심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가.청구법인은 2022.1.12. A 주식회사(이하  "A”라 한다)에게 B 주식회사(이하  "B”이라 한다)의 발행주식 OOO주를 시간외종가(거래소 최종시세가액)인 1주당 OOO원으로 하여OOO원에 양도(이하  "쟁점거래”라 한다)하였다.



나.서울지방국세청장(이하  "조사청”이라 한다)이 2024.9.12.∼2024.10.11. 기간 중 청구법인에 대한 2022사업연도 주식변동조사를 실시한 결과, 쟁점거래는 특수관계인 간의 거래로 형식상 시간외종가매매로 이루어졌으나 그 실질이 시간외대량매매에 해당하고 최대주주등 간의 거래로 주식등의 보유비율이 100분의 1 이상에 해당하여 경영권 이전이 수반되는 등 「법인세법」 제52조 제2항 및 같은 법 시행령 제89조 제1항 단서(이하 해당 단서를  "쟁점규정”이라 한다)에 따른 할증평가의 대상이어서 부당행위계산 부인 대상인 특수관계인 간의 저가거래인 부당행위계산 부인의 대상으로 보아, 쟁점거래가액의 100분의 20 상당인 OOO원을 과세표준에 산입하여 2025.1.16. 청구법인에게 2022사업연도 법인세 OOO원을 경정ㆍ 고지하였다.



다.청구법인은 이에 불복하여 2025.4.7. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



쟁점거래는 쟁점규정에 따른 할증평가의 대상이 아님에도 그 거래가액을 할증평가한 이 건 처분은 위법ㆍ 부당하다.



(1)쟁점규정의 할증평가는 전단의 요건(「유가증권시장 업무규정」상 일정 수량ㆍ 금액 요건이 있는 거래)와 후단의 요건(경영권 이전이 수반되는 일정한 경우)에 모두 충족해야 하나 쟁점거래는 전단의 요건에 해당되지 않아서 할증평가의 대상이 아니다.



(가)쟁점규정의 도입 취지 및 시가에 관한 법률 규정을 감안할 때 쟁점규정의 할증평가는 전단과 후단의 각 요건 모두를 충족할 때 적용되어야 한다.



쟁점규정이 도입되기 전의 「법인세법 시행령」 제89조 제1항에서는 일반적인 시가규정의 문언 가운데 괄호를 넣어 상장주식을 장내거래하는 경우의 그 시가(한국거래소 최종시세가액)에 대해서만 규정하고 있었는데, 장외거래와 장내거래 중 거래당사자간의 협의거래에 대한 부당행위계산 부인규정을 둘 필요성이 있었다. 특히 유가증권시장에서 회원의 신청으로 성립되는 거래 중 쌍방이 협의로 종목, 수량, 가격 등을 정할 수 있는 것(장중ㆍ 시간외 경쟁대량매매, 장중ㆍ 시간외 대량매매 및 장중ㆍ 시간외 바스켓매매)는 부당행위계산의 발생할 소지가 커서 그 거래가액을 부인하고 거래소의 최종시세가액을 시가로 보도록 하되, 전단의 거래로서 최대주주가 변경되거나 최대주주 간의 거래로 인해 보유비율이 1% 이상 변동되는 요건의 충족시 위 시가로 보는 최종시세가액에 20%를 가산하도록 하는 할증평가로 부당행위계산을 부인할 필요가 있었고 이에 따라 도입된 것이 쟁점규정인 것이다. 요컨대 쟁점규정은 전단의 상장주식 거래가 후단처럼 법인세법령상의 시가로 보는 거래소 최종시세가액과 다를 소지가 큰 경영권 이전이 수반되는 거래의 경우 부당행위계산 부인의 대상으로 보아 할증평가한 금액을 시가로 보겠다는 징벌적 규정인 것이다.



