심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구인은 경기도 OOO 외 2필지의 지분 1/3(지분면적 537.34㎡, 이하  "쟁점토지”라 한다)을 소유하다가 2020.4.1. A지구(이하  "A”라 한다) 조성사업의 시행자인 B(이하  "B”라 한다)에 OOO원에 양도하고, 쟁점토지의 양도가액을 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」(이하  "토지보상법”이라 한다) 제63조 제1항 단서에 따라 B가 조성한 토지(이하  "대토”라 한다)로 보상받기로 한 후 「조세특례제한법」(이하  "조특법”이라 한다) 제77조의2에 따른 양도소득세 대토 감면 40%를 적용하여 쟁점토지 양도에 대한 2020년 귀속 양도소득세를 신고하였다가,



2024.6.26. 대토보상받기로 한 쟁점토지 양도가액 상당액을 현금보상으로 전환신청하여 B 등으로부터 현금으로 지급받았고, 이에 조특법 제77조에 따른 공익사업용 토지에 대한 양도소득세 감면 10%를 적용하여 2020년 귀속 양도소득세를 수정신고ㆍ납부하였다.



나. 청구인은 당초 쟁점토지가 수용될 당시 대토보상으로 계약하였으나 B의 귀책사유로 현금보상으로 전환되었으므로 쟁점토지 양도소득에 대하여 2024.11.15. 아래 ＜표1＞과 같이 조특법 제77조의2의 대토감면 40%를 적용하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2024.12.16. 이를 거부하였다.



＜표1＞ 청구인의 신고 및 경정청구 현황

○○○



라. 청구인은 이에 불복하여 2025.1.22. 이의신청을 거쳐, 2025.6.22. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구인 주장 및 처분청 의견



가. 청구인 주장



(1) 청구인에게 귀책사유가 없음에도 조특법 제77조의2 및 같은 법 시행령 제73조를 형식적으로 해석하여 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.



(가) 처분청은 대토계약이 사업시행자인 B의 귀책사유로 불이행되었음에도 불구하고, 귀책의 주체를 실질적으로 판단하지 않고, 단지 현금으로 전환되었다는 형식만을 근거로 감면율 10% 적용이 타당하다는 의견이나, 이는 조세법의 대원칙인 실질과세 원칙에 명백히 위배되는 것으로 납세자의 의사나 책임과 무관하게 사업자 측의 귀책으로 인해 감면 요건이 형식적으로 충족되지 못한 사안이라면, 납세자 보호를 위한 해석이 이루어져야 한다.



기획재정부는 청구인이 제기한 민원에 대하여  "시행자의 과실로 토지 계약이 불가능한 경우, 전반적인 상황을 고려하여 세금 부과 여부를 판단해야 한다”는 답변을 한바 있음에도 처분청은 기획재정부의 해석을 무시한채 법문의 형식만을 근거로 판단하였고, 이는 같은 정부 내 정책 해석조차 일관되지 못하여 국민에게 불이익을 전가하는 대표적 사례이다.



(나) 조특법 제77조의2는 공익사업 시행 시 양도대금을 토지로 보상받는 경우 40% 세액감면을 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제73조 제5항은 감면을 받은 후 현금으로 전환된 경우 차액을 신고ㆍ납부하라고만 규정되어 있을 뿐, 그 전환이 납세자의 의사에 반한 것인지, 사업자의 귀책에 의한 것인지에 따라 차등을 두고 있지 않으므로 이는 법령의 공백일뿐, 납세자에게 불리한 해석을 강제하는 근거가 될 수 없다. 특히 이 건과 같이 사업자의 명백한 계약불이행 사유가 존재하는 경우, 이를 고려하지 않고 일괄적으로 감면을 배제하는 것은 입법 미비로 인한 책임을 오히려 피해자에게 전가하는 것이다.



(다) 청구인은 B의 공식 안내에 따라 대토를 신청하였고, 이를 위해 수용재결을 포기하고 장기간(4년 6개월)에 걸쳐 공급계약을 기다렸으나, B의 귀책으로 인해 이 계약은 무산되었고, 그 결과 청구인은 보상금 수령이 4년 6개월간 지연된 상태에서 양도소득세를 차입하여 먼저 납부해야 하는 불합리한 구조에 처하게 되었으며, 이는 납세자의 예측 가능성과 신뢰보호 원칙을 심각하게 침해하는 결과를 초래하였다.



(라) 국토교통부는 2020년 12월 「공공주택 특별법 시행규칙」 제7조 제9항을 개정하여, 종전의 ‘가격 방식’ 대토계약이 토지가격 상승 시 계약 자체가 불가능해지는 구조적 한계를 인정하고 이를 ‘면적 방식’으로 전환하였고, 나아가 2024년 7월에는 계약 가능 면적을 130%까지 확대하는 내용의 제10항을 신설하면서, 기존 제도의 문제점을 정부가 스스로 보완한 바 있음에도, 청구인에게는 여전히 문제점이 드러난 ‘가격 방식’이 적용되었고, 공급 직전 토지가격이 예정가격 대비 30% 이상 상승함에 따라 대토계약의 실현 자체가 불가능해졌는바, 이는 단순한 계약 실패가 아니라, 제도의 불완전성과 정부의 뒤늦은 수정으로 인해 발생한 구조적 피해이다.



이러한 상황에서 현금보상으로 전환되었다는 외형만을 근거로 감면율을 10%로 제한하고, 감면 차액을 납세자에게 부담시키는 것은 제도운영 실패의 책임을 납세자에게 전가하는 부당한 처분으로 이러한 귀책사유는 명백히 제도를 설계하고 운영한 국토부와 사업시행자인 B에 있으며, 처분청은 귀책사유의 발생과 피해자의 실질적 권리 침해를 반영하지 않은 채 조특법을 형식적ㆍ기계적으로 해석하여 거부처분을 하였으므로 이는 실질과세원칙, 신뢰보호원칙, 조세형평의 원칙에 반한다.



(2) B와 국토교통부의 구체적인 귀책사유는 아래와 같다.



(가) 청구인은 2020년 2월과 5월, B와 대토보상 계약을 체결하며 새로운 토지로 보상받을 것을 기대했지만 계약 체결 후 약 4년 4개월간 사업자의 과실인 필지부족과 공급토지의 가격 상승으로 대토 계약이 이뤄지지 않았고, 결국 2024년 7월 현금보상으로 전환될 수밖에 없었는바, 이로 인해 청구인은 대토를 통한 재정착 기회를 상실하였고, 심각한 경제적 손실을 입게 되었다.



