춘천세무서장이 2024.7.19. 및 2024.8.16. 청구법인에게 한 ＜별지1＞의 부가가치세 부과처분(감액경정 포함)은 2020년 제2기~ 2021년 제2기, 2022년 제2기 및 2023년 제2기 부가가치세 과세기간에 대한 심판청구는 각하하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은「지방자치법」제163조 제1항,「지방공기업법」제49조 제1항,「A 설치 및 관리ㆍ운영조례」제1조에 따라 설립된 지방공기업으로, 국토의 균형개발과 지방화시대에 부흥하는 지역경제 기반을 육성하고자 하는 사업목표에 따라 시행자인 지방자치단체(이하  "지자체”라 한다)를 대행하여 공공개발사업인 산업단지 조성사업(이하  "쟁점사업”)과 행복주택 건설사업 등을 영위하고 있다.



나. 중부지방국세청장(이하  "조사청”이라 한다)은 2024.4.2.부터 2024.7.11.까지 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하고, 그 결과 청구법인이「지방공기업법」등 관련 법령과 조례에 따라 지자체(이하  "지자체”라 한다)와 쟁점사업 협약을 체결한 후, 쟁점사업과 관련하여 지자체로부터 수령한 교부금 중 공사비 상당액인 총 OOO원(이하  "쟁점공사비”라 한다)을 면세용역과 관련된 것으로 분류하고 계산서를 수수한 것에 대하여, 쟁점공사비는 자기책임과 계산하에 지자체의 대행용역을 수행한 것과 관련된 것으로 부가가치세 과세대상에 해당한다고 판단한 후, 동 조사사항을 처분청에 자료통보하였다.



다. 처분청은 이에 따라 아래 ＜표1＞과 같이 2024.7.19.(제척기간임박한 2019년 제1기 부가가치세 경정결의분 우선 경정고지) 및 2024.8.16.(2019년 제2기∼2023년 제2기 부가가치세 경정결의분) 청구법인에게 2019년 제1기~ 2023년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정ㆍ고지(일부 과세기간은 감액경정)하였다.



＜표1＞ 부가가치세 경정결의 및 고지내역

○○○



라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.10.16. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



(1) 지자체가 청구법인에게 지급한 교부금 전체를 기준으로 볼 때, 지자체는 청구법인이 공급한 산업단지 부지에 대한 대가로 쟁점공사비를 포함한 일체의 비용을 교부금의 형태로 청구법인에 지급한 것이므로 쟁점공사비는 면세사업과 관련된 것이어서 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니하고, 지자체와 청구법인 간의 거래는 관련 법령 및 조례에 따른 위수탁 거래로서 관련 법령 및 조례에서는 용역대가와 구분하여 쟁점공사비를 지급하도록 규정하고 있으므로, 쟁점공사비는 용역대가가 될 수 없어 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니한다.



(가) 지자체가 청구법인에게 지급한 교부금 중에서 쟁점공사비와 보상비는 청구법인이 쟁점사업을 대행하는 과정에서「지방공기업법」과 조례에 따라 지자체가 부담한 실비로서 그 실질이 동일하므로「부가가치세법」상으로도 동일하게 취급되어야 한다.



처분청은 지자체가 청구법인에게 지급한 교부금을 보상비와 그 외 부분으로 구분하여, 보상비는 대금 전달에 불과하므로 부가가치세 과세대상이 아니고, 쟁점공사비를 포함한 그 외 부분은 지방자치단체에 용역을 공급하고 받은 대가이므로 부가가치세 과세대상에 해당한다고 보아 이 건 과세처분을 하였으나,「지방공기업법」제71조 제1항과 조례에서는 청구법인과 같은 지방공기업이 대행하는 사업에 소요되는 비용을 지자체가 부담하도록 규정하고 있고, 쟁점공사비와 보상비 모두 쟁점사업의 대행에 소요된 비용, 즉 실비에 해당하므로 지자체가 교부금 형식으로 청구법인에게 지급한 것이다.



따라서 쟁점공사비와 보상비는 법적ㆍ경제적 실질이 동일하여「부가가치세법」상으로 동일하게 취급되어야 하므로, 결국 지자체가 청구법인에게 지급한 교부금 전체를 기준으로 부가가치세 과세대상 여부를 판단할 것인지, 아니면 교부금 중에서 부가가치세 과세대상인 용역 대가에 해당하는 부분과 용역대가가 아닌 쟁점공사비와 보상비를 구분할 것인지의 문제만 남게 된다.



(2) 국세청 유권해석에 의하면 이 건과 같이 공사ㆍ공단 등이 국가 또는 지자체의 업무를 대행하고 받은 교부금이 부가가치세 과세대상에 해당하는지 여부와 관련하여, 교부금 전체를 기준으로 판단한 사례[국세청 사전-2021-법령해석부가-0452(법령해석과-1276), 2021.4.9. 등]와 교부금 중에서 업무에 대한 대가에 해당하는 부분을 선별한 사례[국세청 서면-2018-법령해석부가-3766(법령해석과-1602), 2019.6.25., 국세청 사전-2019-법령해석부가-0291(법령해석과-1896), 2019.7.22., 국세청 부가가치세과-129, 2014.2.17. 등]가 혼재되어 있는바, 쟁점공사비에 대하여 위 두 가지 사례로 나누어 살펴보면 다음과 같다.



(가) 쟁점사업 관련 교부금을 업무수행에 대한 대가 부분과 실비 부분으로 구분하는 경우, 쟁점공사비는 업무수행에 대한 대가에 해당하지 않으므로 이 건 과세처분은 위법하다.



청구법인은「지방공기업법」제49조에 따라 OOO의 자치발전과 주민복리의 증진을 위한 사업을 효율적으로 수행하기 위해 설립된 법인이고,「지방공기업법」제49조 제2항에서는 지자체가 공사를 설립하는 경우 공사의 업무 및 운영에 관한 기본적인 사항을 조례로 정하여야 한다고 규정하고 있으며, 청구법인의 직접적인 설치 근거인 「OOO 설치 및 관리ㆍ운영 조례」제20조 제1항에서는 공사가  "지자체 등 위탁자의 사업을 대행할 수 있고 이 경우 상호 위탁계약에 따른다”고 규정하고 있는바, 즉 청구법인과 지자체 간의 거래형태는 청구법인이 시행자인 지자체의 업무를 대행하는 위수탁거래에 해당하고, 지자체가 청구법인에 위탁한 사업은 청구법인의 책임과 계산이 아닌 지자체의 책임과 계산으로 수행되는 것이다.



또한, 지자체가 청구법인에게 지급하는 교부금은 쟁점사업 중 아래 ＜표2＞의 OOO 개발 대행사업 협약서 내용과 같이 보상비, 공사비, 대행사업 수수료 등으로 구성되어 있는데, 이 중 보상비와 공사비는 구별 없이 동일한 절차를 통해 지자체 예산 내에서 청구법인과 지자체가 협의하여 교부가 이루어지고, 청구법인은 대행사업 수행 시 교부금을 수령하지 않은 상태에서 자체 예산으로 공사비 및 보상비를 먼저 지급하는 경우는 없으며, 청구법인은 대행사업이 종료되어 정산할 때 교부금 잔액 및 통장에 예치함으로써 발생하는 이자까지 모두 지방자치단체에 환급하여야 하므로 결국 교부금 중에서 청구법인에게 실질적으로 귀속되는 것은 대행사업 수수료 뿐이다.



＜표2＞ OOO 개발 대행사업 협약서 일부 내용

○○○



이와 같이 청구법인이 쟁점사업의 시행자인 지자체로부터 받은 교부금 중에서 용역대가에 해당하는 것은 대행사업 수수료에 국한되고, 쟁점공사비와 보상비는 위탁계약에서 법령 및 조례에 따라 위탁자가 부담하는 실비에 해당하므로 용역대가에 해당할 수 없으며, 결국 처분청이 보상비를 과세대상에서 제외한 근거인 대금 전달 또는 실비 지급이라는 논리는 쟁점공사비에도 동일하게 적용되어야 한다.



그리고 납세의무자는 계약자유의 원칙 및 사적자치의 원칙에 따라 경제활동을 함에 있어서 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중의 하나를 선택할 수 있고 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하는데(대법원 2017.12.22. 선고 2017두57516 판결, 대법원 2001.8.21. 선고 2000두963 판결 등 참조), 여기에서의 특별한 사정이란 납세의무자가 실질과 동떨어진 비합리적 형식이나 외관을 통해 조세 부담을 회피하는 것을 의미하는 것으로서, 이에 대한 입증책임은 과세관청이 부담하는 것인바, 이 건에 있어 처분청은 공급가액은  "대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함”한다는「부가가치세법」제29조 제3항을 근거로 쟁점공사비도 과세표준에 포함되어야 한다고 하고 있으나, 이는 거래당사자들이 선택한 법률관계를 무시하고 재구성하는 것이고, 처분청 의견대로라면「법인세법」상 부당행위계산부인과 같은 직접적인 근거규정이 있어야 할 것인데, 위「부가가치세법」규정은 과세표준이 불명확한 경우에 적용되는 기준이지, 과세관청이 거래당사자들이 선택한 법률관계를 무시하고 재구성할 수 있도록 한 규정에는 해당하지 아니한다.



위탁ㆍ위임계약에서 외부에 직접 지급되는 비용(예를 들어 소송대리 위임 계약에서 인지대 및 송달료, 부동산 소유권 이전 등기 위임 계약에서 취득세액 등)을 수탁자ㆍ수임자의 원가로 보아 용역대가에 반영할지, 아니면 위탁자ㆍ위임자가 부담할 비용의 지급만 대행하는 것으로 보아 용역대가에서 제외할지 여부는 거래당사자들이 합의하여 결정하는 거래 조건으로서, 지급대행으로 보아 용역대가에서 제외하더라도 법적ㆍ경제적 합리성이 있으므로 거래당사자들이 선택한 법률관계를 무시하고 재구성할 수 있는 대상이라 보기는 어려운바, 특히 이 건의 경우 쟁점공사비와 보상비를 실비로 보아 용역대가에서 제외한 것은 거래당사자들이 선택한 법률관계가 아니라「지방공기업법」등 관련 법령과 조례에 따라 사실상 강제되어 있는 사항으로서, 이와 같이 관련 법령 및 조례에 따른 거래 내용을 과세표준 산정기준에 관한 「부가가치세법」규정만을 근거로 재구성하여 과세하는 것은 조세법률주의 및 근거과세원칙에 비추어 부당하다.



이러한 취지에서 국세청도 아래 ＜표3＞과 같이 위탁받은 사업에 필요한 비용을 국가 또는 지자체가 전부 부담하고 국가 또는 지자체의 책임과 계산으로 사업이 수행되는 경우, 일관하여 대행업무 수행의 대가로 받은 수수료만이 부가가치세 과세대상이라고 판단한 바 있다.



＜표3＞ 국세청 유권해석 사례

① 국세청 서면-2018-법령해석부가-3766(법령해석과-1602), 2019.6.25.

공단이 국가와 체결한「국가어항관리사업 업무 위탁계약」에 따라 국가의 책임과 계산으로 국가어항관리업무를 대행하고 위탁수수료를 포함한 사업비 전액을 받는 경우 해당 위탁수수료가 국가어항관리업무 대행용역대가에 해당하는 것임



② 국세청 사전-2019-법령해석부가-0291(법령해석과-1896), 2019.7.22.

