1. 원고들의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.



2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

피고들이 원고들에 대하여 한 별지 1 목록 기재 각 처분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위



가. 당사자들의 지위



1) 원고 aaa(변경 전 상호: 주식회사 bbb, 이하 ‘aaa’라 하고, ‘주식회사’ 명칭은



생략한다)는 2012. 2. 17. ccc을 대표자로 하여 컴퓨터 하드웨어 및 소프트웨어 개발



임대 및 판매업 등을 목적으로 설립되었고, 2022. 1. 6. 대표자를 ccc에서 ddd으로



변경하였으며, 2023. 6. 22. 상호를 aaa로 변경하면서 영농에 필요한 자재의 생산 및



공급사업 등으로 그 목적을 변경하였다.



2) 원고 eee(이하 ‘eee’라 한다)는 2020. 5. 8. fff을 대표자로하여 소프트웨어 개발,



공급업, 수출입업 등을 목적으로 설립되었고, 2023. 1.경 대표자가 ggg로 변경되었다.



3) 원고 hhh네트워크(이하 ‘hhh’라 한다)는 2019. 5. 16. ccc을 대표자로하여



소프트웨어 개발 및 공급업 등을 목적으로 설립되었다.



4) iii아이엔티(이하 ‘iii’라 한다)는 2016. 3. 28. ddd을 대표자로하여 소프트웨어



개발, 공급업, 수출입업 등을 목적으로 설립되었고, 2021. 11. 15. 대표자가



미합중국인 xxx로 변경되었다.



나. 이 사건 세금계산서의 발행



원고들은 2020년 제2기 및 2021년 제1기 과세기간 동안 원고들 상호간 및 iii, jjj,



kkk, lll와 사이에 별지 2 기재와 같은 매입ㆍ매출세금계산서(이하 ‘이 사건



세금계산서’라 한다)를 각 발행 및 수취하였다.



다. 처분의 내용



1) 피고 mm지방국세청장은 2021. 5. 27.부터 같은 해 11. 27.까지 사이에 원고들



에 대한 법인통합조사 및 부가가치세 세목별조사를 실시한 결과(이하 ‘이 사건 세무조



사’라 한다), 이 사건 세금계산서가 실물 거래 없이 발행 및 수취된 사실과 다른 세금



계산서에 해당한다고 보고, 피고 nn세무서장, pp세무서장에게 과세자료를 통보하였



다.



2) 이에 따라 피고 nn세무서장은 원고 aaa, eee에 대하여, 피고 pp세무서장은



원고 hhh에 대하여, 각 별지 1 처분 목록 기재와 같이 2020년 제2기,2021년 제1기



과세기간 부가가치세를 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라



한다).



또한 피고 pp세무서장은 원고 hhh에 대하여, 이 사건 각 세금계산서가 사실과 다른



세금계산서에 해당한다는 점을 바탕으로, x,xxx,xxx,xxx원을 익금산입 및



손금불산입하고, x,xxx,xxx,xxx원을 손금산입 및 익금불산입한 후, 중소기업특별공제



xxx,xxx원을 부인하여 법인세 x,xxx,xxx원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 법인세



부과처분’이라 한다).



3) 그리고 피고 mm지방국세청장은 원고 aaa가 계정과목 ‘거래처 선급금’으로



x,xxx만 원을 계상한 것과 관련하여, 실제로는 대표자인 ccc의 계좌로 같은 금원이



이체된 것을 확인하고, 당초 계상한 거래처 선급금 계정과목을 ‘대표자 가지급금’으로



변경하고, 위 가지급금에 대하여 당좌대출이자율로 계상한 가지급금 인정이자



x,xxx,xxx원을 ccc에 대한 상여로 보아 소득금액변동통지를 하였다(별지 1 목록 순번



3번 처분).



또한 피고 mm지방국세청장은 원고 hhh가 계정과목 ‘거래처 선급금’으로 xxx,xxx만



원을 계상한 것과 관련하여, 실제로는 대표자인 ccc의 계좌로 같은 금원이 이체된



것을 확인하고, 당초 계상한 거래처 선급금 계정과목을 ‘대표자 가지급금’으로



변경하고, 위 금원 중 2020. 11. 3. 원고 aaa의 외상매입금과 상계처리한 xxxx만원 및



나머지 가지급금 xx억 xxxx만 원에 대하여 당좌대출이자율로 계상한 가지급금



인정이자 xxx,xxx원 합계 xx,xxx,xxx원을 ccc에 대한 상여로 보아



소득금액변동통지를 하였다(별지 1 목록 순번 7번 처분, 이하 위 각 처분을 통틀어



‘이사건 소득금액변동통지’라 하고, 이 사건 부과가치세 및 법인세 부과처분과 통틀어



‘이사건 처분’이라 한다1)).



