부산광역시 동구청장이 2024.2.1. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 2021.1.8. A(이하  "이 건 조합”이라 한다)으로부터 부산광역시 OOO 일원 소재 공동주택 중 임대주택인 OOO 외 OOO호(이하  "쟁점임대주택”이라 한다)를 OOO원에 양수받기로 하는 계약을 체결하고, 2022.2.7. 쟁점임대주택을 임대목적물로 등록한 후, 2022.3.28. 잔금을 지급하고 이를 취득하였으며, 같은 날 「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제31조 제2항 제1호 및 같은 법 제177조의2 제1항의 감면율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고ㆍ 납부하였다.



나. 처분청은 2024.2.1. 청구법인이 「지방세특례제한법」 제31조에서 규정한 임대사업자에 해당하지 않으므로 쟁점임대주택이 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에 따른 감면대상에 해당하지 않는 것으로 보아 청구법인에게 기 감면한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 부과ㆍ 고지하였다.



다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.4.18. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



(1) 청구법인은 최초로 분양받은 공동주택을 건설임대주택으로 등록하여 계속 임대하고 있으므로, 「지방세특례제한법」 제31조에서 규정하는 임대사업자에 해당한다.



「지방세특례제한법」 제31조 제1항에서는 원칙적으로 「민간임대주택에 관한 특별법」상 장기일반민간임대주택을 감면대상으로 규정하면서, 예외적으로 2020.7.11. 이후 등록 신청을 한 아파트를 임대하는 민간매입임대주택과 단기민간임대주택을 2020.7.11. 이후 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 경우에만 감면 대상에서 제외하고 있다.



그러나 청구법인은 직전 임대사업자의 지위를 포괄적으로 승계하기 위하여 2022.2.3. 전주시청에 등록신청을 하였고, 이에 따라 청구법인이 전주시청으로부터 발급받은 임대사업자등록증에는 주택 구분은 ‘건설’로, 종류는 ‘장기일반민간임대’로, 주택 등록일은 ‘2020.7.27.’로 직전 임대사업자와 동일하게 기재되어 있다.



대법원 또한 임대사업자가 건설임대주택을 다른 임대사업자에게 매각하였다고 하여 그 임대주택의 성격이 건설임대주택에서 매입임대주택으로 변경되는 것은 아니라고 판시한 바 있다(대법원 2020.12.24. 선고 2020두48352 판결).



따라서 청구법인은 공동주택을 최초분양받아 취득일부터 60일 이내에 임대등록을 한 경우로서 건설임대주택을 임대하는 사업자에 해당하는바, 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에 따른 감면대상 임대사업자에 해당한다.



(2) 청구법인의 쟁점임대주택 등록신청일은 2022.2.3.이고, 당시 시행되고 있던 「민간임대주택에 관한 특별법」에는 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이 이미 임대주택의 유형에서 제외되어 있는 상황이었다.



따라서 당시 시행되고 있던 법률상 쟁점임대주택은 아파트를 임대하는 민간매입임대주택에 해당할 수 없고, 쟁점임대주택은 임대사업자등록증상 건설임대주택에 해당함에도 이를 아파트를 임대하는 민간매입임대주택으로 보아 감면 대상에서 제외하는 것은 위법하다.



(3) 2020.8.18. 「민간임대주택에 관한 특별법」이 개정되면서 단기민간임대주택이 삭제되고, 아파트를 임대하는 민간매입임대주택을 장기일반민간임대주택에서 제외한 취지는 아파트에 한하여 매입임대주택 등록을 폐지함으로써 세제혜택을 축소하고 투기적 수요를 억제하기 위함이다.



그러나 건설임대주택은 서민 주거 안정에 기여하는 바가 인정되어 계속 등록이 가능하도록 하였고, 세제혜택도 유지하였다.



이 건 조합은 소유권이전고시 후 1년 이내에 해산이 예정되어 있어 임대사업을 계속할 수 없는 상황이었으므로, 쟁점임대주택을 포괄양수도로 취득한 청구법인은 「민간임대주택에 관한 특별법」 제43조 제2항에 따라 건설임대주택으로서의 지위를 포괄승계하여야 할 의무가 있고, 서민 주거안정을 위하여 의무임대기간 동안 주택임대사업을 계속하고자 쟁점임대주택을 취득한 것으로서 투기 목적으로 쟁점임대주택을 취득한 것이라고 볼 수 없는바, 쟁점임대주택을 감면대상에서 제외하는 것은 법의 개정취지에도 반하는 것이다.



나. 처분청 의견



행정안전부 질의회신(행정안전부 지방세특례제도과-2102호 ‘감면대상 임대사업자의 범위회신’, 2022.9.21.)에서 재개발조합이 임대목적으로 건설한 아파트를 준공 전에 포괄양수자 선정을 위한 입찰 절차를 통하여 포괄양수도 계약을 체결하고 아파트 준공 후 임대사업자 지위와 함께 그 아파트를 임대목적물로 하여 장기일반임대사업자 등록을 한 경우에는 비록 민간건설임대주택으로 임대사업자 등록을 하였다고 하더라도 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이므로 해당 주택은 취득세 감면대상에 해당되지 아니한다는 해석하고 있으므로 청구법인이 조합과 쟁점임대주택에 대하여 포괄양수도계약을 체결하여 이를 취득한 후 임대사업자 등록증에 쟁점임대주택을 건설 유형으로 등록하였다 하더라도 청구법인이 쟁점임대주택을 최초 임대사업자로부터 포괄양수도계약을 통해 취득한 이상 이를 민간건설임대주택으로 볼 수 없는 것으로 회신하고 있다.