더 큰 문제는 당초 대토보상을 전제로 감면받았던 양도소득세가 현금보상으로 전환되면서 세무서로부터 대토 감면 부분에 대한 납부의무를 고지받았으며, 미신고시 20%의 불성실 가산세 부과 가능성을 안내받았다. 청구인은 가산세를 피하기 위해 청구인은 실질적인 귀책이 없음에도 불구하고 양도소득세를 수정신고하여 납부하였고, 그 중 일부는 현재 체납 상태에 놓이게 되었다.



(나) B의 초과 계약과 공급 불이행


1) 국토교통부와 B는 당시 대토보상용지의 공급 여건이 충분하지 않은 상황에서도, 보상비의 조기 현금지급을 최소화하기 위한 정책적 목적 아래, 최소 OOO 원을 초과한 대토보상계약을 체결하였는데, 이는 정부 정책의 목적인 보상비가 주변 부동산 가격을 상승시키는 문제를 해결하고자 한 목적이었다.



2) B는 2019년 상업용지 6필지의 예정가격을 OOO 원으로 산정하였음에도, 2020년 2월과 5월에는 OOO 원에 달하는 대토보상계약을 체결하였으며 이는 대토 계약규모에 대한 B 답변서에서도 확인이 된다.



3) 「공공주택 특별법 시행규칙」제7조 제9항에 따르면 대토보상금의 130% 이내에서 계약이 가능하므로, 대토보상은 최대 OOO 원까지만 계약이 가능한 구조였는데, 대토계약 규모를 보면 B는 최소 OOO원에서 최대 OOO원을 초과하여 계약을 체결한 것으로 보이고, 이는 당초 상업용지 6필지로는 감당할 수 없는 물량으로 최소 8필지에서 최대 12필지를 필요했음을 의미한다.






(다) B의 수익



1) B는 대토보상 신청인들(이하  "신청인들”이라 한다)에게 보상금을 지급하지 않은 상태에서, 계약 이행에 필요한 대토 필지를 충분히 확보하지 않은 채, 신청인들의 토지를 활용하여 C 사업을 추진하였고, 해당 지구의 조성원가는 ㎡당 OOO원이었으나, B는 상업용지 2필지(2,800㎡)를 총 OOO원(㎡당 OOO원)에 매각함으로써 조성원가 대비 3배를 초과하는 막대한 수익을 실현하였다.



2) 대토공급의 실패는 사업시행자인 B와 이를 감독하는 국토교통부의 귀책에 기인함에도, B는 신청인의 토지를 활용하여 개발 사업을 진행하여 막대한 이익을 실현하였고, 정부는 공공택지를 조성하여 판교 일대의 인프라 부족 문제를 해소하는 동시에 신청인들의 토지 보상금 지급을 지연함으로써 해당 지역의 부동산 가격 상승을 억제하는 등 정책적 목적을 달성하였던 반면, 신청인들은 계약 이행 실패로 인해 피해를 입고, 감면세액의 추징이라는 방식으로 그 부담을 떠안게 되었다.



3) 국토교통부와 B는 당초 이러한 계약 불이행 구조를 인지하고 있었고, 당초 B는 2019년 예정가격이 약 OOO원이었음에도 약 OOO원 초과한 대토보상계약을 체결하여 일부 계약자들이 계약 이행이 사실상 불가능한 필지 부족 사태를 초래하였으며,



이를 해결하기 위한 방편으로 B는 2023년 4월 청구인에게 자족시설용지 OOO 필지를 대체 공급하겠다는 안내를 하면서 2023년 12월 자족시설용지 계약 직전 해당필지를 포함한 자족시설용지 전체에 대해 용도변경을 하였고, 이로 인해 자족시설용지의 공급 가격은 약 50% 상승하였다. 그런데 2019년 예정가격 대비 상업용지 공급 가격 상승률(약 25%)를 고려하면, 자족시설용지의 용도변경으로 인해 추가 25% 인상이 발생하여 청구인은 계약이 불가능하였고, 청구인은 2024년 5월 자족시설용지가 일반공고를 통해 매각된 것을 확인하고 현금정산을 받게 된 것인바, 이는 대토계약자에게 실제 토지를 공급하기보다는, B의 수익을 극대화하려는 의도로 청구인을 기망한 행위에 해당한다.



(라) 청구인의 피해



1) 청구인을 포함한 대토 신청자들은 정부의 권유에 따라 대토보상을 신청하고 장기간 계약 이행을 기다렸으나, 공급 필지 부족과 계획 변경 등의 사유로 인해 실제 토지 계약이 이루어지지 못하였고, 이에 따라 신청인들은 본인의 의사와 무관하게 결국 현금보상을 받을 수밖에 없었다.



2) 대토계약 체결과정을 보면, B는 대토보상계약 체결을 조건으로 협의보상 방식인 ‘용지공급계약’ 체결을 사실상 강요하여 청구인은 수용재결 절차를 진행할 수 없었고, 정당한 감정평가에 따른 보상을 받을 기회를 박탈당한 채 B가 제시한 일방적인 가격으로 계약을 체결할 수밖에 없었으며, B는 대토를 신청할 경우 전 필지 신청자에게 우선권을 주고, 일부 필지 신청자는 후순위로 밀리는 내부 규정을 근거로 전 필지 신청을 강요하였다.



3) 청구인은 토지를 수용당하고도 보상금을 전혀 지급받지 못한 상태에서, 양도차익이 발생하지 않았음에도 양도소득세를 납부했어야 하므로 이를 차입하여 납부하였고, 보상금은 4년 6개월이나 지연되어 지급되었음에도 단지 1%의 이자만 지급되었을 뿐, 물가 상승률이나 부동산 시장 변동 등에 따른 실질적 가치 하락에 대한 어떠한 보상도 이루어지지 않았으며, 대토계약이 무산되어 이로 인한 사업손실까지 발생하였음에도 이에 대한 보상은 커녕 양도소득세를 추가로 더 내야 하는 상황에 이르렀다.



