심사청구를 기각한다.

1. 원 처분의 요지

가. 청구인은 독일에 소재하는 ■주식회사(■ AG)의 손자회사로 복합운송주선업 등을 영위하면서 해외 관계사와 함께 공급하는 운송용역1) 중 국외 화주가운송과 관련된 비용을 부담하는 조건의 수입화물 운송용역(이하  "이 사건 운송용역”이라 한다)을 「부가가치세법」제23조에 따른 외국항행용역으로 보아 2017년 제2기부터 2022년 제1기까지 이 사건 운송용역 중 국내에 제공한 운송용역(이하  "쟁점국내운송용역”이라 한다)에 대하여 영세율을 적용하여 부가가치세를 신고하였다.

나. 서울지방국세청(이하  "조사청”이라 한다)은 2022. 6. 23.부터 같은 해 8.24.까지 청구인에 대하여 법인통합조사를 실시하였고, 같은 해 9. 6. 처분청에 쟁점 국내운송용역이 「부가가치세법」에 따른 외국항행용역에 해당하지 않는다며일반세율(10%)을 적용하여 과세하라는 내용의 세무조사 결과를 통지하였다.

다. 처분청은 쟁점 국내운송용역과 관련하여 2022. 9. 7. 청구인에게 2017년제2기부터 2022년 제1기까지의 부가가치세 합계 3,180,364,930원2)(가산세782,044,336원 포함)을 부과ㆍ고지(이하  "이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하여 달라는 것이다.

나. 청구 이유

1) 청구인은 해외 관계사와 함께 쟁점 국내운송용역을 공급하면서 「표준거래약관」에 따라 계약 수임 단계부터 해외 관계사에 운송에 소요되는 비용을 제시하고 화주로부터 받은 운임에서 비용을 차감한 이익을 안분하며, 「위험관리정책」에따라 해외 관계사와 함께 화물 손상 책임을 지는 등 화주로부터 화물을 인수하여 자기의책임과 계산으로 용역을 제공하고 화주에게 그 대가를 받았으므로 쟁점 국내운송용역은 영세율이 적용되는 외국항행용역에 해당한다.

2) 과세관청이 쟁점 국내운송용역과 같은 용역에 대하여 상당한 기간에 걸쳐과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재하고, 영세율이 적용된다는 다수의유권해석3)을 하여 비과세 관행에 대한 묵시적 의사표시를 하였다고 봄이 타당하므로신의성실 원칙에 반하는 이 사건 부과처분은 부당하다.

*1) 전 세계 220개 이상의 국가에 청구인과 같이 복합운송주선을 목적으로 하는 법인들을 설립하여 A 네트워크를 구축하여 운용함

*2) 청구인은 심사청구서에 취소를 구하는 과세금액을 3,195,668,536원(가산세 796,998,935원 포함)으로, 처분청은의견서에 해당 금액을 3,180,365,038원으로 기재하였으나, 실제 부과ㆍ고지된 금액은 3,180,364,930원임

*3) 국세청 사전-2021-법령해석부가-0596(2021. 5. 13.), 기획재정부 부가가치세제과-56(2016. 1. 21.), 국세청 서면-2017-부가-3373(2018. 4. 13.)

3. 처분청의 의견

가. 청구인은 당사자로서 화주와 직접 운송계약을 체결하지 않은 채 화주와 직접국제복합운송계약을 체결한 해외 관계사로부터 국내구간의 운송을 요청받아 쟁점국내운송용역을 제공하였다.

나. 「부가가치세법 시행령」제32조 제2항 제1호에 따르면 화주로부터 화물을인수하고 운임을 받는 국제운송용역이 외국항행용역 범위에 포함된다고 되어 있는데,청구인은 화주가 아닌 해외 관계사로부터 화물을 인수하고, 운임도 해외 관계사가받아 이를 정산하였으므로 쟁점 국내운송용역은 외국항행용역으로 볼 수 없는바이 사건 부과처분은 정당하다.

4. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 사건의 다툼은 쟁점 국내운송용역이 「부가가치세법」제23조에 따른외국항행용역에 해당하는지 여부이다.

나. 인정사실

이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.

1) 청구인은 1971. 5. 26. 복합운송주선업을 영위할 목적으로 설립되었고, 해외관계사와 함께 독일에 소재하는 ■주식회사(■ AG)의 손자회사이다.

2) 청구인은 [그림]과 같이 국외 화주와 국제복합운송계약을 체결한 해외관계사의 요청에 따라 이 사건 운송용역 중 국내내륙운송 구간을 맡아 수입자에게 쟁점 국내운송용역을 공급하고 있다.

[그림] 이 사건 운송용역 거래 흐름도



3) 청구인이 이 사건 운송용역과 관련하여 국외 화주와 체결한 계약서는 없다.

