서초세무서장이 2023.12.12. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1.처분개요



가.청구법인은 건축공사업 및 주택건설업을 주된 사업으로 영위하는 법인으로, 기업회계기준에 따른 종속기업 및 관계기업이자, 「법인세법」상 특수관계가 있는 계열사들(이하  "쟁점계열사들”이라 한다)에게 금전을 대여하였다.



나.청구법인은 2018사업연도부터 2021사업연도까지 각 사업연도 법인세 신고 시, 쟁점계열사들에 대한 금전대여거래(이하  "쟁점대여등”이라 한다)에 관하여, 차입법인의 가중평균차입이자율이 존재하는 경우에는 청구법인의 가중평균차입이자율을 시가로 보고, 차입법인의 가중평균차입이자율이 없는 경우에는 당좌대출이자율을 시가로 보아, 아래 ＜표1＞과 같이 각 차입법인별로 다른 이자율을 적용하여 가지급금 인정이자를 계산하여 신고하였다.



＜표1＞ 차입법인(쟁점계열사들)별 금전대여 용역의 시가 선택 기준



나.청구법인은 2023.10.6. 쟁점대여등 중에서 가지급금 인정이자 계산 시 당좌대출이자율을 적용한 금전대여 용역(이하  "쟁점대여용역”이라 한다) 또한 당좌대출이자율이 아닌 가중평균차입이자율을 적용해야 한다는 취지로 2018사업연도 법인세 OOO원, 2019사업연도 법인세 OOO원, 2020사업연도 법인세 OOO원, 2021사업연도 법인세 OOO원의 감액경정을 구하는 경정청구를 하였다.



다.처분청은 청구법인의 경정청구에 대해 2018사업연도의 경우 청구법인의 경정청구 근거가 부족하고, 2019사업연도부터 2021사업연도의 경우 청구법인이 제출한 2019사업연도 법인세 신고서식상 ‘가지급금 등의 인정이자조정명세서(갑)’(이하  "쟁점신고서식”이라 한다)에 기재된 적용 이자율이 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제2호에 따른 당좌대출이자율로 표시되어 있으므로, 청구법인은 2019사업연도에 당좌대출이자율을 시가로 선택한 경우에 해당하고 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제2호에 따라 2019사업연도부터 2021사업연도까지의 금전대여 용역의 시가 계산은 당좌대출이자율을 적용하는 것이 타당하다는 이유로 2023.12.12. 거부처분을 하였다.



라.청구법인은 이에 불복하여 2024.3.11. 심판청구를 제기하였다.





2.청구법인 주장 및 처분청 의견



가.청구법인 주장



(1) 쟁점의 정리 및 청구주장의 요지는 아래와 같다.



(가) 본건의 쟁점은 ① 당좌대출이자율이 적용되는 경우인 ‘특수관계인이 아닌 자로부터 차입한 금액이 없는 경우’를 대여법인과 차입법인 중에 누구를 기준으로 판단할지(「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제1호, 같은 법 시행규칙 제43조 제3항 제1호 관련), ② 차입법인의 가중평균차입이자율이 없는 경우도 ‘대여법인의 가중평균차입이자율 ＞ 차입법인의 가중평균차입이자율’이라고 보아 당좌대출이자율이 적용된다고 볼 수 있을지(「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제1호, 「법인세법 시행규칙」 제43조 제3항 제3호, 제1항 관련) 및 ③ 납세자가 착오로 법인세 신고 시 제출한 쟁점신고서식에서 ‘「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제2호’란에 √ 표기를 하였지만, 실제 인정이자 계산 시 적용된 이자율은 위 제2호에 따르지 않았을 경우에도 납세자가 위 제2호에 따라 당좌대출이자율을 선택하였다고 볼 수 있을지(「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제2호 관련) 여부이다.



(나) 청구주장의 요지는 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 및 「법인세법 시행규칙」 제43조 제3항 규정의 체계에 비추어 볼 때, 「법인세법 시행규칙」 제43조 제3항 제1호의 ‘특수관계인이 아닌 자로부터 차입한 금액이 없는 경우’는 ‘대여법인’이 특수관계인이 아닌 자로부터 차입한 금액이 없는 경우를 의미한다는 것이다. 청구법인은 「법인세법 시행령」 제89조 제3항에 따라 원칙인 가중평균차입이자율을 쟁점대여용역의 시가로 보았으며, 일부 차입법인에 대해서는 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제1호를 잘못 해석하여 당좌대출이자율을 적용하여 인정이자를 산정하였으나, 청구법인의 쟁점대여용역에 대한 시가 적용은 매 사업연도마다 일관되게 적용되어 납세자의 선택에 따른 조세회피 의도가 없었음은 분명하다.



