** 전문 제조업체인 주식회사 AAAAAAA(이하 ‘AAAA씨’라 한다)의 총발행주식 *,*00,000주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다) 중 *,***,000주(이하 ‘원고 주식’이라 한다)를 보유한 최대주주이자 대표이사이고, 이BB(840,000주), 장CC (250,000주), 윤BB(150,000주)는 AAAA의 주주(이하 이BB, 장CC, 윤BB를 통틀어 ‘기타주주들’이라 한다)이다.

나. 원고는 2016. 1. 28. EEEEEEEEE 주식회사(이하 ‘EEEEEE’이라 한다)와사이에, 이 사건 주식을 향후 설립될 사모집합투자기구에게 양도하고, 원고가 사모집합 투자 기구설립 시 AAAA 총 발행주식의 30% 이상의 가치에 상응하는 금액을 후순위 유한 책임사원의 지위에서 출자하기로 하는 양해각서(이하 ‘이 사건 양해각서’라 한다)를 체결하였다.



다. 원고 및 기타주주들은 20**. *. **. FFFFFFF 사모투자합자회사(이하 ‘이

사건 투자회사’라 한다)와 사이에, 이 사건 주식을 합계 **,000,000,000원에 매도하는

계약을 체결하였고(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다), 이후 원고 및 기타주주들은 이

사건 주식을 이 사건 투자회사에게 양도하였다.



라. 원고는 20**. **. **. 원고 주식 양도에 대하여 20**년 귀속 양도소득세

*,***,***,***원을 예정신고ㆍ납부하였고, GG세무서장은 20**. *. *. 원고에게 20**년

귀속 양도소득세 *,***,***,***원(가산세 포함)을 부과ㆍ고지하였다. 이후 원고는 20**.*.경부터 20**. *.경까지 GG세무서장에게 이 사건 주식의 매매가액이 변동되었다며 3차례에 걸쳐 양도소득세 감액경정청구를 하였고, 이에 GG세무서장은 감액경정을 하고 원고에게 합계 *,***,***,***원1)을 환급하였다.

바. 한편, 주식회사 HHHH2)(이하 ‘HHHH’라 한다)는 원고가 설립한 법인으로, 2016. 8.경 이 사건 투자회사에 **,***,000,000원을 출자하였고(이하 ‘이 사건 출자’ 라한다), 이후 이 사건 투자회사가 20**. *. *. 청산함에 따라 *,***,***,***원의 출자금을 환급받았다.



사. 원고는 ‘HHHH가 이 사건 투자회사에 대한 출자로 인하여 입게 된 손실은 실

질적으로 이 사건 매매계약에서 발생한 손실과 동일하므로, 원고가 취득한 원고 주식 매매대금 중 *,***,***,***(= 출자금 **,000,000,000원 - 환급금 *,***,***,***원, 이하 ’이 사건 손해액‘이라 한다)은 감액되어야 한다’고 주장하면서 피고에게 20**년 귀속 양도소득세 *,***,***,***원 및 증권거래세 **,***,***원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2023. 11. 23. 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).



아. 원고는 이에 불복하여 2024. 2. 16. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2024. 10. 15. 이를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2 6, 9호증, 을 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지



2. 원고 주장의 요지

이 사건 주식 거래가 발생ㆍ종결하기 위해서는 이 사건 양해각서 등에 따라 원고의 후순위 출자가 선행되어야 하는 점, 자본시장과 금융투자업에 관한 법령 등에 따라 원고가 이 사건 투자회사에게 직접 출자를 할 수 없는 사유가 존재하여 HHHH를 통해 출자한 것에 불과하고 HHHH 또한 원고가 100% 지배하고 있는 회사인 점 등을 고려하면, 실질과세원칙에 따라 이 사건 손해액만큼 이 사건 매매계약에 따른 매매대금이 감액된 것으로 보아야 하고 이는 국세기본법 제45조의2 제2항 및 국세기본법 시행령 제25조의2에서 정한 후발적 경정청구사유에 해당한다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 거부처분은 위법하다.



3. 관계 법령

별지 기재와 같다.



4. 판단

가. 관련 법리

양도소득금액의 계산을 위한 양도가액은 양도재산의 객관적인 가액을 가리키는 것이 아니고, 구체적인 경우에 현실의 수입금액을 가리키는 것이다. 따라서 주식을 매매계약에 의하여 양도한 경우 당초 약정된 매매대금을 어떤 사정으로 일부 감액하기로 하였다면, 양도재산인 주식의 양도로 발생하는 양도소득의 총수입금액, 즉 양도가액은 당초의 약정대금이 아니라 감액된 대금으로 보아야 한다(대법원 2010. 10. 14. 선고 2010두7970 판결 등 참조).

