인천세무서장이 2024.10.11. 청구인에게 한 2022년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요



가. 청구인은 2015.5.30. 배우자 A(이하  "배우자”라 한다)과 공동으로 서울특별시 중랑구 OOO 소재 토지 121.30㎡(이하  "쟁점토지”라 한다) 및 그 지상 건물 72.6㎡(4층 건물로 이하  "쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여  "쟁점부동산”이라 한다)를 취득(각 1/2 지분)하였고, 2017.8.7. 배우자로부터 배우자 소유의 쟁점부동산 지분(1/2 지분, 이하  "쟁점지분”이라 한다)을 증여받았다.



나. 청구인은 쟁점지분 수증분에 대하여 증여세 신고를 하지 아니하였고, 처분청은「상속세 및 증여세법」(이하  "상증세법”이라 한다) 제61조에 따른 보충적평가액(기준시가)인 OOO원(기준시가)을 증여가액으로 산정하여 2020.1.6. 증여세를 결정(납부세액 없음)하였다.



다. 청구인은 2022.3.30. 쟁점부동산을 거래가액 OOO원에 양도한 후, 2022.5.27. 양도소득세 예정신고시 쟁점지분의 취득가액을 OOO원(증여 당시 쟁점부동산 기준시가의 1/2)으로 산정하여 쟁점부동산 전체 취득가액을 OOO원(취득부대비용 포함)으로 기재하였다.



라. 이후, 청구인은 쟁점지분의 취득가액에 대하여 기준시가가 아닌 2017.6.22. 거래된 서울특별시 중랑구 OOO 소재 단독주택(다중주택으로 이하  "비교주택”이라 한다) 매매가액의 50%인 OOO원(이하  "쟁점매매가액”이라 한다)을 적용해야 하고, 이 경우 쟁점부동산 전체 취득가액이 OOO원이 되므로 당초 과다 신고ㆍ납부한 2022년 귀속 양도소득세 OOO원이 환급되어야 한다고 주장하며 2023.1.31. 처분청에 경정청구를 제기하였다.



마. 처분청은 2023.3.13. 비교주택이 상증세법 시행규칙 제15조에서 규정한 쟁점부동산과 유사한 재산이 아니어서 쟁점매매가액을 쟁점지분의 시가로 적용할 수 없다는 이유로 경정청구 거부통지하였다.



바. 청구인은 이에 불복하여 2023.4.4. 이의신청을 거쳐 2023.9.26. 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2023.12.19. 쟁점지분 취득가액을 상증세법 제61조 제5항 등에 따른 쟁점부동산의 평가액(임대보증금 환산가액)으로 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하도록 결정(조심OOO)하였다.



사. 처분청은 조세심판재결에 따른 재조사를 실시하여 쟁점지분 증여일(2017.8.7.) 현재 국세통합전산망 조회자료상 임대주택 매매 및 임대계약 현황자료와 청구인이 제출한 임대차현황표, 임대차계약서 등을 기초로 쟁점부동산의 평가액을 OOO원으로 계산한 후, 그 중 쟁점지분 해당액인 OOO원을 쟁점지분의 취득가액으로 산정하였고, 그 밖에 쟁점부동산이 양도일 기준 조정대상지역에 소재하고 있는 다세대주택에 해당한다고 보아 장기보유특별공제 배제 및 중과세율을 적용하여 2024.10.11. 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다



아. 청구인은 이에 불복하여 2025.1.6. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구인 주장 및 처분청 의견



가. 청구인 주장



(1) 처분청이 조세심판원의 재조사 결정 취지에 따라 과세표준 및 세액을 결정하여 통지하지 않았고, 7개월이 지난 2024.8.6.에야 양도소득세 OOO원을 과세한다는 내용의 과세예고통지를 하였는바, 이는 기속력에 저촉되고 신의성실의 원칙에도 위배되어 부당하다.



(가)「국세기본법」(이하  "국기법”이라 한다) 제80조의2에서  "심판청구에 관하여는 제61조 제3항ㆍ제4항, 제63조, 제65조 및 제65조의2를 준용한다”고 규정하였고, 제80조 제1항, 제2항에서는 심판청구에 관한 결정의 효력에 관하여  "제80조의2에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속(羈束)하고, 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다”고 규정하고 있으며, 제65조 제1항 제3호에서는  "심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다. 다만, 취소ㆍ경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다”라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제52조의3에서는  "재조사 결과에 따라 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정을 하거나 필요한 처분을 하였을 때에는 그 처분결과를, 법 제65조 제6항에 따라 당초의 처분을 취소ㆍ경정하지 않았을 때에는 그 사실을 지체없이 서면으로 심판청구인에게 통지해야 한다”고 규정하고 있다.



대법원은  "처분청은 재조사 결정의 취지에 따라 재조사를 한 후 그 내용을 보완하는 후속 처분만을 할 수 있으므로, 처분청이 재조사 결정의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단, 즉 처분의 구체적 위법사유에 관한 판단에 반하여 당초 처분을 그대로 유지하는 것은 재조사 결정의 기속력에 저촉된다”라고 판결(대법원 2017.5.11. 선고 2015두37549 판결, 대법원 2024.7.25. 선고 2022두60745 판결 참조)하였고,  "헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고 모든 국가작용 전반에 대하여 적용되며, 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 이러한 적법절차의 원칙은 마찬가지로 준수하여야 한다”고 판시(대법원 2014.6.26. 선고 2012두911 판결, 대법원 2016.4.15. 선고 2015두52326 판결, 대법원 2016.12.27. 선고 2016두49228 판결 등 참조)하였다.