4) 청구인은 이 사건 운송용역을 수임하기 전 해외 관계사에 운송에 소요되는단가를 제시하고, 해외 관계사는 청구인의 단가를 반영한 견적서를 국외 화주에게제시하며, 해외 관계사는 이 사건 운송용역을 제공한 이후 국외 화주로부터이 사건 운송용역의 운임을 수취하고 그룹사 이익분배지침에 따라 청구인에게쟁점 국내운송용역에 대한 운임을 지급하였다.

5) 청구인은 2017년 제2기부터 2022년 제1기까지 부가가치세를 신고하면서쟁점 국내운송용역의 공급에 대해 영세율을 적용하였다.

6) 조사청은 2022. 6. 23.부터 같은 해 8. 24.까지 청구인에 대하여 법인통합조사를실시한 결과, 국외 화주의 운송주선업자인 해외 관계사가 자기의 책임과 계산하에이 사건 운송용역을 공급하고 화주로부터 대가를 수취하였으며, 청구인은 해외관계사로부터 쟁점 국내운송용역만을 의뢰받아 공급하고 그 대가를 수취하였으므로쟁점 국내운송용역이 외국항행용역은 아니라고 보아 같은 해 9. 6. 처분청에2017년 제2기부터 2022년 제1기까지의 부가가치세를 부과하라는 내용의 세무조사 결과를 통지하였다.

7) 처분청은 2022. 9. 7. 청구인에게 이 사건 부과처분을 하였다.

다. 관계 법령

이 사건과 관계되는 법령은 「부가가치세법」제23조 등 [별지] 기재와 같다.

라. 판단

「부가가치세법」제23조에 따르면 선박 또는 항공기에 의한 외국항행용역의공급에 대하여는 영세율을 적용하는데, 이때 외국항행용역은 선박 또는 항공기에의하여 여객이나 화물을 국내에서 국외로, 국외에서 국내로 또는 국외에서국외로 수송하는 것을 말하며, 외국항행용역의 범위에 관하여 필요한 사항은대통령령으로 정하도록 되어 있다.

「부가가치세법 시행령」제32조 제2항 제1호(이하  "이 사건 조항”이라 한다)에따르면 운송주선업자가 국제복합운송계약에 의하여 화주(貨主)로부터 화물을인수하고 자기 책임과 계산으로 타인의 선박 또는 항공기 등의 운송수단을 이용하여화물을 운송하고 화주로부터 운임을 받는 국제운송용역은 외국항행용역에 포함된다고 되어 있다.

복합운송계약은 운송물을 육상운송, 해상운송, 항공운송 중 적어도 두 가지이상의 서로 다른 운송수단을 결합하여 운송할 때 체결되는 계약을 말한다.4)

이 사건 조항은 화주로부터 화물을 인수한 이후 화주로부터 운임을 받을 것을그 요건으로 하기 때문에 화주로부터 운임을 직접 지급받은 것이 아니라 화주로부터 운송을 의뢰받아 총운임을 지급받은 운송주선업자로부터 국내 운송용역에대한 운임과 이익을 분배받은 경우에는 이 사건 조항의 요건을 충족한다고 볼 수없다.5)

조합관계가 성립하기 위해서는 「민법」제703조 제1항에 따라 당사자들이 상호출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정하여야 하는바, 단순히 특정사업의 손익을나누기로 약정한 사실만으로는 조합관계가 형성된다고 보기 어렵다.6)

조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 「국세기본법」제15조 및 제18조제3항에서 정하는 비과세의 관행이 성립되려면, 장기간에 걸쳐 어떤 사항에 대하여과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이그 사항에 대하여 과세할 수 있다는 것을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여과세하지 않는다는 의사를 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시하여야하고, 같은 법 제18조 제3항에 따른 ‘일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의해석 또는 국세행정의 관행’이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정 납세자가아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가그와 같은 해석 또는 관행7)을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른것을 말한다.8)

일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이적용되는 요건으로서는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인견해표명을 하여야 하고 둘째, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고 넷째, 과세관청이 해당 견해표명에반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다는 점을들 수 있으며, 이러한 요건을 모두 충족할 때에 과세관청의 처분을 신의성실의원칙에 위반되는 행위로서 위법하다고 보게 되는 것이다.9)

*4) 대법원 2019. 7. 10. 선고 2019다213009 판결 참조

*5) 수원고등법원 2024. 2. 14. 선고 2022누10081 판결(대법원 2024. 6. 27. 자 2024두37954 심리불속행 상고 기각 판결) 참조

*6) 수원고등법원 2024. 2. 14. 선고 2022누10081 판결(대법원 2024. 6. 27. 자 2024두37954 심리불속행 상고 기각 판결) 참조

*7) 비과세 관행의 존재에 대한 입증책임은 그 주장자인 납세자에게 있음(대법원 2003. 9. 5. 선고 2001두403 판결 참조)