(마) 신뢰보호원칙 등에 위배



1) 국토교통부와 B는 대토계약 체결 당시 공식적으로 「조세특례제한법」 제77조의2에 따른 양도소득세 감면 혜택(40%)과 대토를 통한 재정착 가능성 등을 공식적으로 안내하며 청구인의 대토 신청을 유도하였고, 이에 청구인은 국토교통부와 B의 약속과 안내를 신뢰하여, 수용재결 절차를 포기하고 개인 채무를 감수하면서 4년 이상 토지계약을 기다렸으나, 결과적으로 상업용지 부족과 자족시설용지의 용도변경 등으로 인해 토지계약은 이뤄지지 않았는바, 대토용지 공급 실패 및 현금보상 전환사태는 B의 귀책사유에 기인한 것임에도 감면 불인정이라는 불이익이 청구인에게 전가되었고, 이는 납세자의 신뢰와 합리적 예측 가능성을 심각하게 침해하였다.



2) 청구인은 2020년 2월과 5월 대토보상계약(용지공급계약)을 체결하였는데, 당시 적용되던 「공공주택 특별법 시행규칙」은 보상계약 시점의 권리가액을 기준으로 대토보상계약(용지공급계약)을 체결하고, 추후 공급계약 시점에 공급가격이 상승하더라도 권리가액의 130%까지만 토지계약이 가능하도록 규정하고 있었다.



이러한 규정은 보상계약과 공급계약 시점 사이의 시차와 현실적인 가격 변동을 전혀 고려하지 않은 제도적 결함이 있었고, 실제 청구인은 용지공급계약 체결 이후 4년 4개월 동안 토지계약을 기다렸음에도 토지의 가격 폭등과 필지 부족 등의 사유로 토지계약 자체가 무산되었는데, 용지공급계약은 유효함에도 토지계약을 실행할 수 없는 상태가 되었다.



3) 국토교통부는 이러한 문제점을 인식하고, 청구인과 계약을 체결한지 불과 몇 개월 뒤인 2020년 12월「공공주택 특별법 시행규칙」제7조 제9항을 개정하여 대토방식을 가격방식에서 면적방식으로 전환하였고, 이어 2024년 7월 「공공주택 특별법 시행규칙」제7조 제10항을 신설하여 대토 참여자가 일부 이탈시에도 나머지 참여자에게 계약한 면적의 최대 130%까지 토지를 수의계약으로 공급할 수 있도록 제도를 개선하였는데, 이는 당시 청구인에게 적용된 이전 규정에 명백한 결함이 있었음을 정부가 스스로 인정한 것이라 할 수 있고, 청구인은 제도적 허점을 내포한 불완전한 규정 하에서 대토계약을 체결한 피해자들로, 이로 인해 대토 공급을 받지 못하고 현금보상 전환을 선택할 수밖에 없었던 것으로 이는 청구인의 귀책이 아닌, 전적으로 제도 운영의 주체인 정부 및 B의 책임임에도, 단지 형식적으로  "현금보상을 받았다”는 이유만으로 감면받은 양도소득세를 추징하는 것은 조세특례 제도의 입법 취지, 정책 목적, 공정성에 정면으로 배치되는 해석이다.



(3) 대토감면 40%를 적용하지 않는 것은 조특법 제77조에 따른 채권보상 감면 제도와의 형평에도 부합하지 아니한다.



(가) 조특법 제77조에 따른 채권보상 감면 제도는, 토지보상금의 단기 유입이 부동산 시장에 미치는 영향을 완화하기 위해 보상금 지급을 유예하는 조건(3년 또는 5년)을 전제로 양도소득세를 감면해 주는 제도로, 청구인은 사업자들과 대토계약 체결 후, 무려 4년 4개월간 보상금을 지급받지 못한 채 대토계약을 기다려야 했는데, 이는 실질적으로 보상금 지급을 유예한 것이고, 보상금 지급을 유예하는 조건보다 오히려 더 긴 기간 보상금 수령이 지연되었으며, 결과적으로 부동산 시장으로의 현금 유입이 차단되었다는 점에서 실질적으로는 채권보상 감면 제도와 정책 목적이 동일하다.



(나) 실제로 기획재정부는 양 제도의 공통된 정책 목적을 명확히 밝히고 있음에도, 청구인에게는 단지 보상방식의 형식적 차이(현금 전환 여부)를 이유로 감면 혜택을 부인하는 것은 형평성과 실질과세 원칙에 정면으로 반하는 것으로 보상금 지급 지연이라는 사실상 유예 상황과 정책 효과의 실현 정도, 납세자의 피해 정도를 종합적으로 고려할 때, 실질과세원칙에 따라 청구인에게도 채권보상 감면과 동일한 기준을 적용하여 청구인의 쟁점토지 양도에 대하여 양도소득세 감면을 인정하여야 한다.



(4) 처분청의 답변에 대한 청구인의 항변내용은 다음과 같다.



(가) 토지보상법 제63조 제5항은 사업계획의 변경 등을, 같은 조 제6항은 소유자 측 특별사유를, 같은 조 제3항은 전매금지위반 등으로 현금보상 등으로 전환하는 사유를 유형별로 구분하고 있고, 청구인이 B와 체결한 용지매매계약 역시 이를 반영하여 제4조는 사업계획 변경등에 따른 통상적 현금전환과 소유자 특별사유에 의한 현금전환을, 제8조는 계약상대방의 책임있는 사유로 매매 불능이 된 경우 해제ㆍ원상회복을 규정하여 ‘귀책 전환’을 통상 전환들과 명확히 분리하여 규정하고 있음을 알 수 있는바,



조특법상 감면 적용시 이를 귀책사유에 따른 보상의 전환을 구별하여 감면을 하도록 규정하지 않아 토지보상법의 체계와 법 취지를 반영하지 못하고 있다.



(나) 처분청은 조특법 제77조의2 제3항  "현금으로 받는 경우”라는 문구를 사유 불문으로 해석하여 귀책사유가 있어 현금보상으로 전환한 경우에도 법문을 이유로 일률적으로 10% 감면율을 적용하여 대토보상 감면을 박탈하여 차액을 기계적으로 정산하였는데,



조특법 제77조의2 제3항은 대토보상받기로 한 보상금을 현금으로 받는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하는 경우 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받거나 과세이연받은 세액 및 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부하도록 규정하고 있음에도, 사업시행자의 귀책에 따른 전환까지 일반 현금전환과 동일하게 보아 감면축소로 인한 차액을 정산하도록 하는 해석은 억울한 납세자에게 불리하도록 과대하게 확대해석하는 것이다.



