1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 각자 부담한다.

피고가 2023. 6. 1. 원고에게 한 양도소득세 xx,xxx,xxx원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위



가. 원고는 2003. 11. 7. 모친인 고BB으로부터 ㅇㅇ시 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 xxx-x 답 xxx㎡, 같은 리 xxx-x 답 xxxx㎡, 같은 리 xxx 답 xxxx㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하여 소유권이전등기를 마쳤다.



나. 원고는 임CC에게 이 사건 토지를 양도하기로 하고(이하 ‘이 사건 양도’라 한다), 2022. 11. 22. 위 양도대금을 6억 원으로 하여 매매계약서를 작성하였다.



다. 원고는 2023. 1. 6. 피고에게 이 사건 양도에 대하여 위 매매계약서를 첨부하여 구 조세특례제한법(2022. 12. 31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례법’이라 한다) 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용하여 양도소득세를 신고한 후, 2023. 3. 7. 구 조세특례법 제70조 농지대토에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용하는 것으로 변경하여 양도소득세를 수정ㆍ신고하였다.



라. 피고는 원고의 위와 같은 신고 내용을 검토한 결과, 감면 요건이 충족되지 않는 것으로 보아 감면 적용을 배제하고, 이 사건 토지를 비사업용 토지로 보아 중과세율(50%)을 적용하여 2023. 6. 1. 원고에게 2022년 귀속 양도소득세 xxx,xxx,xxx원을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘당초 처분’이라 한다).



마. 원고는 당초 처분에 불복하여 2023. 7. 10. 이의신청을 거쳐, 2023. 9. 6. 조세심판원에 당초 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2023. 12. 14. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.



바. 피고는 이 사건 소송 계속 중이던 2025. 7. 10. ‘이 사건 양도의 양도대금은 4억 2,000만 원’이라는 사실을 인정하고, 2022년 귀속 양도소득세 xx,xxx,xxx원을 직권으로 감액ㆍ경정하였다(이하 감액되고 남은 양도소득세 과세처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).



[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 25 내지 27호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함), 을 제1 내지 4, 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지



2. 이 사건 처분의 적법 여부



가. 원고의 주장 요지



이 사건 토지는 원고의 직계존속(모친)인 고BB이 8년 이상 이 사건 토지 소재지에 거주하면서 직접 경작한 후 원고에게 증여한 것이므로, ① 구 조세특례법 제69조 내지 제70조에 따라 양도소득세가 감면되어야 함에도 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하고, ② 설령 양도소득세를 부과하더라도 구 소득세법 시행령(2022. 10. 4. 대통령령 제32931호로 개정되기 전의 것) 제168조의14 제3항 제1의2호에 따른 부득이한 사유가 있으므로 비사업용 토지로 보지 않아야 함에도 이를 비사업용 토지로 보아 중과세한 이 사건 처분은 위법하다.



나. 관계 법령



별지 기재와 같다.



다. 판단



1) 조세특례제한법에 따른 감면 주장에 대한 판단



가) 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다(구 조세특례법 제69조 제1항). 구 조세특례법 제69조 제1항 본문에서 ‘농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자’라 함은 ‘농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역, 그와 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역, 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역 중 어느 하나에 거주하는 자를 말하고, ‘대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작’이란 ‘거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것(1호)’ 또는 ‘거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것(2호)’ 중 어느 하나에 해당하는 것을 말한다[구 조세특례제한법 시행령(2022. 12. 31. 대통령령 제33208호로 개정되기 전의 것) 제66조 제1항, 제13항].



