잠실세무서장이 2025.4.22. 청구인 A에게, 광주세무서장이 2025.4.18. 청구인 B에게 한 2015~ 2018년 귀속 종합소득세 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요



가. 청구인 A과 B(이하  "청구인들”이라 한다)은 2006.4.20.부터 경기도 남양주시 OOO에서 ‘C’을 운영하다가 2018.7.9. 또는 2018.12.26. 청구 외 D에게 보유지분을 각 양도하였다.



나. 보건복지부 장관은 2018년경 C에 대한 현지조사를 실시하여 중환자실 병상에 지속적수액주입기를 적정하게 갖추지 못하였음을 이유로 과징금으로 2022.4.28. OOO원, 2022.5.7. OOO원을 각 부과하고, 청구인들에게 각 OOO원(이하  "쟁점금액”이라 한다)의 요양급여를 환수하는 처분을 하였다.



＜표1＞ 쟁점금액 내역(청구인 Aㆍ B 동일)

○○○



다. 청구인들은 이에 불복하여 보건복지부장관 및 국민건강보험공단을 상대로 과징금부과처분 및 요양급여비용 환수처분의 취소를 구하는 소를 제기(서울행정법원 2023.11.24. 선고 OOO 판결→서울고등법원 2024.8.23. 선고 OOO 판결→ 대법원 2025.1.9. 선고 OOO 판결, 이하  "쟁점판결”이라 한다)하였고, 청구인들에 대한 과징금 부과처분은 취소되었으나 요양급여비용 환수처분의 취소 청구는 2025.1.9. 대법원에서 최종 기각결정되었으며 이에 청구인들은 2025년 쟁점금액을 모두 납부하였다.



라. 청구인들은 2025.2.25. 각 처분청에 쟁점금액을 총수입금액에서 제외하여 2015～2018년 귀속 종합소득세를 환급하여 달라는 취지로 「국세기본법」 제45조의2 제2항에 따른 후발적 경정청구를 하였으나, 잠실세무서장은 2025.4.22. 청구인 A에게, 광주세무서장(이하 잠실세무서장과 합하여  "처분청들”이라 한다)은 2025.4.18. 청구인 B에게 ‘「국민건강보험법」 제57조에 따라 환수되는 금액은 그 환수가 확정되는 날이 속하는 과세기간의 총 수입금액에서 차감하는 것’이라는 이유로 청구인들의 경정청구를 거부하였다.



마. 청구인들은 2025.4.28. 이에 불복하여 심판청구를 제기하였다.





2. 청구인들 주장 및 처분청 의견



가. 청구인들 주장



「소득세법」 제39조는 ‘총수입금액 및 필요경비의 귀속연도는 총수입금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 과세기간으로 한다’라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제48조는 ‘사업소득 중 인적용역 제공의 귀속시기에 대해서는  "용역대가를 지급받기로 한 날 또는 용역의 제공을 완료한 날 중 빠른 날”로 한다’고 규정하고 있다.



국민건강보험공단의 환수결정 내역서상 ‘진료개시일자’에서 명확히 확인되듯이 해당 환자들에 대한 의료용역은 2015년～2018년에 제공이 완료되었으므로 이에 대한 수입금액의 귀속시기도 2015년～2018년에 해당하는 것이고, 이후에 공단청구금액의 일부가 환수되었다고 하여도 이는 당초 성립하였던 과세기초가 변동되는 것일 뿐 이를 기초로 귀속시기를 판단할 수 없다.



관련 심판례에서도 ‘공단으로부터 환수결정된 금액에 대하여 총수입금액에서 차감할 귀속시기는 당초 납세의무가 성립하였던 연도로 보는 것이 합리적’이라고 판단하고 있고, 환수로 인하여 과세의 근거가 된 소득이 없어졌다면 이에 대한 납세의무의 부담에서도 벗어날 수 있는 것이 마땅하나 처분청의 결정과 같이 환수금액의 귀속시기를 환수가 확정된 때라고 보는 것은 납세자의 권리를 과도하게 침해하는 것이다.



따라서 쟁점금액에 대하여 총수입금액에서 차감할 귀속시기는 당초 납세의무가 성립하였던 2015년～2018년이므로, 처분청의 경정청구 거부처분은 위법하므로 취소하여야 한다.