[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 13 내지 16호증, 을 제1 내지 5, 12, 16,



21, 25, 26, 28, 36호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재,



변론 전체의 취지



2. 이 사건 처분의 위법 여부



가. 원고들의 주장 요지



1) 세무조사의 위법



피고 nn세무서장은 2021. 2. 1.부터 2021. 2. 5.까지 사이에 원고들 및 iii에 대한



현장확인을 실시하고 거래관련 자료를 수집하였다. 이는 원고들에 대한 세무조사에



해당하는바, 피고 mm지방국세청장이 이 사건 세무조사를 다시 실시한 것은



구 국세기본법(2021. 12. 21. 법률 제18586호로 개정되기 전의 것, 이하



‘국세기본법’이라 한다)에 의하여 금지되는 재조사에 해당한다.



또한 피고 mm지방국세청장은 이 사건 세무조사를 함에 있어서 사전통지도 하지



않았는바, 원고들에게 증거인멸의 우려가 없었다는 점을 고려하면 이는 국세기본법



제81조의7 제1항 단서를 위반한 위법한 세무조사이다.



따라서 이 사건 세무조사를 기초로 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.



2) 사실과 다른 세금계산서 여부



가) 이 사건 세금계산서는 원고들 및 iii 등 사이의 실제 거래에 따라 적법하게 수수된



세금계산서이다. 거래당사자인 회사들은 그 과정에서 각 회사에 이익이 되는 방식으로



거래당사자와 구조 등을 정하였던 것인바, 과세관청이 사후적으로 이를 부인하여



허위의 세금계산서로 볼 수는 없다. 따라서 이 사건 세금계산서가 허위임을 전제로



이루어진 이 사건 부가가치세 및 법인세 부과처분은 모두 위법하다.



나) 설령 이 사건 세금계산서가 허위로 판단된다고 하더라도, 이 사건에서 거래



당사자인 회사들은 관행 및 당사자들의 의사에 따라 누가 계약당사자로 참여할지



결정한 것이고, 이러한 거래를 적법하다고 본 판례들이 있는 점을 고려하면,



납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를



정당시할 수 있는사정이 있는 때에 해당하므로, 최소한 가산세 부분은 취소되어야



한다.



3) 이 사건 소득금액변동통지 및 이 사건 법인세 부과처분의 위법



가) 피고 mm지방국세청장이 ccc에 대한 가지급금이라고 본 각 금원은 최종적으로



iii의 중국 거래처 이사인 mmm에게 지급되었으므로, 이를 ccc에게 귀속되었다고 볼 수



없다. 따라서 위 각 금원이 ccc에 대한 가지급금임을 전제로 가지급금 인정이자를



계상한 이 사건 소득금액변동통지는 위법하다.



나) 피고가 제출한 자료들만으로는 이 사건 법인세 부과처분의 내용 및 처분의



근거사실을 확인하기 어려우므로, 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다.



나. 관계 법령



별지 3 기재와 같다.



다. 인정사실



앞서 채택한 각 증거, 갑 제46 내지 126호증, 을 제6 내지 10호증의 각 기재 및



영상에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래와 같은 사실이 인정된다.



1) 원고들은 jjj이 제조한 적외선 열영상 검출 센서를 매입하여 중국에 소재한



xxx(이하 ‘중국 매출처’라 한다)에 수출하는 거래(이하 ‘이 사건 제1 거래’라 한다)를



진행하고 세금계산서를 발행 및 수취하였는데, 그 거래 구조는 아래와 같다.



2) iii, 원고 aaa, hhh는 iii가 생산하는 ‘직립형 광배양기’를 원고 aaa가 수출하는



거래(이하 ‘이 사건 제2 거래’라 한다)와 관련하여 세금계산서를 발행 및



수취하였는데, 그 거래 구조는 아래와 같다.



3) iii, kkk, lll, 원고 aaa, hhh는 iii의 시흥공장에 설치되어 있는 식물공장과 관련한



거래(이하 ‘이 사건 제3 거래’라 하고, 이 사건 제1, 2 거래와 통틀어 ‘이 사건 각



거래’라 한다)와 관련하여 세금계산서를 발행 및수취하였는데, 그 거래 구조는 아래와



같다.





라. 이 사건 세무조사의 위법 여부



1) 관련 법리



세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세



표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부ㆍ서류 그 밖의 물건을 검



사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의



질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인



정되는 자 등(이하 ‘납세자 등’이라 한다)은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문



에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담한다. 한편 같은 세목 및 과세기



간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침



해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에



현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있다. 이러한 세무조사의



성질과 효과, 중복세무조사를 금지하는 취지 등에 비추어 볼 때, 세무공무원의 조사행



위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써



납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 국세청 훈령인 조사사무처리규정



에서 정한 ‘현장확인’의 절차에 따른 것이라고 하더라도 그것은 재조사가 금지되는 ‘세



무조사’에 해당한다고 보아야 한다. 그러나 과세자료의 수집 또는 신고내용의



정확성검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에



해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한



사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도



불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할



의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는



조사행위까지 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다.



