심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 OOO에 설립되어 시스템 반도체 분야 반도체 웨이퍼(기판) 수탁 생산 및 판매 등을 주요 사업으로 영위하는 파운드리 업체로 2012사업연도부터 2021사업연도까지 EDA 소프트웨어 이용료 합계 OOO원(이하  "쟁점비용”이라 한다)을 지출하였다.



나. 청구법인은 쟁점비용이 「조세특례제한법」(이하  "조특법”이라 한다) 제10조 연구ㆍ인력개발비 세액공제(이하  "연구개발비 세액공제 ”라고 한다) 대상에 포함되는 시제품 제작비용에 해당된다며 2023.3.30. 처분청에 2017사업연도부터 2021사업연도까지 귀속 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.



다. 처분청은 쟁점비용이 연구개발비 세액공제 대상에 해당되지 않는다고 보아 2024.5.16. 이를 거부하였다.



라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.8.9. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



(1) 쟁점비용은 반도체 웨이퍼(기판) 시제품(이하 ‘시제품’이라 한다)의 설계 및 제작 과정에서 발생한 비용이므로 조특법 시행령 [별표 6] 제1호 가목 2)에 따른 연구개발비 세액공제 적용대상 비용에 해당한다.



(가) 조특법 기본통칙 9-8…1 (연구 및 인력개발비의 용어 정의 등)에 의하면, ‘연구’라 함은 「기술개발촉진법」 제2조 제1호의 기술개발을 말하고, 이때 ‘기술개발’은 산업기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재료ㆍ제품ㆍ장치 시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 말하며, 시범 제작 및 공업화 중간시험의 과정까지를 포함한다고 규정하고 있다.



또한 기업부설연구소 근거 법령인 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」에 의하면, ‘연구개발활동’이란, 순수한 의미의 연구활동은 물론이고, 과학기술분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여 축적된 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 ‘시제품의 설계ㆍ제작 및 시험 등’ 제품 상용화 전까지의 모든 과정을 포함하는 개념임을 알 수 있고,



조특법 시행령 [별표 6] 제1호 가목 2)에 따르면, 전담부서 등에서 연구용으로 사용하는 견본품(시제품)을 연구개발비 세액공제 대상으로 열거하고 있다.



(나) 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품(시제품)에는 법인이 자체 제작한 견본품(시제품) 등이 포함되고, 견본품(시제품)의 시범 제작에 소요되는 제조원가는 연구개발비 세액공제 대상에 해당(서면-2016-법령해석법인-4937, 2017.1.11., 법인세과-828, 2011.10.30. 등, 다수)하며,



조세심판원은 제품의 상용화 이전 단계까지는 모두 시제품으로 보는 것이고, 시제품 제작에 소요되는 비용은 시제품 취득가액으로서 연구개발비 세액공제 대상으로 보아야 하는 것으로 판단(조심 2021전4645, 2022.2.8.)한 바 있다.



(다) 청구법인은 국내 반도체 파운드리 전문 업체로서 고객이 생산 위탁한 반도체 웨이퍼를 제조하고 있고, 고객이 요구한 성능의 충족여부 판단을 위해서는 견본품(시제품)의 제작이 필수적인데,



EDA 소프트웨어는 반도체 웨이퍼(기판) 시제품의 설계 및 제작 과정에서 양산 이전 단계인  "소자개발”,  "Modeling”,  "PDK/DK”,  "PhotoMask(이하  "Mask”라 한다) 설계와 시험 평가” 등 시제품 제작관련 전 과정에서 EDA 소프트웨어를 사용하고 있다.



＜표1＞ 단계별 EDA 소프트웨어 사용 내용

○○○



(라) 한편, 처분청은 EDA 소프트웨어에 의한 설계 데이터를 이용하여 시범제품을 제작하기도 하지만, 반도체 웨이퍼를 양산ㆍ납품을 하고 있어 EDA 소프트웨어가 연구개발과정에만 사용된다고 할 수 없다고 주장하나,



처분청의 논리에 따르면, 자체 연구개발활동을 통해 시제품을 개발하더라도 이후 양산과정을 거쳐 고객에게 양산품을 납품하는 경우, 시제품 개발 관련한 활동이 양산 및 납품을 위한 일련의 과정으로 보아 연구개발비 세액공제 대상이 아닌 활동으로 판단하는 것이다.



하지만, 이는 과학기술 분야 또는 서비스 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용 방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정(工程)을 개발하기 위한 시제품(試製品)의 설계ㆍ제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 모든 과정을 일컫는  "연구개발활동”의 정의에도 부합하지 않는 해석이라고 판단되며,



청구법인의 경우 자체적으로 보유하고 있는 IP를 기반으로 자체 연구를 수행함에 따라 새로운 시제품을 개발하고 있으며, 연구과정의 성과물로 파운드리 설계 관련 다수의 국내외 특허 출원 및 등록 실적이 있는 바, EDA 소프트웨어는 시제품 생산에 직접적으로 귀속되는 것이고 관련 비용은 세액공제 대상으로 판단하는 것이 타당하다.



