붙임과 같습니다.

1. 사실관계 및 통지내용

가. 청구법인은 2019.11.8. 설립되어 경영자문 및 컨설팅업, 부동산 관련 서비스업 등을 영위하고 있고, 사업장은 서울 A구 13이다.

나. 청구법인은 2023.4.12. 다음 <표1> 과 같이 보유하고 있던 B(주)(이하  "B”라 한다) 주식 27,000주(지분율 45%, 이하  "쟁점주식”이라 한다)를 액면가액인 1주당 5,000원에 B의 대주주이자 특수관계가 없는 C에게 양도(양도가액 135,000,000원, 이하 이 거래를  "쟁점거래”라 한다)하였고, 같은 날 E, F도 1,200주, 1,800주를 액면가로 C에게 양도하였다.

<표1> B 주식 양도ㆍ 양수 내역

다. 조사청은 2024.7.11.부터 2024.12.19.까지 청구법인의 2023사업연도 법인세 부분조사를 실시한 후, 쟁점주식의 1주당 시가는 1,687,177원이나 저가인 액면가액(5,000원)에 양도한 것으로 보아 정상가액과의 차액 31,752,645,300원을 「법인세법」제24조에 따라 손금으로 인정되지 아니하는 기부금으로 보았다.

조사청은 2025.1.3. 청구법인에 2023사업연도 법인세 7,105,367,421원을 경정ㆍ 고지하겠다는 세무조사결과를 통지하였다

라. 청구법인은 이에 대하여 2025.1.31. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

마. 한편, C가 2023.4.12. 청구법인, E 및 F으로부터 B주식을 저가양수하면서 발생한 이익에 대하여 조사청이 증여세를 과세예고하였고, 이에 대한 과세전적부심사결정에 따른 재조사에서 조사청은 B의 주식의 시가를 당초 1주당 1,687,177원에서 1,020,808원으로 감액하였다.

그리고 조사청은 2025.9.4. 청구법인에게 2023사업연도 법인세 과세예고세액을 당초 7,105,367,421원에서 4,157,910,349원으로 변경(시가 감액에 따른 법인세 2,947,457,072원 감액)하여 다시 세무조사결과를 통지하였다.

2. 청구법인 주장

가. 청구법인의 쟁점거래는 단순히 저가에 양도한 것이 아니라 정당한 사유가 있는 거래다.

금융감독원이 2023년 1월 D(주)(이하  "D”이라 한다)에 대한 검사에 착수하였는바, 그 이유는 실질적인 대표자이자 최대주주(본인 및 특수관계인 합산) E가 「자본시장법과 금융투자업에 관한 법률」(이하  "자본시장법”이라 한다)상 이해상충 의무위반(사적이익 편취)하였는지 여부였고, 청구법인과 D는 사업상 밀접한 관계(공동투자)가 있어서 이러한 의혹을 해소하고자 쟁점거래를 하였다.

1) 쟁점거래와 관련된 인물, 법인들의 지분관계, 사업상 관계를 정리ㆍ 요약하면 다음과 같다.

2) 청구법인을 비롯한 쟁점거래와 관련된 기업들을 간단히 설명하면 다음과 같다.

가) 먼저, 쟁점거래 당시 청구법인 주주는 E 및 특수관계인(배우자 F, 동생 G)이 지분 90.47%(185,467주/204,990주)를 소유하고 있었고, 나머지 9.52%(19,523주)는 H가 소유하고 있었다.

나) 다음으로, B는 쟁점거래가 있기 전 B의 주식은 C(개인)이 전체 지분의 30,000주(50%)를 보유, 청구법인이 27,000주(45%), 이외 개인주주(E, F)가 3,000주(5%)를 보유하고 있었으며, 쟁점거래를 통해 C가 지분 100%를 보유하게 되었다.

한편, B는 2023.12.31. 기준 투자사업 중 D와 관련있는 투자가 58%에 달하고 있다.

<표2> ’23.12.31. 기준 B의 매도가능증권 보유 현황

다) 다음으로, D는 2000.00.00. 자본시장법에 따른 집합투자업, 전문사모집합투자업 등을 목적으로 하여 설립된 법인으로 2000.00.00. 금융위원회로부터 자본시장법 제6조에 따른 금융투자업에 대한 인가를 받았다.

2023년 기준 D의 영업수익은 다음 <표3> 과 같이 00,000백만원에 달하며, D의 최대주주는 <표4> 와 같이 E 및 그의 특수관계인이다.

