성동세무서장이 2024.9.2. 청구인에게 한 2021년 귀속 양도소득세 OOO원 또는 OOO원의 경정청구 거부처분은 청구인이 2018.2.2. 양도한 서울특별시 광진구 OOO의 취득당시 실지거래가액을 재조사하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 처분개요



가.청구인은 2005.7.19. 서울특별시 광진구 OOO(이하  "종전주택”이라 한다)를 매매로 취득하여 거주하다가 2017.3.20. 임의재건축을 하기 위해 건설사업자인 A에게 종전주택을 현물출자하였고, 같은 날 같은 목적의 출자자 등 14인과 더불어 ‘B’이라는 상호로 공동사업인 주택신축판매업을 개업하였다. 이후 2018.2.2. 청구인은 조합원 지분으로 신축된 같은 동 OOO(이하  "C”라 한다) 704호(이하  "쟁점주택”이라 한다)를 취득하였다.



나.청구인은 2021.5.28. 쟁점주택을 OOO원에 양도하고, 2021.7.31. 종전주택의 현물출자액(쟁점주택의 토지 취득가액)에 대해서는 그 실지거래가액을 확인할 수 없다고 보아 종전주택 신탁등기일인 2017.3.20. 현재 공동주택 공시가격인 OOO원을 적용하고, 추가건축비 등을 공사분담금OOO원을 쟁점주택 건물 공사원가로, 중개수수료 등 OOO원을 기타 필요경비로 하여 합계 OOO원을 필요경비로 산정하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고ㆍ 납부하였다.



다.청구인은 2024.7.9. 처분청에 당초 신고한 쟁점주택의 취득가액을 C 304호의 거래가액 OOO원(잔금일이 2018.2.28.인 것)을 유사매매사례가액으로 인정하거나(주위적 청구) OOO원 상당을 환산취득가액으로 인정하여(예비적 청구) 당초 납부한 세액 중 각각 OOO원 또는 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2024.9.2. 쟁점주택에 대하여 유사매매사례가액 및 환산취득가액을 적용할 수 없다는 이유로 이를 거부하였다.



라.청구인은 이에 불복하여 2024.9.27. 이의신청을 거쳐 2025.1.23. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구인 주장 및 처분청 의견



가. 청구인 주장



처분청은 B의 신고자료등을 근거로 쟁점주택의 실지취득가액을 산정하거나 환산취득가액을 적용하여 당초 납부세액의 일부를 환급하여야 함에도 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.



(1) 처분청은 청구인이 당초 신고한 기준시가(토지)와 일부 실지거래가액(건물 공사비)의 합계가 아니라 B의 장부등을 근거로 실지거래가액(토지의 실지현물출자액과 건물의 전체 공사비 합계)을 재조사하여 종전주택 취득가액을 증액(OOO원)하여야 한다.



청구인이 쟁점주택의 양도에 대한 당초 신고시에는 청구인 등 15명의 B 조합원들 간에 다툼이 있어서 해당 조합으로부터 쟁점주택의 실지취득가액에 대한 장부 등의 증빙을 확인할 수 없어서 종전주택의 기준시가(공동주택고시가격 OOO원)와 신축건물의 공사비 중 청구인이 확인 가능한 금액(OOO원) 합계 OOO원만을 쟁점주택의 취득가액으로 산정할 수밖에 없었다. 이후 C의 다른 호실(304호) 거래가액을 유사매매가액으로 하여 이 건 경정청구를 하였으나 거래일이 평가기간을 벗어났다는 이유로 처분청으로부터 거부처분을 받았다. 그러나 청구인이 이에 대한 이의신청 당시 처분청으로부터 확인한 B 조합의 2018년 귀속 소득세 신고자료 중 표준원가명세서에서 일반분양분의 총공사원가(OOO원)를 확인하였고 이를 통해 조합원분양분의 취득가액 산정이 가능하므로, 처분청은 이를 근거로 쟁점주택의 취득가액을 재조사하여야 한다.