(마) 따라서 쟁점비용은 시제품 제작에 필수적으로 발생하는 직접 제조원가에 해당하고, 연구전담부서 등에서 연구용으로 사용하는 시제품의 취득원가로서, 연구개발비 세액공제 대상에 해당됨이 명백하다.



(2) 청구법인의 쟁점비용이 시제품 취득원가를 구성하는 연구개발비용임에도, EDA 소프트웨어가 문화상품제작 목적의 소프트웨어가 아니므로 연구개발비 세액공제 적용대상이 아니라는 의견은 연구개발비의 개념을 임의로 축소하는 해석이다.



(가) 처분청은 연구개발비용에 해당하는 소프트웨어 사용료는 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 소프트웨어 사용료로 한정(조특법 시행령 [별표 6] 제1호 가목 2) 후단, 이하  "쟁점소프트웨어 규정”이라 한다)하고 있으므로, 쟁점비용에 대하여 세액공제를 적용할 수 없다는 의견이나,



조특법 시행령 [별표 6]을 보면, 연구개발비 대상 비용을 병렬식으로 열거하고 있는 것을 알 수 있고, 특히 견본품과 소프트웨어는  "및”이라는 조사로 연결되어 있는데, 이는  "그리고”로 해석하는 것이 아니라  "또는”으로 해석하는 것이 자연스러움에도, 처분청은 EDA 소프트웨어가「문화산업진흥 기본법」 제2조 제2호에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 소프트웨어가 아니므로 연구개발비용이 아니라고 부인했는데, 이는 연구개발비용의 범위를 임의로 축소ㆍ배제하는 해석이다.



(나) 참고로, 자동차 부품 제작업을 영위하는 사업자가 사용한 소프트웨어 관련 비용이 쟁점이 된 사례에서, 감사원은 해당 소프트웨어를 자동차 견본품 설계 과정에서 이용한 점을 근거로 연구개발비로 인정하여 해당 소프트웨어의 구입ㆍ사용 비용 전부를 연구개발비 세액공제 대상금액으로 인정(감심 2020-621, 2022.8.18.)한바 있고,



그 밖에 반도체 등 집적회로 검사장비 제조업체(조심 2019중3785, 2021.2.1.), 자동차 부품 제조업체(조심 2021전4645, 2022.2.8.), 전기 부품 제조업체(조심 2018구2633, 2019.6.26.), 반도체 Fabless 설계업체(조심 2021서5419, 2022.8.23.) 등 다수의 조세심판원 선결정례에서도 연구개발비 적용대상인지 판단함에 있어 연구개발부서에서 발생하는 시제품 관련 비용이면 연구개발비에 해당하는 것으로 판단한 바 있으므로, 쟁점비용이 시제품 관련 비용이면 연구개발비에 해당하는 것이지, 소프트웨어 관련 대여 및 구입비라고 해서 [별표 6]에 병렬식으로 열거된 조건까지 동시에 충족하여야 하는 것은 아니다.



(다) 소프트웨어 구입 및 대여비 중 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 소프트웨어 사용료로 한정한다고 정한 쟁점소프트웨어 규정은 2019년 2월 조특법 시행령 개정시 과거 제조업 분야 위주의 연구개발비 세액공제에 추가하여 한류문화 콘텐츠 산업의 육성을 위해서 문화산업의 창작 관련 연구개발비용을 지원하기 위하여 개정되었다.



1) 이는 제조업 분야에서는 재료비(견본품, 부품, 원재료, 시약류구입비 등)가 연구개발비 세액공제 대상으로 인정되는 데 반해, 콘텐츠 산업분야의 경우 연구개발비 세액공제 대상이 되는 금액은 인건비가 대부분이고 재료비는 미미한바, 문화산업콘텐츠 산업에서의 활발한 연구개발 활동을 지원하고자 쟁점소프트웨어 규정이 신설되었고, 그래픽 작업 등 일반적인 목적을 가진 범용 소프트웨어임에도 불구하고 문화상품 제작용으로 사용되는 경우에도 연구개발비 세액공제 대상으로 그 공제범위를 확대한 것이다.



2) 국세청은 쟁점소프트웨어 규정을 신설한 이후에도 문화콘텐츠 산업이 아닌 다른 분야의 연구개발 목적으로 사용하는 소프트웨어 사용료에 대해서 연구개발비 세액공제 적용이 가능하다는 취지로 일관되게 해석하고 있다(서면-2021-법인-2573, 2021.7.20, 서면-2020-법인-2587, 2020.7.22. 외)



(라) EDA 소프트웨어는 청구법인과 같이 공정(Process Node)별 파운드리의 설계 규칙(Design Rule)과 제조능력에 맞춰 기술적으로 고도화된 특수한 반도체 산업분야에서만 사용되는데, 문화상품 제작에 사용되지 않는다고 하여 연구개발비에 해당되지 않는다고 판단하는 것은 불합리하고, 쟁점소프트웨어 규정을 적용하여 청구법인의 쟁점비용을 연구개발비 세액공제 대상에서 제외한 이 건 거부처분은 타당하지 아니하다.



