심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 1991.9.12. 설립되어 경기도 OOO에서 대형병원, 의약품 도매업자 및 약국 등에 의약품을 공급하고 있는 도매업자로 A병원(이하  "A”이라 한다)에서 취급하는 의약품을 독점 공급하는 전납 도매업체였으나,



2019.6.18. 설립된 특수관계법인인 주식회사 B(이하  "B”이라 한다)이 A의 전납 도매업체가 되어 청구법인으로부터 의약품을 공급받아 의약품을 A에 공급하였고, 청구법인이 약국등에 공급하던 의약품은 특수관계법인인 주식회사 C(이하  "C”이라 한다)이 청구법인으로부터 의약품을 공급받아 약국등에 공급하였다.



나. 중부지방국세청장(이하  "조사청”이라 한다)은 2024.8.27.부터 2024.12.10.까지 기간 동안 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 연간 제3의 도매업체들과 거래한 품목별 공급단가와 B과 C에 공급한 품목별 공급단가를 비교한 결과,



청구법인이 의약품을 저가에 공급하여 2021사업연도부터 2023사업연도까지 B에 OOO원, C에 OOO원의 이익을 분여하였다고 보아 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 청구법인에게 아래 ＜표1＞과 같이 법인세와 부가가치세를 경정ㆍ고지하였다.



＜표1＞ 청구법인에 대한 법인세, 부가가치세 부과내역

○○○



다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.5.7. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



(1) 청구법인과 같은 의약품 도매업자의 거래 특수성을 고려하여 부당행위인지 여부 등을 판단하여야 한다.



(가) 병원이나 약국은 특정 제약사의 의약품만 구매하는 것이 아니라 여러 제약사의 의약품을 다양하게 필요로 하고, 도매업체가 모든 제약사와 직접 계약을 체결하여 모든 의약품을 납품받는 것이 현실적으로 어려우며, 특히 청구법인과 C처럼 여러 도매업체가 서로 특수관계인의 지위에 있는 경우 통상 제약사는 그중 하나의 도매업체와만 의약품 판매계약을 체결하므로, 특수관계인의 지위에 있는 다른 도매업체는 해당 제약사의 의약품을 직접 확보할 수 없게 되어 청구법인이 확보하지 못한 의약품의 경우 이를 해당 제약사로부터 직접 납품받는 다른 도매업체로부터 구매하여 확보해야만 하는 구조이다.



(나) 또한 병원, 약국, 타 도매업체들은 의약품이 필요할 때 여러 의약품을 하나의 주문서를 통해 한꺼번에 주문하여 일시에 납품받는 것이 일반적인데, 즉, 기간이나 수량을 정하여 의약품을 납품받는 별도의 계약을 체결하는 것이 아니라, 보유한 의약품들의 재고가 부족하면 하나의 주문서를 통해 여러 의약품을 한꺼번에 발주하고, 도매업체는 위 주문에 포함된 여러 의약품을 주문 수량에 맞게 특정 날짜에 한꺼번에 납품하는 방식으로, 의약품의 거래를 건별로 구분해야 한다면 하나의 주문서를 통해 발주한 여러 의약품의 묶음을 하나의 거래로 보아야 한다.



(다) 청구법인은 거래금액, 거래기간, 신용도 등을 고려하여 거래업체(병원, 약국, 타 도매업체)에 따라 제품 판매 금액에 대한 할인율에 차등을 두고 있고, 청구법인과 오랜 기간 거래하였거나, 대금 지급 기한이 짧고 연체가 없어서 신용도가 높은 업체는 조금 더 할인해 주고 있는데 이런 방식으로 적용하는 할인율은 2∼5% 정도 된다.



(라) 의약품 거래가 발생하는 경우 해당 거래정보를 건강보험심사평가원 산하 의약품관리정보센터에 전송하도록 하고 있고, 거짓으로 보고하는 경우 행정처분을 받게 되어 특수관계인이라 하여 이런 절차와 다른 방법으로 거래할 수는 없다.



