심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구인은 2018.12.20. 경기도 과천시 OOO 소재 근린생활시설 및 주택(168.45㎡, 이하  "쟁점건물”이라 한다)과 부속토지(303㎡)를 취득한 후, 2019.12.9. 양수인 A에게 쟁점건물은 OOO원에, 쟁점건물 관련 이축권(이하  "쟁점이축권”이라 한다)은 OOO원에 양도하였고, 쟁점건물 부속토지는 2019.12.18. 한국토지주택공사에 공공용지의 협의취득을 원인(원인일 : 2019.12.12.)으로 거래가액 OOO원에 양도(수용)하였다.



나. 청구인은 2019.3.2. 쟁점건물 등의 양도에 대하여 전체 양도가액을 OOO원(쟁점건물 OOO원, 쟁점이축권 OOO원, 부속토지 OOO원)으로 하고, 전체 취득가액을 OOO원(쟁점건물 OOO원, 쟁점이축권OOO원, 부속토지 OOO원) 으로 하여 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고ㆍ납부하였다.



다. 이후 청구인은 쟁점이축권의 양도 관련 소득이 기타소득에 해당한다고 주장하며, 2025.2.28. 관련 양도소득세 OOO원의 환급 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2025.4.16. 경정청구 거부통지하였다.



라. 청구인은 이에 불복하여 2025.7.1. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구인 주장 및 처분청 의견



가. 청구인 주장



(1) 청구인은 경기도 과천시장이 ‘OOO 공공지원민간임대주택 공급촉진지구 사업’을 진행중이던 2018.12.10. 동 사업지구 내에 소재하는 쟁점건물과 부속토지를 B으로부터 매매가액 OOO원에 매입한 후 등기이전하였고, 2019.4.23. 청구인은 쟁점건물 관련 쟁점이축권을 양수인 A에게 거래가액 OOO원에 양도(이하  "쟁점거래”라 한다)하기로 매매계약을 체결하였으며, 2019.6.28. 한국토지주택공사가 시행하는 공익사업의 보상계획이 확정되었고, 이후 청구인은 2019.12.9. 양수인 A과 쟁점건물을 거래가액 OOO원에 양도하기로 하는 매매계약을 체결한 후 동 일자에 쟁점건물과 쟁점이축권을 양도하였으며, 2019.12.12. 한국토지주택공사와 쟁점건물의 부속토지를 거래가액 OOO원에 양도(공공용지의 협의취득을 원인으로 수용)하기로 하는 용지매매계약을 체결한 후 2019.12.18. 소유권을 이전하였다.



(2) 이축권은「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법」에 규정되어 있는「건축법」상의 건축행위인  "이축”을 할 수 있는 권리로서 개발제한구역 내에서 건축허가를 받아 건물을 건축할 수 있는 권리를 의미하는데, 쟁점거래는 2019.12.31.「소득세법」개정 전 이루어진 거래로 당시에는 이축권 과세에 대한 법 규정이 없었고, 대법원 판례(대법원 2000.9.29. 선고 98두205 판결)에 따르면, 이축권은 단순히 개발제한구역 내에서 건축행위의 금지를 해제하여 건축할 수 있는 권리를 의미할 뿐, 부동산 자체의 취득을 목적으로 하는 권리가 아니므로「소득세법」에 규정한 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’에 해당하지 하니하여 양도소득세 과세 대상이 될 수 없다고 판단하였는바, 이는 이축권이 양도소득세 과세대상이 아닌 기타소득으로 과세되어야 한다는 것을 의미한다.



정부는 2019.12.31.과 2020.2.11.「소득세법」과「소득세법 시행령」개정을 통해 부동산과 분리되어 거래되기 어려운 이축권의 특성을 반영하여 별도로 감정평가 받아 신고하는 경우를 제외하고는 양도소득세로 과세하도록 변경하였으나, 해당 개정규정은 2020.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용되므로 2019년에 이루어진 쟁점거래는 개정 전「소득세법」을 따라야 하고, 기존 유권해석과 판례에 따라 소득구분을 판단해야 하는 것이다.