세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의



목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료,



조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로



판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부



의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등



이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로



이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할



수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원



칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어렵지만, 조사행위가 실질적으로 과세



표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실ㆍ사업장ㆍ공장 또



는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한



기간 동안의 장부ㆍ서류ㆍ물건 등을 검사ㆍ조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조



사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것이다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360



판결).



2) 판단



가) 앞서 채택한 각 증거, 갑 제144 내지 147호증, 을 제27호증의 각 기재에 의하면,



① 피고 nn세무서장은 2021. 2. 1.부터 2021. 2. 5.까지 원고 eee에 대하여



‘동일IP 다사업자 세금계산서 발급이 확인되어 실 거래여부 확인’ 등을 위한 현장확인



을 실시한 사실(이하 ‘이 사건 현장조사’라 한다), ② 세무공무원이 원고 eee 사무실



에 현장방문하였을 당시 대표자인 fff 대신 ccc이 서류 등을 준비하여 소명을한 사실,



③ 피고 nn세무서장은 원고 eee가 거래사실에 관한 구체적인 증빙서류를 제출하지



못하는 점, 각 거래처의 공급계약서 형식이 거의 동일한 점 등을 근거로 원고들이



가공세금계산서를 발행ㆍ수취한 것으로 판단하고 세무조사를 통한 사실관계 확인이



필요하다고 보아 조사의뢰를 한 사실, ④ ccc이 2021. 3. 세무공무원에게 이



메일로 원고 hhh의 사업 설명, 계약서, 금융거래내역 등을 제출한 사실, ⑤ 그 후



피고 mm지방국세청은 2021. 5. 27.부터 2021. 11. 27.까지 원고들에 대한 이 사건



세무조사를 실시하였는데 그 과정에서 사전통지는 하지 않은 사실, ⑥ 피고



mm지방국세청이 원고들에게 교부한 세무조사 통지서에는 ‘세무조사를 하기에 앞서



사전통지를하고 있으나 귀하(귀사)에 대해서는 국세기본법 제81조의7 제1항 단서에



따라 세무조사 사전통지를 하지 아니하였다’고 기재되어 있는 사실 등이 인정된다.



나) 우선 이 사건 세무조사가 위법한 재조사에 해당하는지 살피건대, 피고 nn



세무서장은 ‘원고 eee와 관련된 거래처 3곳이 동일 IP에서 세금계산서가 발행되었



으며 그 중 2개의 거래처가 원고 eee와 동일한 세무대리인이 대리하고 있고 거래금



액과 품목도 동일하다’는 점을 확인하여 원고 eee를 현장확인 대상자로 선정하였고,



이에 세무공무원이 원고 eee를 방문하여 ccc으로부터 소명을 듣고 관련 계약서와



금융증빙을 제출받았는바, 이러한 행위가 현장확인의 정도를 넘어서 납세자의 영업의



자유 등에 영향을 미치는 ‘세무조사’에 이르렀다고 보기는 어려운 점, 피고 nn세



무서장은 이 사건 현장확인 결과 원고 eee의 혐의 내용에 대한 합리적인 소명이 되



지 않았다고 보아 세무조사를 통한 사실관계 확인을 위하여 조사의뢰를 하였고 그로부



터 약 3개월 뒤에 이 사건 세무조사가 실시되었는바, 시간적 간격을 고려하더라도 이



사건 세무조사는 이 사건 현장조사 직후에 실시한 것으로서 납세자인 원고들의 법적안



정성이 침해되었다고 보기도 어려운 점 등을 종합하면, 이 사건 세무조사가 국세기본



법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당한다고 보기 어렵다.



