심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 2018.2.5. 자활이 어려운 저소득층 일상생활지원 사업, 자선사업 등의 수행을 목적으로 「공익법인의 설립, 운영에 관한 법률」 제2조에 따라 설립된 법인으로, 피상속인의 상속인들(자녀 A, B, C)은 상속세 신고시 공익법인 출연을 이유로 상속재산 중 OOO을 상속세 과세가액에 불산입하였고 이는 2017.9.28. 상속재산 협의분할에 따라 피상속인의 차남 B과 삼남 C에게 각 2/3과 1/3씩 상속되었다가 2018.5.21. 장남 A이 대표로 있는 청구법인에게 출연되었다.



나. 중부지방국세청장(이하  "조사청”이라 한다)은 2024년 공익법인 사후관리 업무 중 청구법인이 출연받은 ＜표1＞ 기재 경기도 군포시 OOO 외 11필지 토지(이하  "쟁점토지”라 한다)를 출연받은 날로부터 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하지 않은 것으로 보아 청구법인에게 소명자료를 요청하였고, 청구법인은 쟁점토지를 처분하여 공익목적사업에 사용하기 위하여 한국토지주택공사에 매수청구를 하였으나 매수대상에서 제외되었다는 내용의 심의결과서를 조사청에 제출하였다.



＜표1＞ 쟁점토지 내역

○○○



다. 조사청은 청구법인이 출연받은 재산(쟁점토지)을 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하지 않은 것으로 보아 관련 과세자료를 처분청에 통지하였고, 처분청은 2024.12.16. 「상속세 및 증여세법」(이하  "상증세법”이라 한다) 제48조 제2항에 따라 청구법인에게 2021사업연도 증여세 OOO원을 결정ㆍ 고지하였다.



라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.12. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



쟁점토지는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제38조에 따라 개발제한구역으로 지정되어 「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법」(이하  "개발제한구역법”이라 한다) 제12조 제1항에 따라 건축물의 건축 및 용도변경, 공작물의 설치, 토지의 형질변경, 죽목(竹木)의 벌채, 토지의 분할, 물건을 쌓아놓는 행위 등이 모두 제한되고, 그 외에도 고속도로나 고속철도 노선이 지나는 곳에 위치하고 있어 헐값에 팔지 않는 이상 국가가 아닌 제3자에게 매도하기 힘든 곳에 있다.



쟁점토지는 위 ＜표1＞ 기재와 같이 경기도 군포시 OOO에 소재한 11필지의 토지와 경기도 의왕시 OOO에 소재한 1필지의 토지로 구성되어 있다. 이 중 경기도 군포시 OOO에 소재한 11필지의 경우 아래 위성사진에서 볼 수 있듯이 영동고속도로 및 KTX 고속철도 노선이 지나가는 곳에 있고, 경기도 의왕시 OOO에 소재한 1필지의 경우 수도권 제1순환고속도로가 지나는 곳에 있다.



더욱이 쟁점토지는 개발제한구역으로 지정되어 있어 국가가 아닌 제3자에게 양도하기 어려운 상황이다. 그로 인해 쟁점토지 인근의 다른 토지 소유자들은 본인 소유의 토지를 국가에 매수신청하거나 혹은 국가가 토지 소유자들에게 먼저 매수 제의를 하는 방식으로 토지를 양도하고 있고, 상속개시 전 피상속인에게도 국가로부터 그러한 제안이 있었으나 피상속인은 개인적인 이유로 쟁점토지를 양도하지 않았다.



＜표2＞ 쟁점토지 인근토지를 국가가 매수한 현황

○○○



개발제한구역으로 지정된 토지의 소유자들은 개발제한구역법 제17조에 따라 국토교통부 등 국가를 상대로 토지매수를 청구하여 토지를 처분할 수 있고, 반대로 국가에서 필요한 경우 토지 소유자들에게 매수를 먼저 제안할 수도 있다.



위 ＜표2＞ 기재와 같이 개발제한구역 내 위치한 토지도 국가에 매수를 신청하거나 국가에서 먼저 매수제의를 하는 방식으로 양도가 되고 있었으므로 청구법인은 쟁점토지를 출연받은 이후 국가에 매수신청을 하는 방법으로 쟁점토지를 매각하여 청구법인의 고유목적사업에 사용할 계획을 가지고 있었다.