참고로 청구인이 B 조합의 2018년 귀속 소득세 신고를 한 세무사사무소로부터 구두로 확인한 결과 해당 조합은 종전주택(청구인 소유)이 포함된 건물 각 호실의 현물출자가액의 산출방법에 대하여 이들 호실의 각 등기부등본에서 확인한 매매가액과 그 면적을 통해 1㎡당 가액을 산출하고 여기에 각 호실의 면적을 곱하는 방법으로 토지의 현물출자액을 계산하였다 하였고, 청구인이 같은 방법으로 계산한 결과 매매가액이 기재된 호실은 2곳(201호 OOO원 및 202호 OOO원)이었으며 그 합계를 위 호실(각 65.99㎡)의 각 면적 합계(131.98㎡)로 나누면 1㎡당 토지 현물출자액(OOO원)이 산출되고 이를 신축주택의 토지 면적(36.89㎡)에 적용하면 그 현물출자액은 OOO원이며 여기에 취득세(OOO원)를 더하여 종전주택의 장부가액(OOO원)이 산출된다. 또한 위 총 공사원가(OOO원)에서 일반분양분 토지 현물출자액 합계(OOO원)를 차감하면 전체 일반분양분 신축주택의 건물분 공사원가(OOO원)가 산출되고 이를 일반분양분 건물면적(682.5㎡)으로 나누면 1㎡당 건물분공사원가(OOO원)가 산출되며 이를 쟁점주택의 건축 면적(64.85㎡)에 적용하면 신축의 공사원가가 OOO원으로 산출된다. 결국 조합원이 임의재건축으로 취득한 신축주택의 취득가액은 종전주택의 토지 현물출자액과 신축주택의 공사원가 합계로 산출되는 것이므로 처분청에서 위처럼 산출된 종전주택의 현물출자액(취득세 포함)과 쟁점주택의 공사원가의 합계액인 OOO원을 쟁점주택의 취득가액으로 보는 등 청구인이 제출한 자료와 처분청이 보유한 자료 등을 근거로 이 건 양도소득세의 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.



(2) 만약 처분청이 실지거래가액의 재조사가 어렵다고 하면 관련 법령에 따라 쟁점주택의 취득가액은 환산취득가액을 적용하여 종전주택 취득가액을 증액(OOO원)시켜야 한다.



「소득세법」 제97조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제163조 제12항과 제176조의2 제3항에 의하면 양도소득세의 소득금액 계산시 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우로서 실지거래가액의 확인에 필요한 장부 및 증빙자료 등이 없어서 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 및 기준시가를 순차적으로 적용하는 것이므로 청구인이 당초 신고시 적용한 종전주택 토지의 기준시가와 건물의 일부 공사원가가 아니라 쟁점주택의 양도가액에 종전주택의 취득 당시 기준시가를 신축주택의 양도 당시 기준시가로 나눈 비율을 적용한 환산취득가액(OOO원)을 쟁점주택의 취득가액으로 보아 이 건 양도소득세의 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.



나. 처분청 의견



청구인은 실지취득가액 재산정을 위한 장부등을 미제시하였고, 당초 신고시 실지취득가액을 적용한 것이 적법하여서 환산취득가액을 적용할 수도 없으므로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.



(1)청구인은 쟁점주택의 실지거래가액을 산정하는데 필요한 장부등의 증빙자료를 제출하지 않았다.



공동사업자의 조합원이 자가사용하는 건축물을 양도하는 경우 그 부속토지를 포함한 건축물의 취득가액은 공동사업에 현물출자한 날 현재 그 토지 등의 가액과 공사비의 합계액을 의미하는데, 청구인이 이 건 심판청구시 제시한 B 조합의 2018년 귀속 소득세 신고시 첨부서류인 표준원가계산서 상의 공사원가(OOO원 상당)는 ①조합원분양분이 아니라 일반분양분에 해당하므로 위 표준원가계산서 상의 금액을 곧바로 조합원분양분인 쟁점주택에 대하여 적용하기 어려운 점(소득세법령상 재건축조합은 자기사용분인 조합원분양분에 대하여 소득세 신고를 하지 않는다), ②해당 공사원가에는 현물출자한 토지의 가액과 신축건물의 공사비뿐만 아니라 다른 항목(예컨대 ‘경비’로 구분된 항목 OOO원 상당 등)이 포함되어 있고 시공사(주식회사 D)가 조합에 발급한 매출계산서상 공급가액(OOO원)과도 달라서 위 공사원가의 적정성 확인을 위해서는 장부등의 증빙자료가 필요하나 청구인은 위 조합의 조합원이자 공동사업자로서 본인 지분에 해당하는 소득세 신고를 한 사실이 있으면서 해당 증빙자료를 미제출한 것을 납득하기 어려운 점 등에 비추어, 청구인이 제출한 B 조합의 2018년 표준원가명세서 등의 심리자료만으로 쟁점주택의 취득가액을 재산정하기는 어렵다.