(나) 앞에 언급한 바와 같이 조세심판원은 심판청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ 경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 하고, 추가로 사실관계를 조사할 필요가 있을 때는 재조사 결정을 할 수 있으며, 조세심판원의 재조사 결정은 처분청을 기속하고, 처분청은 결정의 취지에 따라 결정서 주문에 기재된 범위에 한정하여 조사하고 즉시 필요한 처분을 하여야 하며, 이는 헌법상 적법절차의 원칙에 따라 국기법에 명시된 절차에 의해야 하는 것인바, 이 건에 있어 조세심판원은 2023.12.19. 처분청에 청구인의 쟁점지분 취득가액을 재조사(산정)한 후, 그 결과에 따라 양도소득세 과세표준 및 세액을 경정하라는 취지의 재조사 결정을 하였고, 이에 따라 처분청은 2024.1.22.까지 쟁점지분의 취득가액을 재조사하여 상증세법 제61조 제5항에서 정한 바와 같이 쟁점지분의 취득가액을 당초 OOO원에서 OOO원으로 경정하는 것이 옳다고 인정하는 취지로 증여재산가액을 경정하였음에도, 2024.1.23. 청구인에게 2017년 8월 귀속분 증여세의 과세표준과 세액만을 결정하여 재조사 결과로 통지하였을 뿐, 재조사 결과와 관련된 양도소득세 경정은 하지 않았다.



이는 쟁점지분 취득가액을 재조사하여 양도소득세 과세표준과 세액을 경정하라는 조세심판재결의 취지에 따르지 않은 것이고, 그 내용을 보완하는 후속처분 역시 하지 않은 것인바, 결과적으로 처분청은 재조사 결정의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단, 즉 처분의 구체적 위법사유에 관한 판단에 반하여 당초 처분을 그대로 유지하였기 때문에 이는 재조사 결정의 기속력에 저촉되어 위법하다.



만약 처분청이 재조사 과정에서 확인한 사실관계가 달라 처음의 양도소득세 경정을 하지 않은 것이라면 즉시 서면으로 청구인에게 통지하였어야 함에도 오히려 증여세의 과세표준과 세액을 경정한다는 재조사 결과를 통지하여 청구인을 오해하게 만들었고, 약 7개월이 지난 2024.8.6.에야 양도소득세 OOO원을 과세한다는 예고통지를 하여 신의성실의 원칙도 위반한 잘못이 있다.



(2) 처분청이 쟁점건물을 위법한 다중생활시설로 전제하여 개별 호실을 각각「소득세법」상 주택인 공동주택(다세대주택)으로 보아 양도소득세 중과세율 적용 및 장기보유특별공제를 배제한 처분은 위법하다.



(가)「소득세법」제88조 제7호에서 주택의 정의는 ‘허가 여부나 공부(公簿)상의 용도 구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물’이라고 규정하면서 그 후단에 ‘그 용도가 분명하지 않으면 공부상 용도에 따른다’라고 하여 원칙적으로 실질에 따라 판단하지만 예외적으로 그 용도가 불분명한 경우에는 공부상의 용도대로 판정하도록 명시하고 있고,「소득세법」에서 ‘사실상 주거용’의 정의를 명확히 규정하고 있지 않으나 대법원은 ‘실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조ㆍ기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지ㆍ관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물’이라고 판시(대법원 1987.9.8. 선고 87누584 판결, 대법원 2005.4.28. 선고 2004두14960 판결, 대법원 2014.3.27. 선고 2013두24945 판결 등 참조)하였는바, 위 규정에서 정하는 ‘주거용으로 사용하는’의 의미는 거주자의 주관적 사용 목적 및 사용 현황에만 주목하여 이를 기준으로 주택 여부를 판정하여야 함을 규정하고 있는 것이 아니라, 양도 당시 건물의 구조ㆍ 기능이나 시설 등이 본래 주거용에 적합한 상태에 있고 주거 기능이 그대로 유지ㆍ 관리되고 있는지에 따라 주택 여부를 판정하여야 함을 규정하고 있는 것으로 보아야 한다.



한편 2023.12.31. 법률 제19933호로 개정된「소득세법」제88조 제7호에서는 주택에 대하여 ‘세대의 구성원이 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로서 대통령령으로 정하는 구조를 갖추어 사실상 주거용으로 사용하는 건물’이라고 구체화하였고, 2024.2.29. 대통령령 제34265호로 개정된「소득세법 시행령」제152조의4에서는 ‘대통령령으로 정하는 구조란 세대별로 구분된 각각의 공간마다 별도의 출입문, 화장실, 취사시설이 설치되어 있는 구조’라고 정의하였는바, 비록 개정된 소득세법령이 양도일 현재 시행된 법령은 아니지만 그 이전까지의 법원 판례를 통해 형성된 법리를 함축하여 구체적인 기준을 제시한 것이므로 이를 참고하여 판단하여야 한다.



종합하면,「소득세법」상 양도소득세 과세대상인 주택이란 공부상 용도와 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 의미하고, 이는 양도 당시를 기준으로 구조ㆍ 기능ㆍ 시설이 주거 용도로 사용하기 적합하고 주거 기능이 유지ㆍ 관리되어 양도 당시뿐 아니라 향후 양수인 등 제3자가 주거용으로 사용하기에 적합한 상태의 건물을 의미한다고 보아야 하며, 이는 필요충분조건으로 모두를 충족하여야만 주택으로 볼 수 있는 것이지 이 중 하나라도 충족하지 않을 때는 주택으로 볼 수 없는 것인바, 가령 한 건물에 여러 호실을 갖고 있는 다중주택의 경우 구조적 특성상 개별 취사시설을 설치할 수 없어 각 호실을 독립적인 주택으로 보지 않아 공동주택이 아닌 전체를 단독주택으로 보는 것이고, 오피스텔을 업무용으로 사용할 때는 그 구조, 기능, 시설 모두 주거 용도로 사용하기에 적합하더라도 주택으로 보지 않는다.