하지만 상황이 바뀌었는지 청구법인이 쟁점토지를 출연받은 이후 국가에서 먼저 매수 제의를 하지는 않았고, 청구법인에서 매수청구를 하려고 알아보았으나 국토교통부 내부 규정에 따라 토지의 소유자가 변경된 후 5년간은 매수신청을 하더라도 대상에서 제외되어 부득이 쟁점토지를 처분할 수 없는 상황에 이르게 되었다.



청구법인은 이 건 심판청구를 준비하는 과정에서 2025.2.27. 국토교통부에 ‘국토교통부 업무처리지침에 개발제한구역 토지매수관리계획 및 업무처리요령 중 소유권 변경 후 5년 이내의 토지는 매수 제외한다는 지침을 확인하고 싶다.’는 내용으로 정보공개청구를 하였다.



이에 2025.3.12. 국토교통부는 ‘개발제한구역 토지 매수는 한정된 매입 예산을 효율적으로 운영하기 위하여 매수 후 보전 및 관리가 곤란하거나 매입이 부적합한 토지는 매수대상에서 제외하고 있으며, 구체적으로 매수공고일 현재 소유기간이 5년 미만인 토지(상속에 의한 토지소유의 경우 피상속인 등 이전소유자 소유기간 합산)는 매수대상에서 제외하는 것으로 운영하고 있음을 알려드립니다.’라고 회신하였다.



정리하면, 쟁점토지는 개발제한구역 및 고속도로 및 고속철도 노선이 지나는 곳에 위치하고 있어 헐값에 팔지 않는 이상 국가가 아닌 제3자에게 매도하기 힘든 곳에 위치하고 있는데, 청구법인이 쟁점토지를 출연받은 이후 국가에서 먼저 매수 제의를 하지는 않았고, 청구법인에서 국가에 매수청구를 하려고 알아보았으나 국토교통부 내부 규정에 따라 토지의 소유자가 변경된 후 5년간은 매수신청을 하더라도 대상에서 제외되어 부득이 쟁점토지를 처분할 수 없는 상황에 이르게 되었던 것이다. 따라서 이러한 사정은 상증세법 시행령 제38조 제3항에서 명시하고 있는 ‘행정상의 부득이한 사유 등으로 사용(처분)이 곤란한 경우’에 해당한다고 할 것이다.



한편, 청구법인은 매수대상 제외기간인 5년이 도과할 무렵인 2022년(또는 2023년)부터 한국토지주택공사를 상대로 쟁점토지에 대한 매수신청을 하였으나, 2022년과 2023년에는 예산부족 등으로 매수신청에서 제외되었고 2024년 4월 서울지방국토관리청을 상대로 쟁점토지에 대한 매수신청을 하여 2024.9.25. 경기도 의왕시 OOO 토지에 대한 매수청구가 승인되었으며 이에 대한 협의매수금 OOO원을 수령하였다. 청구법인은 이를 고유목적사업에 활용하여 저소득층을 도울 예정이다.



(2) 청구법인은 쟁점토지를 출연받을 당시 쟁점토지가 개발제한 구역 내 위치하고 있다는 사실을 알고 있었으나, 국토교통부 내부규정인 ‘개발제한구역에 해당하는 토지 소유자가 변경된 경우 5년간은 매수대상에서 제외된다’는 사실을 알지 못하였기 때문에 쟁점토지를 3년 이내에 처분하여 공익목적으로 직접 사용할 수 있을 것이라고 판단하였다.



청구법인은 쟁점토지가 개발제한구역 내 위치한 토지임을 알고 출연받은 것은 분명하다.



그러나 청구법인은 피상속인의 사망 전에도 국가로부터 매수제의가 들어왔으므로 개발제한구역 내의 토지라도 매수청구를 통해 국가에 처분이 가능한 것으로 알고 있었고, 실제로 쟁점토지 인근의 토지도 매수청구를 통해 처분된 사례가 많이 있었으므로 쟁점토지를 출연받은 이후 국가에 매수청구를 통해 대금을 확보하여 이를 청구법인의 공익사업에 활용할 계획으로 출연을 받게 된 것이다.



