동작세무서장이 2024.12.11. 청구법인에게 한 법인세 합계 OOO원(2021사업연도분 OOO원 및 2022사업연도분 OOO원)의 부과처분은 이를 취소한다.

1.처분개요



가. 청구법인은 2003.7.23. 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 비영리내국법인으로 고유목적 사업(선조 묘역시설 유지 관리 등) 및 수익사업(부동산 임대업)을 영위하고 있고, 아래 ＜표1＞과 같이 청구법인이 보유하던 서울특별시 동작구 OOO 임야 1,276㎡(이하  "쟁점①토지”라 한다), 같은 동 산44-29 임야 6,115㎡(이하  "쟁점②토지”라 한다) 및 같은 동 산44-30 임야 10,240㎡(이하  "쟁점③토지”라 하고, 쟁점①ㆍ ②토지와 합하여 이하  "쟁점토지”라 한다)가 서울특별시 및 서울특별시 동작구에 수용되었으나, 이와 관련된 별도의 법인세를 신고하지 아니하였다.



＜표1＞ 쟁점토지 수용 내역

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나. 처분청은 청구법인이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 쟁점토지를 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 없다고 보아 2024.12.11. 아래 ＜표2＞와 같이 청구법인에게 법인세 합계 OOO원을 경정ㆍ 고지하였다.



＜표2＞ 법인세 부과처분 상세내역

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다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.12.23. 이의신청을 거쳐 2025.6.4. 심판청구를 제기하였다.





2.청구법인 주장 및 처분청 의견



가.청구법인 주장



(1) 청구법인이 쟁점토지를 양도일 직전 3년 이상 고유목적사업에 사용한 것으로 확인되는 이상, 쟁점토지의 수용으로 인해 수령한 금원의 경우 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 수입으로서 「법인세법」제4조 제3항 제5호에 따라 비영리내국법인의 비과세 대상 소득에 해당하므로, 이 건 부과처분은 위법ㆍ 부당하다.



(가) 청구법인은 조선 중기부터 청구법인의 선산인 서울특별시 동작구 OOO 임야 82,401㎡(이하  "쟁점선산”이라 한다)를 보유하면서 쟁점선산에 소재한 청구법인의 선조들 분묘를 관리하여 왔고, 1974.12.19. 쟁점선산에 대한 보존등기를 경료하였다.



(나) 이후 청구법인은 서울특별시의 쟁점선산 일대를 공익 목적으로 활용할 계획 등 공익적 목적에 따라 쟁점선산을 쟁점토지 등 5필지로 분할하였으나, 분할 이후에도 별도의 경계를 표시하는 등의 사실없이 쟁점토지를 포함한 쟁점선산에 소재한 분묘를 관리하는 등 이를 청구법인의 고유목적사업을 위해 지속적으로 사용하였다.



(다) 쟁점토지의 경우 양도 목적이 아닌 공익적 목적에 따라 분할되어 서울특별시 등에 수용되었으나 별도의 이장 절차 없이 현재까지도 쟁점토지에 조상 분묘가 소재하고 있고, 청구법인이 이를 보존ㆍ 관리하고 있다.



(라) 따라서 쟁점토지는 청구법인이 관리하는 분묘가 소재한 토지로서 양도일 직전 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산에 해당하므로 이 건 처분은 위법ㆍ 부당하다.



(2) 처분청은 쟁점토지에 청구법인이 관리하는 분묘가 소재하지 않는 것으로 보아 쟁점토지가 고유목적사업에 사용된 고정자산에 해당하지 않는 것으로 판단하여 이 건 부과처분을 한 것으로 보이나, 쟁점토지를 포함한 쟁점선산은 분할 이후에도 별도의 경계 구분 없이 청구법인이 관리하는 선산으로 고유목적사업에 지속적으로 사용된 사실에는 변동이 없으므로 이 건 부과처분은 위법ㆍ 부당하다.



