1. 피고가 2022. 1. 3. 및 2022. 3. 4. 원고에 대하여 한 2016 사업연도 법인세 부과처분 중 00,000,000,00원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 80%는 원고가 나머지는 피고가 각 부담한다.

피고가 2022. 1. 3. 및 2022. 3. 4. 원고에 대하여 한 별지 1 2016 사업연도 법인세 경정 내역 ‘남은 세액’란 기재 법인세(가산세 포함) 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위



가. **그룹의 기본적 사항



1) 기업집단 ******(이하 ‘**그룹’이라 한다)는 2016. 기준 자산총액이 약15조 2,460억 원으로 계열회사 24개가 속해있는 상호출자제한 기업집단이고, **건설주식회사(2021. 6. 11. 변경 전 상호 ‘**산업 주식회사’, 이하 ‘**산업’ 또는 ‘**건설’이라 하고, 이하 주식회사는 그 회사명에서 ‘주식회사’ 기재를 생략한다)는 **그룹의 사실상의 지주회사로 건물 건설업 등을 영위하는 사업자이며, 원고는 **그룹의 계열회사이자 **산업의 자회사로서 여객 및 화물운송업 등을 영위하는 사업자이다.



2) 박@@는 2013. 11.경부터 2019. 3.경까지 **산업 대표이사, 2014. 3.경부터 2019. 3.경까지 원고 대표이사, 2015. 10.경부터 2016. 8.경까지 **기업 이사, 2016.8.경부터 2018. 6.경까지 **홀딩스1)의 대표이사 등으로 재직하면서, **산업 지주사업부에 자신의 지시를 이행하는 직속 조직인 ‘전략경영실’을 별도로 운영하며 매일 각 계열회사의 상황을 보고받고 그 자금을 관리하였다.



나. **@@@ 주식의 양도



원고는 2011. 6. 17. @@통운이 가지고 있던 **@@@ 발행 주식 100%(10,004,771주, 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 2,555억 원에 양수하였고, 이후 원고는 2016. 4. 29. **기업에 이 사건 주식을 2,700억 원에 양도하였다(이하 ’이 사건 양도‘라 하고, 위 양도가액을 ’이 사건 양도가액‘이라 한다).



다. $$$$$백화점 건물의 임대



한편 **@@@은 1995. 8.경부터 $$$$$에 @@ 서구 @@동 49-1 소재 지하 3층 내지 지상 9층의 ‘@@@@ 건물’ 중 일부인 백화점동(이하 ‘이 사건 건물’이라한다)을 임대하고 있었는데, 당시 임대차기간은 20년(1995. 8.부터 2015. 4.까지), 임대차보증금은 270억 원으로 하고, 임대료로 $$$$$백화점의 연 매출의 1.6% 및 임대보증금에 대한 연이율(연 6.5%) 상당액을 지급하는 것으로 하였다. 이후 **@@@과$$$$$는 2013. 4. 10. 임대차기간을 20년 연장(2013. 4. 10.부터 2033. 5. 31.까지)하면서, 임대보증금을 5,270억 원(이하 ‘이 사건 임대보증금’이라 한다)으로 증액하는 한편, 월 임대료는 지급하지 않는 내용으로 임대차계약을 갱신하였고, $$$$$는

2013. 5. 31. 이 사건 건물에 관하여 위 임대차계약에 따른 임차권설정등기를 마쳤다.



라. 이 사건 처분



1) ****국세청은 2020. 7. 5.부터 2021. 2. 1.까지 원고에 대한 2015 내지 2017 사업연도 귀속 법인세 통합조사를 실시하였는데, 그중 이 사건 주식 매각 관련부분이 포함되어 있었다.



2) 당초 피고는 구 상속세 및 증여세법(2016. 12. 20. 법률 제14388호로 개정되기전의 것, 이하 ‘상증세법’이라 한다)에서 정한 평가방법에 따라 이 사건 주식의 2016.4.경 가치를 581,600,949,490원으로 산정하였고, 이에 따라 원고가 **기업에 이 사건 주식을 저가로 양도한 것으로 보아 구 법인세법(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다)상 부당행위계산 부인 규정을 적용하여, 위와 같이 산정한 주식 가치(581,600,949,490원)와 이 사건 양도가액(2,700억 원) 사이의 차액 311,600,949,490원을 익금산입(기타사외유출)한 다음, 2022. 1. 3. 원고에게 2016 사업연도 귀속 법인세 81,478,047,540원2)을 증액 경정ㆍ고지하였다.



3) 이후 피고는 이 사건 주식의 가액을 578,770,799,869원(이하 ‘이 사건 평가액’이라 한다)으로 경정하고3), 위 금액을 기초로 2022. 3. 4. 원고의 행위가 사기 그밖의 부정한 행위에 해당하여 부정과소신고가산세 부과 대상이 된다고 보아, 2016사업연도 귀속 법인세에 대한 부정과소신고가산세를 포함한 가산세 15,136,256,390원4)을 추가로 부과ㆍ고지하였다



4) 피고는 2022. 9. 15. 위 고지세액에서 4,549,110,247원을 감액경정하였으며, 2022. 10. 28. 다시 710,668,490원을 감액경정함에 따라, 피고가 2022. 1. 3. 및 2022.3. 4. 원고에 대하여 부과한 2016 사업연도 법인세는 91,354,525,200원(가산세 포함)이 남게되었다5)(이하 감액경정되고 남은 2022. 1. 3. 및 2022. 3. 4.자 법인세 부과처분을‘이 사건 처분’이라 하고, 그 중 부정과소신고가산세 부분을 특정하여 ‘이 사건 가산세

처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제3, 5, 56, 57호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지



2. 기초사실



앞서 채택한 각 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실이 인정된다.



가. **그룹의 워크아웃 및 지배구조의 변천



1) **그룹은 2006. 11.경 @@건설을 인수하는 과정에서 그 인수대금의 상당부분을 차입금을 통해 조달하였다. 이러한 무리한 차입으로 인해 **그룹은 유동성위기를 겪으면서 그 계열회사의 부실화가 초래되어 2010년경 **산업, **타이어가 워크아웃을 거치는 등 주요 계열회사가 ****은행 등 채권단의 관리를 받게되었고, **그룹의 지배회사였던 **산업의 최%%주 또한 **석유화학에서 **그룹 채권단으로 변경되었으며, 경영 일선에서 박@@가 물러나게 되었다. 그 무렵 **산업은 원고, **리조트, **고속@@@ 등의 %%주였고, 원고와 @@건설이@@통운을 통해 **@@@을 지배하고 있었다.



2) 이후 박@@는 **그룹에 대한 지배권을 되찾기 위해 박@@가 지배하는 페이퍼컴퍼니(SPC)를 세우고 그 SPC에 인수금융을 일으켜 **그룹의 사실상의 지주회사인 **산업을 인수하고, 그 SPC에 다시 임대차보증금 5,000억 원 등 현금성자산,**고속 콜옵션 등을 보유한 **@@@을 인수시키고, 이후 콜옵션을 행사하여 연간400억 내지 500억 원 상당의 순이익을 얻는 **고속까지 인수함으로써 **그룹의 지배권을 찾아오는 내용의 ‘그룹 재건 계획’을 큰 틀에서 수립하였다.



3) **@@@은 **산업이 원고와 @@건설을 통해 지배하던 @@통운의 완전자회사였는데, **그룹이 **그룹에 @@통운을 매각하는 과정에서 원고는 2011. 6.17. @@통운이 가지고 있던 **@@@ 발행의 이 사건 주식을 2,555억 원에 양수하였고, 이로써 **@@@은 원고의 완전 자회사가 되었다.



4) 한편 **산업은 2011. 11.경 고속사업부를 **고속으로 분할하였고, 2012.6.경 **고속, **고속@@@, @@건설 보유지분을 **은행이 주도하는 ‘***씨 ***** 케이스톤 기업재무안정 사모투자전문회사(**그룹 정상화를 위하여 한국정책금융공사 및 **산업 등이 출자하고, ***투자증권과 ****파트너스가 업무집행사원인 사모펀드이다, 이하 ‘****펀드’라 한다)‘에 매각하였다.



5) 위 과정에서 ****펀드가 **고속의 지분을 직접 취득하지는 않고, **고속투자라는 SPC를 설립하여 약 2,200억 원을 차입한 뒤 위 차입금 등으로 **고속을 인수한 후 **고속과 합병하였다.



6) 그리고 **산업은 2013. 11.경 자신이 보유하고 있던 ****펀드 30% 지분을 **@@@에 매각함으로써, **산업이 ****펀드를 통해 가지고 있던 **고속에 대한 우선매수권이 **@@@에 이전되었다. 이러한 사실관계를 기반으로한 2014년 말경 **그룹의 대략적인 지배구조는 아래 표 기재와 같다7) 박@@는 **그룹의 워크아웃 과정에서 상실한 **그룹의 지배권을 되찾기 위하여 다수 계열회사를 지배하고 있는 원고의 최%%주이자 **그룹의 사실상의 지주회사인 ‘**산업’의 주식을 재인수할 것을 추진하였고, 그 일환으로 2014. 11.경 ****은행 등 채권단으로부터 향후 **산업 주식 매각 시 박@@ 및 그 아들 박** 개인명의로 **산업의 지분 50% +1주에 대한 우선매수청구권을 행사할 수 있는 권리를부여받았다. 이후 ****은행을 비롯한 채권단은 2015. 2.경부터 **산업 주식에 대한매각 절차를 진행하였고, 박@@는 **산업 주식에 대한 우선매수청구권을 행사하여 2015. 11. 16.경 채권단으로부터 최종적으로 위 **산업 주식 46.5% 합계 16,333,679주를 총 6,728억 원에 인수하는 내용의 자금조달 계획을 승인받았다.



나. **기업의 설립 등

박@@는 **산업 주식 인수대금을 마련하기 위하여 출자금 5,000만 원으로 자신이 100% 지분을 소유한 특수목적법인(SPC) ‘**기업’을 신설한 후 위 법인을 통해 박@@ 및 그 일가가 **산업의 주식을 인수하여 **그룹의 지배권을 되찾는 ‘그룹재건 계획’을 실행하였고, 부족한 주식 인수대금은 박@@가 대표이사로 있던 원고를 비롯하여 그 100% 자회사인 **@@@ 등 계열회사의 자금과 자산을 이용하여 마련하기로 하였다.



이에 따라 박@@와 전략경영실 임직원들은 2015. 10. 6. 박@@의 개인 지분 100%로 구성된 특수목적법인 ‘**기업’을 설립하여 박@@ → **기업 → **산업 → 원고

→ 기타 계열회사‘의 형태로 그룹 지배구조 변경을 추진하고, 자본금이 5,000만 원에불과하던 **기업은 약 6,728억 원을 마련하여 2015. 12. 29. 채권단으로부터 **산업의 지분 46.5%를 인수하였다.