(3) 쟁점거래는 쟁점건물 거래와 각각 다른 시기에 개별적으로 매매계약이 체결되었고, 대가가 명확히 구분되므로 일괄 양도한 것으로 볼 수 없다.



개정 전「소득세법」규정에 따르면 이축권이 기타소득 과세대상에 해당함은 명백하나, 이축권을 부동산과 함께 양도한 경우에 있어서도 이를 기타소득으로 과세할 수 있는지 여부가 논쟁이 될 수 있는데, 이는 이축권 가액이 부동산 가액과 구분되는지에 여부에 달려있다고 볼 수 있다.



조세심판례(조심 2008중3497, 2009.1.20.)에서는 청구인이 이축권만을 별도로 분리하여 양도한 것이 아니라 이축권이 포함된 쟁점부동산을 일괄 양도한 것이고, 공증받은 계약서에도 그 금액을 구분기재하지 아니하였으며, 청구인은 이축권가액이 OOO원이라고 주장하면서 이에 대한 객관적인 산출근거도 제시하지 못하고 있는 점 등을 종합하여 쟁점부동산의 양도가액에서 이축권가액 OOO원을 차감하여야 한다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단한 반면, 대법원 판례(대법원2017.2.15. 선고 2016두58048 판결)에서는 부동산과 이축권을 함께 양도한 경우에도, 이를 일괄하여 양도소득세로 과세하는 것은 위법하고, 양도소득과 기타소득으로 구분하여 과세해야 하며, 양도소득과 기타소득이 명확히 구분되지 않는다면 과세처분 자체를 취소해야 한다고 설시하였고, 다른 조세심판례(조심 2019중3289, 2019.11.26.)에서는 비록 철거 전 건물과 함께 이축권을 양도하였더라도, 쟁점건물이 수용됨에 따라 장래에 이축권이 발생할 것이 명확한 점, 이축권과 건물의 매매대금이 계약서에서 명확히 구분되었으며, 매수인의 입장에서 이축권 없이는 수용이 확정되고 철거되어 이용할 수 없는 쟁점건물을 취득할 이유가 없는 점을 들어 이축권 양도 관련 소득에 대해 양도소득이 아닌 기타소득으로 과세해야 한다고 결정하였다.



이 건에 있어 청구인이 2018년 4월 양수인 C과 작성한 확약서에 의하면, 쟁점이축권과 쟁점건물의 가액이 명확히 구분되어 기재되었고, 쟁점이축권이 실제로 발생할 경우에 한해 명의이전을 진행하기로 명시하여 거래의 전제가 쟁점이축권 발생 여부와 연계됨을 분명히 하였으며, 또한 쟁점건물의 등기사항전부증명서에 의하면 보상이 확정된 이후에 쟁점건물의 명의이전이 완료되었음을 알 수 있고, 보상절차가 진행됨에 따라, 청구인은 2019.4.23. 쟁점이축권에 대한 매매계약서를 작성하면서 양도가액을 OOO원으로 명시하였으며, 이후 2019.12.9. 쟁점건물에 대한 매매계약서를 별도로 체결하면서 양도가액을 OOO원으로 기재하였고, 같은 날 쟁점건물의 등기이전절차가 완료되었다.



결론적으로 쟁점거래는 앞에 언급한 대법원 판례와 선결정례 사례와 유사하게 쟁점이축권과 쟁점건물의 대가가 명확히 구분된 거래이므로 쟁점이축권의 양도 관련 소득을 기타소득으로 보는 것이 타당하다.



나. 처분청 의견



(1) 이축권의 발생은 철거 당시 해당 건물의 소유자(후소유자)에 한하므로 이축허가를 신청할 수 없는 청구인이 해당 건물을 양도하면서 임의적으로 건물가액과 이축권가액을 구분하여 기재한 경우는 전체를 양도가액으로 보아 양도소득세를 부과하여야 한다.



