제주세무서장이 2024.12.11. 청구인에게 한 2023년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은, 장기보유특별공제액을 산정함에 있어 서울특별시 OOO, OOO에 청구인의 전배우자 A이 거주한 기간을 포함하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 처분개요



가. 청구인은 2013.11.8. 서울특별시 OOO, OOO(이하  "쟁점주택”이라 한다)를 청구인의 전배우자인 A(이하  "전배우자”라 한다)과 공동(청구인 70% 지분, 전배우자 30% 지분)으로 취득하였고, 2021.11.10. 이혼에 따른 재산분할로 전배우자의 지분을 양도받아 단독 소유권을 취득하였으며, 2023.12.1. 쟁점주택을 양도한 후 양도소득세를 신고하지 아니하였다.



나. 처분청은 쟁점주택의 양도에 대하여 아래 ＜표1＞과 같이 1세대 1주택 고가주택에 대한 장기보유특별공제액을 산정하면서, 보유기간을 10년 이상, 거주기간을 양도일 현재 세대원 전원(전배우자 제외)이 거주한 5년 8개월로 보아 해당 공제율(보유기간 공제율 40%, 거주기간 공제율 20%)을 적용하여 2024.12.11. 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정ㆍ고지하였다.



＜표1＞ 처분청의 양도소득금액 결정내용

○○○



다. 청구인은 이에 불복하여 2025.3.7. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구인 주장 및 처분청 의견



가. 청구인 주장



(1) 청구인은 2013.11.8. 쟁점주택을 전배우자와 공동으로 취득한 후, 가정불화로 인해 2019.7.15. 쟁점주택에서 퇴거하였다. 취득일부터 퇴거일까지의 기간(5년 8개월) 동안 청구인과 전 배우자, 자녀 2명 모두가 쟁점주택에 함께 거주하였다(세대원 전원의 거주기간). 이후에는 전 배우자만이 쟁점주택에 거주하였고, 2021.4.20. 이혼 판결이 선고되었으며, 당시까지의 전배우자의 쟁점주택 거주기간은 총 7년 5개월에 해당한다. 이어서, 2021.11.10. 재산분할에 따라 청구인이 전배우자의 지분을 모두 취득하게 되었고, 이후 2023.1.21. 쟁점주택을 양도하였다. 그러나 청구인은 쟁점주택 양도 후 양도소득세를 신고해야 함에도 불구하고, 사업과 가정 문제 등으로 인해 상황이 복잡하고 혼란스러워 신고 기회를 놓치게 되었다.



(2) 비록 청구인과 청구인의 자녀들이 가정불화로 인하여 쟁점주택에서 퇴거한 이후, 이혼 시까지 쟁점주택에 거주하지는 않았지만, 전배우자는 여전히 쟁점주택에 거주하고 있었고, 자녀들 또한 이혼판결 선고일 이전까지 매주 한 차례씩 쟁점주택을 방문하여 전배우자와의 교류를 지속해왔다.



한편, 배우자의 경우 이혼 전까지는 별거 중이라 하더라도 세대를 분리하여 보지 않고 동일 세대로 간주하는 것이 일반적이며, 가정불화로 인한 별거로 인해 세대원 일부만 해당 주택에 거주하는 경우에도 거주요건을 충족한 것으로 인정하는 다수의 법령 해석 및 심판례가 존재한다(조심 2011서2643, 2011.11.10. 참조).



(3) 따라서 비록 가정불화로 인해 청구인과 자녀들이 쟁점주택에서 퇴거하였더라도, 전배우자는 이혼 판결 선고일까지 계속하여 쟁점주택에 거주하면서 자녀들과의 면접교섭을 유지해왔으므로 장기보유특별공제를 적용함에 있어 거주기간은 전배우자의 거주기간을 포함하는 것이 타당하다.



나. 처분청 의견



(1) 쟁점주택 양도일 당시 청구인의 세대는 청구인과 청구인의 자녀 B, C 총 3명으로 구성되어 있었다. 주민등록초본에 따르면 청구인과 자녀 B은 2013.11.12.부터 2019.7.15.까지 5년 8개월간 쟁점주택에 전입하여 거주하였고, 자녀 C은 2017.5.6.(출생일)부터 2019.7.15.까지 1년 10개월 쟁점주택에 전입 및 거주한 사실이 확인된다. 따라서 처분청이 청구인 세대가 쟁점주택에 5년 이상 6년 미만 거주한 것으로 보아 장기보유특별공제 계산 시 이에 상응하는 공제율을 적용한 한 것이다.



(2) 양도소득세에서 1세대란 양도시점을 기준으로 세대원을 판단하는 것이 원칙이고, 청구인과 전배우자는 2021.4.20. 법원의 이혼 판결로 이혼하였으므로 쟁점주택 양도일인 2023.12.1.을 기준으로 전배우자는 청구인의 세대원이 아니다.



설령 청구인의 주장대로 전배우자의 쟁점주택 거주기간을 포함한다면, 전배우자를 세대원으로 인정하는 결과가 되고, 이 경우 전배우자가 보유한 주택까지 합산되어 청구인은 1세대1주택 비과세 요건을 충족하지 못하게 되는 논리적 모순이 발생한다. 따라서 세대원이 아닌 전배우자의 거주기간을 장기보유특별공제 산정에 포함해야 한다는 청구인의 주장은 타당하지 않다.



