심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 2004.12.16. 서울특별시 교육감으로부터 「공익법인 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립허가를 받아 장학재단을 운영하고 있는 공익법인이다.



나. 서울지방국세청장(이하  "조사청”이라 한다)은 청구법인의 주식보유 의무이행 사항을 점검한 결과, 청구법인이 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 주식등을 출연받은 후, 2022∼2023사업연도(이하  "쟁점사업연도”라 한다)에 「상속세 및 증여세법」(이하  "상증세법”이라 한다) 제48조 제11항에서 규정하고 있는 출연재산가액에 100분의 1 이상을 공익목적사업에 사용하여야 하는 요건을 충족하지 못한 것으로 보아, 상증세법 제48조 제1항 및 제11항에 따라 발행주식총수의 5% 초과분을 증여세 과세가액에 산입하고, 같은 법 제48조 제2항 제7호에 따라 의무사용 미달금액의 10%에 상당하는 가산세 부과하여야 한다는 과세자료를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2025.3.18. 청구법인에게 ＜표1＞과 같이 2022년∼2023년 귀속 증여세 합계 OOO원을 결정ㆍ고지하였다.

＜표1＞ 증여세 부과내역

○○○



다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.5.30. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



(1) 청구법인의 보유주식은 모두 2016년 이전 출연받은 것이어서 공익법인의 의무지출제도 관련 규정의 부칙에 따르면 자산가액 재평가 대상에 해당하지 아니하고, 그 경우 청구법인은 상증세법상 출연재산 의무사용요건을 충족하므로 이 건 처분은 법률에 위배된다.



(가) 2016.12.20. 법률 제14388호로 개정된 상증세법 제48조 제2항 제7호(이하  "쟁점규정①”이라 한다)의 부칙은 아래와 같다.



(나) 쟁점규정①에 후속하여 2017.2.7. 대통령령 제27835호로 개정된 상증세법 시행령 제38조 제18항(이하  "쟁점시행령규정”이라 한다)의 부칙은 아래와 같다. 쟁점시행령규정은 2020.2.11. 같은 조 제19항으로 개정되었다가, 2024.2.29.에 다시 같은 조 제18항으로 개정되어 현재에 이르고 있다.



(다) 한편, 2020.12.22. 법률 제17654호로 개정된 상증세법 제48조 제11항 제2호의 규정(이하  "쟁점규정②”라 한다)의 부칙은 아래와 같다.



그렇다면 쟁점규정①은 ‘2018.1.1. 이후 개시하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도 분부터 적용’하고, 쟁점시행령규정은 ‘2018.1.1. 이후 상속이 개시되거나 증여를 받는 분부터 적용’하는 것으로 해석할 수 있다.



(라) 쟁점규정② 부칙＜법률 제17654호, 2020.12.22.＞은 제5조(공익법인등의 요건 등에 관한 경과조치)에서 ‘2022.1.1. 이후 개시하는 과세기간 또는 사업연도부터 적용한다’고 되어 있으나, 쟁점규정① 및 쟁점시행령규정의 자산가액 재평가 규정에 대하여는 부칙＜법률 제14388호, 2016.12.20.＞ 및 부칙＜대통령령 제27835호, 2017.2.7.＞이 계속 유효하게 적용되고 있으므로, 출연재산 의무사용 요건 충족여부를 검토하기 위한 자산가액 재평가는 ‘2018.1.1. 이후 법 시행 이후 상속이 개시되거나 증여를 받는 분부터 적용’하여야 한다.



＜표2＞ 공익법인 지출의무 제도 관련 세법 조항 연혁 요약

○○○



(마) 쟁점규정①이 2016.12.20. 제정된 이래 수차례의 법률개정에도 불구하고 하위법령인 쟁점시행령규정에 위임된 출연재산 평가규정의 적용시기에 대한 개정사항은 없었다. 따라서 쟁점시행령규정은 부칙＜대통령령 제27835호, 2017.2.7.＞ 제1조 및 제2조에 의하여  "2018.1.1. 이후 상속이 개시되거나 증여를 받는 분부터 적용”하여야 할 것이다.



그런데 청구법인의 보유주식은 모두 2016년 이전에 출연받은 것이어서 2022년 청구법인의 출연재산 의무사용 요건 충족여부 검토 시 쟁점시행령규정에 의한 자산가액 재평가 대상이 아니라고 보아야 한다. 이 경우 청구법인의 보유주식에 대하여 장부가액을 적용하여 출연재산 의무사용 요건 충족여부를 검토하는 경우, 출연재산 의무사용 요건을 충족한다.



따라서 처분청이 청구법인 보유주식에 대하여 의무지출금액 이상을 직접 공익목적사업에 사용하지 아니한 것으로 보아 증여세 및 가산세를 과세한 것은 관련 법령에 근거하지 않은 위법한 것이어서 이 건 처분은 취소되어야 한다.



(2) 이 건 처분은 청구법인의 재산권을 중대하게 침해한 것이다.



(가) 출연재산 의무사용 요건을 검토시 보유자산을 재평가하는 경우, 출연시기가 오래된 주식이나 부동산을 보유한 공익법인에게는 위배될 가능성이 현저히 높다. 청구법인의 장학금 지급 재원은 출연주식의 배당수익과 부동산 임대수입이 주된 원천이다. 그러나 배당규모는 발행회사의 경영판단에 따라 결정되고, 부동산 임대료 역시 단순히 지가 상승만으로 자유롭게 인상할 수 있는 성격이 아니기 때문에 이러한 사업수입은 청구법인이 임의로 늘릴 수 없다.