(3) (예비적 청구) EDA 소프트웨어는 전담부서에서 연구시험을 위해 직접 사용하는 시설에 해당하는바, 이는 조특법 시행령 [별표 6] 제1호 가목 3)(이하  "쟁점연구시설 규정”이라 한다)에 따른 연구시험용 시설의 임차비로 세액공제대상에 해당한다.



(가) 쟁점연구시설 규정은 자체연구개발 관련 비용으로서 전담부서 등이 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설(조특법 시행령 제25조의3 제3항 제2호 가목에 따른 시설)의 임차비용을 연구개발비 세액공제대상으로 열거하고 있고, 위 규정에 따른 시설이란 조특법 시행규칙 제13조의10 제1항의 공구 또는 사무기기 및 통신기기, 기계ㆍ시험기기 및 계측기기, 광학기기 및 사진제작기기와 「법인세법 시행규칙」[별표 6]의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산으로 규정하고 있다.



(나) 청구법인이 임차하여 사용중인 EDA 소프트웨어는 반도체 회로 설계부터 마스크 설계 및 설계 검증 등 반도체 연구개발 전반의 과정에서 활용되고 있고, EDA 소프트웨어 활용으로 고객이 원하는 사양의 전자회로 패턴을 웨이퍼 위에 구현하고 오류검증을 위한 테스트를 반복하는 과정을 거치면서 단축된 설계기간, 절감된 설계비용, 오류의 최소화 등을 달성한 최적의 반도체 견본품의 설계 및 제작단계에 이를 수 있게 되는바, EDA 소프트웨어는 연구개발을 위하여 전담부서 등에서 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설에 해당하고, 쟁점비용은 위 연구ㆍ시험용 시설의 임차비용으로서 연구개발비 세액공제대상에 해당한다.



(다) 국세청은 ① 반도체 장비를 제조ㆍ판매하는 법인이 임차하여 사용하고 있는 CFD 유동해석프로그램(서면-2021-법인-2573, 2021.7.20.), ② 자동차부품 금형을 제조ㆍ판매하는 법인이 금형 기술 연구개발을 목적으로 임차하여 사용하고 있는 CATIA, AUTOFORM 소프트웨어(서면-2020-법인-2587, 2020.7.22.), ③ 기업회계기준상 집기비품으로 분류되는 특정 연구용 소프트웨어(서이 46012-10172, 2003.1.24.)에 대하여, 연구개발을 위한 전담부서 등에서 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설의 임차비용에 해당하는 경우에는 연구개발비 세액공제를 받을 수 있는 것으로 해석한 바 있고, ④ 고유디자인 개발을 위해 임차한 CAD의 임차비용 역시 연구개발비 세액공제 대상이 된다는 유권해석(법인-729, 2009.6.23., 재조세 46019-192, 2003.10.1. 등)을 한 바 있다.



(라) 처분청은 국가 연구개발 시설ㆍ 장비의 관리 등에 관한 표준 지침은 연구ㆍ시설장비를 공간으로서의 연구 시설과 자산으로서의 연구장비로 구분하고 있고, 소프트웨어는 장비 내부에 탑재되어 역할을 수행할 뿐 독립적으로 사용이 불가능하므로 소프트웨어를 단독으로 사용하는 시설 또는 장비로 볼 수 없어 연구ㆍㆍ 시험용 시설로 인정할 수 없다는 의견이나,



위 지침은 「과학기술기본법」과 같은 법 시행령에서 위임된 연구시설장비에 대한 규정에 불과하고, 현행 조특법에서는 해당 과학기술기본법령이나 지침에 따라 연구ㆍㆍ 시험용 시설의 범위를 판정하거나 또는 독립적으로 사용이 불가능한 자산을 연구ㆍ시험용 시설에서 제외하는 규정이 존재하지 않고, 특정 소프트웨어에 대해 연구ㆍ시험용 시설로 인정한 기존의 유권해석에 반하게 된다.



(마) 현행 조특법상 연구ㆍ시험용 시설의 범위에 소프트웨어가 포함되는지를 살펴보려면 구 「조세감면규제법」을 통해 유추해 볼 수 있고, 아래 ＜표3＞과 같이 구 「조세감면규제법」은 소프트웨어를 연구ㆍ시험용 시설 중 ‘사무기기 및 통신기기’에 포함되어 있음을 확인 할 수 있다.



(바) 한편 처분청은 소프트웨어는 연구ㆍㆍ 시험용 시설에 해당하는 업종별 자산(「법인세법 시행규칙」 [별표 6]이 아니라 기구 또는 비품「법인세법 시행규칙」 [별표 5])에 해당하는 자산이므로(서이 46012-11382, 2003.7.23.), 연구개발비 세액공제를 적용할 수 없다는 의견이나,



소프트웨어는 ‘사무기기 및 통신기기’에 해당하고, 유권해석에도 자동차 주행시험장ㆍ 엘리베이터 테스트 타워와 같이 업종별 자산이 아닌 구축물 성격의 시설에 대해 시험기기 성격의 연구ㆍ ㆍ시험용 시설로 해석(사전-2016-법령해석법인-0023, 2016.3.31, 법인세과-84, 2010.1.2.)하고 있는 점을 볼때, 업종별 자산에 해당해야만 연구ㆍ ㆍ시험용 시설로 인정할 수 있다는 처분청 의견은 연구ㆍ시험용 시설의 범위를 축소ㆍ 및 오인하는 것이다.


