심사청구를 기각한다.

1. 원 처분의 요지

가. 청구인은 건축공사업 등을 영위하는 사업자로서 ▼시 내 공장 신축공사와 ⊙시 내 ⊙동 다세대주택 신축공사를 진행하면서 가나주식회사(이하  "쟁점거래처”라 한다)로부터 건설용역 및 자재를 공급받고 2021년 2기 과세기간 동안 공급가액 합계 240,925,156원, 2022년 2기 과세기간 동안 공급가액 합계 65,000,000원의 세금계산서(이하  "쟁점세금계산서”라 한다)를 발급받아 2021년 2기 및 2022년 2기 부가가치세 신고 시 관련 매입세액을 각 공제하고, 2021~2022 사업연도귀속 법인세 신고 시 위 공급가액을 각 손금에 산입하였다.

나. 처분청은 ⊙세무서장(이하  "조사청”이라 한다)으로부터 쟁점세금계산서가실물거래가 없는 사실과 다른 세금계산서(이하  "가공세금계산서”라 한다)라고 통보받고 청구인에게 소명을 요구하였으나 실지 거래가 확인되지 않아 청구인이부가가치세 신고 시 공제받은 매입세액 및 법인세 관련 손금산입을 부인하고2024. 8. 1. 청구인에 대하여 2021년 2기분 부가가치세 45,815,520원(가산세 포함),2022년 2기분 부가가치세 11,837,930원(가산세 포함) 및 2022 사업연도 귀속 법인세 19,459,910원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지(이하  "이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지1)

*1) 처분청이 이 사건 부과처분을 한 이후 2024. 11. 1. 추가로 경정ㆍ고지한 2021 사업연도 귀속 법인세 77,476,710원은 이 사건 심사청구 대상에 포함되지 않음

이 사건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하여 달라는 것이다.

나. 청구 이유

다음과 같은 이유로 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 부가가치세신고 시 공제받은 매입세액 및 법인세 관련 손금산입을 부인한 이 사건 부과처분은 부당하다.

1) 청구인은 쟁점거래처와 적법하게 하도급계약과 자재 공급계약을 체결하여 건설용역 및 자재를 공급받아 공사를 완료하였고, 청구인이 제출한 계약서,거래명세서, 세금계산서, 거래처 원장, 계좌이체 내역 등에 의하면 실지거래임이입증된다.

2) 처분청은 청구인이 제출한 자료만으로는 실지거래임을 확인하기 어려우니 공사 사진이나 자재운송 영수증 등을 추가로 요청하였으나, 공사가 완료된지 3년이 넘어 현장의 사진은 보관되어 있지 않고, 자재운송 영수증 등 소소한자료들은 대부분의 건설사들은 보관하지 않고 쟁점거래처 같은 업체 측에서 증빙자료로 사용되는데 쟁점거래처와 연락이 안 되어 관련 자료를 제출하지 못하였다.

3) 처분청은 청구인이 쟁점거래처 명의 계좌에 입금한 금액이 청구인의 직원인 C와 쟁점거래처의 실행위자의 자녀인 D에게 바로 출금되었으므로 일반적인 사업형태로 보기 어렵다고 주장하나, 쟁점거래처로부터 C에게 출금될 당시C는 청구인의 직원이 아니었고, 청구인은 쟁점거래처가 사용하는 자금의 용도를알지 못하고 알 수도 없으며, 출금된 자금이 청구인의 법인통장으로 다시 입금된 사실도 없다.

3. 처분청의 의견

⊙세무서의 부가가치세 조사종결보고서에 따르면 쟁점거래처의 대표자 E는건설업 종사 이력이 없는 명의대여자이고 실행위자는 F인데 청구인이 쟁점거래처의 계좌로 입금한 대금이 수 분 내에 쟁점거래처의 실행위자 F의 아들인 D또는 청구인의 직원인 C에게 출금되는 것으로 확인되는바, 이는 정상적인 사업형태의 거래가 아닌 도관 거래의 성격으로 보이는 점, 또한 쟁점거래처는 건축자재 등 공급이 불가능하고 공사용역을 제공할 만한 인적ㆍ물적 구성을 갖추지못하고 실제 매입거래가 없는 자료상 업체인 것으로 확인되는데 청구인은 쟁점거래처가 실제 자재를 공급하거나 직접 공사하였는지를 소명하지 못하고 있는점 등을 볼 때 쟁점세금계산서는 부가가치세 매입세액공제 및 법인세 손금산입대상으로 보기 어렵다.

4. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 사건의 다툼은 과세관청에서 자료상으로 확정한 쟁점거래처로부터 발급받은 쟁점세금계산서가 가공세금계산서에 해당하는지 여부이다.

나. 인정사실

이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.

1) 청구인은 2016. 9. 30. 건축공사업 등을 목적으로 하여 설립된 회사로서쟁점세금계산서를 수취할 당시 2021. 3. 31. 취임한 A 등 2인을 대표이사로, 같은 날 취임한 F 등 7인을 사내이사로 두고 있다.

2) 조사청은 2023. 4. 10.부터 9. 7.까지 쟁점거래처에 대한 부가가치세 조사를 실시(2023. 5. 1.~7. 31. 중지)한 결과 쟁점거래처가 주요 매입ㆍ매출처와 ‘건설자재외’를 품목으로 서로 간에 세금계산서를 교차 발급하고, 금융계좌에 대금을입금받는 즉시 타 업체로 출금하는 형태를 반복하여 도관 역할만 하고 있는 것을 확인하고 매입처 및 청구인 등 매출처와의 거래를 가공거래로 판단하여 쟁점거래처의 실행위자이자 청구인의 이사인 F을 2023. 11. 1. 「조세범 처벌법」위반으로 고발2)하였으며, 청구인이 수취한 쟁점세금계산서 등을 가공세금계산서로보아 처분청에 과세자료로 통보하였다. 조사청의 조사종결보고서의 주요 내용은[표 1]과 같다.

*2) 경기도 북부경철청은 수사 결과 2024. 8. 19. F과 쟁점거래처를 조세범처벌법 위반 및 특정범죄가중처벌에 관한법률 위반으로 의정부지방검찰청 ⊙지청에 송치 결정함

[표 1] 조사청 조사종결보고서 주요 내용

● 쟁점거래처는 2021. 3. 25. 사업자등록을 하였다가 조사기간 중인 2023. 5. 18. 폐업한 회사로서 대표자 E는 건설업 종사 이력이 없는 명의대여자였고, 실행위자 F은 조사청의 조사착수일인 2023. 4. 10.을 기준으로 자료상 실행위자로 5회 고발되었으며 2011년까지 교도소에서 복역한 이력이 있음

● 쟁점거래처의 지급명세서상 직원은 E 1명이며, 사업장은 쟁점거래처의 계좌에서 임대료가 출금되지 않고호수별 우편함만 있는 비상주 소호사무실로서 별도의 공사 인력이나 재화를 보관할 만한 창고 및 재화를 운반하는 비용 등을 실제로 지출한 사실을 확인할 수 없으며, 법인계좌에 대금 입금 즉시 전액 출금되어 상시 잔액이 1만 원 미만, 2021년 매출 35억 원 중 미수금이 23억 원, 대표자 단기대여금이 12억 원이고, 매출원가 25억 원이 전부 외상매입금인 점 등 건설업을 영위할 만한 인적ㆍ물적 실체가 없다고 판단됨

● 쟁점거래처는 건설공사를 주업종으로 등록하였으나 ‘건설자재외’를 주요 품목으로 하여 세금계산서를 작성하여 수수하였고, 실행위자 F의 배우자 G가 대표인 가다과 가라, 쟁점거래처와 대표가 동일한 가마 등 4개 업체와 매입ㆍ매출세금계산서를 교차로 발행하였으며, 동일한 IP와 동일한 PC를 사용하거나 금용거래내역이 확인되지 않고 거래사실확인서 회신이 없는 등 실지 거래가 있음을 확인할 만한 증빙 일체 확인이 불가하여 가공거래로 판단하였고, 청구인 등 13개 업체는 쟁점거래처의 금융계좌가 대금 입금 즉시 타업체로 출금되는형태가 반복되어 도관으로서의 역할만 하고 있어 가공ㆍ위장혐의 거래로 판단하였으며, 금융증빙이 없는 17개업체는 가공혐의 거래로 판단하였음

자료: 처분청 제출자료 재구성

3) 쟁점거래처의 2021년 2기 및 2022년 2기 계좌 금융거래 내역에 따르면[표 2]와 같이 청구인으로부터 입금된 거래대금의 대부분이 같은 날 다시 쟁점거래처의 실행위자이자 청구인의 이사인 F의 아들 D, 청구인의 직원으로 근무한 적 있는 C, 조사청의 조사에서 쟁점거래처의 가공거래 상대방으로 확정된 가라으로 출금되었는데, D은 건설공사업과는 무관한 전자상거래 소매업 또는 제과점업에 종사하였던 사업이력이 있고 C는 위 기간에는 해당하지 않는 기간에 건설업[주택신축판매(2007. 2. 15.~2012. 9. 30.), 실내장식(2010. 1. 3.~2016. 6. 21.)]에종사하였던 사업이력이 있다.