다. **기업의 **@@@ 및 **고속 인수



1) 원고는 2016. 4. 29. **기업에 이 사건 주식을 2,700억 원에 양도하였다. 이후 **@@@은 2016. 8. 10. **기업을 흡수합병하였고, 사명을 ’**홀딩스‘로 변경하였다. 그리고 **홀딩스는 2017. 6. 23. 자신이 설립한 SPC인 ’****제삼차‘를 통해 **고속을 3,676억 5,000만 원에 인수하고, 2017. 11.경 *****제삼차와 **고속을 흡수합병하였으며, 그 이후 상호를 **고속으로 변경하였다.



2) 이와 같은 과정을 거쳐, 박@@는 ’**고속(변경 전 상호 : **홀딩스, **@@@) → **산업 → 원고‘로 이어지는 지배구조를 완성하였다.



라. 박@@ 등에 대한 형사판결

1) 박@@와 **산업 지주사업부에 박@@의 지시를 이행하는 직속 조직인 전략경영실 소속 임직원들은 그룹 재건 계획 실행 과정에서 한 행위로 2021. 5. 26.특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(횡령) 및 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(배임) 등으로 기소되었다(이하 ’관련 형사사건‘이라 한다).

2) 박@@는 2022. 8. 17. 서울중앙지방법원에서 징역 10년의 형을 선고받았는데(2021고합482호), 위 판결에서 인정된 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(배임)죄의 범죄사실 주요 내용은 아래와 같다

박@@, 윤**은 2015. 3.경부터 서울 종로구에 있는 ******빌딩 등에서 원고가보유한 **@@@ 주식 100%를 실제 가치보다 현저히 낮은 약 2,500억 원~2,700억 원에매각하기로 미리 결정하였다. 윤**과 전략경영실 직원들은 박@@의 지시에 따라, 위 매각대금에 부합하게 **@@@ 주식에 대한 가치평가 결과가 나올 수 있도록 평가 금액, 평가 방식, 주요 평가 요소 등을 미리 정하여 **회계법인 회계사에게 알려주었고, DCF법 및 상증세법상 보충적 평가방법에 따른 **@@@ 주식에 대한 가치평가 결과가 약 3,734억원에서 약 5,181억 원으로 박@@, 윤**이 미리 정한 위 매각대금보다 높게 나오는 경우가 있다는 것을 은폐하였으며, **@@@이 부동산 비중이 매우 높은 기업임에도 불구하고

자산가치를 고려하는 평가 방법으로는 **@@@ 주식 가치를 평가하지 아니하였다.

또한, 박@@, 윤**은 경쟁 입찰이나 **@@@ 주식을 인수할 기업을 물색하는 등의 조치를 취하지 아니한 채 미리 정한 위 매각대금에 맞추어 **기업과의 사이에 수의계약으로 **@@@의 주식 매각을 진행하기로 하는 한편, 매각 종료 시까지 그 매각사실 및주식평가 과정 등을 원고의 주주들에게 알리지 아니하여 원고로 하여금 2016. 4. 29. **@@@ 주식 100%를 실제 가치보다 현저히 낮은 2,700억 원에 수의계약으로 **기업에매각하게 하였다.

이로써 박@@, 윤**은 전략경영실 직원들과 순차 공모하여, 위와 같은 업무상 임무에 위배하여 약 5,800억 원 내지 5,900억 원으로 평가되는 원고가 소유한 **@@@ 주식10,004,771주(지분 100%)를 **기업에 2,700억 원에 저가 매각함으로써 **기업으로 하여금 **@@@ 주식의 적정 매각 금액과 위 매각 금액 2,700억 원과의 차액 상당[**@@@ 주식 100%의 적정한 가치 약 5,800억 원 내지 5,900억 원에서 실제 **@@@ 주식 매각대금인 2,700억 원을 차감한 금액으로 최소 50억 원 이상]의 재산상 이익을 취득하게 하고 원고에 동액 상당의 재산상 손해를 가하였다.

3) 반면 관련 형사사건의 항소심인 서울고등법원은 2025. 9. 18. 다음과 같은 이유를 들어 박@@의 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(배임) 혐의에 대하여 무죄를 선고하였다(2022노2261호). 그 주요 요지는 아래와 같다.











○ 매각가격의 결정 경위와 그에 대한 평가

- 위에서 지적한 부분 외에는 이 사건 매각가격 결정 경위에 관한 원심의 사실인정은 타당

하다고 판단된다. 결국 피고인들은 ****항공과 @@통운 사이의 거래사례를 참고로 하여 **@@@ 주식의 매각가격을 대략 2,500억 원 정도로 산정한 후 @@회계법인과 **

회계법인을 각각 매수인과 매도인을 위한 주식가치 평가기관으로 선임함과 아울러 @@회계법인에 의뢰하여 자신들이 희망하는 가격을 뒷받침하는 논리를 개발하여 이를 **회계법인에게도 전달함으로써 자신들이 희망하는 평가결과가 도출되게 하고 이를 근거로 **@@@ 주식의 매각가격을 2,700억 원으로 결정한 다음 상증세법상 보충적 평가방법에 의한 평가결과 등은 배제하는 방법으로 이 사건 매각가격을 결정하였다고 할 것이다.

- ****항공의 대표이사인 피고인 박@@와 그의 지시를 이행한 피고인 윤**이 이 사

건 매각가격의 결정에 있어 ****항공의 이익을 위하여 필요한 모든 조치를 취하지 아니하였다고 볼 여지는 있다. 다만, 이와 관련하여 피고인들의 배임죄가 성립하기 위하여는피고인들의 행위로 인한 ****항공의 손해가 인정되어야 한다.

○ ****항공의 손해 발생 여부 ― **@@@ 주식의 적정가치

① 2011. 6.의 **@@@ 주식 매각사례는 중요한 거래의 실례로 고려될 수 있고, ② 상증세법상 보충적 평가방법에 의한 여러 평가결과들은 평가방법 자체의 한계뿐만 아니라 몇가지 적용상의 오류로 인하여 타당한 평가결과라고 보기 어려우며, ③ DCF법에 따른 5,000억~5,900억 원대의 평가결과들 역시 불합리한 가정에 근거한 것이거나 다른 가정의 가능성

이 있어 이를 그대로 **@@@ 주식가치로 보기 부적절하고, ④ 반면에 DCF법에 따른2,500억~2,700억 원대의 평가결과는 다소의 오류에도 불구하고 합리적인 평가결과의 범위

내에 있다고 할 것이므로, 결국 이 사건 매각가격 2,700억 원은 **@@@ 주식가치를 적

정하게 반영한 가격이거나 적어도 적정한 주식가치에 비하여 현저하게 저가로 결정된 가격

은 아니라고 보아야 한다.

결국 이 사건 매각으로 인하여 ****항공에 손해가 발생하였다고 보기는 어려우므로,이 사건 매각과 관련하여 피고인들에게 배임죄의 죄책을 지울 수는 없다. 이 부분 원심판결에는 배임죄에 있어 손해에 관한 법리를 오해하거나 사실을 오인하여 판결에 영향을 미친위법이 있다.



3. 이 사건 처분의 위법 여부



가. 원고의 주장 요지

1) 이 사건 주식의 양도가액은 객관적 교환가치가 적정하게 반영된 정상적인 거래가격에 해당하므로, 원고가 자산을 시가보다 낮은 가액으로 양도한 경우에 해당하지 않는다.



2) 이 사건 임대보증금은 백화점 부지 경쟁이라는 특별한 배경에서 예외적으로 현저히 높은 금액으로 책정된 것이어서 이 사건 건물의 가액보다 높은 점, 외부평가기관인 ◆◆감정평가법인은 2011. 5. 26. **@@@에 대한 공정가치를 평가하면서 이 사건 건물의 가액을 약 815억 원으로, ◇◇감정평가법인은 2020. 5.경 약 543억원으로 평가한 점, 한국감정원은 2013. 4. 24. 기준 이 사건 건물 및 토지를 포함한 @@@ 건물 및 토지 전체를 약 3,742억 원으로 평가하였고, 최근 **고속은 $$$$$에 유스퀘어 @@@ 사업 관련 자산(부동산, 동산) 및 인허가 일체를 4,700억 원에 양도하였던 점 등을 고려하여 보면, 피고가 이 사건 건물의 실제 가치를 현저히 상회하는 이 사건 임대보증금을 기준으로 건물의 가액을 평가함에 따라 이 사건 건물의 가치가 과대평가되었다.

이에 더하여, 원고가 이 사건 주식을 매수한 2011. 6. 당시 이 사건 주식은2,555억 원으로 평가되었던 점, 관련 형사사건에서 %%회계법인은 DCF법(현금흐름할인법)에 따라 감정평가를 하였는데, 2016. 4. 30. 기준 이 사건 주식의 가액이 약2,615억 원에서 3,578억 원으로 산정된 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 평가액은 이 사건 주식의 실제 가치를 훨씬 상회하는 것으로 부당하다. 잘못된 평가액을 근거로 원고에게 부당행위계산 부인 규정을 적용한 이 사건 처분은 위법하다.



3) 다음과 같은 이유에서 이 사건 임대보증금 반환채무를 할인평가하는 것은 부채를 부당하게 과소계상하게 함으로써 그만큼 원고의 순자산가액을 과대평가하는 것으로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.



가) 구 상속세 및 증여세법 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제27835호로 개정되기 전의 것, 이하 ’상증세법 시행령‘이라 한다) 제58조 제2항, 구 상속세 및 증여세법 시행규칙(2017. 3. 10. 기획재정부령 제605호로 개정되기 전의 것, 이하 ’상증세법 시행규칙‘이라 한다) 제18조의2 제2항은 시설물이용권에 대한 입회금보증금에 대하여만 적용되는 특례규정으로서, 이 사건 임대보증금에 대한 할인평가의 근거규정이 될 수 없다.



나) 상증세법 시행령 제58조 제2항 및 상증세법 시행규칙 제18조의2 제2항이 임대보증금 반환채무에도 적용된다고 보는 것은 상증세법 제63조 제1항 제2호의 위임범위를 벗어난 것으로서 위법ㆍ무효이다.



다) 설령 임대보증금 반환채무에 할인평가에 관한 규정을 적용한다고 보더라도 임대보증금 상당액과 그 부채의 현재가치할인액의 차액은 선수수익이므로, 순자산가액의 계산 시에 이를 부채로 보아야 한다.



4) 다음과 같은 이유에서 원고가 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’를 하였다는 사정이 인정되지 않으므로, 이 사건 가산세 처분은 위법하다.



가) 박@@ 등의 배임행위는 원고의 업무집행과 관련성이 없는 개인적인 범죄행위이고, 원고는 그 범죄행위의 피해자에 불과하므로, 이들의 행위를 원고의 부정행위로 볼 수 없다. 따라서 원고가 이 사건 법인세 처분에 관한 세액의 부과ㆍ징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위를 하였다고 할 수 없다.