그럼에도 처분청은 쟁점시행령규정의 자산재평가액을 기계적으로 반영하여 의무사용 요건을 판단하였다. 그 결과 청구법인은 실제 지급하는 장학금보다 약 3배를 더 지출해야 요건을 충족하는 것으로 산정되었다. 세법상 요건을 맞추기 위해 장학금을 대폭 증액하려면 자산 처분 외에는 방법이 없다. 그러나 출연주식과 부동산은 모두 「공익법인 설립ㆍ운영에 관한 법률」상 기본재산으로서 처분 시 주무관청 허가가 필요하다. 결국 매년 기본재산을 처분해야 하는 모순에 빠지고, 이는 출연재산의 잠식을 가속화하며 상증세법 제48조의 입법취지에도 어긋난다.



(나) 또한 처분청의 방식에 의하여 의무사용요건을 계속적으로 충족하지 못한 경우를 가정할 경우에도 2022년을 제외한 다른 모든 사업연도에는 가산세의 제재를 받게 되는데 2022년의 경우에만 증여세를 추가로 과세하는 것은 기간 간 과세형평에도 맞지 않는 가혹한 제재이다.



더욱이 세법은 공익법인이 의무사용 기준을 미달한 경우에 대해 제재 사항만을 규제하고 있을 뿐, 초과사용한 경우 초과지출액에 대한 이월을 허용하는 규정이 없어 특정한 사업연도에 지출액이 매우 큰 경우에도 바로 다음 해에 의무사용 기준을 조금이라도 미달하면 세법상 제재를 피할 수 없는 구조로 되어 있다. 이는 공익법인의 운영 현실을 도외시한 채 형식적 기준만을 강제하는 것으로 불합리하다.



(3) 이 건 과세처분은 과도한 이중제제이다.



(가) 처분청이 근거로 제시한 판결(부산고등법원 2022.6.22. 선고 2021누10145 판결)을 보면 납세자에게 강화된 제재기준을 적용하려면 적어도 부칙규정의 적용범위를 다시 제한하였어야 하고, 초과보유주식을 처분할 수 있는 유예기간도 두었어야 하는데, 이러한 조치 없이 바뀐 법령을 적용하여 제재를 가하는 것은 불합리한 입법의 결과라 할 수 있고, 이러한 불합리한 입법으로 인한 불이익을 납세자에게 가하는 것은 타당하지 않다고 판시하였다.



또한 처분청이 제시한 기획재정부 해석(조세정책과-437, 2025.3.13.)은 상증세법 제48조 제11항 제3호의 이사 구성 요건에 관한 것으로, 쟁점규정의 의무지출기준 산정을 위한 출연재산 평가와는 무관하다. 이사회 구성요건 위반은 공익법인의 직접적인 행위에 기인하나, 출연재산 가치 상승은 청구법인의 행위나 의도보다는 외부 경제환경 변화에 따른 것이므로 귀책 사유가 명백히 다르다.



(나) 처분청은 공익법인회계기준 및 일반기업회계기준에 따라 매 회계연도말 보유 자산을 공정가치로 평가해야 하므로 쟁점시행령규정의 자산가액 재평가 규정을 적용하는 것이 정당하다고 주장하나, 공익법인회계기준은 일반기업회계기준을 원용하되, 비상장주식과 같이 공정가치를 신뢰성 있게 측정할 수 없는 경우에는 취득원가로 평가하도록 하고 있다. 나아가 상증세법상 평가는 조세 목적의 특수평가 방식으로, 일반기업회계기준에서는 목적적합성이나 신뢰성 있는 공정가치 평가방법으로 인정하지 않는다. 따라서 상증세법상의 평가 결과를 회계처리에 그대로 반영할 수 없고, 처분청이 제시하는 바와 같이 청구법인이 매년 말 상증세법상 재평가를 통해 의무지출금액을 산정했어야 한다는 논리는 타당하지 않다.



(다) 결국 쟁점규정①ㆍ② 및 쟁점시행령규정은 적용 범위를 다시 제한하거나 유예기간을 두지 않은 채 기존 출연재산까지 확대 적용함으로써 납세자의 법적 안정성과 예측가능성을 침해하였다. 또한 의무지출금액 산정을 위한 상증세법상 자산가액 재평가는 회계기준과도 부합하지 않으며, 공익법인의 직접적인 행위와 무관한 자산 가치 상승을 이유로 증여세와 가산세를 중복 부과하는 것은 과도한 제재이다.



(4) 이 건 과세처분은 세법의 입법 취지와 어긋난다.



(가) 이 건 과세처분액 약 OOO원은 청구법인의 9년간 사업비용에 해당하는 규모이다. 청구법인은 매년 사업수입의 70% 이상을 목적사업인 장학금 지급에 사용해 왔다. 이를 두고 공익활동을 태만히 하였다고 평가하기는 어렵다.



세법이 공익법인에 대해 사후의무 준수사항을 규정하고 위반 시 제재를 부과하는 취지는, 공익법인이 상속세ㆍ증여세 과세가액 불산입 혜택만을 누리고 공익목적 활동을 소홀히 하는 것을 방지하기 위함이다. 특히 주식 출연의 경우 요건이 더욱 엄격한 이유는, ① 주식 출연을 통한 상속세ㆍ증여세 회피 및 특정 기업 지배력 확보를 차단하고, ② 공익법인이 의결권 행사를 통해 기업 경영에 부당하게 개입하거나 사익을 추구하는 것을 막기 위한 것이다.



