제주세무서장이 2025.1.3. ＜별지＞ 기재와 같이 청구인을 A주식회사의 체납세액에 대하여 제2차 납세의무자로 지정ㆍ 납부고지한 처분은 2021.1.1. 이후 그 법인의 납세의무가 성립하는 분을 제외하여 제2차 납세의무 지정 및 납부고지를 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1.처분개요



가.청구인은 제주특별자치도 서귀포시 OOO 소재에서 해운업을 영위하는 A주식회사(비상장법인, 이하  "체납법인”이라 한다)의 감사로 재직(재직기간 2008.11.10. 취임, 2014.3.19. 퇴임)하였던 자로 2012.1.13.부터 체납법인의 발행주식 3,000주(지분율 26.08%, 이하  "쟁점주식”이라 한다)를 보유하였다.



나.처분청은 체납법인이 ＜별지＞와 같이 2020사업연도 법인세 등 합계 OOO원을 체납하자 「국세기본법」제39조 제2호에 따라 청구인과 청구인의 형 B(지분율 39.13%) 및 형수 C(지분율 19.57%)을 체납법인의 과점주주에 해당하는 것으로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고, 2025.1.3. 청구인에게 청구인의 체납법인에 대한 지분율(26.08%) 상당의 체납법인의 체납세액 합계 OOO원에 대하여 납부고지를 하였다.



다.청구인은 이에 불복하여 2025.3.25. 심판청구를 제기하였다.





2.청구인 주장 및 처분청 의견



가.청구인 주장



(1) 청구인은 2012.1.13.부터 쟁점주식을 보유한 것으로 체납법인의 주주명부상 등재되어 있으나, 2013.2.27. 체납법인의 실질적인 설립자이자 주주였던 청구인의 아버지 D의 사망 이후 B과의 불화로 체납법인의 경영에 관여한 사실이 전혀 없었고, 쟁점주식도 정리된 것으로 알고 있었을 뿐, 현재까지 쟁점주식을 보유한 사실 자체도 인지하지 못하였는바, 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 처분청이 한 이 건 처분은 위법ㆍ 부당하다.



(가) 「국세기본법」제39조 제2호 규정의 경우 2020.12.22. 법률 제17650호로 개정되기 전에는 제2차 납세의무를 지울 수 있는 과점주주의 범위를 ‘주주와 그의 특수관계에 있는 자들로서 그들의 소유주식 합계가 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들’이라고 규정하였다가, 과점주주에게 제2차 납세의무가 사법상 주주 유한책임의 원칙에 대한 중대한 예외로서 본래의 납세의무자가 아닌 제3자에게 보충적인 납세의무를 부과하는 제도이기 때문에 그 적용 요건을 엄격하게 해석하여야 한다는 대법원 판례의 취지에 따라, ‘주주와 그의 특수관계에 있는 자의 소유주식 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들’로 개정하여 제2차 납세의무를 지울 수 있는 과점주주의 범위를 법인의 임원 임면권 행사, 사업방침 결정 등 사실상 법인 경영에 영향력을 행사하였다고 인정되는 경우 등인 ‘법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들’로 한정하도록 규정하였다.



(나) 체납법인은 2001.12.26. 설립된 법인으로 청구인과 B이 체납법인의 주주로 등재되었으나, 실질적인 체납법인의 대표자는 청구인의 아버지 D이었고, 청구인은 체납법인과 별개로 서울특별시 소재에서 직장 생활을 하던 중 2008년경 제주 지역의 감귤 운송과 관련된 지상 착불운송비 대리 수령업무를 해보라는 D의 조언에 따라 착불금 수수료를 수취하는 방식의 사업을 영위하고자 사업자등록을 한 후, 관련 개인 사업을 영위하였을 뿐이며, D의 사망 이후 B의 강압적인 요구에 따라 청구인 명의의 개인 사업자를 폐업신고하고 청구인이 영위하던 사업의 거래처 및 직원 등 영업자산을 B에게 넘겨주고 2014.3.19. 체납법인의 감사에서도 퇴직한 후 실질적으로 체납법인 및 B과의 관계를 절연하게 되었는바, 2014년 이후 체납법인과 관련된 임원 임면권 행사 등 경영상 의사결정에 관여한다거나 쟁점주식을 보유한 체납법인의 주주로서 권한을 행사한 사실이 전혀 없으므로, 청구인을 체납법인의 과점주주에 해당하는 것으로 보아 체납법인의 체납세액에 대하여 청구인을 제2차 납세의무자로 지정ㆍ 납부고지한 이 건 처분은 위법ㆍ 부당하다.