(나) 다중생활시설은「주택법」제2조 제4호에 따라 준주택으로 분류되는바, 준주택이란 주택 외의 건축물과 그 부속토지로서 주거시설로 이용가능한 시설이고, 고령화 및 1~ 2인 가구 증가 등 변화된 주택수요 여건에 대응하기 위해 주택으로 분류되지 않으면서 주거용으로 활용이 가능한 주거시설의 공급을 활성화 하기 위해 2010.4.5.「주택법」을 개정(법률 제10237호)하면서 신설된 개념이며, 다중생활시설은 「주택법」상 준주택 규정의 신설 취지와 같이 그 자체로 주거 용도의 건축물(국토교통부장관이 고시하는 기준과 그 기준에 위배되지 않는 범위에서 적정한 주거환경을 조성하기 위하여 건축조례로 정하는 실별 최소 면적, 창문의 설치 및 크기 등의 기준에 적합한 것)이고, 동일하게 준주택으로 분류되는 오피스텔(「주택법 시행령」제2조 제4호)은 업무용 또는 주거용을 그 사용자가 선택할 수 있지만 다중생활시설은 오직 주거용으로만 사용할 수 있으며, 필연적으로「소득세법」상 주택의 요건 중 ‘주거 기능’을 공유할 수밖에 없는데, 그럼에도 적법한 다중생활시설을「소득세법」상 주택으로 볼 수 없는 이유는 국토교통부 고시  "다중생활시설 건축기준” 제2조 제1호에서 각 실별 취사시설 및 욕조 설치를 금지하고 있고(변기 및 샤워부스는 가능), 제4호에서 시설 내 공용시설(세탁실, 휴게실, 취사 시설 등)을 설치할 것으로 강제하기 때문이고, 이와 같이 다중생활시설은 그 구조 및 시설상 개별 호실에서 취사, 세탁 등을 처리할 수 없어 공동시설을 이용하여야 하므로 개별 호실을 독립적인 주거시설(「소득세법」상 주택)로 볼 수 없는 것이다.



종합하면,「주택법」상 준주택인 다중생활시설은 오직 주거용으로만 사용될 수 있어 기능적으로「소득세법」상 주택과 같이 주거 기능이 있다 하더라도 다중생활시설의 개별 호실은 취사 시설이 없어 구조 및 시설요건을 충족하지 않기에「소득세법」상 주택으로 볼 수 없고, 아래 (다)에서 언급하는 바와 같이 쟁점건물이 적법한 다중생활시설이라면「소득세법」상 주택이 아니므로 양도소득세 과세대상인 주택에 해당하지 아니한다(＜표1＞ 비교표 참조).



＜표1＞「소득세법」상 주택과 다중생활시설 비교표

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(다) 청구인은 2018.7.5. 쟁점건물 내부에 공용 주방을 설치하였고, 쟁점건물은 2019.1.30. 화재안전특별조사의 양호 판정을 받았으며, 공용 주방을 설치하기 위해 지불한 자금 송금내역서 및 견적서 등은 처분청에 제출되어 처분청도 공용주방의 설치 여부에 대해서는 다툼이 없다.



청구인은 쟁점부동산 매매계약 이후인 2022.2.14. 쟁점건물에 대하여「건축법」및  "다중생활시설 건축기준”과 일치하도록 원상회복하여 구조적 하자를 치유하였고, 그 방법은 기존 사실상 주거용으로 사용하던 일부 호실에 추가로 무언가 설치를 하는 것이 아니라 취사시설(싱크) 및 수도관 등을 제거하는 방식으로 하였으며, 이에 대해서는 2022.2.16. 관할 구청에 제출된 건축허가조사 및 검사조서상 기존 건축물에 위반된 부분이 없다는 기재내용을 통해 증명이 되고, 청구인은 2022.3.7. 모든 세입자에게 전세보증금 반환을 완료하였으며, 또한 쟁점부동산의 중개를 담당한 공인중개사도 2022.3.30. 잔금청산 전 청구인이 집기ㆍ 비품ㆍ 가구 등을 철거하였다는 사실을 인감이 날인된 사실확인서를 통해 증언해 주었고, 철거 직전까지 거주하였던 세입자(C, B)들도 거주기간에 개별 취사가 어려워 공용주방에서 식사를 하였다는 취지로 증언하였는바, 이러한 사실관계와 법리를 종합해 보면, 쟁점건물은 공용주방이 설치되어 있고, 양도일 전에 원상회복되어「건축법」및 국토부 고시 다중생활시설 건축기준에 따른 적법한 다중생활시설임이 확인된다 할 것이므로, 양도일 현재 쟁점건물은「소득세법」상 주택으로 볼 수 없다.



(3) 양도일 현재 쟁점건물의 공부상 용도가 주택이 아님에도 이를 주택으로 보아 과세하기 위해서는 처분청이 사실상 주거용으로 사용하는 건물임을 증명해야 할 책임을 지는 것이고, 더욱이 쟁점건물은 조정대상지역에 소재하는 부동산으로서 1세대 3주택 양도소득세 중과세율 적용에 대한 문제가 있으므로 과세처분을 유지하기 위해서는 처분청이 양도일 현재 쟁점건물이 주택에 해당한다는 입증을 하여야 함에도 이를 소홀히 하였으므로 이 건 양도소득세 부과처분은 부당하다.



「소득세법」제88조 제7호에서 실제 용도가 불분명한 경우, 굳이 ‘공부상의 용도’에 따르도록 별도의 규정을 둔 이상, ‘공부상의 용도가 주택이 아닌 건물’의 경우에는 같은 호 후문에 따라 이를 사실상 주거용으로 사용하였다는 점에 관한 입증책임이 과세관청인 피고에게 있다고 봄이 타당하고(대법원 2024.4.12. 선고 2024두30762 판결 참조), 같은 취지로 서울고등법원은 공부상 용도가 주택이 아닌 건물을 사실상 주거용으로 사용하였다는 점은 당연히 과세관청이 입증하여야 한다고 판시(서울고등법원 2022.12.13. 선고 2022누49221 판결 참조)한 바 있다.



또한, 1세대 3주택 중과세율 적용에 대해서 서울고등법원은 1세대 1주택에 해당하여 양도소득세 비과세요건을 충족하고 있다는 사실에 관해 달리 특별한 사정이 없는 한 납세의무자에게 입증책임이 있다 하더라도(대법원 2005.12.23. 선고 2005두8443 판결 등 참조), 조정대상지역 부동산으로서 1세대 3주택에 해당한다는 점은 구「소득세법」 제104조 제7항 제3호의 중과세요건이므로, 과세관청인 피고가 입증책임을 지는 것이 당연하다고 판시(서울고등법원 2023.9.13. 선고 2022누72610 판결 참조)한 바 있다.