위 사전답변 신청의 사실관계와 같이, ○○공단이 지방자치단체와 어촌ㆍ어항재생사업인 ‘어촌뉴딜 300사업업무 위ㆍ수탁 협약(계약)’을 체결하여 지방자치단체의 책임과 계산으로 위ㆍ수탁계약에 따른 업무를 수행하고 지방자치단체로부터 위탁수수료를 포함한 사업비를 받는 경우 「부가가치세법」 제29조 제1항에 따라 해당 위탁수수료가 공단의 부가가치세 공급가액에 해당하는 것입니다.



③ 부가가치세과-129, 2014.2.17.

귀 질의의 경우 수탁회사가 「◎◎글로벌문화관광센터 관리ㆍ운영 위ㆍ수탁 협약서」에 따라 사업을 ◎◎시로부터 위탁받아 수행함에 있어 해당 사업에 필요한 예산을 모두 ◎◎시의 부담으로 하여 ◎◎시의 승인을 받아 ◎◎시 예산에서 지출하고, 사업에서 발생한 수입금 전액을 ◎◎시가 지정하는 계좌에 입금하여 해당 사업이 ◎◎시의 명의와 계산으로 수행되는 것으로 볼 수 있는 경우 당해 용역의 공급에 대하여는 「부가가치세법」 제26조 제1항 제19호 및 같은 법 시행령 제38조에 따라 부가가치세를 면제하는 것이며, 이 경우 수탁회사가 위ㆍ수탁 계약에 의하여 용역의 공급을 대행하고 그 대가로 수수료를 받는 경우 당해 수수료에 해당하는 금액이 부가가치세 과세표준이 되는 것임.





결국, 쟁점사업은 관련 법령 및 조례에 규정된 위수탁거래에 해당하고, 쟁점공사비는 관련 법령 및 조례에서 용역대가와 구분하여 별도로 지급하기로 규정한 실비에 해당할 뿐, 청구법인이 공급한 용역의 대가로 보기는 어려우므로 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니한다.



(나) 처분청의 과세논리와 같이 청구법인이 수령한 교부금을 업무수행에 대한 대가로 보는 경우, 법령 및 조례에 따라 지자체에게 산업단지 부지를 조성하여 공급한 것이므로 쟁점공사비는「부가가치세법」상 면세대상이다.



부가가치세 과세대상 여부는 거래당사자들이 약정한 거래내용이 무엇인지, 그리고 주고받은 금전이 무엇인지 여부를 기준으로 결정된다고 할 수 있는바, 먼저 거래당사자들이 약정한 거래내용을 살펴보면, 쟁점사업은 기존 토지 소유자들에게 보상금을 지급하여 대상 부지를 확보하고, 공사비를 집행하여 대상 부지의 형질을 변경한 후 산업단지 용도에 적합한 토지를 조성하는 사업이며, 청구법인은「지방공기업법」등 관련 법령과 조례, 대행사업 협약서에 따라 산업단지를 조성하여 지자체에 귀속시킬 의무를 부담하므로 쟁점사업의 대행업무는 위 ＜표2＞의 대행사업 협약서상 산업단지 부지를 조성하여 지방자치단체에게 공급하는 것을 내용으로 한다



다음으로, 거래당사자들이 주고받은 금전 측면에서 살펴보면, 청구법인이 지자체로부터 수령한 교부금에는 공사비뿐만 아니라 토지를 매입하는 비용까지 포함되어 있으므로, 청구법인은 산업단지 부지를 조성하는 공사용역을 제공하는 것에 그치는 것이 아니라 사업계획에 적합하도록 조성된 산업단지 부지 자체를 지자체에 귀속시킬 의무를 부담하고, 이에 따라 지자체가 청구법인에게 지급한 교부금은 산업단지 부지의 공급이라는 토지의 공급에 대한 대가에 해당하는바, 이는 청구법인이 지자체를 대행하여 면세사업을 수행한 것이고, 이러한 면세사업을 대행하고 받은 교부금 전체에 대하여는 아래 ＜표4＞의 국세청 유권해석에서 계산서 발급대상이라고 판단한 바도 있다.



○ 국세청 사전-2021-법령해석부가-0452(법령해석과-1276), 2021.4.9.

공단이 국가등으로부터 사업을 위탁받아 대행하는 경우 위탁수수료와 사업비를 공급가액으로 하여 과세사업인 경우는 세금계산서, 면세사업인 경우는 계산서를 발급하는 것임

＜표4＞ 국세청 유권해석



이에 대하여 처분청은 일반 건설업체들이 토지를 조성하는 도급공사를 수행하는 것과 동일하다고 하고 있으나, 앞에 언급한 바와 같이 ① 거래당사자들의 약정한 거래내용이 공사용역의 공급이 아닌 산업단지 부지의 공급인 점, ② 지급한 금전에 보상비를 포함한 일체의 비용이 포함되어 있으므로 공사용역에 대한 대가로 한정되는 것이 아니라 산업단지 부지 자체에 대한 대가로 보아야 하는 점, ③ 이러한 거래 내용이 거래당사자들이 임의로 정한 것이 아닌, 법령 및 조례에 따른 것인 점 등을 종합적으로 고려할 때 일반 건설업체가 수행하는 토지 조성 공사와는 본질적인 차이가 있다.



한편, 국가 또는 지자체가 공기업이나 공공기관에 업무를 위탁하고(특히 공공시설물 등의 위탁관리용역) 지급하는 교부금이 부가가치세 과세대상에 해당하는지 여부에 관한 사례는 상당히 많으나(예를 들어 대법원 2011.12.8. 선고 2011두18410 판결 등), 이러한 사례들은 과세대상 거래임을 전제로「부가가치세법」또는「조세특례제한법」에 면세로 규정된 국가 또는 지방자치단체가 공급한 용역 또는 정부 업무 대행용역에 해당하는지 여부를 다툰 것이어서 거래 자체가 면세인 본건과는 무관하다.



따라서, 지자체가 청구법인에게 지급한 교부금 전체를 기준으로 볼 때, 지자체는 청구법인이 공급한 산업단지 부지에 대한 대가로 쟁점공사비를 포함한 일체의 비용을 교부금의 형태로 청구법인에 지급한 것이므로 쟁점공사비는 면세사업과 관련된 것이어서 부가가치세 과세대상에 해당하지 하니한다.



(2) 청구법인이 추가로 제출한 항변서의 주요내용은 다음과 같다.



(가) 청구법인은 지자체로부터 토지조성 공사를 도급받은 것이 아니라, 지자체의 업무인 산업단지 조성사업을 관련 법령 및 조례에 따라 위탁받아 대행한 것인바, 처분청은 청구법인이 지자체에게 토지 관련 공사용역을 제공한 것이므로 부가가치세 과세대상에 해당한다고 하고 있으나, 도급계약은  "당사자 일방이 어느 일을 완성할 것을 약정하고 상대방이 그 일의 결과에 대하여 보수를 지급할 것을 약정”하는 것(「민법」제664조, 국토교통부 고시 민간건설공사 표준도급계약서 일반조건)이므로 도급 대상, 즉, 완성할 일에 대한 구체적인 합의가 계약의 가장 중요한 요소이고, 공사도급계약의 경우 일의 과정 측면에서는 공사내용 및 방법을 구체적으로 정한 설계도 및 시방서 등이 그러한 역할을 담당하며, 일의 결과 측면, 즉 일의 완성여부는 일반적으로 도급인 또는 감리인의 검사에 의하는 특성이 있고, 대금 지급조건이나 공사기간 등에 대해서 매우 구체적인 조항을 두고 설계도 및 시방서 등이 별도로 첨부되는 등 계약서 분량이 매우 방대한 것이 일반적이다.



이에 비해 청구법인이 대행사업과 관련하여 지자체와 체결한 협약서는 위 ＜표2＞의 내용과 같이 공사도급계약서와는 상당한 차이가 있는바, 공사도급계약과 청구법인이 체결한 협약서의 구체적인 차이점은 ① 계약의 법적 성격 측면에서 공사도급계약은 해당 계약이 도급계약임을 명시하고 계약당사자들의 지위와 역할에 대해 구체적인 조항을 두고 있는 반면, 청구법인이 체결한 협약서에는 지방자치단체와 청구법인이 역할을 분담하여 산업단지 개발사업을 수행하는 것으로 되어 있어 도급 계약으로 보기 어려운 점, ② 공사도급계약의 경우 도급인과 수급인이 대등한 지위를 가진 계약당사자로서 체결하는 것이고(제1조 참조), 계약금액을 조정할 수 있는 구체적인 요건이 상세하게 기재되어 있으나(제21조~ 제23조), 청구법인이 체결한 협약서에는 지자체의 일방적 의사에 따라 계약 금액을 조정할 수 있고 청구법인은 이를 수용할 의무를 부담하므로 산하기관으로서 지시를 받는 종속적 관계에 해당할 뿐 대등한 관계로 보기 어려운 점, ③ 공사도급계약은 공사기간을 명시하고 특별한 사유 없이 이를 경과하는 경우 수급인이 지체상금을 지급할 책임을 부담하나, 청구법인이 체결한 협약서에는 지방자치단체와 사전협의할 것만 규정할 뿐 청구법인이 실질적인 책임을 부담하지 않는 점, ④ 공사도급계약은 대금지급기한이 명시되어 있고 특별한 사유 없이 이를 경과하는 경우 도급인이 수급인에게 지연이자를 지급하여야 하나, 청구법인이 체결한 협약서에는 지자체의 교부금 지급 지연으로 공사에 차질이 발생하더라도 사업기간을 연장할 수 있을 뿐이고, 지자체가 다른 자금에 앞서 우선 지급할 것으로만 정하고 있어 사실상 지연이자를 부담하지 않는 점, ⑤ 공사도급계약의 경우 수급인이 하자담보책임을 전적으로 부담하나, 청구법인이 체결한 협약서에는 지자체와 청구법인이 하자담보책임을 분담하는 점 등을 고려할 때, 청구법인이 지자체와 체결한 협약서는 공사도급계약으로 보기 어렵다.



그리고「지방공기업법」제71조 제1항에서는 청구법인과 같은 공사는 국가 또는 지자체의 사업을 대행할 수 있고, 필요한 비용은 국가 또는 지자체가 부담하는 것으로 규정하고 있으며, 청구법인의 설립 근거인「OOO 설치 및 관리ㆍ운영 조례」제20조 제1항에서  "공사가 지자체 등의 위탁 사업을 대행할 수 있고, 이 경우 상호 간 위탁계약에 따른다.”라고 규정하고 있는 것을 볼 때 지자체의 업무를 대행하는 쟁점사업은 청구법인의 고유목적사업에 해당하고, 청구법인이 지자체와 체결한 협약서의 법적 성질은 원래 지자체 소관이던 업무를 지자체와 청구법인이 역할을 분담하여 지자체의 업무 일부를 청구법인이 대행하고, 그에 대한 대가로 대행수수료를 지급하기로 약정한 일종의  "위수탁 계약”으로 보는 것이 타당하다.



