부산광역시 영도구청장이 2024.5.24. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 2021.4.27. A조합(이하  "이 건 조합”이라 한다)으로부터 부산광역시 OOO 외 OOO호의 임대주택(이하  "쟁점임대주택”이라 한다)을 OOO원에 양수받기로 하는 계약을 체결하고, 2023.1.20. 쟁점임대주택을 임대목적물로 등록한 후, 2024.1.4. 잔금을 지급하고 이를 취득한 후, 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고ㆍ 납부하였다.



나. 청구법인은 2024.4.15. 처분청에 쟁점임대주택이 「지방세특례제한법」 제31조에 따른 감면대상에 해당한다는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.5.24. 이를 거부하였다.



다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.8.16. 이의신청을 거쳐 2024.12.29. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



(1) 쟁점임대주택은 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 임대등록한 주택으로서 취득세의 감면대상에 해당한다.



「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것) 제31조의 개정내용은 「민간임대주택에 관한 특별법」에서 정의하고 있는 ‘민간매입임대주택’ 자체를 취득세 감면대상에 해당하지 않는다고 규정한 것이 아니라, 아파트의 민간매입임대사업 등록제가 폐지됨에 따라,「지방세특례제한법」에서도 당연히 임대등록의 여부에 따라 감면대상을 판단하겠다는 의미로 개정된 것으로 보아야 할 것이다.



따라서 「민간임대주택에 관한 특별법」 제43조에 따라 민간건설임대주택을 청구법인이 포괄승계하여 「민간임대주택에 관한 특별법」 에서 허용한 임대사업자의 등록방식에 따라 청구법인이 쟁점임대주택을 임대사업자로 등록하는 것이 허용된 이상 「지방세특례제한법」에서 이를 달리 취급하여 세제감면을 허용하지 않을 이유는 전혀 없다.



(2) 쟁점임대주택은 민간매입임대주택에도 해당하지 않으므로 감면 대상에서 제외되는 것으로 볼 수 없다.



임대사업자가 건설임대주택을 다른 임대사업자에게 매각하였다고 하여 그 임대주택의 성격이 "건설임대주택"에서 "매입임대주택"으로 변경되는 것은 아니고(대법원 2006.8.25. 선고 2006다14103 판결, 같은 뜻임), 국토교통부 역시 청구법인이 쟁점임대주택을 취득한 방식(임대사업자가 포괄승계 받은 건설임대주택)과 같은 유형에 대해서 건설임대주택에 해당하는 것으로 명확하게 해석하고 있다.



그리고 행정안전부 역시 2025.5.26. 새로운 유권해석을 통해  "임대사업자의 지위와 임대주택을 포괄적으로 승계한 경우는 민간건설임대주택으로 양도된다.”라고 판단하였고, 또한 행정안전부는  "재개발조합이 건축한 건설임대주택을 포괄승계 방식으로 취득한 경우에도 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에서 말하는 최초 ‘분양’ 받은 경우에 해당한다고 볼 수 있다.”라고 명확히 판단하였다.



따라서 청구법인의 쟁점임대주택은 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에서 규정하는 ‘임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택’에 해당하는 것으로서 취득세 감면 대상에 해당한다.



나. 처분청 의견



「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제2호에서  "민간건설임대주택”이란 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택을 의미하고, 임대주택을 건설한 임대사업자로부터 포괄양수도 계약으로 임대사업자의 지위와 함께 그 임대주택을 취득해 임대하고 있는 다른 임대사업자의 주택은  "민간건설임대주택”이 아닌 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제3호에 따른  "민간매입임대주택”으로 보아야 할 것행정안전부 지방세특례제도과-2102(2022.9.21.)호 유권해석〕인바, 쟁점임대주택의 경우 청구법인이 포괄양포괄양수도 계약에 따라 임대사업자 변경등록을 한 것으로  "민간매입임대주택”에 해당한다 할 것이다.



또한 이 건 조합은 2020.12.31.에 아파트인 쟁점임대주택을 임대목적물로 하여 임대사업자 등록을 하였고, 이후 청구법인이 2021.4.17. 이 건 조합으로부터 쟁점임대주택을 포괄양수하는 계약을 체결하면서 쟁점임대주택의 (건설)임대사업자 지위를 승계하였으나, 청구법인이 2023.1.20., 2024.1.14. 쟁점임대주택을 임대목적물로 하여 임대사업자 변경등록을 하고 아파트를 임대하는 민간매입임대주택으로 확인되는 이상, 임대주택 감면대상에서 해당되지 않는다(조심2023지4288 2024.6.10. 같은 뜻임) 할 것으로 쟁점임대주택이 「지방세특례제한법」제31조에 따른 임대주택 감면대상이라는 청구주장을 인정하기는 어렵다 할 것이다.