나) 설령 박@@ 등의 배임행위를 원고의 행위로 볼 수 있다고 하더라도, 이를 두고 원고가 적극적인 부정행위를 하였다고 할 수 없다.



다) 이 사건 양도 당시 법률전문가나 자본거래전문가도 아닌 원고에게 회계법인의 평가 등을 무시하고 피고와 같이 이 사건 주식을 약 5,787억 원으로 평가하여 법인세를 신고ㆍ납부할 것을 기대할 수는 없었다.



나. 인정사실

앞서 채택한 각 증거, 갑 제4 내지 46호증, 을 제1, 2, 4, 6 내지 53호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.



1) **산업은 ****은행 등 채권단의 관리를 받게 되기 직전인 2009. 12.경**@@@ 주식 100%를 @@통운에 2,190억 원에 매각하였는데, 당시에는 **@@@의 가치에 관하여 회계법인 등으로부터의 가치평가를 받지는 않았다.



2) 원고는 2011. 6. 17.경 **@@@ 주식 1,000만 주(지분 100%)를 2,555억 원에 취득하였다. 당시 ○○회계법인에서는 2011. 6. 13.자로 이 사건 주식의 가치를 DCF법으로는 약 2,054억 원 내지 2,590억 원, 유사상장기업비교법으로는 약 2,440억 원, 조정순자산법에 의하여는 약 2,163억 원으로 평가하였고, 한국신용정보(한신정)평가에서는 2010. 12. 31. 기준 이 사건 주식의 가치를 DCF법으로는 약 2,152억 원 내지 2,519억 원, 자산가치평가법으로는 약 2,163억 원으로 평가하였다.



3) **@@@ 매각 가격의 사전 결정



가) 박@@ 등은 앞서 본 그룹 재건 계획의 일환으로, 2015. 2.경부터 **@@@을 **그룹 지배구조 상단으로 올려 **고속과 합병할 것과 더불어 **@@@의 가치평가(valuation)에 관한 검토에 착수하였고, 전략경영실의 기획재무담당 임원이었던 윤**은 2015. 3.경 박@@로부터 **@@@에 대한 실사 작업 준비를 지시받아 그 가격을 2,500억 원으로 구상하고, **@@@의 자산 3,000억 원 등 **@@@의 레버지리를 사용하여 **그룹 내부에서 가용자금을 최대화하는 방안을 모색하였다.



나) 박@@ 등은 2015. 4.경 **@@@ 전체를 **기업에 매각하는 방안의 일환으로 그 매각대금 결정의 근거 자료로 외부 회계기관으로부터 DCF법과 상증세법상 보충적 평가방법에 의하여 **@@@의 가치평가를 받을 것을 고려하면서 **@@@의 매각 가격을 잠정적으로 2,500억 원으로 정하였다.



다) 이후 윤**은 2015. 12.경 **기업이 SPC를 통하여 인수자금 2,700억원에 **@@@을 인수한 후 **기업과 SPC, **@@@을 합병하여 인수금융을 상환할 것을 계획하며 **@@@의 인수금액을 ‘2,700억 원’으로 결정하였고, 2016. 1.경**@@@에 대한 가치평가를 시작하도록 지시하였다.



4) 가치평가 의뢰 및 평가 자료 등 제공가) 윤**은 2015. 초순경 위와 같이 **@@@ 인수를 계획하면서 전략경영실을 통하여 원고의 감사인이자 @@회계법인 내 **그룹 관련 마케팅 TFT 간사로 있었던 공인회계사 권☆☆에게 매수인 **기업 및 매도인 원고의 입장에서 **@@@의 가치평가를 함께 의뢰하였다.



나) 이에 권☆☆는 매수인 **기업에 관해서는 @@회계법인의 Deal Advisory 본부에, 매도인 원고에 관해서는 **회계법인 소속 공인회계사 이＃＃에게 각 위 용역을소개하여 DCF법에 의한 주식가치 평가 용역 및 상증세법상 보충적 평가방법에 의한 주식가치 평가 용역을 수행하게 하였다.



다) 이＃＃은 위 권☆☆로부터의 평가 용역 소개가 있고 나서 2015. 5.경 전략경영실 오＃＃과 통화하여 **@@@ 주식가치 평가보고서 작성을 의뢰받았는데, 오＃＃은 평가할 가격의 범위를 2,000억 원대 후반대로 정해서 알려주면서 @@회계법인의 주식가치 평가 자료를 함께 제공하였다.



라) 이후 권☆☆는 2015. 6. 2. 전략경영실의 요청으로 이＃＃에게 과거 2011년○○회계법인에서의 평가금액(2,054억 원 내지 2,590억 원으로 추정된다는 내용), 한신정에서의 평가금액(2,152억 원 내지 2,519억 원으로 추정된다는 내용), 이 사건 임대보증금이 무이자부 부채에 해당한다는 내용, 과거 매매사례가액과 내부적인 평가결과도 이와 동일하다는 내용이 담긴 ‘평가시 고려할 사항’을 첨부한 이메일을 전송하였고, 이를 전달받은 이＃＃은 같은 날 위 이메일을 **회계법인 내 평가실무를 담당하는 공인회계사 안◆◆ 등에게 전달하였다.



마) 전략경영실 소속 ♣♣은 윤** 또는 전략경영실 소속 정◎◎으로부터 ‘**@@@의 가치평가 금액을 2,700억 원에 맞춰서 평가하라’는 지시를 받았고, 이러한 내용을@@회계법인, **회계법인 측에 전달하였다.



5) 가치평가 보고서 작성 및 수정 경위

가) @@회계법인은 2015. 4. 17. 상증세법상 보충적 평가방법에 의하여 이 사건 주식가치를 평가하면서 **@@@이 부동산 과다보유법인임을 전제로 순손익가치와 순자산가치를 2와 3의 비율로 가중 평가하는 방법으로 이 사건 주식의 가치를 2014. 12. 31.기준 약 5,180억 원6)으로 잠정 평가하였다7).

이후 @@회계법인은 DCF법에 의하여 이 사건 주식의 가치를 2015. 6.경약 2,526억 원(2014. 12. 31. 기준), 2015. 12.경 약 2,726억 원(2015. 10. 31. 기준)으로 잠정 평가하였고, 2016. 4.경 이 사건 보증금을 평가일 기준 현재가치로 할인하여 약1,938억 원으로 산출한 것을 전제로 **@@@의 가치를 약 2,639억 원(2016. 3. 31.기준)으로 평가하였다.

나) **회계법인의 안◆◆은 2015. 5.경 이＃＃으로부터 상증세법상 보충적 평가방법에 의한 주식가치 평가 의뢰를 받으면서 기존에 @@회계법인에서 평가 용역을 수행한 상증세법상 보충적 평가방법에 의한 평가보고서 등을 전달받았고, 2015.6.경 위 주식 가치를 평가하면서 위 @@회계법인의 보고서를 일부 인용하여 @@회계법인과 동일하게 **@@@이 부동산 과다보유법인임을 전제로 순손익가치와 순자산가치를 2와 3의 비율로 가중 평가하는 방법으로 **@@@의 가치를 2014. 12. 31.기준 약 4,566억 원8)으로 평가하였다. 이에 이＃＃은 2015. 6. 15. 오＃＃ 과장에게DCF법상 약 2,753억 원, 상대가치평가방법상 약 2,739억 원 내지 2,834억 원 및 위 상증세법상 보충적 평가방법에 의하여 산정한 가치 약 4,566억 원 등을 기재한 보고서 초안을 이메일로 전송하였는데, 오＃＃ 또는 ♣♣으로부터 ‘DCF법으로 평가한 가치결과만을 가지고 가치평가를 진행해달라’는 의견과 더불어 ‘특수관계자간 거래에서 상증세법상 보충적 평가방법에 의한 금액으로 매매금액을 결정하지 않아도 된다는 논리를 검토해달라’는 요청을 받았다.

이후 안◆◆은 권☆☆ 또는 이＃＃으로부터 위 평가 가격을 낮춰달라는 요청을 받고 2016. 1.경 **@@@이 부동산 과다보유법인에 해당하지 아니함을 전제로 순손익가치와 순자산가치를 3과 2의 비율로 가중 평가하는 방법으로 2015. 10. 31.기준 약 3,734억 원9), 2015. 12. 30. 기준 약 3,739억 원10)으로 **@@@의 가치를 평가하였다.

한편 **회계법인 이＃＃은 2016. 4. 21. 권☆☆로부터 제공받은 평가요소에 따라 2011. 공시된 한신정평가 작성의 가치평가 보고서를 참조하여, DCF법에 의하여 **@@@의 가치를 2016. 3. 31. 기준 약 2,670억 원으로 평가하고, 그와 같은 내용의 가치평가 보고서를 김◆◆, ♣♣에게 각 발송하였다.



6) 불리한 가치평가 보고서의 미발행

가) 윤**은 앞서 본 상증세법상의 보충적 평가방법에 의한 가치평가 보고서가 발행될 경우 **@@@을 2,700억 원에 거래한 이유에 대하여 설명이 되지 않는다는 이유를 들어 전략경영실 ♣♣에게 상증세법상의 보충적 평가방법에 의한 가치평가보고서를 발행하지 말 것을 지시하였다.나) 박@@ 등은 2015. 9. ★★회계법인에 대해서도 **@@@ 주식가치 평가를 의뢰하고자 하였으나, **@@@의 가치가 DCF법에 의할 때 2015. 6. 30. 기준 약5,056억 원으로 평가됨에 따라, 최종 평가용역 계약을 체결하지는 않았다.



다) 이 무렵 ****은행은 2015. 7. ■■회계법인, ○○회계법인에 **산업에 대한 가치평가를 의뢰하면서 그 핵심 자회사인 원고의 자회사 **@@@의 가치평가를 함께 의뢰하였는데, 이에 관하여 ■■회계법인은 DCF법에 의할 때 2014. 12.31. 기준 약 5,928억 원, ○○회계법인은 DCF법에 의할 때 2014. 12. 31. 기준 약5,989억 원, 상대가치 평가방법에 의할 때 약 5,004억 원으로 평가하였다.



라) 이상의 과정을 거쳐 박@@ 등은 아래와 같이 총 11개의 가치평가 보고서를 작성하였는데, 그중 DCF법을 적용한 평가 금액이 사전에 정한 2,700억 원과 유사한 보고서만을 발행하였다.



다. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.



라. 비상장법인 주식에 대한 평가방법 일반



1) 상증세법 제60조 제1항 전문, 제2항에 의하면, 증여재산의 가액은 증여일 현재의 시가에 따르고, 이러한 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액으로 하며, 수용ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것을 포함한다. 위 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 보는데, 이를 ‘보충적평가방법’이라 한다. 그리고 유가증권 등의 평가에 관하여 규정하고 있는 같은 법 제63조 제1항 제1호 다목에 의하면, 비상장주식의 경우 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고

려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.