대법원은「민사소송법」의 규정이 준용되는 행정소송에 있어서 입증책임은 원칙적으로 민사소송의 일반원칙에 따라 당사자 간에 분배되고 항고소송의 특성에 따라 당해 처분의 적법을 주장하는 피고에게 그 적법사유에 대한 입증책임이 있다고 하는 것이 당원의 일관된 견해이므로 피고가 주장하는 당해 처분의 적법성이 합리적으로 수긍할 수 있는 일응의 입증이 있는 경우에는 그 처분은 정당하다고 할 것이며 위와 같은 합리적으로 수긍할 수 있는 증거와 상반되는 주장과 입증은 그 상대방인 원고에게 그 책임이 돌아간다고 풀이하여야 할 것이라고 판시(대법원 2012.6.18. 선고 2010두27639 전원합의체 판결, 대법원 2023.6.29. 선고 2020두46073 판결 등 참조)하였고, 또한 민사소송에서 증명책임의 분배에 관한 일반원칙에 따르면 권리관계의 요건사실을 주장하는 자에게 증명책임이 있다고 판시(대법원 2019.4.23. 선고 2015다60689 판결 참조)하였는바, 적법성에 대하여 합리적으로 수긍할 수 있는 입증이 있는 경우 상반된 주장에 대한 증명책임은 이를 주장하는 상대방에게 돌아가는 것이고, 최종적으로 과세요건에 대해서는 이를 주장하는 상대방에게 증명책임이 있는 것이다.



납세자와 과세관청이 모두 증명을 하지 못한 사건에서 조세심판원은 쟁점부동산이 양도 당시 주거용으로 사용되었는지 여부에 대하여 청구인과 처분청 양측에서 모두 명확한 입증을 하지 못하므로, 쟁점부동산은 양도 당시 그 용도가 불분명한 경우에 해당한다고 보아야 할 것이라고 결정(조심 2023서8122, 2023.12.27. 참조)하였는바, 이 건에 있어 청구인은 쟁점건물이 양도 당시 적법한 다중생활시설임을 증명력 있는 증거들을 통해 증명하였으므로, 처분청이 이를 부인하려면 양도일 현재 쟁점건물이 주택임을 명백하게 증명할 수 있는 증거를 통해서 하여야 하고, 백번 양보하여 청구인이 제시한 증거들로 쟁점건물의 용도를 확인할 수 없다고 잠시 가정하더라도, 처분청 또한 쟁점건물이 양도 당시 주택이었음을 명확하게 증명하지 못하였으므로 이는 용도가 불분명한 경우로 보아야 하며, 이런 경우에는 쟁점건물을 공부상 용도에 따라 다중생활시설로 보아야 하는 것이다.



나. 처분청 의견



(1) 처분청의 이 건 양도소득세 부과처분은 재결의 기속력에 위배되지 아니한다.



조세심판결정(조심 OOO, 2023.12.19.)의 취지는 상증세법 제61조 제5항에 따른 평가액을 재조사하여 청구인의 쟁점지분 취득가액을 재산정한 후 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하라는 것이고, 처분청은 이에 따라 증여로 취득한 쟁점건물의 지분에 대하여 재조사한 후, 그 결과를 청구인에게 통지하였는바,「국세기본법」상 불복청구에 대한 결정이 관계행정청을 기속한다는 의미는 결정의 취지에 반하는 처분을 할 수 없다는 것이지 당해 건 이외의 사항에 대해서도 처분청이 시정할 수 없다는 뜻은 아니고, 기속력은 처분청이 재결의 취지에 따라야 하는 효력으로 재조사 결정이 후속처분의 내용까지 구속하는 것은 아니라고 결정(조심 2018전4707, 2019.5.15.)한 바 있다.



재결의 취지에 반하지 아니하는 한 처분청은 그 재결에 적시된 위법 사유를 시정 및 보완하여 정당한 조세를 산출한 다음 새로이 이를 부과할 수 있는 것이므로(조심 2009중3840, 2010.3.4., 같은 뜻임), 이 건에 있어 처분청이 조세심판원의 재조사 결정에 따라 취득가액을 경정한 후 쟁점건물이 주거용 건물로 사용되었다는 새로운 사실을 발견하여 양도소득세를 부과한 것이므로 여기에 기속력에 위배된 잘못이 있다고 보기 어렵다.



(2) 쟁점건물은 양도일 현재 사실상 주택으로 봄이 타당하다.



 "다중생활시설 건축기준” 제2조에 따르면 다중생활시설(고시원)은 구획된 실 안에서 학습자가 공부할 수 있는 시설로 세탁실 및 취사시설 등의 공용시설은 설치하되 각 실별 취사시설 및 욕조는 설치하지 말 것을 규정하고 있는데, 2020년 7월경 부동산 인터넷중개플랫폼에 매물로 등재된 쟁점부동산 내역에 따르면, 쟁점부동산의 각 호실은 별도의 세탁시설, 주방시설, 화장실을 갖춘 원룸의 형태로 임대되고 있고, 청구인과 임차인들 간의 임대차계약서도 고시원계약이 아닌 원룸전세계약서로서 별도의 세탁시설, 주방시설 등이 갖추어져 있음이 명시되어 있는 등 쟁점부동산 각 호실은 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 되어 있음을 알 수 있다.



청구인이 쟁점부동산을 취득한 2015.5.30.부터 양도한 2022.3.30.까지 46명의 임차인들이 전입하였고, 2021년 12월부터 2022년 3월까지 퇴거한 임차인 전원을 포함하여 쟁점부동산 각 호실의 임차인에게 총 36건의 확정일자가 부여되었으며, 임대차계약 또한 월세 없이 보증금 OOO원에 2년을 기간으로 체결되었고, 쟁점부동산을 고시원으로 사업자등록 한 이력이 없으며, 청구인이 앞선 조세심판청구 당시 쟁점부동산의 공부상 용도가 다중생활시설(고시원)이나 실제 용도는 주거용 건물이라 주장했던 사실 등에 비추어 쟁점부동산 각 호실은 독립되어 사실상 주거용으로 사용되었다고 봄이 타당하다.



