대전광역시 중구청장이 2024.9.11. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 2022.1.10. A조합(이하  "이 건 조합”이라 한다)으로부터 대전광역시 OOO 외 OOO세대의 주택(이하  "쟁점임대주택”이라 한다)을 포괄양수받기로 하는 계약을 체결하고, 2023.12.20. 쟁점임대주택을 임대목적물로 등록한 후, 2024.1.23. 쟁점임대주택을 취득하였으며, 「지방세법」 제13조의2 제1항에 따른 세율(1천분의 120)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고ㆍ 납부하였다.



나. 청구법인은 2024.8.22. 처분청에 쟁점임대주택이 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에 따른 취득세 감면대상에 해당하므로 기납부한 취득세 등을 환급하여야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.9.11. 이를 거부하였다.



다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.9.12. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



청구법인이 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 이 건 조합으로부터 쟁점임대주택을 포괄양수한 경우에는 이를 민간건설임대주택에 해당한다고 보는 것이 타당하다.



(1) 「민간임대주택에 관한 특별법」에서 민간임대주택을 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분하여 정의하고 있고, 청구법인이 국토교통부에 질의한 결과, 국토교통부는 쟁점임대주택을 민간매입임대주택이 아닌 민간건설임대주택에 해당한다고 회신하였으며, 대법원도 건설임대주택을 양수한 경우 그 임대주택은 건설임대주택에 해당한다고 판단하였는바(대법원 2020.12.24. 선고 2020두48352 판결), 청구법인은 「지방세특례제한법」 제31조 제1항에 따른 감면적용 대상 임대사업자에 해당한다.



(2) 청구법인은 재개발조합으로부터 쟁점임대주택을 포괄양수로 취득하였으므로 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에 따라 공동주택을 최초로 분양받은 경우로서 감면대상에 해당한다.



(3) 재개발조합은 조합원과 일반분양자들에게 건축물 소유권이 이전된 후 통상 1년 이내에 청산하여야 하므로 「지방세특례제한법」 제31조에 따른 취득세 감면을 받더라도 재개발조합과 청구법인간 이중감면의 문제가 발생하지 않는다.



(4) 청구법인의 경우 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 각종 제한을 받으면서 그에 따른 임대주택을 공급한 것인바, 이는 국민의 주거안정 및 임대사업 활성화라는 「지방세특례제한법」 제31조의 입법취지에도 부합한다.



(5) 청구법인은 국토교통부의 해석 사례, 법원 판례 등을 신뢰하고 쟁점임대주택의 포괄양수도 계약을 체결한 것인바, 국토교통부와 행정안전부의 쟁점임대주택에 대한 해석의 차이를 근거로 납세자에게 그 책임을 부담하게 하는 것은 부당하다.



나. 처분청 의견



행정안전부는 유권해석(부동산특례제도과-2102, 2022.9.21.)을 통해 재개발조합이 임대목적으로 건설한 아파트를 준공 전에 포괄양수자 선정을 위한 입찰 절차를 통하여 포괄양수도 계약을 체결하고, 아파트 준공 후 임대사업자 지위와 함께 그 아파트를 임대목적물로 하여 장기일반임대사업자 등록을 한 경우에는 비록 민간건설임대주택으로 임대사업자 등록을 하였다 하더라도 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이므로 취득세 감면대상에 해당하지 않는다고 판단하였다.



2021.12.28. 개정된 「지방세특례제한법」에서 아파트를 임대하는 민간매입임대주택, 단기민간임대주택, 단기민간임대주택을 공공지원민간임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경한 경우의 임대사업자는 감면 대상에서 제외하였다.



이는 단순한 아파트의 매입을 통한 임대보다는 임대아파트 자체의 공급을 늘려 실질적인 서민들의 주거환경 안정에 도움을 주는 경우에 지방세를 감면해 주겠다는 취지이고, 위 규정의 취지 등을 고려하면 실질적인 임대아파트 공급이 없이 단순히 임대주택을 건설한 임대사업자로부터 임대사업자의 지위를 승계하였다 하더라도 이는 민간건설임대주택 임대사업자가 아니라 민간매입임대주택 임대사업자에 해당하는 것인바, 청구법인은 「지방세특례제한법」 제31조에서 규정하는 임대사업자에 해당하지 아니하므로 쟁점임대주택을 감면대상으로 볼 수 없다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



청구법인이 취득한 쟁점임대주택이 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에 따른 감면대상에 해당하는지 여부



나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.