청구법인이 가중평균차입이자율을 시가로 ‘선택’하였고 「법인세법 시행령」 제89조 제3항의 각 호 어느 하나에 해당하지 아니한 이상, 쟁점대여용역의 시가는 대여법인인 청구법인의 가중평균차입이자율로 보아야 한다.



그러나 처분청은 쟁점대여용역의 시가를 당좌대출이자율로 판단한바, 이 사건 거부처분은 특수관계인간 금전거래의 시가를 잘못 적용하여 이루어졌으므로 위법ㆍ부당하다.



(2) ‘특수관계인이 아닌 자로부터 차입한 금액이 없는 경우’는  "대여법인이 특수관계인이 아닌 자로부터 차입한 금액이 없는 경우”를 의미하므로, 「법인세법 시행규칙」 제43조 제3항 제1호 규정을 근거로 쟁점대여용역의 시가를 당좌대출이자율로 볼 수 없다.



위에서 언급하였듯이, 「법인세법 시행령」 제89조 제3항의 ‘기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율’은 ‘자금을 대여한 법인’의 차입금을 기준으로 계산한다. 그리고 「법인세법 시행규칙」 제43조 제3항은 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제1호의 ‘가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유’를 구체화한 것이다.



이러한 규정 체계에 비추어 보면, 「법인세법 시행규칙」 제43조 제3항 제1호의 ‘특수관계인이 아닌 자로부터 차입한 금액이 없는 경우’는  "대여법인이” 특수관계인이 아닌 자로부터 차입한 금액이 없는 경우를 의미한다. 단순히 차입법인만 특수관계인이 아닌 자로부터 차입한 금액이 없는 경우는 ‘(대여법인의) 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우’가 아니기 때문이다.



조세심판원도 마찬가지 취지로 해석하고 있다. 조세심판원은  "금전의 대여 또는 차용의 경우에는 가중평균차입이자율을 시가로 적용하도록 하고 있고, 여기서 말하는 가중평균차입이자율은 자금을 대여한 법인의 대여시점 현재 각각의 차입금 잔액(특수관계인으로부터의 차입금은 제외한다)에 차입 당시의 각각의 이자율을 곱한 금액의 합계액을 해당 차입금 잔액의 총액으로 나눈 비율을 의미한다고 되어 있을 뿐이므로 대여법인의 가중평균차입이자율을 시가로 인정할 수 없는 특별한 사정이 없는 한 그 이자율을 시가로 보아야 할 것”이라고 해석한 바 있다(조심 2020서8387, 2021.10.12. 참조). 즉 조세심판원의 위 해석은 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제1호의 ‘가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우’란 결국 ‘대여법인의 가중평균차입이자율을 시가로 인정할 수 없는 경우’라는 것을 의미한다.



본 건에서 청구법인은 운영자금 등의 목적으로 비특수관계인인 다수의 금융기관들로부터 자금을 차입하였고, 그에 따라 가중평균차입이자율이 존재하였다. 따라서 쟁점대여용역은 「법인세법 시행규칙」 제43조 제3항 제1호 소정의  "특수관계인이 아닌 자로부터 차입한 금액이 없는 경우”에 해당하지 아니한다.



청구법인은 위 규정을 잘못 해석하여 단순히 차입법인을 기준으로 특수관계인이 아닌 자로부터 차입한 금액이 있는지 여부를 판단하였다. 이로 인하여 청구법인은 결과적으로는 ＜표1＞에 기재된 모든 쟁점계열사들에 대해 대여법인의 가중평균차입이자율을 적용하였어야 함에도, 일부 차입법인(특수관계인로부터의 차입금만 존재하였던 법인)에 대한 쟁점대여용역의 시가를 당좌대출이자율로 보는 오류를 범하였다.



(3) 차입법인의 가중평균차입이자율이 없다면 ‘대여법인의 가중평균차입이자율이 차입법인의 가중평균차입이자율보다 높은 때’에 해당할 여지가 없으므로, 「법인세법 시행규칙」 제43조 제3항 제3호 규정을 근거로 쟁점대여의 시가를 당좌대출이자율로 볼 수도 없다.