(2)청구인이 건물 공사비 등 실지거래가액을 확인하여 당초 신고하는 등 이 건에 환산취득가액의 적용할 수 없다.



필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐만 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 납세의무자로 하여금 그 입증을 하도록 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합하다 할 것인바, 앞서 제시하였듯이 청구인은 종전주택을 현물출자하여 쟁점주택을 신축했던 B 조합의 조합원이자 공동사업자로서 위 표준원가계산서 및 시공사의 계산서 등을 통해 종전주택의 토지 및 쟁점주택의 건물 공사비 등을 잘 알 수 있는 위치에 있으면서 자신이 확인 가능한 증빙자료를 통해 각 가액을 기준시가 및 실지거래가액으로 하여 당초 신고를 하였다 할 것이므로, 환산취득가액을 쟁점주택의 취득가액으로 산정하기는 어렵다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



청구인이 조합원이자 공동사업자였던 재건축조합의 제세신고자료 등을 근거로 쟁점주택의 취득가액을 실지거래가액으로 산정하거나 실지거래가액등을 확인할 수 없는 것으로 보아 환산취득가액을 적용해야 한다는 청구주장의 당부



나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 처분청이 확인한 사실관계는 아래와 같다.



(가) 청구인이 2017.3.20. 쟁점주택의 양도에 대하여 제출한 2021년 귀속 양도소득세 예정신고서를 보면 아래 ＜표1＞ 기재와 같이 토지의 취득가액은 2016.4.29. 고시한 종전주택의 공동주택 고시가액(기준시가)로 OOO원, 신축주택인 쟁점주택의 공사원가 OOO원, 중계수수료 등 양도비 OOO원 등으로 합계 OOO원을 산정하여 신고한 것으로 나타난다.



＜표1＞ 당초 신고서 내용(2021년 귀속 양도소득세 예정신고)

○○○



(나) 청구인 등 조합원들이자 공동사업자들이 B 조합의 사업자등록 신청시 제출한 동업계약서를 보면, 해당 조합원들은 종전주택 등 각자가 소유한 토지의 비율로 출자금 및 손익분배 등을 하기로 한 것으로 나타난다.



(다) 청구인이 2024.7.9. 처분청에 제출한 2021년 귀속 양도소득세 당초 예정신고에 대한 경정청구서 및 처분청의 처리결과통지 공문을 보면, 청구인은 C(신축주택) 404호의 매매가액을 매매사례가액으로 하여 처분청에 이 건 경정청구를 하였으나, 처분청은 쟁점주택에 대하여 유사매매사례가액 및 환산취득가액을 적용할 수 없다는 이유로 거부한 것으로 나타난다.



(라)국세청 전산자료에 의하면, 청구인 등의 공동사업자들은 2017.6.29. ‘B’이라는 상호로 주택신축판매업의 사업을 신규 등록하였고, 2018년 및 2019년 귀속 사업소득 신고 내역에 의하면 위 조합은 일반분양분 11채의 분양소득에 대한 신고를 하였으나 쟁점주택 등 조합원분양분 18채에 대해서는 그 신고를 하지 않은 것으로 나타나며, 각 연도별 매출액 및 매출원가 등은 아래 ＜표2＞ 기재와 같고, 위 조합원들은 각 지분율대로 2018년 및 2019년 귀속 각 종합소득세 신고를 하였고, 청구인은 그 지분율(4.19%)만큼 각 귀속별 사업소득을 신고한 것으로 나타난다.