(가) 청구법인은 2022.1.10. 이 건 조합으로부터 쟁점임대주택을 포괄양수받기로 하는 계약을 체결하고, 2023.12.20. 쟁점임대주택을 임대목적물로 등록한 후, 2024.1.23. 쟁점임대주택을 취득하였으며, 「지방세법」 제13조의2 제1항에 따른 세율(1천분의 120)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ 납부하였다.



(나) 청구법인은 2024.8.22. 처분청에 쟁점임대주택이 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에 따른 취득세 감면대상에 해당하므로 기납부한 취득세 등을 환급하여야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.9.11. 이를 거부하였다.



(다) 청구법인의 ‘임대사업자 등록증’(OOO)상 쟁점임대주택의 등록사항은 아래 ＜표1＞과 같다.





＜표1＞ 쟁점임대주택의 등록사항

○○○



(라) 행정안전부는 기존에 이 건과 유사한 사안에 대하여 재건축조합으로부터 포괄양수로 취득한 임대주택의 경우 감면대상에 해당하지 않는다고 유권해석을 하였으나(지방세특례제도과-2102, 2022.9.21.), 최근 이 건과 유사한 사안에 대하여 쟁점임대주택과 같이 임대사업자가 재개발조합이 건설임대주택으로 등록한 아파트를 포괄양수하여 임대주택으로 등록한 경우 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에서 규정하고 있는 임대주택의 최초 분양으로 보아 취득세 감면대상에 해당한다고 해석을 변경하였다(지방세특례제도과-1509, 2025.5.28.).

＜표2＞ 행정안전부의 기존 유권해석 주요 내용(지방세특례제도과-2102, 2022.9.21.)


<표3> 변경된 행정안전부 유권해석 주요 내용(지방세특례제도과-1509, 2025.5.28.)





(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제31조 제1항에서 「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자 및 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자[임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물{2020년 7월 11일 이후 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위하여 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서  "장기일반민간임대주택”이라 한다) 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이거나 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택(이하 이 조에서  "단기민간임대주택”이라 한다)인 경우 또는 같은 법 제5조에 따라 등록한 단기민간임대주택을 같은 조 제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다}로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말하되, 토지에 대해서는 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인을 받은 날 또는「건축법」 제11조에 따른 건축허가를 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 이 조에서  "임대사업자”라 한다]가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다. 다만, 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다고 규정하고 있다.

그리고 같은 조 제2항에서 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제1호에 따른 준주택 중 오피스텔(그 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서  "오피스텔”이라 한다)을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택 또는 오피스텔에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다. 다만, 「지방세법」 제10조에 따른 취득 당시의 가액이 3억원(「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권은 6억원으로 한다)을 초과하는 경우에는 감면 대상에서 제외한다고 규정하면서, 그 제1호에서 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다고 규정하고 있다.

(나) 처분청은 쟁점임대주택의 경우 2023.12.20. 변경등록한 민간매입임대주택에 해당하므로 임대주택 감면대상이 아니라는 의견이다.

그러나, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조에서 민간건설임대주택과 민간매입임대주택을 별도로 구분하고 있고, 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 건설임대주택으로 등록된 쟁점임대주택을 임대사업자가 포괄양수한 경우 쟁점임대주택은 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 건설임대주택에 해당하는 것으로서(대법원 2020.12.24. 선고, 2020두48352 판결, 같은 뜻임), 「지방세특례제한법」 제31조 제1항에서 감면대상의 범위에서 제외하고 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간매입임대주택으로 보기 어려우므로 쟁점임대주택이 「지방세특례제한법」 제31조 제1항에서 규정하는 임대목적물에서 제외되는 것으로 보기 어렵고, 청구법인은 같은 조 제1항 및 제2항에서 규정하는 임대사업자에 포함되는 것으로 보이는점,

「지방세특례제한법」 제31조 제2항의 건축주로부터 최초로 분양받은 경우라 함은 건축주로부터 ‘공급’받은 경우로 보는 것이 타당한 것으로 보이는바(조심 2024지550, 2025.5.1., 같은 뜻임), 청구법인은 이 건 조합으로부터 쟁점임대주택을 최초로 분양받은 것으로 보아야 할 것이므로 쟁점임대주택은 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에 따른 감면요건을 모두 충족한 것으로 보이는 점 등에 비추어,

쟁점임대주택은 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에서 규정하는 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 최초로 분양받은 공동주택으로서 취득세 감면 대상에 해당하는 것으로 보이므로, 쟁점임대주택이 감면대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 처분청이 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.