(2) 부당행위계산부인의 해당 여부는 ‘거래 당시’를 기준으로 판단해야 하므로, 회계연도 전체가 아니라 ‘개별거래’를 기준으로 판단하여야 한다.



(가) 부당행위계산부인의 판단은 거래대금을 확정 짓는 ‘거래 당시’를 기준으로 하는데, ‘거래 당시’를 기준으로 판단한다는 것은 회계연도에 속하는 모든 거래를 합산하여 그 거래가격과 시가를 비교하는 것이 아니라, ‘개별거래’를 기준으로 거래 당시의 거래가격과 시가를 비교해야 함을 의미한다.



(나) 조사청과 같이 1회계연도에 속하는 품목별 모든 거래를 합산하여 그 금액이 OOO 원 이상이라는 이유로 부당행위계산으로 과세한다면, 이는 결국 1회계연도 품목별 전체의 거래를 하나의 거래로 보았다는 것이고, 부당행위계산의 판단 시점도 회계연도의 말일로 보았다는 것인바, 이는 법률 규정에도 없는 ‘가상의 거래와 거래 시점’을 근거로 과세한 것으로 위법하다.



(다) 「법인세법 시행령」 제88조 제3항은 시가와 거래가액의 차액이 OOO 원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다고 규정하고 있는바, 부당행위계산부인에 관한 규정은 본래 개인의 사적 자치에 속하는 거래를 세법의 관점에서 부인하는 것에 불과하므로 이에 관한 규정은 엄격하게 해석하여야 하고,



청구법인과 C 사이의 거래에 대한 부당행위계산부인 여부는 이 건 처분에서와 같이 회계연도 전체의 거래금액을 합산하여 비교하는 것이 아니라 개별거래를 기준으로 거래가액과 시가를 비교하여 판단하여야 한다.



(라) 의약품은 품목별로 거래가 되고, 특정 날짜에 특정 품목의 수량 및 가격을 정하여 거래하는 것(이하  "개별거래해석1”이라 한다)이 의약품의 개별거래로 부당행위계산부인에 해당하는지 여부는 원칙적으로 개별거래해석1을 하나의 개별거래로 보아야 하나,



일반적으로 의약품은 한 품목씩 거래하는 것이 아니라 한 번에 다수의 의약품을 거래하고, 다수의 의약품을 정해진 날짜에 한꺼번에 납품하는 것이 의약품의 통상적인 거래 방식이므로 이러한 실제 의약품 거래를 반영하면, 특정 날짜에 다수의 의약품을 거래하는 것(이하  "개별거래해석2”라 한다)을 하나의 ‘개별거래’라고 볼 수도 있으므로 개별거래해석2를 하나의 ‘개별거래’로 보아야 한다.



또한, 의약품이 일회성이 아니라 계속적으로 거래되는 재화라는 점을 고려하면, 특정 날짜를 구분하는 것이 아니라 기간을 정해서 ‘1회계연도 동안 특정 품목의 수량과 가격을 정하여 여러 차례 거래하는 것(이하  "개별거래해석3”이라 한다)하는 것을 합쳐서 하나의 ‘개별거래’라고 볼 수도 있는데, 위 개별거래해석1∼3 중 어느 것으로 해석하더라도 그 거래의 단가 차액과 거래수량을 곱한 금액은 OOO원에 훨씬 미치지 못한다.



부당행위계산부인 여부는 위와 같은 의약품의 ‘개별거래해석1∼3’에 따른 ‘개별거래’를 기준으로 하여 판단하는 것이 타당함에도, 개별거래의 합리적 해석을 벗어나 조사청이 판단한 개별거래의 기준은 합리적 근거도 없이 확장 해석하였다.



(3) 청구법인과 C의 거래는 건전한 사회 통념이나 상관행에 비추어 ‘경제적 합리성’을 결한 비정상적인 거래로 보기는 어렵다.