<표3> D의 영업수익 내역

<표4> D의 주주 현황

3) 집합투자업자인 D의 지위

가) D는 자본시장법 제6조에 따른 금융투자업자로서 집합투자업을 영위하고 있다. 자본시장법 제79 내지 제80조에 따르면 집합투자업자는 투자대상 자산의 취득 및 처분에 관한 지시를 신탁업자에게 하여야 하기 때문에 D가 관련 부동산 자산을 직접 취득 또는 처분할 수 없다.

또한, 자본시장법 제83조에 따르면 집합투자업자는 금전을 차입할 수 없어 부동산 개발사업시 D의 명의로 자산을 취득할 수 없으므로 직접 계약금을 납입할 수 없고, 의결권 있는 보통주를 취득할 수 없다.

나) 이에 따라 D와 같은 금융투자업자는 법령상 특별한 차입 제한이나 인가 절차가 없는 프로젝트금융투자회사(Project Financing Vehicle, PFV)를 통하여 부동산 개발사업을 하는 경우가 다수 존재한다.

그런데, D는 금융회사에 해당하여 「금융산업의 구조개선에 관한 법률」(이하  "금산법”이라 한다) 제24조에 따라 금융위원회의 출자승인을 받지 않는 경우 PFV지분을 20% 미만으로만 소유할 수는 있으나, 실제로 금산법의 적용을 받는 금융회사가 PFV의 지분 출자에 관한 승인받는 사례가 없다.

그래서 D의 PFV지분 출자는 20% 미만으로 제한되어 있고, 나머지 80% 지분에 대한 투자자를 유치하는 것이 중요하였으며 이에 따라 D와 청구법인은 공동투자자로서 다수 PFV에 참여하였다.

다) D와 같은 금융투자업자는 기관투자자 등으로 구성된 투자 자금을 유치하기 전에 투자대상 자산 확보를 위해 계약금 등 투자금을 납입할 수 있는 초기 투자자를 필요로 하는바, 청구법인이 이러한 역할을 수행하였고, 그래서 다른 투자자에 비해 상대적으로 유리한 조건의 수익을 보장받고 있다.

다시 말해, 청구법인은 쟁점거래 당시 전체 투자대상 자산 중 D와 관련된 투자자산의 비중이 약 78%에 달하는 등 D와 밀접한 경제적 공동투자 관계를 가지고 있음이 명확하다.

<표5> 청구법인의 투자자산 현황

나. 청구법인은 D와 사업상 긴밀한 이해관계를 가지고 있는바, 금융감독원 검사를 계기로 이해상충 관계 해소와 처벌을 면하기 위하여 쟁점주식(B주식) 투자이익을 남기지 않고 액면가로 양도하는 쟁점거래를 하였다.

1) D에 대한 금융감독원은 검사 개요

가) D에 대한 금융감독원 검사와 관련한 내용을 시기순으로 정리하면 다음과 같다.

나) 금융감독원의 1차 및 2차 검사와 관련하여 요구자료를 검토한 결과, 자본시장법 제44조에 따른 이해상충의 관리 위반 및 같은 법 제45조에 따른 정보교류의 차단 위반, 같은 법 제54조에 따른 직무 관련 미공개정보 이용금지 위반혐의를 검사하는 것으로 파악되었다.

실제 검사 과정에서도 JJ 개발사업을 포함하여 D가 운용하고 있는 부동산 개발 및 운용 프로젝트와 E 대표 등 D의 주요 의사결정자 간의 이해상충 관리사항 위주로 진행되었다.

이때는 D뿐만 아니라 ㅇㅇㅇ, ㅇㅇㅇㅇㅇ 등 부동산 대체자산을 주로 취급하는 운용사 위주로 강도 높은 검사를 실시하였거나 실시하고 있던 상황이었고, 일부 운용사 임직원에 대해서는 형사처벌이 진행되는 등 대대적인 조사가 진행되던 시기였다.

다) 장기간의 강도 높은 검사 수검 과정에서 특히 D는 신규 투자기구 설립에 크게 지장을 받게 되었으며, 언론 보도 등으로 인해 기존 투자자들의 민원 등을 감수하는 과정에서 영업활동이 위축되었다.