쟁점부동산이 공부상 용도와 달리 사실상 주거용으로 사용되었다는 점은 앞서 살펴본 바와 같이 부동산 인터넷중개플랫폼등록 내역, 임대차계약서(원룸전세계약서), 임대차계약 형태, 확정일자 부여 내역 등을 통해 충분히 입증되었는바, 청구인은 일부 임차인의 사실확인서와 건축허가조사 및 검사조서 등을 제출하면서 쟁점부동산이 양도 당시 주택으로서의 주거기능이 완전히 상실되어 주택으로 볼 수 없는 상태에 이르렀다고 주장하나, 사실확인서를 양도 당시 건축물에 대해 설명하거나 확인할 수 있는 신빙성 있는 자료라 볼 수 없고, 건축허가조사 및 검사조서에서도 위반된 부분 없음이라고만 기재되어 있어 제출된 내용만으로 양도시점에 실제 주거 기능이 상실되었는지 여부를 알 수 없다.



또한 조례는 해당 지자체에서 정하는 자치법규로, 청구인이 증거로 제출한 경기도 파주시 조례는 쟁점건물의 소재지가 아니므로 이 건에 적용하기 어렵다.



(3) 이 건 사실관계의 대부분이 납세의무자인 청구인이 지배하는 영역에 있으므로 입증책임은 청구인에게 있다.



통상적으로 납세자가 신고한 양도소득세 내용에 관하여 과세관청이 부인하고 과세를 할 경우, 이에 대한 입증책임은 과세관청에 있다고 볼 수 있으나, 이 건에 있어 당초 처분청이 경정청구를 기각한 것과 관련된 청구인의 심판청구에서 청구인은 쟁점부동산을 주거용으로 사용하였고, 이에 대한 취득가액을 경정해 달라는 취지로 주장하여 조세심판원으로부터 재조사 결정을 받았음에도 이 건 심판청구에서는 이를 다시 뒤집어 현재는 주택이 아니라고 주장하고 있으므로, 이는 신의성실의 원칙에도 위배되고, 해당 주장에 대한 입증책임은 청구인에게 있는 것이다.



쟁점부동산은 현재 멸실된 건물이고, 청구인은 쟁점부동산 매매계약의 당사자로서 쟁점부동산의 주거기능 및 상황에 관련된 것은 납세자인 청구인의 지배영역 안에 있었으므로 청구인이 입증에 더 유리한 위치에 있다고 봄이 타당하며(대법원 2017.8.18. 선고 2017두45728 판결 등 다수 참조), 납세자가 입증을 하지 않는 내용에 대해서는 그 부재의 추정을 용인해 납세자에게 입증의 필요성을 전가하는 것이 공평의 관념에 부합하다 할 것인데, 청구인이 추가 증빙서류로 철거업체의 사실확인서 및 문자내역을 제출하였으나 해당 기간 철거업체의 세금계산서 발행내역과 대금지급 내역이 존재하지 아니하고, 현재 시점에서 자료를 제출하였으므로 그 증빙의 신빙성은 떨어진다 할 것이다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁 점



① 이 건 양도소득세 부과처분이 조세심판원 재조사결정의 기속력에 위배되어 부당한지 여부



② 쟁점건물은「소득세법」상 주택이 아니므로 다주택자에 대한 중과세율 적용이 부당하다는 청구주장의 당부



③ 처분청이 쟁점건물이「소득세법」상 주택이라는 입증책임을 다하지 아니하였으므로 이 건 부과처분이 부당하다는 청구주장의 당부



나. 관련 법령 등



(1) 국세기본법 제65조【결정】① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

3. 심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다. 다만, 취소ㆍ경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다.

⑤ 제1항 제3호 단서에 따른 재조사 결정이 있는 경우 처분청은 재조사 결정일로부터 60일 이내에 결정서 주문에 기재된 범위에 한정하여 조사하고, 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하여야 한다. 이 경우 처분청은 제81조의7 및 제81조의8에 따라 조사를 연기하거나 조사기간을 연장하거나 조사를 중지할 수 있다.

⑥ 처분청은 제1항 제3호 단서 및 제5항 전단에도 불구하고 재조사 결과 심사청구인의 주장과 재조사 과정에서 확인한 사실관계가 다른 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 해당 심사청구의 대상이 된 당초의 처분을 취소ㆍ경정하지 아니할 수 있다.



제79조【불고불리, 불이익변경금지】① 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제80조의2에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분 외의 처분에 대해서는 그 처분의 전부 또는 일부를 취소 또는 변경하거나 새로운 처분의 결정을 하지 못한다.

② 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제80조의2에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다.



제80조【결정의 효력】① 제80조의2에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속(羈束)한다.

② 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다.



제80조의2【심사청구에 관한 규정의 준용】심판청구에 관하여는 제61조 제3항ㆍ제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조 제1항 중  "20일 이내의 기간”은  "상당한 기간”으로 본다.



(2) 국세기본법 시행령 제52조의3【재조사 결과에 따른 처분의 통지 등】① 처분청은 법 제65조 제5항(법 제66조 제6항, 제80조의2 및 제81조의15 제6항에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 재조사 결과에 따라 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정을 하거나 필요한 처분을 하였을 때에는 그 처분결과를, 법 제65조 제6항에 따라 당초의 처분을 취소ㆍ경정하지 않았을 때에는 그 사실을 지체없이 서면으로 심사청구인(법 제66조 제6항, 제80조의2 및 제81조의15 제6항에서 준용하는 경우에는 이의신청인, 심판청구인 또는 과세전적부심사 청구인을 말한다)에게 통지하여야 한다.

② 법 제65조 제6항(법 제66조 제6항, 제80조의2 및 제81조의15 제6항에서 준용하는 경우를 포함한다)에서  "심사청구인의 주장과 재조사 과정에서 확인한 사실관계가 다른 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 심사청구인의 주장과 재조사 과정에서 확인한 사실관계가 달라 당초의 처분을 유지할 필요가 있는 경우

2. 심사청구인의 주장에 대한 사실관계를 확인할 수 없는 경우



(3) 소득세법 제88조【정의】이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

7. "주택"이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 세대의 구성원이 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로서 대통령령으로 정하는 구조를 갖추어 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.