4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
< 별지> 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 일부개정된 것)

제31조(임대주택 등에 대한 감면) ① 「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자 및 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자[임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물{2020년 7월 11일 이후 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위하여 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서  "장기일반민간임대주택”이라 한다) 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이거나 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택(이하 이 조에서  "단기민간임대주택”이라 한다)인 경우 또는 같은 법 제5조에 따라 등록한 단기민간임대주택을 같은 조 제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다}로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말하되, 토지에 대해서는 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인을 받은 날 또는「건축법」 제11조에 따른 건축허가를 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 이 조에서  "임대사업자”라 한다]가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다. 다만, 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다.
1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.




1. 처분개요

가. 청구법인은 2022.1.10. A조합(이하  "이 건 조합”이라 한다)으로부터 대전광역시 OOO 외 OOO세대의 주택(이하  "쟁점임대주택”이라 한다)을 포괄양수받기로 하는 계약을 체결하고, 2023.12.20. 쟁점임대주택을 임대목적물로 등록한 후, 2024.1.23. 쟁점임대주택을 취득하였으며, 「지방세법」 제13조의2 제1항에 따른 세율(1천분의 120)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고ㆍ 납부하였다.

나. 청구법인은 2024.8.22. 처분청에 쟁점임대주택이 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에 따른 취득세 감면대상에 해당하므로 기납부한 취득세 등을 환급하여야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.9.11. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.9.12. 심판청구를 제기하였다.


2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 이 건 조합으로부터 쟁점임대주택을 포괄양수한 경우에는 이를 민간건설임대주택에 해당한다고 보는 것이 타당하다.

(1) 「민간임대주택에 관한 특별법」에서 민간임대주택을 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분하여 정의하고 있고, 청구법인이 국토교통부에 질의한 결과, 국토교통부는 쟁점임대주택을 민간매입임대주택이 아닌 민간건설임대주택에 해당한다고 회신하였으며, 대법원도 건설임대주택을 양수한 경우 그 임대주택은 건설임대주택에 해당한다고 판단하였는바(대법원 2020.12.24. 선고 2020두48352 판결), 청구법인은 「지방세특례제한법」 제31조 제1항에 따른 감면적용 대상 임대사업자에 해당한다.

(2) 청구법인은 재개발조합으로부터 쟁점임대주택을 포괄양수로 취득하였으므로 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에 따라 공동주택을 최초로 분양받은 경우로서 감면대상에 해당한다.

(3) 재개발조합은 조합원과 일반분양자들에게 건축물 소유권이 이전된 후 통상 1년 이내에 청산하여야 하므로 「지방세특례제한법」 제31조에 따른 취득세 감면을 받더라도 재개발조합과 청구법인간 이중감면의 문제가 발생하지 않는다.

(4) 청구법인의 경우 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 각종 제한을 받으면서 그에 따른 임대주택을 공급한 것인바, 이는 국민의 주거안정 및 임대사업 활성화라는 「지방세특례제한법」 제31조의 입법취지에도 부합한다.

(5) 청구법인은 국토교통부의 해석 사례, 법원 판례 등을 신뢰하고 쟁점임대주택의 포괄양수도 계약을 체결한 것인바, 국토교통부와 행정안전부의 쟁점임대주택에 대한 해석의 차이를 근거로 납세자에게 그 책임을 부담하게 하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

행정안전부는 유권해석(부동산특례제도과-2102, 2022.9.21.)을 통해 재개발조합이 임대목적으로 건설한 아파트를 준공 전에 포괄양수자 선정을 위한 입찰 절차를 통하여 포괄양수도 계약을 체결하고, 아파트 준공 후 임대사업자 지위와 함께 그 아파트를 임대목적물로 하여 장기일반임대사업자 등록을 한 경우에는 비록 민간건설임대주택으로 임대사업자 등록을 하였다 하더라도 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이므로 취득세 감면대상에 해당하지 않는다고 판단하였다.

2021.12.28. 개정된 「지방세특례제한법」에서 아파트를 임대하는 민간매입임대주택, 단기민간임대주택, 단기민간임대주택을 공공지원민간임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경한 경우의 임대사업자는 감면 대상에서 제외하였다.

