금천세무서장이 2024.5.31. 청구법인에게 한 2019사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 2002년 7월 설립되어 온라인쇼핑 중개업 등을 영위하고 있다.



나. 주식회사 A(이하  "인수법인”이라 한다)는 2019.2.28. 주식회사 B(이하  "피인수법인”이라 한다)의 주식 200,000주(지분율 100%)를 OOO원에 양수하였다.



다. 인수법인은 2019.7.25. 피인수법인의 주식 중 30,000주를 C 유한회사에게 양도하여, 취득일이 속한 사업연도 종료일(2019.12.31.) 당시 피인수법인의 주식 170,000주(지분율 85%, 이하  "쟁점주식”이라 한다)를 보유하고 있었다.



라. 한편, 청구법인은 2022.12.1. 사업경쟁력 강화 등을 위하여 인수법인을 합병한 다음, 2023.8.31. C 유한회사로부터 피인수법인의 잔여 지분을 모두 취득하고 피인수법인을 합병하였다.



마. 청구법인은 2024.4.2. 쟁점주식의 취득에 대하여 「조세특례제한법」제12조의4에 따른 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제(이하  "쟁점세액공제”라 한다)를 적용할 수 있다고 보아 2019사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 인수법인이 피인수법인의 주식 일부를 동일 사업연도 내에 양도하였으므로 쟁점주식에 대하여 쟁점세액공제를 적용할 수 없다고 보아 2024.5.31. 이를 거부하였다.



바. 청구법인은 이에 불복하여 2024.8.26. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



(1) 「조세특례제한법」제12조의4 제1항 제2호에서 ‘해당 주식’이란 ‘취득일에 취득한 주식’이 아닌 ‘기준지분비율을 초과하여 취득한 주식’을 의미한다.



(가) 위 규정에서는 ‘인수법인이 취득일에 취득한 주식등이 취득일 현재 피인수법인의 발행주식총수의 50%를 초과’(이하  "취득요건”이라 한다)하고, ‘인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것’(이하  "보유요건”이라고 한다)이라고 규정하고 있는데, 이의 앞 절과 뒷 절은 각각의 대등한 요건을 나타내는 대등접속문에 해당한다.



(나) 취득일에 취득한 주식을 기준으로 세액공제 적용 여부를 판단한다면 ‘해당’이라는 문구를 사용할 이유가 없으므로 ‘해당 주식’은 기준지분비율을 초과하여 취득한 주식을 의미하는 것이다. 이는 같은 규정에서 취득 자체를 의미하는 경우 ‘취득’이라는 용어를 명시하여 사용한 데에서도 확인할 수 있다.



(2) 쟁점세액공제의 취지를 고려할 때, 기준지분비율을 초과하여 실질적인 지배력이 인정되는 경우에는 취득ㆍ 보유한 주식에 대하여 세액공제를 적용할 수 있다.



(가) 쟁점세액공제는 기술혁신형 중소기업의 주식 취득을 통한 기술투자를 유인하기 위하여 투자자금의 회수 부담을 완화하고, 재투자에 대한 지원을 확대하고자 도입되었다.



(나) 제도 도입 당시 국회 기획재정위원회에서 벤처기업을 ‘인수’하여 경영권을 확보한 경우에도 세제혜택을 부여하는 방안이 논의되었는데, 입법과정에서 벤처기업에 대한 지배권을 통하여 기술을 간접적으로 취득한 것으로 볼 수 있으려면 발행주식총수의 50%(기준지분비율)를 초과하여 취득하여야 할 것을 쟁점세액공제의 요건으로 규정하게 되었다.



(3) 조세감면의 사후관리는 조세감면 후 사후적으로 요건을 위배하였을 경우를 규제하기 위한 것이므로, 적용 요건과 일관되게 해석할 필요가 있다.



(가) 「조세특례제한법」제12조의4 제2항 제3호에서는 쟁점세액공제를 적용받은 주식을 양도하더라도 기준지분비율을 초과하고 있다면 양도한 지분비율에 한하여 감면세액을 추징하도록 규정하고 있다.



(나) 취득일이 속하는 사업연도에 일부 주식을 양도하는 경우, 기준지분비율을 초과하여 보유하였는지 여부를 불문하고 세액공제를 전혀 적용받지 못한다고 해석하는 경우에는 사후관리 규정과의 형평성 및 일관성 문제가 발생한다.