그러나 청구법인은 출연받은 주식을 현재까지 단순히 장학사업 재원의 배당수입 확보 수단으로만 보유하였을 뿐, 특정 기업의 지배력 확보나 경영 간섭을 목적으로 의결권을 행사한 사실이 전혀 없다. 따라서 청구법인의 주식 보유가 위와 같은 입법 취지를 해치는 사례에 해당한다고 볼 수 없다.



(나) 쟁점규정②는 2022.1.1.부터 시행되었으나, 불과 2년 만인 2023.12.31.  "공익법인의 지출의무제도 합리화”를 이유로 삭제되었다(법률 제19932호). 이는 동 규정이 입법 당시부터 불합리한 요소를 내포하고 있었음을 보여주며, 짧은 기간 내 폐지된 사실은 그로 인한 과도한 제재와 이중적 불이익을 시급히 시정할 필요가 있었음을 방증한다. 따라서 청구법인에 대한 이 건 과세처분은 세법의 입법 취지와도 어긋나며, 결과적으로 정당성을 갖추기 어렵다.



나. 처분청 의견



(1)공익법인의 의무지출제도 법령 관련 부칙 규정은 시행일을 명확하게 명시하고 있고, 출연재산의 시가 평가를 하지 않을 경우 공익법인의 투명성 확보 및 공익활동 강화라는 입법 취지를 달성할 수 없으므로 의무사용 미달금액 산정을 위한 자산가액은 재평가하여야 하는바, 이 건 처분은 법률에 근거한 정당한 처분이다.



(가) 세법의 개정이 있을 경우에는 개정 전후의 법 중에서 납세의무가 성립될 당시의 세법을 적용하는 것이 원칙이다. 쟁점사업연도에 적용되는 법령은 2021.12.21. 법률 제18591호로 개정된 상증세법과 2022.12.27. 대통령령 제33140호로 개정된 상증세법 시행령 제38조 제19항(2020.2.11. 대통령령 제30391호로 개정된 것과 동일하므로, 이하 해당 규정을  "개정시행령규정”이라 한다)으로, 해당 법령에 따르면 내국법인 주식을 5% 초과하여 보유하고 있는 법인의 경우 출연재산의 1% 가액을 공익목적사업에 지출하여야 하며, 해당 의무를 위반할 경우 증여세를 부과하도록 하고 있다.

청구법인은 쟁점시행령규정 부칙 제2조를 근거로 2018.1.1. 이후 증여받은 분부터 자산의 평가규정이 적용된다고 주장하나, 쟁점사업연도에 적용되는 규정은 2020.2.11. 개정된 개정시행령규정으로 부칙 제7조에서 2021.1.1.이후 개시하는 사업연도부터 적용하도록 하였다.



위 부칙 제7조는 부칙 제2조의 특별조항으로서, 제2조의 적용이 배제되는 것이 명확하다. 이는 부칙 제1조에 시행령 제38조 제19항의 시행일이 별도로 규정되어 있음에도 불구하고 따로 적용례 조항을 둔 사실에서 부칙 제7조는 ‘적용례의 특례’임을 확인할 수 있다.



(나) 또한 2020.12.22. 쟁점규정②를 신설하면서 공익법인의 공익활동 강화 촉진을 위해 주식 5% 초과보유분에 대해 증여세를 추가 부과하도록 제도가 보강되었다. 쟁점규정②의 부칙 제1조(시행일)에 따르면 제48조 제11항 제2호의 개정 규정은 2022.1.1.부터 시행한다고 명확히 규정하였고, 제5조(공익법인등의 요건 등에 관한 경과조치)에 경과조치를 두어 제48조 제11항 제2호의 경우에는 2022.1.1. 이전 과세연도에 대해서는 종전 규정을 적용하도록 하였다. 개정법 부칙의 경과조치는 종전 규정은 시행일 전에 개시하는 과세기간 또는 사업연도 분까지만 적용하도록 규정한 것으로, 이후 사업연도에 대해서는 개정된 법령이 적용됨을 더욱 명확히 한 것이다. 따라서 쟁점사업연도에는 종전 규정이 적용될 여지가 없다.



(다) 공익법인 출연재산의 의무지출제도의 연혁을 살펴보면, 2017년 쟁점규정①을 신설(부칙에 따라 2018.1.1.부터 시행)함으로써 의결권 있는 주식 등을 5% 초과 보유하고 있는 법인(당시  "성실공익법인”이라 한다)에 대하여 요건 미충족 시 가산세를 부과하도록 하였다. 이후 2020년 출연재산을 공익목적에 적극 활용하는 것을 유도하기 위해 자산 5억원 또는 수입금액 3억원 이상인 공익법인까지 대상을 확대(2020.12.22. 법률 제17654호로 개정되기 전의 것)하였으며, 2021년 쟁점규정②를 신설하여 주식 5% 초과 보유분에 대해서는 증여세를 추가로 부과하도록 개정(2022.1.1.부터 시행)하였다. 의무지출제도의 입법ㆍ 개정취지는 공익법인의 공익성 제고를 목적으로 하고 있으며, 이를 위해 적용대상 및 불이익을 확대하였다.



따라서 쟁점규정①ㆍ②는 출연재산을 공익목적에 사용하도록 적극 유도하기 위하여 공익법인에게 출연재산의 일정 비율을 공익목적사업에 지출하도록 일률적으로 규정한 것이다. 즉 법률의 입법 취지 및 목적성을 고려한다고 하더라도 출연재산의 시가와 재무상태표 상 자산가액 사이에 괴리가 있는 경우 평가한 가액을 바탕으로 의무 지출 가액을 산정하여야 하고, 상증세법 시행령으로 정하는 비율(100분의 1)에 미달하게 공익목적사업에 지출한 것에 대하여 그에 상응하는 증여세 및 가산세를 부과하는 처분이 법령의 목적에 반하는 것이라 볼 수 없다.