2) 금융감독원에 주식매각/이익포기 확약서 제출 및 투자 포기 경위

가) 청구법인은 이 건의 쟁점인 쟁점주식(B주식)에 대해서도 금융감독원과의 논의에 따라 제출한 지분매각/이익포기 확약서에 따라 B의 기존 최대주주이자 대표이사인 C에 쟁점주식을 액면가액(5,000원)에 전량 매각함으로써 E 대표를 중심으로 한 이해관계를 모두 단절하였고, 이를 통하여 금융감독원에 이해상충 위반 혐의의 자발적인 해소 의지를 적극적으로 표명하여, 향후 조사결과의 선처를 기대하고자 하였다.

나) 금융감독원의 제재와 형사처벌은 실존하는 위험이었고 쟁점거래를 통하여 그 위험을 회피하고자 하였다.

다) D가 사실상 영업활동을 계속할 수 없는 경우, 청구법인은 i) D의 최대주주 측면, ii) D와의 아주 밀접한 사업상 관계 측면에서 모두 막대한 경제적 손해가 예상되는 상황이었다.

청구법인은 D의 최대주주 그룹으로서 해당 지분을 2022년부터 약 13% 이상 보유하고 있으며, 2021년~ 2023년 3개년 간 청구법인이 D로부터 수취한 배당금은 약 24억원 수준으로, 청구법인의 주된 사업과 관련된 매출이 동일 3개년 간 약 2억원 수준인 것에 비추어 볼 때 청구법인의 전체 수익에서 D의 배당수익이 전체 수익에서 90% 이상의 중대한 비중을 차지하고 있었다.

3) 쟁점주식을 C에게 액면가로 매각한 이유

가) 금융감독원 검사가 매우 긴박하게 진행된 사유로 금융감독원과 협의가 이뤄진 주식매각/이익포기 확약서에 따라 쟁점거래를 최대한 단시간 내에 진행했어야 하는 상황이었다. 이러한 상황에서 신규 매수자를 물색하고, 신규 매수자와 협상의 과정을 거쳐 주식양수도 계약까지 이르는 것은 실무상 불가능한 상황이었을 뿐 아니라 주식처분을 통하여 이익을 발생시키는 경우 금융감독원과의 협의에 기반하는 주식매각/이익포기 확약서 내용에도 부합하지 않는 상황이었다.

나) ‘금융회사’인 D는 금산법 제24조에 따라 ‘비금융회사’의 지분을 일정비율 이상 취득하는 것에 대하여 제한을 받는다. 즉, 금융회사인 D는 비금융회사인 회사의 지분을 발행주식 총수의 20% 미만으로만 소유할 수 있으며, 그 이상을 소유하고자 하는 경우 금산법에 따라 금융위원회의 출자승인 절차를 거쳐야 한다.

그러나 금산법상 출자승인 절차가 까다롭고 실제 자산운용사가 비금융회사의 주식을 취득하는 것에 대하여 출자승인을 받는 사례가 사실상 없다. 따라서 청구법인은 확약서에 따라 쟁점주식을 즉각 매각해야 했으나, D에 쟁점주식을 양도할 수 없었다.

다) 또한, 쟁점주식(B지분 45%)을 기존 주주가 아닌 제3자에게 매각할 경우 기존 최대주주인 C(지분 50% 보유)의 반발이 예상되는 상황이어서 C에게 청구법인의 지분을 양도하기로 결정하였다. 이러한 종합적 상황을 고려하여 청구법인의 2대주주인 H 역시 쟁점거래를 승인한 바, 이는 제반사정에 비추어 가장 합리적인 의사결정이었다.

라) 쟁점거래는 금융감독원의 자본시장법 위반 의혹 해소가 목적이고, 청구법인이 2023.2.17. 금융감독원에 주식매각/이익포기 확약서를 금융감독원에 제출한 뒤 그 확약서에 따라 쟁점주식을 보유함에 따라 어떠한 이익을 편취하지 않았다는 것을 입증하기 위해서 쟁점거래(2023.4.12.)로 인한 처분이익이 발생하지 않는 거래가액인 1주당 액면가액인 5,000원으로 처분한 것이다.

4) 주식매각/이익포기 확약서에 따라 쟁점주식 양도매각 이외 이해상충되는 다른 자산도 매각하였다.

청구법인은 금융감독원에 제출한 확약 취지에 따라 다음 <표6> 과 같이 D와 관련된 자산을 추가로 처분이익 없이 매각하였고, KK호 역시 B 주식과 마찬가지로 거래일 당시 처분이익 없이 D에 양도하였다.

<표6> 이해상충 이슈 해결을 위한 자산매각 내역

5) 조사청은 쟁점주식 매매계약을 보면 매수인이 매도인의 법인세 등을 부담한다고 규정되어 있어서 청구법인이 쟁점거래에 대해 저가양도라는 사실을 인지하고 있었다고 주장한다.