청구법인은 쟁점토지를 출연받은 이후 매수청구를 하려고 하였으나 당시 담당자는 토지 소유자가 변경된 경우 5년간은 매수대상에서 제외된다고 답변하였고 이번 심판청구를 진행하면서 국토교통부에 정보공개청구를 신청하여 구체적인 답변을 회신받은 것이다.



결국 한정된 예산을 이유로 소유권 변동 후 5년 이내에는 매수대상에서 제외하고 있는 행정부 내부규정을 청구법인이 알지 못한 상태에서 쟁점토지를 출연받은 것이므로, 청구법인이 쟁점토지의 활용 및 처분에 제한이 있었음을 알고 있었다는 처분청의 의견은 타당하지 않다.



본 건과 같이 공익법인을 설립하여 출연한 경우 행정부 내부규정에 따라 소유자가 바뀌는 것으로 취급되고, 소유자가 변경된 경우에는 소유기간 5년이 지나야 매수대상에 해당한다는 점에 대해서는 납세자의 입장에서 도저히 알 수 없는 것이었다.



(3) 세법 규정과 다른 행정부 운영, 주무부장관의 답변 회피



청구법인은 국토교통부 내부 규정에 따라 토지의 소유자가 변경된 후 5년간은 매수신청을 하더라도 대상에서 제외되어 부득이 쟁점토지를 처분할 수 없는 상황이 상증세법 시행령 제38조 제3항에서 명시하고 있는 행정상의 부득이한 사유 등으로 사용(처분)이 곤란한 경우에 해당하는지 여부에 대하여 2025.3.18. 국민신문고를 통해 주무부장관인 경기도청에 질의하였으나, 2025.3.25. 경기도청은 ‘공익법인 세무안내 및 해당 법령에 대한 내용은 국세청 및 관할 세무서 소관 사무로 관련 기관으로 문의할 사항임을 안내드립니다.’라고 회신하는 것으로 답변을 회피하고 있다.



(4) 쟁점토지의 높은 가치 및 공익사업의 의지



처분청은 이 건 증여세 과세가액을 산정할 당시 쟁점토지 가액을 공시지가로 평가하였고, 그에 따라 평가된 경기도 의왕시 OOO 31,797㎡의 가액은 OOO원에 불과했으나, 청구법인은 2024년 이를 OOO원에 매도하였다.



즉, 상속인들의 입장에서는 쟁점토지를 피상속인으로부터 상속받아 상속세 등 관련 세금을 내고 추후에 매수청구를 하여 양도대금을 수취하는 것이 훨씬 이득인 상황이다. 그럼에도 이를 청구법인에 출연한 것은 그것이 피상속인의 생전 뜻이었고 상속인들도 피상속인의 뜻을 존중하여 공익법인을 설립하여 쟁점토지를 출연한 것이다.



지금이라도 출연을 취소하고 다시 상속받는 방법을 고려해 볼 수도 있으나 상속인들은 공익사업에 대한 뜻을 굽히지 않고 있다. 이러한 상황에서 청구법인에게 증여세를 과세하는 것은 너무 과도한 처분이라 할 것이다.



(5) 결론



상증세법 시행령 제38조 제3항에서 행정상 부득이한 사유로 사용이 곤란한 경우를 3년 이내 사용의 예외 규정으로 두고, 행정 실무상 쟁점토지를 5년간 매수대상에서 제외하고 있었던 점을 감안할 때 청구법인에게 부과된 증여세는 부당하므로 이와 다른 전제의 본 건 처분은 취소되어야 할 것이다.



나. 처분청 의견



(1) 청구법인은 쟁점토지를 출연받은 날로부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하였다.



상증세법 제48조 제2항은 세무서장 등은 제1항 및 제16조 제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인 등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과한다고 규정하고 있고, 제1호에서 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다)의 용도 외에 사용하거나 출연 받은날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하거나 3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있고, 그 단서에서 다만, 직접 공익목적사업 등에 사용하는데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출한 때 납세지 관할 세무서장에게 그 사실을 보고하고, 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하는 경우는 제외한다고 규정하고 있다.