처분청은 쟁점규정이 전단과 후단이 병렬적으로 규정되어 있고 할증평가는 후단에서 규정하므로 후단의 요건만 충족하면 되는 것으로 해석하여야 한다는 의견이다. 그런데 법인세법은 자산의 양도에 대해 시가로 익금산입을 하되 특수관계인 간에 자산의 양도시 거래가액을 인위적인 방법으로 부당하게 계산할 여지가 있으므로 과세관청에서 시가대로 다시 계산하도록 규정하고 있고 이를 부당행위계산 부인이라 하는데, 만약 특수관계인의 거래라 하더라도 시가대로 거래하였다면 조세의 부당한 감소가 없었으므로 부당행위계산 부인에 해당되지 않는다. 즉 「법인세법」 제52조의 요건(조세의 부당한 감소)을 미충족한다면 쟁점규정이 포함된 「법인세법 시행령」 제89조도 적용대상이 되지 않는 것이다. 또한 특수관계인 간의 거래라 하여 불특정 다수인 간의 일반적인 거래보다 불리하게 취급되어야 한다는 것은 아니다. 쟁점규정의 전단에 의하면 상장주식의 장외거래 또는 대량매매 등 거래가액의 조정이 가능한 거래에 대해서는 거래소 최종시세가액을 시가로 보되, 후단에 의하면 전단의 거래로서 경영권 이전이 수반되는 경우 그 거래가액에 대해 할증평가를 하는데, 특수관계인 간의 상장주식거래라도 그 거래가격이 거래소 최종시세가격이고 경영권 이전을 수반하지 않는다면(쟁점규정 전단에만 해당된다면) 「법인세법」제52조 및 같은 법 시행령 제89조 제1항 본문에 따라 그 거래가격인 거래소 최종시세가격을 시가로 인정하여야 한다. 이러한 해석은 위 법률 조항 제2항의 문언이  "제1항을 적용할 때”로, 위 시행령 조항 제1항의 문언이  "법 제52조 제2항을 적용할 때”로 각각 시작되는 것으로 뒷받침된다. 즉 부당행위계산 부인에 관한 「법인세법」 제52조의 위임에 따라 시가를 정의하는 같은 법 시행령 제89조 제1항과 쟁점규정에서는 부당행위계산 부인이 적용되는 범위에서 시가에 대해 규정해야 한다 할 것인바, 쟁점규정 전단의 거래방법 외에는 부당행위계산 부인 대상이 아니라 할 것이므로 전단의 거래방법 외의 후단 적용 대상은 없는 것으로 보아야 한다. 요컨대 쟁점규정은 부당행위계산 부인대상으로 볼 수 있는 거래로서 특수관계인 간의 거래 중 전단에서 정한 거래, 즉 거래당사자가 시가가 아닌 가액으로 상장주식을 거래할 수 있는 장외거래 또는 대량매매 등 일정한 거래에 해당하면서, 후단에서 정한 거래, 즉 최대주주등 간의 거래로서 최대주주등이 변동되거나 주식등 보유비율이 1% 이상 변동되는 등 경영권 이전이 수반되는 경우에 해당된다면 이를 조세부담의 부당한 감소행위로 보아 징벌적으로 할증평가를 하도록 한 것으로 해석하여야 한다. 그럼에도 전단의 요건과 별개로 후단의 요건만을 충족한 경우 할증평가를 하여야 한다는 처분청 의견은 최대주주등 간의 모든 거래를 부당행위부인 대상인 할증평가의 대상으로 검토하겠다는 것이어서 위법ㆍ 부당하다.



(나)쟁점거래는 쟁점규정 전단에서 열거한 방법 외의 거래인 ‘시간외종가매매’에 해당하므로 쟁점규정상 할증평가의 대상이 아니다.



쟁점규정은 전단에서 열거한 어느 하나에 해당하면서 후단에서 정한 거래에 해당하면 할증평가가 적용된다고 해석해야 함은 앞서 살펴보았다. 쟁점거래는 최대주주등 간의 거래로서 주식 보유비율 1% 이상(쟁점주식의 지분은 2.66%)에 해당하여서 후단의 요건에는 해당되므로 전단에 해당되는지를 살펴보아야 하는데, 쟁점거래는 장외거래는 아니므로 ‘대량매매 등 기획재정부령으로 정하는 방법’의 거래인지 여부로 전단의 요건에 충족하는지 여부를 판단하여야 한다. 한편 대량매매 등 기획재정부령으로 정하는 방법은 「법인세법 시행규칙」 제42조의6 제2항 및 유가증권 업무규정에서 정하고 있고 이에는 ‘시간외대량매매(매도 수량 또는 금액에 제한이 있다)’등이 있음은 앞서 살펴보았는데, 쟁점거래는 이에 포함되지 않는 ‘시간외종가매매(매도 수량 또는 금액에 제한을 두지 않는다)’에 해당되므로 쟁점규정에 따른 할증평가의 대상이 아니다.



(2)설령 실질과세원칙을 적용하더라도 쟁점거래를 전단의 요건에 해당하는 시간외대량매매로 볼 수 없으므로 쟁점거래는 할증평가의 대상이 아니다.



①실질과세원칙에 따라 쟁점규정 전단의 문언해석에 따라 열거된 거래방법(시간외대량매매 등)에 해당되는지 여부가 결정되고 이에 따라 할증평가의 적용 여부가 좌우된다면 앞서 제시한 부당행위계산 부인의 기본원리(조세의 부당한 감소가 있을 경우 적용)에 부합하지 않게 된다. 법인세법령은 ‘행위’의 규제가 목적이 아니므로 정상가격으로 한 거래에 대해서는 그 방법이 어떠하든 동일한 취급을 해야 한다. 그러므로 쟁점규정 전단에 열거된 거래유형에 해당하는지 여부의 판단은 부당행위계산 부인의 기본원리에 따른 시가와 다른 가격으로 거래한 경우만으로 제한해야 하고, 만일 법인이 조세를 부당하게 감소시키지 않는 등 시가대로 거래하였음에도 쟁점규정의 할증평가를 한다면 시가를 규정한 법률의 위임범위를 벗어나게 되는 것이다.



이러한 법리와 더불어, ②「유가증권시장 업무규정」상 시간외종가매매와 시간외대량매매는 거래가격을 당사자가 합의하여 정할 수 있는지 여부에서 차이가 나는데, 시간외종가매매는 시간외대량매매와 달리 거래가격이 ‘종가(거래소 최종시세가격)’로 고정되어 있어서 당사자가 거래가격의 합의를 할 수 없으므로 ‘조세부담의 부당한 감소’라는 부당행위계산 부인의 기본원칙이 적용될 여지가 없다. ③청구법인 등 거래당사자가 선택한 시간외종가매매의 방식은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 및 그 위임을 받은 「유가증권시장 업무규정」에 따라 근거한 것이므로 세법에서 실질과세원칙을 적용하여 그 거래방법의 구분을 변경한다면 위 세법 외의 다른 법률에서 정한 투자자 보호 등의 제정 목적에 반하게 되므로 결국 조세법률주의에 반하게 된다.