다) 다음으로 이 사건 세무조사가 사전통지를 결하여 위법한지 살피건대, 국세기본법



제81조의7 제1항은 본문에서 ‘세무공무원은 세무조사를 하는 경우 조사대상자에게



조사 시작 15일 전까지 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유 등을 통지하여야 한



다’고 규정하고, 단서에서 ‘사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수



없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다’고 규정하고 있으며, 같은 조 제4항은



‘세무공무원은 제1항 단서에 따라 사전통지를 하지 아니하고 세무조사를 개시할 때 사



전통지 사항, 사전통지를 하지 아니한 사유 등을 기재한 세무조사통지서를 조사대상자



에게 교부하여야 한다’고 규정하고 있는 점, 피고 mm지방국세청장은 원고들에게 사실



과 다른 세금계산서 수수 등의 혐의가 있어 사전통지를 할 경우 증거인멸 등으로 조사



목적을 달성할 수 없다고 판단하여 사전통지를 생략한 것으로 보이는 점, 위와 같은



혐의가 있는 경우 사전통지를 한다면 원고들이 관련 장부를 파기하거나 은닉할 가능성



을 배제할 수 없는 점, ccc이 이 사건 현장확인 당시 소명자료를 제출하였다고 하



더라도 그 내용은 계약서, 금융거래내역 등 일부에 불과한 것으로 보이는 점, 원고들로



서는 세무조사의 사전통지가 원칙이나 예외적인 사유가 있어 세무조사의



사전통지를생략하였다는 점을 충분히 알 수 있었고, 국세기본법 제81조의7 제1항



단서의 내용을 확인한 뒤 증거인멸 우려 등의 사전통지 생략 사유가 있었는지 여부에



관하여 다툴 수 있었던 점 등을 종합하면, 이 사건 세무조사에 절차상 하자가



있었다고 보기 어렵다.



라) 따라서 원고들의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.



마. 사실과 다른 세금계산서 여부



1) 관련 법리



가) 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가



없는 명목상의 거래인지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및



태양, 이익의 귀속주체, 현실적인 재화의 이동과정, 대가의 지급관계 등 제반사정을 종



합하여 개별적ㆍ구체적으로 판단하여야 하고(대법원 2012. 11. 15. 선고 2010두8263



판결 등 참조), 재화나 용역을 공급하기로 하는 계약을 체결하는 등 실물거래가



있다는 것은 당사자 사이에 재화나 용역을 공급하기로 하는 구속력 있는 합의가



있음을 의미하는 것으로서, 부가가치세법 등 관련 법령에서 세금계산서에 기재할 사항



중의 하나로 규정하고 있는 공급가액, 공급품목, 단가, 수량 등에 관하여도 합의가



있어야 한다(대법원 2012. 11. 15. 선고 2010도11382 판결 등 참조).



나) 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은



과세권자에게 있으나, 과세요건사실에 관한 직접적인 증거가 없는 경우라도 간접적인



사실관계 등에 의거하여 경험칙상 가장 합리적인 설명이 가능한 추론에 의하여



과세요건사실의 존재를 추정할 수 있는 경우에는 그 증명이 있다고 하여야 하며,



따라서 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실을 인정할 수 있는



간접사실이 밝혀진 이상, 세금부과처분의 상대방이 당해 사실은 경험칙의 적용대상이



되지 못한다거나 당해 사건에서 그와 같은 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한



특별한 사정이 있다는 점을 증명하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을



충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고



2002두6392 판결 등 참조).



2) 판단



앞서 채택한 각 증거, 갑 제6 내지 12, 17 내지 45, 127 내지 143, 148 내지



161호증, 을 제11, 13, 14, 15, 17 내지 20, 22, 23, 24, 29 내지 35, 37 내지



44호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은



사정들을 고려하면, 이 사건 세금계산서는 실제 거래 없이 발급ㆍ수취된 사실과 다른



세금계산서라고 판단된다. 이와 다른 전제에 선 원고들의 주장은 받아들일 수 없다.



가) iii 및 원고들은 모두 실질적으로 ccc이 지배하였던 것으로 보이고, 특히 원고들의



경우 이 사건 세금계산서 수수 당시 iii와 독립된, 실체가 있는 법인이었다고 보기



어렵다.



(1) 원고들은 대표이사만 있는 1인 회사들로, 원고들 및 iii 사이의 거래가 매출의



대부분을 차지하고 있다. 원고들이 이 사건 세금계산서를 발행ㆍ수취한 컴퓨터의



IP주소, 랜카드 고유번호, CPU고유번호 등이 모두 동일하다. ccc은 원고들의



세금계산서를 모두 iii의 사무실에서 발행한다고 진술하기도 하였다. 세무조사 당시



iii의 사무실에서 원고들의 계약서, 회계자료, 금융자료 등 기밀자료들을 비롯하여



원고들의 인감도장, 은행통장 등이 발견되었다.



(2) iii의 대표자였던 ddd은 ccc과 사촌사이로, ccc이 대표로 있던 원고 aaa 및



hhh에서 2007년부터 2015년까지 직원으로 근무하였다. iii는 수출계약을 체결하는



과정에서 계약서상 ccc을 iii의 사장으로 기재하기도 하였으며, ccc은 iii 사무실로



출근한다고 진술하였다. 또한 ccc의 배우자 및 자녀들이 iii의 주주 및 직원으로



등재되어 있다.



(3) 원고 eee의 대표자였던 fff은 2018년부터 2020년까지 iii의 직원으로 근무하였다.



fff과 ccc은 세무조사 당시, ccc이 원고 eee의 세금계산서 발행, 금융거래 등 업무를



대행한다고 진술하기도 하였다. 이 사건 현장확인 당시에도 세무공무원은 원고 eee의



사업장에서 fff이 아닌 ccc을 만나 소명을듣고 서류 등을 제출받았다.