한편, 같은 법 시행령 제38조 제3항은 법 제48조 제2항 제1호 단서에서 ‘직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유’란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 출연받은 재산을 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 전부 사용하거나 3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하는 것이 곤란한 경우를 말한다고 규정하고 있으며, 제1호에서 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 사용이 곤란한 경우로서 주무부장관이 인정한 경우를 규정하고 있다.



공익법인이 출연받은 재산을 공익목적사업에 사용하는 방법은 청구법인이 주장하는 것과 같이 출연받은 재산을 매각하여 매각대금을 공익목적사업에 사용하는 것 외에도 출연받은 재산 자체를 직접 공익목적사업에 사용하거나, 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익사업용으로 운용하는 방법도 있다. 즉, 쟁점토지가 개발제한구역 내 토지로 그 활용과 처분이 제한되어 직접 공익목적사업에 사용이 어렵다 하더라도 임대를 통해 수익사업용으로 운용하거나, 출연받은 재산 자체를 직접 공익목적사업에 사용하는 방법도 있을 것이다.



청구법인의 법인등기부등본상 확인되는 목적 사업은 ① 자활이 어려운 저소득층 일상생활 지원사업, 자선사업, ② 자활이 어려운 독거노인 생활지원 사업, ③ 그 밖의 법인이 목적 달성에 필요한 사업으로 규정되어 있는데, 청구법인은 2018.5.21. 쟁점토지를 출연받았으나 그로부터 3년 이내에 이를 직접 공익목적사업에 사용하거나 공익목적사업에 충당하기 위하여 출연재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하지 아니한 채 출연받을 당시부터 현재까지 임야 상태로 방치하고 있으며, 청구법인의 공익목적사업인 저소득층 및 독거노인 등의 생활지원을 위한 시설 등으로 활용하고 있지 않다.



공익법인이 출연받은 재산은 공익목적사업에 사용함을 전제로 상증세 과세가액에 불산입하는 것이므로, 입법취지상 공익목적사업에 직접 사용되지 않는 재산은 증여세를 과세하는 것이 타당하다.



공익법인이 출연받은 재산을 상증세 과세가액에 불산입하는 이유는 사회일반의 이익을 목적으로 하는 공익사업을 적극 장려하고, 이를 원활하게 수행할 수 있도록 돕기 위해서이다. 또한 상증세법령에서는 출연받은 재산을 공익목적에 사용하기 위한 건축물의 건축이나 각종 인ㆍ 허가 절차의 이행 등 일정한 준비기간이 필요한 것을 감안하여 3년의 유예기간을 두고 있는바, 3년이 지나도록 공익목적사업에 사용하지 않는 재산은 더 이상 공익목적사업의 용도로 사용할 의사가 없거나 사용할 수 없는 재산으로 간주하여 과세하겠다는 취지(조심 2013전1420, 2013.12.23. 결정 참조)라 할 것이다.



쟁점토지는 이와 같이 공익목적사업에 사용할 준비를 전혀 하지 아니하였고, 단순히 매각이 어렵다는 이유로 출연일로부터 3년이 훨씬 지난 현재까지 공익목적사업에 사용하지 아니하였는바, 이 건 증여세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다.



(2) 쟁점토지는 청구법인에 출연되기 전부터 이미 개발제한구역으로 지정되어 있었고, 청구법인도 이미 그 사실을 알고 있었으므로 상증세법 시행령 제38조 제3항에서 규정하는 ‘법령상 또는 행정상의 부득이한 사유’에 해당하지 않는다.



상증세법 시행령 제38조 제3항에서 규정하는 ‘법령상 또는 행정상의 부득이한 사유’는 출연 당시 사용에 제한이 없었거나 그 사실이 있었음을 알지 못한 경우의 출연재산에 대하여 적용되는 것(조심 2019중2673, 2020.8.31. 결정)인데, 쟁점토지는 청구법인에 출연될 당시 이미 개발제한구역으로 지정되어 있었고 활용이 제한적이어서 매각이 쉽지 않다는 사실을 청구법인도 이미 인지하고 있었으므로 부득이한 사유에 해당하는 것으로 보기 어렵다.