(사) 처분청은 EDA 소프트웨어가 범용 소프트웨어이므로 연구개발비 세액공제 적용대상으로 볼 수 없다는 의견이나,



[별표 6] 문언상 인력개발비 세액공제 대상이 되는 것은 전담부서가 연구용으로 사용하는 연구ㆍ시험용 시설에 해당하면 충분한 것이고, 연구ㆍ시험용 시설에 해당하는 소프트웨어에 대해 범용성 여부를 판단하는 규정은 존재하지 않으며, 소프트웨어가 연구개발의  "목적”이 아니라 단지 연구개발의  "수단”에 불과한 경우에는 소프트웨어의 범용성 또는 특수성 여부에 관계없이 소프트웨어 임차비용에 대하여 연구개발비 세액공제를 적용하는 것이 타당하다.



나. 처분청 의견



(1) EDA 소프트웨어가 연구개발과정에만 사용된다고 할 수도 없고, 쟁점소프트웨어 규정은 문화상품제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정되므로 쟁점비용은 세액공제대상에 해당하지 아니한다.



(가) 청구법인은 EDA 소프트웨어가 시제품 설계 및 제작하는데 활용되므로 쟁점비용을 시범제작에 소요되는 외주가공비로 보아 연구개발비 세액공제대상 비용에 해당한다고 주장하나,



EDA 소프트웨어는 Mask 제작 전까지 사용되므로 쟁점비용을 시범제작에 소요되는 외주가공비 계산에 포함할 수 없고, EDA 소프트웨어에 의한 설계 데이터를 이용하여 시범제품을 제작하기도 하지만, 반도체 웨이퍼를 양산ㆍ납품을 하고 있어 EDA 소프트웨어가 연구개발과정에만 사용된다고 할 수 없고, 쟁점소프트웨어 규정상 세액공제를 적용받는 소프트웨어 비용은 「문화산업진흥 기본법」제2조 제2호에 따른 문화상품제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정하여 인정하고 있는 점 등을 볼 때 쟁점비용은 연구개발비 세액공제대상에 해당하지 않는다(서면-2020법인2587, 심사법인 2013-51 외 다수).



(나) 청구법인은 조특법 시행령 [별표 6]의 연구개발비 세액공제 대상 시제품 제작비용에 직접비뿐만 아니라 제조 간접비도 포함되어야 한다고 주장하나,



처분청은 EDA 소프트웨어를 이용한 비용이 직접비인지 제조간접비인지 여부를 떠나 법령에 근거하여 연구개발비 세액공제 대상여부를 파악하였고, 이에 해당하지 않는다고 보아 세액공제 불인정 대상으로 판단하였다.



(다) 조특법 시행령 제9조 제1항은 [별표 6]을 통해 연구개발비 세액공제를 적용받을 수 있는 비용의 항목을 나열하고 있고, 나열된 항목 중 세액공제가 되지 않는 경우나 특별히 세액공제 항목에 추가되는 예외적인 경우를 명확하게 규정하고 있고,



[별표 6]에 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우의 소프트웨어 비용이 연구개발비 세액공제가 인정된다고 하여 다른 분야의 소프트웨어 비용도 모두 인정해야 한다는 것은 확장ㆍ유추해석으로 이는 인정되기가 어렵다.



(2) 쟁점비용은 시제품 제작원가가 아니라 제품의 제조원가에 대응하는 비용이고, 2024년 7월에서야 조특법 시행령을 입법예고하여 목적에 제한을 두지 않고 소프트웨어 비용에 대한 세액공제 범위를 확대하였으므로 청구주장은 타당하지 아니하다.


(가) 청구법인은 EDA 소프트웨어는 웨이퍼(기판) 시제품의 설계 및 시제품의 제작 관련 전 과정에서 사용되고, 시제품 제작활동은 제품양산 이전까지의 모든 단계를 의미하므로 쟁점비용이 시제품 제작원가에 해당한다고 주장하나,



이는 EDA 소프트웨어 자체 이용과 관련된 내용으로 EDA 소프트웨어를 활용하여 설계한 시제품 설계 데이터를 외주업체에 전달한다고 해서 쟁점비용을 시제품 외주가공비로 볼 수 없고, 이에 대하여 청구법인은 시제품 생산에 간접적으로 대응되는 원가에 해당된다고 항변하고 있는바, 청구법인도 쟁점비용이 시제품 제작비용에 직접적으로 사용되지 않았음을 인정하고 있다.