나) 이 사건 각 거래의 목적과 경위, 태양, 이익의 귀속주체, 현실적인 재화의



이동과정, 대가의 지급관계 등을 종합하여 개별적, 구체적으로 판단하더라도, 원고들이



이 사건 각 거래 과정에서 거래당사자로서 자기의 책임과 계산으로 어떠한 위험을 부



담하였다거나 구체적인 역할을 수행하였다고 보기 어려운바, 이 사건 각 거래는 실물



거래 없이 형식적으로 이루어진 거래라고 판단된다.



(1) 먼저 이 사건 제1 거래에 관하여 본다.



(가) iii는 2020. 4. 27. 중국 매출처와 사이에 jjj이 생산하는 적외선 센서 xxx개,



적외선 센서 xx개(이하 통틀어‘이 사건 적외선 센서’라 한다)를 총 x,xxx,xxx$에



수출하기로 하는 계약을 체결하였다. 그 후 원고 hhh와 jjj은 2020. 5. 20. 적외선



센서와 관련한 물품구매계약을 체결하였는데, 주요 내용은 아래와 같다.



원고 hhh와 원고 eee는 2020. 6. 2. 원고 hhh가 적외선 센서 xxx개, 적외선 센서



xx개를 총 x,xxx,xxx$에 공급하고, 원고 eee와 iii는 2020. 6. 2. 원고 eee가 적외선



센서 xxx개, 적외선 센서 xx개를 총 x,xxx,xxx$에 공급하는 내용의 각 물품구매계약



을 체결하였다. 한편 원고 hhh와 iii는 2020. 8. 26. 원고 hhh가 적외선 센서 xx개를



xxx,xxx,xxx원에 공급하되, 계약 시 선금 x억 x,xxx만 원을 지급하고 제품 납품 완료



후 전금 전액을 현금으로 지급하기로 하는 물품구매계약을 체결하였다.



(나) 원고 hhh와 원고 eee 사이, 원고 eee와 iii 사이의 각 물품공급계약서의 내용은



제품 수량과 금액을 제외하고는 위 jjj과 원고hhh 사이의 물품구매계약의 내용과 거의



동일하다. 그런데 각 물품구매계약서에는 ‘판매자가 이 사건 적외선 센서를 중국



시장에 공급할 수 있는 권한을 가진 독점적 대리인’이라는 표현이 공통적으로 기재되



어 있는데, 중국 매출처와 이 사건 적외선 센서 수출계약을 체결한 것은 iii일뿐, 원고



hhh, eee는 그러한 지위에 있지 않다. 또한 각 물품구매계약서에는 공통적으로



‘판매자가 제작을 한다’는 내용이 기재되어 있는바, 원고 hhh나 원고 hhh가 이 사건



적외선 센서를 제작하여 공급하는 것이 아니고 jjj으로부터 구매한 센서를 전매할



뿐이다.



이러한 점을 볼 때, jjj과 원고 hhh, 원고 eee, iii 사이에 체결된 각 물품공급계약서가



실제 계약의 내용을 진정하게 반영한다고 보기 어렵다.



(다) jjj이 생산한 이 사건 적외선 센서는 원고 hhh나 hhh를 거치지 않고 운반업체를



통하여 생산공장에서 중국으로 직접 전달되었으며, 그 과정에서 운송료 등 비용도



중국 매출처가 부담하였다. 그 과정에서 원고 hhh, hhh가 물품의 하자에 대한 책임을



부담하였다거나, 물품에 대한 입고ㆍ검수ㆍ보관 등의 역할을 수행하였다는 사정도 없다.



세금계산서 발행 및 대금 수수 외에, 원고 hhh와 원고 eee가 이 사건 적외선 센서를



실제 구매하여 공급하였다고 볼 만한 사정을 찾아볼 수 없다.



(라) jjj과 원고 hhh 사이의 계약에 의하면, 원고 hhh는계약 시인 2020. 5. 20. 선금



10%를 지급하여야 하나, iii가 2020. 6. 2. 원고 hhh에 xxx,xxx$를, 원고 eee가



2020. 6. 3. 원고 hhh에 xxx,xxx$을 송금하자, 비로소 그 후인 2020. 6. 5. jjj에



xxx,xxx$를 송금하였다. 이 금원을 포함하여 대금이 iii→원고 eee→원고 hhh→jjj으로



순차적으로 이체되는 흐름을 보면 원고 hhh와 원고 eee는 iii의 자금을 jjj에 전달하는



역할만을 한 것으로 보인다.