(가) 청구법인은 건강보험심사평가원에서 고시한 약가를 기준으로 거래상대방의 신용도, 재무상태, 의약품의 단가, 연간 거래량 및 거래금액, 대금 결제 조건 등을 고려하여 거래상대방별로 2∼5%의 할인율을 적용하여 거래하는 모든 거래상대방에게 동일하게 적용하였고,



모든 고객사와 의약품 공급 전에 공급할 의약품의 수량, 단가 등을 확정하여 거래하고 있으며, 거래가 완료된 후에는 그 다음 날 건강보험심사평가원 및 의약품관리종합정보센터에 전날 거래된 모든 의약품 품목의 약품명, 수량, 단가, 공급가액 등을 보고하고 있다.



(나) 청구법인과 C은 1,000여개의 의약품을 거래하고 있고, C의 평균 거래단가와 타 거래처와의 평균 거래단가를 비교해볼 때 5% 이상 차이가 나는 경우는 1,000여개 품목 중 1∼3%의 품목에 불과하고, C과의 1년간 총 거래액을 합산해 보면 시가와 C 단가의 차액 합계가 2021년 OOO원, 2022년 OOO원, 2023년 OOO원으로 OOO원을 초과한 금액이 OOO원에서 OOO원에 불과한바, 이러한 점을 볼 때 청구법인이 C이 특수관계인이라 하여 특별하게 우대한 것이 아님을 알 수 있다.



(다) 청구법인은 C에 대하여 다른 거래상대방과 똑같은 방식으로 거래하면서 할인율만 달리하였는데, 청구법인과 C 사이의 의약품 거래는 과세관청이 예외적으로 들고 있는 ‘특수관계자 외의 거래상대방 사이의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격과 산정 방법이 다른 경우’에 해당하지 않고, 부당행위계산으로 의심할 만한 우회적이거나 다단계 행위를 전혀 하지 않았음에도 처분청은 C과의 거래를 포함하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세하였으므로 이는 타당하지 아니하다.



(4) 처분청의 답변에 대한 항변은 다음과 같다.



(가) 조사청은 청구법인과 C과 같은 도매업자간 거래가 특정 의약품을 직접 공급받지 못하는 경우에 한하여 해당 의약품을 구입하기 때문에 주문서별로 개별거래건으로 보는 것은 의약품 도매업자와 병원ㆍ약국간의 거래에서만 해당된다는 의견이나,



의약품 도매업체간 거래도 특정 날짜에 하나의 주문서로 여러 의약품을 묶어서 주문하고 납품을 받고 있어 의약품 도매업체와 병원ㆍ약국과의 의약품 주문 및 납품과 크게 다를바 없고,



설령 제약사로부터 직접 구매할 수 없는 경우라 할지라도 의약품을 대량으로 거래하는 도매업체의 특성상 특정 날짜에 하나의 주문서로 여러 의약품을 묶어서 주문을 하고 납품을 받는 형태에는 변함이 없으므로, 「법인세법 시행령」제88조 제2항의 그 행위 당시는 회계연도 전체에 걸친 모든 거래가 아니라 의약품 도매업체간 특정날짜에 하나의 주문서로 여러 의약품을 묶어서 주문하고 납품받기로 한 거래 당시를 말한다고 보는 것이 타당하다.



(나) 조사청은 청구법인이 회계연도 전체에 걸쳐 보험단가를 기준으로 타 거래처와 달리 C에게만 최고할인율 5%를 적용하여 의약품을 공급하였으므로 1년 단위로 부당행위계산을 하였다는 의견이나,



이럴 경우 최고할인율 적용기간은 3년이 될 수도 있고, 1개월 단위 또는 분기나 반기로 끊어서 적용할 수도 있는데, 이러한 1년 단위 계산은 합리적인 이유도 없이 최고할인율 적용기간을 임의로 1년 단위로 하여 각 회계연도별로 단가 차액 합산액이 OOO원이 넘는다고 본 것으로 「법인세법 시행령」상 행위당시를 합리적 이유없이 법문과 다르게 확장해석 한 것이고, 단가 차액 합계액이 OOO원을 초과하도록 임의로 거래단위를 1년으로 조절한 것으로 이는 조세법률주의에 명백하게 위배된다.