(2) 한편 처분청은 체납법인의 주주명부상 청구인이 쟁점주식을 보유한 주주로 등재되어 있고, 체납법인과 무관하다는 청구인의 주장을 인정할 만한 객관적인 증빙자료가 없으므로 이 건 제2차 납세의무자 지정ㆍ 납부고지 처분이 정당하다는 의견이나, B이 작성한 확인서를 통해 청구인이 체납법인의 실질적인 주주가 아니고 2014년 이후 체납법인의 경영에 관여하거나 쟁점주식을 보유한 체납법인의 주주로서 권한을 행사한 사실이 없다는 취지의 확인서를 작성ㆍ 제출하였고, 체납법인의 주주로 계속 등재되어 있었던 것은 체납법인의 대표이사이자 청구인의 형인 B이 쟁점주식에 대한 명의개서 절차를 지연한 것에 기인한 것일 뿐이며, 청구인이 2014.3.19. 체납법인의 감사에서 퇴임한 이후 체납법인의 임원으로 등재되었다거나 체납법인에서 근무를 한 사실이 없는 이상 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 체납법인의 체납세액에 대하여 제2차 납세의무자로 지정ㆍ납부고지한 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다.



나. 처분청 의견



체납법인의 주식변동상황명세서 등에 의하면 청구인이 적법하게 쟁점주식을 보유한 체납법인의 주주로 등재된 것으로 확인되고, 특수관계인인 청구인과 B 등이 소유한 체납법인의 발행주식이 전체 발행주식 총수 중 100분의 50을 초과한 것으로 확인되는 이상 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 체납법인의 체납세액에 대하여 제2차 납세의무자로 지정ㆍ납부고지한 이 건 처분은 정당하다.





3.심리 및 판단



가.쟁점



청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분의 당부



나.관련 법령



(1)국세기본법(2020.12.22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 것)



제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)



(2)국세기본법(2020.12.22. 법률 제17650호로 개정된 것)



제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하  "과점주주”라 한다)



※ 부칙



제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 법률 제9911호 국세기본법 일부개정법률 제21조 제2항 제11호 나목 및 라목의 개정규정은 법률 제9346호 교통ㆍ에너지ㆍ환경세법 폐지법률의 시행일부터 시행한다.



제2조(출자자의 제2차 납세의무에 관한 적용례) 제39조의 개정규정은 이 법 시행 이후 법인의 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.



(3)국세기본법 시행령



제18조의2(짜고 한 거짓 계약으로 추정되는 계약의 특수관계인의 범위) 법 제35조 제6항 각 호 외의 부분 후단에서  "특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자”란 해당 납세자와 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

1. 친족관계

2. 경제적 연관관계

3. 경영지배관계 중 제1조의2 제3항 제1호 가목 및 같은 항 제2호 가목 및 나목의 관계. 이 경우 같은 조 제4항을 적용할 때 같은 항 제1호 가목 및 제2호 나목 중  "100분의 30”은  "100분의 50”으로 본다.



제20조(출자자의 제2차 납세의무의 적용 범위) ② 법 제39조 제2호에서  "특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자”란 해당 주주 또는 법 제39조 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원과 제18조의2 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.



다.사실관계 및 판단



(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다.



(가) 체납법인의 법인 등기사항전부증명서상 B이 대표이사로 등재되어 있는 것으로 나타나고, 청구인의 경우 2008.11.10. 감사로 취임한 후 2014.3.19. 퇴임한 것으로 나타나며, 이후 체납법인의 등기임원으로 등재된 이력은 없는 것으로 확인된다.



(나) 체납법인의 2012.1.13.자 주주명부는 아래 ＜표1＞과 같고, 이후 체납법인이 과세관청에 주식상황변동명세서를 제출한 사실이 없는 것으로 확인된다.



＜표1＞ 체납법인의 주주명부(2012.1.13. 기준)

○○○



(다) 처분청은 체납법인이 ＜별지＞ 기재의 국세를 체납하자 청구인과 형 B 및 형수 C을 체납법인의 과점주주로 보아 체납법인의 체납세액에 대하여 각자의 지분율에 따라 제2차 납세의무자로 지정ㆍ 납부고지하였고, 청구인 외 B 및 C 모두 위 제2차 납세의무자 지정ㆍ 납부고지세액을 체납하고 있으며, 처분청이 B 및 C 명의의 재산을 압류한 상태인 것으로 확인된다.



＜표2＞ B 및 C에 대한 압류처분 내역

○○○



(2) 청구인은 쟁점주식을 실질적으로 보유한 사실이 없어 체납법인의 주주가 아니고, 체납법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사한 사실이 없으므로 체납법인의 과점주주에 해당하지 않는다고 주장하며 다음과 같은 자료를 제출하였다.



(가) 청구인은 체납법인의 주주총회 의사록 등을 통해 청구인이 체납법인의 주주총회에 참석한 사실이 없어 쟁점주식을 보유한 체납법인의 주주로서 권한을 행사한 사실이 없음이 확인된다고 주장하며, 아래 ＜표3＞과 같이 체납법인의 주주총회 의사록을 제출하였다.