(나)「지방공기업법」은 지자체의 업무대행에 필요한 모든 비용을 지자체가 모두 부담한다고 규정하고 있으므로 개발사업에 직접 대응되는 쟁점공사비와 보상비는 용역대가가 아닌 실비에 해당한다.



그럼에도 처분청은 청구법인이 교부금 전액에 대해 법인세 수입금액으로 신고한 점, 거래당사자 간의 합의가 있더라도 순액(대행수수료)거래를 인정하는 경우 법적 안정성을 심각하게 훼손하는 결과를 초래하는 점, 청구법인이 쟁점사업 외의 대행사업을 수행하고 받은 교부금에 대해서 세금계산서를 발행한 것은 청구법인 스스로 교부금 전체가 부가가치세 과세대상임을 인정한 것으로 볼 수 있는 점을 들어 청구법인과 지자체 간의 거래에서 부가가치세 공급가액은 반드시 총액이 되어야 한다고 하고 있으나, ① 협약서 내용은 거래당사자들이 합의하여 결정한 것이 아니라「지방공기업법」등 관련 법령과 조례에 따른 것으로 사실상 강제되어 있는 사항인 점, ② 부가가치세는 거래 과정에서 창출된 부가가치에 대해 부과하는 세금인데, 쟁점공사비는 실비로 집행되는 비용이므로 청구법인이 창출한 부가가치와 무관하여 이에 대해 부가가치세를 부과할 수 없는 점, ③ 판례에 따르면 세금 탈루의 목적이 없는 한 거래당사자들이 선택한 법률관계를 재구성해선 안되고 이를 존중해야 하는데, 세부담에 차이가 없으므로 세금탈루를 목적으로 순액 거래를 하였다고 볼 수 없는 점, ④ 청구법인이 교부금 전체를 매출로 인식한 회계처리는 아래 ＜표5＞의「지방공기업 결산기준」이라는 지침에 따른 것인데, 해당 지침에 따르면 이러한 회계처리는 정확한 회계정보를 제공하기 위해 지방공사의 특성에 따른 예외사항으로서 오히려 기업회계기준에 따를 경우 순액만을 매출로 인식하여야 한다고 명시되어 있는 점, ⑤ 처분청이 과세근거로 제시한 대법원 판결(대법원 2017.12.21. 선고 2017두60123 판결 참조)에서도  "관리ㆍ운영 위탁용역의 대금을 정함에 있어서는 실제로 소요되는 경비 및 일정비율의 이윤을 보장하는 방법을 선택할 수도 있는 것”이라고 판시한 바 있어 반드시 총액 거래를 하여야 한다는 처분청 의견과는 상당한 차이가 있는 점, ⑥ 청구법인이 쟁점사업 외의 대행사업을 수행하고 받은 교부금에 대해서 세금계산서를 발행한 것은 종전 세무조사에서 처분청이 해당 항목을 과세하였기 때문으로 보수적인 세무처리에 해당할 뿐 청구법인이 자발적으로 행한 세무처리는 아닌 점 등을 고려할 때, 쟁점공사비가 용역 대가라는 처분청의 의견은 법문을 임의로 확장해석한 것으로 조세법률주의, 근거과세원칙, 부가가치세 부과 원칙 등에 어긋난다.



＜표5＞ 2024년도 지방공기업 결산기준

○○○



(다) 처분청은 청구법인과 지자체 간의 거래에서 부가가치세 공급가액은 반드시 총액이 되어야 한다고 하고 있으나, 이는「부가가치세법」개정 취지 및 심판례에도 어긋난다.



2019년과 2022년에「부가가치세법 시행령」개정으로 위수탁 거래와 관련하여 거래당사자가 인식한 거래형태에 따라 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 납부한 경우, 거래형태를 착오하였더라도 정당한 것으로 인정받게 되었으며, 그 개정취지는 아래 ＜표6＞과 같이 거래형태 혼동으로 납세자가 받는 불이익이 지나치게 크다고 보아 납세자권익을 보호하려는데 있었던 것으로 확인된다.



＜표6＞ 간추린 개정세법

① 2019년

○○○

② 2022년

○○○



그리고, 조세심판원에서도 설령 거래형태를 착오했다고 하더라도위탁자 또는 본인을 알 수 없는 경우이거나 해당 세금계산서 기재내용과 거래당사자들의 부가가치세 신고내용 등에 의하여 거래과정이 누락되거나 생략되지 아니하여 과세관청이 각 거래단계 별로 부가가치세 등을 과세함에 아무런 문제가 없다면 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다고 판단한 바 있다(조심 2011서0719, 2012.1.30., 국심 2002서25321, 2003.3.17.).



이처럼 청구법인과 지자체 간의 거래는 위수탁 거래이므로 대행수수료를 공급가액으로 하여 세금계산서를 수수한 것은 정당하고, 설령 거래구조를 착오하였다고 하더라도 청구법인은 일관된 기준에 따라 세금계산서를 발급하고 신고함으로써 거래과정이 누락되거나 생략되지 아니하였으며, 그에 따른 부가가치세를 납부하였으므로「부가가치세법」의 개정 취지 및 심판례에 따라 정당한 것으로 인정되어야 한다.



(라) 청구법인이 지자체로부터 수령한 교부금 중에서 보상금과 공사비의 법적ㆍ경제적 실질은 동일하므로 세법상으로도 동일하게 취급되어야 한다.



처분청은 청구법인이 지자체로부터 수령한 교부금 중에서 보상금은 보상업무에 그대로 사용하였으므로 대금을 전달한 것에 불과하지만, 쟁점공사비는 대금 전달로 보기 어려우므로 용역의 공급대가에 해당한다는 것이고, 이러한 과세논리를 뒷받침하기 위해 보상금을 구분 수취하는 등 쟁점공사비와 보상금 간에는 본질적인 차이가 있다고 하고 있으나, 청구법인은 업무수행의 대가로「지방공기업법」등에 따라 대행수수료만을 청구할 수 있을 뿐 공사비와 보상금 모두 이윤을 붙일 수 없어 공사비와 보상금 모두 실비 그대로 집행한 것은 동일하며, 별도 계좌를 운용하는 등 구분 수취한 것도 동일하다.



또한 처분청은 청구법인 명의로 시공사와 공사도급계약을 체결하는 등 공사 전반에 관한 업무를 수행하고 전문인력을 보유하고 있으므로 공사비는 용역대가로 보아야 하고, 토지보상의 시행자는 지자체이므로 보상금은 용역대가에 해당하지 않는다고 하고 있으나, 공사의 시행자와 토지보상의 시행자가 이원화되어 있는 것이 아니라 이를 포괄하는 개발사업의 시행자는 지자체이며, 지자체가 개발사업 관련 업무 중에서 공사업무 및 보상업무 중 일부를 청구법인이 대행하도록 한 것이고, 대행업무를 수행하기 위해 청구법인은 공사 관련 전문인력뿐만 아니라, 아래 ＜표7＞과 같이 보상업무를 담당하는 조직 및 전문인력도 보유하고 있어 그 실질이 완전히 동일하다.



＜표7＞ 청구법인 조직도 일부 발췌내용

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위와 같이 청구법인의 설립 근거 법령인「지방공기업법」에서 업무에 필요한 비용으로 규정할 뿐 쟁점공사비와 보상비를 구분하고 있지 않은 점, 지자체의 업무를 대행하는 과정에서 업무처리를 위해 청구법인이 받은 금전임은 동일한 점, 청구법인이 일관된 기준에 따라 별도의 계좌로 구분 수취하는 등 동일하게 처리한 점 등을 볼 때 쟁점공사비와 보상비는 법적 실질뿐만 아니라 경제적 실질도 동일하므로 세법상으로도 동일하게 취급되어야 함에도 불구하고 처분청은 자의적으로 쟁점공사비에 대해서만 과세하였으므로 실질과세원칙 및 조세 형평에 어긋난다.



(마) 처분청이 인용한 대법원 판결은 청구주장에 대한 반박이 될 수 없으며, 오히려 청구주장을 뒷받침한다.



처분청은 과세근거로 대법원 2017.12.21. 선고 2017두60123 판결을 상세하게 제시하고 있으나, 해당 판결은 과세사업인 체육시설 및 주차장 등 관리ㆍ운영을 대행한 사안임에 비해, 이 건은 산업단지 부지의 공급이라는 면세사업을 대행한 사안이므로 사실관계에 근본적인 차이가 있고, 해당 판결과 같이 위수탁 거래를 인정하지 않고 교부금 총액을 업무수행에 대한 대가로 보는 경우에도 청구법인은 사업계획에 따라 산업단지 부지를 조성하여 지자체에 귀속시킬 의무를 부담하는 것이므로 토지의 공급이라는 면세사업과 관련된 대가로 보아야 한다고 이미 주장한 바 있는 점, 해당 판결은 대법원이 형식 재판인 심리불속행으로 기각한 건으로 처분청이 상세하게 제시한 판결내용은 대법원 판결이 아닌 하급심인 수원지방법원 2016.12.21. 선고 2016구합64471 판결의 내용인 점, 해당 판결에서  "관리ㆍ운영 위탁용역의 대금을 정함에 있어서는 실제로 소요되는 경비 및 일정비율의 이윤을 보장하는 방법을 선택할 수도 있는 것”이라고 하고 있어 반드시 총액거래를 하여야 하고, 순액거래를 인정하는 경우 법적 안정성을 심각하게 훼손하는 결과를 초래할 것이라는 처분청 의견과는 판단을 달리하는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 해당 판결은 청구주장에 대한 반박이 될 수 없고, 오히려 청구주장을 뒷받침하는 내용이라고 할 수 있다.



나. 처분청 의견



(1) 지자체 산업단지 토지조성 대행용역은「부가가치세법」상 과세 대상이고, 공사업무는 청구법인의 책임과 계산으로 수행되었으므로 쟁점공사비는 부가가치세 과세표준에 포함되어야 한다.



(가) 부가가치세 과세대상 여부는 사업분야 전체를 기준으로 판단하는 것이 아닌 개별 재화 또는 용역을 기준으로 판단하여야 한다.



청구법인은 쟁점사업이 토지소유자에게 보상금을 지급하여 대상 부지를 확보하고 하도급업체에 공사비를 지급하여 산업단지 용도에 적합한 토지를 조성하는 사업이며, 지자체로부터 수령한 교부금에는 쟁점공사비 뿐만 아니라 토지를 매입하는 비용(보상비)이 포함되어 있으므로, 교부금 전체를 기준으로 보아 이는 토지의 공급에 해당하며 지자체의 면세사업을 대행한 것이므로 계산서 발급대상이라고 주장하나, 세금계산서 교부 및 부가가치세 거래징수는 부가가치세 면세 여부에 따라 그 의무의 존부가 달라지고, 이는 모두 재화 또는 용역을 공급할 때 이루어지는 점 등의 사정을 고려해 보면, 사업분야 전체가 아닌 개별 재화 또는 용역을 기준으로 판단하여야 하는바(대법원 2022.3.17. 선고 2017두69908 판결 참조), 보상업무와 공사업무를 구분하여 과세여부를 판단하여야 하는 것이다.