(다) 조특법상 감면은 ‘특혜’가 아니라 손실보상체계의 구성요소로 조특법 제77조 및 제77의2는 토지보상법 제63조의 보상방식에 연동된 정책수단형 감면으로 강제수용으로 발생하는 비자발적 양도를 원활히 처리하고, 해당 보상금의 단기 유입을 채권이나 대토로 분산하여 부동산 시장으로 자금의 유입을 완화하는 장치임에도, 감면을 ‘사적 특혜’로 인식하는 처분청의 시각은, 손실보상체계의 공익적 목적을 간과하게 만들어 결과적으로 토지보상법 체계의 목적달성을 축소할 우려가 있고, 청구인의 현금보상금은 4년 이상 지연되어 공공의 목적이 실질적으로 달성되었다.



(라) 채권보상은 3년 30%, 5년 40%로 시간의 경과를 감면에 반영하고 있고, 청구인은 4년 4개월 이후 현금보상을 받았으므로 이는 채권보상 기준으로 30%를 상회하고 40%에 근접하는 구간이므로, 최소한 채권보상과의 형평에 맞춰 감면률을 상향(30%∼40% 수준) 적용하는 것이 합리적이다.



(마) 국토교통부는 2020년 12월 토지의 예정(추정)가격이 30% 이상 상승하면 토지계약이 불가능할 수 있다는 판단을 하고 「공공주택 특별법 시행규칙」을 개정(가격기준→면적기준)하였고, 이어 2024년 7월 면적기준을 100%에서 130% 한도로 상향하였음에도, 청구인은 이를 적용받지 못하였으며, 대토계약자 중 애초부터 계약이 불가능함이 예정된 상황으로, 쟁점토지는 이후 실제로 약 50% 상승한 정황이 있음에도 처분청은 사업시행자의 과실이 있는 경우 전반 사정을 고려할 필요가 있다는 기획재정부의 민원답변을 고려하지 않은 채 청구인의 경정청구를 거부하였으므로 이 건 처분은 타당하지 아니하다.



나. 처분청 의견



청구인은 쟁점토지 양도에 대하여 현금보상을 받은 것으로 확인되므로 조특법 제77조 및 제77조의2에 따라 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 타당하다.



(1) 청구인은 당초 쟁점토지를 양도하고 토지로 보상받는 대토계약을 체결했으나 사업시행자인 B가 보상용지를 준비하지 못해 현금보상으로 전환된 경우로, 당초 대토계약 체결이후 현금보상일까지 4년 6개월이 경과하여 대토보상 및 채권보상의 경우와 동일하게 토지보상금의 부동산시장 재유입 방지라는 감면 혜택을 부여하는 조세정책 목적을 충족하였으므로 청구인에게도 조특법 제77조의2 또는 제77조에 따른 세액감면을 적용해야 한다고 주장하나,



조특법 제77조의2 제1항에서 거주자가 토지보상법에 따른 공익사업의 시행으로 해당 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2021년 12월 31일 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익으로서 토지 등의 양도대금을 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상(대토보상)받는 분에 대하여는 양도소득세의 100분의 40에 상당하는 세액을 감면받을 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제77조 제1항은 공익사업에 필요한 토지 등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득으로서 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2021년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 10에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있다.



또한 조특법 시행령 제73조 제5항은 같은 법 제77조의2 제1항에 따라 대토보상 40% 세액감면을 적용받은 거주자가 현금보상으로 전환된 경우 대토보상과 현금보상의 양도소득세 감면세액의 차액을 양도소득세로 신고ㆍ납부해야 하는 것으로 규정하고 있다.



조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세 감면요건을 막론하고 조세 법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결 등 참조), 청구인의 주장을 받아들이기는 어렵다.



(2) 청구인은 사업시행자인 B가 대토계약의 공급해야 할 상업용지를 준비하지 못한 귀책사유로 청구인에게 쟁점 양도소득세를 포함하여 피해가 발생하여 당초 대토계약에 따른 40% 세액감면을 적용해야 하는 것으로 주장하나,



조특법 제77조의2 및 같은 법 시행령 제73조는 토지보상법에 따른 공익사업의 시행으로 토지 등의 양도대금을 토지로 보상받는 경우 40%의 양도소득세 감면을, 현금으로 보상받는 경우 10%의 감면을 적용하는 것으로 규정하고 있을 뿐, 현금보상 전환 사유에 따라 감면세액을 달리 적용할 수 있도록 규정하고 있지 않으므로 법령의 규정에 따라 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 타당하다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



① 쟁점토지의 양도는 조특법 제77조의2 제1항에 따른 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례대상(40% 감면)이라는 청구주장의 당부



② (예비적 청구) 쟁점토지 보상금 수령이 4년 4개월 이상 지연되어 조특법 제77조의 규정취지(보상금의 부동산시장 유입 억제)와 실질적으로 동일한 정책효과를 달성하였으므로 조특법 제77조의 채권감면(30∼40%)을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부



나. 관련 법령 등



(1) 조세특례제한법(2019.12.31. 법률 제16835호로 일부개정된 것)



제77조(공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2021년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 15로 하되, 「공공주택 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

④ 제1항에 따라 해당 채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결하고 양도소득세의 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)에 상당하는 세액을 감면받은 자가 그 특약을 위반하게 된 경우에는 즉시 감면받은 세액 중 양도소득세의 100분의 15(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 25)에 상당하는 금액을 징수한다.

⑤ 제1항 제1호ㆍ제2호 또는 제2항에 따라 감면받은 세액을 제3항에 따라 납부하는 경우에는 제33조의2 제4항의 이자 상당 가산액에 관한 규정을 준용하고 제1항에 따라 감면받은 세액을 제4항에 따라 징수하는 경우에는 제66조 제6항을 준용한다.

⑥ 제1항 제1호 또는 제2호에 따라 세액을 감면받으려면 해당 사업시행자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

⑧ 제1항과 제4항을 적용하는 경우 채권을 만기까지 보유하기로 한 특약의 내용, 특약을 위반하였을 때 그 위반 사실을 국세청에 통보하는 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.



제77조의2(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례) ① 거주자가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2021년 12월 31일 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익으로서 토지등의 양도대금을 같은 법 제63조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상(이하 이 조에서  "대토보상”이라 한다)받는 부분에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세의 100분의 40에 상당하는 세액을 감면받거나 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다.