(마) 원고 hhh, eee 사이의 계약에 의하면, 원고 eee는 원고 hhh에 대금으로



x,xxx,xxx$를 지급하여야 하나 실제로는 이를 초과하는 x,xxx,xxx$)를 지급하였으며,



원고 eee와 iii 사이의 계약에 의하면, iii는 원고 eee에 대금으로 x,xxx,xxx$를



지급해야 하나 실제로는 이를 초과하는 x,xxx,xxx$를 지급한 것으로 확인되었는바,



계약상 대금보다 더 많은 돈을 지급한다는 것은 이례적이다.



이에 대하여 원고들은 ccc이 행한 각종 용역의 대가가 포함되어 있다고 주장하나



이를 인정하기 부족하다.



(바) 원고들은 이 사건 제1 거래에 원고 hhh, eee가 참여한 이유와 관련하여, 원고



hhh는 A/S를 담당하기 위하여, 원고 eee는 원래 중국 매출처와 연락을 담당하던 fff이



원고 eee를 설립함에 따라 위 거래에 각 참여하게 되었다고 설명하는바, 그 주장에



의하더라도 원고 hhh, eee가 이 사건 제1 거래에 형식적 당사자로 참여한 것을 넘어



실제로 원고 hhh, eee가 물품구매계약의 내용에 대응되는 물품구매 및 공급 업무를



수행하였다고 볼 수는 없다.



(사) 원고 aaa는 2020. 12. 21. 원고 eee에 ‘열상엔진 제어 모듈’에 관하여 공급가액



x억 x,xxxx만 원의 세금계산서를 발행하였다. 그러나 제출된 자료만으로는 원고 aaa가



공급한 열상엔진 제어 모듈의 구체적인 내용이나 실제 해당 물품의 제공이



이루어졌다는 점을 확인하기 어려우며, 원고 eee는 2020.10. 30. 원고 hhh에



지급하였던 선금 중 x억 x,xxx만 원을 환급받아 이를 원고 aaa에 지급하였으며, 원고



aaa는 입금받은 즉시 같은 금액을 iii에 입금한 점 등에 비추어 보면, 위 세금계산서



또한 실질거래에 부합하는 것으로보기 어렵다.



(2) 다음으로 이 사건 제2 거래에 관하여 본다.



(가) 원고 hhh는 iii에 ‘냉각식 적외선검출기 제어용 엔진 및 프로그램’, ‘열화상



프로세싱 엔진’, ‘정밀농업솔루션’ 등을 공급하는 내용의 세금계산서들을



발행하였는바, 제출된 자료들만으로는 원고 hhh가 공급하였다는 재화나 용역의 내



용을 정확히 알기 어려우며, 발행된 세금계산서에 대응하는 계약의 구체적인 내용이



확인되지 않는다. iii가 원고 hhh에 지급한 금원은 ccc, ddd, iii의 직원 등의 계좌로



이체되어 iii의 중국 매출처 이사라는 mmm에게이체되거나 현금으로 인출되었다.



(나) 원고 aaa는 원고 hhh에 ‘네트워크원격제어프로그램업데이트’,



‘열영상검출센서제어프로그램’, ‘지능형컨텐츠 개발용역’ 등을 공급하는 내용의 세



금계산서들을 발행하였는바, 역시 제출된 자료들만으로는 원고 aaa가 공급하



였다는 재화나 용역의 내용을 정확히 알기 어려우며, 발행된 세금계산서에 대응하는



계약이 존재하지 않거나 계약서의 내용이 대부분 동일한 형태이다. 일반적인 소프트웨



어 개발 용역 거래에서 계약서에 개발요구사항(개발 규모, 요건, 필요인력 등)의



내용을 구체적으로 적시하는 것과 달리, 이 사건에서는 계약서상 물품명, 계약금액,



대금지급방법, 결재일, 납품일자 등만 기재되어 있을 뿐 구체적인 용역 내용에 관한



아무런 기재도 없다는 점에서도 이를 정상적인 개발 용역계약이라고 보기 어렵다.



원고들은 ‘원고 aaa가 원고 hhh에 환경 관련 사업을 이관하면서 열영상 엔진 제어에



대한 소프트웨어, 지능형 컨텐츠 등을 양도하였고, 원고 hhh가 위와 같이 양도받은



소프트웨어 등을 사용하여 개발된 산출물을 iii, 원고 eee에 판매하였다‘고 주장하나,



거래의 경위와 내용에 대한 설명이 매우 추상적이며, 동일하게 ccc이 대표로 있는 1인



회사이자 사업 목적도 유사한 원고 aaa와 원고 hhh 사이에 위와 같은 거래를 할



합리적인 이유가 있다고 보이지도 않는다.



원고 hhh가 원고 aaa에 지급한 대금은 ccc을 통하여 그 xxx(ccc의 배우자) 등에게



이체된 후 다시 iii 또는 mmm에게 이체되거나, 현금으로 인출되었다.