이는 단순한 아파트의 매입을 통한 임대보다는 임대아파트 자체의 공급을 늘려 실질적인 서민들의 주거환경 안정에 도움을 주는 경우에 지방세를 감면해 주겠다는 취지이고, 위 규정의 취지 등을 고려하면 실질적인 임대아파트 공급이 없이 단순히 임대주택을 건설한 임대사업자로부터 임대사업자의 지위를 승계하였다 하더라도 이는 민간건설임대주택 임대사업자가 아니라 민간매입임대주택 임대사업자에 해당하는 것인바, 청구법인은 「지방세특례제한법」 제31조에서 규정하는 임대사업자에 해당하지 아니하므로 쟁점임대주택을 감면대상으로 볼 수 없다.


3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 취득한 쟁점임대주택이 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에 따른 감면대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법률 : < 별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2022.1.10. 이 건 조합으로부터 쟁점임대주택을 포괄양수받기로 하는 계약을 체결하고, 2023.12.20. 쟁점임대주택을 임대목적물로 등록한 후, 2024.1.23. 쟁점임대주택을 취득하였으며, 「지방세법」 제13조의2 제1항에 따른 세율(1천분의 120)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ 납부하였다.

(나) 청구법인은 2024.8.22. 처분청에 쟁점임대주택이 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에 따른 취득세 감면대상에 해당하므로 기납부한 취득세 등을 환급하여야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.9.11. 이를 거부하였다.

(다) 청구법인의 ‘임대사업자 등록증’(OOO)상 쟁점임대주택의 등록사항은 아래 <표1>과 같다.


<표1> 쟁점임대주택의 등록사항
○○○

(라) 행정안전부는 기존에 이 건과 유사한 사안에 대하여 재건축조합으로부터 포괄양수로 취득한 임대주택의 경우 감면대상에 해당하지 않는다고 유권해석을 하였으나(지방세특례제도과-2102, 2022.9.21.), 최근 이 건과 유사한 사안에 대하여 쟁점임대주택과 같이 임대사업자가 재개발조합이 건설임대주택으로 등록한 아파트를 포괄양수하여 임대주택으로 등록한 경우 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에서 규정하고 있는 임대주택의 최초 분양으로 보아 취득세 감면대상에 해당한다고 해석을 변경하였다(지방세특례제도과-1509, 2025.5.28.).

<표2> 행정안전부의 기존 유권해석 주요 내용(지방세특례제도과-2102, 2022.9.21.)

귀문 관련, 재개발조합이 임대목적으로 건설한 아파트를 준공 전에 포괄양수자 선정을 위한 입찰 절차를 통하여 포괄양수도 계약을 체결하고, 아파트 준공 후 임대사업자 지위와 함께 그 아파트를 임대목적물로 하여 장기일반임대사업자 등록을 한 경우에는 비록 민간건설임대주택으로 임대사업자 등록을 하였다고 하더라도 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이므로 취득세 감면대상에 해당하지 않습니다.














<표3> 변경된 행정안전부 유권해석 주요 내용(지방세특례제도과-1509, 2025.5.28.)

○ 재개발조합이 건축한 임대아파트를 포괄양수한 임대사업자의 취득세 감면대상 여부 회신

2. "감면대상 임대사업자의 범위"와 관련된 기존 유권해석(행정안전부 지방세특례제도과-2102, 2022.9.21.)을 「지방세관계법규 해석민원 처리지침」제16조 제1항에 따라 "지방세법규해석심사위원회 심의"(2025.5.14.)를 거쳐 변경하였음을 알려드립니다.

3. < 질의 요지>

○ 재개발조합이 건축하고 건설임대주택으로 등록한 아파트(이하 "쟁점 아파트"이라 함)를「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 임대사업자가 포괄양수하고 임대주택(임대사업자등록증 상 ‘건설임대’로 등록)으로 등록한 경우,
- 「지방세특례제한법」(2024.12.31. 법률 제20632호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제31조 제2항에 따른 취득세 감면대상에 해당하는지 여부

4. < 회신 내용>

□ 「지방세특례제한법」제31조제2항 본문에서는 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택에 대해서는 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다고 규정하고 있고,

○ 같은 조 제1항(이하 "쟁점 규정"이라 함)에서 임대사업자 범위를 「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 "「민간임대주택법」"이라 함)에 따른 임대사업자로서 임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말하되,

○ 임대목적물이 2020년 7월 11일 이후 「민간임대주택법」(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말함) 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택, 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택 또는 단기민간임대주택을 공공지원민간임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택이 아닐 것으로 규정하고 있습니다.