제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.



제104조【양도소득세의 세율】⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택



(4) 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일



제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】① 법 제104조 제7항 제3호에서  "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.



제167조의10【양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위】① 법 제104조 제7항 제1호에서  "대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.



(5) 주택법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "주택"이란 세대(世帶)의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 단독주택과 공동주택으로 구분한다.

3. "공동주택"이란 건축물의 벽ㆍ복도ㆍ계단이나 그 밖의 설비 등의 전부 또는 일부를 공동으로 사용하는 각 세대가 하나의 건축물 안에서 각각 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 주택을 말하며, 그 종류와 범위는 대통령령으로 정한다.

4. "준주택"이란 주택 외의 건축물과 그 부속토지로서 주거시설로 이용가능한 시설 등을 말하며, 그 범위와 종류는 대통령령으로 정한다.



(6) 주택법 시행령 제3조【공동주택의 종류와 범위】① 법 제2조 제3호에 따른 공동주택의 종류와 범위는 다음 각 호와 같다.

3.「건축법 시행령」별표 1 제2호 다목에 따른 다세대주택(이하 "다세대주택"이라 한다)



제4조【준주택의 종류와 범위】법 제2조 제4호에 따른 준주택의 종류와 범위는 다음 각 호와 같다.

2.「건축법 시행령」별표 1 제4호 거목 및 제15호 다목에 따른 다중생활시설

＜별표 1＞ 용도별 건축물의 종류

2. 공동주택[공동주택의 형태를 갖춘 가정어린이집ㆍ공동생활가정ㆍ지역아동센터ㆍ공동육아나눔터ㆍ작은도서관ㆍ노인복지시설(노인복지주택은 제외한다) 및 「주택법 시행령」 제10조 제1항 제1호에 따른 소형 주택을 포함한다]. 다만, 가목이나 나목에서 층수를 산정할 때 1층 전부를 필로티 구조로 하여 주차장으로 사용하는 경우에는 필로티 부분을 층수에서 제외하고, 다목에서 층수를 산정할 때 1층의 전부 또는 일부를 필로티 구조로 하여 주차장으로 사용하고 나머지 부분을 주택(주거 목적으로 한정한다) 외의 용도로 쓰는 경우에는 해당 층을 주택의 층수에서 제외하며, 가목부터 라목까지의 규정에서 층수를 산정할 때 지하층을 주택의 층수에서 제외한다.

다. 다세대주택: 주택으로 쓰는 1개 동의 바닥면적 합계가 660제곱미터 이하이고, 층수가 4개 층 이하인 주택(2개 이상의 동을 지하주차장으로 연결하는 경우에는 각각의 동으로 본다)

4. 제2종 근린생활시설

거. 다중생활시설(「다중이용업소의 안전관리에 관한 특별법」에 따른 다중이용업 중 고시원업의 시설로서 국토교통부장관이 고시하는 기준과 그 기준에 위배되지 않는 범위에서 적정한 주거환경을 조성하기 위하여 건축조례로 정하는 실별 최소 면적, 창문의 설치 및 크기 등의 기준에 적합한 것을 말한다. 이하 같다)로서 같은 건축물에 해당 용도로 쓰는 바닥면적의 합계가 500제곱미터 미만인 것





(7) 건축법 제27조【현장조사ㆍ검사 및 확인업무의 대행】① 허가권자는 이 법에 따른 현장조사ㆍ검사 및 확인업무를 대통령령으로 정하는 바에 따라 「건축사법」 제23조에 따라 건축사사무소개설신고를 한 자에게 대행하게 할 수 있다.

② 제1항에 따라 업무를 대행하는 자는 현장조사ㆍ검사 또는 확인결과를 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 허가권자에게 서면으로 보고하여야 한다.

③ 허가권자는 제1항에 따른 자에게 업무를 대행하게 한 경우 국토교통부령으로 정하는 범위에서 해당 지방자치단체의 조례로 정하는 수수료를 지급하여야 한다.



(8) 다중생활시설 건축기준(국토교통부고시 제2021-951, 2021.7.14. 일부 개정) 제2조【건축기준】다중생활시설은「다중이용업소의 안전관리에 관한 특별법」에 따른 다중이용업 중 고시원업의 시설로서 다음 각 호의 기준에 적합한 구조이어야 한다.

1. 각 실별 취사시설 및 욕조 설치는 설치하지 말 것(단, 샤워부스는 가능)

2. 다중생활시설(공용시설 제외)을 지하층에 두지 말 것

3. 각 실별로 학습자가 공부할 수 있는 시설(책상 등)을 갖출 것

4. 시설내 공용시설(세탁실, 휴게실, 취사시설 등)을 설치할 것

5. 2층 이상의 층으로서 바닥으로부터 높이 1.2미터 이하 부분에 여닫을 수 있는 창문(0.5제곱미터 이상)이 있는 경우 그 부분에 높이 1.2미터이상의 난간이나 이와 유사한 추락방지를 위한 안전시설을 설치할 것

6. 복도 최소폭은 편복도 1.2미터이상, 중복도 1.5미터이상으로 할 것

7. 실간 소음방지를 위하여「건축물의 피난ㆍ방화구조 등의 기준에 관한 규칙」제19조에 따른 경계벽 구조 등의 기준과「소음방지를 위한 층간 바닥충격음 차단 구조기준」에 적합할 것

8. 범죄를 예방하고 안전한 생활환경 조성을 위하여「범죄예방 건축기준」에 적합할 것



다. 사실관계 및 판단



(1) 조세심판원의 재조사 결정(조심 OOO, 2023.12.19.)에 따라 처분청이 상증세법 제61조 제5항 등에 따른 쟁점부동산의 평가액을 재조사하고, 이에 따라 쟁점지분의 취득가액 등을 산정한 후 양도소득세를 경정결의한 세부내역은 아래 ＜표2＞와 같은바, 쟁점지분 증여일(2017.8.7.) 현재 국세통합전산망 조회자료상 임대주택 매매 및 임대계약 현황자료와 청구인이 제출한 임대차현황표, 임대차계약서 등을 기초로 쟁점부동산의 평가액을 OOO원으로 계산하였고, 그 중 쟁점지분(1/2) 해당액인 OOO원을 쟁점지분의 취득가액으로 산정하였으며, 그 밖에 청구법인이 제출한 소명자료 등을 기초로 쟁점부동산이 양도일 기준 조정대상지역에 소재하고 있는 다세대주택에 해당한다고 보아 장기보유특별공제 배제 및 중과세율을 적용하여 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ결정한 것으로 나타난다.