나. 처분청 의견



의료업자가 인적용역의 대가로 기 지급받은 보험급여를 국민건강보험공단이 부당이득으로 환수하는 경우 부당이득으로 확인되는 시점에 환수되는 보험급여가 확정되는 것이므로 해당 확정일이 속하는 사업연도의 총수입금액에서 차감하여야 한다.



소득세는 기간단위 과세 및 권리의무 확정주의가 적용되므로 기 지급된 보험급여의 환수가 확정되더라도 이미 경과된 과세기간의 정상적으로 확정된 사업소득에 영향을 줄 수가 없다. 다만, 환수금은 의료업자의 소득으로 귀속될 금원이 아니기 때문에 환수된 금액에 대하여는 과세할 수 없으므로 환수가 확정된 과세기간의 총수입금액에서 차감하는 것이 타당하다.



유사한 예로 사업자의 대손금은 대손이 확정된 과세기간의 필요경비로 처리하도록 규정하고 있는바, 이는 판매된 상품의 수입시기가 확정되어 총수입금액에 반영하였으나 매수자가 외상매입대금을 갚지 못하여 대손이 확정되었다면 당초 총수입금액으로 인식한 귀속연도의 수입금액을 경정하는 것이 아니라 대손이 확정된 시점에 총수입금액에서 필요경비(손금)로 차감하도록 한 것이다.



보건복지부의 의료기관 회계기준규칙 ＜재무제표 세부 작성방법 고시＞에도 처분청과 동일한 취지로 고시되어 있다.

○ 보건복지부고시 제2008-2호(2008.1.15.) 【재무제표 세부 작성방법고시】


Ⅲ. 세부 작성기준

3. 자산ㆍ 부채의 평가

나. 진료비청구액의 삭감

1) 국민건강보험 등의 적용을 받아 진료비의 일부 또는 전부가 보험자단체에 의하여 지불되는 환자에 대하여 청구한 진료비의 일부가 삭감되는 경우에는 보험자 단체의 심사가 완료되어 수납할 금액이 확정된 시점을 기준으로 하여 이미 계상된 의료미수금과 의료수익을 상계처리한다.

2) 삭감된 진료비 중 보험자단체에 이의 신청하여 일부 또는 전부가 수납될 경우에는 수납된 시점에 의료수익이 수납액만큼 발생한 것으로 회계처리한다. 따라서 이의신청시는 회계처리하지 않으며 이의신청장부에 비망으로 기록한다.





○ 소득세과-0880(2011.10.26.)

드라마 원고 집필하는 거주자가 사업소득에 대한 총수입금액으로 신고한 금액 중 계약해지에 따라 반환하는 금액은 그 계약해지가 확정되는 날이 속하는 과세기간의 총수입금액에서 차감하는 것임



○ 소득-46011-673(1998.3.18.)

보험대리점을 영위하는 사업자가 보험회사로부터 지급받은 대리점수수료를 당해연도의 총수입금액에 산입하였으나 추후 당해 수수료를 지급받은 보험계약이 해지되어 보험회사에 환수되는 수수료는 당해 보험계약이 해지된 날이 속하는 과세연도의 필요경비에 산입할 수 있는 것임



○ 소득-22601-3779(1985.12.17.)

자동차 정비업을 영위하는 사업자가 당해 용역대가를 보험회사에서 지급되는 보험금으로 지급받기로 약정한 보험사고 자동차에 대하여 수리용역의 제공을 완료하고, 그 용역대가를 보험금 청구금액으로 하여 수입금액에 계상하였으나, 그 후 보험회사에서 지급이 확정된 보험금이 청구금액보다 감액되는 경우에는 그 지급이 확정된 보험금을 총수입금액으로 하는 것이므로 보험금 지급이 확정되는 때에 당초 계상된 수입금액을 감액, 수정하는 것임

기간단위 과세 및 권리의무 확정주의를 적용한 해석례는 비단 보험급여 환수 사례에 국한된 것은 아니다.