청구인은 쟁점건물 가액을 OOO원으로 하여 매매계약을 하였으나, 양도 당시 쟁점건물의 기준시가는 OOO원으로 매매계약서상 쟁점건물 가액의 산출근거가 미약하고 이는 쟁점이축권과 쟁점건물을 일괄양도하면서 임의로 구분기재한 것에 불과하다.



(2) 양수인이 쟁점건물의 보상금 일부를 청구인에게 송금한 사실이 있다 하더라도 이는 청구인과 양수인 사이에 이루어진 대금정산에 불과하고, 쟁점이축권의 수익귀속 주체는 양수인에게 있으며, 쟁점이축권은 원칙적으로 독립된 물권이 아니라 쟁점건물의 소유자로서 청구할 수 있는 부수적 권리인바, 따라서 쟁점이축권은「소득세법」제94조 제1항 제4호 가목의 사업용 고정자산과 함께 양도하는 기타자산으로써 양도소득 과세대상에 해당한다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁 점



쟁점이축권의 양도 관련 소득이 기타소득에 해당한다는 청구주장의 당부



나. 관련 법령



(1) 소득세법(2019.12.31 법률 제16834호로 개정되기 전의 것) 제21조 【기타소득】① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

7. 광업권ㆍ어업권ㆍ산업재산권ㆍ산업정보, 산업상 비밀, 상표권ㆍ영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(土砂石)의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발ㆍ이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품



제37조【기타소득의 필요경비 계산】② 다음 각 호의 경우 외에는 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액을 필요경비에 산입한다.

2. 광업권의 양도대가로 받는 금품의 필요경비 계산 등 대통령령으로 정하는 경우



제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 " 기타자산" 이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 사업용 고정자산(제1호 및 제2호의 자산을 말한다)과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권과 행정관청으로부터 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다)



제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.



(2) 소득세법(2019.12.31. 법률 제16834호로 개정된 것) 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서  "기타자산”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 사업에 사용하는 제1호 및 제2호의 자산과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권과 행정관청으로부터 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다)

마. 제1호의 자산과 함께 양도하는「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법」 제12조 제1항 제2호 및 제3호의2에 따른 이축을 할 수 있는 권리(이하  "이축권”이라 한다). 다만, 해당 이축권 가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 별도로 평가하여 신고하는 경우는 제외한다.



부칙 ＜법률 제16834호, 2019.12.31.＞

제1조【시행일】 이 법은 2020년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제94조 제1항 제4호 다목 및 제108조의 개정규정은 2020년 7월 1일부터 시행한다.

제2조【일반적 적용례】① 이 법은 이 법 시행 이후 발생하는 소득분부터 적용한다.

② 이 법 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.



(3) 소득세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것) 제87조【기타소득의 필요경비 계산】법 제37조 제2항 제2호에서 " 대통령령으로 정하는 경우" 란 다음 각 호의 어느 하나를 말한다.

1의2. 법 제21조 제1항 제7호ㆍ제8호의2ㆍ제9호ㆍ제15호 및 제19호의 기타소득에 대해서는 거주자가 받은 금액의 100분의 70(2019년 1월 1일이 속하는 과세기간에 발생한 소득분부터는 100분의 60)에 상당하는 금액을 필요경비로 한다. 다만, 실제 소요된 필요경비가 거주자가 받은 금액의 100분의 70(2019년 1월 1일이 속하는 과세기간에 발생한 소득분부터는 100분의 60)에 상당하는 금액을 초과하면 그 초과하는 금액도 필요경비에 산입한다.



제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조 전단에서  "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일



(4) 소득세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 개정된 것) 제158조의2【양도소득에서 제외되는 이축권의 범위】법 제94조 제1항 제4호 마목 단서에서  "대통령령으로 정하는 방법에 따라 별도로 평가하여 신고하는 경우”란 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 둘 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액)을 구분하여 신고하는 경우를 말한다.]