그러나 일반적인 매매거래에서 당사자간 조세부담에 대하여는 합의로 규정할 수 있고, 더욱이 B가 시행하는 LL PFV(주)의 대출 1,593억원이 만기 상환되지 않은 상태라 C가 해당 대출에 관한 연대보증계약에 따라 연대보증을 이행하여 대출을 변제해야 하는 상황이고, 나아가 C는 쟁점거래로 인하여 C에게 부과된 증여세 16,081,993,519원을 납부하지 못한 상황이므로 쟁점주식 매매계약에서 매수인이 매도인의 법인세 등을 부담한다는 규정은 청구법인 입장에서 아무런 의미가 없는 규정이다.

6) 조사청은 쟁점거래가 D와 대표 E를 위한 거래에 불과하고, 양도 형식으로 C에게 명의신탁한 것이 아닌지 상당한 의문이 들 정도로 비정상적인 거래로 보인다고 주장한다.

그러나 쟁점거래는 청구법인 존립을 위한 불가피한 조치였다. 청구법인은 D의 최대주주 그룹이고, D와의 밀접한 사업상 관계가 존재한다는 점에서 금융감독원의 강도 높은 검사로 인해 D가 제재를 받을 경우 청구법인의 존속이 어려웠다.

또한 만약 청구법인이 제출한 해당 확약서가 단순한 형식에 불과하거나, 청구법인이 해당 확약서에도 불구하고 명의신탁 거래를 한 것이라면 금융감독원에 대한 기망행위에 해당하여 가중처벌 대상이 되었을 것이며, 명의신탁이라고 한다면 증여세를 과세하면 될 사항이다. 결국 청구법인은 금융감독원의 강도 높은 검사와 제재 리스크를 해소하기 위해 이익을 포기하는 확약서에 따른 쟁점 거래를 진행할 수밖에 없었으며, 이는 청구법인 스스로의 생존을 위한 불가피한 조치였다. 따라서 이를 두고 D와 대표 E를 위한 거래였다거나 명의신탁이라고 단정하는 것은 합리적 추론이 될 수 없다.

다. 결 론

청구법인뿐만 아니라 이해관계자 모두에게 있어 쟁점주식을 액면가액으로 양도한 쟁점거래에는 정당한 사유가 있다는 사실을 요약하면 다음과 같다.

3. 조사청(통지관서) 의견

가. 청구법인은 쟁점주식을 저가양도한 것에는 정당한 사유가 있다고 주장하나, 이를 인정하기는 어렵다.

1) 청구법인은 쟁점거래에 대해 저가양도라는 사실을 인지하고 있었다.

매도자 청구법인과 매수인 C 간 체결된 쟁점주식 매매계약서 제7조(비용의 부담 및 조세부담의 특칙)를 보면, 계약거래와 관련하여 발생하는 각종 조세는 매수인이 부담하기로 되어 있으며, 각종 조세의 범위에 매도인의 법인세를 포함하고, 계약거래와 관련하여 여하한 조세 이슈가 발생할 경우 매도인이 추가하여 부담하게 되는 조세를 포함한다고 되어 있다.

2) 청구법인이 아닌 D에 대한 행정제재, 사주 E에 대한 형사처벌 등 최악의 상황을 가정하여, 선제적으로 청구법인이 보유하고 있던 비상장 쟁점주식을 시가보다 저가인 액면가액에 매각하는 것을 두고 정당한 사유라고 보기는 곤란하다.

나. 쟁점거래는 청구법인을 위한 거래가 아니라 D와 대표 E를 위한 거래에 불과하다.

1) 청구법인은 D에 대한 자본시장법에 따른 중대한 처벌과 이에 따른 청구법인의 막대한 손실이 예상되어, 이를 최소화하고자 쟁점거래를 하였다고 주장한다.

그러나 쟁점거래는 청구법인이 아닌 D 및 대표 E를 위한 것에 지나지 않는다.

2) 2000년 00월 국세청 과세사실판단 자문에서도 시가와 쟁점거래에 따른 차액을 다음과 같은 이유로 비지정기부금으로 봄이 타당하다고 자문(2000-국세청-0000)하였다.

첫째, 2023.4.12. 현재 「상속세 및 증여세법」상 보충적 평가액이 주당 1,823,759원인 쟁점주식을 제3자에 대한 매각시도 또는 C와 가격협상 등의 노력 없이 액면가로 양도한 것은 합리적인 경제인의 관점에서 정상거래로 보기 어렵다.