(라) 내국법인의 주식을 5% 초과하여 보유할 수 있는 법인의 요건은 사회 상황에 따라 변동되는 것으로 종래까지도 지속적으로 개정되어 왔다. 또한 강화된 요건을 적용받는 주식의 범위에 관하여 공익법인이 기존에 출연받거나 취득하여 보유하던 주식도 포함할 것인지, 아니면 새로 출연받거나 취득하는 주식에 대하여서만 강화된 주식 보유기준을 적용할 것인지는 입법정책의 영역이다.



(마) 부칙을 통한 시행령의 적용범위 및 한계에 대하여 판례(부산고등법원 2022.6.22. 선고 2021누10145 판결)는 아래와 같은 기준을 제시하고 있다.



＜부산고등법원 2022.6.22. 선고 2021누10145 판결＞

○○○



최근 기획재정부 해석례(기획재정부 조세정책과-437, 2025.3.13.)에 따르더라도 성실공익법인 요건 개정에 의하여 성실공익법인에 해당하게 되지 않게 되는 경우, 2021년 이후 개시하는 과세기간 또는 사업연도 분에 대해서는 강화된 요건이 적용되도록 명확하게 하고 있다. 이는 공익법인이 주식 등을 특정 시점에 출연ㆍ 취득했다는 점으로 제한 규정을 무기한 면제해 줄 수 없다고 해석했음을 알 수 있다.



(바) 공익법인 회계기준에 따르면 유가증권의 평가는 매회계연도말 공정가치로 평가함이 적정하다. 상증세법 제50조의4 및 같은 법 시행령 제43조의4 등에 따라 제정된 공익법인 회계기준(기획재정부 고시 2017-35) 제37조는 유가증권평가에 대해 일반기업회계기준을 따르도록 하고 있으며, 매도가능증권에 대한 미실현보유손익은 순자산조정으로 인식하여, 처분시까지 이연하도록 하고 있다. 또한 일반회계기준 및 공익법인회계기준 실무지침서에 따르더라도 매도가능증권의 경우 원칙적으로 매 회계연도 말 공정가치로 평가하도록 하고 있다.



(2) 이 건 처분은 상증세법 제48조 법리에 따라 부과한 것으로 납세자의 재산권이 부당하게 침해한 것이 아니다.



(가) 상증세법 제48조 제11항은 공익법인이 출연받은 재산에 대한 공익 목적 사용의무 강화하여 공익법인의 투명성과 공익성을 제고하기 위한 것으로 상증세법 제48조 법리에 따라 청구법인에 증여세 및 가산세를 부과한 것으로 납세자의 재산권이 부당하게 침해된 것으로 볼 수 없다.



(나) 헌법상 기본권인 재산권은 법률이 정하는 바에 따라 제한될 수 있는 것이고(헌법 제37조 제2항), 제한을 넘어서는 침해가 발생하였는지 여부는 집행기관이 판단하는 것이 아니므로, 국가기관이자 법집행기관인 처분청은 법령에 따라 처분을 할 의무가 있으며, 처분의 결과 재산권 제한이라는 결과가 발생할 수 있는 것이다.



또한 입법자의 입법적 결단의 결과물인 법률과 그 위임을 받은 시행령에 근거한 처분인 과세처분은 그 자체로 당연히 적법한 것으로 추정되며, 제한의 정도가 크다는 이유만으로 당연히 기본권이 중대하게 침해되었다고 단정할 수 없다. 따라서 달리 헌법재판소 또는 대법원이 기본권이 침해되었다고 결정해주지 않는 한 집행기관은 기본권 침해 여부를 직접 판단할 수 없다.



(다) 내국법인의 주식을 5% 초과 보유하는 공익법인 중 대부분은 의무지출 요건을 충족하여 주식을 보유하고 있다는 사실은 이 건 관련 조항들과 그에 따른 처분청의 처분이 과도하지 않은 것임을 보여주는 방증이다. 오히려 다른 법인들과 달리 청구법인에 대하여만 과세형평을 이유로 법령 적용을 달리하는 것이 오히려 조세정의에 반하는 처분이라 할 것이다.



(3)이 건 처분은 과세형평에 따라 정당하다.



(가) 세법에서 공익법인에게 본래의 공익목적사업에 전념할 수 있도록 공익법인이 출연받은 재산에 대하여 상증세 과세가액 불산입 등의 각종 혜택을 부여하지만, 출연재산 의무지출과 운용소득 직접 공익목적에 사용 등 공익법인이 지켜야 할 의무 사항을 법에 규정하여 이를 위반할 경우 증여세나 가산세 등을 부과하고 있다.



그 중 내국법인의 주식을 5% 초과 보유하는 공익법인은 상증세법 제48조 제11항에서 운용소득을 일정비율 이상 직접 공익목적에 사용, 출연재산가액의 일정비율을 직접 공익목적이 사용, 이사의 구성에 대통령령이 정하는 요건 등을 충족하도록 규정하고 있다.



(나) 내국법인의 주식을 5% 초과 보유하는 공익법인 중 대부분이 이러한 의무를 충족하여 주식을 보유하고 있으나, 청구법인이 단순히 공익활동을 태만히 하지 않았다는 이유로 동일 요건의 공익법인들이 준수하고 있는 의무를 청구법인에게만 적용하지 않는 것은 조세평등주의에 위배되므로 당초 처분청의 과세처분은 법에 근거하여 정당하게 부과된 것이다.