② 제1항은 해당 공익사업의 시행자가 대통령령으로 정하는 방법으로 대토보상 명세를 국세청에 통보하는 경우에만 적용한다.

③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연받은 거주자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받거나 과세이연받은 세액 및 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부하여야 한다.

1. 대토보상받기로 한 보상금을 현금으로 받는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하는 경우

2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조 제1항 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 「부동산투자회사법」에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 등 대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니하는 경우

④ 제1항에 따른 감면이나 과세이연을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여야 한다.

⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용하는 경우 대토보상의 요건 및 방법, 감면받거나 과세이연받은 세액의 납부 사유 및 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.



(2) 조세특례제한법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30390호로 일부개정된 것)



제73조(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례) ① 거주자가 법 제77조의2 제1항에 따라 토지등을 사업시행자에게 양도하고 토지등의 양도대금의 전부 또는 일부를 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지(이하 이 조에서  "대토”라 한다)로 보상받은 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 양도소득세 과세특례를 적용한다.

1. 세액의 감면을 신청하는 경우 : 거주자가 해당 토지등을 사업시행자에게 양도하여 발생하는 양도차익 중 다음 계산식에 따라 계산한 금액에 대한 양도소득세의 100분의 40에 상당하는 세액을 감면한다.



② 법 제77조의2 제2항에서  "대통령령으로 정하는 방법”이란 법 제77조의2 제1항에 따라 대토보상을 받은 자(이하  "대토보상자”라 한다)에 대한 보상명세를 다음 달 말일까지 대토보상자의 납세지 관할 세무서장에게 통보하는 것을 말한다.

③ 사업시행자는 대토보상자에게 대토보상을 현금보상으로 전환한 때에는 그 전환내역을 다음 달 말일까지 제2항의 세무서장에게 통보하여야 한다.

④ 법 제77조의2 제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연을 받은 거주자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 제1항 제1호에 따른 양도소득세 감면세액 전액[제1항 제2호에 따라 과세이연을 받은 경우에는 총보상액에 대한 세액(거주자가 해당 토지등을 사업시행자에게 양도하여 발생하는 양도소득금액에 법 제77조에 따른 세액감면율을 적용한 세액)에서 거주자가 현금보상 또는 채권보상 등을 통하여 이미 납부한 세액을 뺀 금액으로 하며, 이하 이 조에서  "과세이연금액 상당 세액”이라 한다]에 제63조 제9항을 준용하여 계산한 이자상당액을 가산하여 해당 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세로 신고ㆍ납부하여야 한다.

1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조 제3항에 따른 전매금지를 위반함에 따라 대토보상이 현금보상으로 전환된 경우

2. 해당 대토에 대한 소유권 이전등기를 완료한 후 3년 이내에 해당 대토를 양도하는 경우. 다만, 대토를 취득한 후 3년 이내에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 법 제77조의2 제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연을 받은 거주자(제3호의 상속의 경우에는 해당 거주자의 상속인을 말한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대토보상과 현금보상(제4호의 경우 만기보유특약을 체결하지 않은 때의 채권보상을 말한다)의 양도소득세 감면세액의 차액(제1항 제2호에 따라 과세이연을 받은 경우에는 과세이연금액 상당 세액)을 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월(제3호에 따른 증여의 경우에는 3개월, 같은 호에 따른 상속의 경우에는 6개월) 이내에 양도소득세로 신고ㆍ납부해야 한다.

1. 해당 대토에 관한 소유권 이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 않은 경우(제4호를 적용받는 경우는 제외한다)

2. 제4항 제1호 외의 사유로 현금보상으로 전환된 경우

3. 해당 대토를 증여하거나 그 상속이 이루어지는 경우

4. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 「부동산투자회사법」에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우

⑥ 법 제77조의2 제4항에 따라 양도소득세 감면이나 과세이연을 신청하려는 자는 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서 또는 기획재정부령으로 정하는 과세이연신청서에 대토보상 신청서 및 대토보상 계약서 사본을 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.



(3) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(2018.12.31. 법률 제16138호로 일부개정된 것)



제63조(현금보상 등) ① 손실보상은 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 현금으로 지급하여야 한다. 다만, 토지소유자가 원하는 경우로서 사업시행자가 해당 공익사업의 합리적인 토지이용계획과 사업계획 등을 고려하여 토지로 보상이 가능한 경우에는 토지소유자가 받을 보상금 중 본문에 따른 현금 또는 제7항 및 제8항에 따른 채권으로 보상받는 금액을 제외한 부분에 대하여 다음 각 호에서 정하는 기준과 절차에 따라 그 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상할 수 있다.

1. 토지로 보상받을 수 있는 자 : 「건축법」 제57조 제1항에 따른 대지의 분할 제한 면적 이상의 토지를 사업시행자에게 양도한 자가 된다. 이 경우 대상자가 경합(競合)할 때에는 제7항 제2호에 따른 부재부동산(不在不動産) 소유자가 아닌 자로서 제7항에 따라 채권으로 보상을 받는 자에게 우선하여 토지로 보상하며, 그 밖의 우선순위 및 대상자 결정방법 등은 사업시행자가 정하여 공고한다.

2. 보상하는 토지가격의 산정 기준금액 : 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 일반 분양가격으로 한다.

3. 보상기준 등의 공고 : 제15조에 따라 보상계획을 공고할 때에 토지로 보상하는 기준을 포함하여 공고하거나 토지로 보상하는 기준을 따로 일간신문에 공고할 것이라는 내용을 포함하여 공고한다.

② 제1항 단서에 따라 토지소유자에게 토지로 보상하는 면적은 사업시행자가 그 공익사업의 토지이용계획과 사업계획 등을 고려하여 정한다. 이 경우 그 보상면적은 주택용지는 990제곱미터, 상업용지는 1천100제곱미터를 초과할 수 없다.

③ 제1항 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리는 그 보상계약의 체결일부터 소유권이전등기를 마칠 때까지 전매(매매, 증여, 그 밖에 권리의 변동을 수반하는 모든 행위를 포함하되, 상속 및 「부동산투자회사법」에 따른 개발전문 부동산투자회사에 현물출자를 하는 경우는 제외한다)할 수 없으며, 이를 위반할 때에는 사업시행자는 토지로 보상하기로 한 보상금을 현금으로 보상할 수 있다. 이 경우 현금보상액에 대한 이자율은 제9항 제1호 가목에 따른 이자율의 2분의 1로 한다.

