이 건 과세전적부심사청구는 불채택결정합니다.

1. 사실관계 및 과세예고통지내용

가.청구법인은 A 1842-3에 소재하는 종합병원으로, 1993.8.2.부터 A 1860-1 등에서 B병원(B병원의 부동산 등을  "구병원”이라 한다)을 운영하던 C(현재 이사장)이 2018.8.23. 구병원을 출연하여 설립한 의료법인이며, B병원의 신관 이전에 따라 법인전환 이전부터 사용하던 (구)본관 및 (구)별관 소재 부동산은 사용이 중단되었다.

* (구)별관 일부는 2020.12.23.부터 2021.2.1.까지 코로나 생활치료센터로 D도에 임대

나. 공익법인은 출연받은 재산을 출연받은 날로부터 3년 이내 직접 공익 목적사업 등에 사용하여야 하고 3년 이후에도 계속 사용하여야 하나, 청구법인이 출연받은 부동산의 2021.8.23. 현재 사용현황은 아래와 같다.



다. 조사청의 사후검증 착수일(2024.6.24.) 현재 쟁점부동산 중 청구법인에 대한 직접 공익목적사업 등에 사용되고 있거나 추가로 매각된 부동산*은 확인되지 않았고,

*사후검증 착수 이후 상기 ④,⑤ 부동산에 대한 매각계약 체결(2024.10.10.) 및 소유권 이전(2025.5.28.) 사실 확인되었으며, 매수인은 소매업종을 운영하는 일반 영리법인

조사청은 B병원의 신관 이전 후 쟁점부동산이 직접 공익목적사업 등에 사용되지 않은 사실과 관련하여 법령상ㆍ행정상 부득이한 사유가 없다고 판단하였다.

라. 조사청은 쟁점부동산과 관련하여 「상속세 및 증여세법」 (이하  "상증세법” 이라 한다) 제48조제2항제1호에 따른 출연재산 계속 사용 의무를 위반한 사실에 대해 2025.6.12. 증여세 1,432,910,365원을 과세예고 통지하였다.

마.청구법인은 이에 대하여 2025.7.16. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

가. 사실관계

청구법인은 A 1842-3에 소재하는 종합병원으로, 1993.8.2.부터 A 1860-1 등에서 B병원을 운영하던 C (현재 이사장)이 2018.8.23. 구병원을 출연하여 설립한 의료법인이다.

청구법인은 구병원의 시설이 노후화는 물론 분산되어 있고, 주변에 경쟁 관계의 종합병원이 있거나 조만간 유수한 대학의 종합병원이 들어설 예정에 있는 등 질 높은 의료서비스 제공과 종합병원으로서의 경쟁력 확보에 어려움이 예상되어 경쟁력이 있고 질 높은 의료서비스를 제공할 수 있는 병원으로 육성하기 위해 구병원을 대체할 새로운 병원의 신축이 필요하였다.



이에 청구법인은 구병원의 매각자금과 일부 대출금으로 구병원을 대체할 새로운 병원의 신축계획을 세우고 구병원으로부터 직선으로 1.1km 거리에 위치한 A 1842-3 소재 토지 위에 신축병원을 착공(2018. 4.1.)하였고,이즈음부터 구병원의 자체 매각을 시도하였으나 청구법인의 인력 으로는 자체 매각을 성사시키기가 어렵다는 판단을 내리고 내부 논의와 검토를 거쳐 신축병원의 준공(2020.11.9.) 8개월 전(2020.3.2.)에는 부동산 전문 매각사(E 주식회사)와 구병원의 조속한 매각을 위해 매각 컨설팅 계약을 체결하는 등 보다 적극적으로 매각을 추진하였다.

그러나, 당시는 코로나19가 성행하던 시기로 부동산 경기의 극심한 침체 및 구병원이 종합병원으로만 용도가 제약되어 있는 점, 매각 부동산의 규모가 큰 점 때문에 당초 예상과 달리 구병원의 매각이 지체되어 그 매각자금을 신축비로 쓰려던 계획의 변경이 불가피하여 부득이 신축자금을 일단 대출받아 사용하고 구병원을 매각하여 그 대출금을 변제하기로 계획을 수정하였다.

어찌되었든 청구법인은 구병원을 대체한 병원을 신축하였고, 구병원의 의료시설에 새로운 의료장비를 추가 구축한 후 구병원에서 종사하던 인력을 투입해 신축병원을 구병원에 이어서 2020. 11.9.(F시장의 이전신고 수리일은 2020.11.28.)부터 신축병원에서 의료업무를 계속 수행하고 있다.

한편, 청구법인의 위 구병원 부동산 현황에서 보는 바와 같이 ①~ ⑤ 부동산은 이미 매각하였거나 매각 중에 있고, ⑥부동산은 구병원의 업무를 신축병원으로 이관한 2020.11.9. 이후에도 여전히 기숙사로 사용하고 있다.

위 사실에 대하여 조사청은 청구법인이 병원신축에 대출받아 사용한 자금의 변제를 위해 매각을 진행하고 있는 구병원 중 ①~ ⑤ 부동산을 3년 이후 직접 공익목적사업에 계속 사용하지 아니한다하여 상증세법 제48조 제2항 제1호의 규정을 적용하여 2025.6.17. 청구법인에게 2021년 귀속분 증여세 1,432,910,365원을 부과하겠다는 통보를 하였다.

구병원은 청구법인의 이사장 C이 1993.8.2.부터 운영하던 개인 병원의 일부로서 2018. 8. 23. 출연되었으나, 건물 등의 노후화, 병원시설의 분산, 인근에 종합병원의 신규 개원 및 유수한 대학의 종합병원이 조만간 신설이 예정되어 있어 그동안 보유해 오던 경쟁력 상실을 우려한 청구법인이 그 위기를 돌파하기 위하여 병상 수가 많고, 시설이 현대화된 경쟁력이 있는 병원의 신축 필요성을 인식하고 구병원의 매각자금 등으로 병원을 신축하려는 계획하에 병원을 신축한 후 신축병원을 구병원에 이어 직접 공익목적사업에 사용하고 있다.

병원의 신축과정에서 신축자금으로 사용하기 위해 청구법인이 구병원의 매각을 추진하였는데, 자체 매각이 쉽지 않아 부동산 매각 전문사를 통하여 매각을 시도하였으나, 그럼에도 제때 매각되지 아니하여 당초 계획과 달리 부득이 구병원 매각 시 변제하기로 하고 일단 구병원의 매각액을 대체한 자금을 대출받아 그 대출금으로 병원을 신축하였다.

이와 같이 청구법인은 병원의 신축자금으로 사용하기 위해 구병원의 자체 매각은 물론, 매각사를 선정해 그 매각을 시도하였으나 이 조차 뜻대로 되지 않았고 이에 또 다른 매각자문사 및 공인중개사와도 매각 계약을 체결하는 등 구병원 매각을 위해 전방위적인 노력을 하였으며, 그 결과 2024.10월에는 공인중개사의 중개로 일부 부동산(구병원 중 ③ㆍ④ 부동산)을 매각하여 대출금 변제 등에 사용하였다.

한편, 청구법인은 구병원의 매각 노력 이외에도 구병원의 매각을 수월 하게 하기 위한 방편으로 F시에 구병원의 매각에 장애가 되는 규제의 완화(종합병원 외 요양병원 또는 정신병원으로의 도시계획변경 등)를 요청 하는 한편, 장기간 매각이 불발되는 최악의 상황에 대비해 F시에 구병원의 임대 허용 허가를 요청하기도 하였으나 F시는 청구법인의 요청을 모두 수용하지 않았다.

2020.11.9. 이후 청구법인의 구병원 이용실태를 보면, 6개의 부동산으로 등기되어 있는 구병원 중 5개는 매각 진행 중(2024.10월 2개 매각) 이고, 1개의 부동산(기숙사)은 신축병원 이전 후에도 여전히 직접 공익목적 사업에 사용되고 있으며, 그 청소 및 시설의 개ㆍ보수 등 부동산 가치를 유지하기 위해 연간 6억원 이상의 비용을 지출하고 있다.

청구법인이 구병원을 반드시 매각해야만 하는 불가피성에 대하여 추가 설명하면, 청구법인이 구병원을 대체한 보다 규모가 큰 병원을 신축하여 직접 공익목적사업에 사용하면서 그 신축에 이미 사용한 대출금을 변제하기 위해 매각 중인 구병원을 다시 종합병원으로 개원하는 것은 있을 수 없는 일일 뿐만 아니라, 설사 다시 개원하더라도 노후된 건물의 리모델링, 의료 시설의 설치 등에 최소 60억원의 자금이 소요될 것으로 예상되고 있어 대출금 및 그 이자 부담으로 재정적 어려움에 처한 청구법인으로서는 병원 운영에 부담을 주는 대출금 변제를 위해 구병원의 매각이 불가피한 입장이다.

청구법인의 대출금은 출연연도인 2018년도 말 447억원, 새로운 병원의 신축을 완료한 2020년도말 784억원으로 337억원이 증가하였고, 2024년도 말에는 881억원으로 증가하였으며, 그 대출금 이자의 규모가 점차 증가 추세(2018년 5.5억원, 2020년 15억원, 2021년 33억원, 2022년 38억원, 2023년 50억원, 2024년 49억원)에 있는 등 재정건전성이 갈수록 악화되고 있다.