＜표2＞ B 조합의 매출액, 매출원가 등 신고 내역

○○○



(마) 처분청이 확인한 B 조합의 신규주택 분양 내역에 의하면, 총 29채 중 조합원분양분 18채는 2018.2.2. 청구인 등 조합원 15명에게, 나머지 일반분양분 11채는 위 조합원 등에게 소유권 이전되었다가 2018.2.22. 이후 일반분양된 것으로 나타난다.



(바)종전주택의 위탁자인 청구인과 수탁자이자 주택신축판매업자인 A 간에 작성된 부동산신탁계약서에 의하면, 종전주택은 재건축을 목적으로 위탁자가 수탁자에게 현물출자되어 수탁자가 관리ㆍ 처분하고, 재건축에 필요한 경비는 위탁자(청구인)가 부담하며 일반분양으로 발생한 수익금은 재건축 공사비로 충당한다고 나타난다.



(사)국세청 전산자료에 의하면 C의 시공사인 주식회사 D는 B 조합에 2017년 및 2018년 귀속 공급가액을 각각 OOO원 및 OOO원(합계 OOO원)으로 하여 계산서를 발급한 것으로 나타난다.



(2) 청구인이 제출한 심리자료는 아래와 같다.



(가)청구인은 종전주택 등의 구주택을 현물출자 받아 C(쟁점주택 등 조합원분양분과 이외의 일반분양분 신주택)를 신축ㆍ 판매하는 주택신축판매업을 영위한 B 조합이 2019.11.18. 폐업ㆍ 해산하고 조합원들 간의 다툼으로 해당 조합이 보유한 장부와 증빙자료를 확보할 수 없어서 위 조합의 세무대리인으로부터 일반분양분 주택의 장부기장 방법(종전주택 등의 현물출자액 산정 방법 등)을 확인하고 이의신청의 심리 당시 처분청으로부터 위 조합의 2018년 귀속 종합소득세 신고시 표준원가명세서 등 재무제표를 확보하였다고 주장한다.



(나)청구인이 위 B 조합의 신고 내역을 근거로 작성한 것으로 보이는 위 조합의 수입금액 및 공사원가 내역(표)에 의하면, 아래 ＜표3＞ 기재와 같이 B 조합이 분양한 조합원분(18세대)과 일반분(11세대)의 각 토지면적(각 649.78㎡ 및 388.22㎡), 건물면적 (1,142.28㎡ 및 682.5㎡), 양도가액(수입금액), 취득가액(공사원가) 등이 나타난다.



＜표3＞ B 조합의 수입금액 및 공사원가 내역

○○○



(다)청구인은 B 조합이 2018년 귀속 종합소득세 신고시 부속서류로 제출하였다는 표준원가명세서(청구인이 처분청으로부터 확보하였다는 것)를 제출하였고, 이를 보면 당기재료매입액으로 OOO원, 경비로 OOO원, 지급수수료로 OOO원, 세금과공과로 OOO원 등의 합계인 당기총공사비용 OOO원이 기재되어 있고, 해당 금액과 기초미완성주택등 OOO원과 합하여 당기완성주택등공사비가 OOO원인 것으로 나타난다.



(라)청구인은 B 조합의 위 종합소득세 신고 및 그 부속서류가 사실에 부합하도록 작성되었다는 주장을 뒷받침한다면서 해당 조합의2018년 귀속 성실신고확인서를 제출하였다.



(마)청구인은 처분청이 위 B 조합의 표준원가명세서 등으로 종전주택의 토지 현물출자액 및 쟁점주택의 공사원가를 각각 산출할 수 있다고 주장하면서 그 산출방법을 제출하였다. 이에 의하면 청구인은 B 조합의 2018년 귀속 소득세 신고를 한 세무사사무소로부터 그 부속서류인 표준원가명세서 상의 공사원가 산정 방법을 구두로 확인하였는데, 해당 조합은 종전주택(청구인 소유)이 포함된 건물 각 호실의 현물출자가액의 산출방법에 대하여 이들 호실의 각 등기부등본에서 확인한 매매가액과 그 면적을 통해 1㎡당 가액을 산출하고 여기에 각 호실의 면적을 곱하는 방법으로 토지의 현물출자액을 계산하였다 하였고, 청구인이 같은 방법으로 계산한 결과 토지의 현물출자액은 OOO원으로 산출하였으며, 총공사원가(OOO원)에서 토지 현물출자액 합계(OOO원)을 뺀 금액인 OOO원을 일반분양분 건물면적(682.5㎡)으로 나누면 1㎡당 건물분공사원가가 OOO원으로 산출되며 이를 쟁점주택에 적용하여 건물의 공사원가를 OOO원으로 산출하였다고 주장한다.