④ 제1항 단서에 따라 토지소유자가 토지로 보상받기로 한 경우 그 보상계약 체결일부터 1년이 지나면 이를 현금으로 전환하여 보상하여 줄 것을 요청할 수 있다. 이 경우 현금보상액에 대한 이자율은 제9항 제2호 가목에 따른 이자율로 한다.

⑤ 사업시행자는 해당 사업계획의 변경 등 국토교통부령으로 정하는 사유로 보상하기로 한 토지의 전부 또는 일부를 토지로 보상할 수 없는 경우에는 현금으로 보상할 수 있다. 이 경우 현금보상액에 대한 이자율은 제9항 제2호 가목에 따른 이자율로 한다

⑥ 사업시행자는 토지소유자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하여 토지로 보상받기로 한 보상금에 대하여 현금보상을 요청한 경우에는 현금으로 보상하여야 한다. 이 경우 현금보상액에 대한 이자율은 제9항 제2호 가목에 따른 이자율로 한다.

1. 국세 및 지방세의 체납처분 또는 강제집행을 받는 경우

2. 세대원 전원이 해외로 이주하거나 2년 이상 해외에 체류하려는 경우

3. 그 밖에 제1호ㆍ제2호와 유사한 경우로서 국토교통부령으로 정하는 경우

⑦ 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 대통령령으로 정하는 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따라 지정ㆍ고시된 공공기관 및 공공단체인 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우에는 제1항 본문에도 불구하고 해당 사업시행자가 발행하는 채권으로 지급할 수 있다.

1. 토지소유자나 관계인이 원하는 경우

2. 사업인정을 받은 사업의 경우에는 대통령령으로 정하는 부재부동산 소유자의 토지에 대한 보상금이 대통령령으로 정하는 일정 금액을 초과하는 경우로서 그 초과하는 금액에 대하여 보상하는 경우

⑨ 제7항 및 제8항에 따라 채권으로 지급하는 경우 채권의 상환 기한은 5년을 넘지 아니하는 범위에서 정하여야 하며, 그 이자율은 다음 각 호와 같다.

1. 제7항 제2호 및 제8항에 따라 부재부동산 소유자에게 채권으로 지급하는 경우

가. 상환기한이 3년 이하인 채권 : 3년 만기 정기예금 이자율(채권발행일 전달의 이자율로서, 「은행법」에 따라 설립된 은행 중 전국을 영업구역으로 하는 은행이 적용하는 이자율을 평균한 이자율로 한다)

나. 상환기한이 3년 초과 5년 이하인 채권: 5년 만기 국고채 금리(채권발행일 전달의 국고채 평균 유통금리로 한다)

2. 부재부동산 소유자가 아닌 자가 원하여 채권으로 지급하는 경우

가. 상환기한이 3년 이하인 채권 : 3년 만기 국고채 금리(채권발행일 전달의 국고채 평균 유통금리로 한다)로 하되, 제1호가목에 따른 3년 만기 정기예금 이자율이 3년 만기 국고채 금리보다 높은 경우에는 3년 만기 정기예금 이자율을 적용한다.

나. 상환기한이 3년 초과 5년 이하인 채권 : 5년 만기 국고채 금리(채권발행일 전달의 국고채 평균 유통금리로 한다)



(4) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행규칙



제15조의2(사업시행자의 현금보상으로의 전환) 법 제63조 제5항 전단에서  "국토교통부령으로 정하는 사유”란 해당 사업계획의 변경을 말한다.



제15조의3(토지소유자의 현금보상으로의 전환) 법 제63조 제6항 제3호에서  "국토교통부령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 토지소유자의 채무변제를 위하여 현금보상이 부득이한 경우

2. 그 밖에 부상이나 질병의 치료 등을 위하여 현금보상이 부득이하다고 명백히 인정되는 경우



(5) 공공주택 특별법 시행규칙(2020.12.23. 국토교통부령 제796호로 일부개정되기 전의 것)



제7조(조성된 토지의 공급방법 등) ⑨ 영 제24조 제5항 제10호 및 제11호에서 " 국토교통부령으로 정하는 규모" 란 각각 조성된 토지로 보상을 받기로 결정된 권리 가액의 130퍼센트에 해당하는 면적을 말한다.



※ 2020.12.23. 국토교통부령 제796호로 일부개정된 것



제7조(조성된 토지의 공급방법 등) ⑨ 영 제24조 제5항 제10호 및 제11호에서  "국토교통부령으로 정하는 규모”란 각각 조성된 토지로 보상을 받기로 결정된 권리 가액에 해당하는 면적을 말한다. 이 경우 면적은 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조 제1항 단서에 따라 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상하는 계약을 체결하는 날을 기준으로 산정한다.

⑩ 공공주택사업자와 영 제24조 제5항 제10호 및 제11호에 따라 토지를 공급받는 자는 제9항 후단에 따른 계약 체결일의 토지가격과 조성된 토지 공급계약 체결일의 토지가격이 다를 경우 그 차액을 정산해야 한다.



※ 2024.7.3. 국토교통부령 제1350호로 일부개정된 것



제7조(조성된 토지의 공급방법 등) ⑨ 영 제24조 제5항 제10호 및 제11호에서 " 국토교통부령으로 정하는 규모" 란 각각 조성된 토지로 보상을 받기로 결정된 권리 가액에 해당하는 면적을 말한다. 이 경우 면적은 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조 제1항 단서에 따라 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상하는 계약을 체결하는 날을 기준으로 산정한다.

⑩ 제9항 전단에도 불구하고 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우에는 영 제24조 제5항 제10호 및 제11호에 따라 공급하는 토지의 규모는 각각 조성된 토지로 보상을 받기로 결정된 권리 가액에 해당하는 면적의 100분의 130에 해당하는 면적까지로 할 수 있다. 다만, 해당 면적을 공급함으로써 제1호에 따른 한 필지의 토지에 대한 공급계약 체결이 가능하게 되는 경우로 한정한다.