한편 상증세법 시행령 제38조 제3항은 직접 공익목적사업에 사용하는데 법령상 또는 행정상 부득이한 사유 등으로 사용이 곤란한 경우로서 주무부장관이 인정한 경우 과세 제외되는 것으로 규정하고 있는바, 주무관청인 경기도청은 청구법인이 쟁점토지를 출연받은 날로부터 3년이 지나기 전까지 청구법인에게 부득이한 사정이 존재한다는 점을 인정한 사실도 없다(조심 2021서2284, 2021.6.9. 같은 뜻임).



출연재산의 공익목적사업 사용과 관련한 유예기간(3년)은 법에 규정되어 있는 기간으로 모든 공익법인에 동일하게 적용되어야 한다.



상증세법 제48조 제2항은 출연재산에 대해 직접 공익목적사업에 사용해야 하는 기간을 명시하고 있고, 이 기간은 최초 2년으로 규정되었다가 1994.12.22.(1995.1.1. 시행) 3년으로 개정되어 현재까지 유지되고 있다.



3년이라는 유예기간은 출연 당시부터 사용에 제한이 없는 출연재산을 공익목적사업에 사용하기 위해 건축물의 건축이나 각종 인ㆍ 허가 절차를 이행하기 위한 준비기간으로 상증세법에서 규정하고 있으며, 모든 공익법인에 동일하게 적용되어야 하는 기간이다.



쟁점토지는 청구법인에 출연될 당시부터 개발제한구역으로 지정되어 사용에 제한이 있었으므로 청구법인은 취득 당시부터 쟁점토지를 사용하여 달성할 수 있는 공익목적사업을 강구하고 그 사업에 사용하기 위한 준비를 하였어야 할 것이다(대전고등법원 2011.9.29. 선고 2011누1137 판결 참조).



(3) 청구법인이 개발제한구역으로 지정된 토지를 국가에 매수청구하였다 하더라도 국가에서 이를 우선적으로 매수하여야 할 이유는 없으며, 국가에서 이를 매수하지 아니하였다는 사정을 부득이한 사유로 주장할 수 없다.



개발제한구역으로 지정된 토지는 개발제한구역법에 따라 국토교통부에 매수청구를 할 수 있도록 규정하고 있다.



그러나 이러한 매수청구 절차는 청구 즉시 국가가 매입하는 것이 아니라 단순히 청구하는 절차로 사유에 따라 얼마든지 매수대상에서 제외될 수 있는 것이다. 이러한 사정은 청구법인이 쟁점토지를 한국토지주택공사에 매수청구하였다고 주장하는 2022년도의 개발제한구역 토지 협의매수공고문을 통해서도 확인할 수 있다.



청구법인이 매수청구를 통해 토지를 매각한 후 공익목적사업 운영자금을 마련할 계획이었다면 쟁점토지를 출연받을 당시부터 매수청구 대상에 해당하는지 여부를 확인하고, 매수대상에서 제외될 경우 이를 사용하여 달성할 수 있는 다른 공익목적사업을 강구하고 그 사업에 사용하기 위한 준비도 하였어야 할 것이다(대전고등법원 2011.9.29. 선고 2011누1137 판결 참조).



한편 청구법인은 국토교통부 내부지침상 소유자가 변경된 후 5년이 경과하지 아니한 토지는 매수청구 대상에서 제외된다는 규정에 따라 쟁점토지를 양도하지 못하였으므로 이는 상증세법 시행령 제38조 제3항에서 규정하는 부득이한 사유에 해당한다고 주장하나, 청구법인이 쟁점토지를 한국토지주택공사에 매수신청한 시점은 출연받은 날로부터 3년이 경과한 2022년과 2023년으로 확인된다.



즉, 청구법인은 쟁점토지를 출연받은 이후 공익목적사업을 위해 3년간 별다른 노력을 하지 않았고, 공익목적사업에 사용하기 위한 준비를 전혀 하지 아니한 것으로 쟁점토지는 공익목적 이외의 사적 영역의 재산으로 증여세 부과대상에 해당한다(대전고등법원 2011.9.29. 선고 2011누1137 판결 참조).



(4) 결론



이상에서 살펴 본 바와 같이 쟁점토지는 출연당시부터 개발제한구역으로 지정되어 있었고 그 활용 및 처분에 제한이 있음을 청구법인이 알고 있었으므로 이는 상증세법 시행령 제38조 제3항에 따른 부득이한 사유에 해당하지 않는다.