둘째, C가 쟁점주식 취득 직전 B의 대표자이자 주주(50%)인데, C가 가진 신재생에너지기업에 대한 전문성으로 B를 설립하였으나, 이후 부동산개발업으로 사업을 전환하면서 청구법인이 B의 주주(45%)로 참여하였고, 청구법인이 금융감독원의 검사 과정에서 부동산개발사업과 관련된 여러 의혹이 제기되는 상황에서 액면가로 양도한 점에 비추어 청구법인과 D에 지배력을 행사하고 있는 E 측이 제기된 의혹을 무마하면서 수익을 놓치지 않기 위하여 양도 형식으로 C에게 명의신탁한 것이 아닌지 상당한 의문이 들 정도로 비정상적인 거래로 보인다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식을 제3자에게 저가로 양도한 정당한 사유가 있음에도 정상가액과의 차액을 비지정기부금으로 보아 손금불산입하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

1) 법인세법 제24조 【기부금의 손금불산입】(2022.12.31. 법률 제19193호로 일부 개정된 것, 이하 같다)

① 이 조에서 " 기부금" 이란 내국법인이 사업과 직접적인 관계없이 무상으로 지출하는 금액(대통령령으로 정하는 거래를 통하여 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액을 포함한다)을 말한다.

② 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 및 제5항에 따라 이월된 기부금 중 제1호에 따른 특례기부금은 제2호에 따라 산출한 손금산입한도액 내에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하되, 손금산입한도액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.

1. 특례기부금: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기부금

가. 국가나 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액. 다만, 「기부금품의 모집 및 사용에 관한 법률」의 적용을 받는 기부금품은 같은 법 제5조 제2항에 따라 접수하는 것만 해당한다.(중략)

③ 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 및 제5항에 따라 이월된 기부금 중 제1호에 따른 일반기부금은 제2호에 따라 산출한 손금산입한도액 내에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하되, 손금산입한도액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.

1. 일반기부금: 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기부금(제2항 제1호에 따른 기부금은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)(중략)

④ 제2항 제1호 및 제3항 제1호 외의 기부금은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1-1) 법인세법 시행령 제35조 【기부금의 범위】(2023.2.28. 대통령령 제33265호로 일부 개정된 것)

법 제24조 제1항에서 " 대통령령으로 정하는 거래" 란 특수관계인 외의 자에게 정당한 사유 없이 자산을 정상가액보다 낮은 가액으로 양도하거나 특수관계인 외의 자로부터 정상가액보다 높은 가액으로 매입하는 것을 말한다. 이 경우 정상가액은 시가에 시가의 100분의 30을 더하거나 뺀 범위의 가액으로 한다.

2) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 " 부당행위계산" 이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 " 시가" 라 한다)을 기준으로 한다.

3) 상속세 및 증여세법 제60조 【평가의 원칙 등】(2022.12.31. 법률 제19195호로 일부 개정된 것, 이하 같다)

① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 " 평가기준일" 이라 한다) 현재의 시가(時價)에 따른다.(후단, 각호 생략)

② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다.

4) 상속세 및 증여세법 제63조【유가증권 등의 평가】

① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식등의 평가

가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식등(중략)

나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

4-1) 상속세 및 증여세법 시행령 제54조【비상장주식등의 평가】(2022.12.31. 대통령령 제33278호로 일부 개정된 것)

① 법 제63조 제1항 제1호 나목에 따른 주식등(이하 이 조에서 " 비상장주식등" 이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 " 순손익가치" 라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인(「소득세법」 제94조 제1항 제4호 다목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다]로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액 보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다.

저가의 양도가액과 정상가액 차이를 비지정기부금으로 봄이 타당함

② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.

1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 " 순자산가치" 라 한다)

5) 상속세 및 증여세법 제66조【저당권 등이 설정된 재산 평가의 특례】

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산은 제60조에도 불구하고 그 재산이 담보하는 채권액 등을 기준으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액과 제60조에 따라 평가한 가액 중 큰 금액을 그 재산의 가액으로 한다.

1. 저당권, 「동산ㆍ채권 등의 담보에 관한 법률」에 따른 담보권 또는 질권이 설정된 재산

5-1) 상속세 및 증여세법 시행령 제63조【저당권등이 설정된 재산의 평가】(2025.2.28. 대통령령 제35351호로 개정된 것)

① 법 제66조에서 " 대통령령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액" 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 말한다.