현행 부가가치세는 전단계세액공제법에 의하므로 부가가치의 생산요소에 대해 면세하여야만 이론상 모순이 생기지 아니하여 금융ㆍ근로의 제공ㆍ토지의 공급에 대하여 면세하고 있고,「부가가치세법」제26조 및 같은 법 시행령 제34조 내지 제56조에서는 재화 또는 용역의 공급에 대해 면세범위를 구체화하였는바, 청구법인은 거래당사자들이 약정한 거래내용이 공사용역의 공급이 아닌 산업단지 부지의 공급이라고 주장하나, 토지의 명의는 토지소유자에서 지자체로 이전됐을 뿐 청구법인이 토지라는 재화의 명의를 이전받은 사실은 없으며, 단지 지자체 명의의 토지에 산업단지 건립을 위한 토지조성용역을 제공하였을 뿐이고, 이처럼 타인의 토지에 토지조성공사를 함에 따라 토지의 가치가 현실적으로 증가한 경우에는 토지소유주에게 토지조성용역을 공급한 것으로 보아 해당용역의 공급에 대하여는 부가가치세가 과세되는 것이다.



(나) 청구법인의 세금계산서 발급내역에 의하면, 청구법인은 산업단지 토지조성 외 지자체 대행용역(OOO, OOO, OOO 등 설립대행, 지방도로 공사 등 다수)을 수행하고 지자체로부터 받은 공사비 및 시설비에 대하여 부가가치세 과세대상으로 판단하여 세금계산서를 발급한 사실이 확인되는바, 청구법인 스스로 지자체 대행용역이 과세임을 인지하고 있음을 확인할 수 있다.



(2) 청구법인은 쟁점공사비와 보상비가 실비로서 부가가치세 과세대상이 아니라는 것이「지방공기업법」등 법률에 따라 강제되어 있는 사항이라고 주장하나 근거규정을 찾을 수 없고, 만약 청구법인의 주장대로 위탁계약에서 외부에 직접 지급되는 비용을 용역대가에 반영할지, 아니면 위탁자가 부담할 비용의 지급만을 대행하는 것으로 보아 용역대가에서 제외할지 여부를 거래당사자들이 합의하여 결정한다면 법적안정성을 심각하게 훼손하는 결과를 초래할 것이므로 이 부분 주장은 타당하지 아니하다.



(가) 부가가치세 과세 여부는「부가가치세법」제29조에 따라 어떠한 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하는 것이고, 다만 자기책임과 계산 여부에 따라 그 포함 여부를 달리하는바, 사실관계에 따라 개별 재화 또는 용역을 기준으로 과세 여부를 판단해야 한다.



지자체 소유 재산의 관리ㆍ운영을 위ㆍ수탁 계약에 따라 지방공사가 대행한 경우, 부가가치세 과ㆍ면세 여부 판단에 있어 법원은  "위탁계약에 따른 대행사업비와 위탁수수료를 본인의 계산으로 지출한 이상 대행사업비와 위탁수수료 전체가 용역의 대가이므로 대행사업비는 부가가치세 과세대상에 포함됨”이라고 하면서,  "원고는 ○○시로부터 이 사건 각 시설에 대한 관리ㆍ 운영 업무 일체를 위탁받았고, 이 사건 각 시설의 관리ㆍ 운영에 대한 일체의 책임을 원고가 부담하기로 약정한 점, 원고는 이 사건 각 위탁계약과 관련하여 분기마다 ○○시로부터 인건비, 전기, 수도요금, 소모품 등의 경비, 하청업체 외주비용 등으로 구성된 대행사업비를 총액으로 지급받고, 이와 별도로 위탁수수료를 지급받았으며, 직접 인력을 채용하고 외주 용역계약을 체결하여 위와 같이 총액으로 지급받은 대행사업비를 위 인건비, 외주용역비 등에 사용하는 방식으로 이 사건 각 시설의 관리ㆍ 운영 업무를 수행하여 온 점, 원고는 2011사업연도부터 이 사건 각 위탁계약에 따라 ○○시로부터 수령하는 대행사업비와 위탁수수료 전체를 독자적인 수입과 지출로 회계처리하고 있고, 피고에게 법인세 신고를 함에 있어서도 대행사업비와 위탁수수료 전액을 수입금액으로 신고한 점, 원고는 ○○종합운동장 및 국민체육센터, ○○둔치 체육시설(야구장, 축구장), ○○시 종합공설장시설인 ○○공원의 관리ㆍ 운영과 관련한 하청업체 외주비용에 관하여 해당 하청업체로부터 원고를 공급받는 자로 하여 매입세금계산서를 수취하였을 뿐 이에 상응하는 대행사업비에 대한 매출세금계산서를 ○○시에 발급한 바 없는바, 위 외주비용에 해당하는 대행사업비를 부가가치세 과세표준에서 제외하면 이 부분과 관련하여 매입만 존재하고 매출이 누락되는 결과를 야기하는 점[○○시가 공급받는 자로서 직접 매입세금계산서를 수취한 부분은 공급가액에서 제외되었다], ○○시는 이 사건 각 시설의 관리ㆍ 운영과 관련한 일체의 업무를 도급하는 자의 지위에서 수급인의 업무를 감독할 수 있고, 관리ㆍ 운영 위탁용역의 대금을 정함에 있어서는 실제로 소요되는 경비(이 건에서 대행사업비) 및 일정비율의 이윤을 보장하는 방법을 선택할 수도 있는 것이므로, 원고가 ‘○○시의 승인을 얻은 범위 안에서 대행사업비를 집행하고, 지출하고 남은 대행사업비는 모두 ○○시에 반환함으로써 당초 약정한 위탁수수료만 취득하였다’고 하여, 원고가 위 대행사업비의 지출에 관하여는 단순히 ○○시를 대행하는 지위에 있었다고 단정하기 어려운 점, 이 사건 각 시설에 대한 이용료는 이 사건 각 시설의 이용자들로부터 그 이용에 대한 대가로 지급받는 ○○시의 ‘수입’ 또는 ‘매출’로서, 이는 ○○시가 그 관리ㆍ 운영을 위하여 지출하는 원고에 대한 용역대금 등의 ‘비용’ 내지 ‘매입’에 대응하는 것일 뿐, 위와 같은 이용료의 귀속이 이 사건 용역에 대한 대가의 범위를 결정하는 것은 아닌 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 위탁계약에 따른 대행사업비는 ○○시에 공급한 이 사건 용역의 수행과정에서 원고의 계산으로 지출한 것으로, 대행사업비와 위탁수수료 전체가 이 사건 용역의 대가로서 구「부가가치세법」제13조 제1항, 구「부가가치세법 시행령」제48조 제1항 및「부가가치세법」제29조 제1항, 제3항이 정하는 ‘재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받은 대금ㆍ 요금ㆍ 수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것’에 해당한다고 봄이 상당하다.”라고 판시(대법원 2017.12.21. 선고 2017두60123 판결)한 바 있다.



(나) 위의 관련 판례와 법리를 종합하면, 위탁계약에 따른 대행사업비를 법인의 책임과 계산으로 지출하였는지 여부가 부가가치세 과세대상 판단에 있어 중요하다 할 것인바, 이 건에 있어 청구법인이 단순히 공사비의 집행만 대신하였는지 아니면 본인의 책임과 계산으로 지출하였는지 여부에 대한 판단은 구체적으로 ① 공사계약 체결 여부의 결정권한이 청구법인에게 있는지 여부, ② 공사계약 체결 시 계약명의자가 청구법인인지 여부, ③ 공사계약과 관련하여 손해배상의무가 청구법인에게 있는지 여부, ④ 공사계약 및 집행과 관련한 전문인력을 보유하고 있는지 여부, ⑤ 공사의 수입, 지출 관련 독자적인 회계처리 및 법인세 신고 여부 등이 고려되어야 할 것인데, 청구법인은 ① 대행사업 협약서 제5조에서 지자체가 지급자재, 용역사 및 시공사 선정, 기성 및 준공검사 등 대행사업과 관련 업무 일체에 대한 권한 책임을 청구법인에게 부여한 점, ② 실제 쟁점사업과 관련하여 지급자재, 용역사 및 시공사 선정 등과 관련한 계약체결 권한을 청구법인이 행사하고, 청구법인 명의로 일련의 계약을 체결하였으며, 세금계산서 또한 청구법인 명의로 수취한 점, ③ 대행사업 협약서 제11조에 의하면 사업수행 중 청구법인이 관리상 주의와 의무를 소홀히 하여 사업지연, 시설물의 하자 등으로 지자체 및 제3자에 재산상 손해를 끼쳤을 경우 청구법인에 배상책임이 있고, 공사 시공 시 각 공정별로 안전계획을 수립 추진하여야 하며, 이 과정에서 일어나는 모든 사고 등 제반피해에 대한 보상, 원상복구, 민ㆍ형사상 책임을 청구법인이 부담하는 점, ④ 청구법인 내에 쟁점사업에 관련한 계약파트장(장석규)을 두는 등 전문인력을 보유한 것으로 보이는 점, ⑤ 청구법인이 쟁점사업과 관련하여 지자체로부터 받은 교부금 전액에 대해 법인세 수입금액으로 신고하였으며, 대행사업수익을 기타매출로 인식한 점 등에서 쟁점사업을 본인의 책임과 계산으로 수행하였다 할 것이므로 쟁점공사비는 부가가치세 과세대상에 포함된다.



(다) 쟁점공사비와 마찬가지로 위탁계약에 따른 보상비를 청구법인의 책임과 계산으로 지출하였는지 여부가 부가가치세 과세대상 판단에 있어 중요하다 할 것인데, 청구법인이 단순히 보상비의 집행만 대신하였는지 아니면 본인의 책임과 계산으로 지출하였는지 여부를 판단하는 기준은 ① 보상계획수립 시 결정권한이 청구법인에게 있는지 여부, ② 보상액 산정의 결정권한이 청구법인에게 있는지 여부, ③ 보상계약 체결 시 계약명의자가 청구법인인지 여부, ④ 보상계약과 관련하여 손해배상의무가 청구법인에게 있는지 여부, ⑤ 토지보상비를 별도로 구분수취하여 납입만을 대행하는지 여부 등이라 할 것인데, 이 건에 있어 청구법인은 ① 지자체가 보상사업의 시행자로서 보상의 대상이 되는 구역과 토지소유자를 확정하며, 이후 청구법인과 대행계약을 체결하는바 청구법인은 보상계획수립 시 이에 기여하거나 개입하는 바가 없는 점, ② 토지보상액은 토지보상법에 근거하여 감정평가업자의 감정평가액을 기준으로 산정하는바 청구법인에게 보상비를 결정할 권한이 없는 점, ③ 청구법인은 보상대행기관으로서 보상업무를 대행할 뿐, 보상계획공고, 보상협의계약서상 취득자, 공공용지취득협의서상 매수인 등 계약체결이 모두 지자체(OOO) 명의로 이루어진 점, ④ 토지소유자의 불만 등으로 계약체결이 이루어지지 않는 경우 이의신청 및 행정소송의 당사자가 모두 지자체인 것으로 확인되는 점, ⑤ 교부금 신청 시 공사비와 보상비를 별도로 구분하여 요청하고, 그에 따라 공사비와 보상비 수령 계좌 또한 별도로 구분한 사업이 확인되며, 토지매입비 예산 계정을 별도로 운영하고 있는 점 등에서 청구법인은 단순히 보상비의 납입만을 대행한 것으로서 보상비는 부가가치세 과세대상에 포함되지 않는 것으로 판단된다.