3. 심리 및 판단



가. 쟁점



청구법인이 출연받은 쟁점토지를 3년 이내 직접 공익목적사업에 사용하지 못한데 부득이한 사유가 있었다고 볼 수 있는지 여부



나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인은 2018.2.5. 자활이 어려운 저소득층 일상생활지원 사업, 자선사업 등의 수행을 목적으로 「공익법인의 설립, 운영에 관한 법률」 제2조에 따라 설립된 법인으로, 피상속인의 상속인들은 상속세 신고시 공익법인 출연을 이유로 상속재산 중 OOO원을 상속세 과세가액에 불산입하였고 위 출연재산은 2017.9.28. 상속재산 협의분할을 원인으로 피상속인의 차남 B과 삼남 C에게 각 2/3과 1/3씩 상속되었다가 2018.5.21. 장남 A이 대표로 있는 청구법인에게 출연되었다.



(가) 청구법인의 법인 등기부등본상 확인되는 기본사항은 다음과 같다.

○○○



(나) 청구법인 정관은 다음과 같다.



(2) 조사청은 청구법인이 출연받은 재산을 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하지 않은 것으로 보아 관련 과세자료를 처분청에 통지하였고, 처분청은 2024.12.16. 상증세법 제48조 제2항에 따라 청구법인에게 2021사업연도 증여세 OOO원을 결정ㆍ 고지하였다.



(3) 청구법인은 출연받은 재산을 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니한 사실을 인정하고 있으나, 다만 그러한 데에 상증세법 제48조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제38조 제3항에서 규정하는 부득이한 사유로서 ‘출연받은 재산을 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 전부 사용하거나 3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하는 것이 곤란한 경우’에 해당한다고 주장하며 다음과 같은 증빙을 제출하였다.



(가) 청구법인은 쟁점토지가 개발제한구역 내 위치하고 있어 국가가 아닌 제3자에게 매도하기 어려웠고, 출연받은 이후 국가(국토교통부)에게 매도하려고 하였으나 국토교통부의 내부규정상 소유권 변동 후 5년 이내에는 매수대상에서 제외하고 있어 양도할 수 없었다고 주장하고 있다.



1) 토지이음을 통해 확인한 결과, 쟁점토지는 개발제한구역, 과밀억제지역, 가축사육제한구역, 자연녹지지역, 토지거래계약에 관한 허가구역 등으로 지정되어 있어 다수의 행위 및 처분 제한이 있는 것으로 확인된다. 다만, 청구법인이 쟁점토지를 출연받기 전부터 쟁점토지가 개발제한구역으로 지정되어 있다는 점을 알고 있었다는 점에 대해서는 다툼이 없다.



2) 청구법인(또는 피상속인의 상속인들)은 쟁점토지 인근 토지 역시 개발제한구역으로 지정되어 있음에도 이를 국가에 매수청구하거나 국가로부터 매도할 것을 권유받음으로서 토지를 양도할 수 있는 방법이 있다는 것을 알고 있었고, 청구법인 역시 이러한 방법으로 쟁점토지를 처분하여 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용할 예정이었다고 주장하며 아래 ＜표2＞ 기재와 같이 쟁점토지 인근토지를 국가가 매수한 현황을 제출하였다.



＜표2＞ 쟁점토지 인근토지를 국가가 매수한 현황

○○○



3) 청구법인은 쟁점토지를 출연받은 이후 국토교통부에 이를 매수청구하였으나 국토교통부로부터 소유권이 변동된 이후 5년 이내에는 매수대상에서 제외된다는 구두 답변을 받았고,



이 건 심판청구를 제기하는 과정에서 국토교통부의 이러한 내부지침을 공식적으로 확인하기 위하여 2025.2.27. 국토교통부에 ‘국토교통부 업무처리지침에 개발제한구역 토지매수관리계획 및 업무처리요령 중 소유권 변경 후 5년 이내의 토지는 매수 제외한다는 지침을 확인하고 싶다.’는 내용으로 정보공개청구를 하였으며, 이에 2025.3.12. 국토교통부는 ‘개발제한구역 토지매수는 한정된 매입 예산을 효율적으로 운영하기 위하여 매수 후 보전 및 관리가 곤란하거나 매입이 부적합한 토지는 매수대상에서 제외하고 있으며, 구체적으로 매수공고일 현재 소유기간이 5년 미만인 토지(상속에 의한 토지소유의 경우 피상속인 등 이전소유자 소유기간 합산)는 매수대상에세 제외하는 것으로 운영하고 있음을 알려드립니다.’라고 회신한 것으로 확인된다.