구병원의 매각지체에 따른 청구법인의 경제적 손실을 보면, 그 매각 지체에 따른 노후화로 가치가 감소하는 것은 차치하더라도, 구병원의 유지 관리에 매년 약 6억원(구병원 담보 대출금의 이자 포함) 이상의 지출이 수반되는 등 구병원이 조속히 매각되었더라면 지출하지 않아도 될 불필요한 지출 때문에 재정 상태에 악영향을 미치고 있어 청구법인의 재정건전성 확보를 위해서는 구병원의 조속한 매각이 절실한 입장에 있었다.

F시는 권한을 위임받아 「F시 의료법인 등 설립 및 운영기준」 을 제정하고, 이에 근거해 관내 의료법인의 설립허가, 재산취득 및 매각 등에 관한 사항을 관리ㆍ감독한다.

청구법인이 F시에 요청하여 협의한 구병원 매각 등 관련 사항을 보면, 구병원이 종합병원으로 사용하여야 하는 용도제한으로 그 처분에 장애가 되어 왔기 때문에 그 매각을 수월하게 하기 위하여 구병원을 요양 및 정신병원으로 사용할 수 있도록 지구단위계획의 재정비를 요청(2021. 4. 14.)하였고, 관련 협의 과정에서 인접 도시와 F시의 요양 및 정신병원의 불균형 문제를 제기하는 등 구병원의 매각환경 조성을 위해 F시와 수차례 협의하였다.

청구법인은 구병원이 매각이 계속 지체되자 위 용도제한 완화 요청 이외에 구병원의 분사무소 설치 및 임대 허용을 요청하였으나, F시는 분사무소를 설치할 경우 그 용도는 종합병원으로만 사용 가능하다는 입장 이었고, 구병원의 임대요청도 불허하였다.

※ 구병원 임대 시 임차인은 요양 및 정신병원 이외의 과목으로 병원운영이 가능

청구법인이 F시에 구병원 매각자금을 신축병원에 투입한 은행 차입금의 상환에 사용한다는 점을 구두 보고한 바 있고, 구병원의 신축병원 으로의 이전 승인을 한 바 있어 F시도 구병원 매각이 필요하다는 점을 인지하고 있는바, 청구법인이 구병원을 장기간 사용할 수 없는 부득이한 사유가 있음을 인정해 주기를 서면으로 요청한 데 대하여, F시장은  "기본재산 처분허가를 받고자할 때에는 처분 1개월 전에 계약서 등을 첨부 하여 F시장에게 제출하여야 한다”고 서면회신을 하였고, 이에 청구법인은 F시장의 위 답변을 주무부 장관(권한을 위임받은 자 포함)이 인정한 경우로 판단할 수밖에 없다

나. 관련법령의 취지 및 의미

상증세법 제48조 제2항 제1호에 대한 2020.12.22.자 법률 제17654호의 개정 전후 규정을 보면, 개정 전에는  "출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우” 그 사유가 발생한 날에 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하도록 되어 있다가, 위 개정 이후에는 위 2가지 과세요건 외에  "3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하지 아니하는 경우”를 추가하였으며, 그 부칙을 보면 제1조(시행일)에 ‘2021.1.1.부터 시행한다’고 되어 있고, 제3조(공익법인등의 요건 등에 관한 적용례) 에는 ‘법 제48조제2항의 개정 규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세기간 또는 사업연도 분부터 적용한다’고 규정되어 있으며, 제5조 (공익법인등의 요건 등에 관한 경과조치)에서는 ‘이 법 시행 전에 개시한 과세기간 또는 사업연도 분에 대해서는, 제48조 제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다’고 규정되어 있다.

이와 같이 2020.12.22. 개정 부칙 제5조에서 이 법 시행 전에 개시한 과세기간 또는 사업연도 분에 대해서는 제48조 제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다고 규정되어 있는 이상, 구병원을 2020.11.9. 신축 병원으로 이전함에 따라 이미 구병원을 직접 공익목적사업에 사용하지 못하게 된 이 사건의 경우, 2020. 12. 22. 개정된 상증세법 제48조 제2항 제1호의 규정을 적용할 수 없고 그 개정 전의 규정을 적용하여야 하는바, 만약 조사청이 2020. 11. 9. 이미 발생된 이 사건에 대하여 2020.12.22. 개정된 규정을 적용하여 과세하였다면, 이는 위 부칙 제5조에 반하는 처분으로서 소급과세에 해당한다.

한편, 상증세법 제48조 제2항 제1호 및 상증세법 시행령 제38조 제3항 등에서는 위 3가지 과세요건에 해당하더라도 과세를 유예하는 규정을 두고 있는바, 이를 보면 상증세법 제48조 제2항 제1호 단서에서  "직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출할 때 납세지 관할 세무서장에게 그 사실을 보고하고 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하는 경우에는 증여세를 부과대상에서 제외한다고 되어 있고, 상증세법 제38조 제3항에서는  "법 제48조 제2항 제1호 단서에서 ‘직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유’란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 출연받은 재산을 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 전부 사용하거나 3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하는 것이 곤란한 경우를 말한다”고 하면서, 그 제1호에 ‘법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 사용이 곤란한 경우로서 주무부장관(권한을 위임받은 자를 포함한다)이 인정한 경우’라고 규정되어 있다.

이 때 ‘법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 사용이 곤란한 경우’에 대하여는 그 명확한 기준이 없으나, 위 문안에 ‘법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로’라고 규정되어 있는 점에 비추어, ‘공익법인이 출연받은 재산을 그 출연의 목적대로 사용하기 곤란한 경우’란 ‘공익법인이 법령상 또는 행정상의 사유 때문에 출연받은 재산의 사용이 곤란한 경우’는 물론, 그 이외에 ‘공익법인이 출연받은 재산의 사용을 위해 모든 제반 노력을 다하였으나, 그 노력에 불구하고 공익법인이 제어할 수 없는 외부적 요인 때문에 그 출연목적에 사용하지 못하는 불가피한 경우’도 포함된다고 보아야 할 것이다.

그리고, 상증세법 제48조의 입법 취지를 살펴보면, 상증세법상 공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 증여세 과세가액 불산입제도의 입법 취지는 공익사업을 앞세우고 변칙적인 재산출연행위를 하여 탈세나 부의 증식 수단 으로 악용하는 것을 방지하기 위하여 공익법인 등에 출연된 재산에 대하여는 공익법인 등이 해당 재산이나 그 운용소득을 출연목적에 사용할 것을 조건으로 증여세 과세가액에 정책적으로 산입하지 아니하는 데 있다(대법원 2013. 6. 27. 선고 2011두12580 판결).

따라서, 공익법인 등이 출연받은 재산이나 그 운용소득을 출연목적에 사용하지 못하는 것이 위 입법 취지에 반하지 아니하고 또 그 미사용이 불가피한 사정에 의한 것임에도 단지 그 미사용한다는 이유만으로 기계적으로 증여세를 부과한다면 복잡다기한 현실을 도외시한 것으로서 불합리하다는 점 등을 고려하여 상증세법에서는 그 사유의 소멸 후 1년이 되는 날까지 그 사용의 유예를 허용하는 것으로 보인다.

그렇다면, 만약 청구법인의 구병원 매각 지체가 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 사용이 곤란한 경우로서 주무부장관(권한을 위임받은 자를 포함한다)이 인정한 경우에 해당한다면, 그 매각 후 1년이 경과하기 전에 구병원의 매각액을 대출금 변제 등 직접 공익목적사업에 사용할 경우 그 미사용을 이유로 증여세를 부과할 수 없다고 봄이 상증세법 제48조의 입법 취지에 부합할 뿐 아니라 관련 법령에 충실한 해석이라 할 것이다.

추가적으로, 상증세법 시행령 제38조 제3항 제1호 소정의 ‘법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 사용이 곤란한 경우로서 주무부장관(권한을 위임받은 자를 포함한다)이 인정한 경우’ 중 주무부장관(권한을 위임받은 자를 포함한다)이 인정한 경우‘에 대하여 살펴보면, 대법원 2011두25807(2014.1.29.) 및 부산고법 2022누21788(2022.12.21.) 판결에 의하면, 상증세법 제48조 제2항 제1호 단서 등에서 정한 증여세 추징의 제외대상에 해당하는지는 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하지 못한 부득이한 사유가 있는지에 따라 결정되는 것이지, 상증세법 시행령 제38조 제3항에서 말하는 주무부장관의 인정 여부에 따라 결정되는 것은 아니라고 판단하고 있는 점에 비추어 볼 때, 주무부장관의 인정 여부가 증여세 추징 제외의 절대적 요건에 해당한다고 보기는 어렵다.

다.(청구주장①)출연일(2018.8.23.)로부터 3년 이내에 직접 공익목적 사업에 사용하던 구병원의 업무를 2020.11.9. 그에 대체하여 취득한 신축병원 으로 이전함에 따라 구병원을 사용하지 못하게 된 이 사건에 대하여, 그 증여가액의 평가일을 2021.8.23.로 하여 증여세 부과하는 것은 부당하다.

조사청은 청구법인이 출연(2018.8.23.)받은 재산을 그 출연 즉시 직접 공익목적사업에 계속 사용하던 구병원을 2020.11.9. 그에 대체하여 취득한 신축병원으로 이전함에 따라, 그 이후 구병원의 일부 부동산을 공실 상태에 둔 이 부분에 대하여 증여세 부과대상으로 보아 과세함에 있어, 그 증여 가액의 평가일을 당초 출연일로부터 3년이 되는 2021.8.23.로 하여 증여세 과세가액을 산정하였는바, 조사청이 그 출연일로부터 3년이 되는 2021.8.23.을 증여가액의 평가일로 삼은 점에 비추어 보면, 조사청은 이 사건 증여일을 2021.8.23.이라고 판단한 것으로 추정된다.