(5) 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 제12조【개발제한구역에서의 행위 제한】① 개발제한구역에서는 건축물의 건축 및 용도변경, 공작물의 설치, 토지의 형질변경, 죽목(竹木)의 벌채, 토지의 분할, 물건을 쌓아놓는 행위 또는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조 제11호에 따른 도시ㆍ군계획사업(이하  "도시ㆍ군계획사업”이라 한다)의 시행을 할 수 없다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(이하  "시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)의 허가를 받아 그 행위를 할 수 있다.

2. 개발제한구역의 건축물로서 제15조에 따라 지정된 취락지구로의 이축(移築)

3.「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제4조에 따른 공익사업(개발제한구역에서 시행하는 공익사업만 해당한다. 이하 이 항에서 같다)의 시행에 따라 철거된 건축물을 이축하기 위한 이주단지의 조성

3의2.「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제4조에 따른 공익사업의 시행에 따라 철거되는 건축물 중 취락지구로 이축이 곤란한 건축물로서 개발제한구역 지정 당시부터 있던 주택, 공장 또는 종교시설을 취락지구가 아닌 지역으로 이축하는 행위



다. 사실관계 및 판단



(1) 처분청과 청구인이 제시한 심리자료에 의하여 확인되는 이 사건 주요 사실관계는 다음과 같다.



(가) 처분청은 2025.3.4. 청구인에게 쟁점건물 및 쟁점이축권의 양도와 관련된 매매관련 제반자료를 요청하였고, 청구인은 2025.3.14. 부동산거래사실확인서와 대금수령증(영수증), 쟁점건물 매매계약서 및 쟁점이축권 매매계약서 사본을 제출하였는바, 청구인이 2025.3.14. 작성한 부동산거래 사실확인서에는 청구인이 양수인 A에게 쟁점건물과 쟁점이축권을 2019.12.9. 및 2019.5.3.에 총 거래가격 OOO원에 양도하였고, 계약금 OOO은 2019.4.23.에, 잔금 OOO원은 2019.5.3.에 수표로 수령하였다고 기술한 것으로 나타난다.



또한, 청구인이 2019.4.23. 발행한 영수증에는 쟁점이축권 계약금으로 OOO원을 영수하였고, 2019.5.3. 2회 발행한 영수증에는 쟁점이축권 매매잔금조 OOO원과 쟁점건물 매매총대금조로 OOO원을 영수하였다고 기재된 것으로 나타나며, 청구인이 2019.4.23. 양수인 A과 작성한 쟁점건물 매매계약서에는 매매대금이 OOO원으로 되어 있고, 제3조에 매도인은 보상개시시점에서 쟁점건물을 명의 이전하며, 건축물 명의이전과 동시에 쟁점건물에 설정된 근저당권을 말소한다는 내용과 특약사항에 본 매매계약은 토지를 제외한 건축물을 대상으로 한 매매계약임이 명시되어 있고, 매매대금 OOO원은 계약시 지불하고 영수함(영수자 청구인 날인)이라고 기재되어 있으며, 같은 날짜에 작성된 쟁점이축권 매매계약서에는 매매대금이 OOO원으로 되어 있고, 특약사항에 본 계약은 이축권에 대한 매매계약이며, 확약서 내용이 우선키로 한다고 기재되어 있고, 매매대금 중 OOO원은 계약시에 지불하고 영수하며(영수자 청구인 날인), 잔금 OOO원은 2019.5.3. 지불한다고 기재되어 있다.



(나) 쟁점건물 등기사항전부증명서에 의하면, 2019.12.9. 쟁점건물의 소유권이 후소유자로 이전됨과 동시에 채권최고액 OOO원의 근저당권이 말소된 것으로 나타난다.



(다) 청구인과 한국토지주택공사 간에 2019.12.12. 체결한 쟁점건물 부수토지 매매계약서(용지매매계약서)에 의하면, 보상토지내역은 쟁점건물의 부수토지(303.00㎡)이고, 보상가액은 OOO원이며, 부수토지 상 별도의 지상물건이 있는 경우 양도인은 2020.6.30.까지 철거하거나 양수인이 시행하는 사업지구 밖으로 이전하여야 한다고 기재되어 있다.