아울러 「민간임대주택에 관한 특별법」 제43조 제2항의 포괄양수도 계약은 임대주택 공급을 통한 서민의 주거생활 안정과 임차인 보호를 위하여 임대사업자의 지위를 포괄승계하도록 규정한 것이고, 국토교통부의 질의회신(국토교통부 민간임대정책과-346, 2021.1.20.)도 이러한 포괄승계 취지에 따라 이전 임대주택사업자의 주택구분, 종류, 임대개시일 등을 그대로 새로운 임대주택사업자에게 승계한다는 내용으로, 이를 입법취지와 내용 등이 다른 「지방세특례제한법」에까지 적용할 수는 없다 할 것이며 지방세 감면 여부는 「지방세특례제한법」에서 정한 규정에 따라 감면여부를 판단하여야 한다.



「지방세특례제한법」에서 2020.7.11. 이후 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 임대주택 감면대상에서 제외하고 있는바, 쟁점임대주택의 경우 2022.2.7. 쟁점임대주택을 변경등록한 민간매입임대주택에 해당되므로 임대주택 감면대상이 아니라고 보아 처분청이 한 이 건 취득세 등 부과처분은 적법하다 할 것이다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



청구법인이 취득한 쟁점임대주택이 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에 따른 취득세 등의 감면대상에 해당하는지 여부



나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.



(가) 청구법인은 2021.1.8. 이 건 조합으로부터 쟁점임대주택을 OOO원에 양수받기로 하는 계약을 체결하고, 2022.2.7. 쟁점임대주택을 임대목적물로 등록한 후, 2022.3.28. 잔금을 지급하고 이를 취득하였으며, 같은 날 「지방세특례제한법」 제31조 제2항 제1호 및 같은 법 제177조의2 제1항의 감면율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ 납부하였다.



(나) 청구법인의 ‘임대사업자 등록증’(OOO)상 쟁점임대주택의 등록사항은 아래 ＜표1＞과 같다.



＜표1＞ 쟁점임대주택의 등록사항

○○○



(다) 행정안전부는 기존에 이 건과 유사한 사안에 대하여 재건축조합으로부터 포괄양수도로 취득한 임대주택의 경우 감면대상에 해당하지 않는다고 유권해석을 하였으나(지방세특례제도과-2102, 2022.9.21.), 최근 이 건과 유사한 사안에 대하여 쟁점임대주택과 같이 임대사업자가 재개발조합이 건설임대주택으로 등록한 아파트를 포괄양수하여 임대주택으로 등록한 경우 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에서 규정하고 있는 임대주택의 최초 분양으로 보아 취득세 감면대상에 해당한다고 해석을 변경하였다(지방세특례제도과-1509, 2025.5.28.).





(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.



(가) 「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제31조 제1항에서 「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자 및 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자[임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물{2020년 7월 11일 이후 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위하여 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서  "장기일반민간임대주택”이라 한다) 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이거나 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택(이하 이 조에서  "단기민간임대주택”이라 한다)인 경우 또는 같은 법 제5조에 따라 등록한 단기민간임대주택을 같은 조 제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다}로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말하되, 토지에 대해서는 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인을 받은 날 또는「건축법」 제11조에 따른 건축허가를 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 이 조에서  "임대사업자”라 한다]가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면하되, 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다고 규정하고 있다.



그리고 같은 조 제2항에서 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제1호에 따른 준주택 중 오피스텔(그 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서  "오피스텔”이라 한다)을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택 또는 오피스텔에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면하되, 「지방세법」 제10조에 따른 취득 당시의 가액이 3억원(「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권은 6억원으로 한다)을 초과하는 경우에는 감면 대상에서 제외한다고 규정하면서, 그 제1호에서 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다고 규정하고 있다.



(나) 처분청은 쟁점임대주택의 경우 2022.2.7. 변경등록한 민간매입임대주택에 해당하므로 임대주택 감면대상이 아니라는 의견이다.