그리고 지방세관련 법령에는 ‘분양’에 관한 정의규정이 없으나 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」은 임대사업자로 등록할 수 있는 자를 열거하면서, ‘민간임대주택으로 등록할 주택을 매입하기 위하여 매매계약을 체결한 자’와 ‘민간임대주택으로 등록할 주택을 매입하기 위해 분양계약을 체결한 자’를 구별하여 규정(제4조 제2항 제2호 다, 라목)한 것으로 보아 ‘분양’이란 모든 승계취득을 의미하는 것이 아니라 분양을 위해 건축한 건축물에 관하여 분양계약을 체결한 경우를 의미한다고 봄이 타당하다 할 것인바, 청구법인은 쟁점임대주택을 포괄양수도 계약방식으로 취득한 것이 확인되므로 분양으로 취득한 경우에 해당하지 아니한다 할 것이다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



청구법인이 취득한 쟁점임대주택이 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에 따른 감면대상에 해당하는지 여부



나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.



(가) 청구법인은 2021.4.27. 이 건 조합으로부터 쟁점임대주택을 OOO원에 포괄양수받기로 하는 계약을 체결하고, 2023.1.20. 쟁점임대주택을 임대목적물로 등록한 후, 2024.1.4. 잔금을 지급하고 이를 취득한 후, 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ 납부하였다.



(나) 청구법인의 임대사업자 등록증 상 쟁점임대주택의 등록사항은 아래 ＜표1＞과 같다.



＜표1＞ 쟁점임대주택의 등록사항

○○○



(다) 행정안전부는 기존에 이 건과 유사한 사안에 대하여 재건축조합으로부터 포괄양수로 취득한 임대주택의 경우 감면대상에 해당하지 않는다고 유권해석을 하였으나(지방세특례제도과-2102, 2022.9.21.), 최근 이 건과 유사한 사안에 대하여 쟁점임대주택과 같이 임대사업자가 재개발조합이 건설임대주택으로 등록한 아파트를 포괄양수하여 임대주택으로 등록한 경우 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에서 규정하고 있는 임대주택의 최초 분양으로 보아 취득세 감면대상에 해당한다고 해석을 변경하였다(지방세특례제도과-1509, 2025.5.28.).



＜표2＞ 행정안전부의 기존 유권해석 주요 내용(지방세특례제도과-2102, 2022.9.21.)


＜표3＞ 변경된 행정안전부 유권해석 주요 내용(지방세특례제도과-1509, 2025.5.28.)


(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.



(가) 「지방세특례제한법」 제31조 제1항에서 「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자 및 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자[임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물{2020년 7월 11일 이후 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위하여 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서  "장기일반민간임대주택”이라 한다) 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이거나 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택(이하 이 조에서  "단기민간임대주택”이라 한다)인 경우 또는 같은 법 제5조에 따라 등록한 단기민간임대주택을 같은 조 제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다}로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말하되, 토지에 대해서는 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인을 받은 날 또는「건축법」 제11조에 따른 건축허가를 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 이 조에서  "임대사업자”라 한다]가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면하되, 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다고 규정하고 있다.



그리고 같은 조 제2항에서 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제1호에 따른 준주택 중 오피스텔(그 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서  "오피스텔”이라 한다)을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택 또는 오피스텔에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면하되, 「지방세법」 제10조에 따른 취득 당시의 가액이 3억원(「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권은 6억원으로 한다)을 초과하는 경우에는 감면 대상에서 제외한다고 규정하면서, 그 제1호에서 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다고 규정하고 있다.



(나) 처분청은 쟁점임대주택의 경우 2023.1.20., 2024.1.14. 변경등록한 민간매입임대주택에 해당하므로 임대주택 감면대상이 아니라는 의견이다.



그러나, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조에서 민간건설임대주택과 민간매입임대주택을 별도로 구분하고 있고, 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 건설임대주택으로 등록된 쟁점임대주택을 임대사업자가 포괄양수한 경우 쟁점임대주택은 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 건설임대주택에 해당하는 것으로서(대법원 2020.12.24. 선고, 2020두48352 판결, 같은 뜻임), 「지방세특례제한법」 제31조 제1항에서 감면대상의 범위에서 제외하고 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간매입임대주택으로 보기 어려우므로 쟁점임대주택이 「지방세특례제한법」 제31조 제1항에서 규정하는 임대목적물에서 제외되는 것으로 보기 어렵고, 청구법인은 같은 조 제1항 및 제2항에서 규정하는 임대사업자에 포함되는 것으로 보이는 점,



「지방세특례제한법」 제31조 제2항의 건축주로부터 최초로 분양받은 경우라 함은 건축주로부터 ‘공급’받은 경우로 보는 것이 타당한 것으로 보이는바(조심 2024지550, 2025.5.1., 같은 뜻임), 청구법인은 이 건 조합으로부터 쟁점임대주택을 최초로 분양받은 것으로 보아야 할 것이므로 쟁점임대주택은 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에 따른 감면요건을 모두 충족한 것으로 보이는 점 등에 비추어,



쟁점임대주택은 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에서 규정하는 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 최초로 분양받은 공동주택으로서 취득세 감면 대상에 해당하는 것으로 보이므로, 쟁점임대주택이 감면대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 처분청이 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.