＜표2＞ 재조사에 따른 양도소득세 경정결의 내역

○○○



(2) 양도일 전후 쟁점부동산 중 쟁점건물과 신축건물의 일반건축물대장 주요 기재내역에 의하면, 쟁점부동산 건물은 4층(연면적 241.77㎡, 대지 121.3㎡)으로 1∼4층의 전체 주용도는 제2종근린생활시설(고시원)으로 등재되어 있고, 2011.10.25. 사용승인(신축)되었다가 2022.6.9. 철거된 것으로 나타나며, 신축건물은 쟁점부동산 양수인이 쟁점건물을 철거한 후 총 6층(연면적 659.58㎡, 대지 371.6㎡, 옥탑제외) 규모로 신축하였는데, 주용도는 공동주택(도시형생활주택-단지형다세대주택)으로 등재되어 있고, 건축주는 쟁점부동산의 매수인인 하O석으로 2022.3.4. 건축허가를 받아 2022.6.24. 착공하여 2023.2.3. 사용승인(신축)된 것으로 나타난다.






(4) 처분청은 쟁점부동산의 각 호실이 별도의 세탁시설, 주방시설, 화장실을 갖춘 원룸의 형태로 임대되고 있고, 청구인과 임차인들간의 임대차계약서가 고시원계약이 아닌 원룸전세계약서로 되어 있는 등 쟁점부동산 각 호실이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 되어 있다는 의견을 제시하며 그 증빙으로 부동산 인터넷중개플랫폼 등재내역 자료와 쟁점부동산 임대차계약서, 아래 ＜표3＞의 쟁점부동산 임대차 관련 확정일자 부여 이력현황표(국세통합전산망 조회자료) 등을 제시하였고, 청구인과 배우자가 쟁점부동산을 취득한 2015.5.30. 이후부터 양도한 2022.3.30.까지 총 46명의 임차인이 쟁점부동산에 거주하였다고 하면서 그 증빙으로 국세통합전산망 조회자료 내역을 제시하였다.



＜표3＞ 쟁점부동산 임대차 관련 확정일자 부여 이력현황표

○○○



또한, 처분청은 청구인 또는 배우자가 쟁점부동산과 관련하여 사업자등록을 한 이력이 없다는 증빙으로 아래 ＜표4＞의 쟁점사업장 관련 사업자등록 이력서를 제시하였는바, 쟁점부동산의 임차인인 박00과 김00이 소매업 등을 영위한 사실과 쟁점부동산의 매수인인 하00이 건설/주택신축판매업을 영위한 사실은 나타나나, 청구인 또는 배우자가 사업자등록을 한 이력은 확인되지 아니한다.



＜표4＞ 쟁점부동산 소재지 사업자등록 내역

< img src="https://classic.taxnet.co.kr/images/pl/조심2025인735_2.jpg">

(5) 청구인은 처분청이 조세심판원 재조사 결정의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단, 즉 처분의 구체적 위법사유에 관한 판단에 반하여 당초 처분을 그대로 유지하였기 때문에 이는 재조사 결정의 기속력에 저촉되어 위법(심판재결에 따른 결정의 부존재)하다고 주장하며, 그 증빙으로 ‘심판청구 결정에 따른 처분결과 통지서’를 제시하였는바, 여기에는 청구인이 2023.10.4. 제기한 심판청구의 결정(재조사) 내용에 따라 처리한 결과를 2024.1.23. 통지하면서, 2017년 8월 증여분 증여세에 대하여 당초결정  "OOO”, 경정결정  "OOO”으로 기재(양도소득세 경정결정 사항 기재는 없음)하였고, 그 밖의 조치사항에 ‘증여재산가액 당초 OOO원에서 OOO원으로 증가’로 기재하였으며, 이는 처분청 재조사시 산정한 쟁점지분 취득가액과 동일한 금액으로 확인된다.



(6) 청구인은 쟁점건물에 공용주방이 설치되어 있고, 양도일 전에 원상회복되어「건축법」및 국토교통부 고시  "다중생활시설 건축기준”에 따른 적법한 다중생활시설임이 확인되므로 양도일 현재 쟁점건물은「소득세법」상 주택에 해당하지 아니한다고 주장하며, 그 증빙으로 중랑소방서장이 2019.1.30. 작성한 화재안전특별조사결과통보서, 쟁점부동산의 임차인인 B와 C이 2024년 3월 작성한 사실확인서, 건축사 권영수가 2022.2.16. 작성한 건축허가조사 및 검사조서, 공인중개사 D이 원상복구 사실의 확인과 관련하여 2024.5.20. 작성한 사실확인서와 2024.11.20. 철거업자 E(F 대표)가 2022.2.14. 쟁점건물에서 1톤 트럭 1대 분량의 폐기물을 현금 OOO원을 지급받고 처리한 사실이 있다고 확인한 사실확인서와 철거 폐기물 사진이 첨부된 카톡대화 내용, 아래 ＜표5＞의 청구인의 임차인 보증금 반환 내역표 등을 제출하였다.



＜표5＞ 임차인 임대보증금 반환 내역표

○○○



(7) 청구인은 쟁점부동산의 취득가액 중 쟁점지분에 대한 취득가액을 비교주택 매매가액의 50%인 OOO원(쟁점매매가액)을 적용해야 하고, 이 경우 쟁점부동산 전체 취득가액이 OOO원이 되므로 당초 과다 신고ㆍ납부한 2022년 귀속 양도소득세 OOO원이 환급되어야 한다고 주장하며 2023.9.26. 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2023.12.19. 쟁점지분 취득가액을 상증세법 제61조 제5항 등에 따른 쟁점부동산의 평가액(임대보증금 환산가액)으로 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하도록 결정(조심 OOO)하였는바, 그 재조사 결정의 주요 내용은 아래 ＜표6＞과 같다.