□ 먼저, 쟁점 아파트를 포괄양수한 임대사업자가 쟁점 규정에 따른 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 등록한 임대사업자에 해당하는지 살펴보겠습니다.

○ 쟁점 규정에 의하면 감면대상자인 임대사업자라 함은 "「민간임대주택법」에 따른 임대사업자로서 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 등록한 자"를 의미하고, 이때 감면대상이 되는 "임대목적물"에서 "「민간임대주택법」에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택"을 제외하고 있습니다.
- 「민간임대주택법」 제43조제2항에서는 임대사업자가 임대의무기간 동안에도 일정한 절차를 거쳐 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도할 수 있도록 하면서, 이 경우 양도받는 자는 양도하는 자의 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하도록 규정하고 있는바,
- 임대의무기간 중 건설임대사업자가 양수받는 임대사업자와 포괄양수계약을 체결하고 소유권 이전 절차를 완료하게 되면 양도인의 건설임대사업자 지위를 포괄 승계하면서 기존 유형 그대로 민간건설임대주택으로 양도되는 것으로(국토부 민간임대정책과-5375, 2024.11.1.),
- 임대사업자가 건설임대주택을 다른 임대사업자에게 매각하였다고 하여 그 임대주택이 건설임대주택에서 매입임대주택으로 변경되는 것이 아니라고 할 것(대법원 2006.8.25. 선고 2006다14103 판결)입니다.

○ 아울러, 쟁점 규정을 개정하여 임대목적물에서 "「민간임대주택법」에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택"을 제외한 입법 취지를 살펴보면,
- 정부는 2020.7.10. 부동산대책에서 당시 주택시장의 과열 요인이 될 수 있는 아파트 민간매입임대 제도 폐지를 발표하고, 이에 대한 후속조치로서 「민간임대주택법」(아파트 민간매입임대주택 등록제도 폐지)과 「지방세특례제한법」(아파트 민간매입임대주택 감면 제외)을 개정하였습니다.
- 당시 「민간임대주택법」 개정의 취지가 매물잠김 등에 영향이 크지 않을 것으로 판단되는 민간건설임대주택(포괄양수도 포함)까지 등록임대주택에서 제외하고자 하는 것은 아니었으며(국토부 민간임대정책과-5375, 2024.11.1.), 아파트 민간매입임대 등록제도가 폐지된 이후에도 「민간임대주택법」에 따라 법인이 건설임대주택(아파트)을 포괄 양수한 경우에는 이를 건설임대주택으로 보아 임대목적물 등록을 허용하고 있습니다.

○ 이상의 관련 법령 및 입법 취지를 살펴볼 때, 「민간임대주택법」에 따라 건설임대주택으로 등록된 쟁점 아파트를 임대사업자가 포괄양수한 경우 쟁점 아파트는 「민간임대주택법」에 따른 건설임대주택으로서, 쟁점 규정에서 규정하고 있는 임대목적물에서 제외되는 「민간임대주택법」에 따른 아파트를 임대하는 민간매입임대주택으로 보기 어려우며, 쟁점 아파트를 포괄양수한 임대사업자는 쟁점 규정에 따른 임대사업자에 해당한다고 판단됩니다.

□ 다음으로 재개발조합이 건축한 임대아파트를 포괄양수 계약으로 취득한 경우가 「지방세특례제한법」제31조제2항에 따른 건축주로부터 공동주택을 최초로 "분양"받은 경우에 해당하는지 살펴보겠습니다.

○ "분양"의 개념에는 불특정 다수를 상대로 광고 등의 방법으로 매수하기를 원하는 사람을 모집한 후 건축물 중 일부를 쪼개어 판매하는 통상적인 의미의 일반분양뿐만 아니라, 특정인들을 상대로 정해진 규정이나 절차에 따라 건축물을 일괄해서 매도하는 특별분양이나 광고 등을 통한 일반경쟁입찰이 아닌 수의계약 방식을 통해 상대방을 정하여 건축물의 일부를 판매하는 형태의 임의분양 등 다양한 형태의 "분양"이 존재하므로 재건축임대주택과 같이 관계법령에 따라 임대주택을 공법인에게 일괄적으로 공급하는 것도 "분양"의 한 형태로 충분히 포섭할 수 있다(대법원 2012.5.9. 선고 2012두751 판결)할 것입니다.