한편 처분청은 쟁점거래의 당사자가 사전에 거래조건을 협상한 것을 두고 거래의 실질을 변경할 중요한 근거로 보았으나, ①쟁점거래의 당사자들의 관계는 이미 공시된 사실이고 이러한 협상과정은 그룹 차원에서 쟁점주식을 지주회사인 양수법인에게 이전시킬 필요가 있어서 세법 등 관련 법령을 위반하지 않는 방법을 모색한 것일 뿐 저가양도의 실익이 없었다(오히려 쟁점거래를 함에 있어서 그룹 내 관계사들인 거래당사자가 쟁점거래의 사실을 아는 것이 당연하다). 그러므로 처분청이 근거로 삼은 청구법인등 소속 직원에 답변, 이사회 의결 등에서 제시된 직원들의 사전협상, 시간외종가매매의 선택 등은 실질과세원칙을 적용할 근거가 될 수 없고, 오히려 경제주체의 정상적인 거래방식의 선택에 불과하다. ②한편 청구법인은 2016년 세무조사시 ‘특수관계인 간 거래시 장내거래는 시세조작 및 통정의 문제가 발생할 수 있으니 시간외종가매매를 선택하라’는 세무공무원의 조언에 따라 특수관계인 간의 거래시에는 거래가액을 임의조정하지 않는 시간외종가매매를 선택해 왔는바, 앞서 제시하였듯이 조세를 부당하게 감소시킬 의도와는 관련이 없다 할 것이므로 시간외종가매매라는 형식을 존중하여 쟁점거래가액인 거래소 최종시세가액을 일반적인 불특정다수인 간의 거래가액인 시가로 인정하여야 한다. ③또한 처분청은 쟁점규정의 도입이 「상속세 및 증여세법」상 할증평가와 같은 취지라는 의견이나 최대주주가 보유한 주식을 일반주식보다 높은 가격으로 평가해야 한다는 것은 「상속세 및 증여세법」 또는 양도소득세 산정시에만 적용될 사항일 뿐 법인세법령은 앞서 제시하였듯이 부당행위계산 부인규정이 적용될 경우에만 할증평가를 적용하는 것이 타당하다 할 것이다. ④나아가 처분청은 청구법인등 거래당사자들이 사전협상을 거쳐 신속하게 쟁점거래를 하여 제3자가 경쟁할 여지를 두지 않았다고 보아 이를 거래 형식의 부인 근거로 삼았으나 거래당사자들이 가격까지 협상하여 사전에 인위적으로 거래가액을 조정한 것이 아니고 제3자의 개입이 없다는 것이 곧 거래형식을 시간외대량매매로 볼 근거가 될 수 없다. 한편 청구법인은 쟁점거래를 위해 유가증권시장의 시스템을 이용하였을 뿐 세법 상의 부당행위계산을 한 사실이 없다.


나. 처분청 의견



쟁점거래는 쟁점규정의 할증평가의 대상이므로 그 거래가액을 할증평가한 이 건 처분은 적법ㆍ 정당하다.



(1)쟁점규정의 할증평가는 후단의 요건(경영권 이전이 수반되는 일정한 경우)만 충족하면 되고 쟁점거래는 그 요건을 충족하므로 할증평가의 대상에 해당된다.



(가)쟁점규정의 도입 취지 및 문리해석을 감안할 때 쟁점규정의 할증평가는 후단의 요건만 충족하면 적용되어야 한다.



상장주식의 양도로 최대주주가 변경되고 경영권의 이전이 발생하는 경우에 대하여, 「법인세법 시행령」이 2007.2.28. 일부개정되기 전에는 예규(재정경제부 법인세제과-67, 2006.1.24.)에서 ‘상장주식을 시간외대량매매로 거래하는 경우의 시가는 거래일 종가’로 정하고 있었고, 2007.2.28. 일부개정시 일반적인 시가 규정의 말미에 괄호로 상장주식을 거래소에서 거래한 경우 그 주식의 시가를 그 거래일의 거래소 최종시세가액에 의하도록 규정함으로써 해당 거래로 최대주주가 변경되어 경영권이 이전되더라도 경영권프리미엄의 산정 또는 할증평가는 이루어지지 않았다. 그런데 2021.2.17. 같은 영의 일부개정시 쟁점규정이 도입됨으로써 상장주식을 불특정다수인 간에 계속적으로 거래한 가격을 시가로, 장외거래 또는 일정한 대량매매 등의 거래에 대해서는 거래소 최종시세가액을 시가로 각각 봄과 동시에, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제3항을 차용하여 경영권 이전을 수반하는 경우 등에는 할증평가를 하도록 함으로써 「상속세 및 증여세법」의 최대주주 할증과 보조를 맞추는 방향으로 개정되었다.



쟁점규정이 포함된 「법인세법 시행령」 제89조 제1항의 문언 구조를 보면, 일반적인 시가에 관한 본문 및 상장주식을 장외 또는 대량매매 등으로 거래한 경우의 시가(거래소 최종시세가액)에 관한 쟁점규정 전단과 상장주식 거래 중 경영권 이전이 수반된 경우의 시가(거래가액에 20%를 가산하여 할증평가한 금액)에 관한 쟁점규정 후단으로 구성되어 있는바, 쟁점규정은 전단과 후단이 병렬적으로 구성되어 있다 할 것이므로 후단의 할증평가가 전단의 요건을 충족한 경우에 적용되는 것으로 보아야 한다는 청구주장은 이유 없다. 요컨대 쟁점규정은 상장주식의 거래 중 전단에서 정한 거래, 즉 거래당사자가 시가가 아닌 가액으로 상장주식을 거래할 수 있는 장외거래 또는 대량매매 등 일정한 거래에 대해서는 거래소 최종시세가액만을 시가로 본다는 것이고, 전단과 별개로 후단에서 최대주주등 간의 거래로서 최대주주등이 변동되거나 주식등 보유비율이 1% 이상 변동되는 등 경영권 이전이 수반되는 경우에는 「상속세 및 증여세법」처럼 할증평가를 하도록 한 것으로 해석하여야 한다.



