○ 질의법인은 ’11.10.27. 축산물(돼지고기 등) 도매업을 영위하는 일반영리법인을 설립하여 사업을 영위하다가, ’15.4.13. 농업회사법인으로 전환한 후 축산물 가공ㆍ 유통업을 영위하고 있음

○ 축산물 가공ㆍ 유통에서 발생한 소득의 경우 ’19.1.1. 이후 과세기간부터 50% 세액감면이 가능*하게 되었는데, 해당 감면의 기산일은 언제인지

* ’19.2.12. 조특령§65② 개정으로 축산물 유통ㆍ 가공ㆍ 판매 소득이 감면대상에 포함

(1안) 농업회사법인 전환 후 최초로 축산물 가공ㆍ 유통 소득이 발생한 날이 속하는 과세기간

(2안) 개정 법령 시행일인 2019.1.1.

「조세특례제한법」 제68조제1항에 따른 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득에 대한 감면을 적용함에 있어, ‘최초로 해당 소득이 발생한 과세연도’는 법인설립 후 해당 소득이 최초로 발생한 날이 속하는 과세연도(농업회사법인으로 전환한 경우에는 전환 후 해당 소득이 최초로 발생한 날이 속하는 과세연도)를 말합니다.
축산물의 유통ㆍ 가공ㆍ 판매 소득은 2019년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도 분부터 「조세특례제한법」 제68조제1항 및 같은 법 시행령 제65조제2항제3호에 따른 작물재배업 소득 외의 소득에 해당하는 것이므로, 질의법인의 경우와 같이 최초로 축산물 유통ㆍ 가공ㆍ 판매 소득이 발생한 과세연도의 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도가 2019년 1월 1일 전에 개시한 경우에는 「조세특례제한법」 제68조제1항에 따른 감면이 적용되지 않는 것입니다.

○ 조세특례제한법 제68조【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】

① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조에 따라 농어업경영정보를 등록한 농업회사법인(이하 " 농업회사법인" 이라 한다)에 대해서는 2026년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하고, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대해서는 최초로 해당 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 소득에 대한 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제65조【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】

② 법 제68조제1항에서 " 대통령령으로 정하는 소득" 이란 다음 각 호의 소득(농업인이 아닌 자가 지배하는 기획재정부령으로 정하는 농업회사법인의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 업종에서 발생하는 소득은 제외한다)을 말한다.

1. 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령」 제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득

2. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 " 농업회사법인" 이라 한다)의 같은 법 시행령 제20조의5제1항제6호가목부터 마목까지의 사업에서 발생한 소득

3. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조제1항에 따른 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득. 다만, 수입 농산물의 유통 및 판매에서 발생하는 소득은 제외한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 제26조【농업회사법인 법인세 감면 배제 소득 등】

① 영 제65조제2항에서 " 기획재정부령으로 정하는 농업회사법인" 이란 출자총액이 80억원을 초과하고 출자총액 중 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제2조제1호에 따른 농업인 및 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」제3조제4호에 따른 농업 관련 생산자단체의 출자지분 합계의 비중이 100분의 50 미만인 농업회사법인을 말한다.

② 영 제65조제2항에서 " 기획재정부령으로 정하는 업종" 이란 도ㆍ소매업 및 서비스업(작물재배 관련 서비스업은 제외한다)을 말한다.

○ 조세특례제한법 시행령 개정부칙< 제29527호, 2019.2.12.시행>

제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제121조의2제8항ㆍ 제13항의 개정규정(박물관ㆍ미술관 입장료와 관련된 부분에 한정한다)은 2019년 7월 1일부터 시행하고, 제9조제9항부터 제13항까지, 제22조의9제1항 및 별표 6의 개정규정은 2020년 1월 1일부터 시행한다.

제2조 (일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제16009호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제2조【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. " 농업인" 이란 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」제3조제2호에 따른 농업인을 말한다.

2. " 농업법인" 이란 제16조에 따른 영농조합법인과 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다.

3. " 농업경영체" 란 농업인과 농업법인을 말한다.

○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제4조【농어업경영정보의 등록】

① 농어업ㆍ농어촌에 관련된 융자ㆍ보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 다음 각 호의 사항(이하 " 농어업경영정보" 라 한다)을 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다.

1. 농업경영체: 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제40조에 따른 농지ㆍ 축사ㆍ 임야ㆍ 원예시설 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보 및 융자ㆍ보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것(이하 " 농업경영정보" 라 한다)

2. 어업경영체: 「수산업ㆍ어촌 발전 기본법」 제27조에 따른 어선ㆍ 양식시설 등 생산수단, 생산수산물, 생산방법 및 어업생산규모 등 어업경영 관련 정보 및 융자ㆍ보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것

○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조【농업회사법인 및 어업회사법인의 설립신고 등】

① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.

○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제17조【농업회사법인 및 어업회사법인의 설립 유형】

① 농업인 및 농업생산자단체는 법 제19조제1항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업회사법인(이하 " 농업회사법인" 이라 한다)을 설립할 수 있다.

1. 합명회사

2. 합자회사

2의2. 유한책임회사

3. 주식회사

4. 유한회사

○ 농업ㆍ 농촌 및 식품산업 기본법 제3조【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. " 농업" 이란 농작물재배업, 축산업, 임업 및 이들과 관련된 산업으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

2. " 농업인" 이란 농업을 경영하거나 이에 종사하는 자로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자를 말한다.

3.～5. (생략)

6. " 농수산물" 이란 다음 각 목의 것을 말한다.

가. 농산물: 농업활동으로 생산되는 산물로서 대통령령으로 정하는 것

나. 수산물: 「수산업ㆍ어촌 발전 기본법」제3조제1호가목에 따른 어업활동 및 같은 호 마목에 따른 양식업활동으로 생산되는 산물로서 대통령령으로 정하는 것

4. 관련사례

○ 서면-2021-법인-3473, 2021.6.29.

「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 에 따른 농업회사법인이 축산물을 유통ㆍ 가공ㆍ 판매함으로 인해 발생하는 소득(농업인이 아닌 자가 지배하는 「조세특례제한법 시행규칙」 제26조 제1항에 따른 농업회사법인의 경우에는 같은 조 제2항에 따른 업종에서 발생하는 소득은 제외함)은 2019년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도 분부터 「조세특례제한법」 제68조 제1항에 따른 법인세 감면이 적용되는 것이며, 이 경우 「상법」 에 따른 주식회사가 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 에 따른 농업회사법인으로 전환한 경우에는 전환 후 최초로 소득이 발생한 사업연도를 기준으로 「조세특례제한법」 제68조 제1항에 따른 법인세 감면이 적용되는 것임

○ 서면-2016-법인-5972, 2017.3.8.

거주자가 하던 사업을 현물출자를 통해 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 에 따른 농업회사법인으로 전환하여, 「조세특례제한법」 제68조제1항에 따라 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 부대사업등 소득에 대해 법인세를 감면받는 경우 감면기간의 기산은, 농업회사법인으로 전환 후 최초로 소득이 발생한 사업연도를 기준으로 적용하는 것임

○ 기획재정부 법인세제과-6, 2017.1.4.

「조세특례제한법」 제6조제1항에 따라 세액감면을 적용받지 않은 「상법」 에 따른 주식회사가 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 에 따른 농업회사법인으로 전환하여 「조세특례제한법」 제68조제1항에 따라 식량작물재배업에서 발생하는 소득외의 소득에 대해 법인세를 감면받는 경우, 감면기간의 기산은 농업회사법인으로 전환 후 최초로 소득이 발생한 사업연도를 기준으로 적용하는 것임