「법인세법 시행규칙」 제43조 제3항 제3호, 제1항 후단은  "대여법인의 가중평균차입이자율 또는 대여금리가 대여시점 현재 차입법인의 가중평균차입이자율보다 높은 때에는 해당 사업연도의 가중평균차입이자율이 없는 것으로 보아 당좌대출이자율을 시가로 적용한다”는 취지로 규정하고 있다.



그런데 가중평균차입이자율은  "∑[대여시점 현재 각각의 차입금 잔액(특수관계인 차입금 제외) × 차입 당시 각각의 이자율 ÷ 특수관계인 차입금을 제외한 차입금 잔액의 총액”으로 정해지므로(「법인세법 시행규칙」 제43조 제1항), 차입법인이 특수관계가 없는 자로부터 차입한 금액이 없다면, 위 산식은 분모가 0이 되어 차입법인은 가중평균차입이자율이 (0이 되는 것이 아니라) 아예 존재하지 않게 된다. 0으로 나눈다는 개념은 성립할 수 없기 때문이다.



그리고 이처럼 차입법인이 특수관계가 없는 자로부터 차입한 금액이 없어 차입법인의 가중평균차입이자율이 존재하지 아니한다면, 대여법인의 가중평균차입이자율 또는 대여금리와 차입법인의 가중평균차입이자율을 비교하는 것이 애당초 불가능하여  "대여법인의 가중평균차입이자율 또는 대여금리가 대여시점 현재 차입법인의 가중평균차입이자율보다 높은지 낮은지를 따질 수 없는 경우”에 해당하게 된다.



즉, 차입법인의 가중평균차입이자율이 존재하지 않는다면 「법인세법 시행규칙」 제43조 제3항 제3호의 적용도 불가능하게 되는 것이다.



대법원도 같은 입장이다. 대법원은  "차입법인의 가중평균차입이자율이 없는 경우는 애초에 대여법인의 가중평균차입이자율이나 대여금리와 비교하는 것 자체가 불가능하므로, 「법인세법 시행규칙」 제43조 제3항 제3호 규정이 적용되지 않는다”고 본 판결을 그대로 확정하였다(대법원 2018.2.8. 선고 2017두65548 판결).



쟁점대여용역의 경우, 대여법인인 청구법인은 가중평균차입이자율이 있지만, 차입법인들은 가중평균차입이자율이 없었다. 그렇다면 쟁점대여는 ‘‘대여법인의 가중평균차입이자율이 차입법인의 가중평균차입이자율보다 높은 때”에 해당할 여지가 없으므로, 「법인세법 시행규칙」 제43조 제3항 제3호, 제1항 후단에 따라 당좌대출이자율이 시가가 된다고 볼 수 없다.



(4) 청구법인은 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제2호에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택한 것이 아니므로 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제2호의 적용대상이 아니다.



「법인세법 시행령」 제89조 제3항은 제1호(가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우)와 제1호의2(대여기간이 5년을 초과하는 대여금)에 대해서는  "해당 대여금 또는 차입금에 한정하여” 당좌대출이자율을 시가로 하도록 정하고 있다. 반면, 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제2호(해당 법인이 법인세 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우)는  "해당 대여금 또는 차입금에 한정하여”라는 규정을 두고 있지 않으므로, 위 제2호에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택하였다고 보려면 해당 사업연도의 특수관계인에 대한 대여금 전부에 대해서 당좌대출이자율을 시가로 보아 인정이자를 계산하여야 한다.



쟁점신고서식도 같은 내용으로 규정되어 있다. 쟁점신고서식은 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제1호, 제1호의2는 특정 대여금 또는 차입금에 대해서만 적용할 수 있는 반면, 같은 항 제2호는 대여금 전부에 대하여 일률적으로 적용하는 것으로 규정하고 있다.



또한 쟁점신고서식은 다음과 같이 총 세 군데에 걸쳐 적용이자율 선택방법을 기재 또는 표기하도록 정하고 있다.



제1항 : ① 원칙: 가중평균차입이자율, ② 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제1호, ③ 같은 항 제1호의2, ④ 같은 항 제2호 중 해당하는 항목에 대하여 ‘√’ 표기



제2항, 제3항 : 가중평균차입이자율을 적용하는 대여는 제2항에, 당좌대출이자율을 적용하는 대여는 제3항에 기재



제3항 : ‘⑪적용이자율 선택방법’란을 두어 당좌대출이자율을 적용하는 이유가 법인세법 시행령 제89조 제3항 제1호인 경우에는 ‘㉮’, 같은 항 제1호의2인 경우에는 ‘㉯’, 같은 항 제2호인 경우에는 ‘㉰’를 기재하도록 하고 있다.