(다) 2018년 「조세특례제한법」제12조의4 제2항 제3호 개정 당시 국회 기획재정위원회 검토보고서에서도 공제세액 전체를 추징하는 것은 세액공제의 취지와 맞지 않은 측면이 있어 이를 합리적으로 개선하는 것임을 분명히 하였다.



(4) 과세관청 역시 취득한 주식 일부에 대해서만 쟁점세액공제를 적용하는 것이 납세자의 선택에 따라 가능하다고 해석(서면-2014-법령해석법인-21447, 2015.3.31.)하였다. 즉, 쟁점세액공제를 신청함에 있어 공제대상 지분비율은 납세자의 선택에 따라 취득한 지분 중 일부에 한정하여 적용할 수 있는 것으로, 청구법인 역시 쟁점주식에 대해서만 쟁점세액공제를 신청하였다. 이는 청구법인이 당초부터 피인수법인의 주식 85%를 취득 및 보유하여 쟁점세액공제를 신청한 것과 아무런 차이가 없다.



(5) 개정규정에 비추어 보더라도 인수법인은 쟁점세액공제 적용 대상으로 봄이 타당하다.



(가) 취득요건은 2021년 해당 사업연도의 종료일을 기준으로 기준지분비율 초과 여부를 판단하는 것으로 개정되었는데, 이에 따라 취득 당시 기준지분비율을 초과하지 못하였으나 추가로 주식을 취득한 경우에도 쟁점세액공제를 적용받을 수 있게 되었다.



(나) 개정 당시 기획재정위원회 검토보고서에 의하면, 쟁점세액공제는 최초 취득일 현재 기준지분비율을 초과하여 지분을 취득하였는지를 요건으로 하는 것이고, 취득일에 취득한 지분비율을 그대로 유지할 것을 요건으로 하고 있지 않다는 것을 확인할 수 있다.



나. 처분청 의견



「조세특례제한법」제12조의4에서는 취득 당시 지분비율을 유지할 것을 쟁점세액공제의 적용 요건(보유요건)으로 규정하고 있는데, 인수법인은 피인수법인의 주식 100%를 취득하였다가 취득일이 속하는 사업연도 내 이의 일부를 양도하였으므로, 보유요건을 충족하지 아니하였다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



인수법인이 피인수법인의 주식을 취득일이 속한 사업연도 내 일부 양도한 것이 「조세특례제한법」제12조의4 제1항 제2호에 따른 보유요건을 위배하였다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부



나. 관련 법률



(1) 조세특례제한법(2017.12.19. 법률 제15227호로 개정된 것)



제12조의4【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】② 제1항에 따라 법인세를 공제받은 내국법인이 5년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 공제받은 세액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 더한 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

3. 각 사업연도 종료일 현재 인수법인의 피인수법인 지분비율이 취득일 현재의 지분비율보다 낮아지는 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 지분비율이 낮아지는 경우는 제외한다.



(2) 조세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16009호로 개정된 것)



제12조의4【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】① 내국법인(이하 이 조에서 "인수법인"이라 한다)이 2021년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 "피인수법인"이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다.

1. 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것

2. 인수법인이 취득일에 취득한 주식등이 취득일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 피인수법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30으로 하고, 이하 이 조에서 "기준지분비율"이라 한다)을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

② 제1항에 따라 법인세를 공제받은 내국법인이 5년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 공제받은 세액[제3호에 해당하는 경우로서 각 사업연도 종료일 현재 인수법인의 피인수법인 지분비율(이하 이 항에서 "현재지분비율"이라 한다)이 기준지분비율을 초과하는 경우에는 당초지분비율에서 현재지분비율을 차감한 값을 당초지분비율로 나눈 비율과 제1항에 따른 공제세액을 곱한 금액(지분비율 감소로 이미 납부한 공제세액은 제외한다)]에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 더한 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

3. 현재지분비율이 당초지분비율보다 낮아지는 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 지분비율이 낮아지는 경우는 제외한다.



(3) 조세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18634호로 개정된 것)



제12조의4【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】① 내국법인(이하 이 조에서 "인수법인"이라 한다)이 2024년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 "피인수법인"이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다.