＜표6＞ 조세심판 재조사 결정 주요 내용

○○○



(8) 처분청 검토담당자가 2024.1.18. 작성한 심판청구 재조사 결정 검토서의 주요내용은 아래 ＜표7＞과 같은바, 심판청구 재조사 결정의 취지에 따라 상증법 제61조 제5항에 규정하고 있는 ‘사실상 임대차계약이 체결되거나 임차권이 등기된 재산의 경우에는 임대료 등을 기준으로 하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액과 제1항부터 제4항까지의 규정에 따라 평가한 가액 중 큰 금액을 그 재산의 가액으로 한다’는 내용 등에 따라 청구인이 제출한 2017.8.7. 당시 ‘쟁점건물 임차료 및 임대보증금’을 기준으로 산정한 임대료 환산가액인 OOO원으로 증여세 재산평가액 및 양도세 취득가액을 경정한다고 하였고, 경정 취득가액을 적용하여 양도소득세 세액 계산 시 중과세율 등 적용(독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 보아 조정대상지역 3주택 이상 중과세율(기본세율+30%) 적용 및 장기보유특별공제 적용 배제)으로 고지세액이 발생하나, 불이익변경금지원칙에 따라 재조사결정에 따른 후속처분이 당초 처분의 세액을 초과하는 부분은 위법하여 고지할 수 없으므로 양도소득세 자료를 생성(대법원 2016.9.28. 선고 2016두39382 판결 참조)하고자 한다고 기재되어 있다.



＜표7＞ 심판청구 재조사 결정 검토서의 주요내용

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(9) 청구인은 2025.3.18. 제출한 항변서에서 처분청은 양도시기 이전의 정황증거만으로 양도시기의 쟁점건물이 다세대주택이므로 청구인이 다주택자라고 단정하고 있으나, 청구인이 매수인과의 특약에 따라 쟁점건물을 멸실하기로 하였고, 건축허가를 통해 쟁점건물의 위반된 부분을 해소하였으며, 이는 공문서를 통해 객관적으로 증명(업무대행 건축사가 기존 건축물인 쟁점건물의 건축허가조사 및 검사조서에 위반사항이 없음을 기재하였으므로 검사시점에 다세대주택이 아님이 입증됨)된 반면, 처분청은 단 한 번의 현장조사도 없이 인터넷 카페의 사진 몇 장만으로 쟁점건물을 다세대주택으로 보아 징벌적 처분을 하였으므로 이는 부당하고, 다주택자에게 중과세를 적용하기 위해서는 처분청이 입증을 하여야 함에도 이를 소홀히 한 잘못이 있다고 주장하였다.



(10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 본다.



(가) 재결청이 한 재조사결정은 당해 결정에서 지적된 사항에 관해서는 처분의 재조사 결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 이의신청 등에 관한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형 결정에 해당하고, 재조사결정은 처분청의 후속 처분에 따라 그 내용이 보완됨으로써 결정으로서 효력이 발생하는 것이며(대법원 2010.6.25. 선고 2007두12514 전원합의체 판결 참조), 재조사결정에 따른 처분청의 재조사는 재결청의 심리 과정에서 재조사의 필요성이 인정된 범위 내로 제한되고, 처분청이 재조사결정을 근거로 새로운 과세요건사실을 조사하거나 당초 처분액수를 증액하는 후속 처분을 하는 것은 원칙적으로 허용되지 아니하나, 과세관청이 심판결정의 이유에서 밝혀진 사유에 근거하여 탈루 또는 오류가 있는 과세표준이나 세액을 경정결정하는 경우에는 연관된 과세요건사실이나 당초 처분액수를 증액하는 후속 처분이 가능하다 할 것이다(대법원 2007.11.16. 선고 2005두10675 판결 참조).



(나) 처분청은 이 건 양도소득세 부과처분이 재결의 기속력에 위배되지 아니한다는 의견이나, 과세관청은 재결청의 재조사 결정 취지에 따라 재조사를 한 후 그 내용을 보완하는 후속 처분을 할 수 있고, 국기법 시행령 제52조의3 제1항 등에 따르면 과세관청은 심판청구의 재조사 결정 취지에 따라 필요한 처분을 하고, 이를 지체없이 서면으로 통지하여야 비로소 당초 과세처분의 변경효력이 발생하게 된다 할 것인데, 이 건에 있어 조세심판 재조사 결정(조심 OOO, 2022년 귀속)에서 쟁점지분 취득가액을 상증세법 제61조 제5항 등에 따른 쟁점부동산의 평가액(임대보증금 환산가액)으로 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하도록 하였고, 이에 따라 처분청이 재조사를 실시하여 쟁점지분 취득가액을 증액하였음에도 불구하고 재조사 결과에 따른 양도소득 금액을 감액결정하여 서면으로 통지한 사실이 없이 쟁점지분 취득가액 증액에 따른 증여재산가액만 증액결정하여 처분결과를 통지한 것으로 확인되는 점, 처분청이 재조사 시점으로부터 수개월 후에 재조사에 따른 쟁점지분 취득가액 증가분을 반영하여 양도소득세를 경정한 사실은 있으나, 이는 재조사 당시 추가로 확인된 과세요건사실에 대한 증액경정과 관련하여 반영된 것으로 재조사 결정 취지에 따라 재조사를 한 후 그 내용을 보완하는 후속처분과 이에 따른 지체없는 서면통지가 국기법 시행령 제52조의3 제1항 등에 따라 이루어졌다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 보면, 결국 처분청의 이 건 양도소득세 부과처분은 재조사 결정의 기속력 등에 저촉된 잘못이 있다고 판단된다.



(11) 나머지 쟁점은 쟁점①이 인용되어 심리실익이 없으므로 생략한다.





4. 결 론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.