(4) 이 건 처분은 과도한 이중제재로 볼 수 없다.



(가) 청구법인은 당초 처분청이 근거로 제시한 판례(부산고등법원2022.6.22. 선고 2021누10145 판결)에 근거하여 강화된 제재기준을 적용하기 위해서는 유예기간을 두었어야 한다고 주장하나, 판례에 따르면 기준 시점(판례상 2008년) 이전에 출연받은 재산에 대하여 개정 법률을 적용하고자 했다면 입법자가 개정 취지와는 상반된 문언을 입법한 오류를 범한 것이라 판시한 것이다. 따라서 부칙 규정이 당초 입법 의도와 다르게 입법되었을 경우를 가정한 것으로 본 청구내용과는 무관하며, 설령 입법의 오류가 있다하더라도 이는 법령 개정을 통해 바로 잡아야 할 것이지 창설적 해석을 해서는 안됨을 명확히 하고 있다.



또한 해당 판례에서 판단 근거가 된 2008년 개정 시행령 부칙 규정(2008.2.22.)은 제3조에 ‘이 영 시행 후 최초로 공익법인 등에 주식을 출연하거나 공익법인들이 주식 등을 취득하는 분부터 적용한다’고 규정되어 있다. 하지만 이 건 처분과 관련된 규정 부칙은 제1조 및 제7조에 시행시기와 적용시기를 2021년 이후 사업연도로 명확히 하고 있기에 해당 판례와 사실관계를 동일하게 볼 수 없다.



(나) 앞서 언급한 바와 같이 쟁점시행령규정은 성실공익법인의 의무적 공익목적사업 지출금액을 계산함에 있어 출연재산의 재무상태표상 가액이 상증세법 제4장에 따른 평가금액의 100분의 70이하인 경우 평가한 가액에 따르도록 하고 있으며, 부칙으로 2018.1.1.부터 시행하도록 규정하였다. 이후 2020.2.11. 시행령 제38조 제18항 규정을 제19항으로 개정하면서 부칙으로 2021년 이후 개정시행령규정이 적용되도록 하였다. 따라서 납세자는 2018년 이후 의무지출 금액을 계산함에 있어 출연재산의 평가가 이루어져야 한다는 것을 예측할 수 있었으며, 시행령이 2020년 2월 개정되어 2021.1.1. 이후 시행되었다는 점을 볼 때 보유한 주식을 처분할 수 있는 충분한 기회를 보장하지 않았다고 보기도 어렵다.



(다) 청구법인은 공익법인 등의 이사회 구성 요건 위반과 달리 출연재산 의무지출 요건은 공익법인에게 직접적인 귀책사유가 존재하지 않는다고 주장한다. 그러나 의무지출 기준 금액이 출연재산 평가금액의 1%에 불과한 점, 주식 가치 증가라는 외부적 요인에도 불구하고 주식의 처분 또는 공익사업의 확대 등 직접적인 행위에 의하여 충분히 요건 달성이 가능하다는 점에서 공익법인에게 요건 위반에 대한 책임이 없다고 할 수 없다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



청구법인이 출연재산가액의 일정비율 이상을 직접 공익목적사업에 사용하지 아니한 것으로 보아 증여세를 부과한 처분의 당부



나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인의 2022년 말 주식보유 현황은 아래 ＜표3＞과 같다.



＜표3＞ 청구법인의 2022년말 주식보유 현황

○○○



(2) 청구법인은 산정한 출연재산 의무사용 현황은 ＜표4＞, ＜표5＞와 같고, 조사청은 재무상태표상 가액이 상증세법 제4장에 따라 평가한 가액의 100분의 70 이하인 경우에 해당하여 이를 상증세법에 따라 재평가하였으며, 조사청이 산정한 출연재산 의무사용 현황은 ＜표6＞, ＜표7＞과 같다.



＜표4＞ 2022년 출연재산 의무사용 현황(청구법인)

○○○



＜표5＞ 2023년 출연재산 의무사용 현황(청구법인)

○○○



＜표6＞ 2022년 출연재산 의무사용 현황(처분청)

○○○



＜표7＞ 2023년 출연재산 의무사용 현황(처분청)

○○○



(3) 조사청의 증여세 부과내용은 아래와 같다.



(가) 2022년말 청구법인의 의결권 있는 보유주식(비상장주식)의 상증세법상 보충적 평가방법에 따른 평가액은 ＜표8＞과 같다.



＜표8＞ 보유주식의 보충적 평가액

○○○



(나) 조사청은 청구법인이 상증세법 제48조 제11항 요건을 미충족하므로 같은 법 제48조 제1항에 따라 2022년말 의결권이 있는 발행주식 출자총액 OOO원의 5% 초과분인 OOO원을 ＜표9＞와 같이 증여세 과세가액에 산입하였고, 사용의무사용 미달금액(출연재산가액의 1% 미달금액)의 10%에 상당하는 가산세를 위 ＜표1＞과 같이 부과하였다.

＜표9＞ 5% 초과 보유주식에 대한 증여세 과세가액

○○○



(4) 관련 규정에 대한 기획재정부의 개정세법 해설 내용은 다음과 같다.