6. 법 제66조 제4호에 따른 신탁계약을 체결한 재산의 가액은 신탁계약 또는 수익증권이 우선수익자인 채권자에 대해 담보하는 채권액

5-2) 상속세 및 증여세법 시행령 부칙 <제35351호, 2025.2.28>

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

제6조(담보신탁계약을 체결한 재산의 평가에 관한 적용례) 제63조 제1항 제6호의 개정규정은 이 영 시행 이후 결정 또는 경정하는 경우부터 적용한다.

6) 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제103조【신탁재산의 제한 등】(2021.6.8. 법률 제18228호로 개정된 것, 이하 같다)

① 신탁업자는 다음 각 호의 재산 외의 재산을 수탁할 수 없다.

5. 부동산

6. 지상권, 전세권, 부동산임차권, 부동산소유권 이전등기청구권, 그 밖의 부동산 관련 권리

6-1) 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제44조 【이해상충의 관리】

① 금융투자업자는 금융투자업의 영위와 관련하여 금융투자업자와 투자자 간, 특정 투자자와 다른 투자자 간의 이해상충을 방지하기 위하여 이해상충이 발생할 가능성을 파악ㆍ평가하고, 「금융회사의 지배구조에 관한 법률」제24조에 따른 내부통제기준(이하 " 내부통제기준" 이라 한다)이 정하는 방법 및 절차에 따라 이를 적절히 관리하여야 한다.

② 금융투자업자는 제1항에 따라 이해상충이 발생할 가능성을 파악ㆍ평가한 결과 이해상충이 발생할 가능성이 있다고 인정되는 경우에는 그 사실을 미리 해당 투자자에게 알려야 하며, 그 이해상충이 발생할 가능성을 내부통제기준이 정하는 방법 및 절차에 따라 투자자 보호에 문제가 없는 수준으로 낮춘 후 매매, 그 밖의 거래를 하여야 한다.

③ 금융투자업자는 제2항에 따라 그 이해상충이 발생할 가능성을 낮추는 것이 곤란하다고 판단되는 경우에는 매매, 그 밖의 거래를 하여서는 아니 된다.

6-2) 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제45조【정보교류의 차단】

① 금융투자업자는 금융투자업, 제40조 제1항 각 호의 업무, 제41조 제1항에 따른 부수업무 및 제77조의3에서 종합금융투자사업자에 허용된 업무(이하 이 조에서 " 금융투자업등" 이라 한다)를 영위하는 경우 내부통제기준이 정하는 방법 및 절차에 따라 제174조 제1항 각 호 외의 부분에 따른 미공개중요정보 등 대통령령으로 정하는 정보의 교류를 적절히 차단하여야 한다.

② 금융투자업자는 금융투자업등을 영위하는 경우 계열회사를 포함한 제삼자에게 정보를 제공할 때에는 내부통제기준이 정하는 방법 및 절차에 따라 제174조 제1항 각 호 외의 부분에 따른 미공개중요정보 등 대통령령으로 정하는 정보의 교류를 적절히 차단하여야 한다.

6-3) 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제64조 【손해배상책임】

① 금융투자업자는 법령ㆍ약관ㆍ집합투자규약ㆍ투자설명서(제123조제1항에 따른 투자설명서를 말한다)에 위반하는 행위를 하거나 그 업무를 소홀히 하여 투자자에게 손해를 발생시킨 경우에는 그 손해를 배상할 책임이 있다. 다만, 배상의 책임을 질 금융투자업자가 제37조제2항, 제44조, 제45조, 제71조 또는 제85조를 위반한 경우(투자매매업 또는 투자중개업과 집합투자업을 함께 영위함에 따라 발생하는 이해상충과 관련된 경우에 한한다)로서 그 금융투자업자가 상당한 주의를 하였음을 증명하거나 투자자가 금융투자상품의 매매, 그 밖의 거래를 할 때에 그 사실을 안 경우에는 배상의 책임을 지지 아니한다.

② 금융투자업자가 제1항에 따른 손해배상책임을 지는 경우로서 관련되는 임원에게도 귀책사유(歸責事由)가 있는 경우에는 그 금융투자업자와 관련되는 임원이 연대하여 그 손해를 배상할 책임이 있다.

6-4) 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제444조 【벌칙】

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 5년 이하의 징역 또는 2억원 이하의 벌금에 처한다.