(바) 청구인은 위 (마) 기재의 종전주택의 현물출자액을 산출하는데 기준이 되는 ‘종전주택이 포함된 종전건물의 다른 호실 중 2개 호실(201호 및 202호)’의 매매가액이 기재된 각 등기부등본의 내역을 확인하였다고 주장하면서 해당 기재 부분의 사본을 제출하였고, 이에 의하면 위 각 호실의 등기부등본 1쪽에 수기로 양도자와 양수자 및 거래일자 등이, 각 등기부등본의 을구에 해당 양수자 및 매매가액 등이 각각 기재되어 있다.



(3)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,



(가)「소득세법」 제97조 제1항에서 양도가액에서 공제되는 필요경비 중 하나로서 취득가액을 열거하면서 원칙적으로 실지거래가액을 적용하되 그 확인을 할 수 없는 경우에 한하여  "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 및 환산취득가액을 순차적으로 적용”하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제163조 제12항에서  "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 및 환산취득가액”이란 같은 영 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다고 규정하고 있다. 한편 「소득세법」 제114조 제2항 및 제4항에서 양도소득세 예정신고 및 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 그 양도소득과세표준과 세액을 경정하되 같은 법 제97조를 따르도록 규정하고 있고, 「소득세법」 제114조 제7항에서 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서  "대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증빙서류에 의하여 그 취득 당시 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우”에는  "대통령령으로 정하는 바에 따라 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가에 따라 추계조사하여 경정할 수 있다”라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제176조의2 제1항 제1호에서  "대통령령으로 정하는 사유” 중 하나로 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ 매매계약서ㆍ 영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우를 열거하고 있고, 같은 조 제2항에서 「소득세법」 제114조 제7항에 따라 취득가액을 추계경정하는 경우에는 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 및 기준시가를 순차적으로 적용하도록 규정하고 있는바, 납세자가 당초 신고시 실지거래가액 외에 기준시가로 취득가액을 적용한 후 경정청구를 통하여 과세관청으로 하여금 실지거래가액으로 취득가액을 증액경정하도록 하려면 「소득세법」 제114조 제7항 및 같은 법 시행령 제176조의 제1항의 해석상  "취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ 매매계약서ㆍ 영수증 기타 증빙서류를 갖추거나 그 중요한 부분을 구비”하여야 한다 할 것이다. 한편 과세표준은 필요경비를 공제하여 산정하는 것으로 필요경비 등의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합하다 할 것이다(대법원 2004.9.23. 선고 2002두1588 판결, 같은 뜻임).



(나)처분청은 청구인이 B 조합의 조합원으로서 종전주택 등 구주택을 현물출자하고 그 지상에 신주택을 신축하여 쟁점주택을 분양받고 나머지 주택은 일반분양을 한 주택신축판매업이라는 공동사업의 일원이었음에도 쟁점주택에 대한 양도소득세 예정신고 당시 쟁점주택의 취득가액 중 종전주택의 현물출자액에 대하여 장부와 그 밖의 증빙자료에 근거하여 실지거래가액을 적용하지 않고 기준시가(2017.3.20. 현재 공동주택 공시가격) OOO원을, 쟁점주택 건물의 공사비에 대하여 자기분담금 등 실지취득가액OOO원을 각각 적용하였으므로 공동사업자의 일원인 청구인으로서 확보 가능한 장부와 그 밖의 증빙자료를 근거로 하여 쟁점주택의 취득가액을 실지거래가액에 준하여 신고하였다고 보아야 하고, 청구인이 제출한 B 조합의 일반분양분 주택에 관한 2018년 귀속 종합소득세 신고의 부속서류(표준원가명세서) 및 이를 근거로 하여 청구인이 산정하였다는 쟁점주택 취득가액의 실지거래가액은 조합원분양분인 쟁점주택에 대하여 그대로 적용할 수 없으며 설령 조합원분양분과 일반분양분 간에 비교가능성을 인정하더라도 표준공사원가명세서상 총공사원가에 간접비 등이 포함되어 있다 할 것이어서 그 구체적인 내용을 확인할 수 있는 장부와 그 밖의 증빙자료가 필요하다는 이유로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 적법ㆍ 정당하고 청구인이 당초 신고한 가액 외에 쟁점주택의 취득가액을 다시 산정할 수 없다는 의견이다.