(나) 청구법인은 연구개발 단계에서 제작된 시제품을 연구개발 종료 후 제품 제조 등 연구개발 외 목적으로 사용하였다는 이유로 쟁점비용을 연구개발비 세액공제 적용대상을 부인할 수 없다고 주장하나,



청구법인은 고객이 의뢰한 사양의 제품을 자체 공정을 활용하여 신제품을 제조하여 판매하는 파운드리 업체로 EDA 소프트웨어에 의한 설계 데이터를 이용하여 시범제품을 제작하고, 양산을 위한 제품제작으로 이어지는 연구개발 및 생산과정을 거치고 있으므로 쟁점비용은 제품 제조원가에 대응하는 비용에 해당하고, 연구개발비 세액공제 적용대상인지 여부를 살펴보면 쟁점비용은 연구개발비 세액공제 적용을 받을 수 없는 소프트웨어 비용이므로 이러한 주장은 타당하지 아니하다.



(다) 청구법인은 조특법 시행령 [별표 6]의 개정 취지에 대한 해석으로 콘텐츠산업에 대한 세액공제를 확대하기 위한 취지이지 타 분야에서의 소프트웨어 비용의 세액공제를 제한하기 위한 것이 아니라고 주장하나,



조특법은 소프트웨어 대여ㆍ구입비의 경우 조특법 시행령 [별표 6]에 명시되어 있지 않다가 2019.2.2. 콘텐츠 분야에 사용되는 서체ㆍ음원ㆍ이미지ㆍ창작용 S/W 대여ㆍ구입비 등 재료비까지 연구개발비 세액공제 대상으로 확대하였고,



이후 2024년 7월 기획재정부 보도자료를 보면, 반도체ㆍ이차전지 등 전략산업 지원을 위해 R＆D에 사용되는 소프트웨어 대여ㆍ구입비 인정 범위 확대를 그 개정 이유로 들고 있는바, 비로소 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정되었던 소프트웨어 대여ㆍ구입비의 세액공제를 2024년 7월 이후 분야의 제한 없이 확대하였다.



(3) EDA 소프트웨어는 쟁점연구시설 규정상 연구ㆍ시험용 시설에 해당하지 않으므로 쟁점비용을 임차비용으로 볼 수 없어 연구개발비 세액공제 적용 대상에 해당하지 않는다.



(가) ‘국가 연구개발 시설ㆍ장비의 관리 등에 관한 표준 지침’ 제2조는 연구시설장비에 대해서 공간으로서의 연구 시설과 자산으로서의 연구장비로 구분하여 설명하고 있고, 소프트웨어는 장비 내부에 탑재되어 역할을 수행할 뿐 독립적으로는 사용이 불가능하므로 단독으로 시설이나 장비에 해당하지 않으며,



EDA 소프트웨어는 특수 장비의 운영을 위한 맞춤 소프트웨어가 아닌 범용적인 서버나 컴퓨터에 탑재되는 상용 소프트웨어이고, 영구 사용을 위한 구매는 불가하고 구독방식으로만 사용권을 얻을 수 있으며, 청구법인과 같이 반도체 설계가 필요한 기업들(동종 업계 및 Fabless, 파운드리, 패키징 기업, 교육을 담당하는 학원 및 학교 등)은 모두 소프트웨어 개발사가 정한 방식으로 계속 구독하여 사용하는 것으로 이를 연구시설이나 연구장비로 볼 수 없다.



(나) 청구법인은 주장의 근거로 서면질의(서면-2021-법인-2573, 서면-2020-법인-2587)를 제시하였으나, 이는 특정 소프트웨어가 조특법에 해당하는 연구ㆍ시험용 시설에 해당하는지는 사실 판단할 사항이라고 회신하고 있는 등 소프트웨어가 연구ㆍ시험용 시설로 인정된 사례는 없고, 청구법인이 제시한 서면질의(서이 46012-10172, 2003.1.24.)에서도 연구전담부서에서 실질적으로 연구시험을 위해 직접 사용하는 특정 연구용 소프트웨어는 세액공제가 가능하지만 범용성 소프트웨어는 연구시험용 시설에서 제외된다고 하였으며, 범용 소프트웨어를 세액공제 대상으로 볼 수 없다고 판단하는 다수의 사례(심사법인 2013-51, 2013.11.5., 조심 2010서979, 2011.12.28. 등)에서 보듯이 범용 소프트웨어에 해당하는 EDA 소프트웨어는 세액공제 대상에서 제외됨이 타당하다.



(다) 조특법 시행규칙 제13조의10 제1항은 쟁점시험용시설 규정에 대하여 전담부서 등에서 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설로서 공구 또는 사무기기 및 통신기기, 시계ㆍ시험기기 및 계측기기, 광학기기 및 사진제작기기, 「법인세법 시행규칙」[별표 6]의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산으로 규정하고 있고,



업종별 자산은 한국표준산업분류상 해당 업종에 직접 사용되는 자산인지 여부로 판단(조심 2011서2364, 2012.7.11.)하되, 시험연구소에서 사용하는 설비라 하더라도 일반 사무용 집기, 비품 등은 세액공제대상에서 제외(서면2팀-2189, 2005.12.28.)되며, 소프트웨어는 회계상 무형고정자산에 해당하지만, 세무상은 원칙적으로 비품에 해당하고, 소프트웨어를 기구 및 비품으로 해석한 사례(서이 46012-11382, 2003.7.23.)도 있다.