살피건대, 조사청이 이 사건 처분 근거로 삼은 규정이 2020.12.22. 개정된 상증세법 제48조 제2항 제1호인지, 그 개정 전의 상증세법 제48조 제2항 제1호인지 불분명하나, 그 어느 규정을 적용하든 구병원의 출연일 (2018.8.23.)로부터 3년이 되는 2021.8.23.을 이 사건의 증여일로 판단한 것은 그 근거가 없어 잘못인바, 만약 조사청이 2020.12.22. 개정 전의 상증세법 제48조 제2항 제1호의 규정을 적용한 것이라면, 청구법인은 구병원을 그 출연받은 날로부터 3년 이내에 직접 공익목적사업에 이미 사용하였기 때문에 설사 청구법인이 구병원을 미사용한다 하더라도 증여세를 추징할 요건이 충족되지 아니하여 증여세를 부과할 수가 없고, 2020.12.22. 개정된 상증세법 제48조 제2항 제1호의 규정을 적용한 것이라면, 다음의 청구주장에서 보는 바와 같이 소급과세에 해당하기 때문에 이 규정에 의한 증여세는 부과할 수 없다.

그렇다면, 2021.8.23.을 증여일로 보아 증여가액을 평가하고 증여세 부과한 이 사건 처분은 위법ㆍ부당하여 취소되어야 한다.

라.(청구주장②)2020.12.22. 개정된 상증세법 제48조 제2항 제1호를 적용하여 증여세를 부과한 처분이 소급과세에 해당한다.

상증세법 제48조 제2항 제1호에 대한 2020.12.22.자 법률 제17654호의 개정 전후 규정을 보면, 개정 전에는  "출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우” 그 사유가 발생한 날에 공익법인 등이 증여 받은 것으로 보아 증여세를 부과하도록 되어 있다가, 2022.12.22. 위 규정이 개정된 이후에는 위 2가지 과세요건 외에  "3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하지 아니하는 경우”가 추가되었는데, 2022.12.22.자 개정 규정의 부칙을 보면, 제1조 (시행일)에 ‘2021.1.1.부터 시행한다’고 되어 있고, 제3조 (공익법인등의 요건 등에 관한 적용례)에는 ‘법제48조제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세기간 또는 사업연도 분부터 적용한다’고 규정되어 있으며, 제5조(공익법인등의 요건 등에 관한 경과 조치) 에서는 ‘이 법 시행 전에 개시한 과세기간 또는 사업연도 분에 대해서는, 제48조제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다’고 규정되어 있는바, 개정 부칙 제5조의 규정이  "이 법 시행 전에 개시한 과세기간 또는 사업연도분에 대해서는 제48조제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다”고 규정되어 있는 이상, 구병원을 2020.11.9. 신축병원으로 이전함에 따라 그 법 개정 전인 2020.11.9.에 이미 구병원을 직접 공익목적 사업에 사용하지 못하게 된 이 사건에 대하여는, 2020.12.22. 개정된 상증세법 제48조 제2항 제1호의 규정을 적용할 수 없고 그 개정 전의 규정을 적용 하여야 한다.

그렇다면, 조사청이 2020.12.22.자 법 개정 전인 2020.11.9. 이미 개시한 이 사건에 대하여 2020.12.22. 개정된 규정을 적용하여 증여세 부과한 것은 위 부칙 제5조에 반하는 소급과세로서 위법하므로 마땅히 취소되어야 한다.

마.(청구주장③)신축병원으로 업무를 이전하기 이전에 구병원으로 사용 하던 일단의 부동산 중 일부를 그 이전 후에도 공익목적사업에 계속 사용하고 있다면, 일단의 부동산 중 매각 추진 중인 나머지 부동산도 공익목적사업에 사용하고 있는 것으로 보아야 한다.

청구법인은 구병원의 일단의 부동산(①~ ⑥부동산)을 직접 공익목적 사업에 사용하다가, 2020.11.9. 이후 그 중 ①~ ⑤ 부동산은 매각하기로 한 당초 계획에 따라 매각을 진행 중이고, ⑥부동산은 2018. 8. 23. 출연받은 이후 현재까지 직접 공익목적사업에 사용하고 있으며, 매각 중인 ①~ ⑤ 부동산의 유지관리에 매년 약 6억원 이상을 지출되고 있다.

종합병원으로 사용되던 일단의 부동산 중 일부가 직접 공익목적사업에 계속 사용되고 있다면, 그 전체적으로 계속 사용 중인 부동산을 중심으로 그 부분이 미사용 상태가 될 때까지 직접 공익목적사업에 계속 사용되고 있다고 보아 증여세 부과를 자제하는 것이 타당하다.

그 이유는 한 동으로 이루어진 건물을 병원으로 사용하다가 그 건물을 매각하기 위해 그 대부분을 비워 두고 극히 일부만을 공익목적사업으로 사용하는 경우 이를 제외한 나머지 부분만을 미사용으로 보아 과세대상으로 삼아야 하는지, 아니면 그 전체를 계속 사용하는 것으로 보아야 하는지 그 판단이 곤란한 데, 청구법인의 구병원이 이 경우와 큰 차이가 있다고 보기 어렵기 때문이다.

따라서, 일단의 부동산 중 일부는 사용하고, 나머지는 사용하지 아니하는 이 사건에 대하여 그 미사용 부분만을 발췌해 증여세 부과하는 것은 잘못이므로 취소되어야 한다.

마.(청구주장④)구병원의 매각액 등으로 새로운 병원을 신축하기로 한 계획에 따라 새로운 병원을 신축함에 있어 구병원이 부동산 경기 침체 등으로 제때 매각되지 아니하여 그 신축비를 대출받아 충당한 경우로서 구병원을 대체하여 취득한 신축병원을 구병원에 이어서 직접 공익목적사업에 계속 사용하고 있는 경우, 구병원을 직접 사용하는 것으로 보아야 한다.

조사청은 청구법인이 3년 이후 직접 공익목적사업에 계속 사용하지 아니한다는 이유로 상증세법 제48조 제2항 제1호 소정의 증여세 과세대상 이라고 판단하였으나, 청구법인은 구병원을 대체 취득한 신축병원을 구병원에 이어서 직접 공익목적사업에 사용하고 있다.

한편, 청구법인이 구병원의 매각을 적극 추진하였으나 그 용도상의 제약 및 코로나19로 인한 부동산경기 침체 여파 등으로 제때 매각되지 않아 부득이 그 매각액을 병원신축에 사용하려던 계획과 달리 대출금으로 충당할 수밖에 없었고, 이러한 이유로 구병원의 매각액과 그에 대체 사용된 대출금은 사실상 치환관계에 있다고 볼 수 있는 정도로 밀접하게 연관되어 있어 사실상 동기화되어 있다고 봄이 타당한바, 이 같은 상황하에서는 구병원을 대체 취득한 신축병원이 구병원에 이어서 직접 공익목적사업에 계속 사용되고 있다면, 신축비에 사용된 대출금 변제를 위해 반드시 매각해야만 하는 구병원의 경우 적어도 그 매각 시 까지는 계속 사용되고 있다고 보는 것이 그 실질은 물론 상증세법 관련규정의 입법취지에 부합된다.

만약, 이 사건과 같이 구병원의 매각액과 신축병원에 사용된 대출금이 서로 동기화되어 있고, 구병원을 대체 취득한 신축병원이 구병원에 이어서 직접 공익목적사업에 계속 사용하고 있는 데도 구병원의 미사용을 이유로 증여세를 과세한다면 이는 가격상승을 노리고 고의적으로 매각을 지연시키는 경우와 동일하게 취급하는 것이어서 불합리하고, 청구법인이 도저히 제어할 수 없는 외부적 요인 때문에 단지 그 사용을 하지 못할 뿐 그 매각 시 공익목적사업에 사용할 것이 명백함에도 이 점을 고려하지 않고 증여세를 부과하는 것은 가혹한 처분으로서 부당하므로 이 사건 증여세는 취소되어야 한다.

바.(청구주장⑤)병원 신축 시 구병원의 매각액을 대체하여 우선 사용한 대출금 변제를 위해 주무관청의 매각 허가를 받고 매각 중에 있으나 부동산 경기 침체, 용도상의 제약으로 그 매각이 지체되는 경우 및 매각 대안으로 수익 사업(임대사업)을 하고자 요청하였으나 주무관청이 이를 거부한 경우, 이 사유가  "법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등’으로 장기간 그 사용을 할 수 없는 부득이한 경우”에 해당한다.

조사청은 이 사건 출연재산 사후검증 과정에서 구병원 중 일부의 미사용이  "법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 장기간 사용할 수 없는 경우”에 해당하여 증여세를 부과할 수 없다는 청구주장에 대하여,  "공익법인이 출연받은 부동산을 3년 이내에 공익목적사업 등에 사용하지 않고 그 매각을 위해 교육과학기술부장관의 승인을 받아 매각하고자 하였으나 매각이 이루어지지 아니하여, 결국 3년 내 미사용으로 증여세 추징 여부”가 문제된 사안에 대한 해석사례(국세청 재산2015-308, 2016.3.11.)를 제시하며 청구법인의 주장을 배척하였다.