4) 청구법인은 2022년과 2023년 국토교통부 산하 한국토지주택공사에 쟁점토지에 대한 매수청구를 하였으나 2022.9.16. 및 2023.9.22. 매수대상에서 제외되었다는 결과통보를 받았다고 주장하며 한국토지주택공사에서 발송한 심의결과서 2부를 조사 당시 제출한 것으로 확인된다. 이에 대하여 처분청은 청구법인이 매수신청한 시점에 이미 쟁점토지를 출연받은 날로부터 3년이 경과되었다는 의견이고, 청구법인은 국토교통부 내부지침상 소유권 변동일로부터 5년 이내에는 매수대상에서 제외하고 있기 때문에 그 이전에는 매수신청할 수 없었다고 주장하고 있다.



5) 청구법인은 2025.3.18. 주무부장관인 경기도청에 청구법인의 사정, 즉 ‘쟁점토지가 고속도로 및 고속철도선로 인근에 위치한 개발제한구역 내 토지로 제3자에게 매매나 임대하는 사례가 극히 드물고, 국가에 매수청구를 하는 방식으로 처분을 진행해야 하는데 국토교통부 정보공개청구 내역과 같이 국토교통부 운영지침상 소유권변동 후 5년 내에는 매수대상에서 제외되고 있으므로, 이를 상증세법 시행령 제38조 제3항에서 규정하고 있는 행정상의 부득이한 사유 등으로 사용(처분)이 곤란한 경우로 인정할 수 있는지’에 대하여 국민신문고를 통해 질의하였으나, 2025.3.25. 경기도청은 ‘공익법인 세무안내 및 해당 법령에 대한 내용은 국세청 및 관한 세무서 소관으로 관련 기관으로 문의할 사항임을 안내드립니다.’라고 회신한 것으로 확인된다.



(나) 청구법인은 2024년 4월 서울지방국토관리청을 상대로 쟁점토지에 대한 매수신청을 하여 2024.9.25. 경기도 의왕시 OOO 토지에 대한 매수청구가 승인되었으며 이에 대한 협의매수금 OOO원을 수령한 것으로 확인된다.



(4) 청구법인이 설립일(2018.2.5.)부터 2023.12.31.까지 결산서류 등을 통해 공시한 사항은 ＜표3＞ 기재와 같다.



＜표3＞ 청구법인 결산 공시내역

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(5) 청구법인의 설립일 이후 사업활동내역은 ＜표4＞ 기재와 같다.



＜표4＞ 청구법인의 저소득층 생활지원 내역

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(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 상증세법 제48조 제1항은 ‘공익법인 등이 출연받은 재산의 가액은 증여세과세가액에 산입하지 아니한다’고 규정하고 있고, 같은 법 같은 조 제2항 제1호는 ‘공익법인 등이 출연받은 재산을 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우 그에 대하여 즉시 증여세를 부과하되, 다만 그 사용에 장기간을 요하는 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 증여세 부과대상에서 제외한다’고 규정하고 있는바, 이는 공익법인 등이 취득한 재산을 공익목적사업에 사용하기 위해서는 건축물의 건축이나 각종 인ㆍ허가 절차의 이행 등 일정한 준비기간이 필요할 것임을 감안하여 3년이라는 유예기간을 둠과 동시에 위 기간이 지나도록 공익목적사업에 사용하지 않는 재산은 더 이상 공익목적사업의 용도로 사용할 의사가 없거나 공익목적 사업의 용도로 사용할 수 없는 재산인 것으로 간주하여 그것에 대하여는 과세하겠다는 취지라 하겠다.