2) 그 위임에 따른 상증세법 시행령에 의하면, 비상장주식의 보충적 평가방법에의한 평가액은 원칙적으로 1주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 각각 3 대 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다(제54조 제1항)11). 1주당 순손익가치는 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액을 순손익가치환원율로 나누어 계산하고, 1주당 순자산가치는 평가기준일 현재 대상 법인의 순자산가액을 발행주식총수로 나누어 계산한다(같은 조 제2항). 여기서 순자산가액은 평가기준일 현재 해당 법인의 자산을 상증세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 함을 원칙으로 하면서, 순자산가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다. 이 경우 당해 법인의자산을 법 제60조 제3항 및 법 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액이 장부가액취득가액에서 감가상각비를 차감한 가액을 말한다)보다 적은 경우에는 장부가액으로 하되,장부가액보다 적은 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다(제55조 제1항).



마. 이 사건 양도가액의 시가 해당 여부



1) 관련 법리

가) 법인세법 제52조는 ‘납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 ’특수관계인‘이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ’부당행위계산‘이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다’고 규정하며, 제2항에서 ‘건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격’을 ‘시가’로 규정하고 있다.

구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법 시행령’이라 한다) 제89조 제1항에 따르면, 시가란 ‘법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격’을 의미한다.



나) 시장성이 적은 비상장주식의 경우에도 그에 대한 매매 사실이 있는 경우에는 그 거래가액을 시가로 보아 주식의 가액을 평가하여야 하고 법이 규정한 보충적 평가방법에 의하여 평가해서는 안 되지만, 시가라 함은 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 의미하므로 그와 같은 매매사례가액이 시가로 인정되기 위해서는 당해 거래가 일반적이고 정상적인 방법으로 이루어져 증여일 당시의 객관적 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 수 있는 사정이 인정되어야 한다(대법원2012. 4. 26. 선고 2010두26988 판결 등 참조). 한편, 특수관계에 있는 자와의 거래라하더라도 객관적 교환가치가 적정하게 반영된 정상적인 거래라고 판단되면 그 거래가격을 시가로 보아 그 거래가격으로 평가하여야 하나, 특수관계자와의 거래가 정상적인거래에 해당된다는 사정은 이를 주장하는 자가 입증하여야 한다(대법원 2007. 1. 11.2006두17055 판결 참조).



2) 판단

앞서 채택한 각 증거, 갑 제47 내지 54호증, 을 제54, 55호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 고려하면, 이 사건 양도가액이 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격이라고 보기 어려우므로, 시가에 해당한다고 볼 수 없다.

가) 이 사건 양도는 박@@의 **그룹 경영권 확보 및 계열사 재구축이라는 일련의 과정에서 이루어진 것이다. 이 사건 양도 당시 **@@@은 **그룹 계열사 중 비교적 다량의 유동성을 보유한 회사였고, **그룹의 재건(박@@의 **산업 지분 확보 및 **고속의 재인수)을 위하여는 위 다량의 유동성이 필요한 상황이었다. 박@@는 **산업 인수에 쓰인 차입금을 갚고, **고속에 대한 콜옵션을 행사하기 위한 목적으로 유동성이 비교적 풍부하였던 **@@@을 저가로 매수한 것으로 보인다.



나) 원고와 **기업은 이 사건 양도에 앞서 @@회계법인과 **회계법인에 이 사건 주식의 가치평가를 의뢰하였다. 그리고 @@회계법인은 DCF법에 의하여 2016.3. 31. 기준 **@@@의 가치를 약 2,639억 원으로 평가하였으며, **회계법인은 DCF법에 의하여 2016. 3. 31. 기준 **@@@의 가치를 약 2,670억 원으로 평가하였다(이하 위 각 가치평가 보고서를 통틀어 ‘이 사건 가치평가 보고서’라 한다). 그러나 앞서 본 바와 같이, 박@@ 등은 그룹 재건 계획의 일환으로 2015. 3.경부터 **기업이 **@@@을 인수하기로 하면서 사전에 인수금액을 2,700억 원으로 결정하였고, 이 사건 가치평가 보고서는 **그룹 전략경영실 임원 등이 각 회계법인의 회계사 등으로 하여금 위 가격선에 부합하도록 주식가치 평가결과를 도출하게 함에 따라 작성된 것이다. 따라서 이 사건 가치평가 보고서를 근거로 이 사건 양도가액이 시가에 해당한다고 할 수 없다.



다) 원고는, 원고가 2011. 6. 20. @@통운으로부터 이 사건 주식을 2,555억 원에 매수한 사정을 들어 이 사건 양도가액이 시가에 해당한다고도 주장한다. 살피건대, **@@@이 위와 같은 조건으로 매각되었던 사실, 당시 한국신용정보(한신정)평가는 **@@@의 주식가치를 DCF법에 의하여 약 2,152억 원~2,519억원으로 평가하였고, ○○회계법인은 **@@@의 주식가치를 DCF법에 의하여 약2,304억 원, 유사상장기업비교법에 의하여 약 2,440억 원, 조정순자산법에 의하여 약2,163억 원으로 보아, 그 주식가치(자기자본가치) 범위를 약 2,054억 원~2,590억 원으로 평가한 사실, 최종 매각가격은 위 각 주식가치 평가금액 중 최댓값을 산술평균한2,555억 원[=(2,519억 원 + 2,590억 원) / 2]으로 정해진 사실, 국세청에서 2011. **@@@ 주식의 양수가액 2,555억 원은 적정하다는 취지로 판단한 사실 등은 인정된다. 그러나 위 각 가치평가는 이 사건 양도일로부터 약 5년 전인 2011.경 있었던것인 점, 위 매각 당시 원고는 @@통운의 최대 주주(23.9%)였고, @@통운은 **@@@ 지분 100%를 보유하고 있었는바, 그 무렵 @@통운과 원고는 특수관계에 있던 점, 원고가 이 사건 주식을 양수한 2011년경과 이 사건 양도가 이루어진 2016년경 사이에 **@@@의 기업 구성에도 변화가 있었던 점, 위 양도가격은 **@@@이 2013. 4.10. $$$$$와 사이에 이 사건 건물에 관하여 임대차보증금을 5,270억 원으로 하여임대차계약을 갱신한 사정을 전혀 반영하지 않고 있는 점 등을 종합하면, 원고의 2011년경 이 사건 주식의 인수가격을 근거로 이 사건 양도가액이 시가에 해당한다고 볼 수없다.



라) 과세사실판단자문위원회가 2021. 1. 21. ‘이 사건 임대보증금은 ★★★와 ◎◎쇼핑 사이의 백화점 부지 확보를 위한 과열경쟁으로 발생한 이례적인 금액’이라고하여, 상증세법 제66조 평가특례규정을 배제하여야 한다는 취지로 판단한 사실은 인정된다.

그러나 구 과세사실판단자문사무처리규정(2018. 7. 12. 국세청훈령 제2257호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항은 국세공무원은 세무조사 등의 업무처리 중 과세쟁점사실이 발생한 경우에는 이에 대하여 과세사실판단자문신청을 할 수 있다고 규정하고 있고, 제23조 제1항은 ’과세사실판단자문신청에 대한 심의결과를 통보받은 신청인은 그 결과를 업무처리에 활용하여야 한다‘고 규정하고 있을 뿐이어서, 그 판단 내용에 피고나 법원이 구속된다고 보기 어려운 점, 과세사실판단자문위원회는 원고가 제출한 이 사건 주식 매매계약서와 이 사건 가치평가 보고서 등을 검토한 결과 위와 같은 판단에 이르렀을 뿐, 2015. 3.경 이미 내부적으로 이 사건 주식의 인수금액이 2,700억 원으로 정하여져 있었다는 사실이나 이 사건 가치평가 보고서 등은 **그룹 전략경영실임원 등의 요청으로 위 가격선에 부합하도록 평가결과를 도출함에 따라 작성되었다는사실 등을 전혀 알지 못한 상태에서 위와 같은 판단을 하게 된 것인 점 등을 고려하면,과세사실판단자문위원회의 판단 내용을 들어 이 사건 양도가액이 시가에 해당한다고

보기도 어렵다.



바. 이 사건 평가액의 시가 해당 여부1) 관련 법리



가) 상증세법 제66조는 ‘다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산은 제60조에도 불구하고 그 재산이 담보하는 채권액 등을 기준으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액과 제60조에 따라 평가한 가액 중 큰 금액을 그 재산의 가액으로 한다’고 하면서 제3호에서 ‘전세권이 등기된 재산(임대보증금을 받고 임대한 재산을 포함한다)’을 규정하고 있다. 그리고 상증세법 시행령 제63조 제1항은  "법 제66조에서 ’대통령령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액‘이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 말한다”고 하며 제5호에서 ‘전세권이 등기된 재산의 가액은 등기된 전세금(임대보증금을 받고 임대한 경우에는 임대보증금)’을 규정하고 있다.



나) 위 규정은 상속재산의 가액평가에 관하여 시가주의원칙을 정한 상증세법 제60조 제1항의 규정을 보충하여 시가에 좀 더 근접한 가액을 산정하려는 취지에서 규정된 것이므로, 임대보증금이 당해 상속재산의 실제 시가보다 큰 경우임을 납세의무자가 증명한 경우에는 이 규정은 적용되지 아니하고 시가가 그 상속재산가액이 되는 것이며(대법원 1993. 3. 23. 선고 91누2137 전원합의체 판결, 대법원 1995. 4. 7. 선고 94다11835 판결 등 참조), 그 경우 임대보증금이 당해 상속재산의 실제 시가보다 크다는 점에 대한 주장ㆍ증명책임은 납세의무자에게 있다고 봄이 타당하다(대법원 2004. 10.4. 선고 2003두4270 판결 참조).



2) 이 사건 평가액의 산정

피고는 이 사건 주식을 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 평가함에 있어서, 상증세법에 따라 계산한 1주당 순손익가치(790원)와 1주당 순자산가치(110,064원)를 3:2로 가중평가하고, 원고의 지분율에 대한 할증평가 30%를 적용하여, 이 사건 주식의1주당 가액을 57,849원으로 산정하였다. 그리고 1주당 순자산가치를 산정함에 있어서는 **@@@이 보유하던 이 사건 건물의 가치를 상증세법 제66조, 상증세법 시행령 제63조 제1항 제5호에 따라 임대차보증금 가액인 5,270억 원으로 평가하고, 이 사건 임대보증금 반환채무(부채)의 가액은 위 보증금액을 그 상환기간인 20년에 걸쳐 이자율 8%로 할인한 141,473,960,406원으로 평가하여 부채로 산입하였다.