(나)쟁점거래는 쟁점규정 후단의 요건인 ‘경영권 이전이 수반되는 거래’에 해당하므로 쟁점규정상 할증평가의 대상에 해당된다.



쟁점거래는 최대주주등 간의 거래로서 주식 보유비율 1% 이상(쟁점주식의 지분은 2.66%)에 해당하여서 후단의 요건에 해당되므로, 전단의 거래에 해당되는지 여부를 살펴볼 필요 없이 후단의 할증평가의 대상에 해당된다.



(2)설령 쟁점규정의 할증평가가 후단뿐만 아니라 전단의 요건도 충족하는 것으로 해석해야 한다 하더라도 실질과세원칙상 쟁점거래는 전단의 요건을 충족하는 시간외대량매매에 해당하므로 할증평가의 대상이다.



쟁점규정 전단에서는 장외거래 외에도 장내거래 중 대량매매 등 기획재정부령 및 그 위임을 받은 유가증권시장 업무규정에서 열거한 시간외대량매매 등 일정한 수량 또는 금액의 요건을 충족한 경우에 한하여 매매가 성립되는 거래를 열거하고 있고, 쟁점거래는 형식상으로는 쟁점규정의 전단에서 열거하는 대량매매 등에 해당하지 않으나, 쟁점거래는 ①청구법인과 양수인(A)을 포함한 그룹 회장(C)의 지시로 관련 법령상 지주회사의 요건을 충족하기 위해 사전에 거래당사자 간에 거래조건(매매 일시, 종목, 수량, 가격 등)을 결정하여 모든 절차(이사회 의결부터 주문 및 계약체결, 최대주주등 소유주식 변동고시 등)가 불과 3일만에 이루어진 점, ②더욱이 청구법인이 선택한 시간외종가매매는 불특정다수인이 참여 가능함에도 제3자가 거래에 참여할 수 없도록 매도ㆍ 매수 주문을 단시간(17초)에 입력되도록 하여 거래소의 시장기능인 제3자 간의 경쟁이라는 기능을 사실상 형해화한 점(위 ①과 더불어 청구법인등은 제3자의 개입이 어려운 시간외종가시장의 특성을 미리 알고 있었고 이러한 사실은 거래당사자의 소속 직원에 대한 문답 및 확인서 등을 통해 입증된다), ③쟁점규정 전단에 따른 통상의 거래시에는 거래소 최종시세가격을 시가로 볼 수 있으나 쟁점거래처럼 경영권 이전이 수반되는 거래에서는 그럴 수 없는 점, ④통상 최대주주등의 거래당사자가 특정된 거래에서는 장외거래 또는 시간외대량매매거래를 선택하는 것이 일반적이고 쟁점거래도 이에 부합함에도 제3자 간의 경쟁이 가능한 시간외매매거래를 선택한 것을 합리적이라고 보기 어려운 점, ⑤이러한 사실은 쟁점거래일이 포함된 2022년 1월 중 쟁점주식 등 B 발행주식의 시간외종가시장 거래량을 보면 쟁점거래 외에는 거래량이 극히 미미하였음을 통해 뒷받침되는 점, ⑥쟁점거래가 시간외대량매매의 수량 및 금액 요건을 충족하는 점 등을 종합하여 보면, 쟁점거래의 실질은 쟁점규정의 전단에서 열거하는 시간외대량매매로 봄이 타당하므로, 쟁점거래에 대해 쟁점규정의 할정평가를 적용한 이 건 처분은 적법ㆍ 정당하다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



청구법인이 시간외종가시장에서 특수관계법인(지주회사)에게 계열사 발행의 쟁점주식을 양도한 거래와 관련하여,



① 「법인세법 시행령」제89조제1항단서 전단 제2호에 열거된 거래방법과 무관하게 같은 단서 후단에 따라 경영권 이전이 수반된 거래로 보아 거래가액(시간외종가)을 할증한 처분의 당부



② 설령 위 조항 전단의 요건이 후단 적용시 반영된다 보더라도 실질과세원칙상 ‘시간외종가매매’의 쟁점거래를 전단에서 열거한 거래 요건에 해당하는 ‘시간외대량매매’로 볼 수 있는지 여부



나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 처분청이 확인한 사실관계는 아래와 같다.



(가)조사청의 조사에 의하면 청구법인은 2011.10.4. 부동산임대업을 영위할 목적으로 설립된 비상장법인으로 A그룹 회장인 C가 100% 지분을 보유한 법인이고, 2023.12.31. 현재 그룹의 회장과 친족 및 계열사가 쟁점주식의 양수법인인 A(코스피 상장법인) 지분 47.9%를, A가 B(코스피 상장법인) 지분 49.6%을 각 보유하는 등 수직적 지배구조를 이루고 있다.



(나)쟁점거래를 통하여 지주회사인 A는 자회사인 B이 발행한 쟁점주식(지분율 2.66%)을 취득하여 쟁점거래 전보다 보유 지분이 증가(46.95%→49.61%)하였다.