청구법인이 신축병원 완공 8개월 전부터 구병원의 매각을 적극 추진하였으나, 구병원이 종합병원으로만 사용할 수 있는 용도상의 제약 및 코로나19로 촉발된 부동산경기 불황으로 그 매각이 지체되었을 뿐 청구 법인의 입장에서는 병원신축 등에 사용한 약 800여억원의 대출금의 변제 및 그 지급 이자의 죽소 등 건전한 재정상태를 유지하기 위해서는 그 매각이 시급한바, 조사청이 제시한 해석을 청구법인의 이 사건에 적용할 수 있는지에 위 해석사례의 사실관계를 구체적으로 파악할 수 없어 서로 비교하지 못하는 것이 유감이지만, 이 사건의 경우 구병원을 출연받은 날로부터 직접 공익목적사업인 병원으로 사용하다가 그에 대체하여 취득한 신축병원을 구병원에 이어서 직접 공익목적 사업에 계속 사용하고 있는 점, 이미 수 차례 언급한 바와 같이 병원신축으로 대출금액이 대폭 증가하였고 이에 따라 관련 이자 지출액이 연간 33억~ 50억원에 달하는 등 청구법인의 재정건전성이 우려되어 구병원의 매각이 필요한 점, 청구법인이 부동산 매각 전문회사에 매각을 의뢰하는 등 오랜기간 구병원의 매각을 적극적으로 시도하여 왔을 뿐 아니라, 그 이외에 매각을 수월하게 하고자 관할관청에 구병원의 용도 제한 완화를 요청하는 한편, 임대 허용을 요청하는 등 구병원의 매각을 위해 청구법인이 취할 수 있는 온갖 수단을 모두 강구하여 왔음에도 그 매각이 지체되어 구병원의 매각액을 직접 공익목적사업에 사용할 수 없게 된 이 사건의 경우, 이는  "법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등’으로 장기간 그 사용을 할 수 없는 부득이한 경우에 해당한다고 보아야 할 것이고, 특히, 청구법인이 구병원을 수익사업으로 전환을 하기 위해 F시장에게 임대를 허용해 주도록 요청하였으나, 그 허가권자인 F시장이 이를 거부함에 따라 직접 공익목적사업에 사용하지 못하게 된 이 사건의 경우, 이는 ‘행정상의 부득이한 사유로 장기간 그 사용을 할 수 없는 부득이한 경우에 해당한다’고 봄이 타당하다.

그렇다면, 청구법인이 구병원을 공익목적사업에 직접 사용하지 아니 한다는 그 이유만으로 이 사건 증여세 부과한 처분은 잘못으로서 취소되어야 한다.

사.조사청 주장에 대한 추가의견

1)청구주장①ㆍ② 관련

조사청은 과세전적부심사청구에 대한 답변에서, 청구법인이 구병원을 출연받은 2018.8.23.부터 직접 공익목적사업에 사용하였으나 그로부터 3년이 되는 2021.8.23.까지 사용하지 아니하고 2년 3개월만인 2020.11.9. 부터 이를 사용하지 아니하였기 때문에 이는 상증세법 제48조 제2항 제1호 소정의 계속사용 의무를 위반한 것이어서 그 출연일로부터 3년이 되는 2021.8.23.을 증여일로 보아 과세한 처분은 정당하다고 주장하고 있다.

그러나, 공익법인이 출연받은 재산을 3년 이후 직접 공익목적사업에 계속하여 사용하지 아니하는 경우에 대하여 증여세를 부과하도록 규정되어 있는 상증세법 제48조 제2항 제1호는 2020.12.22. 법률 제17654호로 개정할 때에 그 개정 전의 추징요건 2가지(출연용도 이외의 용도로 사용하는 경우, 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하지 아니하는 경우) 이외에 새로이 추가된 증여세 추징요건이다.

한편, 2020.12.22. 개정된 제48조 제2항에 관한 경과조치인 부칙 제5조를 보면,  "이 법 시행 전에 개시한 과세기간 또는 사업연도분에 대하여는 제48조 제2항의 개정 규정(3년 이후 직접 공익목적사업에 계속하여 사용하지 아니하는 경우)에도 불구하고 종전의 규정에 따른다”고 규정되어 있다.

그렇다면, 2020.12.22. 개정된 상증세법 제48조 제2항 제1호 규정이 시행(2021.1.1.)되기 이전에 이미 출연받은 구병원을 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용한 이 사건의 경우, 그 개정 전의 종전 규정에 따라 구병원은 사후관리 요건을 모두 충족한 것이어서 그 사후관리의 필요성이 이미 소멸되었다고 보아야 하는바, 사실이 이러함에도 조사청이 그 이후 법 개정으로 추가된 사후관리 요건(3년 이후 직접 공익목적사업에 계속하여 사용하지 아니하는 경우)을 적용하여, 법 개정 전에 이미 사후관리 대상에서 벗어난 구병원을 다시 사후관리 대상으로 삼아 3년 이후 직접 공익목적 사업에 계속하여 사용하지 아니한다는 이유로 이 사건 증여세를 부과한 처분은 그 근거가 없을 뿐만 아니라, 무엇보다도 이 사건 증여세 부과 처분은 개정 부칙에  "이 법 시행 전에 개시한 과세기간 또는 사업연도분에 대하여는 제48조 제2항의 개정 규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다”는 경과 조치가 있음에도, 그 개정 시 추가된 새로운 증여세 추징요건(3년 이후 직접 공익목적사업에 계속하여 사용하지 아니하는 경우)을 적용한 것으로서 소급과세에 해당한다.

결국 이 사건 증여세 부과처분은 조세법의 적용에 있어서 소급과세를 금지하는 「국세기본법」 제18조제2항에 반하는 위법한 처분으로서 당연히 취소되어야 한다.

2)청구주장③ㆍ④ 관련

구병원의 부동산 중 일부를 계속 사용하고 있다면 설사 그 일부가 미사용 상태에 있더라도 그 전체가 미사용 상태가 될 때까지 구병원을 직접 공익목적사업에 사용하고 있는 것으로 보아야 하고, 구병원에 이어서 신축 병원을 직접 공익목적사업에 연속적으로 사용하고 있다면 신축병원의 건축비로 사용하기 위해 매각하던 구병원의 매각자금 대신 신축비로 대체 사용한 대출금을 변제하기 위해 매각 중에 있는 구병원의 경우 그 매각이 이루어질 때까지 직접 공익목적사업에 사용하는 것으로 보아야 한다는 청구법인의 주장에 대하여, 조사청은 청구법인의 위 주장을 인정할 수 없다고 답변하고 있는바, 청구법인은 이 부분 항변은 이미 제출한 청구내용으로 갈음하고자 한다.

3)청구주장⑤ 관련

청구법인이 이 사건 과세전적부심사청구에서 구병원의 매각을 위해 전문컨설팅사와 매각에 관한 컨설팅 계약을 체결한바 있고, 그 매각의 수월성을 위해 주무관청에 매각에 장애가 되는 용도제한의 해제 또는 완화를 공식 요청하는 등 매각을 위해 제반 노력을 하였고, 이 같은 노력에 불구하고 매각이 지연되자 임대를 허용해 주도록 요청하기도 하였으나 관할관청이 그 모든 요청이 허용되지 아니하였는바, 이러한 일련의 과정에 비추어 청구 법인의 구병원은 ‘법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등’으로 장기간 그 사용을 할 수 없는 부득이한 경우에 해당한다고 주장한 데 대하여, 조사청은 이 사건 청구에 대한 답변에서 청구법인의 구병원 매각 노력이 입증되지 않았고, 그 매각에 장애가 되는 행정상의 제한을 완화하기 위한 주무관청과의 협의도 구병원의 사용중단일로부터 이미 4년이 경과한 시점, 그것도 조사청의 사후 검증이 시작된 이후에 이루어졌고 이에 대해 주무관청은 구병원의 분사무소 및 임대용 사용이 불가하다는 의견을 제시하였으나 이를 그 사용중단의 부득이한 사유로 볼 수 없다고 답변 하였다.

그러나, 병원의 경우 그 재산의 처분은 의료법 등에 따라 관할 주무관청의 엄격한 통제하에 이루어지는바, 청구법인의 경우 구병원을 대체한 병원의 신축 및 그 이전 등에 관한 사항은 F시가 제정하여 시행하는 「의료법인등 설립 및 운영기준」 에 따라 승인 또는 허가 등의 통제하에 있었고, 이에 따라 새로운 병원의 신축 당시 구병원의 매각에 관한 사항에 대하여 이미 승인을 받은 상태에 있었음을 알 수 있다.

다만, 재산처분의 허가를 그 처분 1개월 전에 신청하도록 규정된 F시의 위 운영기준에 따라 매각 중인 구병원의 처분 허가를 받을 수는 없었으나, 조사청이 이 사건 검증을 하던 단계에서 청구법인의 공익목적 사업에 직접 사용할 수 없는 부득이한 사유를 인정해 달라는 승인요청에 대하여 F시가 이를 승인하여 주었다.