과세처분에 관한 행정소송에 있어 과세원인 및 과세표준금액 등 과세요건이 되는 사실에 관하여는 특별한 사정이 없는 한 과세관청에 그 입증책임이 있는데(대법원 2007. 2. 22. 선고 2006두6604 판결 등 참조), 양도소득세의 감면요건에 해당하는 사실에 대한 입증책임은 양도소득세의 감면을 주장하는 납세의무자에게 있다고 할 것이다(대법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893 판결, 대법원 2002. 11. 22. 선고 2002두7074 판결 등 참조). 또한 양도한 토지가 8년 이상 농지로서 이용된 사실이 인정된다 하여 이로써 양도자가 자경한 사실까지 추정되는 것은 아니며, 양도자가 그 토지를 8년 이상 자경한 사실은 이를 주장하는 자가 입증하여야 한다(대법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893 판결, 대법원 2002. 11. 22. 선고 2002두7074 판결 등 참조).



살피건대, 이 사건 처분은 이 사건 양도 즉, 원고가 임CC에게 이 사건 토지를 양도한 것에 대하여 양도소득세를 부과한 것인바, 구 조세특례법 제69조를 적용하기 위해서는 ‘원고가’ 이 사건 토지를 8년 이상 자경한 사실을 입증하여야 한다. 그러나 원고는 모친인 고BB이 이 사건 토지를 8년 이상 자경하였다고 주장할 뿐 원고가 자경한 사실에 대하여는 별다른 주장ㆍ입증을 하고 있지 않은바, 위 법령이 적용되어야 한다는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.



나) 구 조세특례법 제70조 제1항은 ‘농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(代土)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.‘고 규정하고 있는바, 이 사건 양도는 농지를 대토한 경우에 해당하지 않으므로 위 규정이 적용되어야 한다는 원고의 이 부분 주장 역시 받아들이지 않는다.



2) 이 사건 토지가 비사업용 토지가 아니라는 주장에 대한 판단



가) 관련 법리



구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제104조의3 제1항은 농지, 임야, 목장용지, 기타 토지 등 각 용도별로 구분하여 비사업용 토지의 범위를 규정하고, 그 위임에 따른 같은 법 시행령 제168조의6은 보유기간별 사용실태에 따른 비사업용 토지의 기간기준을 규정하고 있다. 같은 법 제104조 제1항 제8호는 비사업용 토지에 대한 양도소득세의 세율에 관하여 과세표준에 따라 기본세율에 10%를 더한 세율을 적용하도록 규정하고 있는데, 이러한 비사업용 토지에 대한 양도소득세 중과제도는 개인이 실수요에 따라 생산적인 용도로 사용하지 않고 재산증식의 수단으로 보유하다가 양도하는 토지를 비사업용 토지로 분류하여 양도소득세를 중과함으로써 토지에 대한 투기수요를 억제하는 데 그 입법 목적이 있다. 도시지역 안의 농지의 경우에도 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 (나)목 본문에서 원칙적으로 비사업용 토지에 해당하는 것으로 규정하고 있는바, 도시지역 안의 농지는 농지법상 규제 완화와 도시지역의 특성 등으로 인하여 투기적 거래의 대상이 되거나 지가 상승이 초래될 가능성이 높은데, 이러한 지가 상승은 개인의 노력과는 관계없는 불로소득이므로 이에 대하여 고율의 양도소득세를 부과하는 것은 토지에 대한 투기 수요를 억제하고, 지가 상승분 중 일부를 환수하여 과세형평과 부동산 시장의 안정을 도모하며, 나아가 국토의 균형 있는 이용ㆍ개발과 보전을 실현하기 위한 데 그 입법 목적이 있다(대법원 2012. 10. 25. 선고 2010두17281 판결, 헌법재판소 2015. 7. 30. 선고 2013헌바207 전원재판부 결정 등 참조).