(다)처분청은 아래와 같은 이유로 지주회사인 A가 관련 법령(「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」)에 따른 지주회사 요건(자회사 주식의 50% 이상일 것)의 충족을 위해 청구법인과 양수인인 A가 사전에 거래상대방(A), 거래 대상ㆍ 수량(쟁점주식) 및 가격(할증평가를 피하고 거래소 최종시세가격을 시가로 인정받는 것)을 미리 협상하는 등 청구법인의 문의에 따라 A가 즉시 쟁점주식을 취득하였음을 감안하여, 쟁점 주식거래는 거래당사자 간 사전협상에 의해 거래조건(매도자, 매수자, 거래수량, 거래가격 등)이 특정된 특수관계인 간 거래로서 최대주주등의 보유비율이 1% 이상 변동되는 등 경영권 이전이 수반됨에도 이에 대한 고려 없이 비특수관계인 간에 형성된 ‘종가(거래소 최종시세가격)’를 거래가액으로 하였으므로 쟁점규정의 부당행위계산 부인이 적용되는 저가양도로 보았다.



1)청구법인의 소속 직원 2명에 대한 문답서(조사청이 2024.10.7. 작성한 것)를 보면, 해당 직원들은 A그룹의 회장인 C가 최종 의사결정권자로서 쟁점거래를 처음 지시하였고 2022.1.12. 청구법인의 이사회 의결 후에 A의 직원에게 연락하여 쟁점주식의 매매방법(시간외종가매매), 매매시기(2022.1.12.), 매매수량에 대해 알려주었다고 진술하였고, 쟁점거래 당시 정규시장에서 유통되는 주식수를 제외하면 시간외종가시장에서 유통되는 주식 수는 극히 미미한 것으로 보임에도 청구법인은 이사회 의결 당일에 시간외종가시장에서 쟁점주식의 전량을 쟁점주식 전량을 매도하기로 결정하였는데 당일 그 전량이 매도되지 못할 것을 예상하였는지에 대한 조사청의 질문에 대하여, 위 직원은 당일 A가 전부 매수해 줄 것으로 알고 있었다고 진술한 것으로 나타난다.



2) 청구법인과 A의 각 이사회 의결서를 보면, 청구법인과 A는 각각 2022.1.12. 10시 및 같은 날 11시에 이사회를 개최하여 쟁점주식을 같은 날 시간외종가매매로 거래하기로 의결한 것으로 나타난다.



3)조사청의 조사 결과에 의하면, 청구법인과 A의 각 소속직원은 증권거래사(주식회사 D)에 유선으로 시간외종가시장에서 쟁점주식을 거래하여 줄 것을 주문하였고, 한국거래소의 주식매매주문 및 채결 내역에 의하면, 위 증권거래사는 시간외종가시장의 호가접수시간(15:30:00∼16:00:00)의 개시됨과 동시에 매도 및 매수 주문을 접수하여 단시간(17초)에 그 입력을 완료하였고, 각 주문은 거래체결시간(15:40:00∼16:00:00)의 개시와 동시에 시간우선원칙에 따라 체결되었다. 한편 조사청의 조사 결과에 의하면, 쟁점거래는 같은 증권거래사의 같은 관리지점(주식회사 D 센트럴 금융센터)이 대행하였고 주문지시를 받은 위 증권거래사의 담당자들이 같은 지점의 서로 다른 컴퓨터를 이용하여 동시에 매도 및 매수의 각 호가를 제출하는 방법으로 쟁점거래를 하였다.



4)조사청이 B 발행주식의 시장외매매거래 내역을 확인한 결과, 쟁점거래일(2022.1.12.)의 시간외종가시장에서 쟁점거래를 제외하면 체결된 주문이 없었고, 쟁점거래일이 속한 2022년 1월 중 시간외매매거래 시장에서 B의 발행주식의 거래내역에 의하면 평균 수량과 거래대금이 각 5주와 OOO원 상당이었다.



(2)기획재정부가 발간한 ‘2020간추린 개정세법’ 중 쟁점규정의 개정과 관련한 부분에 의하면, 부당행위계산의 부인 적용시 기준인 시가에 관하여  "특수관계인 외 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격” 중  "상장주식을 장내거래한 경우”에 대하여 종전의  "거래일 최종시세기격”을 시가로 보았으나  "상장주식을 대량매매 등으로 거래하거나 장외거래한 경우에는 거래일 최종시세가액을 시가”로 보되,  "최대주주등 간의 거래에서 지분율이 1% 이상 변동되는 경우 등 일정한 경우에는 20%의 할증을 적용”하는 것으로 개정된 것으로 나타난다.



(3)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.



(가) 청구법인은 쟁점규정의 후단에서 정한 할증평가는 상증법 제52조에 따른 부당행위계산 부인 및 시가평가원칙에 따라 「유가증권시장 업무규정」상 일정한 수량과 금액의 기준이 있는 거래 요건을 둔 전단과 경영권 이전이 수반되는 일정한 요건을 둔 후단 모두가 충족되는 경우에만 적용하고, 청구법인이 2016년 세무공무원의 자문을 받아 쟁점거래처럼 특수관계인 간의 주식거래시 시간외종가매매의 방법으로 거래하여 왔고 A그룹 차원에서 지주회사인 A에게 쟁점주식을 이전하기 위해 관련 법령을 위반하지 않는 방법을 모색하였을 뿐 조세의 부당한 감소라는 부당행위계산 부인규정의 적용 요건에 해당하지 않는데도, 처분청에서 쟁점거래에 대하여 쟁점규정 후단의 할증평가를 적용한 것은 위법ㆍ 부당하다고 주장한다.