한편, 공익법인이 출연받은 재산에 대하여 일단 증여세를 면제하는 대신 그에 대한 사후관리를 통하여 일정기간 내 미사용 등의 요건 위반 시 증여세를 추징하도록 되어 있으나, 그 본래의 취지는 증여세 과세가 아니라 출연재산의 적극적이고 효율적 사용을 유도하고자 함에 그 목적이 있고, 이러한 점 때문에 공익법인이 비록 출연받은 재산에 대한 사후관리 요건을 충족하지 못하는 경우에도 그 사유가 해당 요건을 충족할 수 없는 부득이한 사유가 있다면 증여세를 부과하지 아니하도록 예외 규정을 두고 있는데, 그 규정이 ‘법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등’으로 장기간 그 사용을 할 수 없는 부득이한 경우로 되어 있는 점에 비추어 그 범위는 ‘법령상 또는 행정상의 부득이한 경우’ 뿐만 아니라, 그 이외에 장기간 출연재산을 사용을 할 수 없는 여타 다른 부득이한 경우도 증여세 추징의 예외적 사유가 된다는 점을 알 수 있는바, 청구법인의 경우 조사청이 파악하는 시기와 달리 구병원의 기능을 신축병원으로 이관한 5개월 후(2021.4.14.)부터 관할 주무관청인 F시와 구병원의 매각에 장애가 되는 용도 제한의 해제 또는 완화 등의 협의를 진행한 사실이 문서에 의하여 확인되고 있어 조사청의 이 사건 검증(2024.5～6월)이 시작된 이후에야 비로소 주무관청과 협의를 시작하였다는 조사청의 주장은 사실을 오해한 면이 있다.

다만, 청구법인이 구병원의 분사무소 설치 및 임대 허용, 그리고 부득이한 사유에 대하여 F시가 인정해 달라는 요청은 조사청이 지적하는바와 같으나, 그 요청이 늦었다는 이유만으로 ‘법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등’으로 장기간 그 사용을 할 수 없는 부득이한 경우에 해당하는 사안에 대하여 그 적용을 배제할 수는 없다고 보아야 한다.

왜냐하면, 출연일로부터 3년이 경과한 후 주무부장관이 부득이한 사유로 인정한 경우 상증세법 제48조 제2항 제1호 단서 규정을 적용할 수 있는가에 관한 기획재정부의 해석(재산-150, 2011.3.22. 및 재산-327, 2011.7.6.)을 보면,  "3년이 경과한 후 주무부장관이 부득이한 사유로 인정한 경우에도 상증세법 제48조 제2항 제1호 단서 규정을 적용한다”고 해석하고 있고, 특히 위 예규 중 재산-327(2011.7.6.) 사안은 과세관청의 검증을 받은 후에 소급하여 부득이한 사유를 인정받은 경우라는 점에서 청구법인의 경우와 유사하다고 볼 수 있다.

그렇다면, 청구법인이 F시로부터 구병원의 직접 공익목적사업에 계속 사용하지 못하는 부득이한 사유를 인정받은 시점이 비록 조사청이 검증을 시작한 이후에 이루어졌다 하더라도, 공익법인이 출연받은 재산의 사후관리에 관한 관련 규정의 입법 취지, 위 기획재정부 예규 및 법원 판결(대법원2014.1.29. 선고 2011두25807 및 2022.12.21. 선고 부산고법 2022누21788)등에 비추어 볼 때, 이 사건의 경우에는 그 형식적 절차의 준수보다는 오히려 실질에 따라야 할 것이므로, 이와 다른 조사청의 견해는 배척되어야 한다고 판단된다.

마지막으로, 조사청은 구병원의 매각 노력이 입증되지 아니한다고 답변하고 있으나, 청구법인이 이미 제출한 매각 컨설팅 계약 및 그 진행 상황에 대한 보고, 구병원의 매각에 장애가 되는 용도 제한의 해제 또는 완화를 위해 청구법인이 관할 주무관청인 F시를 상대로 그 요청 및 협의를 하였던 사실이 관련 문서로 확인되는 등 구병원의 조속한 매각을 위해 청구법인이 제반 노력을 다 하였음에도 이러한 노력을 부인하는 조사청의 주장은 더 이상 어떠한 노력을 하였어야 한다는 것인지 도저히 이해할 수도 없고 받아들일 수도 없다.

3. 통지관서 의견

가.이 사건에 대한 상증세법 제48조 제2항 제1호규정 적용의 적정 여부

2020.12.22. 법률 제17654호로 개정된 상증세법 제48조 제2항 제1호와 관련하여 개정된 조항 및 개정 전 조항 모두 이 사건에 적용할 수 없다는 청구법인의 주장은 증여세 과세기준일을 사용 중단 시점인 2020년 11월로 보는 오류에서 기인한 것이다.

상증세법 제48조 제2항 제1호에 따르면 재산 출연 후 직접 공익 목적사업 외 용도로 사용하지 않는 한* 직접 공익목적사업에 사용하지 않고 있더라도 3년이라는 유예기간을 주고 있다.

* 직접 공익목적사업 외 용도로 사용하는 경우 사용 시점을 증여세 과세기준일로 하여 즉시 과세

달리 말하면 출연 후 미사용, 사용 후 중단에 관계없이 출연 후 유예 기간인 3년이 경과하기 전까지는 과세할 법적 근거가 전혀 없으므로 증여세 과세기준일을 2020년 11월로 볼 수 없다.

결국, 쟁점부동산의 출연 후 3년이 경과한 시점인 2021.8.23. 현재 직접 공익목적사업에 사용하고 있는지 여부를 통해 증여세 과세요건을 판단 하여야 할 것이며, 쟁점부동산이 2021.8.23. 현재 직접 공익목적사업에 사용되지 않고 있는 등 청구법인은 개정 규정의 3년 이후 계속사용 의무를 위반하고 있으므로 증여세 과세기준일은 2021.8.23.이 되어 개정 법령 및 관련 부칙(2021.1.1. 시행) 적용에 아무런 문제가 없는 것이다.

* 사후검증 진행 중 쟁점부동산의 평가 등 문제에 따라 증여세 과세기준일을 통보하고 이에 다른 의견이 있는지 사전 확인하였으나, 다른 의견 제시는 없었음

2020.12.22. 법률 제17654호로 개정된 상증세법 제48조 제2항 제1호의 시행과 관련한 부칙의 해당 관련 조항을 발췌하면 다음과 같다.

제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 상속이 개시되거나 증여를 받는 분부터 적용한다.

제3조(공익법인등의 요건 등에 관한 적용례) 제16조제2항제2호ㆍ제3항ㆍ제5항, 제48조 제2항 ㆍ제9항ㆍ제11항부터 제14항까지 및 제49조제1항 단서의 개정규정은 이 법 시행(제48조 제11항제2호의 경우는 2022년 1월 1일을 말한다) 이후 개시하는 과세기간 또는 사업연도 분부터 적용한다.

제5조(공익법인등의 요건 등에 관한 경과조치) 이 법 시행(제48조제11항제2호의 경우는 2022년 1월 1일을 말한다) 전에 개시한 과세기간 또는 사업연도 분에 대해서는 제16조제2항제2호 ㆍ제3항ㆍ제5항, 제48조제2항ㆍ제9항ㆍ제11항ㆍ제14항 및 제49조제1항 단서의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

부칙에 "이 법 시행 전 증여(출연)받은 재산" 또는 "이 법 시행 전 직접 공익목적사용이 중단된 재산"이라는 별도의 경과규정이 없는 이상 과세기준일이 시행일 전에 도래했는지 여부로 개정 법률의 적용 여부를 판단하여야 하는 것으로 볼 수 있을 것이다.

그러므로 청구법인이 말하는 소급과세란 과세기준일이 시행일 전에 이미 도래하였으나 시행일 이후에도 계속 공익목적에 사용하지 않았다는 사유로 부칙을 위반하여 개정 법률에 따라 과세했을 때에 해당하는 것이므로 과세기준일이 시행일 이후인 이 건과는 관련이 없다.

결국, 이 건의 경우 쟁점부동산의 출연 후 3년이 경과한 시점인 2021.8.23. 현재 개정 규정의 3년 이후 계속사용 의무를 위반하고 있어 증여세 과세기준일은 2021.8.23.이 되므로 개정 법률 및 관련 부칙(2021.1.1. 시행) 적용에 아무런 문제가 없다.

나.쟁점부동산을 직접 공익목적사업에 계속 사용하는 것으로 볼 수 있는지

청구법인은 출연재산 중 일부가 사용되고 있거나, 직접 공익목적에 사용되고 있는 자산관련 대출금 상환에 이용할 목적인 경우 쟁점부동산 역시 직접 공익목적에 계속 사용되고 있는 것으로 주장하나, 출연재산은 직접 공익목적에 사용될 것을 조건으로 하여 증여세 과세가액에서 제외되고 있으므로 사익 추구 등 의도와 관계없이 직접 공익목적에 사용되지 않을 경우 과세요건을 충족하며, 출연재산이 여러 개인 경우 출연재산 각각의 직접 공익목적 사용 여부에 따라 개별적으로 증여세 과세요건을 판단하여야 하므로 일부가 직접 공익목적에 사용되고 있다고 하여 그 외 미사용 출연 재산까지 사용하고 있는 것으로 볼 수 없는 것이다.

또한 쟁점부동산 매각대금을 어디에 사용할지 알 수 없으며, 설사 현재 직접 공익목적에 사용되고 있는 자산관련 대출금 상환에 이용할 목적이라 하더라도 이는 부득이한 사유가 있는지 여부를 판단할 문제이지 직접 공익목적에 사용하고 있는 것으로 볼 수 없다.