또한 「법인세법 시행규칙」[별표 6]은 [별표 3] 또는 [별표 5]의 적용을 받는 자산을 제외한 감가상각자산에 대해 적용하는 것인데, 소프트웨어는 기구 및 비품에 해당하여 [별표 5]를 적용받는 자산이므로 [별표 6]의 적용을 받는 자산에서 제외되어 EDA 소프트웨어는 상기 ‘가’ 또는 ‘나’에 해당하지 않으므로 조특법 시행령 [별표 6]의 연구ㆍ시험용 시설에 해당하지 않는다.



(라) 청구법인은 추가적으로 30여 년 전 재무부령 법인세 시행규칙 [별표 1] 6. 기구 및 비품 (2) 사무기기 및 통신기기의 세목(예시) 중 ‘소프트웨어’가 있다는 근거를 들어 EDA 소프트웨어는 연구ㆍ시험용 시설 중 ‘사무기기 및 통신기기’에 해당하므로 쟁점비용이 세액공제 대상에 해당한다고 주장하나,



위 재무부령 「법인세법 시행규칙」 [별표 1]은 1995년 3월부터 소프트웨어가 포함이 되어 있다가 2009년 3월 삭제되었고, 조특법 시행령은 2019.2.12. 개정 전에는 소프트웨어 항목이 전혀 고려되지 않다가 2019.2.12. 개정되면서 연구개발용 시설 임차료 항목이 아닌 ‘소프트웨어의 대여ㆍ구입비’ 항목으로 추가되었는데 이는 소프트웨어 대여ㆍ구입비와 연구ㆍ시험용 시설이 같지 않다고 본 것으로 볼 수 있으므로 EDA 소프트웨어가 연구ㆍ시험용 시설 중 ‘사무기기 및 통신기기’에 해당한다는 주장 역시 타당하지 아니하다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



① 청구법인이 반도체 시제품 제작설계부터 제품 상용화전까지 사용한 소프트웨어의 이용료가 조특법 시행령 [별표 6]의 연구개발비 세액공제 대상이라는 청구주장의 당부



② (예비적 청구) 위 소프트웨어는 조특법 시행령 [별표 6]의 전담부서 등이 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설의 임차비용에 해당한다는 청구주장의 당부



나. 관련 법령 등



(1) 조세특례제한법



제10조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구개발 및 인력개발에 지출한 금액 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 " 연구ㆍ인력개발비" 라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장ㆍ원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 " 신성장ㆍ원천기술 연구개발비" 라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장ㆍ원천기술 연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액

가. 기업유형에 따른 비율

1) 중소기업에 해당하는 경우 : 100분의 30

2) 그 밖의 경우 : 100분의 20[대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 " 중견기업" 이라 한다) 중 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 코스닥시장에 상장한 중견기업(이하 이 조에서 " 코스닥상장중견기업" 이라 한다)의 경우 100분의 25]

나. 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다)에서 신성장ㆍ원천기술 연구개발비가 차지하는 비율에 대통령령으로 정하는 일정배수를 곱한 비율. 다만, 100분의 10(코스닥상장중견기업의 경우 100분의 15)을 한도로 한다.

3. 제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 " 일반연구ㆍ인력개발비" 라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 25(중견기업의 경우에는 100분의 40, 중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1) 중소기업인 경우 : 100분의 25

2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 : 다음의 구분에 따른 비율

가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 15

나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 10

3) 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8

4) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 2를 한도로 한다)

　 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1



제144조(세액공제액의 이월공제) ① 제7조의2, 제7조의4, 제8조의3, 제10조, 제12조 제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제13조의2, 제13조의3, 제19조 제1항, 제24조, 제25조의6, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제29조의7, 제30조의2부터 제30조의4까지, 제96조의3, 제99조의12, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의22, 제104조의25, 제104조의30, 제122조의4 제1항, 제126조의6, 제126조의7 제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제96조의3 및 제126조의6을 적용하는 경우에는 「소득세법」 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.



제28조의3(설비투자자산의 감가상각비 손금산입 특례) ① 내국인이 다음 각 호의 구분에 따른 자산(이하 이 조에서  "설비투자자산”이라 한다)을 2021년 12월 31일까지 취득하는 경우 해당 설비투자자산에 대한 감가상각비는 각 과세연도의 결산을 확정할 때 손비로 계상하였는지와 관계없이 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다.

1. 중소기업 또는 중견기업 : 대통령령으로 정하는 사업용 고정자산

2. 제1호 외의 기업 : 대통령령으로 정하는 혁신성장투자자산



(2) 조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 일부개정되기 전의 것)



제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ① 법 제10조 제1항 각 호 외의 부분 전단에서  "대통령령으로 정하는 비용”이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 [별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

2. 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 또는 인력개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액



제25조의3(설비투자자산의 감가상각비 손금산입 특례) ③ 법 제28조의3 제1항 제2호에서  "대통령령으로 정하는 혁신성장투자자산”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설을 말한다.