(나)그러나 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하는바, 쟁점규정의 전단은 대량매매 등의 일정한 경우로 증권시장업무규정에서 일정 수량 또는 금액 이상의 요건을 충족하는 경우에 한정하여 매매가 성립하는 때의 시가를 정한 것으로, 후단은 최대주주등이 변경되는 경우 등 경영권의 이전이 수반되는 거래에는 제3자간에 일반적으로 거래된 가액에 경영권 프리미엄이 가산되는 것임을 감안하여 할증평가를 하도록 정한 것으로 각각 해석함이 문리해석상 타당해 보이는 점(이는 쟁점규정이 전단과 후단이 쉼표로 구분되어 있고, 기획재정부가 발간한 ‘간추린개정세법’에서 상장주식의 시가에 대한 개정내용에 대하여 전단과 후단을 구분하여 적시한 것을 통하여 뒷받침된다), 시간외종가매매는 통상 정규시장의 종료 후에 단시간 동안 정규시장에서 미처 성사되지 못한 경쟁거래가 성사되도록 호가 등을 접수하여 거래가 성사되는 것인데 처분청의 조사결과에 의하면 쟁점거래일이 포함된 2022년 1월 중 쟁점주식과 같은 종류의 주식 거래량과 금액이 극히 적었음에도 쟁점거래는 그 거래량과 금액이 시간외대량매매 기준을 충족할 정도로 대량ㆍ 대규모였고 거래 상대방, 대상, 금액 등이 사전협의를 거쳐 매도ㆍ 매수가 단시간(17초)만에 입력되어 성사되어서 통상의 시간외종가매매 방법으로 경쟁거래를 하였다고 보기 어려운바, 설령 청구주장처럼 쟁점규정 후단 외에 전단의 요건도 충족해야 하는 것으로 보더라도 그 전단에서 정하는 ‘대량매매 등의 방법’ 요건에 해당되는 것으로 봄이 타당한 점(청구법인이 제시한 ‘2016년 이후 쟁점거래와 같은 거래시 시간외종가매매로 적용하였다는 사정’을 이유로 청구법인의 신뢰를 보호하여 쟁점규정 후단에 따른 할증평가를 배제하기도 어려워 보인다) 등에 비추어, 처분청에서 청구법인이 쟁점주식의 양도가액으로 당초 신고한 시간외종가에 쟁점규정 후단의 할증평가를 적용하여 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.



＜별지＞ 관련 법령 등



(1)법인세법



제52조(부당행위계산의 부인) ①납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하  "부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

②제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하  "시가”라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.



(2)법인세법 시행령(2006.2.9. 대통령령 제19328호 일부개정되기 전의 것)



제89조 (시가의 범위 등) ①법 제52조제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.



(3)법인세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31443호 일부개정되기 전의 것)



제89조(시가의 범위 등) ①법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.



(4)법인세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31443호 일부개정되고, 2023.2.28. 대통령령 제33265호로 일부개정되기 전의 것)



제88조(부당행위계산의 유형 등) ①법 제52조 제1항에서  "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3.자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. (단서 생략)



제89조(시가의 범위 등) ①법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. 다만, 주권상장법인이 발행한 주식을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조의2 제2항에 따른 거래소(이하 " 거래소" 라 한다) 최종시세가액(거래소 휴장 중에 거래한 경우에는 그 거래일의 직전 최종시세가액)으로 하며, 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제63조 제3항을 준용하여 그 가액의 100분의 20을 가산한다.

1.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조의2 제4항 제1호에 따른 증권시장 외에서 거래하는 방법

2.대량매매 등 기획재정부령으로 정하는 방법



※ 부칙(대통령령 제31443호, 2021.2.17.)

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각 호에서 정한 날부터 시행한다.

2. (중략) 제89조 제2항 제1호 단서 (중략)의 개정규정: 2022년 1월 1일

제13조(시가의 범위 등에 관한 적용례) 제89조 제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 거래하는 분부터 적용한다.



(5)법인세법 시행령(2023.2.28. 대통령령 제33265호로 일부개정된 것)



제89조(시가의 범위 등) ①법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. 다만, 주권상장법인이 발행한 주식을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조의2제2항에 따른 거래소(이하  "거래소”라 한다) 최종시세가액(거래소 휴장 중에 거래한 경우에는 그 거래일의 직전 최종시세가액)으로 하며, 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우(해당 주식이 「상속세 및 증여세법 시행령」 제53조 제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식인 경우는 제외한다)에는 그 가액의 100분의 20을 가산한다.

1.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조의2 제4항 제1호에 따른 증권시장 외에서 거래하는 방법

2. 대량매매 등 기획재정부령으로 정하는 방법



(6)법인세법 시행규칙



제42조의6(주권상장법인이 발행한 주식의 시가) ①영 제89조 제1항 각 호 외의 부분 단서에서  "기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. (단서 생략)

1.「상속세 및 증여세법」 제63조 제3항에 따른 최대주주 또는 최대출자자가 변경되는 경우

2.「상속세 및 증여세법」 제63조 제3항에 따른 최대주주등 간의 거래에서 주식등의 보유비율이 100분의 1 이상 변동되는 경우

②영 제89조 제1항 제2호에서  "대량매매 등 기획재정부령으로 정하는 방법”이란 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제393조에 따른 거래소의 증권시장업무규정에서 일정 수량 또는 금액 이상의 요건을 충족하는 경우에 한정하여 매매가 성립하는 거래방법을 말한다.