또한 국세기본법 제14조 제2항이 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 적용하도록 함으로써 실질과세의 원칙을 천명하고 있으므로, 납세자가 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에는 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 과세하여야 하며, 이러한 법리는 양도소득세의 과세에도 그대로 적용된다(대법원 2013. 2. 14. 선고 2012두22119 판결 등 참조).



나. 인정 사실

앞서 든 증거, 갑 제8, 10, 11호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 다음과 같은 사실이 인정된다.



1) 원고는 20**. *. **. EEEEEE과 사이에, 다음과 같은 내용이 포함된 성과분배약정을 체결하였다(이하 ‘이 사건 분배약정’이라 한다).

전문

2. EEEEEE은 이 사건 주식을 매수하고, AAAA가 발행하는 상환전환우선주식 *,***,000주를 인수하기 위하여 EEEEEE을 업무집행사원으로 하는 경영참여형 사모투자전문회사(이하  "본건 PEF”)를 설립하고자 하며, 기존주주는 기존주주가 설립하는 법인(이하  "후순위출자자”)를 통해 본건 PEF의 유한책임사원으로 참여하고자 한다.

제2조 후순위출자자의 출자약정금 및 납입출자금

2.1. 후순위줄차자의 출자약정금은 100억 원으로 한다.

2.2. 납입출자금 납입. 기존주주는 주식매매계약의 1차 거래종결일에 EEEEEE으로부

터 1차 매매대금을 지급받은 후 지체없이 후순위출자자로 하여금 금 ***억 원을 본

건 PEF에 납입출자금으로 납입하도록 하여야 한다.

제3조 성과보수의 추가 배분

본건 PEF의 청산시점을 기준으로 본건 PEF 수익률이 연 복리 **%를 초과하는 경우, EEEEEE은 다음 각 항에 규정된 바와 같이 지급받은 성과보수 중 일부를 후순위출자자에게 배분하기로 한다.

(1) 본건 PEF 수익률이 연 복리 **%를 초과하고 연 복리 15%이하인 경우: 본건 PEF의

수익금액 중 본건 PEF 수익률 12%를 초과하는 수익금액의 20%에 해당하는 금액에

10%를 곱한 금액

(2) 본건 PEF 수익률이 연 복리 15%를 초과하는 경우 : 본건 PEF의 수익금액 중 본건

PEF 수익률 15%를 초과하는 수익금액의 20%에 해당하는 금액에 30%를 곱한 금액

2) 이 사건 매매계약에는 다음과 같은 내용이 포함되어 있다.







제10조 에스크로3) 금액의 처리

10.1. 에스크로 기간

그 체결 및 개설일로부터 2017. 3. 31.까지로 하되, 아래 각 항에서 정한 사유가 발생하는

경우 해당 사유가 종료될 때까지 자동으로 연장된다



10.2. 신규사업 실적에 따른 에스크로 금액의 귀속

(1) 신규사업 실적평가기간에 발생한 신규사업 매출액이 **,***,000,000원에 미달하거나

또는 EBITDA가 *,***,000,000원에 미달하는 경우에는, 에스크로 금액 중 *,000,000,000원이

매수인에게 귀속됨

(2) 신규사업 실적평가기간에 발생한 신규사업 매출액이 **,***,000,000원 이상 **,***,000,000원에 미만에 해당하거나 또는 EBITDA가 *,***,000,000원 이상 *,***,000,000 원 미만에 해당하는 경우에는, 에스크로 금액 중 ***,000,000원이 매수인에게 귀속됨

3) 원고는 20**. **. ** 이 사건 투자회사와 사이에, 이 사건 매매계약에 따른 원고의 의무이행을 담보하기 위해 다음과 같이 원고가 손해담보금액을 AAAA에 대여하는 내용 등이 포함된 추가약정을 체결하였다(이하 ‘이 사건 추가약정’이라 한다).

제1조 정의

손해담보기간은 에스크로 계약 및 계좌 개설일로부터 20**. *. **.의 기간을 말한다.