(라) 앞에 언급한 바와 같이 청구법인은 자기책임과 계산하에 공사부문 대행사업을 수행하였고, 보상부문 대행사업을 함에 있어서는 보상비를 별도로 구분 수취하여 그 전달만을 대신하였는바, 쟁점공사비와 보상비의 경제적 실질이 동일하다고 볼 수 없다.



따라서 쟁점공사비는 청구법인의 책임과 계산하에 지자체에 토지조성용역을 공급하고 받은 대가이므로 부가가치세 과세대상에 포함하여야 한다.



(3) 청구법인의 항변사항에 대하여 처분청이 제출한 추가답변서의 주요 내용은 다음과 같다.



(가) 청구법인은 항변서에서 ① 쟁점사업이 일반적인 공사도급계약이 아닌 법령 및 조례에 따라 지자체 업무를 대행하는 위수탁거래이고, ②총액으로만 거래해야 한다는 조사청 주장은 근거과세원칙, 조세법률주의, 거래과정에서 창출된 부가가치세를 과세대상으로 하는 부가가치세 원칙에 어긋나며, ③「부가가치세법 시행령」제75조 개정 취지에 따라 거래형태를 착오하였더라도 거래당사자가 인식한 거래형태에 따라 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 납부하였고, 과세관청이 각 거래단계별 부가가치세를 과세함에 아무런 문제가 없다면 정당한 것으로 인정받을 수 있고, ④부문별 전문인력 보유, 대금 구분수취, 수령한 대금을 실비로써 집행하였다는 점에서 쟁점공사비와 보상비의 법적ㆍ경제적 실질이 동일하므로 세법상 동일하게 취급되어야 하며, ⑤쟁점사업은 토지의 공급에 해당하는 면세사업이고, 대법원 판례(대법원 2017.12.21. 선고 2017두60123 판결)에서  "관리ㆍ운영 위탁용역의 대금을 정함에 있어서는 실제로 소요되는 경비 및 일정비율의 이윤을 보장하는 방법을 선택할 수도 있는 것”이라고 판시하였으므로, 이는 순액거래를 인정하는 청구법인의 주장을 뒷받침하는 내용이라고 항변하였는바, 즉 쟁점사업이 위수탁거래이고, 지자체에서 쟁점공사비와 보상비 등의 실비를 부담하며, 쟁점공사비와 보상비의 법적ㆍ경제적 실질이 동일하므로 쟁점공사비가 과세표준에서 제외되어야 한다는 것이나 이는 다음과 같은 이유로 타당하지 아니하다.



(나) 청구법인은 쟁점사업이 일반적인 공사도급계약이 아닌 법령 및 조례에 따라 지자체 업무를 대행하는 위수탁거래라고 항변하였는바, 일반거래는 책임과 계산이 본인에게 있어 거래상대방으로부터 지급받는 대가 총액을 공급가액으로 하여 부가가치세를 신고ㆍ납부하여야 하고, 위수탁거래는 수탁자에게 책임과 계산이 이전되지 않은 거래로 위탁자로부터 받는 위탁수수료만을 공급가액으로 하여 부가가치세를 신고ㆍ납부한다는 차이가 있는데, 일반거래와 위수탁거래를 구분하는 요소는 형식적인 거래형태가 아닌 ‘책임과 계산’이 실질적으로 누구에게 있는지를 판단하는 것이므로, 이 건에 있어 청구법인이 지급자재ㆍ용역사ㆍ시공사 선정, 기성 및 준공검사 등 공사부문 대행사업과 관련한 업무 일체에 대한 권한과 책임을 지자체로부터 부여받았고, 쟁점사업 관련 손해배상의무를 지고 있으므로 청구법인에게 쟁점사업 공사부문에 대한 책임과 계산이 있음을 확인할 수 있다(＜표2＞의 제5조 업무의 범위, 제11조 위험부담 내용 참조).



또한, 청구법인은 항변서에서 법률에 따른 지자체 대행사업은 위수탁거래이므로 위탁수수료만을 청구법인의 매출로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인이 수행한 다른 지자체 대행사업(혁신지식산업센터, OOO 등)에서는 교부금 전액에 대하여 세금계산서를 발급한 사실이 있는바, 지방공사에서 수행하는 모든 대행사업은 관련 법령 및 조례에 따라 동일한 형식으로 운영되는데, 쟁점사업 외 대행사업은 교부금 전액에 대하여 세금계산서를 발급하고 쟁점사업은 위탁수수료만이 세금계산서 발급대상이라고 하는 것은 논리적으로 모순되며, 아래 ＜표8＞의 심판례 등을 보더라도 청구법인과 동일한 지위에 있는 지방공사들이 쟁점사업과 유사한 대행사업을 수행하면서 발생한 동일 쟁점에서의 판단기준이 ‘자기책임과 계산 여부’라는 것을 확인할 수 있다.



＜표8＞ 심판례 등

○ 국세청 서면-2015-부가-1339, 2015.11.11.

「지방공기업법」제49조에 따라 설립된 지방공사가 지방자치단체로부터 지급받는 대행사업비 및 대행수수료는「부가가치세법」제11조에 따른 용역의 공급대가에 해당하므로 해당 대가 전액을 부가가치세 공급가액에 포함하는 것임



○조심 2010전3637, 2011.2.7.

형식은 대행계약이나 실질이 도급계약으로 계약금액 전체에 대하여 세금계산서미교부가산세를 부과하여야 함



○서울고등법원 2017.8.25. 선고 2017누32908 판결, 대법원 2017.12.21. 선고 2017두60123 판결(심리불속행)

위탁계약에 따른 대행사업비와 위탁수수료를 본인의 계산으로 지출한 이상 대행사업비와 위탁수수료 전체가 용역의 대가이므로 대행사업비는 부가가치세 과세대상에 포함됨



○국세청 적부-2023-0045, 2023.7.19.

청구법인이 쟁점용역과 관련 수령하여 집행한 위탁사업비 중 그 집행실태를 구체적으로 확인하여 청구법인의 책임과 계산으로 집행한 것은 부가가치세 과세표준에 포함하는 것이 타당하고, 그 외 단순히 AAA시를 대신하여 집행한 것에 불과한 부분에 대해서는 부가가치세 과세대상에서 제외하는 것이 타당함



○ 조심 2017중2199, 2017.7.21.

청구법인이 본인의 책임과 계산 하에 쟁점시설의 운영에 필요한 직원을 채용ㆍ관리하면서 인건비를 지출하였고, 기타경비도 자체적인 판단에 따라 지출한 것으로 보이므로 청구법인이 단순히 쟁점 대행사업비의 집행만 대신하였다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 쟁점사업비는 위탁운영에 대한 대가로서 부가가치세 과세표준에 포함됨



○국세청 서면-2021-법령해석부가-6656, 2021.12.16.

공사가 협약에 따라 지자체에 복합청사를 건립하여 주고 용지대, 공사비, 그 외 비용으로 구성된 총사업비를 대가로 받는 경우 총사업비가 공급가액이 되는 것이나, 지자체가 부담할 토지매입비를 별도로 구분 수취하여 납입만을 대행하는 경우 토지매입비는 공급가액에 포함하지 아니하는 것임





(다) 청구법인은  "총액으로만 거래해야 한다는 조사청 주장은 근거과세원칙, 조세법률주의, 거래과정에서 창출된 부가가치세를 과세대상으로 하는 부가가치세 원칙에 어긋난다”고 항변하였으나, 조사청은 지자체와의 거래는 무조건 지급받는 대가 총액이 부가가치세 과세표준이 되어야 한다고 주장하는 것이 아닌, 쟁점공사비와 보상비에 대한 ‘자기책임과 계산’ 여부를 판단하여 쟁점공사비를 부가가치세 과세대상으로 판단한 것이다.



청구법인은 쟁점공사비가 지자체로부터 받은 금액 그대로 집행되므로 청구법인이 창출한 부가가치와 무관하여 이에 대해 부가가치세를 부과할 수 없다고 하나, 우리나라는 전단계거래공제법이 아닌 전단계세액공제법을 적용하고 있어 부가가치세 과세표준에는「부가가치세법」제29조에 따라 어떠한 명목이든 상관없이 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하는 것이 원칙이고, 다만 ‘자기 책임과 계산’ 여부에 따라 그 포함 여부를 달리하는바, 이 건의 경우 ① 건설업체 계약체결에 대한 결정권한이 지자체가 아닌 청구법인에게 있고, ② 청구법인 명의로 계약을 체결하고 세금계산서를 수취하였으며, ③ 공사에 대한 손해배상의무가 청구법인에게 있으므로 청구법인에게 공사부문에 대한 책임과 계산이 있다고 볼 수 있다.


또한, 청구법인은 협약서 내용과 회계처리 방법이 법령과 조례에 따라 사실상 강제되어 있어 교부금 전액을 매출로 인식하였을 뿐이고, 기업회계기준상 대행ㆍ위탁사업의 회계처리 시 위탁수수료만을 수익으로 인식한다는 것을 항변의 근거로 들고 있으나, 쟁점사업은 형식상 대행계약일 뿐 기업회계기준에서 정의하는 실질적인 위수탁거래에 해당하지 아니하고, 청구법인과 동일한 지위에 있는 지방공사들이 쟁점사업과 유사한 대행사업을 수행하면서 거래의 실질에 따라 일반ㆍ위수탁 거래를 판단하여 세금계산서를 발급한 것은 이미 관련 판례 등에서 다수 확인되었다.



(라)청구법인은  "「부가가치세법 시행령」제75조 개정 취지에 따라 거래형태를 착오하였더라도 거래당사자가 인식한 거래형태에 따라 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 납부하였고, 과세관청이 각 거래단계별 부가가치세를 과세함에 아무런 문제가 없다면 정당한 것으로 인정받을 수 있다”고 항변하였으나,「부가가치세법 시행령」제75조(세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제)의 취지는 매입세액공제 요건 완화를 통한 납세자 권익보호에 있는데, 청구법인의 공급가액이 얼마인지를 판단하는 이 건과는 무관한 규정이고, 동 규정은 법 제39조(공제하지 아니하는 매입세액)의 하위 법령으로, 이 건에서 다투는 법 제29조(과세표준)를 판단할 수 없다.



만약 해당 법조항을 적용한다고 하더라도, 본 규정은 거래당사자가 거래형태를 착오하였을 때에 거래당사자가 인식한 하나의 거래형태에 따라 세금계산서를 수수한 경우 매입세액을 공제해 준다는 의미로, ①쟁점사업을 위수탁거래로 볼 경우 지자체와 청구법인 간에는 위탁수수료에 대해서만 세금계산서를 수수하는 것이고, 자기책임과 계산으로 사업을 시행한 지자체가 건설업체로부터 쟁점공사비에 대한 매입세금계산서를 수취하였어야 하며, ② 쟁점사업을 일반거래로 볼 경우, 지자체와 청구법인 간에는 대행사업비 전액(쟁점공사비와 위탁수수료 포함)에 대하여 세금계산서를 수수하는 것이고, 청구법인이 건설업체로부터 쟁점공사비에 대한 매입세금계산서를 수취하였어야 한다(＜표9＞의 거래구조 참고).