(7)자본시장과 금융투자업에 관한 법률



제1조(목적) 이 법은 자본시장에서의 금융혁신과 공정한 경쟁을 촉진하고 투자자를 보호하며 금융투자업을 건전하게 육성함으로써 자본시장의 공정성ㆍ신뢰성 및 효율성을 높여 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 한다.



제393조(업무규정) ① 증권시장에서의 매매거래에 관하여 다음 각 호의 사항은 거래소의 증권시장업무규정으로 정한다. (후단 생략)

1. 매매거래의 종류 및 수탁에 관한 사항

2. 증권시장의 개폐ㆍ정지 또는 휴장에 관한 사항

3.매매거래계약의 체결 및 결제의 방법. (단서 생략)

4. 증거금(證據金)의 납부 등 매매거래의 규제에 관한 사항

5. 그 밖에 매매거래에 관하여 필요한 사항



(8)유가증권시장 업무규정(2023.1.25. 규정 제2144호로 일부개정되기 전의 것)



제1조(목적) 이 규정은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」(이하  "법”이라 한다) 제393조에 따라 한국거래소(이하 "거래소”라 한다)가 개설한 유가증권시장(이하  "시장”이라 한다)에서의 증권의 매매거래에 관하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다.


제30조의2(장중경쟁대량매매) ①장중경쟁대량매매는 장중경쟁대량매매를 위한 호가접수시간 동안 종목(주권, 외국주식예탁증권, 상장지수집합투자기구 집합투자증권 및 상장지수증권에 한한다. 이하 이 조 및 제31조ㆍ제32조에서 같다)에 대하여 경쟁대량매매호가를 접수받아 다음 각 호의 가격으로 경쟁대량매매호가간에 매매거래를 성립시킨다.

1.해당 경쟁대량매매거래의 성립 후부터 장종료시까지 정규시장에서 성립된 해당 종목의 매매거래를 기준으로 산출한 거래량가중평균가격. 이 경우 거래량가중평균가격의 산출방법은 세칙으로 정한다.

2.제1호의 거래량가중평균가격이 없는 경우에는 당일의 종가로 한다. 다만, 당일의 종가가 없는 경우에는 세칙에서 정하는 가격으로 한다.

②장중경쟁대량매매에 참여하는 호가의 우선순위는 먼저 접수된 호가가 뒤에 접수된 호가에 우선한다.

③장중경쟁대량매매에 참여하는 호가의 수량요건, 매매수량단위 그 밖에 장중경쟁대량매매에 관하여 필요한 사항은 세칙으로 정한다.



제31조(장중대량매매) ①장중대량매매는 정규시장의 매매거래시간동안 종목, 수량 및 가격이 동일한 매도호가 및 매수호가로 회원이 매매거래를 성립시키고자 거래소에 신청하는 경우 당해 종목의 매매거래를 성립시키는 방법으로 한다. 다만, 당해 호가의 접수직전까지 정규시장에서 매매거래가 성립하지 아니한 경우에는 매매거래를 성립시키지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 장중대량매매를 신청하여 호가할 수 있는 가격은 당해 호가의 접수직전까지 정규시장에서 형성된 최고가격과 최저가격 이내의 가격으로 한다.

③ 장중대량매매의 수량요건, 매매수량단위 그 밖에 장중대량매매에 관하여 필요한 사항은 세칙으로 정한다.



제32조(장중바스켓매매) ①장중바스켓매매는 정규시장의 매매거래시간 동안 바스켓을 구성하는 각각의 종목에 대하여 수량 및 가격이 동일한 매도호가 및 매수호가로 회원이 매매거래를 성립시키고자 거래소에 신청하는 경우 당해 바스켓을 구성하는 종목을 일괄하여 매매거래를 성립시키는 방법으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 장중바스켓매매를 신청하여 호가할 수 있는 가격은 각각의 종목에 대하여 당해 호가의 접수 직전까지 정규시장에서 형성된 최고가격과 최저가격 이내의 가격으로 한다.

③ 장중바스켓매매의 바스켓 구성종목수, 수량요건, 매매수량단위 그 밖에 장중바스켓매매에 관하여 필요한 사항은 세칙으로 정한다.



제33조(시간외매매) 제4조 제2항의 규정에 의한 시간외시장은 다음 각호의 매매거래가 이루어지는 시장으로 한다. 다만, 제2호의 매매거래는 장종료후 시간외시장에 한하고, 제2호의2는 장개시전 시간외시장에 한한다.

1. 시간외종가매매

2. 시간외단일가매매

2의2. 시간외경쟁대량매매

3. 시간외대량매매

4. 시간외바스켓매매



제34조(시간외종가매매) ①시간외종가매매는 시간외종가매매의 호가접수시간동안 호가를 접수받아 당일(장개시전시간외시장의 경우에는 전일로 한다. 이하 이 항에서 같다) 종가로 매매거래를 성립시킨다. 다만, 당일 정규시장의매매거래시간중 매매거래가 성립하지 아니한 경우에는 매매거래를 성립시키지 아니한다.

② 시간외종가매매의 매매수량단위, 호가우선순위 그 밖에 시간외종가매매에 관하여 필요한 사항은 세칙으로 정한다.