다.쟁점부동산의 3년 이후 계속 사용의무 위반에 부득이한 사유가 있는지

공익법인이 재산을 출연받은 후 직접 공익목적사업에 사용함에 있어 3년이라는 유예기간을 주는 것은 출연받은 즉시 사용하지 못할 제반 사정을 감안하여 이를 해결하는데 필요한 준비기간을 확보해주기 위한 취지라고 볼 수 있을 것이다.

청구법인은 2018년 쟁점부동산과 함께 B병원 신관 부지인 F시 1842-3 토지 및 지상에 건축 중인 건물을 함께 출연받은바, 이에 비춰보면 출연 당시부터 신관으로의 이전이 예정되었고 신관 이전 후 쟁점 부동산의 활용 방향 역시 사전에 계획되었을 것으로 예상된다.

그러나, 청구법인은 신관 이전에 따라 쟁점부동산 사용이 중단된 이후 3년 이상 경과하였음에도 불구하고 수익사업을 포함한 직접 공익목적사업에 사용하고 있지 않으며, 사용이 불가능할 경우엔 매각하여 그 매각대금을 공익목적사업에 사용하여야 함에도 이 역시 이행되지 않고 있다.

이와 관련하여, 신관 이전 후 쟁점부동산을 사용 또는 매각하고자 노력했으나, 행정상 제한 및 코로나로 시작된 부동산 경기 침체, 건물용도 제한 등으로 매각이 지연되는 등 사용이 곤란하였으므로 이는 상증세법상 부득이한 사유에 해당한다는 청구법인의 주장에 대해 살펴보면,

먼저, 직접 공익목적사용에 대한 행정상 제한(용도변경 불가)과 관련한 청구법인의 주무관청에 대한 질의가 사용중단일로부터 이미 4년여가 경과 (사후검증 시작 이후)한 후 이루어졌으며, 이에 대해 주무관청은 구병원 건물의 분사무소 및 임대용 사용이 불가하다는 의견을 제시하였으나, 당해 용도변경 제한이 쟁점부동산의 출연 이후 새롭게 발생한 것으로 보기 어려워, 이에 대한 대안은 출연 당시부터 마련되었어야 할 것으로 보이므로 이를 사용중단의 부득이한 사유로 볼 수 없는 것으로 판단된다.

* 대법원 2011두25807, 2014. 1. 29. 참조

다음으로 매각지연 관련하여, 쟁점부동산 매각을 위해 E 주식회사와 부동산 매각 관련 컨설팅 계약을 2차에 걸쳐 체결하였으나, E 주식회사의 컨설팅 계약에 따른 용역수행 관련 보고서 등의 최초 작성일(2023.7.3.)이 신관 이전 후 2년 이상(출연일 이후 4년 이상) 경과한 2차 계약일(2023.5.30.) 이후인 것으로 확인되고, 계약이행 과정에서 발생한 실비 등의 정산내역이 전혀 확인되지 않는 등 신관 이전 전부터 컨설팅 계약을 체결했다는 것만으로 청구법인의 매각 노력이 입증되었다고 볼 수 없을 것이다.

또한, J 지구단위계획상 요양병원 및 정신병원 개설 제한 역시 용도변경 제한과 동일하게 쟁점부동산 출연 이전부터 존재하여 충분히 예상이 가능한 문제였고, 당해 제한에 따라 쟁점부동산의 매각이 불가능해 보이지 않는 등 법령상ㆍ행정상 제한에 해당하지 않으며, 코로나 이후 경기 침체하에서 부동산 거래가 전무했던 것도 아니므로 매각지연의 직접적 사유로 볼 객관적 근거가 없다.

설혹, 상기 사유에 따라 매각이 지연되었다 하더라도 해석사례 [사전 - 2015-법령해석재산-0308(2016.3.11.)] 등을 참고할 때, 직접 공익목적 사업 등에 계속 사용하지 않았음에도 상증세법상 과세 제외할 수 있는 부득이한 사유에 매각 지연을 포함할 수는 없을 것으로 판단된다.

상증세법 시행령 제38조 제3항에 규정된 부득이한 사유란 법령상 또는 행정상 부득이한 사유 등으로 사용이 곤란한 경우로서 주무부장관이 인정하는 경우와 해당 공익목적사업의 인ㆍ허가 등과 관련한 소송 등으로 사용이 곤란한 경우가 해당하는바, 이 건의 경우 신관 이전 전부터 매각 컨설팅 계약을 체결하는 등 쟁점부동산의 용도변경 등을 통한 직접 공익 목적사업 사용보다는 매각을 통해 활용하는 것을 염두에 둔 것으로 보이나,

청구법인의 기본재산에 해당하는 쟁점부동산을 매각하고자 하는 경우, 주무관청의 기본재산 처분 허가를 득하는 것이 선행되어야 할 것이고, 이를 위해 신관 이전을 전후하여 기본재산 처분 허가 신청이 이루어졌어야 할 것이나, 청구법인의 신청 및 허가 내역이 확인되지 않는 등 쟁점부동산에 대한 적극적인 매각 의지가 있었는지 여부가 불확실하고, 병원의 신관 이전 후 쟁점부동산을 직접 공익목적사업에 사용하지 못한 것이 법령상ㆍ행정상 부득이한 사유로 사용이 곤란함을 주무관청이 인정한 서류 또는 공익 목적사업의 인ㆍ허가 등과 관련한 소송 관련 자료 역시 제출된 바 없다.

청구법인은 새로운 병원 신축 당시 쟁점부동산 매각에 관한 사항에 대해 이미 승인을 받았다고 주장하나 기본재산 처분허가*와 관련된 서류가 전혀 제출된 바 없으며 설령 주무관청의 처분 허가가 있다고하여 정당한 사유가 입증되는 것은 아니다.

* 기본재산처분허가의 "의료법인 등 설립 및 운영기준’상 1개월 전 제출의 의미는 1개월 전부터 제출할 수 있다는 뜻이 아니라 제출해야 하는 법정기한을 말하는 것임

다만, 청구법인 입장에서 출연 시부터 신관 이전이 예정되어 있었음에도, 출연 당시 법령상ㆍ행정상 제한 요소 및 기타 여건을 고려한 쟁점 부동산의 활용방안 또는 처분방안을 바로 수립하여 시행했어야 함에도 불구하고 기본적인 절차부터 진행되지 않았다는 점은 정당한 사유가 있는 것으로 보기 어렵다는 반증이다.

또한, 청구법인은 주무관청의 분사무소 설치 및 임대 불가에 대한 공문을 주무관청의 부득이한 사유에 대한 인정으로 주장하나, 이는 청구 법인의 신청에 대한 답변에 불과한 것으로서 직접 공익목적 미사용의 부득이한 사유에 대한 주무관청의 인정과는 전혀 관련이 없는 것으로 보이며, 설혹 해당 공문을 주무관청의 사후 인정으로 본다하더라도 기제출 의견에서 기술한 바와 같이 판례 등에 비추어 볼 때 원래부터 존재하던 제한 사유는 법령에서 말하는 법령상ㆍ행정상 제한에 따른 부득이한 사유로 볼 수 없을 것이다.

결국, 청구법인의 쟁점부동산 미사용과 관련하여 직접 공익목적사업 미활용 사유, 과다한 매각 지연 기간 등 제반 사실관계에 비추어 법령상 ㆍ행정상 부득이한 사유에 해당될 여지는 없는 것으로 보인다.

라.결론

본 과세예고통지상 증여세 과세기준일은 법률 제17654호(2020.12.22.)로 개정된 상증세법 제48조 제2항 제1호 및 관련 부칙에 비추어 적정하므로 소급과세 등 청구법인이 주장하는 문제점이 발생할 여지가 없고, 출연재산 중 일부가 사용되거나 현재 사용하고 있는 자산관련 대출 상환에 추후 이용될 것이므로 쟁점부동산 역시 직접 공익목적 사업에 계속 사용 되고 있는 것으로 볼 수 있다는 주장은 법령의 취지에 비추어 볼 때 매우 합리적이지 못하며, 쟁점부동산이 신관 이전에 따라 사용이 중지된 후 직접 공익목적사업 등에 계속 사용되지 못한 것이 법령상 또는 행정상 부득이한 사유로 사용이 곤란한 경우에 해당하지 않을 뿐 아니라 주무관청의 인정 사실 또한 확인되지 않는 등 청구법인의 주장에 이유 없으므로 이 사건에 대한 과세전적부심사청구는 불채택하는 것이 타당하다.

마.청구인 주장에 대한 추가의견

1)2020.12.22. 상증세법 개정 법률의 적용 가능 여부

2020.12.22. 법률 제17654호로 개정된 상증법 제48조 제2항 제1호의 시행과 관련한 부칙에 ‘이 법 시행 전 증여（출연）받은 재산’ 또는 ‘이 법 시행 전 직접 공익목적 사용이 중단된 재산"이라는 별도의 경과규정이 없는 이상 과세기준일이 시행일 전에 도래했는지 여부로 개정 법률의 적용 여부를 판단하여야 하는 것으로 볼 수 있을 것이다.

그러므로 청구법인이 말하는 소급과세란 과세기준일이 시행일 전에 이미 도래하였으나 시행일 이후에도 계속 공익목적에 사용하지 않았다는 사유로 부칙을 위반하여 개정 법률에 따라 과세했을 때에 해당하는 것 이므로 과세기준일이 시행일 이후인 이 건과는 관련이 없다.