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 연구ㆍ시험용 시설 및 직업훈련용 시설

가. 연구개발을 위한 연구ㆍ시험용 시설로서 기획재정부령으로 정하는 시설



[별표 6] 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용



연구개발

가. 자체연구개발

2) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 및 소프트웨어(「문화산업진흥 기본법」 제2조 제2호에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의대여ㆍ구입비

3) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용시설(제22조 제1호에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목1)에 규정된 기관의 연구ㆍ시험용 시설의 이용에 필요한 비용



※ 2025.2.28. 대통령령 제35349호로 일부개정된 것



[별표 6] 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용



연구개발

가. 자체연구개발

3) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 및 소프트웨어(인사, 급여 등 일반 사무에 사용하는 소프트웨어로서 기획재정부령으로 정하는 것은 제외한다)ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의 대여ㆍ구입비

4) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용시설(제25조의3 제3항 제2호 가목에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목 1)에 따른 기관의 연구ㆍ시험용 시설의 이용에 필요한 비용



(3) 조세특례제한법 시행규칙(2021.5.13. 기획재정부령 제854호로 일부개정된 것)



제13조의10(설비투자자산의 감가상각비 손금산입 특례) ① 영 제25조의3 제3항 제2호 가목에서  "기획재정부령으로 정하는 시설”이란 전담부서 등, 「국가과학기술 경쟁력강화를 위한 이공계지원특별법」 제18조 및 같은 법 시행령 제17조에 따라 과학기술정보통신부장관에게 신고한 연구개발서비스업자 및 「산업기술연구조합 육성법」에 따른 산업기술연구조합에서 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용시설로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 다만, 운휴 중인 것은 제외한다.

1. 공구 또는 사무기기 및 통신기기, 시계ㆍ시험기기 및 계측기기, 광학기기 및 사진제작기기

2. 「법인세법 시행규칙」 별표 6의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산



(4) 법인세법 시행규칙



제15조(내용연수와 상각률) ① 영 제28조 제1항 제1호에서  "기획재정부령으로 정하는 시험연구용자산”이란 별표 2에 규정된 자산을 말한다.

② 영 제28조 제1항 제1호에서  "기획재정부령으로 정하는 내용연수”란 별표 2 및 별표 3에 규정된 내용연수를 말하고, 같은 호에서  "기획재정부령으로 정하는 상각방법별 상각률”이란 별표4에 규정된 상각률을 말한다.

③ 영 제28조 제1항 제2호에서  "기획재정부령으로 정하는 내용연수범위”란 별표 5 및 별표 6에 규정된 내용연수범위를 말한다.





다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인의 연구개발과 관련한 현황은 다음과 같다.



(가) 청구법인의 반도체 웨이퍼 등의 통상적인 연구개발 및 생산 프로세스는 아래 ＜표4＞와 같다.



＜표4＞ 청구법인의 연구개발 및 생산 프로세스

○○○



(나) EDA 소프트웨어는 반도체 설계 및 제조 과정에서 사용되는 전자회로 설계를 자동화하는데 이용되는 소프트웨어로 제품별, 제조사별 그 특성이 상이하고, 청구법인은 고객의 요구에 부합하는 EDA 소프트웨어가 필요하여 다양한 회사(2022년 기준 OOO개 License)의 EDA 소프트웨어를 사용하고 있다.



(다) 청구법인은 EDA 소프트웨어 공급업체와 체결한 계약서 상 OOO년 단위 사용계약 체결하였고, 그 대금은 OOO년 단위로 선급하며, 계약제품은 승인된 사이트에서만 설치할 수 있고, 공급업체 동의없이 양도가 불가능한 것으로 나타난다.



＜표5＞ EDA 소프트웨어 단계별 사용 내용

○○○



(라) 청구법인은 EDA 소프트웨어를 활용하여 자체적으로 보유하고 있는 IP를 기반으로 새로운 시제품을 개발하고 있고, 연구과정의 성과물(연구 결과로 발생하는 발명, 고안, 배치설계, 연구보고서, 노하우 등)은 청구법인의 소유로서 특히, 청구법인은 EDA 소프트웨어를 활용한 IP OOO건, 국내ㆍ외 EDA 소프트웨어를 활용한 특허출원 OOO건, 국내ㆍ외 OOO건의 특허등록이 되어 있으며, 거래처의 시제품 제작의뢰에 대하여 EDA 소프트웨어를 활용하여 시제품 제작을 하고 있다.



(마) 청구법인의 연도별 EDA 소프트웨어 사용 비용은 아래 ＜표6＞과 같다.



＜표6＞ 사업연도별 EDA 소프트웨어 비용 발생 내역

○○○



(2) 기획재정부의 개정세법 해설 자료에 의하면, 2021.2.17. 대통령령 제31444호로 개정된 조특법 시행령 제9조와 관련하여 쟁점소프트웨어 규정은 아래 ＜표7＞과 같이 콘텐츠 분야 소프트웨어를 추가적으로 연구개발비 비용으로 인정하는 것으로 개정되었고, 2024.7.25.자 기획재정부 보도자료를 보면 분야에 제한없이 소프트웨어 대여ㆍ구입비 항목을 세액공제대상 범위로 확대한 것으로 나타난다.



(3) 2025.9.1. 우리 원(조사관실)의 현장 확인조사 결과는 다음과 같다.