(다) 원고 aaa는 2020. 10. 23. 원고 hhh에 적외선 센서에 대하여 공급가액 x,xxx만



원의 세금계산서를 발행하였으나, jjj으로부터 이 사건 적외선 센서를 공급받지도 않은



원고 aaa가 이를 원고 hhh에 공급하였다는 것은 그 자체로 믿기 어려우며, 위



공급가액에 대응하는 거래내역도 확인되지 않는다.



(라) iii는 원고 aaa에 ’정밀농업 필드센서 제어 프로그램‘, ’지능형 컨텐츠 개발 용역‘,



’능동형 직립형 광배양기 솔루션‘ 등을 공급하는 내용의 세금계산서들을 발행하였다.



그러나 제출된 자료만으로는 위 각 프로그램 및 용역의 구체적인 내용을 확인하기



어려우며, 구매요청서, 상품설명서 등 외에 해당 재화 및 용역이 실제로 제공되었다는



자료를 찾아볼 수 없다. 이와 관련하여 원고들이 제출한 증거들은, 원고 aaa가 2019.



12.경 iii로부터 ’미세조류 배양설비‘를 구매하여 미국에 수출한 거래와 관련된 것으로,



이 사건에서 문제되는 세금계산서에 관한 것이라고 할 수 없다.



또한 원고 aaa와 iii 사이의 2020. 12. 1.자 물품구매계약서에 의하면, 제품은 미국



xxx 도착지항 인도 조건에 의하여 분할 선적하는것으로 되어있는바, ddd은 세무조사



시 해당 제품이 iii의 공장에 최종검수가 이루어지지 않은 채로 보관 중이라고



진술하였으며, 현재까지도 수출이 이루어지지 않은 것으로 보인다.



(마) 따라서 이 사건 제2 거래는 실물거래 없이 형식적으로 이루어진 것으로



판단된다.



(3) 다음으로 이 사건 제3 거래에 관하여 본다.



(가) kkk의 대표 xxx은 lll의 등기부상 감사이며, lll의 대표 xxx은 kkk의등기이사이다.



ddd은 xxx, ccc과 같은 회사에서 근무한 적이 있고 친분관계가 있다고 진술한 바



있다.



(나) 원고 hhh는 kkk, lll로부터 ’온라인 광고대행‘, ’마케팅용역‘ 등을 공급받는 내용의



세금계산서들을 수취하였다. 그러나 이와 관련하여 kkk와 lll가 실제 원고 hhh에



마케팅 용역 등을 제공하였다는 점을 확인할 수 있는 자료가 없으며, ccc은 세무조사



당시 용역 수행에 대하여 구두로 확인하였을 뿐이라고 진술한 바 있다.



원고 hhh의 2020년, 2021년 매출의 대부분은 밀접한 관계가 있는 원고 eee 및



iii로부터 발생하였다는 점에서 마케팅 및 광고대행의 필요성이크지 않았다고 보이며,



원고 hhh의 2020년 사업연도 손익계산서에 의하면 판매비와관리비가 약 x억 x,xxx만



원인데 광고선전비가 그 중 대부분인 x억 원을 차지한다는점도 이례적이다.



(다) 원고 hhh는 2020. 12. 28. iii로부터 ’열영상 검출 센서 모듈제어프로그램‘을



공급받는 내용의 세금계산서를 수취하였는바, 제출된 자료만으로 위 프로그램 및



용역의 구체적인 내용을 확인하기 어려우며, 해당 용역이 실제로 제공되었다는 자료를



찾아볼 수 없다. 원고 hhh의 대차대조표상 해당 프로그램이 자산으로 계상된 내역도



확인되지 않으며, ccc은 세무조사 당시 제품이 iii의 공장안에 있다고 진술한 바 있다.



관련 계약서(2020. 12. 28.자)에 의하면 대금은 계약 시 100%를 지급한다고



되어있는데, 원고 hhh는 iii로부터 2021. 1. 21. x억 x,xxx만 원을 이체받은 다음 바로



다시 iii에 x,xxx만 원을 이체하였는바, 이는 매우 이례적이다.



(라) 원고 aaa는 kkk, lll에 각 ’지능형 컨텐츠 개발용역‘을 공급하는 내용의



세금계산서를 발행하였으나, 제출된 자료들만으로는 위 각 용역의 구체적인 내용이나



실제 해당 용역이 공급되었다는 점을 확인할 수 없다. 오히려 원고들을 포함한 관련



회사들 사이에 비슷한 이름의 재화ㆍ용역의 공급 명목으로 세금계산서 및 대금이



순환되는 형태가 보여지는바, 관련 거래 및 세금계산서가 허위임을 추단할 수 있게



하는 사정에 해당한다.



(마) 따라서 이 사건 제3 거래 또한 실물거래 없이 형식적으로 이루어진 것으로



판단된다.