3) 이 사건 건물의 평가에 관한 판단

가) 어떠한 재산에 관하여 임대차계약이 체결된 경우, 통상 당해 재산의 객관적인 교환가치의 범위 안에서 임대보증금 및 차임이 정하여진다고 볼 수 있고, 이에 의하여 시가에 가장 근접한 재산의 가액을 이끌어 낼 수 있다는 점에서, 상증세법 제66조 제3호, 상증세법 시행령 제63조 제1항 5호는 상속세법 제60조 제3항의 규정에 의한 보충적 평가방법에 의하여 가액을 평가할 경우에 생길 수 있는 평가가액(기준시가ㆍ과세시가표준액 등)이 임대보증금 채무에 미달하게 되는 부당한 결과를 방지할수 있기 위한 규정으로 볼 수 있다. 헌법재판소 또한 ‘시가주의의 관점에서 임차권이 설정된 부동산과 임차권이 설정되지 아니한 부동산 간에는 그 취급을 달리할 이유가 있다. 즉, 임차권에 대한 평가액도 시가를 반영하는 하나의 지표가 되는 것이므로, 이를 평가기준의 하나로 삼아 시가에 가까운 금액을 도출해 내는 것이 형평에 부합한다 할 것이고, 나아가 임차권의 설정은 당사자의 경제적 합리성에 기반을 둔 선택에 속하는 것이다’고

판시한 바 있다(헌법재판소 2006. 6. 29. 선고 2005헌바39 결정 참조).



나) 아래와 같은 사정을 종합하면, 이 사건 임대보증금이 이례적인 가격이어서 이 사건 건물의 정당한 가치를 반영하지 못한다고 보기 어렵다.(1) 원고는, 이 사건 임대보증금은 ★★★와 ◎◎ 사이의 과열된 백화점 부지 경쟁이라는 특별한 배경으로 인한 것이라고 주장한다.



(2) 그러나 가격은 수요와 공급의 원리에 의하여 정해지는 것이며, 교환가치와 사용가치가 모두 고려된다. 특히 이 사건 건물과 같은 상업시설은 해당 상가에서 사업을 영위하며 얻어지는 수입을 기반으로 하여 상가의 가치가 결정되는바, 2012년 무렵 $$$$$백화점은 광주ㆍ호남 지역의 최대규모의 백화점이었으며, 연간 영업이익은 400억 원 내지 500억 원 가량에 달하였다.



(3) 백화점 업계의 약 90%를 점유하는 3개의 회사(◎◎, △△, ★★★) 중 2개인 ◎◎와 ★★★가 공개적으로 경쟁을 함에 따라 이 사건 임대보증금 가격이 결정된 것이고, 위 각 회사들은 각자 경제적 이익의 극대화를 추구하는 대등한 관계인바, 이 사건 임대보증금은 객관적이고 공정하게 산정되었다고 볼 수 있다.또한 원고의 주장에 의하더라도, 이 사건 임대보증금은 ◎◎와 ★★★사이에 치열한 유치경쟁 결과 책정된 금액인바, 이는 오히려 당시 이 사건 건물의 시장가치를 반영하고 있는 것으로 볼 수 있고, 특별한 배경에서 책정된 예외적 가격이라고 볼 만한 사정은 없다.



(4) **@@@과 $$$$$가 1995. 8.경 이 사건 건물에 관한 임대차계약을 체결할 당시, 임대차보증금을 270억 원으로 하면서 임차료를 매출액의 1.6%로 정하였으나, 2013. 4. 10. 위 임대차계약을 갱신하면서는 임차료를 지급하지 않는 대신 임대보증금을 5,270억 원으로 변경하고 임대차기간 동안 임대보증금의 증감은 없는 것으로 하였다. 이처럼 종전 임대차계약에 따라 지급하던 임차료를 없애는 대신 임대보증금을 증액한 사정도 고려되어야 한다.당시 이 사건 건물에 관한 임대차계약을 주도하였던 ★★★ 측의 김대호 상무 또한 관련 형사사건에서 ‘2012 내지 2013년에 $$$$$ 매출이 5,000억원 정도 되었으니 그 당시 80억 원 정도 임대료를 지급했던 것 같다. 과거에 비하여 현재의 백화점 임대요율이 매출액의 약 4~5%로 증가했으므로, 2016년 당시 백화점의 임대요율도 최초 계약 당시인 1995년 1.6%에 비하여 약 3배(4~5%) 가량 증가했다고 보는 것이 타당하다. $$$$$도 매출액의 4~5%를 인상하여 지급할 의향도 있었지만 **@@@ 측이 보증금을 증액해 달라고 해서 임차료 지급 없이 보증금만증액하게 되었다’고 진술한 바 있다.

(5) 이에 더하여, $$$$$는 임대보증금을 증액할 당시 $$$$$백화점에서의 수익 등을 고려하여 이 사건 건물 및 부지를 6,500억 원 내지 7,000억 원 정도에 매수하려는 검토를 하였고, **@@@에서도 7,000억 원 정도의 매도대금을 제안하기도 하였던 점, **그룹 내부적으로 2015. 11.경 이 사건 건물 및 부지를 5,270억원 및 세금 문제 해소용 1,700억 원을 합산한 금액으로 매도하는 방안에 대한 검토를 하였던 것으로 보이는 점 등을 고려하면, 이 사건 임대보증금의 액수는 이 사건 양도 당시 이 사건 건물의 시장가치를 적절히 반영하고 있었다고 봄이 타당하다.

다) 원고는, ◆◆감정평가법인이 2011. 5. 26. **@@@에 대한 공정가치를 평가하면서 이 사건 건물의 가액을 약 815억 원으로 평가하였고, ◇◇감정평가법인이 2020. 5.경 이 사건 건물의 가액을 약 543억 원으로 평가하였던 점을 들어, 이 사건 양도 당시 이 사건 건물의 시가는 543억 원 내지 815억 원 사이에 있었다고 주장한다.

그러나 ◆◆감정평가법인의 평가는 이 사건 양도일로부터 약 5년 전인2011. 5.경 있었던 것인 점, 위 각 감정평가법인은 이 사건 건물의 가치를 ‘재조달원가12)’를 기준으로 평가하였는바, 이 사건 건물과 같은 상업용 건물의 가치는 단순히 위건물을 짓는데 드는 비용이 아니라 그 건물이 창출할 수 있는 경제적 효익(현금흐름,입지 등)에 의하여 결정되는 점, 재조달원가는 단순히 ‘건설비’를 평가할 뿐이므로 실제시장에서 거래되는 수요ㆍ공급ㆍ상권 가치 등을 반영하지 못하는 점 등을 고려하면, 위 각 감정평가법인의 평가가 이 사건 건물의 시가를 정당하게 반영하고 있다고 보기 어렵다.

라) 한국감정원이 2013. 4. 24. 기준 유스퀘어 전체에 대하여 평가한 감정평가액

은 토지 약 2,199억 원, 건물 약 1,543억 원, 합계 약 3,742억 원이며, 그 중 이 사건

건물의 가액은 670억 원인 사실은 인정된다.

그러나 위 감정평가에서는 이 사건 건물 평가 시 간접법에 의한 재조달원가법을 주된 방법으로 적용하였는바, 앞서 본 바와 같이 재조달원가법에 의한 감정결과가 백화점 건물의 시가를 정당하게 반영하고 있다고 보기는 어려운 점, 위 감정평가에서는 이 사건 건물에 대하여 임대보증금을 5,270억 원으로 하는 임대차계약이 체결된 사정도 전혀 반영되어 있지 않은 점 등을 고려하면, 위 감정평가 결과가 이 사건 건물의 시가를 정당하게 반영하고 있다고 보기 어렵다.

마) **고속이 2024. 3. 13. $$$$$에 유스퀘어 @@@사업 관련 자산(부동산, 동산) 및 인허가 일체를 4,700억 원에 양도하는 내용의 영업양수도 계약을 체결한 사실은 인정된다.

그러나 위 양수도계약의 목적물에서 이 사건 건물 및 부지는 제외되어 있으며, 다른 유스퀘어 건물과 달리 이 사건 건물은 백화점 용도로 사용됨에 따른 수익이 높다는 점 등을 고려하면, 위 영업양수도 가격을 들어서 피고가 산정한 이 사건 건물의 가치가 실제가치보다 높다고 단정하기 어렵다.



4) 이 사건 임대보증금의 현재가치 할인평가에 관한 판단



가) 관련 법리

비상장주식의 경우 원칙적으로 시가에 의하여 가액을 산정하여야 하나, 시가를 산정하기 어려운 경우에는 보충적 평가방법에 의하게 된다(상증세법 제60조 제1항,제3항). 이러한 보충적 평가는 원칙적으로 1주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 가중평균하여 산정되는데(상증세법 시행령 제54조 제1항), 1주당 순자산가치란 당해 법인의 순자산가액을 발행주식총수로 나눈 가액을 의미한다(상증세법 시행령 제54조 제2항 참조). 한편 위와 같은 순자산가액의 산정은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액이 된다(상증세법 시행령 제55조 제1항).

그리고 상증세법 시행령 제58조 제2항은 ‘대부금ㆍ외상매출금 및 받을 어음등의 채권가액과 입회금ㆍ보증금 등의 채무가액은 원본의 회수기간ㆍ약정이자율 및 금융시장에서 형성되는 평균이자율 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액으로 한다. 다만, 채권의 전부 또는 일부가 평가기준일 현재 회수불가능한 것으로 인정되는 경우에는 그 가액을 산입하지 아니한다’고 규정하며(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라 한다), 상증세법 시행규칙 제18조의2 제2항은  "영 제58조 제2항 본문에서 ‘기획재정부령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액’이란 다음 각호의 1의 방법에 의하여 평가한 가액을 말한다”고 하면서 제1호에서 ‘원본의 회수기간이 5년을 초과하거나 회사정리절차 또는 화의절차의 개시 등의 사유로 당초 채권의 내용이 변경된 경우에는 각 연도에 회수할 금액(원본에 이자상당액을 가산한 금액을 말한다)을 영 제58조의2 제2항 제1호 가목에 따른 적정할인율에 의하여 현재가치로 할인한 금액의 합계액. 이 경우 소득세법 제94조 제1항 제4호 나목의 규정에 의한 시설물이용권에 대한 입회금ㆍ보증금 등으로서 원본의 회수기간이 정하여지지 아니한 것은 그 회수기간을 5년으로 본다’고 규정하고 있다(이하 ‘이 사건 시행규칙 조항’이라 한다). 이에 따라 주식에 대한 보충적 평가를 위한 순자산가액을 산정함에 있어서 입회금ㆍ보증금 등 채무의 가액은 위 적정할인율에 의하여 현재가치로 할인한 금액(이하‘현재가치할인액’이라 한다)의 합계액으로 산정되어야 하는데, 이는 입회금ㆍ보증금 등에 관한 채무의 액수가 과다하게 산정되는 것을 방지하는데 그 목적이 있다.