(가) 청구법인이 사용하고 있는 EDA 소프트웨어의 제조사는 A, B, C로, 이들 3개 업체가 해당 업계를 과점하고 있고, 청구법인은 3개 업체의 EDA 소프트웨어를 구독의 형식으로 구매하여 디자인개발, 시뮬레이션, 포토마스크 설계검증, 레이아웃, 검증 단계에서 사용하고 있다.



(나) 청구법인은 거래처의 발주건에 대하여 모두 EDA 소프트웨어를 사용하고 있고, 발주 후 양산 전까지 기간은 통상 OOO개월, OOO년 이상의 기간이 소요되며, 거래처의 시제품 검증을 위하여 청구법인은 고객이 사용하는 EDA 소프트웨어를 주로 사용하여 시제품을 제작ㆍ납품하고 있고, 이는 경쟁사들도 유사하다고 답변하였다.



(다) 청구법인의 기술개발실 현장을 확인한 결과, 모든 직원이 EDA 소프트웨어를 사용하여 업무를 하고 있었고, EDA 소프트웨어를 기술개발실에서만 사용하는 것은 아니지만 약 98% 이상 기술개발 시 사용한다고 답변하였다.



(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 기술개발부서 등에서 반도체 시제품 제작ㆍ설계시부터 제품양산 전단계까지 EDA 소프트웨어를 사용하고 있으므로 쟁점비용은 시제품 취득원가를 구성하는 연구개발비용이고, 이는 연구개발비 세액공제대상에 해당한다고 주장하나,



EDA 소프트웨어는 제품설계에서부터 제품양산 이전까지의 모든 단계에 사용되고 있고, EDA 소프트웨어가 시제품의 연구개발과정에만 사용된다고 할 수 없어 쟁점비용에는 시제품 제작원가뿐만 아니라 제품의 제조원가에 대응하는 비용이 포함되어 있는 것으로 보이는 점,



EDA 소프트웨어 구입과정을 보면 시놉시스, 케이던스, 지멘스의 EDA 소프트웨어 중 사용될 것으로 예상하는 다양한 소프트웨어를 선택하여 OOO년간 구독의 형식으로 일괄 구매계약을 체결하고 OOO년마다 비용을 지급한 후 필요시 사용하고 있고, 반도체 설계ㆍ제작시 필요한 경우 청구법인이 필요로 하는 EDA 소프트웨어를 선택하여 사용하고 있는 것으로 청구법인에게 맞춤형으로 제작되어 진 것이 아닌 범용성이 있는 소프트웨어로 보이는 점,



거래처의 요구에 따라 청구법인이 제작한 시제품은 거래처의 검증이 필수적이고, 시제품에 대한 거래처의 검증을 위하여 청구법인은 거래처가 사용하는 EDA 소프트웨어를 사용하여 시제품을 제작ㆍ납품하고 있어 청구법인이 쟁점비용을 지급하여 구매한 다양한 EDA 소프트웨어를 모두 사용하고 있다고 보기도 어려운 점,



쟁점소프트웨어 규정은 2019.1.1.부터 적용되고 있고, 이에 따라 세액공제를 적용받는 소프트웨어 비용은 「문화산업 진흥 기본법」제2조 제2호에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정하고 있으며, 분야에 제한없이 소프트웨어 대여ㆍ구입비 항목을 세액공제대상 범위로 확대한 조특법 시행령은 2025년 이후에나 적용하도록 하고 있어 청구법인이 2012사업연도부터 2021사업연도까지 지출한 쟁점비용은 세액공제대상인 연구개발비로 보기 어려운 점,



감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하고, 조특법상 쟁점소프트웨어 규정을 문화컨텐츠 분야 이외에 사용되는 소프트웨어에까지 적용하는 것은 타당하지 아니한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.



다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 EDA 소프트웨어가 전담부서에서 연구시험을 위해 직접 사용하는 시설ㆍ장비에 해당하므로 쟁점연구시설 규정에 따른 연구시험용 시설ㆍ장비의 임차비로 세액공제대상에 해당한다고 주장하나,



연구개발 시설ㆍ장비는 공간으로서의 연구시설과 자산으로서의 연구장비로 구분할 수 있고, 소프트웨어는 서버나 컴퓨터 등의 장비에 탑재되어 그 역할을 수행할 뿐 독립적으로 사용이 불가능하므로 소프트웨어를 단독으로 시설 또는 장비에 해당한다고 볼 수 없는 점,



EDA 소프트웨어는 청구법인 맞춤형 소프트웨어가 아닌 서버나 컴퓨터에 탑재되는 범용성이 있는 소프트웨어이고, 청구법인과 같이 반도체 설계가 필요한 모든 반도체 기업들은 소프트웨어 개발사가 정한 방식으로 구독하여 사용하고 있어 이를 연구시설이나 연구장비로 보기 어려우므로 쟁점비용은 세액공제대상인 연구ㆍ시험용 시설의 임차비에 해당하지 않는 점(조심 2010서979, 2011.12.28. 등, 같은 뜻임) 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.



따라서 처분청이 쟁점비용에 대하여 연구개발비 세액공제 대상에 해당되지 않는다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.