따라서 보험급여가 환수되는 경우도(위 매출금의 대손 사례와 마찬가지 논리를 적용하여) 의료행위는 환자들에게 정상적으로 공급된 것이고 기 지급된 용역의 대가만이 환수되는 것이므로 당초 확정된 신고내용을 경정할 것은 아니라 할 것인바, 청구인들의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다.




3. 심리 및 판단



가. 쟁점



요양급여비용 환수처분금액은 그 환수확정일이 속하는 사업연도의 총수입금액에서 차감하는 것으로 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 처분의 당부



나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 쟁점판결의 구체적 내용은 다음과 같다.

○○○



(2) 경정청구 처리결과통지서의 내용은 다음과 같다.

○○○



(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 의료업자가 인적용역의 대가로 기 지급받은 보험급여를 국민건강보험공단이 부당이득으로 환수하는 경우 부당이득으로 확인되는 시점에 환수되는 보험급여가 확정되는 것이므로 해당 확정일이 속하는 사업연도의 총수입금액에서 차감하여야 한다는 의견이다.



그러나 위법소득의 지배ㆍ 관리라는 과세요건이 충족됨으로써 일단 납세의무가 성립하였다고 하더라도 그 후 몰수나 추징과 같은 위법소득에 내재되어 있던 경제적 이익의 상실가능성이 현실화되는 후발적 사유가 발생하여 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정됨으로써 당초 성립하였던 납세의무가 그 전제를 잃게 되었다면 특별한 사정이 없는 한 납세자는 후발적 경정청구를 하여 그 납세의무의 부담에서 벗어날 수 있다고 봄이 타당한 것(조심 2015구3313, 2015.10.22. 조세심판관합동회의, 대법원 2015.7.16. 선고 2014두5514 전원합의체 판결)인바, 이 건의 경우 청구인들의 요양급여비용 환수처분의 취소 청구는 2025.1.9. 대법원에서 최종 기각결정되었고 그에 따라 청구인들은 2025년 쟁점금액을 모두 납부하였으므로 위법소득에 내재되어 있던 경제적 이익의 상실가능성이 현실화된 후발적 사유가 발생한 것으로 볼 수 있고, 이에 따라 쟁점금액이 소득으로 실현되지 아니한 것으로 확정되었으므로 당초 성립하였던 납세의무가 그 전제를 상실하게 되었는바, 공단으로부터 부당이득금으로 환수결정된 쟁점금액에 대하여 총수입금액에서 차감할 귀속시기는 당초 납세의무가 성립하였던 2015년～2018년으로 보는 것이 합리적인 것으로 보인다(조심 2019구1414, 2019.5.28., 같은 뜻임).



따라서 처분청들이 ‘「국민건강보험법」 제57조에 따라 환수되는 금액은 그 환수가 확정되는 날이 속하는 과세기간의 총 수입금액에서 차감하는 것’이라는 이유로 청구인들의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.





4. 결 론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
















＜별지＞ 관련 법률



(1) 소득세법



제19조(사업소득) ② 사업소득금액은 해당 과세기간의 총수입금액에서 이에 사용된 필요경비를 공제한 금액으로 하며, 필요경비가 총수입금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 "결손금"이라 한다.



제24조(총수입금액의 계산) ① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액의 계산은 당해연도에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액에 의한다.

② 제1항의 경우 금전외의 것을 수입하는 때에는 그 수입금액을 그 거래당시의 가액에 의하여 계산한다.

③ 총수입금액의 계산에 있어서 수입하였거나 수입할 금액의 범위와 계산 또는 확정시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.



제27조(필요경비의 계산) ① 부동산임대소득금액ㆍ사업소득금액 또는 기타소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 당해연도전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 당해연도에 확정된 것에 대하여는 당해연도 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것에 한하여 당해연도의 필요경비로 본다.

③ 필요경비의 계산에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.



제39조(총수입금액과 필요경비의 귀속연도 등) ① 거주자의 각 연도의 총수입금액과 필요경비의 귀속연도는 총수입금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 연도로 한다.



(2) 국민건강보험법



제57조(부당이득의 징수) ① 공단은 속임수나 그 밖의 부당한 방법으로 보험급여를 받은 사람이나 보험급여 비용을 받은 요양기관에 대하여 그 보험급여나 보험급여 비용에 상당하는 금액의 전부 또는 일부를 징수한다.