(다)그러나 청구인이 B 조합이라는 공동사업자의 일원인 것은 사실이나 쟁점주택의 양도소득세 예정신고시 그 취득가액의 산정 경위(조합원들 간의 다툼으로 위 조합 또는 그 세무대리인으로부터 실지취득가액 산정을 위한 장부 등을 확보할 수 없어서 종전주택의 현물출자액을 기준시가로, 쟁점주택 건물의 공사비를 확보가능한 실지취득가액으로 신고할 수밖에 없었다는 것), 재건축 조합의 사업소득 신고 방식[공동사업의 대표가 전체 소득에 대하여 부가가치세 및 종합소득세 신고(대표 본인분과 나머지 공동사업자에 대한 배분 소득을 구분한다)를 하고, 나머지 공동사업자는 대표의 종합소득세 신고시 공동사업장 소득금액 계산서상의 배분받은 소득에 대해서만 종합소득세 신고], B 조합의 폐업 사실(2019.11.18.) 등을 감안하면 B 조합의 공동사업자 중 한 명인 청구인이 해당 조합의 세무신고자료를 보관하고 있는 세무대리인으로부터 장부 또는 그 밖의 증빙자료를 제공받지 못하는 이상 당초 신고시 제한된 방법으로 쟁점주택의 취득가액을 신고(종전주택의 현물출자액은 위 조합이 기장한 장부가액을 알 수 없어서 기준시가로, 쟁점주택의 건물 공사비는 청구인 본인이 증빙자료를 가지고 있는 일부 실지거래가액으로 각각 신고하였다)할 수밖에 없었다고 보인다. 이러한 상황에서 청구인으로서는 이 건에 관한 이의신청의 심리 당시 처분청으로부터 B 조합의 2018년 귀속 종합소득세 신고시 제출된 표준공사원가명세서(이에 관한 성실신고확인서가 제출되었고 이에 대한 처분청 등 관할세무서장의 문제제기도 없는 것으로 보인다)를 제공받아 분양 완료된 2018년 당시의 총공사원가가 OOO원임을 확인하였고, 위 조합의 세무대리인으로부터 종전주택의 현물출자액 산정 방법(전체 호실 중 매매가액이 확인되는 호실의 총 매매가액을 해당 호실의 토지 면적 합계로 나누어 1㎡당 현물출자액을 산정하여서 각 호실의 토지 면적에 적용하였다는 것)을 확인하여 같은 방식(구주택 중 매매사례가액이 있는 201호 및 202호의 매매가액 합계 OOO원을 그 토지 면적 합계 131.98㎡로 나누어 1㎡당 현물출자액 OOO원을 산출한 후 신주택인 쟁점주택의 건축면적인 64.85㎡에 곱하는 것)으로 종전주택의 현물출자액(OOO원)을 산정한 다음, 위 총공사원가에서 종전주택 등 전체 호실의 현물출자액(OOO원)을 차감하여 그 산출된 금액(OOO원)을 신축주택 전체의 건축 면적(682.5㎡)으로 나누어 1㎡당 건축비(OOO원)를 산출하고 이를 쟁점주택의 면적(64.85㎡)에 적용하여 그 공사비(OOO원)를 산정하였다. 비록 위 총공사원가가 일반분양분에 관한 것이고 이에는 구주택의 현물출자액과 신주택의 공사비 외에 간접비(예컨대 위 표준원가명세서에는 OOO원의 경비가 포함되어 있다)가 포함되어 있으나 일반분양분과 조합원분양분 간의 취득가액은 특별한 사정이 없는 한 그 차이가 없거나 미미하다고 보이고, 총공사비에 포함된 간접비의 비중도 크다고 하기 어려움(해당 경비는 단위당 가액이 고정된 구주택의 현물출자액이 아니라 총공사원가에서 그 현물출자액 합계액을 차감한 잔액인 공사비에 영향을 미치는 것으로, 그 지출성격에 따라 신주택의 공사비에 일부 배분될 수 있음을 감안하면 실제 제외 비중은 약 1% 미만으로 보인다)을 감안하면 청구인이 제시한 쟁점주택 취득가액의 산정방법은 합리적으로 보이고(처분청도 2025.9.10. 개최된 조세심판관회의에 출석하여 그 합리성에 대해 인정하는 취지로 진술하였다), 이처럼 청구인이 제시한 증거자료와 산출방법에 대하여  "취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부 및 기타 증빙서류를 갖춘 것”으로 인정하여 쟁점주택의 취득가액을 실지거래가액으로 산정하는 것이 그에 대한 확인을 할 수 없다고 보아 환산가액으로 산정하는 것보다 실질과세원칙에 부합된다 하겠다.