그런데 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상의 제한이나 개인이 책임질 수 없는 부득이한 사유로 토지를 실수요에 따라 생산적인 용도로 사용할 수 없는 경우에도 그 토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 중과하는 것은 불합리하므로, 구 소득세법 제104조의3 제2항, 같은 법 시행령 제168조의14 제1항, 같은 법 시행규칙 제83조의5 제1항 등은 그러한 사유가 존재하는 기간 동안은 그 토지를 비사업용으로 사용한 것으로 보지 아니하도록 규정하고 있다(대법원 2013. 2. 14. 선고 2011두28950 판결 등 참조). 이러한 관련 규정의 입법 취지와 문언 내용 및 체계 등을 종합하여 보면, 구 소득세법 제104조의3 제1항, 같은 법 시행령 제168조의6 등 법문에서 정한 요건과 기준을 충족하는 토지는 원칙적으로 양도소득세 중과세 대상인 비사업용 토지에 해당하고, 법령상의 제한 등 비사업용 토지의 제외사유에 관하여는 이를 주장하는 납세의무자에게 증명책임이 있다고 할 것인데, 그와 같은 제외사유에 해당하는지는 비사업용 토지에 대한 양도소득세 중과제도의 입법 취지에 비추어 사안별로 신중하고 엄격하게 판단하여야 한다(대법원 2023. 6. 29. 선고 2023두34637 판결 등 참조).



나) 구체적 판단



위 법리에 비추어 보건대, 앞서 든 증거, 갑 제41호증의 1 내지 3, 48호증, 을 제5, 6호증의 각 기재, 증인 최DD의 진술 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 구 소득세법 시행령(2022. 10. 4. 대통령령 제32931호로 개정되기 전의 것) 제168조의14 제3항 제1의 2호와 같은 비사업용 토지의 제외사유, 즉 이 사건 토지가 원고의 직계존속(모친)인 고BB이 ’8년 이상‘ 이 사건 토지 소재지에 거주하면서 ’직접 경작‘한 농지에 해당한다거나, 원고가 이를 고BB으로부터 ’증여‘받았다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.



① 원고는 2003. 10. 5. 고BB과 사이에 이 사건 토지를 포함하여 총 13필지의 토지를 총 매매대금 2억 2,000만 원에 매수하는 매매계약을 체결하였다.



② 고BB은 2004. 3. 30. 이 사건 토지를 위와 같이 양도함에 따른 양도소득세 신고ㆍ납부를 하였고, 원고는 이 사건 토지에 관하여 등기원인을 매매로 하여 소유권 이전등기를 경료받았다.



③ 원고는 2023. 1. 6. 피고에게 이 사건 양도에 관한 양도소득세 신고를 할 당시에도 위 고BB과 사이의 매매계약서를 첨부하여 제출하면서 이 사건 토지의 취득가액을 위 매매대금인 2억 2,000만 원을 기준시가로 안분한 금액으로 산정하여 신고하였다.



④ 원고는 고BB이 이 사건 토지 소재지에 거주하면서 8년 이상 자경하였다는 사실을 입증하기 위해 경작사실확인서(갑 제41호증의 1 내지3)를 제출하였으나, 위 경작사실확인서는 부동문자로 고BB이 8년 이상 자경하였다는 내용이 기재되어 있고, 인우보증인들의 신분증이나 인감증명서도 첨부되지 않은 채 인우보증인들의 생년월일과 이름 정도가 수기로 기재되어 있을 뿐인바, 위 인우보증인들이 원고나 고BB과 어떤 관계인지 이 사건 토지 소재지에 거주하는지조차 알 수 없는 등 위 기재만으로는 고BB이 이 사건 토지를 8년 이상 자경하였다고 인정하기 부족하다.



⑤ 최DD이 이 법정에 증인으로 출석하여 고BB을 도와 이 사건 토지에서 농사를 지었다는 취지로 진술하였으나, 최DD은 ’고BB이 이 사건 토지 소재지로 이사온 시기, 농사를 지었다는 토지의 지번이나 평수, 농사를 지은 기간 등에 대하여 정확히 기억하지 못한다‘는 취지로 진술하였는바, 위 진술만으로는 고BB이 이 사건 토지를 8년 이상 자경하였다고 인정하기 어렵다.



3. 결론



그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.