(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 보유한 주식이 모두 2016년 이전에 출연받은 것이어서 쟁점시행령규정 부칙에 따라 자산 재평가 대상에 해당하지 아니하고, 그 경우 상증세법상 출연재산 의무사용요건을 충족한다고 주장하나,



쟁점사업연도에 시행되는 상증세법(2021.12.21. 법률 제18591호로 개정된 것) 제48조 제11항 제2호 및 제2항 제7호에서, 공익법인등이 내국법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 주식 등을 출연받은 후, 출연재산가액에 1%에 미달하여 직접 공익사업목적에 사용한 경우, 제48조 제1항에 따라 증여세 과세가액에 산입하거나 같은 조 제2항에 따라 즉시 증여세(가산세)를 부과한다고 규정하고 있고, 출연재산가액을 산정함에 있어 상증세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32414호로 개정된 것) 제38조 제19항 단서에서 공익법인등이 제41조의2 제6항에 따른 공익법인등에 해당하거나 제43조 제3항에 따른 공익법인등에 해당하지 않는 경우로서 재무상태표상 자산가액이 법 제4장에 따라 평가한 가액의 100분의 70 이하인 경우에는 같은 장에 따라 평가한 가액을 기준으로 계산하도록 규정하고 있는바, 청구법인은 제43조 제3항에 정하는 규모를 초과하는 법인으로, 위 시행령 제38조 제19항 단서에 따라 재무상태표상 자산가액을 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 평가하는 것이 타당해 보이는 점,



청구법인은 재무상태표상 자산가액을 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 평가하는 경우 출연재산가액의 100분의 1 이상을 공익목적사업에 사용하지 못한 것으로 나타나는 점,



청구법인은 쟁점규정①이 신설된 시점의 쟁점시행령규정 부칙 제2조(일반적 적용례)에 따라 2018.1.1. 이후 증여받은 분에 한하여 자산 재평가 규정을 적용하여야 한다고 주장하나, 쟁점규정① 및 쟁점시행령규정 부칙 제1조에서 개정규정은 2018.1.1.부터 시행하도록 규정하고 있고, 쟁점규정① 부칙 제9조에서 제48조 제2항 제7호의 개정규정은 2018.1.1. 이후 개시하는 과세기간 또는 사업연도 분부터 적용하도록 규정하고 있으며, 쟁점규정② 부칙 제1조에서 개정규정은 2022.1.1.부터 시행하고, 제3조에서 개정규정은 2022.1.1. 이후 개시하는 과세기간 또는 사업연도 분부터 적용하도록 규정하고 있으며, 제5조 경과규정에서 시행일 전의 과세기간 또는 사업연도 분에 대해서는 종전규정을 따른다는 경과조치를 두고 있는 등, 출연재산가액의 1% 상당액 이상 의무지출과 관련한 개정규정은 자산의 출연시기와 관련없이 그 시행일 이후 개시하는 과세기간 또는 사업연도 분부터 적용하도록 규정하고 있으므로 청구주장을 받아들이기 어려워 보이는 점,



청구법인은 처분의 근거 법령이 재산권을 침해하였다거나 과다하다는 취지의 주장을 하고 있으나, 현재 이 건 처분이 되는 법령 규정이 헌법재판소 또는 대법원이 무효로 판단한 사실이 없으므로 각 규정은 유효하다고 보아야 하고, 처분 당시 유효한 법령에 근거로 한 처분은 달리 잘못이 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령



(1) 상속세 및 증여세법



(가) 2021.12.21. 법률 제18591호로 개정된 것



제16조【공익법인등에 출연한 재산에 대한 상속세 과세가액 불산입】① 상속재산 중 피상속인이나 상속인이 종교ㆍ자선ㆍ학술 관련 사업 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 사업을 하는 자(이하  "공익법인등”이라 한다)에게 출연한 재산의 가액으로서 제67조에 따른 신고기한까지 출연한 재산의 가액은 상속세 과세가액에 산입하지 아니한다.

② 제1항에도 불구하고 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서  "주식등”이라 한다)을 공익법인등에 출연하는 경우로서 출연하는 주식등과 제1호의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분은 제외한다. 이하 이 조에서  "발행주식총수등”이라 한다)의 제2호에 따른 비율을 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액을 상속세 과세가액에 산입한다.

2. 비율: 100분의 10. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 목의 구분에 따른 비율

가. 다음의 요건을 모두 갖춘 공익법인등(나목 또는 다목에 해당하는 공익법인등은 제외한다)에 출연하는 경우 : 100분의 20

1) 출연받은 주식등의 의결권을 행사하지 아니할 것

2) 자선ㆍ장학 또는 사회복지를 목적으로 할 것



나. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조에 따른 상호출자제한기업집단(이하  "상호출자제한기업집단”이라 한다)과 특수관계에 있는 공익법인등: 100분의 5

다. 제48조 제11항 각 호의 요건을 충족하지 못하는 공익법인등 : 100분의 5



제48조【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서  "주식등”이라 한다)을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각 호의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분은 제외한다. 이하 이 조에서  "발행주식총수등”이라 한다)의 제16조 제2항 제2호에 따른 비율을 초과하는 경우(제16조 제3항 각 호에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그 초과하는 가액을 증여세 과세가액에 산입한다.

1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

2. 출연자 및 그의 특수관계인이 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

3. 출연자 및 그의 특수관계인으로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

② 세무서장등은 제1항 및 제16조 제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조 제9항에 따른 가산세를 부과한다.