(3) 청구인은 가정불화로 인해 세대원 중 일부만 주택에 거주해도 거주요건을 충족한다고 본 조세심판원 심판례(조심 2011서2643, 2011.11.10., 참조)와 동일하게 판단해야 한다고 주장하나, 해당 심판례는 청구인 및 세대원이 쟁점주택에 거주한 상태에서 가정불화로 청구인의 배우자가 타 주택에 거주한 경우에 해당하고, 이 건은 청구인과 세대원이 타 주택에 거주하였고, 전배우자만이 쟁점주택에 거주한 상황으로 위 심판례와는 사실관계가 정반대이다. 따라서 청구인이 주장한 심판례는 이 건에 적용될 수 없다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



장기보유특별공제액을 산정함에 있어 이혼 전까지 전배우자가 쟁점주택에 거주한 기간을 포함할 수 있는 지 여부



나. 관련 법령



(1) 소득세법



제88조【정의】이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. "1세대"란 거주자 및 그 배우자(법률상 이혼을 하였으나 생계를 같이 하는 등 사실상 이혼한 것으로 보기 어려운 관계에 있는 사람을 포함한다. 이하 이 호에서 같다)가 그들과 같은 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 자[거주자 및 그 배우자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 형제자매를 말하며, 취학, 질병의 요양, 근무상 또는 사업상의 형편으로 본래의 주소 또는 거소에서 일시 퇴거한 사람을 포함한다]와 함께 구성하는 가족단위를 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 배우자가 없어도 1세대로 본다.



제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.



＜표2＞




③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.



제104조【양도소득세 세율】① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해



(2) 소득세법 시행령



제154조【1세대1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.



제159조의4【장기보유특별공제】법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2ㆍ제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조 제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 따라 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 사람이 거주한 기간으로 판단한다.



제160조【고가주택에 대한 양도차익등의 계산】① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택(하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 않는다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 12억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익



2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제





다. 사실관계 및 판단



(1) 쟁점주택의 양도경위는 아래와 같다.



(가) 청구인은 2013.11.8. 쟁점주택을 전배우자와 공동으로 취득하였고, 당시 지분 비율은 청구인 70%, 전배우자 30%였다.



(나) 서울가정법원 2021.4.20. 선고 OOO 및 OOO 판결에 따르면, 청구인과 전배우자는 2021.4.20. 법원의 판결에 따라 이혼이 확정되었다.



(다) 쟁점주택 등기사항전부증명서에 따르면, 청구인은 2021.11.10. 이혼에 따른 재산분할로 전배우자의 지분을 양도받아 단독 소유권을 취득하였으며, 2023.12.1. 쟁점주택을 양도한 것으로 확인된다.



(2) 전배우자를 포함한 청구인 세대원의 쟁점주택 거주기간은 아래와 같다.



(가) 이혼 전까지 청구인의 세대는 청구인을 포함하여 전배우자, 장녀 B, 차녀 C으로 구성되어 있었다.



(나) 청구인과 자녀들, 전배우자의 주민등록초본상 쟁점주택 거주기간은 아래 ＜표2＞와 같다.



＜표2＞ 쟁점주택 거주기간

○○○



(다) 전배우자의 주민등록초본에 따르면, 전배우자는 2013.11.12. 쟁점주택으로 전입하였다가 2019.7.15. 세대주로 변경되었고, 2021.3.25. 서울특별시 OOO으로 전출하여 쟁점주택에 주소지를 둔 기간은 약 7년 4개월로 나타난다.



(3) 처분청이 제시한 세대별 주택보유 현황조회에 따르면 전배우자는 쟁점주택 양도일 현재 서울특별시 OOO과 서울특별시 OOO에 각 1채의 주택을 보유하고 있는 것으로 나타난다.



(4) 처분청은 쟁점주택의 양도에 대하여 위 ＜표1＞과 같이 1세대1주택 고가주택에 대한 장기보유특별공제액을 적용하면서, 보유기간을 10년 이상, 거주기간을 양도일 현재 세대원 전원(전배우자 제외)이 거주한 5년 8개월로 보아 해당 공제율(보유기간 공제율 40%, 거주기간 공제율 20%)을 적용하여 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정ㆍ고지하였다.



(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 전배우자가 쟁점주택 양도일 현재 청구인의 세대원이 아니므로 장기보유특별공제 산정 시 전배우자의 쟁점주택 거주기간을 포함할 수 없다는 의견이나, 청구인과 전배우자의 이혼, 양육자 지정 등에 관한 법원 판결문에 따르면, 2019년 5월 이후 청구인과 전배우자는 가정불화로 인한 갈등을 지속하였고, 이에 따라 전배우자를 제외한 청구인과 자녀들이 부득이하게 쟁점주택에서 거주하지 못하다가 2021년 4월 결국 법원의 판결에 따라 이혼에 이른 것으로 나타나는 점, 「소득세법」 제88조 및 같은 법 시행령 제154조에서 1세대 여부는 ‘양도일 현재’를 기준으로 판단한다 하더라도, 이혼 판결 선고일까지 전배우자는 청구인의 세대였으므로 해당 세대원이었던 당시의 거주기간을 포함하는 것이 타당해 보이는 점, 청구인의 주장에 따르면 쟁점주택 양도일이 아닌 이혼 판결일까지 전배우자의 거주기간을 합산하는 것인바, 이를 인정하였다고 하여 양도일 당시 전배우자를 세대원으로 인정하는 것으로 보기 어렵고, 전배우자의 쟁점주택에서의 거주기간은 전배우자가 소유하는 다른 주택 양도시 거주기간에서 제외될 것이므로 부당하게 거주기간을 인정받는 결과로 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 전배우자의 거주기간을 제외하여 장기보유특별공제액을 산정한 후, 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.




4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.