4) 청구인은 쟁점거래처와 실제 거래가 있었음을 입증하기 위하여 건축자재공급 계약서 및 거래명세표(계약금액 56,100,000원), 철골 및 판넬공사 계약서(공사 금액 62,700,002원), 자금집행요청서, 공사비 내역서, 세금계산서, 거래처 원장,사업용계좌 금융거래 내역 등을 제출하였다.

5) 청구인이 제출한 증빙 중 청구인 공사비 내역서의 결재요청자는 청구인의 이사이자 쟁점거래처의 실행위자인 F으로 되어 있다.

다. 관계 법령

이 사건과 관계되는 법령은 「부가가치세법」제39조 제1항 제2호 등 [별지]기재와 같다.

라. 판단

「부가가치세법」제39조 제1항 제2호에 따르면 발급받은 세금계산서에 필요적 기재사항3)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 되어 있고, 법인세법 제19조에 따르면 법인의 손금은 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 되어 있다.

납세의무자가 신고한 매입세액 또는 필요경비 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이실지 비용인지의 여부가 다투어지고 납세의무자측이 주장하는 비용의 용도와 그지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 실물거래가 있었고 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자 측에서 이를 입증할 필요가 있다.4)

위 관계 법령 및 인정사실 등에 비추어 과세관청에서 자료상으로 확정한 쟁점거래처로부터 발급받은 쟁점세금계산서가 가공세금계산서에 해당하는지 여부를 살펴보면, ① 조사청이 쟁점거래처를 조사한 결과에 따르면 쟁점거래처는 호수별 우편함만 있는 비상주 소호사무실을 사업장으로 하면서 별도의 공사 인력이나 재화 보관 창고가 없고 재화 운반 비용 등을 지출한 사실이 확인되지 않는등 건설업을 영위할 만한 인적ㆍ물적 실체가 없고, 주요 매입ㆍ매출처와 ‘건설자재외’를 품목으로 서로 간에 세금계산서를 교차발급하며, 금융계좌에 대금을 입금받는 즉시 타 업체로 출금하는 형태를 반복하는 등 도관 역할만 한 것으로 보이는 점, ② 위 조사결과에 따라 조사청은 쟁점세금계산서를 포함하여 쟁점거래처가 발급한 세금계산서를 가공세금계산서로 확정하고 「조세범 처벌법」위반으로고발조치까지 하였는데 청구인만 정상적으로 거래를 하고 세금계산서를 교부받았다고 보기는 어려운 점, ③ 청구인은 쟁점거래처와 실제 거래가 있었음을 입증하기 위하여 계약서, 세금계산서, 계좌이체 내역 등을 제출하였으나 쟁점거래처가 과세관청에 의해 자료상으로 확정된 상황에서 해당 자료만으로 쟁점거래처가 실제로 청구인의 공사에 직접 건설용역 및 자재를 공급하였다고 인정하기 어려운 점, ④ 청구인은 쟁점거래처와 연락이 안 되어 공사 사진이나 자재운송 영수증 등을 제출하지 못하였다고 주장하나, 쟁점거래처의 실행위자가 청구인의사내이사라는 점에서 이를 믿기 어려운 점 등을 종합적으로 고려할 때 쟁점세금계산서는 청구인이 쟁점거래처로부터 실제 거래 없이 발급받은 가공의 세금계산서라고 봄이 상당하다고 할 것이므로 이 사건 부과처분은 정당하다고 할 것이다.

*3) 「부가가치세법」제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(제1호: 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 제2호: 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호, 제3호: 공급가액과 부가가치세액, 제4호: 작성 연월일)

*4) 대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결, 서울행정법원 2006. 8. 10. 선고 2005구합30013 판결(서울고등법원 2007.7. 10. 선고 2006누22172 판결, 대법원 2007. 10. 26. 자 2007두16592 심리불속행 상고기각 판결로 확정) 참조

5. 결론

그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 「감사원법」제46조제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.

[별지]

※ 관련법령

□ 「부가가치세법」

○ 부가가치세법 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. (생략)

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하  "필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는경우의 매입세액은 제외한다.

(이하 생략)

□ 「법인세법」

○ 법인세법 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하  "손비”(損費)라 한다]의 금액으로한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

(이하 생략)