7. 다음 각 목의 공익법인등이 대통령령으로 정하는 출연재산가액에 100분의1(제16조 제2항 제2호 가목에 해당하는 공익법인등이 발행주식총수등의 100분의 10을 초과하여 보유하고 있는 경우에는 100분의 3)을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 금액(이하 제78조 제9항 제3호에서  "기준금액”이라 한다)에 미달하여 직접 공익목적사업(「소득세법」에 따라 소득세 과세대상이 되거나 「법인세법」에 따라 법인세 과세대상이 되는 사업은 제외한다)에 사용한 경우

⑪ 공익법인등이 내국법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 주식등을 출연(출연받은 재산 및 출연받은 재산의 매각대금으로 주식등을 취득하는 경우를 포함한다)받은 후 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하지 아니하게 된 경우에는 제16조 제2항 또는 제48조 제1항에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입하거나 같은 조 제2항에 따라 즉시 증여세를 부과한다.

2. 제2항 제7호에 따른 출연재산가액에 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 계산한 금액 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것

⑬ 제16조 제2항에 따라 내국법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 주식등을 출연받은 자 등 대통령령으로 정하는 공익법인등은 과세기간 또는 사업연도의 의무이행 여부 등에 관한 사항을 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 지방국세청장에게 신고하여야 한다.



제78조【가산세 등】⑨ 세무서장등은 공익법인등이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호의 구분에 따른 금액에 100분의 10에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. 이 경우 제1호와 제3호에 동시에 해당하는 경우에는 더 큰 금액으로 한다.

3. 제48조 제2항 제7호에 해당하는 경우 : 기준금액에서 직접 공익목적사업에 사용한 금액을 차감한 금액



＜부칙＞



제1조(시행일) 이 법은 2022년 1월 1일부터 시행한다.



제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 상속이 개시되거나 증여를 받는 분부터 적용한다.



(나) 2020.12.22. 법률 제17654호로 개정된 것



제48조【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】⑪ 공익법인등이 내국법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 주식등을 출연(출연받은 재산 및 출연받은 재산의 매각대금으로 주식등을 취득하는 경우를 포함한다)받은 후 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하지 아니하게 된 경우에는 제16조 제2항 또는 제48조제1항에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입하거나 같은 조 제2항에 따라 즉시 증여세를 부과한다.

2. 제2항 제7호에 따른 출연재산가액에 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 계산한 금액 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것



＜부칙＞



제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제48조제11항 제2호, 제60조 제1항 제2호 및 제65조제2항의 개정규정은 2022년 1월 1일부터 시행한다.



제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 상속이 개시되거나 증여를 받는 분부터 적용한다.



제3조(공익법인등의 요건 등에 관한 적용례) 제16조 제2항 제2호ㆍ제3항ㆍ제5항, 제48조 제2항ㆍ제9항ㆍ제11항부터 제14항까지 및 제49조제1항 단서의 개정규정은 이 법 시행(제48조 제11항 제2호의 경우는 2022년 1월 1일을 말한다) 이후 개시하는 과세기간 또는 사업연도 분부터 적용한다.



제5조(공익법인등의 요건 등에 관한 경과조치) 이 법 시행(제48조제11항 제2호의 경우는 2022년 1월 1일을 말한다) 전에 개시한 과세기간 또는 사업연도 분에 대해서는 제16조 제2항 제2호ㆍ제3항ㆍ제5항, 제48조제2항ㆍ제9항ㆍ제11항ㆍ제14항 및 제49조제1항 단서의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.



(다) 2016.12.20. 법률 제14388호로 개정된 것



제48조【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】② 세무서장등은 제1항 및 제16조 제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조 제9항에 따른 가산세를 부과한다.

7. 제16조 제2항, 제48조 제1항 및 같은 조 제2항 제2호에 따라 내국법인의 의결권 있는 주식등을 그 내국법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 보유하고 있는 성실공익법인등이 대통령령으로 정하는 출연재산가액에 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 금액(이하 제78조 제9항 제3호에서  "기준금액”이라 한다)에 미달하여 직접 공익목적사업에 사용한 경우



＜부칙＞



제1조(시행일) 이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제16조제2항 각 호 외의 부분 본문, 제48조 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 조 제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문 중 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 성실공익법인등에 대한 개정내용 및 제60조제5항의 개정규정은 2017년 7월 1일부터 시행하고, 제48조 제2항 제7호, 제50조의3 제1항, 제50조의4 제1항 및 제78조 제9항의 개정규정은 2018년 1월 1일부터 시행한다.



제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 상속이 개시되거나 증여를 받는 경우부터 적용한다.



제9조(공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등에 관한 적용례) ① 제48조 제1항, 같은 조 제2항 제2호 및 같은 조 제11항의 개정규정은 이 법 시행 이후 출연받거나 취득하는 분부터 적용한다. 다만, 제48조 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 조 제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문의 개정규정 중 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 성실공익법인등에 대한 개정내용은 2017년 7월 1일 이후 출연받거나 취득하는 분부터 적용한다.

③ 제48조 제2항 제7호 및 제78조 제9항의 개정규정은 2018년 1월 1일 이후 개시하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도 분부터 적용한다.



(2) 상속세 및 증여세법 시행령



(가) 2022.12.27. 대통령령 제133140호로 개정된 것



제12조【공익법인등의 범위】법 제16조 제1항에서  "대통령령으로 정하는 사업을 하는 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자(이하  "공익법인등”이라 한다)를 말한다.

9. 「법인세법 시행령」 제39조 제1항 제1호 각 목에 따른 공익법인등 및 「소득세법 시행령」 제80조 제1항 제5호에 따른 공익단체가 운영하는 고유목적사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외한다.