(다) 청구법인이 C을 중간에 끼워넣어 약국들에 판매하도록 하였으므로 이는 경제적 합리성을 결한 비정상적인 거래라는 의견이나,



청구법인이 C과 거래한 의약품의 단가와 타 거래처와 거래한 의약품의 단가 차이 평균은 2021년 2.4%, 2022년 2.17%, 2023년 2.43%에 불과하여 이는 「법인세법 시행령」제88조 제3항의 5%의 절반에도 못미치는바, 이는 건전한 사회통념과 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 할인에 해당한다고 볼 수 없고,



게다가, 청구법인과 C간 거래금액은 타 거래처와 비교시 2배이상 높기 때문에 규모의 경제 원칙에 따라 타 거래처보다 조금 더 높은 할인율을 적용한 것으로 이를 두고 비정상적인 거래라고 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세하였으므로 이는 타당하지 아니하다.



나. 처분청 의견



(1) 청구법인은 C에 동일한 할인율로 회계연도 전반에 걸쳐 의약품을 공급하였으므로 부당행위계산시 회계연도 전체를 거래단위로 하여 타 업체의 할인율의 평균을 시가로 보아 산정하여야 한다.



(가) 여러 가지 의약품을 묶어 하나의 주문서로 주문하므로 의약품의 묶음을 ‘하나의 거래 건’으로 보는 것은 의약품 도매업자와 의약품을 최종 판매 또는 소비하는 병원, 약국 간의 거래에서만 해당되는 내용으로, 청구법인과 C 간의 거래는 도매업자 간의 거래로 여러 가지 약품의 묶음을 ‘하나의 거래 건’으로 볼 수 없다.



(나) 도매업체 간에 발생할 수 있는 거래는 여러 도매업체가 특수관계인의 지위에 있는 경우 제약사가 그 중 하나의 도매업체와 의약품 판매계약을 체결하는 것이 통상적이므로 특수관계인의 지위에서 특정의 약품을 직접 공급받지 못하는 경우에 한하여 해당 약품을 확보한 도매업체로부터 약품을 구매하는 경우에 발생하는 거래로서,



특수관계인의 지위에 있는 도매업체 간에 직접적으로 확보하지 못한 특정 약품을 구매하는 거래에서 여러 가지 의약품의 묶음을 ‘하나의 거래’로 보아야 한다는 주장은 타당하지 않다.



(다) 청구법인은 건강보험공단에서 정해놓은 약품판매 가격 상한선인 보험단가를 기준으로 회계연도 전체에 최고할인율 5%를 적용하여 C에 의약품을 공급하였고,



C은 청구법인을 통해서만 구입이 가능한 의약품을 최고할인율을 적용하여 회계연도 전반에 걸쳐 구입한 것으로, 동일한 의약품을 회계연도 전체에 걸쳐 동일한 할인율로 수차례 나눠서 공급받았음에도, 의약품을 공급한 때 각각이 OOO원에 미치지 못한다하여 이를 부당행위계산부인 대상이 아니라고 주장하나,



청구법인은 타 도매업체와 비교하여 C에 더 할인된 가격으로 의약품을 공급하였으므로 C과의 부당행위계산시 회계연도 전체를 거래단위로 보아야 하고, 각 주문서별 개별거래건으로 부당행위계산부인의 기준금액 OOO원을 판단할 것이 아니라 회계연도 전체를 기준으로 판단하여야 한다.



(라) 또한 청구법인의 거래 가격은 건강보험공단에서 고시하는 보험단가를 기준으로 할인율을 정하고 있고, 이러한 거래 가격은 보험단가 기준으로 매번 변할 수 밖에 없는 구조이기 때문에 청구법인이 거래 가격을 정하고 있지 않다는 주장은 사실과 다르다.



(2) 청구법인과 C의 거래는 건전한 사회 통념과 상관행에 비추어 ‘경제적 합리성’을 결한 비정상적인 거래에 해당한다.



(가) 청구법인은 A 전납 도매업체였고, A에 의약품을 공급하기 위해서는 청구법인을 통해야 했으므로, 제약회사와의 거래시 상대적 우위에 있어 저렴한 가격에 의약품을 매입할 수 있었으며, 의약품 도매업체가 최대의 이익을 실현하기 위해서는 의약품 판매단가의 상한선인 보험단가로 판매할 때 최대의 이익이 실현된다.