위 취지에 비추어 볼 때, 상증세법 제48조 제2항 제1호 단서에서 ‘대통령령이 정하는 부득이한 사유’라 함은 ‘직접 공익목적사업에 사용할 수 있는 재산으로서 3년 이내에 공익목적사업에 사용하기 위한 행위에 이미 착수하였으나, 법령상 또는 행정상의 제한으로 인하여 3년 이내의 기간 범위 내에서는 전부 사용하는 것이 곤란하고 그 준비기간이 3년 이상이 소요되는 경우로서 그와 같은 사정을 주무부장관이 인정한 경우’를 의미한다고 봄이 상당하다(대전고등법원 2011.9.29. 선고 2011누1137 판결, 같은 뜻임).



청구법인은 쟁점토지를 출연받은 날로부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하였고, 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 인하여 쟁점토지를 직접 공익목적사업에 사용하는 것이 곤란한 경우에 해당한다는 점에 대하여 주무부장관이 이를 인정한 사실이 확인되지 아니하므로 원칙적으로 상증세법 제48조 제2항에서 규정하는 증여세 부과대상에 해당한다.



이에 대하여 청구법인은 쟁점토지는 개발제한구역 및 고속도로 및 고속철도 노선이 지나는 곳에 위치하고 있어 헐값에 팔지 않는 이상 국가가 아닌 제3자에게 매도하기 힘든 곳에 위치하고 있고 청구법인이 쟁점토지를 출연받은 이후 국가에서 먼저 매수 제의를 하지는 않아 청구법인에서 국가에 매수청구를 하려고 알아보았으나 국토교통부 내부 규정에 따라 토지의 소유자가 변경된 후 5년간은 매수신청을 하더라도 대상에서 제외되어 부득이 쟁점토지를 처분할 수 없는 상황에 이르게 된 것이므로 이러한 사정은 상증세법 시행령 제38조 제3항에서 명시하고 있는 ‘행정상의 부득이한 사유 등으로 사용(처분)이 곤란한 경우’에 해당한다고 주장한다.



그러나 청구법인은 쟁점토지를 출연받을 당시 쟁점토지가 개발제한 구역 내 위치하고 있다는 사실을 알고 있었으므로, 그 후 3년 이내에 당해 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 재산을 출연받을 당시 존재하였던 법령상의 장애사유가 장래에 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였음에도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 공익목적사업 등에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 상증세법 제48조 제2항 제1호 단서 등에서 정한 증여세 추징의 제외사유인 ‘출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하지 못한 부득이한 사유’가 될 수 없다고 할 것인 점, 쟁점토지는 청구법인에 출연될 당시부터 개발제한구역으로 지정되어 사용에 제한이 있었으므로 청구법인은 취득 당시부터 쟁점토지를 사용하여 달성할 수 있는 공익목적사업을 강구하고 그 사업에 사용하기 위한 준비를 하였어야 할 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 주장하는 일련의 상황은 상증세법 시행령 제38조 제3항에서 명시하고 있는 ‘행정상의 부득이한 사유 등으로 사용(처분)이 곤란한 경우’에 해당하는 것으로 보기 어려운 것으로 보인다.



따라서 처분청이 상증세법 제48조 제2항에 따라 이 건 증여세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.





4. 결 론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령



(1) 상속세 및 증여세법(2021.1.1. 법률 제18591호로 개정된 것)



제48조[공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등] ② 세무서장등은 제1항 및 제16조 제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조 제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하거나 3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하지 아니하는 경우. 다만, 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출할 때 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고하고, 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하는 경우는 제외한다.



(2) 상속세 및 증여세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32414호로 개정된 것)



제38조[공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리] ③ 법 제48조 제2항 제1호 단서에서 " 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유" 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 출연받은 재산을 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 전부 사용하거나 3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하는 것이 곤란한 경우를 말한다.

1. 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 사용이 곤란한 경우로서 주무부장관(권한을 위임받은 자를 포함한다)이 인정한 경우

2. 해당 공익목적사업 등의 인가ㆍ허가 등과 관련한 소송 등으로 사용이 곤란한 경우



제40조[공익법인등에게 부과되는 증여세 과세가액의 계산등] ① 법 제48조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 " 대통령령으로 정하는 가액" 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 가액을 말한다.

1. 법 제48조 제2항 제1호 본문에 해당하게 되는 경우에는 다음 각 목의 구분에 따른 가액

가. 직접 공익목적사업등외에 사용한 경우에는 그 사용한 재산의 가액

나. 3년이내에 직접 공익목적사업등에 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 경우에는 그 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 재산의 가액