6의2. 제54조제2항(제42조제10항, 제52조제6항, 제199조제5항, 제255조, 제260조, 제265조, 제289조, 제304조, 제323조의17, 제328조 또는 제367조에서 준용하는 경우를 포함한다)을 위반하여 제45조 제1항 또는 제2항에 따라 정보교류 차단의 대상이 되는 정보를 정당한 사유 없이 본인이 이용하거나 제삼자에게 이용하게 한 자와 정보교류 차단의 대상이 되는 정보를 제공받아 이용한 자

다. 사실관계

1) 기초 사실관계

가) D의 前 대표 E 일가의 관련기업 지배구조를 그림으로 보면 다음과 같다.

나) 청구법인이 2020.12.18. B가 발행한 주식 27,000주(쟁점주식, 지분율 45%)를 (주)MM(E의 배우자 F이 42% 보유)로부터 액면가로 취득하였다가, 2023.4.12. C에게 액면가로 양도한 흐름은 다음과 같다.

2) 청구법인과 B의 개요

가) 청구법인의 기본사항, 법인세 신고내용과 주주내역은 다음과 같다.

(1) 청구법인은 2019.11.8. 설립되어, 경영자문 및 컨설팅업, 부동산 관련 서비스업 등을 영위하고 있으며, 자본금은 1,024백만원이다.

(2) 청구법인의 법인세 신고현황과 재무상태는 다음과 같다.

(3) 청구법인은 E와 그 일가가 90.48%를 소유하고 있고, H가 9.52%를 소유하고 있다.

나) B의 기본사항, 법인세 신고내용과 주주내역은 다음과 같다.

(1) B는 2017.11.10. 설립되었고, 대표자는 C이며, 부동산 개발사업을 하는 ‘JJ PFV’ 외 4개 업체(사업시행자)와 부동산 개발업무를 위탁받아 관리하는 법인이다.

(2) B의 법인세 신고현황과 재무상태(자본금 3억원)는 다음과 같다.

(3) B의 2018～2023사업연도 손익계산서의 주요 내용은 다음과 같다.

(4) B의 2018～2023사업연도 재무상태표의 주요 내용은 다음과 같다.

(5) B의 주주현황은 다음과 같으며, 청구법인 및 다른 주주가 2023.4.12. 주식을 동반 매도하여 C가 지분 100% 소유하고 있다.

3) 금융감독원의 D에 대한 검사

가) 금융감독원이 작성한 검사통지서 등을 근거로, 금융감독원이 D에 대하여 검사를 실시한 내용을 정리하면 다음과 같다.

나) 청구법인이 금융감독원 검사에 대응하여, 이해상충되는 주식매각 및 이익을 포기한다는 취지로 다음과 같은 ‘확약서’를 2023.2.17. 금융감독원에 임의제출하였다.

다) 금융감독원은 2023.5.12.부터 D에 대한 검사에 앞서 다음과 같은 내용이 포함된 사전검사자료를 제출요청한 것으로 나타난다.

라) ㅇㅇ일보는 2000.00.00. 기사에서 D가 前 대표 E 가족이 운영하고 있는 투자사에 일감을 몰아주기한다는 의혹, 쟁점거래 사실, 금융감독원의 D에 대한 검사 등을 보도한 것으로 나타난다.

마) 조사청이 2000년 00월 ‘쟁점주식을 저가양도한 것이 비지정기부금에 해당하는지’에 대하여 국세청에 과세사실판단자문을 신청하였고, 이때 과세사실판단자문 심리담당자가 D을 검사한 금융감독원 담당자(ㅇㅇㅇ 검사역)로부터 아래와 같은 취지의 답변을 얻은 것으로 나타난다.

4) 쟁점주식 매수자 C에 대한 과세적부심 결과 등

가) C가 2023.4.12. 청구법인, E 및 F으로부터 B주식을 저가양수하면서 발생한 이익에 대하여 조사청이 2024.12.31. 증여세를 과세예고하자, C가 과세전적부심사를 청구하였다.

이에 국세청장은 2000.00.00. ‘B가 발행한 주식의 시가를 보충적 평가방법에 따라 평가함에 있어, B가 지분을 보유하고 (주)ㅇㅇㅇ회사 등 8개 법인이 보유 중인 부동산에 대해 담보하는 채권액(실대출액)이 얼마인지를 재조사하고 그 결과에 B의 주식시가를 다시 계산하여 C의 증여재산가액을 산정하라’는 취지로 재조사결정한 것으로 나타난다.

나) 이에 조사청은 재조사하여 2023.4.12. 현재 B의 주식의 시가를 당초 1주당 1,687,177원에서 1,020,808원으로 감액하여, C에게 재조사결과를 통지한 것으로 나타난다.