○ 「지방세특례제한법」제31조 제2항에서 "최초로 분양받은 경우"를 취득세의 감면 요건으로 정하고 있는 취지를 살펴보더라도 신축 주택을 임대주택 시장의 민간임대주택으로 유입하기 위한 인센티브를 제공하는 것이므로, 신축 주택을「민간임대주택법」에 따른 민간임대주택으로 등록한 이상 거래 방식에 관계없이 감면을 적용하는 것이 당초 감면 취지에 부합한다고 판단됩니다.

○ 따라서,「민간임대주택법」에 따라 재개발조합의 건설임대주택을 포괄승계의 방식으로 최초로 취득한 경우,「지방세특례제한법」제31조 제2항에서 말하는 최초로 "분양"받은 경우에 해당한다고 볼 수 있습니다.

□ 이상의 사항을 종합적으로 고려할 때, 재개발조합이 건축한 건설임대주택을 「민간임대주택법」에 따른 포괄양수도계약을 통해 소유권을 양수받은 경우,

○ 해당 임대주택을 양수한 임대사업자는 「민간임대주택법」에 따른 건설임대사업자로서 임대목적물인 아파트는 건설임대주택에 해당하므로 「지방세특례제한법」 제31조제2항에 따른 임대사업자에 해당한다고 봄이 타당하고,

○ 포괄양수도 계약을 통해 신축 임대주택을 최초로 이전받는 경우에 해당한다고 한다면 「지방세특례제한법」제31조제2항에서 말하는 최초로 "분양"받은 경우에 해당하므로 취득세 감면 대상에 해당한다고 할 것입니다.


(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제31조 제1항에서 「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자 및 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자[임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물{2020년 7월 11일 이후 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위하여 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서  "장기일반민간임대주택”이라 한다) 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이거나 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택(이하 이 조에서  "단기민간임대주택”이라 한다)인 경우 또는 같은 법 제5조에 따라 등록한 단기민간임대주택을 같은 조 제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다}로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말하되, 토지에 대해서는 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인을 받은 날 또는「건축법」 제11조에 따른 건축허가를 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 이 조에서  "임대사업자”라 한다]가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다. 다만, 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다고 규정하고 있다.

그리고 같은 조 제2항에서 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제1호에 따른 준주택 중 오피스텔(그 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서  "오피스텔”이라 한다)을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택 또는 오피스텔에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다. 다만, 「지방세법」 제10조에 따른 취득 당시의 가액이 3억원(「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권은 6억원으로 한다)을 초과하는 경우에는 감면 대상에서 제외한다고 규정하면서, 그 제1호에서 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다고 규정하고 있다.

(나) 처분청은 쟁점임대주택의 경우 2023.12.20. 변경등록한 민간매입임대주택에 해당하므로 임대주택 감면대상이 아니라는 의견이다.

그러나, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조에서 민간건설임대주택과 민간매입임대주택을 별도로 구분하고 있고, 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 건설임대주택으로 등록된 쟁점임대주택을 임대사업자가 포괄양수한 경우 쟁점임대주택은 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 건설임대주택에 해당하는 것으로서(대법원 2020.12.24. 선고, 2020두48352 판결, 같은 뜻임), 「지방세특례제한법」 제31조 제1항에서 감면대상의 범위에서 제외하고 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간매입임대주택으로 보기 어려우므로 쟁점임대주택이 「지방세특례제한법」 제31조 제1항에서 규정하는 임대목적물에서 제외되는 것으로 보기 어렵고, 청구법인은 같은 조 제1항 및 제2항에서 규정하는 임대사업자에 포함되는 것으로 보이는 점,

「지방세특례제한법」 제31조 제2항의 건축주로부터 최초로 분양받은 경우라 함은 건축주로부터 ‘공급’받은 경우로 보는 것이 타당한 것으로 보이는바(조심 2024지550, 2025.5.1., 같은 뜻임), 청구법인은 이 건 조합으로부터 쟁점임대주택을 최초로 분양받은 것으로 보아야 할 것이므로 쟁점임대주택은 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에 따른 감면요건을 모두 충족한 것으로 보이는 점 등에 비추어,

쟁점임대주택은 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에서 규정하는 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 최초로 분양받은 공동주택으로서 취득세 감면 대상에 해당하는 것으로 보이므로, 쟁점임대주택이 감면대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 처분청이 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.