(가) 처분청은 쟁점②토지의 경우 청구법인이 쟁점②토지 지상에 소재한 무허가 건물을 임대하였고, 쟁점②토지가 마을공동체의 텃밭으로 사용되었던 점에 따라 쟁점②토지가 양도일 직전 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산에 해당하지 않는다는 의견이나, 사회공익적 측면에서 쟁점②토지 일부가 마을공동체의 텃밭으로 사용되도록 허락하였을 뿐이고, 쟁점②토지 중 극히 일부분 면적 지상에 소재하던 무허가 건물의 경우 묘지기를 하던 종원이 거주하던 건물로 청구법인의 문중 종원이 임차한 사실이 있기는 하나 쟁점②토지에 소재한 조상의 분묘 2기를 청구법인이 계속하여 관리ㆍ 보존한 이상, 위와 같은 사정들의 경우 쟁점②토지를 고유목적사업에 계속 사용하였는지 여부를 판단함에 있어 본질적인 문제라고 보기는 어려우므로 처분청의 의견을 받아들이기 어렵다.



(나) 또한 처분청은 쟁점①ㆍ ③토지의 경우에도 사실상 근린공원의 둘레길로 사용되어 왔으므로 쟁점①ㆍ ③토지가 양도일 직전 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산에 해당하지 않는다는 의견이나, 쟁점①ㆍ ③토지 중 극히 일부분에 해당하는 능선 부분이 산길로 사용되다가 수용 이후 둘레길로 사용되고 있을 뿐이고, 쟁점①ㆍ ③토지에도 각각 청구법인이 보존ㆍ 관리하던 조상 분묘가 각각 소재하고 있으므로 처분청의 의견을 받아들이기 어렵다.



나. 처분청 의견



(1) 「법인세법」제4조 제3항 제5호는 비영리내국법인의 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 수입의 경우 비과세 대상 소득으로 규정하고 있는데, 조세 법규는 과세요건은 물론 비과세요건이나 과ㆍ 면세 요건을 막론하고 법문대로 엄격하게 해석하여야 하고, 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는 것인바, 비영리법인이 고정자산을 고유목적사업에 직접 사용한 경우란 고정자산의 사용 용도가 법령 또는 정관에서 정한 비영리법인의 고유목적사업 자체에 직접 사용되는 경우만 해당하는 것으로 해석하여야 할 것이고, 비영리법인인 종중이 보유한 고정자산과 관련하여 법원은 ‘종중의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산은 선조 묘역의 관리, 제사봉행 등을 수행할 목적으로 설치된 시설물 및 그 시설물을 위하여 사용하는 부지’로 한정하여야 한다고 판시하였다.



(2) 청구법인은 쟁점토지에 청구법인이 관리ㆍ 보존하는 분묘 4기가 있으므로 이를 청구법인의 고유목적사업이 직접 사용한 고정자산에 해당한다고 주장하나, 쟁점선산의 경우 청구법인이 관리ㆍ 보존 중인 분묘가 소재한 것으로 확인되는 반면, 쟁점토지에 대한 수용 당시 서울특별시 동작구청의 보상내역에 따르면 분묘 이장에 따른 추가 보상이 없었던 것으로 나타나는바, 쟁점토지에 분묘가 존재하지 않았다는 것이 확인된다고 할 것이므로, 청구법인이 쟁점토지를 양도일 현재 3년 이상 고유목적사업에 ‘직접’ 사용하였다고 볼 수 없다.



(3) 또한 청구법인은 쟁점토지를 쟁점토지가 고유목적사업을 수행할 목적으로 설치된 시설물 및 그 시설물을 위하여 사용한 부지였다고 인정할만한 구체적ㆍ 객관적인 입증자료를 제출한 사실이 없고, 쟁점선산을 쟁점토지 등으로 분할한 이후 경계를 구분한 사실이 없었다는 사유만으로 이를 고유목적사업에 직접 사용하였다고 보는 것은 합리적이지 않다.





3.심리 및 판단



가.쟁점



쟁점토지를 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보아 그 처분으로 인한 수입을 비과세소득으로 볼 수 있는지 여부



나.관련 법령 : ＜별지＞ 기재



다.사실관계 및 판단



(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다.



(가) 쟁점선산 및 쟁점토지 등 청구법인이 소유한 토지 상세내역 은 아래 ＜표3＞과 같고, 쟁점토지의 등기사항전부증명서 내역은 아래 ＜표4＞와 같다.



＜표3＞ 쟁점선산 및 쟁점토지 등 상세내역

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＜표4＞ 쟁점토지 등기사항전부증명서(일부 발췌)

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(나) 처분청이 서울특별시 동작구청장에게 쟁점토지의 수용과 관련된 사실관계를 조회한 결과, 도시공원 보상사업(OOO 근린공원)과 관련하여 쟁점토지를 수용하고 위 ＜표1＞과 같이 수용가액을 책정하여 청구법인에게 지급하였다는 취지로 회신한 것으로 확인된다.