결국, 이 건의 경우 쟁점부동산의 출연 후 3년이 경과한 시점인 2021.8.23. 현재 개정 규정의 3년 이후 계속사용 의무를 위반하고 있어 증여세 과세기준일은 2021.8.23.이 되므로 개정 법률 및 관련 부칙(2021.1.1. 시행) 적용에 아무런 문제가 없다.

2)쟁점부동산의 3년 이후 계속사용 의무 위반에 부득이한 사유가 있는지 여부

청구법인은 새로운 병원 신축 당시 쟁점부동산 매각에 관한 사항에 대해 이미 승인을 받았다고 주장하나 기본재산 처분허가*와 관련된 서류가 전혀 제출된 바 없으며 설령 주무관청의 처분 허가가 있다고하여 정당한 사유가 입증되는 것은 아니다.

* 기본재산처분허가의 "의료법인 등 설립 및 운영기준’ 상 1개월 전 제출의 의미는 1개월 전부터 제출할 수 있다는 뜻이 아니라 제출해야 하는 법정기한을 말하는 것임

다만, 청구법인 입장에서 출연 시부터 신관 이전이 예정되어 있었음 에도 불구하고 출연 당시 법령상ㆍ행정상 제한 요소 및 기타 여건을 고려한 쟁점부동산의 활용방안 또는 처분방안을 바로 수립하여 시행했어야 함에도 불구하고 기본적인 절차부터 진행되지 않았다는 점은 정당한 사유가 있는 것으로 보기 어렵다는 반증이다.

또한, 청구법인은 주무관청의 분사무소 설치 및 임대 불가에 대한 공문을 주무관청의 부득이한 사유에 대한 인정으로 주장하나, 이는 청구 법인의 신청에 대한 답변에 불과한 것으로서 직접 공익목적 미사용의 부득이한 사유에 대한 주무관청의 인정과는 전혀 관련이 없는 것으로 보이며,

설혹 백번 양보하여 해당 공문을 주무관청의 사후 인정으로 본다 하더라도 판례 등에 비추어 볼 때 원래부터 존재하던 제한 사유는 법령에서 말하는 법령상ㆍ행정상 제한에 따른 부득이한 사유로 볼 수 없을 것이다.

결국, 청구법인의 쟁점부동산 미사용과 관련하여 직접 공익목적사업 미활용 사유, 과다한 매각 지연 기간 등 제반 사실관계에 비추어 법령상ㆍ 행정상 부득이한 사유에 해당될 여지는 없는 것으로 보인다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

①2020.12.22. 개정된 상증세법 제48조 제2항 제1호를 적용하여 과세하는 것은 소급과세에 해당한다는 청구주장의 당부

②(쟁점①기각시)쟁점부동산을 직접 공익목적사업에 계속 사용 하는 것으로 볼 수 있다는 청구주장의 당부

③(쟁점②기각시)쟁점부동산의 3년 이후 계속사용 의무 위반에 부득이한 사유가 있다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

1) 상속세 및 증여세법 제48조【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】(2020.12.22. 법률 제17654호로 일부 개정되기 전의 것)

②세무서장등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익 법인등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당 하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익 법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정 하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

1.출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당 하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출할 때 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고하고, 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하는 경우는 제외한다.

4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금을 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 사용하지 아니한 경우

⑤제1항 및 제16조제1항에 따라 공익법인등이 재산을 출연받은 경우에는 그 출연받은 재산의 사용계획 및 진도에 관한 보고서를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

2)상속세 및 증여세법 제48조【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세 가액 불산입등】(2020.12.22. 법률 제17654호로 일부 개정된 것)

②세무서장등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익 법인등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당 하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익 법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정 하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

1.출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당 하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하거나 3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하지 아니하는 경우. 다만, 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출할 때 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고하고, 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하는 경우는 제외한다.

4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금을 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 사용하지 아니한 경우

⑤제1항 및 제16조제1항에 따라 공익법인등이 재산을 출연받은 경우에는 그 출연받은 재산의 사용계획 및 진도에 관한 보고서를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

2-1)상속세 및 증여세법 시행령 제38조【공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리】(2021.2.17. 대통령령 제31446호로 일부 개정된 것)

③법 제48조제2항제1호 단서에서 " 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유" 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 출연 받은 재산을 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 전부 사용하거나 3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하는 것이 곤란한 경우를 말한다.

1.법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 사용이 곤란한 경우 로서 주무부장관(권한을 위임받은 자를 포함한다)이 인정한 경우

2.해당 공익목적사업 등의 인가ㆍ허가 등과 관련한 소송 등으로 사용이 곤란한 경우

2-2)상속세 및 증여세법 시행령 제40조【공익법인등에게 부과되는 증여세 과세가액의 계산등】(2021.2.17. 대통령령 제31446호로 일부 개정된 것)

①법 제48조제2항 각 호 외의 부분 본문에서 " 대통령령으로 정하는 가액" 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 가액을 말한다.

1.법 제48조제2항제1호 본문에 해당하게 되는 경우에는 다음 각 목의 구분에 따른 가액

가.직접 공익목적사업등외에 사용한 경우에는 그 사용한 재산의 가액

나.3년이내에 직접 공익목적사업등에 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 경우에는 그 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 재산의 가액

다.3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하지 않는 경우에는 그 사용하지 않는 재산의 가액



2-2)상속세 및 증여세법 부칙 < 제17654호, 2020.12.22>

제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제48조 제11항제2호, 제60조제1항제2호 및 제65조제2항의 개정규정은 2022년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 상속이 개시되거나 증여를 받는 분부터 적용한다.

제3조(공익법인등의 요건 등에 관한 적용례) 제16조제2항제2호ㆍ제3항 ㆍ제5항, 제48조제2항ㆍ제9항ㆍ제11항부터 제14항까지 및 제49조제1항 단서의 개정규정은 이 법 시행(제48조제11항제2호의 경우는 2022년 1월 1일을 말한다) 이후 개시하는 과세기간 또는 사업연도 분부터 적용한다.

제5조(공익법인등의 요건 등에 관한 경과조치) 이 법 시행(제48조제11항 제2호의 경우는 2022년 1월 1일을 말한다) 전에 개시한 과세기간 또는 사업 연도 분에 대해서는 제16조제2항제2호ㆍ제3항ㆍ제5항, 제48조제2항ㆍ제9항 ㆍ제11항ㆍ제14항 및 제49조제1항 단서의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

3)의료법 제48조【설립 허가 등】

①제33조제2항에 따른 의료법인을 설립하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 정관과 그 밖의 서류를 갖추어 그 법인의 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시ㆍ도지사의 허가를 받아야 한다.

②의료법인은 그 법인이 개설하는 의료기관에 필요한 시설이나 시설을 갖추는 데에 필요한 자금을 보유하여야 한다.

③의료법인이 재산을 처분하거나 정관을 변경하려면 시ㆍ도지사의 허가를 받아야 한다.

3-1)의료법 시행령 제21조【재산 처분 또는 정관 변경의 허가신청】

법 제48조제3항에 따라 의료법인이 재산 처분이나 정관 변경에 대한 허가를 받으려면 보건복지부령으로 정하는 허가신청서 및 관계 서류를 그 법인의 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시ㆍ도지사에게 제출하여야 한다. 다만, 법률 제4732호 의료법중개정법률 부칙 제11조에 해당하는 국가로부터 공공차관을 지원받은 의료법인의 경우에는 이를 시ㆍ도지사를 거쳐 보건복지부장관에게 제출하여야 한다.

3-1)의료법 시행규칙 제54조【기본재산의 처분허가신청】

①영 제21조에 따라 의료법인이 기본재산을 매도ㆍ증여ㆍ임대 또는 교환 하거나 담보로 제공(이하 " 처분" 이라 한다)하려는 경우에는 별지 제32호 서식의 기본재산 처분허가신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 처분 1개월 전에 보건복지부장관 또는 시ㆍ도지사에게 제출하여야 한다.

②제1항에도 불구하고 의료법인이 기본재산을 담보로 제공하려는 경우 에는 제1항 각 호의 서류 외에 다음 각 호의 서류를 추가로 첨부하여 보건복지부장관 또는 시ㆍ도지사에게 제출하여야 한다.

③보건복지부장관 또는 시ㆍ도지사는 제1항의 신청에 따라 허가를 할 때에는 필요한 조건을 붙일 수 있다.

4)F시 의료법인 등 설립 및 운영기준

Ⅱ. 의료법인의 설립허가

1. 설립허가 신청

나. 설립허가 신청

○의료법인을 설립하려는 자는 의료법인 설립허가신청서에 관련 서류를 첨부하여 F 시장에게 제출하여야 함(의료법시행령 제19조)

Ⅲ. 의료법인 등 운영 관리

2. 정관변경의 허가에 관한 사항

가. 정관변경 사항

○의료법인이 정관 기재사항의 변동이 생긴 경우 정관을 변경하여야 하며, 정관변경은 F시장의 허가를 받아야 함

-분사무소 설치 및 기본재산의 처분의 경우 정관을 변경하여야 함

3. 기본재산 처분의 허가에 관한 사항

※ 의료법 제48조제3항，의료법시행령 제21조，의료법시행규칙 제54조

가. 기본재산 처분 허가의 범위

○기본재산의 매도, 증여, 임대, 교환(대체) 또는 담보제공과 기본재산에 관한 의무의 부담 및 권리의 포기 시에는 반드시 F시장의 허가를 받아야 함

나. 기본재산의 처분허가 신청

○기본재산 처분허가를 받고자 할 때에는 [별지 제4호 서식]의 기본재산 처분허가 신청서에 관련 증빙을 첨부하여 처분 1개월 전에 F시장에게 제출하여야 함







4)청구법인이 제출한 청구법인의 대출금 및 대출이자 내역은 아래와 같다.