1. 제9항 후단에 따른 계약을 체결하여 한 필지의 토지를 수인이 지분으로 보상받기로 한 경우일 것

2. 제1호에 따라 보상받기로 한 자 중 일부가 해당 토지에 대한 공급계약 체결 전에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조 제3항ㆍ제4항 또는 제6항에 따른 현금보상을 받은 경우일 것

⑪ 법 제4조에 따른 공공주택사업자(이하 " 공공주택사업자" 라 한다)와 영 제24조 제5항 제10호 및 제11호에 따라 토지를 공급받는 자는 제9항 후단에 따른 계약 체결일의 토지가격과 조성된 토지 공급계약 체결일의 토지가격이 다를 경우 그 차액을 정산해야 한다.



다. 사실관계 및 판단



(1) 쟁점토지가 소재한 A 사업현황은 다음과 같다.



(가) 쟁점토지 소재 A 조성사업의 진행경과는 아래 ＜표2＞와 같다.



＜표2＞ A 조성사업 진행경과

○○○



(나) 2019년 12월 B가 작성한 A 보상안내문에 의하면, 대토보상 토지의 공급계약과 관련하여 최종 공급대상 필지 및 면적은 공급시점에 대토보상 신청금액 및 공급가격에 따라 최종확정하고, 사업추진 과정에서 지구단위계획(토지이용계획, 공급승인 등)이 변경되는 경우 공급대상 및 규모(면적)가 변경될 수 있으며, 공급시기는 2024년 이후 순차적으로 공급예정(사업추진 일정에 따라 변경될 수 있음)이고, 공급계약의 금액한도는 대토보상신청금액의 130%에 해당하는 금액까지 가능하다고 기재되어 있다.



＜표3＞ 2019년 12월 B의 A 보상안내문

○○○



(다) 2019.12.5. A 대토보상계획 공고문에 의하면, 대토보상 대상자 선정기준, 공급가격(주택용지, 자족시설용지는 감정평가액, 상업용지는 감정평가액×평균낙찰률), 대토보상 대상토지 및 공급기준(추정), 공급예정시기(2024년 이후에 순차적 공급예정), 전매제한 등 내용이 확인된다.



＜표4＞ 대토보상계획 공고문

○○○



(라) 청구인의 용지매매계약서(대토보상신청토지)에 의하면, 매수인은 B이고, 제2조 제3항은 매매대금 중 OOO원은 현금으로 지급하고 OOO원은 채권으로 지급하며, 나머지 OOO원은 당해지구에 조성되는 일반상업용지로 지급하고, 제4조는 B는 해당 사업계획의 변경 등 국토교통부령으로 정하는 사유로 인하여 매도인에게 지급하기로 한 토지의 전부 또는 일부를 토지로 지급할 수 없는 경우에는 이를 현금으로 지급할 수 있다. 이 경우 매도인의 토지로 지급받을 금액에 대해서는 본 매매계약에 다른 매매대금 중 이자 기산일부터 본 항에 따른 현금지급일 전일까지 제3조 제2항의 이자율을 적용하여 계산한 이자를 지급한다고 기재되어 있다.



＜표5＞ 청구인의 대토보상 용지매매계약서(일부발췌)

○○○



(마) 청구인은 쟁점토지의 대토보상 계약을 한 이후 현금보상 전환신청을 하고, 현금을 수령하였으며, 2024.9.11. 당초 감면세액(40%, 15%)과 조세특례제한법 제77조에 따른 현금보상 10% 감면세액의 차액을 수정신고ㆍ납부하였다.



(바) 청구인은 조특법 제77조의2 및 같은법 시행령 제73조에 따른 현금보상 전환이 사업시행자의 과실로 인한 토지 대토계약불가에 따른 비자발적인 현금보상 전환이므로 조특법 제77조의2를 적용하여 양도소득세 40% 감면하여 줄 것을 청구하였고, 처분청은 토지보상법 제63조 제4항 및 제5항에 따르면, 토지소유자가 현금으로 전환하여 보상하여 줄 것을 요청하는 경우 및 사업시행자가 사업계획의 변경 등 보상하기로 한 토지의 전부 또는 일부를 토지로 보상할 수 없는 경우에는 현금으로 보상할 수 있고, 청구인은 토지수용보상금을 현금수취하였으므로 10% 감면세율 적용이 타당하다고 보아 경정청구를 거부하였다.



(2) B의 귀책사유로 불가피하게 현금보상을 하게 되었다며 청구인이 제시한 자료는 다음과 같다.



(가) B의 대토보상토지 감정평가서에 의하면 상업시설용지 6필지 8,128㎡에 대한 추정가격은 OOO원으로 확인된다.



(나) 2024.10.4. 청구인의 민원신청(대토신청금액을 1∼3순위별로 제공해줄 것, 2순위 신청자 중 OOO원 규모만 계약이 이루어진 기준과 절차를 확인해 줄 것)에 대한 B 답변서를 보면 대토보상금액 신청금액이 OOO원으로 시행예정금액(OOO원, 예정가격×130%)을 초과하여 보상안내문에 적시된 대토보상시행지침에 따라 동순위 추첨방식(1순위 OOO원, 2순위 OOO원)에 따라 대토보상계약을 체결하였다고 기재되어 있다.



(다) 청구인은 B가 C의 지구계획 변경으로 대토보상토지의 가격이 상승하였다고 주장하며 2023.9.22. 지구계획변경(3차) 승인 신청 공문을 제출하였고, 아래 ＜표6＞의 공문에 의하면 자족용지 활성화 방안, 하천 기본계획 변경(안)반영, 교통개선대책 이행을 위한 지구 밖 사업 인허가 등을 추진하고자 A에 대한 지구계획 변경승인 신청서를 제출한다고 기재되어 있다.



＜표6＞ B의 C 지구계획 변경승인신청 공문

○○○



(라) 2023.11.27. 청구인은 B에 C 자족시설용지(OOO)를 OOO와 같이 세로방향으로 2개의 필지 각 4,957.5㎡로 분할요청을 하면서 2023년 12월 예정된 지구단위계획 변경 통합심의에 반영되도록 빠른 처리를 요청하였고, B는 C 자족시설용지는 지구활성화 및 수요여건 등을 고려하여 계획된 사항으로 필지분할이 불가하다고 회신하였다.



(마) 2024.2.27. 청구인은 C의 지구단위계획변경에 대하여 대토신청인들에 대한 어떠한 고려가 있었는지에 대한 질의를 하였고, 그에 대한 국토교통부의 답변은 아래 ＜표7＞과 같다.