＜별지＞ 관련 법률



(1) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 일부개정된 것)



제31조(임대주택 등에 대한 감면) ① 「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자 및 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자[임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물{2020년 7월 11일 이후 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위하여 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서  "장기일반민간임대주택”이라 한다) 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이거나 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택(이하 이 조에서  "단기민간임대주택”이라 한다)인 경우 또는 같은 법 제5조에 따라 등록한 단기민간임대주택을 같은 조 제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다}로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말하되, 토지에 대해서는 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인을 받은 날 또는「건축법」 제11조에 따른 건축허가를 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 이 조에서  "임대사업자”라 한다]가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다. 다만, 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다.

1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.

2. 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따라 10년 이상의 장기임대 목적으로 전용면적 60제곱미터 초과 85제곱미터 이하인 임대주택(이하 이 조에서  "장기임대주택”이라 한다)을 20호(戶) 이상 취득하거나, 20호 이상의 장기임대주택을 보유한 임대사업자가 추가로 장기임대주택을 취득하는 경우(추가로 취득한 결과로 20호 이상을 보유하게 되었을 때에는 그 20호부터 초과분까지를 포함한다)에는 취득세의 100분의 50을 경감한다.

② 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제1호에 따른 준주택 중 오피스텔(그 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서  "오피스텔”이라 한다)을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택 또는 오피스텔에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다. 다만, 「지방세법」 제10조에 따른 취득 당시의 가액이 3억원(「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권은 6억원으로 한다)을 초과하는 경우에는 감면 대상에서 제외한다.

1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.

2. 장기임대주택을 20호(戶) 이상 취득하거나, 20호 이상의 장기임대주택을 보유한 임대사업자가 추가로 장기임대주택을 취득하는 경우(추가로 취득한 결과로 20호 이상을 보유하게 되었을 때에는 그 20호부터 초과분까지를 포함한다)에는 취득세의 100분의 50을 경감한다.



(2) 민간임대주택에 관한 특별법(2021.9.14. 법률 제18452호로 일부개정된 것)



제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2.  "민간건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.

가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택

나. 「주택법」 제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택

3.  "민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5.  "장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트(「주택법」 제2조 제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다.



제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하  "시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

1. 삭제 ＜2018. 1. 16.＞

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택

③ 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하고자 할 경우 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 임대주택 면적을 10퍼센트 이하의 범위에서 증축하는 등 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항은 신고하지 아니하여도 된다.



제43조(임대의무기간 및 양도 등) ① 임대사업자는 임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점부터 제2조 제4호 또는 제5호의 규정에 따른 기간(이하  "임대의무기간”이라 한다) 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하며, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수 없다.

② 제1항에도 불구하고 임대사업자는 임대의무기간 동안에도 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고한 후 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도할 수 있다. 이 경우 양도받는 자는 양도하는 자의 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하며, 이러한 뜻을 양수도계약서에 명시하여야 한다.



(3) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것)



제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

4.  "공공지원민간임대주택”이란 임대사업자가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 이 법에 따른 임대료 및 임차인의 자격 제한 등을 받아 임대하는 민간임대주택을 말한다.

가. 「주택도시기금법」에 따른 주택도시기금(이하  "주택도시기금”이라 한다)의 출자를 받아 건설 또는 매입하는 민간임대주택

나. 「주택법」 제2조 제24호에 따른 공공택지 또는 이 법 제18조 제2항에 따라 수의계약 등으로 공급되는 토지 및 「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」 제2조 제6호에 따른 종전부동산(이하  "종전부동산”이라 한다)을 매입 또는 임차하여 건설하는 민간임대주택

다. 제21조 제2호에 따라 용적률을 완화 받거나 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제30조에 따라 용도지역 변경을 통하여 용적률을 완화 받아 건설하는 민간임대주택

라. 제22조에 따라 지정되는 공공지원민간임대주택 공급촉진지구에서 건설하는 민간임대주택

마. 그 밖에 국토교통부령으로 정하는 공공지원을 받아 건설 또는 매입하는 민간임대주택

5.  "장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

6.  "단기민간임대주택”이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.