다) 조사청은 이 사건에서도 i) 쟁점주식의 1주당 시가를 당초 1,687,177원에서 1,020,808원으로 감액하였고, ii) 양도가액인 액면가액(5,000원)과의 차액 19,158,271,200원을 비지정기부금으로 보아 2025.9.4. 청구법인에게 2023사업연도 법인세 과세예고세액을 4,157,910,349원으로 하여 다시 세무조사결과를 통지하였다.

라. 판단

1) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

가) 관련 법리

(1) 「법인세법」제24조 제1항은 내국법인이 사업과 직접적인 관계없이 무상으로 지출하는 금액(대통령령으로 정하는 거래를 통하여 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액을 포함한다)을 기부금이라고 규정하면서, 같은 조 제2항 제1호의 ‘특례기부금’과 제3항 제1호의 ‘일반기부금’ 이외의 기부금은 손금에 산입하지 않는다고 규정하고 있다(제4항).

「법인세법」제24조 제1항의 위임에 따른 「법인세법 시행령」제35조는 특수관계인 외의 자에게 정당한 사유 없이 자산을 정상가액(시가에 시가의 100분의 30을 더하거나 뺀 범위의 가액)보다 낮은 가액으로 양도하거나 특수관계인 외의 자로부터 정상가액보다 높은 가액으로 매입하는 경우 그 차액을 비지정기부금 가액으로 보고 있다.

(2) 한편, 「법인세법 시행령」제35조에서 말하는 ‘정당한 사유’란 거래당사자들이 그 거래가격을 객관적 교환가치가 적절하게 반영된 정상적인 가격으로 믿을 만한 합리적인 사유가 있었던 경우는 물론, 그와 같은 사유는 없더라도 그 거래가격으로 재산을 양도하는 것이 합리적인 경제인의 관점에서 비정상적이었다고 볼 수 없는 객관적인 사유가 있었던 경우를 말한다 하겠다(대법원 2013.8.23. 선고 2013두5081 판결, 대전고등법원 2023.1.12. 선고 2022누10649 판결 등 참조).

나) 쟁점거래에 있어 청구법인에 정당한 사유가 있었는지에 대한 판단

청구법인은 2023.4.12. C에게 쟁점주식을 액면가로 양도한 쟁점거래에는 정당한 사유가 있음에도 양도가액과 정상가액과의 차액을 비지정기부금으로 보아 손금불산입하는 것은 부당하다고 주장한다.

그러나 다음과 같은 사정으로 볼 때 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

첫째, 우선 거래가액을 살펴보면, 청구법인은 쟁점거래 당시 쟁점주식을 액면가액(1주당 5,000원)에 양도하였는바, 쟁점주식을 보충적평가방법으로 평가하면 1주당 1,020,808원(204배)인 점에 비추어 시가보다 저가로 양도한 사실이 분명해 보인다.

둘째, 청구법인은 2023.2.17. 금융감독원에 제출한 이해상충 문제를 해결을 위한 확약서 때문에 부득이 쟁점거래를 하였다고 주장하나, 확약서는 피검사업체(D)가 아닌 청구법인이 임의제출한 문서에 지나지 않는다.

셋째, D을 검사한 금융감독원 실무자가 ‘D의 주주 구성이 검사의 주요 쟁점(동 이슈는 지배구조 정리로 기해소되었음)였고, 청구법인이 보유한 B 주식은 주요 이슈도 행정지도의 대상도 아니었으며, 이러한 사실은 금융감독원 의견서를 통해 청구법인이나 E 측도 충분히 알 수 있었을 것’이라고 답변하고 있어 쟁점주식 매각으로 금융감독원의 검사 문제가 해결된 것이 아닌 것으로 보인다.

넷째, 청구법인이 확약서를 제출한 시점(2023.2.17.)과 쟁점거래 시점(2023.4.13.) 간에는 약 2개월에 여유가 있었음에도 쟁점거래에 앞서 제3자에게 매각하려는 시도나 C와의 처분가액 협상을 하는 등 더 나은 방법을 찾으려 한 사실이 없었다.

2) 따라서 조사청이 쟁점거래는 정당한 사유 없이 저가로 양도한 것으로 보아 양도가액과 정상가액과의 차액을 비지정기부금으로 보아 법인세 과세를 예고한 이 건 통지는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

이 건 과세전적부심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 「국세기본법」제81조의15 제5항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.