다) 원고들은, 이 사건 세금계산서가 허위로 판단된다고 하더라도 가산세를 면제할



정당한 사유가 있다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 각 거래가 실제 존재



하지 않음에도 원고들이 그 형식을 가장하고 이 사건 세금계산서를 발행한 사실이 인



정되는 이상, 원고들에게 이 사건 세금계산서를 발급ㆍ수취함에 있어서 그 의무이행을



기대할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 수 없다. 원고들의 이 부분 주장도 이유 없



다.



바. 이 사건 소득금액변동통지 및 이 사건 법인세 부과처분의 위법 여부



1) 사외유출된 법인의 수입금의 귀속이 불분명한 경우 과세관청은 법인세법 제67조,



구 법인세법 시행령(2021. 1. 5. 대통령령 제31380호로 개정되기 전의 것, 이하 ’법



인세법 시행령‘이라 한다) 제106조 제1항 제1호 단서의 규정에 의하여 대표자에 대한



상여로 소득처분하여야 하고, 이 경우 그 귀속이 분명하다는 점에 관한 증명책임은 이



를 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 2017. 10. 26. 선고 2017두51310 판결 등



참조).



앞서 채택한 각 증거에 의하면, 원고 aaa가 계정과목 ’거래처 선급금‘으로 x억 x,xxx만



원을 계상하였으나 원고 aaa의 계좌에서 대표자 ccc의계좌로 같은 금액이 이체된



사실, 원고 hhh가 계정과목 ’거래처 선급금‘으로 xx억x,xxx만 원을 계상하였으나 원고



hhh의 계좌에서 대표자 ccc의 계좌로 같은 금액이 이체된 사실이 인정된다.



이에 대하여 원고들은, 위 각 금원이 중국 매출처 측인 mmm에게 지급되었으므로



이를 ccc에게 귀속된 것으로 볼 수 없다고 주장하나, 제출된 자료만으로는 구체적인



지급 경위에 대하여 알 수 없는 점, 원고 aaa와 원고 hhh가 mmm에게 해당 금원을



지급하여야 할 계약상 원인을 찾아볼 수 없는바, 설령 위 금원이 mmm에게



지급되었다고 하더라도 이는 ccc이 해당 돈을 사용한 방법이라고 봄이 타당한 점 등을



고려하면, 위 각 금원이 ccc이 아닌 다른 자에게 귀속되었다고 인정하기 어렵다.



2) 원고들은, 피고 mm지방국세청장이 가지급금에 대한 인정이자를 계상함에 있어서



이자율을 임의로 적용하였다고도 주장한다.



그러나 법인세법 제52조 제1항, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호, 제89조



제3항에서는 ‘제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의



경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 기획재정부령으로 정하는



가중평균차입이자율(이하 ’가중평균차입이자율‘이라 한다)을 시가로 한다. 다만, 다음



각 호의 경우에는 해당 각 호의 구분에 따라 기획재정부령으로 정하는



당좌대출이자율(이하 ’당좌대출이자율‘이라한다)을 시가로 한다’고 규정하고 있고,



제2호에서는 ‘해당 법인이 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는



바에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우 당좌대출이자율을 시가로 하여



선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 한다’고 정하고



있다. 그리고 구 법인세법 시행규칙(2026. 1. 2. 재정경제부령 제1호로 개정되기 전의



것) 제43조 제2항에서는 ‘영 제89조 제3항 각 호외의부분 단서에서  "기획재정부령으로



정하는 당좌대출이자율”이란 연간 1,000분의 46을 말한다’고 규정하고 있다.



이 사건을 보건대, 기록에 의하면 원고 aaa와 원고 hhh가 각 2020 사업연도 법인세



신고 시 가지급금 등의 인정이자 조정명세서에서 당좌대출이자율을선택한 사실, 이에



피고 mm지방국세청장은 가지급금에 대한 인정이자를 계산함에 있어서 0.046의



당좌대출이자율을 적용한 사실이 확인되는바, 여기에 어떠한 위법이 있다고 보기



어렵다.



3) 원고들은 이 사건 법인세 부과처분과 관련하여 피고 pp세무서장이 처분의 근



거되는 사실을 밝히지 않고 있다고 주장하나, 피고 pp세무서장은 이 사건 세금계산



서가 사실과 다른 세금계산서로 판단된 사정 등에 따라 손금산입 및 익금불산입, 익금



산입 및 손금불산입이 이루어졌다는 점, 그 구체적인 내역 등을 상세히 설명한 바 있



고, 달리 처분의 근거를 알 수 없다고 보기 어렵다.



4) 따라서 원고들의 이 부분 주장도 모두 이유 없다.



3. 결론



그렇다면, 원고들의 피고들에 대한 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하



여 주문과 같이 판결한다.