그러나, 청구법인은 A 전납도매업체로서 저렴한 가격에 의약품을 매입하였음에도 판매단가의 상한선인 보험단가 대비 최고 할인율인 5%를 적용하여, C에게 판매하고 C은 판매단가의 상한선인 보험단가로 약국 등에 판매하여 5%의 마진율을 가져갈 수 있었다.



(나) C 매출의 50%는 청구법인 사주 D의 아들 E이 임대하는 건물의 임차인 F, D이 임대하는 건물의 임차인 G, D의 딸 H이 임대하는 건물의 임차인 I에서 발생하고 있고,



F, G, I(이하  "3개 약국”이라 한다)은 임대차 계약시 임대인이 지정하는 도매업체에서 의약품을 구매하여야한다는 조건으로 임대계약서를 작성하였다.



청구법인은 A 전납도매업체의 지위에서 싸게 구입한 의약품을 3개 약국에 직접 공급할 수 있음에도, 중간 거래단계에 청구법인 대표이사의 자녀들이 주주로 구성된 C을 끼워넣어 최고의 할인율을 적용하여 의약품을 공급하고, 보장된 매출처인 3개 약국에게 판매할 수 있도록 하였는바, 이는 특수관계법인에 이익을 분여하기 위한 목적으로 건전한 사회 통념과 상관행에 비추어 ‘경제적 합리성’을 결한 비정상적인 거래에 해당하는바, 정상거래라는 청구주장은 타당하지 아니하다.



(3) 청구법인의 항변에 대한 답변은 다음과 같다.



(가) 청구법인은 2024.10.17. C간 매입ㆍ매출거래에 대하여 제약사가 특수관계회사인 경우 한 회사와만 거래약정을 체결하고 있어 청구법인은 C이 구매하지 못한 특정약품을 구매하여 C에게 공급하는 거래를 하고 있고, 이러한 특정약품은 약정에 의하여 계속 C에게 공급되지만 의약품 한알 한알은 적게는 OOO원 단위부터 시작하므로 매 주문시마다의 가액은 작을 수밖에 없는데,



청구법인은 연간 지속적으로 공급되는 약품의 가액을 부당행위계산부인 대상 기준금액인 OOO원 이하로 왜곡하기 위하여 매 약품 주문시를 거래단위로 하여야 한다고 주장하나,



약품 한알 한알의 단가는 OOO원, OOO원이지만 C은 청구법인을 통해 특정 의약품만을 공급받는 계약을 맺고 이를 지속적으로 공급받고 있으므로 회계연도 전체를 거래단위로 하여 부당행위계산부인 대상여부를 판단하여야 한다.



(나) C은 청구법인의 대표이사 D의 아들 E과 딸 H이 지분 96%를 보유하고 있는 법인이고, D과 E, H은 3개 약국과 임대차계약 체결시 임대인이 지정하는 곳에서 의약품을 매입하여야 한다는 특약조건을 명시하여 각 임대차계약을 체결하였으며, 청구법인은 C에 의약품 판매단가의 상한선인 보험단가의 5% 할인된 금액으로 판매하고 C은 보험단가로 3개 약국에게 이를 판매하여 5% 마진을 C에 분여하였는데,



D은 청구법인을 경영하는 지위를 이용하여 할인된 가격에 C에 의약품을 판매하고, D을 포함한 E, H은 임대인의 지위를 이용하여 3개 약국으로 하여금 C에서 의약품을 구매하도록 하여 청구법인이 취할 이익을 C에 분여하였는바 이는 경제적 합리성이 결여된 비정상적인 거래에 해당한다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



청구법인이 특수관계법인에게 의약품을 저가로 공급한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분의 당부



나. 관련 법령



(1) 법인세법



제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.



(2) 법인세법 시행령



제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제19조 제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다.

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항 제8호 가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계인인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다.

③ 제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호ㆍ제7호 및 제9호(제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다.