＜표5＞ 서울특별시 동작구청장의 회신문

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(2) 청구법인이 쟁점토지가 양도일 직전 3년 이상 계속하여 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산에 해당한다고 주장하면서 다음과 같은 자료를 제출하였다.



(가) 청구법인은 청구법인의 규약상 고유목적사업에 대한 내용은 아래 ＜표6＞과 같고, 고유목적사업의 일환으로 쟁점토지 등에 소재한 조상 분묘를 보존ㆍ 관리하고 있고, 처분청이 청구법인의 조상 분묘가 소재한 것으로 인정한 쟁점선산 이외 쟁점토지 및 쟁점토지와 연접한 토지(서울특별시 동작구 OOO)에도 각각 분묘가 소재하고 있으며, 해당 분묘 또한 청구법인이 관리ㆍ 보존하는 분묘로서 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용되는 고정자산에 해당한다고 주장하면서 청구법인의 계정별 원장, 청구법인 규약, 시제 및 쟁점토지 사진 및 청구법인 족보를 제출하였다.



＜표6＞ 청구법인 규약(일부 발췌)

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(나) 청구법인은 쟁점토지가 수용된 이후에도 분묘가 소재하고 있다는 사실을 확인하는 취지의 서울특별시 동작구청 공원녹지과 직원의 사실확인서를 제출하였다.



＜표7＞ 사실확인서

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(3) 우리 원이 2025.8.5. 실시한 현장조사에 의하면, 현재 쟁점토지의 경우 일부 면적이 둘레길로 조성되어 있는 것으로 확인되고, 쟁점선산에는 청구법인이 관리하고 시제가 진행되는 제각이 소재하고 있는 것으로 확인되었으며, 쟁점토지 및 쟁점토지와 연접한 토지(서울특별시 동작구 OOO)의 경우 별도의 경계 구분이 없고, 위 토지에 모두 분묘가 소재하고 있는 것으로 확인되었다.



(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지가 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산에 해당하지 않는다는 의견이나, 쟁점토지 및 쟁점토지와 연접한 토지(서울특별시 동작구 OOO) 모두 쟁점선산에서 분할된 토지로 경계 구분없이 하나의 산을 이루고 있고, 현재도 분묘가 소재하고 있는 것으로 확인되며, 쟁점선산과 함께 청구법인의 선산으로 기능한 것으로 보이는 점, 청구법인의 규약에 따르면 청구법인은 ‘OOO 및 종재보전과 선조유업의 계승발전을 목적’(제2조)으로 하여 구성된 종회로, 선조의 봉제사 및 유지계승에 관한 일(제5조 제1호), 산소의 수호에 관한 일(제5조 제2호) 및 종재보전 및 취득과 처분에 관한 일(제5조 제3호) 등을 목적사업으로 규정하고 있는바, 청구법인의 계정별 원장 및 현장 사진 등을 통해 청구법인이 쟁점토지가 수용된 시점으로부터 직전 3년간 쟁점토지에 소재한 분묘를 보존ㆍ 관리한 것으로 보이므로, 쟁점토지를 청구법인의 고유목적사업인 선조의 봉제사, 산소 수호 및 종족간의 친목 도모 등의 활동에 직접 사용된 것이 입증된다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 「법인세법」제4조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제3조 제2항에 따라 유형자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산에 해당하지 않는 것으로 보아 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.





4.결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.



＜별지＞ 관련 법령



(1) 국세기본법



제13조(법인으로 보는 단체 등) ① 법인(「법인세법」 제2조 제1호에 따른 내국법인 및 같은 조 제3호에 따른 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하  "법인 아닌 단체”라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것



(2) 법인세법



제4조(과세소득의 범위) ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하  "수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.



제62조의2(비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 신고 특례) ① 비영리내국법인(제4조 제3항 제1호에 따른 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제4조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서  "자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 자산양도소득은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

1. 「소득세법」 제94조 제1항 제3호에 해당하는 주식 등과 대통령령으로 정하는 주식 등

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

3. 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산

② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조 제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.



(3) 법인세법 시행령



제3조(수익사업의 범위) ② 법 제4조 제3항 제5호 단서에서  "대통령령으로 정하는 수입”이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.