나) 관련 규정의 연혁

상속세 및 증여세법 시행규칙이 2003. 12. 31. 재정경제부령 제342호로 개정되기 전에는 제18조의2 제2항 제1호는 ‘원본의 회수기간이 3년을 초과하거나 회사정리절차 또는 화의절차의 개시 등의 사유로 당초 채권의 내용이 변경된 경우에는 각 연도에 회수할 금액(원본에 이자상당액을 가산한 금액을 말한다)을 영 제58조의2 제2항 제1호 가목에 의하여 금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 감안하여 국세청장이 정하여 고시하는 이자율에 의하여 현재가치로 할인한 금액의 합계액’만을 규정하고 있다가, 상속세 및 증여세법 시행규칙이 2003. 12. 31. 재정경제부령 제342호로 개정되면서 제18조의2 제2항 제1호 후문에 ‘이 경우 소득세법 제94조 제1항 제4호 나목의 규정에 의한 시설물이용권에 대한 입회금ㆍ보증금 등으로서 원본의 회수기간이 정하여지지 아니한 것은 그 회수기간을 5년으로 본다’는 규정을 추가하여, 현재가치 할인평가에 관한 규정이 시설물이용권에 대한 입회금ㆍ보증금에 적용될 수 있다는 취지로 개정되었다.

그러나 조세심판원은 2009. 12. 28. ‘주식평가시 골프장 회원들로부터 입회금으로 수취한 예수보증금인 부채를 현재가치할인평가방법으로 적용하여 과세할 수 없다’고 판단하였는데, 그 이유는 구 상속세 및 증여세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22042호로 개정되기 전의 것) 제58조 제2항이 ‘대부금ㆍ외상매출금 및 받을 어음등의 채권가액은 원본의 회수기간ㆍ약정이자율 및 금융시장에서 형성되는 평균이자율 등을 감안하여 기획재정부령이 정하는 바에 따라 평가한 가액에 의한다. 다만, 채권의 전부 또는 일부가 평가기준일 현재 회수불가능한 것으로 인정되는 경우에는 그 가액을 산입하지 아니한다’고만 규정하고 있어 앞서 본 바와 같은 시행규칙 규정을 채권의 평가에 관한 규정을 넘어 부채로서 시설이용권의 입회금ㆍ보증금 등의 예수금 평가에 관한 규정으로 볼 수 없다는 것 등이었다.

이에 따라 상속세 및 증여세법 시행령 제58조 제2항이 2010. 2. 18. 대통령령 제22042호로 개정되면서 ‘대부금ㆍ외상매출금 및 받을 어음등의 채권가액과 입회금ㆍ보증금 등의 채무가액은 원본의 회수기간ㆍ약정이자율 및 금융시장에서 형성되는 평균이자율 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액으로 한다. 다만, 채

권의 전부 또는 일부가 평가기준일 현재 회수불가능한 것으로 인정되는 경우에는 그 가액을 산입하지 아니한다’고 규정하였는데, 이는 구 상증세법 시행규칙 제18조의2 제

2항을 부채인 시설이용권의 입회금ㆍ보증금 등의 예수금 평가에 관한 규정으로 하려는취지로 볼 수 있다.



다) 이 사건 임대보증금이 현재가치 할인평가의 대상인지 여부

(1) 원고는 현재가치 할인평가에 관한 이 사건 시행규칙 조항이 ‘채권’에만 적용될 뿐이고 ‘채무’에 관한 가액평가방법을 규정한 것이 아니라는 취지로 주장한다. 그러나 ① 이 사건 시행령 조항은  "대부금ㆍ외상매출금 및 받을 어음등의 채권가액과 ‘입회금ㆍ보증금 등의 채무가액’은 (…) 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액으로 한다”고 하여 명백히 ‘채무’도 할인평가의 대상으로 규정하고 있으며, 이 사건 시행규칙 조항은 그에 대한 평가방법을 정한 조항인 점, ② 대부금ㆍ외상매출금 및 받을 어음등의 채권가액 뿐만 아니라 입회금ㆍ보증금 등의 채무가액 역시 할인평가 대상으로 규정하려 한 이 사건 시행령 조항의 개정연혁, ③ 원고의 주장에 의하면, 시설물이용권에 대한 입회금ㆍ보증금 반환채무 또한 현재가치 할인평가의 대상이 아니라는 것인데, 대법원 판례는 위 채무가 할인평가의 대상임을 명시적으로 판단한 점(대법원 2024. 4. 12. 선고 2020두54265 판결) 등을 종합하면, 이 사건 시행령 및 시행규칙 조항에 의할 때 채권뿐 아니라 채무도 할인평가의 대상이 된다고 봄이 타당하다.



(2) 원고는, 이 사건 시행규칙 조항 후문에서 ‘소득세법 제94조 제1항 제4호나목의 규정에 의한 시설물 이용권에 대한 입회금ㆍ보증금 등으로서 원본의 회수기간이 정하여지지 아니한 것’만을 규정하고 있으므로, 이 사건과 같은 임대보증금 반환채무는 그 적용대상이 되지 않는다고도 주장한다.

그러나 다음과 같은 사정을 종합하면, 임대보증금 반환채무 또한 이 사건 시행령 및 시행규칙 조항에 따른 할인평가의 대상이 된다고 봄이 타당하다. 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

(가) 법률 규정의 해석에 있어서는 법률에 정하여진 문구의 문리적 의미가 해석의 출발점인바, 이 사건 시행령 조항은 할인평가의 대상을 입회금ㆍ보증금 ‘등’으로규정하고 있으므로, 입회금ㆍ보증금은 그 예시에 해당한다고 볼 수 있다. 게다가 이 사건 임대보증금은 위 조항에서 말하는 ‘보증금’에도 해당한다.

(나) 이 사건 시행규칙 조항 후문은 ‘이 경우 소득세법 제94조 제1항 제4호 나목의 규정에 의한 시설물이용권에 대한 입회금ㆍ보증금 등으로서 원본의 회수기간이 정하여지지 아니한 것은 그 회수기간을 5년으로 본다’고 규정하고, 소득세법 제94조 제1항 제4호 나목은 ‘이용권ㆍ회원권, 그 밖에 그 명칭과 관계없이 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자보다 유리한 조건으로 이용할 수 있도록 약정한 단체의 구성원이 된 자에게 부여되는 시설물 이용권(법인의 주식등을 소유하는 것만으로 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자보다 유리한 조건으로 시설물 이용권을 부여받게 되는 경우 그 주식등을 포함한다)’을 규정하고 있으며, 소득세법 제94조 제1항 제2호 다목에서 ‘전세권과 등기된 부동산임차권’을 별도로 규정하고 있기는 하다.그러나 이 사건 시행령 조항에서는 ‘입회금ㆍ보증금 등의 채무가액은 (…)기획재정부령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액으로 한다‘고 하여 할인평가의 대상인 채무를 ’소득세법 제94조 제1항 제4호 나목의 규정에 의한 시설물이용권에 대한 입회금ㆍ보증금 반환채무‘로 제한하고 있지 않으며, 그 규정의 형식을 보건대, 입회금ㆍ보증금등 채무가액의 현재가치 할인평가의 근거규정은 이 사건 시행령 조항이며, 이 사건 시행규칙 조항은 그 평가의 방법을 구체화한 것에 불과하다고 봄이 타당하다. 반대로, 이사건 시행규칙 조항이 할인평가의 근거라고 보아, 위 시행규칙 조항에 규정된 채무만 할인평가의 대상이 된다고 보는 것은 위 법령의 체계에 부합하지 않는다.



(다) 이 사건 시행규칙 조항 본문에 의하면 원본의 회수기간이 5년을 초과하는 경우 등에만 할인평가의 대상이 되는 것이므로, 원본의 회수기간이 정하여지지않은 경우에는 위 조항이 적용될 수 없고 상증세법 시행규칙 제18조의2 제2항 제2호13)에 따라 ’원본의 가액에 평가기준일까지의 미수이자상당액을 가산한 금액‘으로 평가하여야 한다. 다만, 시설물이용권에 대한 보증금ㆍ입회금 등의 경우에는, 앞서 본 바와 같은 개정 취지와 같이 그 특수한 사정을 고려하여, 단서에서 원본의 회수기간이 정하여지지 않았더라도 그 회수기간을 5년으로 보겠다는 예외규정을 둔 것이라고 할 수 있다. 그렇다면 임대차기간이 20년에 해당하는 이 사건 임대보증금의 경우에는 ’원본의 회수기간이 5년을 초과하는 경우‘임이 분명하므로, 이 사건 시행규칙 조항 본문에 따라 할인평가의 대상이 된다고 봄이 타당하고, 원본의 회수기간이 정하여지지 아니한 경우에 대한 단서 조항이 적용되는 경우도 아니다.



(라) 원고는, 비상장주식의 보충적 평가방법의 요소인 순자산가액평가법은 법인의 청산을 전제하고 있으므로 부채는 평가기준일에 전액 공제되어야 하고 별도로 할인평가를 할 필요가 없다고도 주장한다. 그러나 이 사건 시행령 조항은 명시적으로 ’채무‘에 대해서도 할인평가가 가능함을 규정하고 있는 점, 대법원 판례는 리조트 회사의 입회보증금 반환채무가 현재가치 할인평가의 대상임을 명시적으로 판단한 점(대법원 2024. 4. 12. 선고 2020두54265 판결) 등을 고려하면, 원고의 위 주장은 상증세법령의 문언 및 판례에 반하는 것으로 받아들일 수 없다.

(마) 서울고등법원 2025. 6. 20. 선고 2024누39327 판결14)에서는 상증세법령상 할인평가의 대상인지와 관련하여 임대차보증금, 매매예약 합의금 두 가지가 문제되었는데, 위 판결은 ’임대차보증금 반환채무‘에 대하여는 그 채무의 원본 회수기간이 5년을 초과하는 경우가 아니어서 할인평가 대상이 아니라고 판단한 반면, ’매매예약 합의금 반환채무‘의 경우에는 그 성질상 이 사건 시행령 및 시행규칙 조항이 정한 ‘입회금ㆍ보증금 등’의 반환채무에 해당한다고 보기 어려우므로 이를 현재가치 할인 대상으로 볼 수 없다고 판단하였다. 위 판결은 임대차보증금 반환채무의 원본 회수기간이 5년을 초과하는 경우에는 할인평가의 대상이 된다는 취지로 해석할 수 있다.



(바) 원고가 드는 서울행정법원 2021. 10. 5. 선고 2020구합81809 판결15)에 의하더라도, ‘이 사건 시행령 및 시행규칙 조항이 입회금ㆍ보증금 등의 성격이 아닌 다른 채무에 대해서까지 현재가치 할인액으로 그 가액을 평가하도록 하는 규정이라고 볼수는 없다’는 것인바, 이는 곧 입회금ㆍ보증금 등과 유사한 성격을 가진 채무는 할인평가대상이 된다는 취지로 해석할 수 있다. 그리고 임대차보증금과 시설물이용권에 대한 보증금 등은, 모두 일정 금원을 지급받는 대가로 상대방에 대하여 시설물 또는 부동산에 대한 점유ㆍ사용 등을 하도록 할 의무가 생기고, 임대차계약 종료 또는 회원탈퇴 등의 사유가 발생할 때 비로소 위 금원을 반환할 의무가 생긴다는 점 등에서 유사한 성격을 가진다고 볼 수 있다.