제38조【공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리】19. 법 제48조 제2항 제7호에서  "대통령령으로 정하는 출연재산가액”이란 직접 공익목적사업에 사용해야 할 과세기간 또는 사업연도의 직전 과세기간 또는 사업연도 종료일 현재 재무상태표 및 운영성과표를 기준으로 다음의 계산식에 따라 계산한 가액을 말한다. 다만, 공익법인등이 제41조의2 제6항에 따른 공익법인등에 해당하거나 제43조 제3항에 따른 공익법인등에 해당하지 않는 경우로서 재무상태표상 자산가액이 법 제4장에 따라 평가한 가액의 100분의 70 이하인 경우에는 같은 장에 따라 평가한 가액을 기준으로 다음의 계산식에 따라 계산한 가액을 말한다.





제41조의2【공익법인등의 주식보유 요건 및 의무이행 신고】② 법 제48조 제11항 제2호에서  "대통령령으로 정하는 비율”이란 100분의 1을 말한다.

⑥ 법 제48조 제13항에서  "내국법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 주식등을 출연받은 자 등 대통령령으로 정하는 공익법인등”이란 같은 조 제11항 각 호의 요건을 모두 충족하여 법 제16조 제2항, 제48조 제1항, 같은 조 제2항 제2호, 같은 조 제9항 및 제49조 제1항에 따른 주식등의 출연ㆍ취득 및 보유에 대한 증여세 및 가산세 등의 부과대상에서 제외되는 공인법인등으로서 기획재정부령으로 정하는 공익법인등을 말한다.



제43조【공익법인등에 대한 외부전문가의 세무확인등】③ 법 제50조 제3항 제1호에서  "대통령령으로 정하는 규모 미만인 공익법인등”이란 회계감사를 받아야 하는 과세기간 또는 사업연도의 직전 과세기간 또는 직전 사업연도의 총자산가액 등이 다음 각 호를 모두 충족하는 공익법인등을 말한다. 다만, 제41조의2 제6항에 해당하는 공익법인등은 제외한다.

1. 과세기간 또는 사업연도 종료일의 재무상태표상 총자산가액(부동산인 경우 법 제60조ㆍ제61조 및 제66조에 따라 평가한 가액이 재무상태표상의 가액보다 크면 그 평가한 가액을 말한다)의 합계액이 100억원 미만일 것

2. 해당 과세기간 또는 사업연도의 수입금액과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액의 합계액이 50억원 미만일 것

3. 해당 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액이 20억원 미만일 것



＜부칙＞

제1조(시행일) 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.



(나) 2020.2.11. 대통령령 제30391호로 개정된 것



제38조【공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리】19. 법 제48조 제2항 제7호에서  "대통령령으로 정하는 출연재산가액”이란 직접 공익목적사업에 사용하여야 할 과세기간 또는 사업연도의 직전 과세기간 또는 사업연도 종료일 현재 재무상태표 및 운영성과표를 기준으로 다음의 계산식에 따라 계산한 가액을 말한다. 다만, 재무상태표상 가액이 법 제4장에 따라 평가한 가액의 100분의 70 이하인 경우에는 법 제4장에 따라 평가한 가액을 말한다.＜신설 2017.2.7., 2020.2.11.＞





＜부칙＞

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제38조제19항의 개정규정은 2021년 1월 1일부터 시행한다.



제2조(일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행 이후 상속이 개시되거나 증여받는 분부터 적용한다.



제7조(공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리에 관한 적용례) 제38조 제19항의 개정규정은 2021년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도부터 적용한다.



(다) 2017.2.7. 대통령령 제27835호로 개정된 것



제38조【공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리】&18. 법 제48조제2항 제7호에서  "대통령령으로 정하는 출연재산가액”이란 직접 공익목적사업에 사용하여야 할 과세기간 또는 사업연도의 직전 과세기간 또는 사업연도 종료일 현재 재무상태표 및 운영성과표를 기준으로 다음의 계산식에 따라 계산한 가액을 말한다. 다만, 재무상태표상 가액이 법 제4장에 따라 평가한 가액의 100분의 70 이하인 경우에는 법 제4장에 따라 평가한 가액을 말한다.



＜부칙＞



제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제54조 제1항 단서의 개정규정은 2017년 4월 1일부터 시행하고, 제13조 제7항, 제37조 제3항, 제49조 제7항ㆍ제8항, 제49조의2 제1항 제1호의2, 같은 조 제5항 제2호 및 제54조 제6항의 개정규정은 2017년 7월 1일부터 시행하며, 제38조 제2항ㆍ제9항ㆍ제18항ㆍ제19항, 제43조 제2항, 제43조의3 제1항ㆍ제2항, 제43조의4 제2항 및 제80조 제13항ㆍ제14항의 개정규정은 2018년 1월 1일부터 시행한다.



제2조(일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행 이후 상속이 개시되거나 증여받는 분부터 적용한다.



(3) 법인세법 시행령



제39조【공익성을 고려하여 정하는 기부금의 범위 등】① 법 제24조 제3항 제1호에서  "대통령령으로 정하는 기부금”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 각 목의 비영리법인(단체 및 비영리외국법인을 포함하며, 이하 이 조에서  "공익법인등”이라 한다)에 대하여 해당 공익법인등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금.

바. 「민법」 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인(이하 이 조에서  "「민법」상 비영리법인”이라 한다), 비영리외국법인, 「협동조합 기본법」 제85조에 따라 설립된 사회적협동조합(이하 이 조에서  "사회적협동조합”이라 한다), 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관 중 다음의 요건을 모두 충족한 것으로서 국세청장의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하여 고시한 법인. 이 경우 국세청장은 해당 법인의 신청을 받아 기획재정부장관에게 추천해야 한다.