그러나, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조에서 민간건설임대주택과 민간매입임대주택을 별도로 구분하고 있고, 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 건설임대주택으로 등록된 쟁점임대주택을 임대사업자가 포괄양수한 경우 쟁점임대주택은 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 건설임대주택에 해당하는 것으로서(대법원 2020.12.24. 선고, 2020두48352 판결, 같은 뜻임), 「지방세특례제한법」 제31조 제1항에서 감면대상의 범위에서 제외하고 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간매입임대주택으로 보기 어려우므로 쟁점임대주택이 「지방세특례제한법」 제31조 제1항에서 규정하는 임대목적물에서 제외되는 것으로 보기 어렵고, 청구법인은 같은 조 제1항 및 제2항에서 규정하는 임대사업자에 포함되는 것으로 보이는 점,



「지방세특례제한법」 제31조 제2항의 건축주로부터 최초로 분양받은 경우라 함은 건축주로부터 ‘공급’받은 경우로 보는 것이 타당한 것으로 보이는바(조심 2024지550, 2025.5.1., 같은 뜻임), 청구법인은 이 건 조합으로부터 쟁점임대주택을 최초로 분양받은 것으로 보아야 할 것이므로 쟁점임대주택은 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에 따른 감면요건을 모두 충족한 것으로 보이는 점 등에 비추어,



쟁점임대주택은 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에서 규정하는 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 최초로 분양받은 공동주택으로서 취득세 감면 대상에 해당하는 것으로 보이므로, 쟁점임대주택이 감면대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 처분청이 청구법인에게 취득세 등을 부과ㆍ 고지한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.





＜별지＞ 관련 법률



(1) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 일부개정된 것)



제31조(임대주택 등에 대한 감면) ① 「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자 및 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자[임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물{2020년 7월 11일 이후 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위하여 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서  "장기일반민간임대주택”이라 한다) 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이거나 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택(이하 이 조에서  "단기민간임대주택”이라 한다)인 경우 또는 같은 법 제5조에 따라 등록한 단기민간임대주택을 같은 조 제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다}로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말하되, 토지에 대해서는 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인을 받은 날 또는「건축법」 제11조에 따른 건축허가를 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 이 조에서  "임대사업자”라 한다]가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다. 다만, 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다.

1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.

2. 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따라 10년 이상의 장기임대 목적으로 전용면적 60제곱미터 초과 85제곱미터 이하인 임대주택(이하 이 조에서  "장기임대주택”이라 한다)을 20호(戶) 이상 취득하거나, 20호 이상의 장기임대주택을 보유한 임대사업자가 추가로 장기임대주택을 취득하는 경우(추가로 취득한 결과로 20호 이상을 보유하게 되었을 때에는 그 20호부터 초과분까지를 포함한다)에는 취득세의 100분의 50을 경감한다.

② 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제1호에 따른 준주택 중 오피스텔(그 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서  "오피스텔”이라 한다)을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택 또는 오피스텔에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다. 다만, 「지방세법」 제10조에 따른 취득 당시의 가액이 3억원(「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권은 6억원으로 한다)을 초과하는 경우에는 감면 대상에서 제외한다.

1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.

2. 장기임대주택을 20호(戶) 이상 취득하거나, 20호 이상의 장기임대주택을 보유한 임대사업자가 추가로 장기임대주택을 취득하는 경우(추가로 취득한 결과로 20호 이상을 보유하게 되었을 때에는 그 20호부터 초과분까지를 포함한다)에는 취득세의 100분의 50을 경감한다.



(2) 민간임대주택에 관한 특별법(2021.9.14. 법률 제18452호로 일부개정된 것)



제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2.  "민간건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.

가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택

나. 「주택법」 제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택

3.  "민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5.  "장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트(「주택법」 제2조 제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다.



제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하  "시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

1. 삭제 ＜2018. 1. 16.＞

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택

③ 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하고자 할 경우 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 임대주택 면적을 10퍼센트 이하의 범위에서 증축하는 등 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항은 신고하지 아니하여도 된다.



제43조(임대의무기간 및 양도 등) ① 임대사업자는 임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점부터 제2조 제4호 또는 제5호의 규정에 따른 기간(이하  "임대의무기간”이라 한다) 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하며, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수 없다.

② 제1항에도 불구하고 임대사업자는 임대의무기간 동안에도 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고한 후 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도할 수 있다. 이 경우 양도받는 자는 양도하는 자의 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하며, 이러한 뜻을 양수도계약서에 명시하여야 한다.



(3) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것)



제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

4.  "공공지원민간임대주택”이란 임대사업자가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 이 법에 따른 임대료 및 임차인의 자격 제한 등을 받아 임대하는 민간임대주택을 말한다.

가. 「주택도시기금법」에 따른 주택도시기금(이하  "주택도시기금”이라 한다)의 출자를 받아 건설 또는 매입하는 민간임대주택

나. 「주택법」 제2조 제24호에 따른 공공택지 또는 이 법 제18조 제2항에 따라 수의계약 등으로 공급되는 토지 및 「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」 제2조 제6호에 따른 종전부동산(이하  "종전부동산”이라 한다)을 매입 또는 임차하여 건설하는 민간임대주택

다. 제21조 제2호에 따라 용적률을 완화 받거나 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제30조에 따라 용도지역 변경을 통하여 용적률을 완화 받아 건설하는 민간임대주택

라. 제22조에 따라 지정되는 공공지원민간임대주택 공급촉진지구에서 건설하는 민간임대주택

마. 그 밖에 국토교통부령으로 정하는 공공지원을 받아 건설 또는 매입하는 민간임대주택

5.  "장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

6.  "단기민간임대주택”이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.