(사) 국세청 실무상으로도 임대차보증금을 포함하여 원본 회수기간이 5년을 초과하는 채권ㆍ채무는 현재가치 할인을 하여 평가하고 있는 것으로 보인다.

(아) 원고는, 일반기업회계기준이 2011. 10. 개정되면서 임대차보증금을 현재가치 평가대상에서 제외하였다는 점을 든다.그러나 세법과 기업회계는 그 목적과 취지가 다른 점(대법원 2018. 5. 11.선고 2017두43173 판결 등), 상증세법상 보충적 평가방법에 관한 규정들은 과세 행정을 위하여 일률적이고 간이한 방법으로 가치를 산정하는 것인 점, K-IFRS(한국채택국제회계기준)에서는 임대차보증금 반환채무를 원칙적으로 현재가치로 할인평가하도록 정하고 있는 점(제1007호 문단 17, 제1116조 문단 26, 27 등) 등을 고려하면, 원고가 드는 사정만으로 이 사건 임대보증금 채무 전액을 부채로 평가하여야 한다고 볼 수 없다.

(자) 원고는 이 사건 시행령 및 시행규칙 조항이 개정된 연혁과 취지를 고려하면, 현재가치 할인평가의 대상은 시설물이용권에 대한 입회금ㆍ보증금에 한정된다고 주장한다.

서울행정법원 2024. 3. 21. 선고 2023구합66696 판결16), 서울행정법원 2021. 10. 5. 선고2020구합81809 판결 등은 ‘이 사건 시행령 및 시행규칙 조항에 따라 입회금ㆍ보증금 등의 채무가액은 현재가치로 할인평가되는바, 이는 골프장업이나 리조트업 등을 영위하는 법인 등이 부담하는 입회금ㆍ보증금 등에 관한 채무가액을 위 적정할인율에 의하여 현재가치로 할인한 금액으로 산정함으로써 입회금ㆍ보증금 등에 관한 채무액이 과다하게 산정되는 것을 방지하는데 그 목적이 있다’고 판시한 바 있다. 그러나 ① 앞서 본 바와 같이 임대차보증금과 시설물이용권에 대한 보증금 등은 유사한 성격을 가지고, 위 각 보증금은 원칙적으로 약정기간 동안 반환할 의무가 없으므로 그 반환할 기간을 고려하여 현재가치로 할인한 금액을 부채로 평가하여야 상증세법 제60조에 규정된 시가주의에 부합하게 된다는 점에서 차이가 없는 점, ② 따라서 입회금ㆍ보증금 등에 관한 채무액이 과다하게 산정되는 것을 방지하려는 목적은 이 사건과 같이 임대차계약기간이 장기간(20년)인 경우의 임대차보증금에도 동일하게 적용될 수 있는 점, ③ 이 사건 시행령 조항에서는 현재가치 할인평가의 대상을 ‘시설물이용권에 대한 입회금ㆍ보증금 채무’로 한정하고 있지 않은 점, ④ 당초 구 상속세 및 증여세법 시행령상 채무에 대한 할인평가 근거규정이 없을 때부터, ‘소득세법 제94조 제1항 제4호 나목의 규정에 의한 시설물이용권에 대한 입회금ㆍ보증금 등으로서 원본의 회수기간이 정하여지지 아니한 것은 그 회수기간을 5년으로 본다’는 이 사건 시행규칙 조항 단서가 이미 존재하고 있었고, 구 상속세 및 증여세법 시행령 제58조 제2항이 2010. 2. 18. 개정되면서 채무가액에 대한 할인평가 근거가 뒤늦게 추가된 것인바, 이사건 시행령 조항에 따라 할인평가되는 채무가 이 사건 시행규칙 조항 단서의 ‘시설물이용권에 대한 입회금ㆍ보증금’에 한정된다고 반대로 해석하는 것은 오히려 해당 규정의 개정 연혁에 맞지 않는다고 보이는 점 등을 종합하면, 원고가 드는 사정만으로 임대차 보증금 반환채무가 현재가치 할인평가의 대상이 되지 않는다고 할 수 없다.



라) 이 사건 시행령 및 시행규칙 조항의 위헌ㆍ무효 여부



(1) 관련 법리

법규명령이 법률의 위임 범위를 벗어났는지는 직접적인 위임 법률조항의 형식과 내용뿐만 아니라 법률의 전반적인 체계와 목적 등도 아울러 고려하여 법률의 위임 범위나 한계를 객관적으로 확정한 다음 법규명령의 내용과 비교해서 판단해야 한다. 법규명령의 내용이 위와 같이 확정된 법률의 위임 범위 내에 있다고 인정되거나 법률이 예정하고 있는 바를 구체적으로 명확하게 한 것으로 인정되면 법규명령은 무효로 되지 않는다(대법원 2021. 7. 29. 선고 2020두39655 판결 참조).



(2) 판단(가) 원고는, 상증세법 제63조 제1항 제2호는 ‘국채, 공채 등 그 밖의 유가증권의 평가’에 대하여만 대통령령에 위임하고 있을 뿐이므로, 만약 이 사건 시행령 및 시행규칙 조항이 임대차보증금 반환채무의 평가에 대하여도 적용된다고 본다면, 위 각

조항은 모법인 상증세법 제63조 제1항 제2호의 위임범위를 벗어난 것으로서 위법ㆍ무효

라고 주장한다.

(나) 그러나 ① 상증세법은 제4장에서 ‘재산의 평가’에 대하여 규정하고 있는데, ‘재산’에는 통상 적극재산 뿐 아니라 소극재산(채무 등)도 포함될 수 있는 점, ② 상증세법 제63조 제1항 제1호 다목은 ‘나목 외의 주식 및 출자지분으로서 거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(= 비상장주식)은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다’고 규정하고 있고, 비상장주식의 평가를 위하여는 필연적으로 해당 법인의 자산과 부채 등의 평가가 이루어질 수 밖에 없는바, 위 규정을 이 사건 시행령 조항 ‘입회금ㆍ보증금 등의 채무가액’ 부분의 위임 근거로 볼 여지가 있는 점, ③ 원고 주장대로라면 상증세법에서 ‘채무’에 대한 평가 근거규정을 두지 않은 이상, 상증세법 시행령 및 상증세법 시행규칙에서 부채의 평가에 관하여 규정한 것은 모두 위임범위를 벗어나 무효라는 것이므로, 시설물이용권에 대한 입회금ㆍ보증금 반환채무 조차도 할인평가의 대상이 될 수 없는 것인 점, ④ 그러나 앞서 본이 사건 시행령 및 시행규칙 조항의 개정 연혁과 대법원은 리조트 회사의 주식 가치를 평가함에 있어서 순자산가액 계산 시 입회보증금을 현재가치로 할인평가한 가액만을 부채로 차감한 것이 적법하다는 취지로 판시한바 있는 점(대법원 2024. 4. 12. 선고2020두54265 판결) 등을 고려하면, 이 사건 시행령 및 시행규칙 조항이 모법의 위임범위를 벗어나 위법ㆍ무효라고 할 수 없다

.

마) 이 사건 임대보증금 상당액과 현재가치할인액의 차액을 부채로 보아야 하는지 여부

(1) 원고는 ‘임대보증금 반환채무에 채무가액의 할인평가에 관한 규정을 적용하는 경우, 임대보증금의 현재가치할인액을 부채로 하는 이외에 임대보증금과 현재가치할인액의 차액을 선수수익(현재가치할인차금 상당액)으로 하여 이를 부채에 포함하여야 한다’고 주장한다.



(2) 그러나 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 임대보증금 상당액과 현재가치할인액의 차액을 부채에 포함하여야 한다고 볼 수 없다.



(가) 이 사건 시행령 및 시행규칙 조항은, 입회금ㆍ보증금 등에 관한 채무가액을 적정할인율에 의하여 현재가치로 할인한 금액으로 산정함으로써 부채인 입회금ㆍ보증금 등이 과다하게 산정되는 것을 방지하려는 취지이다. 그런데 원고의 주장에 따르면 결국 이 사건 임대보증금 전액(현재가치할인액 + 차액에 해당하는 선수수익)을 전부 순자산가액 계산 시 공제해야 한다는 것인데, 이는 위 조항들의 문언 및 취지에 정면으로 반한다.

(나) K-IFRS에 의한 회계처리 시, 임대보증금 반환채무는 최초 인식시 공정가치(미래에 지급할 현금흐름을 적정 이자율로 할인한 현재가치)를 기준으로 계상하고,명목가액과 현재가치의 차액을 선수수익 등으로 처리하여 기간 경과에 따라 수익으로 인식하게 된다. 그러나 세법과 기업회계는 그 목적과 취지가 달라 법인세법령에서 별도로 규정을 두고 있는 점(대법원 2018. 5. 11. 선고 2017두43173 판결 참조), 법인세법상 보증금은 공정가액(현재가치할인액)이 아닌 명목가액으로 인식되고 선수수익은 법인세법상 부채가 아니어서 세무조정의 대상인 점 등을 고려하면, 상증세법령에 따른평가 시 이 사건 임대보증금의 명목가액을 이 사건 시행령 및 시행규칙 조항에 따라 현재가치로 할인평가하여 순자산가액에서 공제하는 것이지, 할인평가된 금액과 명목가액의 차액을 선수수익이라는 부채로 재인식하여 순자산가액에서 추가로 공제할 수는 없다고 봄이 타당하다.

(다) 대법원은 리조트 회사의 입회보증금이 문제된 사안에서, ‘회원들로부터 수령한 입회보증금 중 관련 규정에 따라 현재가치로 할인하여 평가한 가액만을 두 리조트 회사의 순자산가액 계산 시 부채로서 자산에서 차감할 수 있을 뿐, 입회보증금 전액을 부채로 보아 자산에서 차감할 수는 없다고 판단’한 원심의 판단에 법리오해가 없다고 판시하였다(대법원 2024. 4. 12. 선고 2020두54265 판결).



5) 이 사건 평가액에 대한 판단

이상의 사정들에 더하여, 앞서 채택한 각 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 평가액은 상증세법령의 규정에 따라 산정된 금액으로서 시가에 해당한다고 봄이 타당하다.



가) 앞서 본 바와 같이 이 사건 양도가액을 시가로 볼 수 없고, 달리 이 사건 주식에 관하여 객관적 교환가치를 적정하게 반영하는 거래 실례가 있었던 것으로 보이지도 않으므로, 이 사건 주식의 시가를 산정하기 곤란한 경우에 해당한다고 볼 수 있다. 따라서 상증세법 제63조 제1항 제1호 다목, 상증세법 시행령 제54조가 정한 보충적 평가방법에 따라 이 사건 주식의 가액을 평가할 수 있다.