5)청구법인은 신축병원 착공(2018.4.1.) 때부터 구병원 매각을 시도하였으나 청구법인 인력으로 매각 성사가 어렵다는 판단을 내리고 적극적인 매각 추진을 위해 2020.3.2.에 E 주식회사와 매각 컨설팅 계약을 체결하였다고 하며, 청구법인 제출한 E 주식회사와 컨설팅 계약서의 주요내용은 다음과 같고, H회계법인과 2024.4월 체결한 컨설팅 용역 계약서도 제출하였다.
6)청구법인이 제출한 B병원 매각안내문(2023.7월)의 주요내용은 다음과 같다.
7)청구법인이 제출한 쟁점부동산 매각 컨설팅업체의 ‘B병원 매각 프로젝트 업무보고’의 주요내용은 다음과 같다.



8)청구법인을 ‘J 지구단위계획재정비와 관련하여 현 지구단위 계획상 일반상업지역 용지에 요양병원 및 정신병원 개설허용을 요청하였다고 주장하며 수신자 F시장으로 기재된 2021.7.20.자 공문과 2021.7.21. (추가 자료 제출) 공문을 제출하였고, 2024.9.10. 구병원이 4년간 매각되지 않아 청구법인의 분사무소로 개설 가능 여부를 문의하는 공문을 발송하였다.
※ 2024.9.12. F시보건소장 회신공문 주요내용 : 주사무소 이전허가 또는 분사무소 허가의 경우 추가 개설하고자하는 의료기관은 의료법 제2조제2항제3호바목의 종합병원으로 제한 하고 있으며, 귀 법인에서 질의하신 종합병원이 아닌 병원 또는 요양병원의 분사무소 허가의 경우 F시 의료법인 등 설립 및 운영기준(안)에 따라 불가함을 알려드립니다.
9)청구법인은 쟁점부동산 중 A 1861-7 501호와 같은 동 1861-8 503호에 대해 2025.1.24. F시장에게 기본재산처분허가신청서를 제출하였고, 2025.2.7. F시장의 허가 후 2025.3월 매각 완료하였다.
10)청구법인이 제출한 금융기관 제출 목적의 ‘G의료재단 FB병원 사업계획서’ 중 소요자금 조달 계획에 B병원 매각자금 50억원이 포함되어 있다(출연재산 중 쟁점부동산 평가액은 161억원).
11)상증세법 제48조 제2항 제1호에 따르면 직접 공익목적사업 등에 사용 하는 데에 장기간이 걸리는 등 부득이한 사유가 있는 경우로서 ‘공익법인 출연재산 등에 대한 보고서’를 제출할 때 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고하도록 규정하고 있는데, 2020 사업연도 이후에는 출연 재산을 의무사용 용도에 사용하지 않은 것으로 기재하여 제출하였으나 공익목적에 사용하지 못하는 부득이한 사유는 기재되어 있지 않다.
12)쟁점①관련 청구법인과 처분청의 주장을 정리하면 다음과 같다.



라. 판단
1) 상증세법 제48조를 적용한 이 사건 과세예고통지가 소급과세에 해당 하는지
가) 관련 법리
(1)2020.12.22. 법률 제17654호로 개정된 「상속세 및 증여세법」 제48조 제2항제1호는 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등의 용도 외에 사용 하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하거나 3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하지 아니하는 경우 그 사유가 발생하는 날에 공익법인등이 증여받은 것으로 본다고 규정 하고 있으며, 다만, 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출할 때 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고 하고, 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 재산을 직접 공익목적 사업 등에 사용하는 경우는 증여세 과세대상에서 제외한다고 규정하고 있다.
(2)토지를 출연받고도 3년 이내에 직접 공익목적 사업 등에 사용하지 아니함으로써 그 때에 비로소 「상속세 및 증여세법」 제48조 제2항제1호 본문이 정한 증여세의 과세 사유가 발생한 것이며, 토지를 출연받은 날부터 3년이 경과한 날을 기준으로 과세표준을 산정하여 이루어진 처분은 적법한 것이다 (대법원 2018.4.26. 선고 2018두32804 판결).

나) 이 사건 과세예고통지의 소급과세 여부에 대한 판단
(1) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때, 이 사건 통지를 소급과세에 해당한다고 보기 어렵다.
(가)개정법률의 적용 가능 여부는 과세기준일이 해당 개정법률 시행일 전에 도래하였는지를 기준으로 판단해야 할 것이며, 「상속세 및 증여세법」 제48조에 따르면 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 외 용도로 사용하는 경우에는 사용 시점이 증여세 과세기준일이 되는 것이나, 재산 출연 후 미사용하는 경우 3년이라는 유예기간을 주고 있는 점
(나) 「상속세 및 증여세법」 제48조제2항제1호에서는 3년 이후 직접 공익목적 등에 계속하여 사용하지 아니한 경우 그 사유가 발생한 날에 증여 받은 것으로 보도록 규정하고 있는바 청구법인이 쟁점부동산을 증여받은 날은 출연일 이후 3년이 경과한 날로 봄이 타당한 점
(다)2020.12.22. 법률 제17654호로 개정된 「상속세 및 증여세법」 제48조 제2항제1호의 시행과 관련한 부칙에서 별도로 ‘이 법 시행 전 증여(출연) 받은 재산’ 또는 ‘이 법 시행 전 직접 공익목적사용이 중단된 재산’에 대한 경과규정이 확인되지 않는 점
(2) 따라서, 개정된 「상속세 및 증여세법」 제48조를 적용하여 한 이 건 과세예고통지는 잘못이 없는 것으로 판단된다.
2) 쟁점부동산을 직접 공익목적사업에 계속 사용한 것인지
가) 관련 법리
구 「상속세 및 증여세법」 제38조 제4항의 ‘직접 공익 목적 사업에 사용’한다 함은 현실적으로 당해 매각대금의 사용용도가 그 공익 법인 등의 공익목적사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, 단지 공익목적 사업에 직접 사용하기 위한 준비를 하고 있는 경우까지 포함된다고 볼 수 없으며, 그 사용의 범위는 당해 공익법인 등의 사업목적과 매각대금의 사용목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 한다고 할 것이다(서울행정법원 2020.1.9. 선고 2018구합78718 판결).
나) 쟁점부동산을 공익목적사업에 계속하여 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지에 대한 판단
(1)위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때, 청구법인이 쟁점부동산을 직접 공익목적사업에 계속 사용한 것으로 보기 어렵다.
(가)직접 공익목적사업에 사용한다고 하는 것을 공익목적사업에 직접 사용하기 위한 준비를 하고 있는 경우까지 포함한다고 하기는 어려운 점
(나) 출연재산이 여러 개인 경우 출연재산 각각의 직접 공익목적사업 사용 여부를 판단해야 하는 것으로 일부가 직접 공익목적사업에 사용되었 다고 하여 전부 직접 공익목적사업에 사용되었다고 보기는 어려운 점
(2)따라서, 청구법인이 쟁점부동산을 직접 공익목적사업에 미사용한 것으로 보아 한 이 건 과세예고통지는 잘못이 없는 것으로 판단된다.
3) 쟁점부동산의 계속사용 의무 위반에 부득이한 사유가 있는지
가) 관련 법리
공익법인 등이 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설령 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애 사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 재산을 출연받았고, 그 후 3년 이내에 당해 출연받은 재산을 직접 공익 목적사업 등에 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 재산을 출연 받을 당시 존재하였던 법령상의 장애사유가 장래에 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였음에도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 공익목적사업 등에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 「상속세 및 증여세법」 제48조제2항제1호 단서 등에서 정한 증여세 추징의 제외사유인 "출연받은 재산을 직접 공익목적 사업 등에 사용하지 못한 부득이한 사유"가 될 수 없다(대법원 2014.1.29. 선고 2011두25807 판결).
나) 청구법인이 부득이한 사유로 인해 쟁점부동산을 공익목적사업에 사용하지 않은 것으로 볼 수 있는지에 대한 판단
(1) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때, 쟁점 부동산을 공익목적사업에 미사용한 것에 부득이한 사유가 있다고 보기 어렵다.
(가) 출연재산의 출연 당시부터 신관으로의 병원 이전은 예정되어 있었던 것으로 구병원 건물 매각을 위한 용도변경 등은 출연 당시에 이미 마련되어야 했던 것으로 보이는 점
(나) J 지구단위계획상 요양병원 및 정신병원 개설 제한 역시 충분히 예상가능한 문제였던 것으로 보이는 점
(다)그렇다면 이러한 제한 등이 쟁점부동산을 매각할 수 없는 사유 라고 할 수 없고, 단순히 매각의 지연이 법령 또는 행정상의 부득이한 사유라고 하기도 어려운 점
(2)따라서, 청구법인이 쟁점부동산을 직접 공익목적사업에 미사용한 것으로 보아 한 이 건 과세예고통지는 잘못이 없는 것으로 판단된다.
5. 결론
이 건 과세전적부심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 「국세기본법」 제81조의15제5항제1호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.