(3) 부가가치세법



제29조(과세표준) ④ 제3항에도 불구하고 특수관계인에 대한 재화 또는 용역(수탁자가 위탁자의 특수관계인에게 공급하는 신탁재산과 관련된 재화 또는 용역을 포함한다)의 공급이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 경우에는 공급한 재화 또는 용역의 시가를 공급가액으로 본다.

1. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 아무런 대가를 받지 아니한 경우

2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우

3. 용역의 공급에 대하여 대가를 받지 아니하는 경우로서 제12조 제2항 단서가 적용되는 경우



(4) 부가가치세법 시행령



제62조(시가의 기준) 법 제29조 제3항 및 제4항에 따른 시가(時價)는 다음 각 호의 가격으로 한다.

1. 사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격

2. 제1호의 가격이 없는 경우에는 사업자가 그 대가로 받은 재화 또는 용역의 가격(공급받은 사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 해당 재화 및 용역의 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격을 말한다)

3. 제1호나 제2호에 따른 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 「소득세법 시행령」 제98조 제3항 및 제4항 또는 「법인세법 시행령」 제89조 제2항 및 제4항에 따른 가격



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인과 C의 현황은 다음과 같다.



(가) 청구법인은 1991.9.12. 설립되어 경기도 OOO에서 대형병원, 의약품 도매업자 및 약국 등에 의약품을 공급하고 있는 도매업자로, 주주현황은 아래 ＜표2＞와 같고, 2023사업연도말 기준 청구법인의 대표이사 D과 배우자, D의 자녀 E과 H은 청구법인의 주식 지분 84.92%를 소유하고 있는 것으로 나타난다.



＜표2＞ 청구법인의 연도별(기말) 주주현황

○○○



(나) 청구법인의 특수관계법인인 C은 2012.1.5. 설립되었고, 대표자는 E으로 주주현황은 아래 ＜표3＞과 같으며, 청구법인의 대표이사 D의 자 E과 H은 C의 주식 96%를 소유하고 있는 것으로 나타난다.



＜표3＞ C의 주주현황

○○○



(2) 조사청의 조사결과는 다음과 같다.



(가) 조사결과보고서에 따르면, 청구법인은 특수관계법인인 B과 C에 공급한 의약품을 비특수관계법인에 공급한 동종 의약품과 비교한 결과 아래 ＜표4＞와 같이 2021사업연도부터 2023사업연도까지 OOO원을 저가공급한 것으로 확인되고, 의약품을 저가로 납품하는 방식으로 이익을 분여한 것으로 확인(OOO원 익금산입/기타사외유출)되었다고 기재되어 있다.



＜표4＞ 청구법인이 특수관계법인에 저가로 공급한 의약품 단가

○○○



(나) 조사청이 제출한 단가검토 엑셀자료에 의하면 청구법인이 C에 공급한 의약품 종류는 2021년 1,253종, 2022년 1,288종, 2023년 1,074종으로 조사청은 과세연도별 의약품 종류마다 출고금액의 합계, 수량, 평균단가를 산정하여 동일 의약품별 제3자에 공급한 의약품의 출고금액 합계, 수량, 평균단가를 산정한 후 C에 공급한 단가와의 차액을 부당행위금액으로 산정한 것으로 나타난다.



(다) 청구법인이 특수관계법인인 B과 C과의 매출액은 아래 ＜표5＞와 같다.



＜표5＞ 청구법인과 특수관계법인간 매출액과 비율

○○○



(라) C의 3개 약국에 대한 매출액은 아래 ＜표6＞과 같다.



＜표6＞ C의 3개 약국에 대한 매출액과 비율

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(마) 조사청은 청구법인은 C에 저가로 의약품을 공급한 후 D과 E, H이 임대인의 지위를 이용하여 3개 약국에게 C으로부터 의약품을 구매하도록 하였다며, 임대차계약서를 제시하였고, 2020.2.1. 광주광역시 OOO 소재 1층 약국 전체 109㎡(약 33평)의 부동산임대차계약서에 의하면 보증금은 OOO원이고, 임대인은 H이며, 특약사항 3.에 임차인은 약품구매에 관련된 사항은 임대인의 의견을 최대한 반영한다(임대인이 지정한 약품공급 회사와 별도 거래약정서를 작성하도록 한다) 및 특약사항 7. 본 임대차계약(특약사항 포함)과 별도 체결한 거래약정서 중 일부라도 위반시 즉시 임차물건을 명도하고 명도 시 제반 비용은 임차인이 부담한다고 기재하여 계약을 체결한 것으로 나타난다.