따라서 납세자가 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제2호에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택하였다고 보려면, 단순히 쟁점신고서식 제1항에서 ‘「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제2호’란에 ‘√’ 표기를 한 것만으로 충분한 것이 아니라, 쟁점신고서식 제2항의 ‘가중평균차입이자율에 따른 가지급금 등의 인정이자 조정’란은 공란으로 두고(즉, 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제2호 문언에 따라 해당 사업연도의 특수관계인에 대한 대여금 전부에 대해서 당좌대출이자율을 시가로 보아 인정이자를 계산하여야 하고), 쟁점신고서식 제3항 ‘⑪적용이자율 선택방법’란에도 ‘㉰’를 기재하였어야 한다.



만약 납세자가 일부 표기를 잘못하였더라도 납세자가 제출한 쟁점신고서식의 전체적인 내용이나 그 밖의 표기에 비추어 볼 때 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제2호를 선택하였다고 볼 수 없다면, 납세자가 해당 대여금 전부에 대하여 당좌대출이자율을 선택하였다고 볼 수 없고, 이 경우 원칙으로 돌아가 같은 항 제1호에 따라 대여금별로 가중평균차입이자율이 시가인지 여부를 판단하여야 한다.



한편 대법원은, 법인이 법인세 신고와 함께 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우에는 예외적으로 그 사업연도와 이후 2개 사업연도는 ‘당좌대출이자율’을 시가로 하도록 정하고 있는 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제2호는 납세편의를 도모하고자 법인에 시가에 대한 선택권을 부여하되, 일단 선택권을 행사한 경우 일정 기간 동안 그 시가를 의무적으로 적용하게 함으로써 조세회피를 방지하는 데 그 취지가 있다고 보고 있는데(대법원 2023.10.26. 선고 2023두44443 판결), 이처럼 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제2호가 납세자에게 선택권을 부여함으로써 납세편의를 도모하기 위한 규정이라는 점에서도, 그 적용 여부는 납세자가 착오 또는 실수로 일부 잘못 표기한 것에 따라 결정할 것이 아니라, 쟁점신고서식의 전체적인 내용에서 드러나는 납세자의 진정한 의사, 즉 납세자가 실질적으로 선택한 방식에 따라 결정되어야 한다.



(5) 처분청은 청구법인이 2019사업연도 법인세 신고 시 쟁점신고서식을 제출하면서 적용 이자율 항목에 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제2호 내용에 ‘√’ 표기를 하였으므로, 2019사업연도 내지 2021사업연도 청구법인의 쟁점대여의 시가는 당좌대출이자율이라고 보아야 한다며 쟁점경정청구를 기각하였다.



그러나 청구법인은 2019사업연도 법인세 신고 당시 쟁점계열사들 중 5개 회사에 대한 대여에는 가중평균차입이자율을 적용하였다. 즉, 청구법인은 다른 사업연도와 마찬가지로  "차입법인의 가중평균차입이자율이 없으면 「법인세법 시행규칙」 제43조 제3항 제3호, 제1항의 적용대상이다”라고 법령을 착오로 잘못 해석하여 쟁점계열사들 중 가중평균차입이자율이 없는 법인들에 대한 대여에 대해서만 당좌대출이자율을 적용하였을 뿐, 쟁점대여등(쟁점계열사들에 대한 대여 전부)에 대하여 일률적으로 당좌대출이자율을 적용하지 아니하였다.



그리고 더 나아가, 청구법인은 쟁점신고서식 제3항 ‘⑪적용이자율 선택방법’란에서도 쟁점대여등 중 법인세 신고 시 당좌대출이자율을 적용한 대여 전부에 대하여 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제1호에 해당하는 ‘㉮’를 기재하였다.



이상의 사정들을 종합하면, 청구법인은 2019사업연도에도 다른 사업연도와 마찬가지로 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 본문 및 제1호에 따라 가지급금 인정이자를 계산하고자 하였고, 그에 따라 신고도 하였음이 명백하다. 다만, 청구법인은 세무대리인의 실수로 2019사업연도에만 쟁점신고서식 제1항에서 ‘「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제2호’로 잘못 표기하였을 뿐이다.