＜표9＞ 거래구조

○○○



아울러 청구법인은 건설업체로부터 청구법인 명의로 세금계산서를 수취하였으면서도 쟁점사업이 위수탁거래임을 이유로 위탁수수료만 세금계산서 발급대상이라고 항변하나, 쟁점사업을 위수탁거래로 본다면 청구법인과 건설업체간 수수한 세금계산서는 책임과 계산이 없는 자와 수수한 위장세금계산서가 되는 것이고, 일반거래로 본다면 쟁점공사비와 위탁수수료 전액이 청구법인의 과세표준에 포함되는 것이므로 타당하지 아니하다.



(마) 청구법인은  "부문별 전문인력 보유, 대금 구분수취, 수령한 대금을 실비로써 집행하였다는 점에서 쟁점공사비와 보상비의 법적ㆍ경제적 실질이 동일하므로 세법상 동일하게 취급되어야 한다”고 항변하나, 쟁점공사비와 보상비는 동일한 쟁점사업 내에서 지자체로부터 수령하는 사업비로 수령 방식과 운영 방식 등의 법적ㆍ경제적 형식은 동일할 수 있으나, 그것만으로 법적ㆍ경제적 실질(계약체결, 금액 등 결정권한, 손해배상의무 등)까지 동일하다고 볼 수는 없고, 법적ㆍ경제적 실질을 비교하기 위해서는 자기책임과 계산 여부를 살펴야 하는데, 요약하면 아래 ＜표10＞과 같으므로 이 부분 항변 또한 타당하지 아니하다.



＜표10＞ 자기책임과 계산 여부

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(바) 마지막으로, 청구법인은 쟁점사업이 토지의 공급에 해당하는 면세사업이고, 대법원 2017.12.21. 선고 2017두60123 판결에서 ‘관리ㆍ운영 위탁용역의 대금을 정함에 있어서는 실제로 소요되는 경비 및 일정비율의 이윤을 보장하는 방법을 선택할 수도 있는 것’이라고 판시하였으므로 이는 순액거래를 인정해야 한다는 청구법인의 주장을 뒷받침하는 내용이라고 항변하나, 심판청구서에서 쟁점사업이 토지의 공급이라고 주장하면서 항변서에서는 쟁점사업이 위수탁거래라고 주장하는 것은 논리적 모순이고, 토지의 명의는 토지소유자에서 지자체로 이전됐을 뿐 청구법인이 토지(재화) 명의를 이전받은 사실은 없으며, 단지 지자체 명의의 토지에 산업단지 건립을 위한 토지조성용역을 제공하였다는 점에서 쟁점사업은 과세사업에 해당한다.



또한, 청구법인은 위 판결문의 발췌 문구가 순액거래를 인정하는 내용이라고 하나, 문구의 뒷부분을 살펴보면 아래 ＜표11＞의 내용과 같이 이는 총액ㆍ순액거래와 관련된 내용이 아니고, 해당 문구의 취지는 지자체와의 거래에서 원가가산법에 따라 사업비를 산정하고 정산과정을 통해 초과이윤을 지자체에 반환한다고 하여 지방공사가 단순히 지자체를 대행하는 지위에 있었다고 단정할 수 없다고 판시한 것이며, 해당 문구는 지자체로부터 사업비를 교부받아 대행사업을 수행한 뒤 대행사업이 완료되면 대행사업비를 정산하여 지자체에 반환하는 청구법인에게도 동일하게 적용되므로, 청구법인이 대행사업비를 반환한다고 하여 지자체를 단순 대행했다고 볼 수는 없는 것이다.



＜표11＞ 대법원 2017.12.21. 선고 2017두60123 판결(일부)

관리ㆍ 운영 위탁용역의 대금을 정함에 있어서는 실제로 소요되는 경비(이 사건에서는 대행사업비) 및 일정비율의 이윤을 보장하는 방법을 선택할 수도 있는 것이므로, 원고가 ‘○○시의 승인을 얻은 범위 안에서 대행사업비를 집행하고, 지출하고 남은 대행사업비는 모두 ○○시에 반환함으로써 당초 약정한 위탁수수료만 취득하였다’고 하여, 원고가 위 대행사업비의 지출에 관하여는 단순히 ○○시를 대행하는 지위에 있었다고 단정하기 어려운 점, (이하생략)







3. 심리 및 판단



가. 쟁 점



① 이 건 부가가치세 경정처분 중 감액경정처분이 이루어진 부가가치세 과세기간에 대한 심판청구가 적법한지 여부



② 쟁점사업에 대한 대행용역을 제공하고 지급받은 대행사업비 중 쟁점공사비가 부가가치세 과세표준에 포함되는지 여부



나. 관련 법령 등 : ＜별지2＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 처분청이 제시한 심리자료 등에 의해 확인되는 이 사건 주요 사실관계는 다음과 같다.



(가) 청구법인은「지방자치법」및「지방공기업법」에 따라 설립된 법인으로 공공개발사업인 산업단지조성 등의 사업을 수행하는 공기업이고, OOO가 100% 지분을 가지고 있다.



(나) 청구법인은 지자체와 산업단지 조성공사 등 대행사업 협약을 체결하여 OOO첨단소재융합 산업지구개발, OOO 웰니스 항노화산업 특화단지 조성사업 등을 수행하였는바, OOO와는 쟁점사업 관련 협약인 위 ＜표2＞의 OOO첨단소재융합산업지구 개발 대행사업 협약을 체결하였고, 쟁점사업과 관련하여 거래당사자들의 업무범위를 아래 ＜표12＞와 같이 정하였다.



＜표12＞ 쟁점사업 관련 업무 범위

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(다) 쟁점사업과 관련된 청구법인의 매출구조는 공사비와 보상비, 수수료 등으로 나뉘는데, 공사비의 경우 청구법인이 건설업체 등과 도급계약을 체결하여 산업단지 토지조성공사를 수행하면서 이에 수반되는 설계용역비, 시설공사비 등 대행사업에 소요되는 비용을 지자체로부터 수취하고 있고, 보상비의 경우 지자체가 사업계획에 따라 수용할 토지의 소유자 등에게 지급하는 토지보상비로 청구법인이 지자체로부터 보상금을 수령하여 토지소유자 등에게 지급하며, 수수료의 경우 쟁점사업 협약서에 따른 수수료 요율 산출기준을 근거로 지자체가 청구법인에게 지급하는 위탁대행수수료(공사부문 수수료 및 보상부문 수수료)이다.



(라) 쟁점사업의 추진과 관련하여 지자체와 청구법인 간에 이루어진 구체적인 업무진행 프로세스는 다음과 같다.



1) (사업계획수립 및 대행사업 협약) 지자체는 쟁점사업과 관련된 타당성 조사를 수행하여 적정한 사업비 규모를 산정하고, 이후 사업인정단계를 거쳐 확정된 사업에 대해 청구법인과 대행계약을 체결한다.



2) (대행사업 교부금 신청 및 지급) 지자체에서 쟁점사업 관련 예산을 편성하고 정부로부터 해당 예산을 지급받는 경우 청구법인에 공문 또는 유선 연락을 취하고, 청구법인의 보상팀 담당자와 공사팀 담당자는 사업계획서를 첨부하여 지자체에 교부금 신청 공문을 아래 ＜표13＞과 같이 송부하며, 이후 교부금이 청구법인의 대행사업별 통장으로 입금되면, 청구법인은 토지소유자에게 감정평가에 따른 토지보상액을 지급하고, 건설업체 등에게 공사진행률에 따른 공사비를 지급한다.



＜표13＞ 교부금 신청공문

○○○



3) (보상부문 대행사업) 지자체와 청구법인의 홈페이지에 OOO도지사 명의로 쟁점사업 보상계획이 공고되고, 감정평가업자에게 감정평가를 의뢰하여 감정평가 결과에 따라 토지보상비가 확정되며, 청구법인은 아래 ＜표14＞와 같이 지자체를 대리하여 토지소유자와 토지취득 협의계약을 수행한 후 토지보상비를 지급하고, 이후 토지는 지자체에 귀속되며, 계약이 원활하게 진행되지 않는 경우 아래 ＜표15＞와 같이 이의신청(재결신청)의 과정을 거치고, 이 과정에서 신청인 또는 피고는 지자체의 장으로 명시되어 있다.



＜표14＞ 보상계약 체결 및 보상금 지급

○○○



＜표15＞ 보상비 관련 재결신청서 및 소장

○○○


4) (공사부문 대행사업) 청구법인은 지자체로부터 지급자재, 용역사 및 시공사 선정, 기성 및 준공검사 등 공사부문 대행사업과 관련된 일체의 권한과 책임을 부여받아 공사업무를 대행하는바, 구체적으로는 청구법인 명의로 토목공사 등 산업단지 조성공사 입찰공고 및 계약을 수행하면서 세금계산서를 발급받고, 청구법인의 기성검사에 따라 공사대금을 지급하며, 소송이 발생하는 경우 청구법인을 소송당사자로 한다(＜표16＞의 공사물품 구매계약서, 입찰공고 및 공사계약서, 기성청구 및 기성검사 관련 문서 참고).



＜표16＞ 공사부분 대행사업 관련 서류



① 공사물품 구매 계약서

○○○



② 입찰공고 및 공사계약서

○○○



③ 공사 기성청구 및 기성검사 관련 문서

○○○



5) (대행사업비 정산) 청구법인은 쟁점사업이 완료되면 아래 ＜표17＞과 같이 지자체에 대행사업비를 정산하여 보고하고, 대행사업비 잔액이 있는 경우 이자를 포함한 금액을 최종 반납한다.



＜표17＞ 교부금 정산 공문

○○○



6) (청구법인의 대행사업 회계 및 세무처리) 청구법인은 대행사업비(공사비 및 보상비)와 위탁수수료 전체를 독자적인 수입과 지출로 회계처리 하였으며, 법인세 신고를 함에 있어서도 아래 ＜표18＞과 같이 대행사업비와 위탁수수료 전액을 수입금액으로 신고하였다.



＜표18＞ 수입금액 신고 내역 등

○○○



(마) 쟁점사업과 관련하여 청구법인과 지자체간에 이루어진 구체적인 대금의 흐름을 보면, 지자체는 대행사업비로 지급가능한 예산이 확보되는 경우 청구법인에게 이를 안내하고, 청구법인은 자금집행계획을 수립하여 지자체에 대행사업비 교부를 요청하며, 지자체는 청구법인의 대행사업 전용계좌로 교부금을 입금하고, 청구법인은 토지소유자에게 보상비를, 건설업체 등에게는 공사진행률에 따라 공사비를 지급하며, 교부금을 수취하기 전에 보상비과 공사비를 선지급하는 경우는 없고, 대행사업이 완료되면 청구법인은 대행사업 전용통장에 남은 잔액을 지자체에 반납한다.



(바) 쟁점사업과 관련하여 지자체와 청구법인 간에 수수한 계산서 및 세금계산서 내역을 보면, 청구법인은 2019년 제1기∼2023년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 대행사업비(쟁점공사비 OOO원과 보상비 OOO원)가 부가가치세 과세대상이 아니라고 보아 계산서를 발급하였고, 위탁수수료OOO원은 쟁점사업 관련 용역제공에 대한 대가로 보아 세금계산서를 발급하였다(＜표19＞ 참고).