나) 앞서 본 바와 같이, 이 사건 임대보증금이 이례적인 가격이어서 이 사건 건물의 정당한 가치를 반영하지 못한다고 보기는 어려우므로, 피고가 상증세법 제66조 제3호, 상증세법 시행령 제63조 제1항 5호에 따라 이 사건 임대보증금을 기준으로이 사건 건물의 가치를 산정한 것은 타당하고, 피고가 상증세법 시행령 제58조 제2항, 상증세법 시행규칙 제18조의2 제2항에 따라 이 사건 임대보증금 반환채무의 가액을 할인평가하여 부채에 산입한 것 또한 타당하다. 따라서 이 사건 주식의 평가를 위한**@@@의 자산 및 부채의 산정에 어떠한 위법이 있다고 할 수 없다.



다) 관련 형사사건의 항소심에서 %%회계법인이 DCF법17)에 따라 이 사건 주식의 가치를 평가한 결과, 2016. 4. 30. 기준 약 2,615억 내지 3,578억 원으로 산정된 사실은 인정된다.

그러나 상증세법 시행령 제49조 제1항 제2호는 상증세법 제60조 제2항 후단에 의하여 시가로 인정되는 가액에서 비상장주식에 대한 감정가액을 명시적으로 제외하고 있고, 그 취지는 비상장주식에 대한 감정평가방법을 달리함에 따라 다양한 감정가액이 산출됨으로써 조세공평의 원칙에 반하는 결과가 초래되는 것을 방지하기 위하여 그 평가방법을 상증세법 시행령이 정하는 보충적 평가방법으로 통일하고자 하는 데 있는 점, 비상장주식의 경우 일반적으로 불특정 다수인 사이에 거래가 이루어지지 아니하므로 감정평가에 의하여 상증세법 제60조 제2항 전단 규정의 시가를 도출하기도 어려운 점 등을 고려하면, 비상장주식에 대한 감정가액은 특별한 사정이 없는 한 구상증세법 제60조 제2항의 시가에 해당한다고 할 수 없다(대법원 2011. 5. 13. 선고 2008두1849 판결 참조). 그리고 보충적 평가방법은 시가를 산정하기 어려운 경우에 재산의 가액산정 방법을 법령에 규정한 것으로, 그에 따라 재산의 가액을 산정함으로써 시가에 근접한 가액을 정하고 과세관청의 자의성을 배제하고자 하는 데 그 목적이 있는바,이 사건 주식의 시가를 산정하기 어려운 이 사건에서 피고가 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 이 사건 건물의 가액을 산정한 것에 대하여 감정평가결과를 들어 다투는 것은 부적절하다.

이에 더하여, ① DCF법은 기업의 영업활동으로부터 발생하는 잉여현금흐름(FCF)을 기업이 필요한 자금을 동원하는데 소요되는 기회비용인 가중평균자본비용(WACC)으로 할인하여 기업의 수익가치를 구하고, 여기에 기업이 보유한 비업무용자산의 가치를 더한 후 타인자본인 부채를 차감하는 방법으로 계산하는 것인데, 평가자의 재량에 따른 미래예측 및 판단에 기초하는 방식이기에 각 추정치가 평가자의 시각에 따라 다양하게 나타나게 되므로(대법원 2013. 9. 26. 선고 2013도5214 판결 참조) 자의적인 요소가 개입될 가능성이 높은 점, ② **@@@은 전체 자산 중 부동산의 비중이 높은 회사인바, 이처럼 회사재산이 대부분 부동산, 기계장치 등의 고정자산으로 구성되어 있는 경우에는 수익가치보다는 자산가치를 많이 고려하는 것이 적정한 주식가치 평가방법인 점, ③ 그런데 위 %%회계법인의 가치평가에 이용된 DCF법은 영업용부동산의 가치가 실제보다 적게 반영되어 **@@@의 주식의 가치를 산정하는 데 적절한 방법이 아닌 점, ④ 채권단인 ****은행이 2015. 7.경 ■■회계법인, ○○회계법인에 **@@@의 가치평가를 의뢰한 결과, ■■회계법인은 5,928억 원, ○○회계법인은 5,989억 원이라고 평가하였고, **그룹 내부에서 2015. 9.경 ★★회계법인에 대해서도 **@@@의 주식가치 평가를 의뢰하고자 하였을 때 이 사건 주식이 2015. 6. 30. 기준 5,056억 원으로 평가되기도 하는 등 DCF법에 따른 평가결과 사이에 차이가 매우 큰 점 등을 종합하면, %%회계법인의 가치평가 결과를 근거로 이 사건 평가액을 다투는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.라) 관련 형사사건의 항소심에서 ‘이 사건 양도가액이 **@@@ 주식가치를 적정하게 반영한 가격이거나 적어도 적정한 주식가치에 비하여 현저하게 저가로 결정된 가격은 아니라고 보아야 한다’고 판단하여, 박@@의 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(배임) 혐의에 대하여 무죄를 선고한 사실은 인정된다.

그러나 형사재판에서의 유죄판결은 공소사실에 대하여 증거능력 있는 엄격한 증거에 의하여 법관으로 하여금 합리적인 의심을 배제할 정도의 확신을 가지게 하는 입증이 있다는 의미인 반면, 무죄판결은 그러한 입증이 없다는 의미일 뿐이지 공소사실의 부존재가 증명되었다는 의미가 아니다(대법원 2009. 1. 30. 선고 2008다72660 판결 등 참조). 또한 민사책임과 형사책임은 그 지도이념과 증명책임, 증명의 정도 등에서 서로 다른 원리가 적용되므로, 이 사건 양도로 인하여 원고에게 손해가 발생한 사실을 인정할 수 없다고 하여 무죄가 선고된 사안에서, 그러한 사정만으로 원고에 대한 이 사건 행정소송에서 이 사건 처분의 적법성이 부정된다고 단정할 수 없다(대법원2018. 4. 12. 선고 2017두74702 판결 등 참조). 또한 이 사건 처분의 근거가 된 법인세법령은 특수관계인과의 거래에서 자산을 시가보다 낮은 가액으로 양도한 경우를 부당행위계산 부인의 대상으로 규정하고 있고(법인세법 제52조 제1, 2항, 법인세법 시행령 제88조 제1항), 그 기준이 되는 ‘시가’와 관련하여 원칙적으로 특수관계인이 아닌 자와의 거래가격을 기준으로 하되(법인세법 시행령 제89조 제1항), 시가가 불분명할 경우에는 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 평가한 가액에 따라 판단한다고 명시하고 있다(제89조 제2항 제2호). 조세법률주의의 원칙상, 피고가 위 규정에 따라 이 사건 주식의 상증세법상 보충적 평가방법에 따른 가액을 산정하여 이를 근거로 원고에 대하여 부당행위계산 부인 규정을 적용한것은 타당하며, 법인세법상 부당행위계산 부인 여부가 형사상 배임죄의 성립 여부에 대한 판단기준과 항상 동일하다고 보기는 어렵다. 따라서 관련 형사사건 항소심의 판단이 이 사건 평가액을 법인세법 제52조 제2항의 시가로 보는 데에 방해가 된다고 할 수 없다.



사. 이 사건 가산세 처분의 위법 여부

1) 관련 법리

구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘국세기본법’이라 한다) 제26조의2 제1항 제1호, 제47조의3 제2항 제1호 등에 규정된 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’ 또는 ‘부정행위’란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 적극적 은닉 의도가 나타나는 사정이 덧붙여지지 않은 채 단순히 세법상의 신고를 하지 않거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 여기에 해당하지 않는다. 또한 납세자가 명의를 위장하여 소득을 얻더라도, 명의위장이 조세포탈의 목적에서 비롯되고 나아가 여기에 허위 계약서의 작성과 대금의 허위지급, 과세관청에 대한 허위의 조세 신고, 허위의 등기ㆍ등록, 허위의 회계장부 작성ㆍ비치 등과 같은 적극적인 행위까지 부가되는 등의 특별한 사정이 없는 한, 명의위장 사실만으로 국세기본법 제47조의3 제2항 제1호 등에서 정한 ‘사기나 그밖의 부정한 행위’ 또는 ‘부정행위’에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2020. 12. 10. 선고 2019두58896 판결 참조).



2) 판단

가) 이 사건 양도 무렵 원고의 대표이사였던 박@@가 적극적으로 관여하여 이 사건 양도가액에 부합하는 금액으로 이 사건 가치평가 보고서를 만들도록 한 사실, 박@@ 등은 회계법인의 가치평가 보고서들 중 이 사건 양도가액보다 금액이 높게 평가된 보고서들이 있음에도 의도적으로 이를 발행하지 않은 사실 등은 인정된다.

나) 그러나 앞서 채택한 각 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 2016 사업연도 법인세 신고 시 이 사건 가치평가 보고서를 제출한 바는 없는 점, ② 법인세법 및 상증세법령에 의하면 주식 등에 대한 감정가액은 시가에 해당하지 않고, 부당행위계산의 부인에 관하여 적용기준이 되는 ‘시가’에 대한 주장ㆍ증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있는바(대법원 2018. 7. 26. 선고 2016두40375 판결 참조), 이사건 주식에 대한 회계법인의 가치평가 보고서들이 과세의 근거가 되는 거래관계서류에 해당한다고 보기는 어려운 점, ③ 피고는 상증세법상 보충적 평가방법으로 이 사건

주식의 가치를 평가하여 이 사건 법인세 처분을 하였는바, 원고가 이 사건 주식에 대하여 특정 가치평가 보고서를 발행하거나 발행하지 않은 것이 피고가 이 사건 법인세처분을 함에 있어서 어떠한 장애가 된다고 보기 어려운 점, ④ 달리 원고가 법인세 산

정의 기초가 되는 회계자료, 계약서류, 영수증 등을 허위로 작성하거나 위조하였다는 등의 사정도 없는 점 등을 종합하면, 원고가 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나

현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 하였다고 보기 어렵다.



다) 따라서 이 사건 가산세 처분은 위법하다.



아. 취소의 범위

1) 이 사건 처분 중 원고에게 부정과소신고가산세를 적용한 이 사건 가산세 처분은 위법하여 취소되어야 하며, 한편 앞서 본 바와 같이 피고는 2022. 1. 3. 2016 사업연도 법인세 부과처분을 함에 있어서, 이 사건 주식의 가치를 581,600,949,490원으로 잘못 평가하고 그 세액을 산정하였으므로, 이 사건 처분 중 이 사건 주식의 가치를다.

2) 이에 따라 이 사건 주식의 가치를 578,770,799,869원으로 하고 원고에 대하여 일반과소신고가산세(10%)를 적용함에 따라 계산된 정당세액은 76,689,700,542원18)(가산세 포함)이므로, 피고가 2022. 1. 3. 및 2022. 3. 4. 원고에 대하여 한 2016 사업연도 법인세 부과처분은 위 금액을 초과하는 범위에서 위법하여 취소되어야 한다.



4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고 나머지

청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.