따라서 청구법인은 2019사업연도에 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제2호를 선택하였다고 볼 수 없으므로, 2019 내지 2021사업연도에 있었던 쟁점대여의 시가 역시 2018사업연도와 마찬가지로 원칙으로 돌아가 같은 항 본문 및 제1호에 따라 판단하여야 한다. 즉 청구법인은 원칙적으로 가중평균차입이자율이 적용되고, 대여법인의 가중평균차입이자율이 없거나, 차입법인의 가중평균차입이자율이 대여법인의 그것보다 높은 경우에 한하여 당좌대출이자율이 적용되는데, 쟁점대여의 대여법인인 청구법인은 가중평균차입이자율이 존재하였고, 쟁점대여의 차입법인들은 가중평균차입이자율이 존재하지 않아 ‘차입법인의 가중평균차입이자율이 대여법인의 그것보다 높은 경우’에 해당하지 않으므로, 결국 쟁점대여용역의 시가는 가중평균차입이자율이 된다.



나.처분청 의견



(1) 처분청은 먼저 2018사업연도에 대하여 청구법인이 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제1호의 당좌대출이자율의 적용이 불가능한 근거에 대해 어떠한 자료도 제출하지 아니하여 2018사업연도에 대한 경정청구를 기각하였다.



(2) 다음으로 2019사업연도에 제2호에 따른 당좌대출이자율을 시가로 적용하였고 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제2호에 따라  "2호의 당좌대출이자율”을 시가로 하였으므로 선택한 사업연도인 2019사업연도와 이후 2개 사업연도인 2020 및 2021사업연도에는 당좌대출이자율을 시가로 적용해야 한다.



(3) 이와 유사한 사례에서 조세심판원 또한  "실수로 금전대차의 시가를 당좌대출이자율로 선택한 경우( "제2호의 당좌대출이자율”)에도 경정청구를 통하여 가중평균차입이자율로의 변경은 가능하지 않다”고 결정하였다(조심 2018서0191, 2018.4.30.)





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



청구법인이 특수관계법인들에게 금전을 대여한 용역의 시가를 청구법인의 가중평균차입이자율에 따라 산정하여야 한다는 청구주장의 당부



나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 참조



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다.



(가) 청구법인은 법인세 신고 시 쟁점신고서식을 통해 ＜표1＞과 같이 각 자금거래별로 인정이자율을 구분하여 신고한바, 쟁점대여용역에 대하여 당좌대출이자율(연 4.6%)을 시가로 보아 약정이자와의 차이를 인정이자로 계산하였다.



(나) 청구법인은 아래 그림과 같이 인정이자를 계산하는 기재란의 ‘⑪ 적용이자율 선택방법’에서는 제2호에 따른 이자율(‘㉰’)이 아닌, 제1호에 따른 이자율(‘㉮’)을 기재한 것으로 나타난다.



＜그림＞ OOO의 인정이자 조정내역(쟁점신고서식)



(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 「법인세법 시행령」 제89조 제3항에 의하면 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율을 시가로 한다고 정하고 있으며, 다만 각 호 즉, 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우(제1호), 대여기간이 5년을 초과하는 대여금이 있는 경우(제1호의2), 해당 법인이 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우(제2호)에는 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율을 시가로 한다고 정하고 있다.



처분청은 쟁점대여용역 중 2018사업연도분에 대해 청구법인이 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우 당좌대출이자율에 따라 평가한다고 규정한 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제1호에 따라 당좌대출이자율을 시가로 하여 법인세 신고를 하였으므로, 그에 따라 쟁점대여용역의 2018사업연도분 인정이자를 계산하는 것이 타당하다는 의견이나, 2018사업연도의 경우 대여법인인 청구법인의 가중평균차입이자율이 존재하여 ‘가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우’에 해당하지 않는 것으로 보이는바(서울고등법원 2017.9.14. 선고 2017누36627 판결 이후 대법원 2018.2.12. 선고 2017두65548 판결로 확정, 같은 뜻임), 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 본문에 따라 가중평균차입이자율을 시가로 적용할 수 있는 경우로 보인다.