2. 인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 피인수법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30으로 하고, 이하 이 조에서 "기준지분비율"이라 한다)을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것



다. 사실관계 및 판단



(1) 인수법인, 청구법인, 피인수법인은 2000년 1월, 2002년 7월, 2005년 10월 각 설립되었고, 피인수법인은 벤처기업이다.



(2) 인수법인은 피인수법인의 주식 취득일이 속한 2019사업연도 종료일 이전 피인수법인의 주식 일부(15%)를 매각한 것으로 나타난다.



＜표＞ 일자별 거래내역

OOO



(3) 쟁점세액공제는 ‘기술혁신형 중소기업의 합병을 촉진하여 벤처 창업자 등의 투자금 회수 및 재투자 지원’ 등을 목적으로 도입된 것으로 보이는바(기획재정부 ‘2013 간추린 개정세법’), 쟁점세액공제의 도입 및 개정과 관련된 국회 논의 내역은 아래와 같다.



(가) 쟁점세액공제 도입 당시 기획재정부 세제실장은 ‘인수의 경우에는 합병과 달리 최소한 50%는 주식등을 취득하여야 피인수법인에 대한 지배권이 생기기 때문에, 해당 기술을 취득한 것으로 볼 수 있다’는 취지로 기획재정위원회 조세소위원회에서 발언하였다.



(나) 2018년 12월 「조세특례제한법」 개정 당시 기획재정위원회 검토보고서에서는 ‘지배력을 갖고 있더라도 지분율이 하락할 때, 공제세액 전체를 추징하는 것은 벤처기업 등에 대한 주식인수를 촉진하려는 현행법의 취지와 맞지 않은 측면이 있다’고 되어 있다.



(다) 2021년 12월 개정 당시 기획재정위원회 검토보고서에서는 ‘최초 취득일 현재 기준지분비율을 초과하여 피인수법인의 지분을 취득하도록 하고 있는 것을 최초 취득일이 속하는 사업연도의 종료일 현재 해당 비율을 초과하여 취득하면 되도록 요건을 완화하였다’고 기재되어 있다.



(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 인수법인이 최초 취득일 현재 취득한 피인수법인의 주식 100% 중 동일한 사업연도에 15%를 양도하여 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유하지 아니하였으므로 쟁점세액공제의 적용 요건(보유요건)을 충족하지 아니하였다는 의견이나,



「조세특례제한법」 제12조의4 제1항에서 인수법인이 2021.12.31.까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 피인수법인의 주식 등을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다고 규정하고 있고, 제1호에서 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(취득일) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것과 제2호에서 인수법인이 취득일에 취득한 주식등이 취득일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(기준지분비율)을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것으로 규정하고 있는바, 이는 취득일 현재 기준지분비율(50%)을 초과한 이후 동일한 사업연도에 추가로 취득하거나 양도한 경우라도 기준지분비율을 초과한 경우에는 ‘지배력 획득’ 측면에서 동일하다 할 것이므로 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유요건인 ‘해당 주식등’은 기준지분비율을 초과한 주식으로 해석하는 것이 합리적이라 할 것이다.



쟁점세액공제는 벤처기업 등 기술혁신형 중소기업의 합병을 촉진하여 벤처 창업자 등의 투자금 회수 및 재투자 등을 지원하는 한편, 지배력 획득을 통한 기술취득의 경우에도 세제상 혜택을 부여하기 위하여 도입된 것으로서, 인수법인은 취득일 현재 피인수법인의 주식 100%를 취득하여 기준지분비율을 초과하고 취득일이 속하는 사업연도 내에 일부 지분(15%)을 양도하였으나 동일 사업연도 종료일 현재 기준지분비율을 초과하여 보유하고 있는 점, 쟁점세액공제의 사후관리를 규정한 「조세특례제한법」제12조의4 제2항 제3호에서 취득일이 속한 사업연도 종료일보다 지분비율이 감소한 경우, 그 감소분에 상응하는 세액만을 추징하는 것으로 2018.12.24. 관련 법령의 취지에 맞게 개정된 점 등에 비추어, 인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 종료일 현재 보유하고 있는 쟁점주식은 「조세특례제한법」 제12조의4 제1항 제2호의 보유요건을 충족한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이다.



따라서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.