제34조의2(시간외단일가매매) ①시간외단일가매매는 시간외단일가매매의 호가접수시간동안 호가를 접수받아 제23조의 규정에 의한 단일가격에 의한 개별경쟁매매방법에 의하여 매매거래를 성립시킨다. 다만, 당일 정규시장의매매거래시간중 매매거래가 성립하지 아니한 경우에는 매매거래를 성립시키지 아니한다.

② 제1항의 가격을 결정하기 위하여 참여하는 호가의 범위는 세칙으로 정한다.

③ 제1항의 규정에 의한 시간외단일가매매를 위하여 호가할 수 있는 가격은 다음 각호의 모두에 해당하는 가격으로 한다.

1.당일 종가를 기준으로 10% 높은 가격과 10% 낮은 가격 이내의 가격. 이 경우 호가가격단위의 적용 등에 관하여는 제20조의 규정을 준용한다.

2. 당일의 상한가와 하한가 이내의 가격

④ 시간외단일가매매의 매매수량단위, 호가우선순위 그 밖에 시간외단일가매매에 관하여 필요한 사항은 세칙으로 정한다.



제34조의3(시간외경쟁대량매매) ①시간외경쟁대량매매는 장개시전 시간외시장의 호가접수시간 동안 경쟁대량매매호가를 접수받아 다음 각 호의 가격으로 경쟁대량매매호가간에 매매거래를 성립시킨다.

1.장개시시부터 장종료시까지 정규시장에서 성립된 해당 종목의 매매거래를 기준으로 산출한 거래량가중평균가격. 이 경우 거래량가중평균가격의 산출방법은 세칙으로 정한다.

2.제1호의 거래량가중평균가격이 없는 경우에는 당일의 종가로 한다. 다만, 당일의 종가가 없는 경우에는 세칙에서 정하는 가격으로 한다.

②시간외경쟁대량매매에 참여하는 호가의 우선순위는 먼저 접수된 호가가 뒤에 접수된 호가에 우선한다.

③시간외경쟁대량매매에 참여하는 호가의 수량요건, 매매수량단위 그 밖에 시간외경쟁대량매매에 관하여 필요한 사항은 세칙으로 정한다.



제35조(시간외대량매매) ①시간외대량매매는 시간외시장의 호가접수시간 동안 종목, 수량 및 가격이 동일한 매도호가 및 매수호가로 회원이 매매거래를 성립시키고자 거래소에 신청하는 경우 당해 종목의 매매거래를 성립시키는 방법으로 한다. 다만, 당일(장개시전 시간외시장의 경우에는 전일로 한다) 정규시장의 매매거래시간 중 매매거래가성립하지 아니한 경우에는 매매거래를 성립시키지 아니한다.

②제1항의 규정에 의한 시간외대량매매를 신청하여 호가할 수 있는 가격은 당일의 상한가와 하한가 이내의 가격으로 한다.

③시간외대량매매의 수량요건, 매매수량단위 그 밖에 시간외대량매매에 관하여 필요한 사항은 세칙으로 정한다.



제36조(시간외바스켓매매) ①시간외바스켓매매는 시간외시장의 호가접수시간 동안 바스켓을 구성하는 각각의 종목에 대하여 수량 및 가격이 동일한 매도호가 및 매수호가로 회원이 매매거래를 성립시키고자 거래소에 신청하는 경우 당해 바스켓을 구성하는 종목을 일괄하여 매매거래를 성립시키는 방법으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 시간외바스켓매매를 신청하여 호가할 수 있는 가격은 각각의 종목에 대하여 당일의 상한가와 하한가 이내의 가격으로 한다.

③ 시간외바스켓매매의 바스켓 구성종목수, 수량요건, 매매수량단위 그 밖에 시간외바스켓매매에 관하여 필요한 사항은 세칙으로 정한다.



(9)유가증권시장 업무규정 시행세칙



제49조(장중대량매매) ①규정 제31조 제1항에 따른 장중대량매매는 정규시장의 매매가래시간 동안 매도 및 매수 쌍방당사자 간의 협의에 의하여 결정된 종목, 수량 및 가격 등의 협상내용을 다음 각 호의 어느 하나에 따라 입력하는 방법으로 신청하여야 한다.

1.대량매매등네트워크(대량매매 및 바스켓매매의 협의, 협상내용의 통보 및 확인 등을 위하여 거래소가 별도로 운영하는 전산시스템을 말한다. 이하 같다)를 통하여 협상내용을 회원시스템 및 거래소시스템에 통보하고 회원은 그 내용대로 호가하는 방법

2.회원이 협상내용을 회원시스템 또는 회원증권단말기를 통하여 거래소시스템에 입력하여 호가하는 방법

②장중대량매매에 관하여는 제52조 제2항부터 제7항까지를 준용한다.



제52조(시간외대량매매) ①규정 제35조 제1항에 따른 시간외대량매매는 시간외시장의 호가접수시간 동안 매도 및 매수 쌍방당사자간의 협의에 의하여 결정된 종목, 수량 및 가격 등의 협상내용을 제49조 제1항 각 호의 어느 하나에 따라 입력하는 방법으로 신청하여야 한다. (후단 생략)

②제1항에 따라 신청하는 경우 매도호가와 매수호가 중 어느 일방은 단일회원의 호가로서 호가수량은 정규시장의 매매수량단위의 5000배(괄호 생략) 이상 또는 호가수량에 가격을 곱한 금액이 1억원에 해당하는 수량 이상으로 하여야 한다. (후단 생략)



(10)국세기본법



제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.