*8) 대법원 2016. 10. 13. 선고 2016두43077 판결, 대법원 2010. 4. 15. 선고 2007두19294 판결 참조

*9) 대법원 2002. 3. 29. 선고 99두1861 판결 참조

위 관계 법령과 법리, 인정사실 등에 비추어 쟁점 국내운송용역이 「부가가치세법」제23조에 따른 외국항행용역에 해당하는지 여부를 살펴보면, ① 청구인과해외 관계사가 공동 당사자로서 화주와 국제복합운송계약을 체결하였다고 볼 만한계약서 등 직접적인 근거가 없는 점, ② 청구인은 그룹사 이익분배지침에 따라해외 관계사와 이익을 분배한다면서 공동사업주체라고 주장하나, 공동사업주체로서조합관계가 성립하기 위해서는 당사자들이 상호 출자하여 공동사업을 경영할 것을약정하여야 하는바 단순히 특정사업의 손익을 나누기로 약정한 사실만으로는공동사업주체로서 조합관계가 형성되었다고 할 수 없어 청구인을 국제복합운송계약의당사자라고 보기 어려운 점, ③ 청구인은 화주로부터 화물을 인수하지 않았고, 해외관계사로부터 쟁점 국내운송용역에 대한 운임을 지급받았기 때문에 쟁점 국내운송용역은 이 사건 조항에 따른 국제운송용역이라고 볼 수 없는 점, ④ 청구인은과세관청이 쟁점 국내운송용역에 대해 영세율이 적용된다는 다수의 유권해석을하고, 상당한 기간에 걸쳐 과세하지 않다가 소급과세를 하는 등 신의성실 원칙에반한다고 주장하나, 청구인이 제시한 유권해석10)은 국내외 전체 구간을 위탁받아국제운송용역을 제공한 사례에 관한 것으로 해외 관계사로부터 국내 내륙운송 구간만위탁 또는 도급받은 쟁점 국내운송용역에 적용된다고 보기 어렵고, 부가가치세는 가사업자가 신고 ㆍ 납부하여야 하는 신고납부방식의 조세로서 과세관청이 납세의무자의신고에 따라 세액을 수령하는 것은 단지 사실행위에 불과하여 이를 과세관청이과세하지 않는다는 의사를 표시한 것이라고 할 수 없고, 나 납세지 관할 세무서장은예정신고 또는 확정신고한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우 해당 예정신고 기간 또는 확정신고 기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액을조사하여 결정 또는 경정할 수 있는 점 등을 종합할 때 쟁점 국내운송용역이 외국항행용역에 해당하지 않는다고 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 잘못이 없다.

*10) 국세청 사전-2021-법령해석부가-0596(2021. 5. 13.), 기획재정부 부가가치세제과-56(2016. 1. 21.), 국세청 서면-2017-부가-3373(2018. 4. 13.)

5. 결론

그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 「감사원법」제46조제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.

[별지]

※ 관련법령

□ 「부가가치세법」

○ 부가가치세법 제23조(외국항행용역의 공급) ① 선박 또는 항공기에 의한 외국항행용역의공급에 대하여는 제30조에도 불구하고 영세율을 적용한다.

② 제1항에 따른 외국항행용역은 선박 또는 항공기에 의하여 여객이나 화물을 국내에서 국외로, 국외에서 국내로 또는 국외에서 국외로 수송하는 것을말하며, 외국항행사업자가 자기의 사업에 부수하여 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것을 포함한다.

③ 제1항에 따른 외국항행용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 제30조(세율) 부가가치세의 세율은 10퍼센트로 한다.

□ 「부가가치세법 시행령」

○ 부가가치세법 시행령 제32조(선박 또는 항공기에 의한 외국항행용역의 범위) ① 법 제23조 제2항에서  "대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 다른 외국항행사업자가 운용하는 선박 또는 항공기의 탑승권을 판매하거나 화물운송계약을 체결하는 것

2. 외국을 항행하는 선박 또는 항공기 내에서 승객에게 공급하는 것

3. 자기의 승객만이 전용(專用)하는 버스를 탑승하게 하는 것

4. 자기의 승객만이 전용하는 호텔에 투숙하게 하는 것

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 용역은 법 제23조 제3항에 따라 외국항행용역의 범위에 포함된다.

1. 운송주선업자가 국제복합운송계약에 의하여 화주(貨主)로부터 화물을 인수하고 자기 책임과 계산으로 타인의 선박 또는 항공기 등의 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 화주로부터 운임을 받는 국제운송용역

2. 「항공사업법」에 따른 상업서류 송달용역

□ 「민법」

○ 제703조(조합의 의의) ① 조합은 2인 이상이 상호출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다.

② (생략)

□ 「국세기본법」

○ 국세기본법 제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

○ 국세기본법 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ①~② (생략)

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

④~⑤ (생략)