＜표19＞ 계산서 등 발급현황

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(2) 청구법인이 쟁점공사비가 부가가치세 과세대상이 아니라고 하면서 제시한 주요 세부주장 및 관련 증빙의 제출사항은 다음과 같다.



(가) 지자체가 산업단지 개발을 위한 정책적 목적을 수립한 경우, 산업단지 개발사업 관련 타당성 조사를 거쳐 적정한 사업비를 산출한 후 지방공사인 청구법인에 산업단지 개발사업의 대행을 의뢰하게 되고, 이후 지자체와 청구법인은 업무협의를 거쳐 위 ＜표2＞와 같이 쟁점사업의 대행 관련 전반에 관하여 협약서를 체결한다.



(나)「지방공기업법」제71조 제1항은 청구법인과 같은 공사는 국가 또는 지자체의 사업을 대행할 수 있고, 필요한 비용은 국가 또는 지자체가 부담하는 것으로 규정하고 있는바, 쟁점사업의 시행자인 지자체는 쟁점사업의 사업비 관련 예산을 편성하고, 정부로부터 해당 예산을 지급받는 경우 청구법인에 공문 또는 유선연락을 하며, 청구법인은 시행자인 지자체 예산지출 담당자와 협의를 거친 후 대행사업비를 교부해 줄 것을 신청하는 공문을 송부하는데(위 ＜표13＞ 공문 참고), 청구법인이 쟁점사업의 대행과 관련하여 시행자인 지자체로부터 교부금을 수령하지 않은 상태에서 공사비 또는 보상비를 자체 예산으로 먼저 지급하는 경우는 없다.



(다) 쟁점사업의 사업비는 보상비, 공사비, 대행사업 수수료로 구분되고, 보상비와 공사비는 청구법인이 아닌 외부에 직접적으로 지급되는 금액이며, 대행사업 수수료는 청구법인의 이윤(마진)이 아닌 청구법인의 사업대행에 소요되는 내부원가(인건비, 관리비 등)에 약간의 이윤이 가산된 금액이고, 쟁점사업을 대행하는 과정에서 청구법인이 담당하는 업무는 청구법인의 고유업무가 아닌 관련 법령 및 조례ㆍ협약에 따라 시행자인 지자체의 업무를 대행하는 것이다.



(라) 쟁점사업의 시행자인 지자체는 청구법인의 요청에 따라 대행사업별 통장으로 교부금을 입금하고, 교부금을 청구법인 명의의 통장에 예치함으로써 발생하는 이자수익까지도「지방공기업법」따라 쟁점사업의 종료 후 정산을 거쳐 남은 교부금 잔액과 함께 지자체에 전액 환급되므로(「지방공기업법 시행령」제63조 제4항) 청구법인은 쟁점사업의 대행과 관련된 수익금액이 발생할 수 없는 구조이며, 세무상으로 청구법인은 쟁점사업의 대행과 관련하여 시행자인 지자체로부터 지급받은 교부금 중에서 대행사업 수수료에 상당하는 금액은 세금계산서를, 그 외 금액인 보상비와 공사비에 대해서는 계산서를 발행하였다.



(마) 이 건에서 과세처분의 대상이 된 산업단지 개발사업의 사업기간은 아래 ＜표20＞과 같은바, 2013년부터 2025년까지 사업이 진행되는 것으로 되어 있고, 처분청은 2024년 실시한 청구법인에 대한 정기 세무조사에서 청구법인이 쟁점사업의 대행과 관련하여 사업시행자인 지자체로부터 지급받은 교부금 중에서 쟁점공사비가 청구법인이 지자체에 공급한 용역의 대가에 해당한다고 보아 과세기간별로 부가가치세를 부과하였다.



＜표20＞ 쟁점사업의 사업기간

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(3) 한편, 최근 00도 내 기초 지자체의 산하기관인 00도시공사가 해당 기초 지자체와 공영주차장 및 캠핑장 운영 등에 관한 위ㆍ 수탁 관리계약을 체결하고 대행용역 등을 제공한 것에 대하여 관할 세무서장이 부가가치세를 부과한 것과 관련된 조세심판청구에서 조세심판관합동회의는 아래 ＜표20＞의 내용과 같은 사유로 청구주장을 인용결정(2024중4134, 2025.7.10.)한 바 있다.



＜표20＞ 심판결정례(2024중4134, 2025.7.10. 합동회의)

살피건대, 부가세법 제26조 제1항 제19호에서 국가 및 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서 면세대상으로 규정하고 있고, 조특법 제106조 제1항 제6호는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것을 부가가치세 면제대상으로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제106조 제8항은 정부업무대행단체가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을, 같은 법 시행규칙 [별표10]에서는 정부업무대행 단체가 「지방공기업법」 제71조 제1항 및 제76조 제2항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 그 사업에 대하여 부가가치세를 면세한다고 규정하고 있다.



처분청은 정부업무대행단체가 쟁점단서 조항의 사업(정부업무)을 대행하는 경우에는 부가가치세가 면제되지 아니하고, 청구법인은 자기의 계산과 책임으로 쟁점사업에 관한 용역을 제공하였으므로 이 건 부가가치세를 부과한 처분이 적법하다는 의견이나, 쟁점사업과 관련한 계약 등에 따르면, 청구법인은 「지방공기업법」 제49조에 근거하여 설립된 법인으로서 00도 00시와 「지방공기업법」 제71조 및 같은 법 시행령 제63조 등에 따라 지방자치단체의 사업인 쟁점사업을 대행하기 위하여 이 건 위ㆍ 수탁 관리계약 등을 체결한 것으로 나타나는 점, 정부업무대행단체가 쟁점단서 조항의 사업을 직접 영위하는 경우에는 부가가치세가 면제되지 아니하는 것이나, 지방자치단체와 「지방공기업법」 제71조 제1항, 제76조 제2항 및 같은 법 시행령 제63조 등의 규정에 의하여 지방자치단체의 시설(자산) 등에 대한 위탁계약을 체결하고, 국가ㆍ 지방자치단체의 사업을 대행하는 용역(사업지원 서비스업 등)을 제공한 경우에는 쟁점단서 조항의 사업에 해당하는 것으로 보기 어려운 점, 2017.2.7. 조특법 시행령 개정 시 정부업무대행단체에 지방공사가 추가된 이유는 지방공사에게 지방공단과 동일한 혜택을 부여하기 위한 것으로 나타나는데, 그간 지방공단이 지방자치단체의 업무를 대행하면서 수령한 사업비에 대하여 부가가치세를 면제했던 점을 고려하면(청구법인은 그간 지방공단의 정부업무 대행사업비의 경우 부가가치세가 면제되어 왔다고 주장하고 있고, 처분청은 이에 대한 반증을 제시한 바 없다), 지방공사에 대해서도 지방공단과 동일하게 쟁점사업비에 대해 부가가치세를 면세하는 것이 합리적으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점사업비를 부가가치세 과세대상으로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.




(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 이 건 부가가치세 경정처분 중 감액경정처분이 이루어진 부가가치세 과세기간(2020년 제2기~ 2021년 제2기, 2022년 제2기, 2023년 제2기)에 대한 심판청구가 적법한지 여부에 대하여 직권으로 살피건대, 감액경정처분이 행하여진 경우에는 새로이 잔액에 대하여 구체적인 조세채무를 확정시키는 것이 아니라 당초 처분의 일부를 취소하는 효력을 갖는 것에 불과한 것으로서 납세의무자에게 이익이 되는 처분이고, 그에 의하여 감소된 세액 부분에 관하여만 법적 효과를 미치는 것으로 이는 당초 처분과 별개 독립된 것이 아니고 실질적으로 당초 처분의 변경에 불과하므로 여기에「국세기본법」제55조 제1항 소정의 권리나 이익 침해의 전제가 되는 이 법 또는 세법에 따른 처분 등이 있었다고 보기는 어려운 바, 따라서 이 건에 있어 감액경정처분이 이루어진 20020년 제2기~ 2021년 제2기, 2022년 제2기 및 2023년 제2기 부가가치세 과세기간에 대한 심판청구는 부적법하다고 판단된다(조심 2015서5138, 2017.9.29. 외 다수, 같은 뜻임).



(5) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.



(가) 청구법인은 지자체가 위수탁 거래에 따라 쟁점공사비를 포함한 일체의 비용을 교부금의 형태로 지급한 것이고, 쟁점공사비는 면세사업과 관련된 것이며, 관련 법령에 따라 용역대가와 구분하여 쟁점공사비를 지급한 것이므로 쟁점공사비가 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니한다는 주장이고, 처분청은 지자체 산업단지 토지조성 대행용역은「부가가치세법」상 과세 대상이고, 공사업무는 청구법인의 책임과 계산으로 수행되었으므로 쟁점공사비는 부가가치세 과세표준에 포함되어야 한다는 의견이다.



(나)「부가가치세법」제11조 제1항과 제29조 제3항에서 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 과세표준이 되는 공급가액은 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되 부가가치세는 포함하지 아니한다고 규정하고 있는데,「지방공기업법」제49조에 따라 설립된 지방공사가 위수탁 계약에 따라 지자체로부터 지급받는 대행사업 관련 대행사업비가 지자체에 공급한 대행사업 관련 용역의 수행과정에서 지방공사의 계산으로 지출되었고, 대행사업 업무가 지방공사의 책임과 계산하에 이루어졌다면 원칙적으로 해당 대행사업비는 부가가치세 관련 법령에 따라 대가 전액이 부가가치세 과세표준에 포함된다고 할 것인바(대법원 2017.12.21. 선고 2017두60123 판결, 조심 2015중2056, 2015.7.16. 참조), 이 건에 있어 청구법인이 지자체와 체결한 산업단지 조성공사 등 대행사업 협약서에 의하면, 청구법인의 수탁업무를 토지매입에 관한 업무, 사업과 관련된 발주 및 계약 업무, 용역 및 공사관리 업무, 사업관련 인ㆍ허가 업무, 대행사업비 집행 및 정산, 기공식ㆍ준공식 행사 지원 등으로 정하였고, 지자체가 지급자재, 용역사 및 시공사 선정, 기성 및 준공검사 등 쟁점사업과 관련된 업무 일체에 대한 권한과 책임을 청구법인에게 부여하였으며, 쟁점사업과 관련된 제반 피해에 대하여도 보상ㆍ원상복구ㆍ민형사상 책임을 부여한 점, 청구법인이 건설업체 등과 도급계약을 체결하여 산업단지 토지조성공사를 수행하면서 이에 수반되는 설계용역비, 시설공사비 등 대행사업인 쟁점사업에 소요되는 쟁점공사비를 지자체로부터 수취하여 자신의 계산과 책임하에 사용하였고(세금계산서 등 청구법인 명의 수수), 공사도급계약에 있어 소송이 발생하는 경우에도 지자체가 아닌 청구법인을 소송당사자로 하기로 하는 등 쟁점공사와 관련된 책임과 권한이 모두 청구법인에게 있다고 보이는 점, 청구법인이 쟁점사업의 대행과 관련하여 지자체로부터 수령한 대행사업비(쟁점공사비 및 보상비)와 위탁수수료 전체를 독자적인 수입과 지출로 회계처리 하였고, 법인세 신고시 쟁점공사비를 포함한 대행사업비와 위탁수수료 전액을 수입금액으로 신고한 점, 대행사업비 중 보상비의 경우 청구법인이 지급대행자로서 토지소유자들에게 그 비용을 대신 지급한 것으로 보이는 반면, 쟁점공사비는 청구법인이 본인의 책임과 계산하에 공사 관련 계약을 체결하고 시행을 한 것과 관련하여 지출된 것으로 나타나므로 자기책임과 계산 측면에서 보면 그 법적ㆍ경제적 실질이 다르다 할 것이고, 단지 공사가 완료된 후 일부 대행사업비의 정산과 반환이 있었다는 이유만으로 쟁점공사비가 단순히 지급대행 되었다고 단정하기는 어려운 점, 현행 법령상 쟁점공사비 관련 대행용역을 부가가치세가 면제되는 등의 특례적용 대상으로 규정하고 있지 아니한 점 등에 비추어 쟁점공사비가 부가가치세 과세대상에서 제외된다고 보기는 어렵다고 판단된다.