＜표3＞ 체납법인의 주주총회 의사록

○○○



(나) 청구인은 체납법인의 대표이사이자 청구인의 형인 B이 쟁점주식과 관련하여 청구인이 무관하고, 체납법인의 경영에 대하여 청구인이 관여한 사실이 없음을 인정하였다고 주장하면서 B이 작성한 사실확인서를 제출하였다.



＜표4＞ B의 사실확인서

○○○



(다) 청구인은 청구인의 2021∼2024년 귀속 종합소득세 신고 사실이 없는 것으로 사실증명원상 확인되며, 같은 기간 별도로 체납법인이 청구인에게 배당금 및 급여를 지급한 사실은 확인되지 않으므로 체납법인의 경영에 관여한 사실이 없다고 주장하며, 소득금액증명원(2020∼2024년)을 제출하였다.



＜표5＞ 청구인의 소득금액증명원(2020∼2024년)

○○○



(라) 청구인은 체납법인 또는 B과 별도의 연락을 취한 사실이 없어 체납법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사한 사실이 없다고 주장하면서 청구인 명의의 휴대전화 회선 통화내역을 제출하였다.



(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.



(가) 「국세기본법」(2020.12.22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 것) 제39조 제2호는 법인의 재산으로 그 법인이 납부할 국세 등에 충당하여도 부족한 경우에 과점주주에게 그 국세의 납세의무성립일 현재 제2차 납세의무를 지울 수 있도록 하면서 그 과점주주의 범위를 ‘주주와 그의 특수관계에 있는 자들로서 그들의 소유주식 합계가 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들’로 규정하였다가 2020.12.22. 국세기본법 개정(법률 제17650호)으로 ‘주주와 그의 특수관계에 있는 자의 소유주식 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들’로 규정(적용시기는 2021.1.1. 이후 법인의 납세의무가 성립하는 분부터)하였다.


이와 같은 개정은 조세징수의 확보를 위하여 원래의 납세의무자인 법인의 재산에 대하여 체납처분을 하여도 징수하여야 할 조세에 부족이 있다고 인정되는 경우에 사법질서를 어지럽히는 것을 최소화하면서 실질적으로 법인의 운영을 지배할 수 있는 출자자에 한하여 법인으로부터 징수할 수 없는 금액을 한도로 하여 보충적으로 납세의무를 부담케 하는 제2차 납세의무 제도의 취지(대법원 2019.5.16. 선고 2018두36110 판결, 같은 뜻임)에 부합하도록 제2차 납세의무를 지울 수 있는 과점주주의 범위를 법인의 임원 임면권 행사, 사업방침 결정 등 사실상 법인 경영에 영향력을 행사하였다고 인정되는 경우 등인 ‘법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들’로 한정한 것으로 보인다(조심 2022부5834, 2023.1.11., 같은 뜻임).



(나) 이 건의 경우, 청구인이 비록 체납법인의 주식등변동상황명세서에서 주주로서 등재되어 있기는 하나, 체납법인의 등기사항전부증명서상 체납법인의 감사에서 퇴임한 2014.3.19. 이후 법인의 경영에 주요 권한과 책임이 있는 임원에 등재된 이력이 확인되지 아니한 점, 청구인의 소득금액증명원 등을 통해 2020∼2024년 기간동안 체납법인으로부터 급여 등을 지급받은 이력이 확인되지 않는 점, 체납법인의 대표이사 B 또한 청구인이 2014년 이후 체납법인의 경영에 관여한 사실이 없다고 확인하는 점 등에 비추어 쟁점주식을 보유한 체납법인의 주주라고 하더라도 체납법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하였다고 보기는 어렵다 할 것이므로, 2021.1.1. 이후 납세의무가 성립한 체납법인의 체납세액에 대하여 청구인을 체납법인의 제2차 납세의무를 지울 수 있는 과점주주로 보기는 어렵다 할 것이다.



(다) 다만, 2020.12.22. 「국세기본법」 개정 전에는 제2차 납세의무를 지우는 과점주주 요건을 ‘주주들의 소유주식의 합계가 50%를 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사한 자’로만 규정하고 있고, 청구인이 체납법인의 주주명부상 쟁점주식을 보유한 체납법인의 주주로서 배당금 수령 등의 권리를 행사할 수 있는 지위에 있었다고 볼 수 있으므로 2021.1.1. 전에 납세의무가 성립하는 체납법인의 체납세액에 대하여는 청구인을 체납법인의 제2차 납세의무를 지울 수 있는 과점주주에 해당한다고 할 것이다.



(라) 따라서 처분청이 ＜별지＞ 기재와 같이 청구인에게 제2차 납세의무를 지정하고 납부고지한 이 건 처분 중 2021.1.1. 이후 납세의무가 성립한 체납법인의 체납세액에 대하여 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정ㆍ 납부고지한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.





4.결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.



＜별지＞ 체납법인의 체납세액 및 제2차 납세의무 지정ㆍ 납부고지 내역

○○○