손해담보금액은 본 약정서 및 이 사건 매매계약에 따른 원고의 일체의 의무이행을 담보하

는 금액으로 원고 대여금 총액인 *,000,000,000원4)을 의미한다

3.1. 베어링사업부 실적에 따른 에스크로 금액의 귀속

이 사건 매매계약 **.*. 각 호에서 정한 사유와는 별도로, AAAA의 20**년도 베어링사

업부의 매출액이 **,***,000,000원에 미달하거나 또는 EBITDA가 *,***,000,000원에 미달하는 경우에는, 에스크로 금액은 전액 이 사건 투자회사에게 귀속됨

4.1. 베어링사업부 실적에 따른 손해담보금액의 귀속

손해담보기간 중 아래 각 항에 따른 시점에 아래 각항에서 정한 사유가 발생하는 경우

원고는 아래 각 항에서 이 사건 투자회사에게 귀속되도록 정한 금액이 이 사건 투자회사에

게 지급될 수 있도록 하여야 한다.



4) 이후 이 사건 추가약정 등에 따라 에스크로 금액 *,*00,000,000원과 손해담보금액 *,***,000,000원이 이 사건 투자회사에게 귀속되었다.



다. 구체적 판단

앞서 든 증거, 을 제5, 6, 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 손해액은 HHHH의 이 사건 투자회사에 대한 별도의 출자행위로 입게 된 손실일 뿐, 이 사건 매매계약상의 매매대금이 감액된 대금으로 평가할 수 없다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.



1) 이 사건 매매계약서 본문 제10조상의 ‘에스크로 금액의 처리’로, 이 사건 추가약정 본문 제3, 4조상의 ‘베어링사업부 실적에 따른 에스크로 금액과 손해담보금액의 귀속‘ 으로 매매대금 조정에 대한 내용이 있을 뿐5), 이 사건 매매계약 및 추가약정에 이 사건 출자로 손익이 발생한 경우 그 손익만큼 매매대금을 변경하는 취지로 볼 수 있는 문구는 확인되지 않고, 그 밖에 위와 같은 내용이 포함된 별도의 처분문서도 존재하지 않는다.

2) 이 사건 양해각서에 원고가 이 사건 투자회사에 후순위 유한책임사원의 지위에서 출자하기로 하는 내용이 존재한다 하더라도, 이 사건 양해각서 제10조에 의하면 이 사건 양해각서는 일부 조항을 제외하고는 법적인 구속력이 없을 뿐 아니라, 원고는이 사건 매매계약과는 별개로 이 사건 투자회사의 운용에 따른 성과 분배 등을 정한이 사건 분배약정 및 추가약정을 체결하였다.

3) 원고가 제출한 인수조건(갑 제7호증)에는 ’투자조건‘으로 ‘원고가 EEEEEE이 설립하는 Fund에 ***억 원을 후순위 유한책임사원으로 재투자해야 하고 향후 Fund Exit시 배분순서는 아래와 같음 - *순위: 원고 원금투자액 ***억 및 연 8%의 수익률 금액’으로 기재되어 있기는 하나, 작성 일자와 작성자가 불분명하고 서명날인 등이 되어 있지 않은바, 위 증거만으로는 원고와 EEEEEE 사이에 위 인수조건을 이 사건 매매계약과 일체로 하는 등의 의사합치가 있었다고 보기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다

4) 원고가 이 사건 출자 이후 후순위인 3순위로 배당을 받고 이 사건 투자회사의 존속기간이 5년으로 단기라 하더라도, 위와 같은 사정만으로 원고와 EEEEEE이 당초부터 이 사건 주식의 매매가액에서 이 사건 손해액을 차감한 금액으로 이 사건 주식의 가치를 평가하였다고 보기는 어렵다.



5) ① HHHH는 이 사건 출자 당시 건설업을 영위하는 별개의 법인격을 갖는 권리주체 이고, 원고가 HHHH의 최대주주로서 실질적으로 HHHH를 지배ㆍ관리하고 있다는 사정만으로 HHHH의 법인격을 전제로 한 사법상 효과를 부인하기는 어려운 점, ② 이 사건 손해액은 HHHH의 이 사건 출자라는 별개의 법률행위를 원인으로하여 발생한 점, ③ HHHH는 원고로부터 차용한 100억 원으로 이 사건 출자를 하였는데, HHHH의 20**사업연도 재무제표에 대한 감사보고서에 의하면, HHHH는 원고에 대한 차용금채무(연 이자율 4.60%, 만기 20**. *.) *,***,***,***원을 장기차입금으로, 이 사건 출자액 ***억 원을 매도가능증권으로 분류하고 원고에게 위 차용금의 원금과 이자를 매년 상환한 점 등에 비추어 보면, HHHH에 의한 이 사건 출자를 원고와 EEEEEE 사이에 체결된 이 사건 매매계약과 일체로 보기는 어렵다.



5.결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.