(다) 또한, 이 건에 있어 청구법인과 처분청이 위 조세심판관 합동회의 결정 사례에서 쟁점법령으로 다툰 조특법 제106조 제1항 제6호와 같은 법 시행령 제106조 제8항에 따른 정부업무 대행단체의 면세사업 관련 주장과 의견을 제시한바 없어 해당 결정내역을 이 건에 그대로 적용하기 어렵고, 설령 직권으로 이 건 쟁점사업에 대한 대행용역이 조특법 제106조 제1항 제6호, 같은 법 시행령 제106조 제8항 및 같은 법 시행규칙 별표10(정부업무대행단체의 면세사업)에 따른 정부업무 대행단체가 수행하는 면세사업에 해당하는지 여부에 대해 살펴본다 하더라도, 조특법 시행령 제106조 제7항 제22호의2에서는 가목 내지 다목의 요건을 모두 갖춘「지방공기업법」제49조에 따라 설립된 지방공사를 조특법 제106조 제1항 제6호에서의 정부업무를 대행하는 단체로 규정하고 있고,「지방공기업법」제49조 제5항에서는 공사를 설립한 지방자치단체를 (광역)시ㆍ도와 (기초)시ㆍ군ㆍ자치구로 구분하고 있는데, 위 합동회의 사례에서 청구인인 00도시공사의 경우 조특법 시행령 제106조 제7항 제22호의2 가목에 정하는 ‘시ㆍ군 또는 자치구인 지방자치단체가 설립하였을 것’의 요건을 충족하는 반면, 청구법인은 광역자치도인 OOO가 100% 출자한 법인으로 조특법 시행령 제106조 제7항 제22호의2 가목에 정하는 정부업무 대행단체 해당 요건 및 같은 법 시행규칙 별표10 ‘단체명’란 제22조의2 및 ‘면세사업’란에 규정되어 있는 사업요건의 내용 및 개정취지 등을 모두 충족하였다고 보기 어려우므로, 결국 청구법인이 조특법 제106조 제1항 제6호와 같은 법 시행령 제106조 제7항 및 제8항에 따른 정부업무 대행단체임을 전제로 이 건 쟁점사업에 대한 대행용역이 같은 법령에 따른 부가가치세 면제 대상인지 여부를 다툴 수는 없다고 판단된다.



(라) 따라서, 처분청이 쟁점사업 대행용역과 관련된 쟁점공사비를 부가가치세 과세대상으로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.





4. 결 론



이 건 심판청구는 심리결과 부적법하거나 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.





＜별지1＞ 부가가치세 경정결의 및 고지내역

○○○





























＜별지2＞ 관련 법령 등



(1) 국세기본법 제55조【불복】① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다.(단서 생략)



(2) 부가가치세법 제4조【과세대상】부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입



제11조【용역의 공급】①용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

②제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.



제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】①다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

14.토지



제29조【과세표준】③제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.



제32조【세금계산서 등】①사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.



(3) 부가가치세법 시행령 제3조【용역의 범위】① 법 제2조 제2호에 따른 용역은 재화 외에 재산 가치가 있는 다음 각 호의 사업에 해당하는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위로 한다.

7. 전문, 과학 및 기술 서비스업과 사업시설 관리, 사업지원 및 임대서비스업



제4조【사업의 구분】① 재화나 용역을 공급하는 사업의 구분은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계청장이 고시하는 해당 과세기간 개시일 현재의 한국표준산업분류에 따른다.

② 용역을 공급하는 경우 제3조 제1항에 따른 사업과 유사한 사업은 한국표준산업분류에도 불구하고 같은 항의 사업에 포함되는 것으로 본다.



제45조【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】법 제26조 제1항 제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체(종교단체의 경우에는 그 소속단체를 포함한다)로서 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역



제46조【국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】법 제26조 제1항 제19호에 따른 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것으로 한다.

3. 부동산임대업, 도매 및 소매업, 음식점업ㆍ숙박업, 골프장 및 스키장 운영업, 기타 스포츠시설 운영업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.



(4) 조세특례제한법 제106조【부가가치세의 면제 등】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다.

6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것



(5) 조세특례제한법 시행령 제106조【부가가치세 면제 등】⑦ 법 제106조 제1항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

21.「지방공기업법」에 의하여 농수산물도매시장사업을 수행하기 위하여 지방자치단체가 설립한 지방공사

22.「지방공기업법」 제76조의 규정에 의하여 설립된 지방공단

22의2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 「지방공기업법」 제49조에 따라 설립된 지방공사

가. 시ㆍ군 또는 자치구인 지방자치단체가 설립하였을 것

나. 제21호에 따른 지방공사를 제외할 경우 해당 지방자치단체가 설립한 유일한 지방공사일 것

다. 해당 지방자치단체에 제22호에 따른 지방공단이 없을 것

⑧ 법 제106조 제1항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각 호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은「부가가치세법 시행령」제45조 제1호에도 불구하고 적용한다.

1. 소매업ㆍ음식점업ㆍ숙박업ㆍ욕탕업 및 예식장업

2. 「부가가치세법 시행령」 제3조 제2항에 규정된 사업

3. 부동산임대업

4. 골프장ㆍ스키장 및 기타 운동시설 운영업

5. 수상오락서비스업

6. 유원지ㆍ테마파크운영업

7. 주차장운영업 및 자동차견인업



(6) 조세특례제한법 시행규칙 제48조【부가가치세의 면제 등】② 영 제106조 제8항 각 호 외의 부분 본문에서  "기획재정부령이 정하는 사업”이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다.



[별표 10] 정부업무대행단체의 면세사업(제48조 제2항 관련)

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(7) 지방자치법 제163조【지방공기업의 설치ㆍ운영】① 지방자치단체는 주민의 복리증진과 사업의 효율적 수행을 위하여 지방공기업을 설치ㆍ운영할 수 있다.

② 지방공기업의 설치ㆍ운영에 필요한 사항은 따로 법률로 정한다.



(8) 지방공기업법 제1조【목적】이 법은 지방자치단체가 직접 설치ㆍ경영하거나, 법인을 설립하여 경영하는 기업의 운영에 필요한 사항을 정하여 그 경영을 합리화함으로써 지방자치의 발전과 주민복리의 증진에 이바지함을 목적으로 한다.



제2조【적용 범위】① 이 법은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(그에 부대되는 사업을 포함한다. 이하 같다) 중 제5조에 따라 지방자치단체가 직접 설치ㆍ경영하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 기준 이상의 사업(이하  "지방직영기업”이라 한다)과 제3장 및 제4장에 따라 설립된 지방공사와 지방공단이 경영하는 사업에 대하여 각각 적용한다.

1. 수도사업(마을상수도사업은 제외한다)

2. 공업용수도사업

3. 궤도사업(도시철도사업을 포함한다)

4. 자동차운송사업

5. 지방도로사업(유료도로사업만 해당한다)

6. 하수도사업

7. 주택사업

8. 토지개발사업

9. 주택(대통령령으로 정하는 공공복리시설을 포함한다)ㆍ토지 또는 공용ㆍ공공용건축물의 관리 등의 수탁

10.「도시 및 주거환경정비법」제2조 제2호에 따른 공공재개발사업 및 공공재건축사업



제49조【설립】① 지방자치단체는 제2조에 따른 사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 경우에는 지방공사(이하  "공사”라 한다)를 설립할 수 있다. 이 경우 공사를 설립하기 전에 특별시장, 광역시장, 특별자치시장, 도지사 및 특별자치도지사(이하  "시ㆍ도지사”라 한다)는 행정안전부장관과, 시장ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말한다)은 관할 특별시장ㆍ광역시장 및 도지사와 협의하여야 한다.

② 지방자치단체는 공사를 설립하는 경우 그 설립, 업무 및 운영에 관한 기본적인 사항을 조례로 정하여야 한다.

⑤ 공사는 해당 공사를 설립한 지방자치단체와 다른 지방자치단체 간의 상호 합의를 거쳐 다른 지방자치단체(시ㆍ도와 시ㆍ군ㆍ자치구 모두 합의한 지방자치단체로 한정한다)의 관할 구역에서 제2조에 따른 사업을 추진할 수 있다.



제71조【대행사업의 비용 부담】① 공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행할 수 있으며, 이 경우에 필요한 비용은 국가 또는 지방자치단체가 부담한다.

② 제1항에 따른 비용의 부담에 필요한 사항은 대통령령으로 정하는 사항을 제외하고는 조례로 정한다.



(9) 지방공기업법 시행령 제63조【대행업무의 비용부담 등】① 공사가 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하고자 하는 때에는 위탁계약에 의한다.

② 공사가 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 국가 또는 지방자치단체가 부담하여야 할 경비의 범위는 다음과 같다.

1. 사업실시에 따른 사업계획의 수립, 사전조사, 용역 등에 소요되는 경비

2. 사업의 집행에 소요되는 시설비ㆍ인건비 및 부대경비

3. 사업의 종료 후 결산 이전 또는 시설물 등의 인계 이전까지의 사이에 시설물 등을 관리하는 데 소요되는 경비

4. 사업의 대행에 따른 대행수수료

5. 기타 사업집행상 필수적으로 소요되는 경비

③ 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체가 비용을 부담하는 경우, 공사는 미리 자금집행계획을 수립하여 국가 또는 지방자치단체에 제출하여야 하며, 국가 또는 지방자치단체는 다른 자금에 앞서 이에 대한 자금을 우선적으로 지급하되, 그 지급시기를 조정하고자 하는 때에는 공사와 협의하여야 한다.

④ 공사가 그 대행사업을 종료한 때에는 지체없이 국가 또는 지방자치단체가 부담한 비용을 정산하여야 한다.



(10) OOO 설치 및 관리ㆍ운영 조례 제1조【목적】이 조례는「지방자치법」제163조 및「지방공기업법」제49조에 따라 OOO를 설치하고 그 효율적인 관리ㆍ운영에 필요한 사항을 규정한다.



제20조【대행사업의 비용부담】① 공사는 국가, 지방자치단체 또는 그 밖의 위탁자의 사업을 대행할 수 있으며, 이 경우 상호 위탁계약에 따른다.