4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
< 별지> 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 일부개정된 것)

제31조(임대주택 등에 대한 감면) ① 「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자 및 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자[임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물{2020년 7월 11일 이후 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위하여 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서  "장기일반민간임대주택”이라 한다) 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이거나 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택(이하 이 조에서  "단기민간임대주택”이라 한다)인 경우 또는 같은 법 제5조에 따라 등록한 단기민간임대주택을 같은 조 제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다}로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말하되, 토지에 대해서는 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인을 받은 날 또는「건축법」 제11조에 따른 건축허가를 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 이 조에서  "임대사업자”라 한다]가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다. 다만, 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다.
1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.
2. 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따라 10년 이상의 장기임대 목적으로 전용면적 60제곱미터 초과 85제곱미터 이하인 임대주택(이하 이 조에서  "장기임대주택”이라 한다)을 20호(戶) 이상 취득하거나, 20호 이상의 장기임대주택을 보유한 임대사업자가 추가로 장기임대주택을 취득하는 경우(추가로 취득한 결과로 20호 이상을 보유하게 되었을 때에는 그 20호부터 초과분까지를 포함한다)에는 취득세의 100분의 50을 경감한다.
② 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제1호에 따른 준주택 중 오피스텔(그 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서  "오피스텔”이라 한다)을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택 또는 오피스텔에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다. 다만, 「지방세법」 제10조에 따른 취득 당시의 가액이 3억원(「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권은 6억원으로 한다)을 초과하는 경우에는 감면 대상에서 제외한다.
1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.
2. 장기임대주택을 20호(戶) 이상 취득하거나, 20호 이상의 장기임대주택을 보유한 임대사업자가 추가로 장기임대주택을 취득하는 경우(추가로 취득한 결과로 20호 이상을 보유하게 되었을 때에는 그 20호부터 초과분까지를 포함한다)에는 취득세의 100분의 50을 경감한다.

(2) 민간임대주택에 관한 특별법(2021.9.14. 법률 제18452호로 일부개정된 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
2.  "민간건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.
가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택
나. 「주택법」 제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택
3.  "민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.
5.  "장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트(「주택법」 제2조 제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다.

제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하  "시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.
② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.
1. 삭제 < 2018. 1. 16.>
2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택
3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택
③ 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하고자 할 경우 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 임대주택 면적을 10퍼센트 이하의 범위에서 증축하는 등 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항은 신고하지 아니하여도 된다.

제43조(임대의무기간 및 양도 등) ① 임대사업자는 임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점부터 제2조 제4호 또는 제5호의 규정에 따른 기간(이하  "임대의무기간”이라 한다) 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하며, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수 없다.
② 제1항에도 불구하고 임대사업자는 임대의무기간 동안에도 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고한 후 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도할 수 있다. 이 경우 양도받는 자는 양도하는 자의 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하며, 이러한 뜻을 양수도계약서에 명시하여야 한다.

(3) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
4.  "공공지원민간임대주택”이란 임대사업자가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 이 법에 따른 임대료 및 임차인의 자격 제한 등을 받아 임대하는 민간임대주택을 말한다.
가. 「주택도시기금법」에 따른 주택도시기금(이하  "주택도시기금”이라 한다)의 출자를 받아 건설 또는 매입하는 민간임대주택
나. 「주택법」 제2조 제24호에 따른 공공택지 또는 이 법 제18조 제2항에 따라 수의계약 등으로 공급되는 토지 및 「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」 제2조 제6호에 따른 종전부동산(이하  "종전부동산”이라 한다)을 매입 또는 임차하여 건설하는 민간임대주택
다. 제21조 제2호에 따라 용적률을 완화 받거나 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제30조에 따라 용도지역 변경을 통하여 용적률을 완화 받아 건설하는 민간임대주택
라. 제22조에 따라 지정되는 공공지원민간임대주택 공급촉진지구에서 건설하는 민간임대주택
마. 그 밖에 국토교통부령으로 정하는 공공지원을 받아 건설 또는 매입하는 민간임대주택
5.  "장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.
6.  "단기민간임대주택”이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.