＜표7＞ H의 I의 임대차계약서(일부발췌)

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(바) 2024년 12월 청구법인의 대표 D이 작성한 확인서에 의하면 청구법인은 C에 2021년 OOO원, 2022년 OOO원, 2023년 OOO원 합계 OOO원을 저가 공급하였다고 기재하고 날인하였다.



(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 「법인세법 시행령」제88조의 부당행위계산 부인 규정 적용 시 의약품 도매업체의 특수성을 고려하여 개별거래를 기준으로 시가와 거래가액의 차액을 산정하여야 한다고 주장하나,



「법인세법」제52조 및 같은 법 시행령 제88조는 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우를 특수관계자에게 시가보다 낮은 가액으로 자산을 양도하는 때로서 시가와 거래가액의 차액이 OOO원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우로 규정하고 있고, 이를 적용할 때 시가를 건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격으로 규정하고 있다.


청구법인은 C에 약품판매가격의 상한선인 보험단가를 기준으로 동일한 할인율(5%)을 적용하여 회계연도 전반에 걸쳐 약 1,200종의 의약품을 공급하였고, C은 청구법인으로부터 공급받은 의약품을 판매단가의 상한선인 보험단가로 3개 약국에 판매하였으며, C 매출의 50%는 청구법인의 대표자 D의 자녀 E이 임대하는 건물의 임차인인 F, D이 임대하는 건물의 임차인인 G, D의 자녀 H이 임대하는 건물의 임차인인 I에서 발생하고 있고, 위 3개 약국은 임대차 계약 시 임대인이 지정하는 도매업체에서 의약품을 구매하여야한다는 조건으로 임대계약서를 작성하고 임대를 하여 C으로부터 의약품을 구매한 것으로 나타난다.



특수관계인간 거래가 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격 산정방법과 다르게 거래건별 거래단가를 산정하여 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우나 계속적으로 거래하는 재고자산의 경우에는 사업연도 또는 전체 거래기간 등의 시가와 거래가액의 차액의 합계액을 기준으로 부당행위계산 부인 규정을 적용할 수 있는바(조심 2011부334, 2011.8.10., 같은 뜻임),



의약품의 도매거래는 다수의 의약품을 계속적ㆍ반복적으로 거래하는 특수성이 있고, 이 건과 같이 특수관계인간 계속적 거래관계에서 물품의 거래량이나 거래단위를 납세자가 임의로 결정할 수 있는 경우 거래단위 쪼개기를 통해 부당행위계산 부인 규정의 취지를 형해화할 우려가 있는 점,



청구법인과 C은 계속적으로 의약품을 저가에 거래한다는 의사를 가지고 저가거래를 실현해 온 것으로 보여 의약품 공급행위는 지속적으로 저가에 공급하겠다는 묵시적 합의에 따른 것으로 볼 수 있는 점,



이 건의 거래단계와 같이 중간에 특수관계법인을 통하여 의약품을 공급하는 경우 거래단계별 시가와 거래가액의 차액은 5% 미만이라 해도 특수관계법인의 거래단계를 제외할 경우 결과적으로 시가와 거래가액의 차액은 5%이고, 이러한 거래의 목적은 청구법인이 그 차액인 5%를 특수관계법인인 C에게 이익을 분여하기 위한 것으로 보이며, 이는 건전한 사회 통념과 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 거래에 해당하므로 부당행위계산 시 회계연도 전체를 거래단위로 하여 타 업체의 할인율의 평균을 시가로 보아 부당행위계산 부인 금액을 산정하는 것이 타당해 보이는 점 등에 비추어, 청구법인이 특수관계법인인 C에게 의약품을 저가로 공급하였다고 보아 처분청이 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.