＜표7＞ 국토교통부의 답변내용

○○○



(바) 2024.10.4. 청구인은 대토신청금액을 1∼3순위별로 제공해 줄 것, 2순위 신청자 중 OOO원 규모만 계약이 이루어진 기준과 절차를 확인해 줄 것을 요청하는 민원을 제기하였고, 이에 B는 대토보상금액 신청금액이 OOO원으로 시행예정금액(OOO원, 예정가격×130%)을 초과하여 보상안내문에 적시된 대토보상시행지침에 따라 동순위 추첨방식(1순위 OOO원, 2순위 OOO원)에 따라 대토보상계약을 체결하였다고 답변하였다.



(사) 2024.10.21. 청구인은 「공공주택 특별법 시행규칙」 제7조 제9항과 제10항 개정이유에 대하여 국토교통부에 질의하였고, 그에 대한 답변은 아래 ＜표8＞과 같다.



＜표8＞ 국토교통부의 답변내용

○○○



(아) 청구인은 2024.10.31. 채권보상과 관련하여, 2024.11.13. 조특법 제77조의2에 대하여 민원을 제기하였고, 그에 대한 기획재정부의 답변내용은 아래 ＜표9＞와 같다.



＜표9＞ 기획재정부의 답변내용

○○○



(자) 2025.6.22. 청구인은 예정가격보다 초과된 대토보상계약에 대한 국토교통부의 입장에 대하여 질의하였고, 그에 대한 국토교통부의 답변은 아래 ＜표10＞과 같다.



＜표10＞ 국토교통부의 답변내용

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(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 토지가 수용되어 대토보상을 신청하였음에도 B의 귀책사유로 청구인이 대토보상을 받지 못하고 현금보상으로 전환되었으므로 조특법 제77조의2 제1항에 따른 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례(40% 감면)를 적용하여야 한다고 주장하나,



조특법 제77조 및 제77조의2는 토지보상법에 따른 공익사업의 시행으로 토지 등의 양도대금을 토지로 보상받는 경우 40%의 양도소득세 감면을, 현금으로 보상받는 경우 10%의 감면을 적용하는 것으로 규정하고 있고, 조특법 시행령 제73조 제5항은 대토보상 40% 세액감면을 적용받은 거주자가 현금보상으로 전환된 경우 대토보상과 현금보상의 양도소득세 감면세액의 차액을 양도소득세로 신고ㆍ납부해야 하는 것으로 규정하고 있으며, 조특법 제72조의3 제3항은 대토보상받기로 한 보상금을 현금으로 받는 경우 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세를 감면받은 세액 및 이자상당 가산액을 양도소득세로 납부하도록 면서 조특법 시행령 제73조 제5항은 전매금지를 위반하여 대토보상이 현금보상으로 전환된 경우 외의 사유로 현금보상으로 전환된 경우 대토보상과 현금보상의 양도소득세 감면세액의 차액을 양도소득세로 신고ㆍ납부하도록 규정하고 있다.



또한, 토지보상법 제63조 제1항은 토지소유자가 원하는 경우로서 사업시행자가 해당 공익사업의 합리적인 토지이용계획과 사업계획 등을 고려하여 토지로 보상할 수 있도록 하면서 같은 조 제4항은 토지소유자가 토지로 보상받기로 한 경우 보상계약 체결일부터 1년이 지나면 이를 현금으로 전환하여 보상하여 줄 것을 요청할 수 있고, 같은 조 제5항은 사업시행자는 해당 사업계획의 변경 등 국토교통부령으로 정하는 사유로 보상하기로 한 토지의 전부 또는 일부를 토지로 보상할 수 없는 경우에는 현금으로 보상할 수 있다고 규정하고 있다.


청구인은 당초 대토보상을 받기로 계약하였다가, 대토보상이 어려워지자 현금보상을 신청하여 현금보상을 받게 되었고, 조특법령상 사업시행자측의 귀책사유에 따라 현금보상으로 전환한 경우에 대한 감면세액을 따로 정하고 있지 않으며(아래에서 보는 바와 같이 B측은 관련 법령에 따라 보상절차를 진행한 것으로 보이고, 법령위반 등의 귀책사유가 있다고 보기도 어렵다), 전매금지를 위반하여 대토보상이 현금보상으로 전환된 경우 외의 사유로 현금보상으로 전환된 경우 대토보상시 감면세액과 현금보상시 감면세액의 차액을 양도소득세로 납부하도록 하고 있으므로 청구인에게 현금보상에 대한 감면세액 10%를 적용하는 것이 타당해 보이는 점,



B의 2019년 12월 A 보상안내문과 2019.12.5. A 대토보상계획 공고문에 의하면, 대토보상 토지의 공급계약과 관련하여 최종 공급대상 필지 및 면적은 공급시점에 대토보상 신청금액 및 공급가격에 따라 최종 확정하고, 사업추진 과정에서 지구단위계획(토지이용계획, 공급승인 등)이 변경되는 경우 공급대상 및 규모(면적)가 변경될 수 있으며, 공급시기는 2024년 이후 순차적으로 공급예정이고, 공급계약의 금액한도는 대토보상 신청금액의 130%에 해당하는 금액까지 가능하다고 기재되어 있어, 청구인은 2024년 이후 대토가 공급될 것을 예상할 수 있었고, 공급대상 및 규모 역시 변경될 수 있음을 예상할 수 있었으며, 대토보상 신청금액의 130%에 해당하는 금액까지 가능하다고 기재되어 있어 대토상업용지 부족이나 자족시설용지 공급, 지구계획을 변경한 것을 두고 B의 귀책이라고 보기 어렵고, 당초 계획대로 대토보상이 되지 않았다고 하여 이를 두고 청구인의 예측가능성을 침해했다거나 신뢰보호원칙에 위배되었다고 보기도 어려워 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.



다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 4년 6개월간 토지 양도대금을 지급받지 못하여 채권보상의 목적과 동일하게 보상금 지급지연이라는 정책목적이 달성되었는바, 쟁점토지 양도에 대하여 채권감면에 따른 세액공제(30%∼40%)를 적용해야 한다고 주장하나,



감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하고, 채권감면은 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결한 경우에 한하여 채권의 만기보유 기간별로 감면율을 정하고 있어 청구인은 이에 해당하지 않아 채권감면에 따른 세액공제를 적용하기는 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.



따라서, 처분청이 청구인의 양도소득세 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.