(라) 쟁점건물의 양수인 A은 2020.7.24. 쟁점건물의 보상가액 OOO원을 수령한 후, 2020.7.30. 재산세 OOO원, 세무수수료 OOO원, 양도소득세 OOO원 등을 납부(지급)하였고, 2020.7.31. 청구인에게 OOO원을 송금하였다.



(2) 청구인은 2019.12.31.과 2020.2.11.「소득세법」과「소득세법 시행령」개정을 통해 부동산과 분리되어 거래되기 어려운 이축권의 특성을 반영하여 별도로 감정평가 받아 신고하는 경우를 제외하고는 양도소득세로 과세하도록 변경되었으나, 해당 개정규정은 2020.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용되므로 2019년에 이루어진 쟁점거래는 개정 전「소득세법」을 따라야 하고 주장하며, 그 증빙으로 아래 ＜표＞의2020년 간추린 개정세법 내용을 제시하였다.



＜표＞ 2020년 간추린 개정세법 일부 발췌 내용

○○○



(3) 한국부동산원 부동산 공시가격 알리미 사이트의 개별단독주택가격 조회자료에 의하면, 쟁점건물의 양도일(2019.12.9.) 당시 개별주택가격(공시가격)은 OOO원(기준일 2019.1.1.)인 것으로 나타나, 쟁점건물 매매계약서상 매매가액인 OOO원보다는 높은 것으로 나타난다.



(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점거래가 2019.12.31.「소득세법」개정 전 이루어진 거래로 당시에는 이축권 과세에 대한 법 규정이 없었고, 대법원 판례 등에 따르면 이축권이「소득세법」에 규정한 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’에 해당하지 하니하여 양도소득세 과세 대상이 될 수 없다고 하였으므로 쟁점이축권 양도 관련 소득은 기타소득 과세대상에 해당한다는 주장이나, 개발제한구역 내에서 건축허가를 받아 건물을 건축할 수 있는 권리인 이축권을 수용대상인 기존 건물과 분리하여 양도한 경우에는 그 이축권이 양도소득세 과세대상인 부동산을 취득할 수 있는 권리에 해당하지 아니하므로 양도소득세 과세대상이 아니라 할 것이나, 이축권만을 별도로 분리하여 양도한 것이 아니라 이축권이 포함된 기존 건물을 일괄양도 하거나 분리하여 양도하였다 하더라도 그 가액의 구분이 임의적으로 이루어진 것이라면 전체를 양도가액으로 보아 양도소득세를 부과하는 것이 합리적이라 할 것인바, 이 건에 있어 쟁점건물의 양도일 당시 개별주택가격(공시가격)은 OOO원으로, 쟁점건물의 매매계약서에 기재된 매매가액(OOO원)이 쟁점건물의 실제 가치가 반영된 거래가액이라고 보기 어려워, 쟁점이축권 매매계약서에 기재된 매매가액(OOO원)은 청구인이 쟁점건물을 양도하면서 임의로 구분하여 기재한 가액으로 보는 것이 합리적이라 보이는 점, 청구인은 쟁점이축권과 쟁점건물의 대가가 각각 다른 시기에 작성된 매매계약서에서 명확히 구분되어 기재되었다고 하나, 청구인이 처분청에 소명자료로 제출한 쟁점건물의 매매계약서와 쟁점이축권의 매매계약서가 같은 날인 2019.4.23.에 작성되었고, 대금영수증상 같은 날인 2019.5.3.에 각 잔금이 청산된 것으로 나타나는 사실에서 쟁점거래와 쟁점건물 거래가 실제로 각각 독립하여 이루어졌다고 보기 어려운 점 등을 고려하면, 쟁점이축권과 쟁점건물이 하나의 단위로 일괄 양도되었다고 봄이 타당해 보이므로 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.





4. 결 론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.