(라)다만 청구인이 제출한 총공사원가에 구주택의 현물출자액 또는 신주택의 공사비로 배분하기에 부적법한 항목(예컨대 청구인이 산정한 위 방법에는 구주택인 종전주택의 현물출자액에 ‘취득세’가 포함되어 있는데 그 지출시기 등에 따라 신주택인 쟁점주택의 취득가액에 가산하는 등의 검토가 필요해 보인다)이 포함되어 있을 수 있고, 종전주택의 현물출자가액의 산정시 기준이 된 구주택의 매매가액에 대한 존부를 확인할 필요 등이 있으므로, 처분청에서 청구인이 제시한 쟁점주택 취득가액의 산정에 관한 사실관계 등을 확인하는 방법으로 쟁점주택의 실지거래가액을 재조사하여 이 건 과세처분의 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.



＜별지＞ 관련 법령 등



(1)소득세법(2021.12.8. 법률 제18578호로 일부개정되기 전의 것)



제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1.취득가액(괄호 생략). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나.대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것



제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. (후단 생략)



제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.



제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지) ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑥제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.



(2)소득세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32420호로 일부개정되기 전의 것)



제89조(자산의 취득가액등) ①법 제39조제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.

1.타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

2.자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록면허세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액

3.제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산 외의 자산은 해당 자산의 취득 당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액



제163조(양도자산의 필요경비) ①법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.

1.제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(괄호 생략)

⑫법 제97조 제1항 제1호 나목에서  "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액”이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.



제176조의2(추계결정 및 경정) ①법 제114조 제7항에서  "대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1.양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2.장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등(이하 이 조에서  "감정평가법인등”이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

②법 제114조 제7항에서  "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액”이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 가액을 말한다.

2.법 제94조 제1항 제1호 및 제2호 가목에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. (후단 생략)

양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × [취득당시의 기준시가 / 양도당시의 기준시가(괄호 생략)]

③법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차적으로 적용(괄호 생략)하여 산정한 가액에 따른다. (단서 생략

1.양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(단서 생략)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2.양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 감정평가법인등이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한정한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. (단서 생략)

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가



(3) 법인세법 시행령



제89조(시가의 범위 등) ①법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. (단서 생략)

②법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1.「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. (괄호 및 단서 생략)

2.「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. (후단 생략)



※ 소득세 집행기준



39-89-5[공동사업에 현물출자한 토지의 취득가액] ①공동사업자인 주택신축판매업자의 충수입금액에 대응하는 필요경비 중 토지가액은 공동사업에 현물출자한 당시의 가액으로 하는 것으로 이 경우 공동사업계약을 체결한 날을 현물출자 시가로 본다.

②현물출자한 당시의 가액의 계산은 다음을 순차적으로 적용하여 계산한 금액에 취득세ㆍ 등록세 기타 부대비용을 가산한 금액으로 한다.

1. 「법인세법 시행령」 제89조 제1항에 해당하는 가격

2. 「법인세법 시행령」 제89조 제2항 제1호의 감정가액(이 경우 소급감정가액은 인정하지 않는다)

3. 「상속세 및 증여세법」 제61조에 따라 평가한 가액