또한, 처분청은 쟁점대여용역 중 2019사업연도 이후 분의 경우에는 청구법인이 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제2호에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택하였으므로 당좌대출이자율의 적용이 강제된다는 의견이나, 청구법인의 2019사업연도 법인세(인정이자율) 신고내용에 의하면, ‘1. 적용이자율 선택’ 기재란에서는 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제2호를 선택하고 있으나, 개별 자금거래에 관하여 구체적으로 신고하는 ‘3. 당좌대출이자율 등에 의한 가지급금 등 인정이자 조정’ 기재란에서는 ‘㉮’, 즉 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제1호에 따라 당좌대출이자율을 적용한 것으로 기재하고 있는바, 청구법인이 법인세 신고 당시 2019사업연도의 쟁점대여용역에 관하여 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제2호를 선택하였다고 단정하기 어려운 점, 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제2호는 납세편의를 도모하고자 법인에게 시가에 대한 선택권을 부여한 것인데, 청구법인의 경우 관계사와의 자금거래가 빈번하였던 것으로 보이고, 2019사업연도 전후로 계속하여 다수의 자금거래에 대하여 인정이자를 조정해 왔던 것으로 보여 2019사업연도에만 특별히 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제2호를 선택할 만한 이유나 실익이 있어 보이지 아니하며, 2018사업연도와 2019사업연도의 신고내용을 비교하여 보면, ‘1. 적용이자율 선택’ 기재에서만 차이가 있을 뿐이어서, 제반 사정을 고려하여 볼 때 청구법인이 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 제2호를 선택하였다고 보기 어려운 점(조심 2023중10440, 2025.7.9., 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 2018사업연도부터 2021사업연도까지의 쟁점대여용역의 시가를 당좌대출이자율로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.



＜별지＞ 관련 법령 등



(1) 법인세법



제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하  "부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하  "시가”라 한다)을 기준으로 한다.



(2) 법인세법 시행령



제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서  "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 제19조 제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 금전을 제공하는 경우

나. 주주등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다) 및 직원에게 사택(기획재정부령으로 정하는 임차사택을 포함한다)을 제공하는 경우

다. 법 제76조의8에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인 간에 연결법인세액의 변동이 없는 등 기획재정부령으로 정하는 요건을 갖추어 용역을 제공하는 경우

7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우. 다만, 법 제76조의8에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인 간에 연결법인세액의 변동이 없는 등 기획재정부령으로 정하는 요건을 갖추어 용역을 제공받은 경우는 제외한다.



제89조(시가의 범위 등) ③ 제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율(이하  "가중평균차입이자율”이라 한다)을 시가로 한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 해당 각 호의 구분에 따라 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율(이하  "당좌대출이자율”이라 한다)을 시가로 한다.

1. 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우 : 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다.

1의2. 대여기간이 5년을 초과하는 대여금이 있는 경우 등 기획재정부령으로 정하는 경우 : 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다.

2. 해당 법인이 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우 : 당좌대출이자율을 시가로 하여 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 한다.



(3) 법인세법 시행규칙



제43조(가중평균차입이자율의 계산방법 등) ① 영 제89조 제3항 각 호 외의 부분 본문에서  "기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율”이란 자금을 대여한 법인의 대여시점 현재 각각의 차입금 잔액(특수관계인으로부터의 차입금은 제외한다)에 차입 당시의 각각의 이자율을 곱한 금액의 합계액을 해당 차입금 잔액의 총액으로 나눈 비율을 말한다. 이 경우 산출된 비율 또는 대여금리가 해당 대여시점 현재 자금을 차입한 법인의 각각의 차입금 잔액(특수관계인으로부터의 차입금은 제외한다)에 차입 당시의 각각의 이자율을 곱한 금액의 합계액을 해당 차입금 잔액의 총액으로 나눈 비율보다 높은 때에는 해당 사업연도의 가중평균차입이자율이 없는 것으로 본다.

③ 영 제89조 제3항 제1호에서  "기획재정부령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 특수관계인이 아닌 자로부터 차입한 금액이 없는 경우

3. 제1항 후단에 따라 가중평균차입이자율이 없는 것으로 보는 경우

④ 영 제89조 제3항 제1호의2에서  "기획재정부령으로 정하는 경우”란 대여한 날(계약을 갱신한 경우에는 그 갱신일을 말한다)부터 해당 사업연도 종료일(해당 사업연도에 상환하는 경우는 상환일을 말한다)까지의 기간이 5년을 초과하는 대여금이 있는 경우를 말한다.

⑤ 영 제89조 제3항 제2호에 따라 법인이 이자율을 선택하는 경우에는 제82조 제1항 제19호에 따른 별지 제19호서식의 가지급금 등의 인정이자조정명세서(갑)를 작성하여 제출하여야 한다