1심) 의정부지법2024구합10015, 2024.11.12.
심판) 조심2022인5697, 2023.10.04.

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

1. 청구취지

피고가 2021. 12. 15. 원고에게 한 2017 사업연도 법인세 1,925,522,770원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1997. 2. 27. 한국****법(2000. 3. 13. ********법의 시행으로 폐지)에 의하여 설립된 법인으로서 ********법법 제1조에 따라 **방송을 효율적으로 실시함으로써 ****을 보완하고 국민의 ****과 민주적 **발전에 이바지함을 목적으로 하고, 같은 법 제7조에 따라 ****ㆍ ***ㆍ ** ****의 실시, **시설의 설치ㆍ 운영 및 관리, 프로그램 제작 및 공급사업, **관련행사 등의주관 및 국제교류, ****에 관한 조사ㆍ 연구 및 위 각 업무에 부대되는 사업을 수행하고 있다. 위와 같은 규정을 바탕으로 한 원고의 정관에 의한 설립목적 및 업무의 범위 등은 다음과 같다.

-생 략-





나. 원고는 2001. 8. 30. 서울 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇㅇ, ㅇㅇㅇ-ㅇ 토지(면적 3,568.5㎡) 및 그 지상 건물(연면적 18,491.54㎡)(이하 위 토지를 ‘이 사건 토지’, 그 지상 건물을 ‘이 사건 건물’이라 하고, 이 사건 토지와 건물을 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 매수하여, 이 사건 부동산에 관하여 2002. 4. 15. 각 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 원고는 2016. 12. 27. 이 사건 부동산을 주식회사 BB에 매도하고, 2017. 8. 31.각 소유권이전등기를 마쳐주었는데, 그 당시 이 사건 건물 및 원고가 이 사건 건물 이외에 별도로 임차한 외부 건물들의 사용현황은 다음과 같다.

- 생 략-

라. 원고는 아래 표와 같이 이 사건 건물의 연면적 18,491.54㎡ 중 15,587㎡는 **** 등 고유목적사업에 직접 사용한 부분으로, 55㎡는 매점 등 수익사업에 사용한 부분으로, 나머지 2,849.54㎡는 회의실 등 고유목적사업과 수익사업에 공통으로 사용한부분으로 구분하였다. 이후 이 사건 건물의 연면적을 기준으로 하여, 이 사건 건물을 포함한 이 사건 부동산의 처분이익[50,597,237,933원1)] 중 이 사건 건물 연면적 18,491.54㎡에서 위 15,587㎡가 차지하는 비율(84.3%)에 상당하는 처분이익[42,650,973,320원2)]에 대하여는 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제3항 제5호 및 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제2항의 규정에 의하여 ‘처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분이익’으로 보아 법인세 과세소득에서 제외하고, 이 사건 건물의 연면적18,491.54㎡에서 위 55㎡ 및 2,849.54㎡가 차지하는 비율[15.7%3)]에 상당하는 처분이익[7,946,264,613원4)]에 대하여는 이를 과세소득으로 보아 2017년 사업연도 귀속 법인세를 신고ㆍ 납부하였다.

-생 략-

마. BB지방국세청장은 2021. 6. 1.부터 2021. 7. 21.까지 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시하였다. 그 결과 이 사건 부동산의 매각으로 인하여 발생한 전체 처분이익을 원고의 수익사업과 기타의 사업의 공통익금으로 판단하여 전체 처분이익50,597,237,933원을 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 제1호에 따라 원고의 고유목적사업과 수익사업의 매출액[고유목적사업 72,007,486,604원(28.7%), 수익사업179,307,744,279원(71.3%)]5)에 비례하여 안분계산[고유목적사업 14,521,407,286원6), 수익사업 36,075,830,646원7)]하고, 이에 따라 추가로 계산되는 처분이익 28,129,566,033

원8)9)을 수익사업 처분이익에 익금 가산하였다. 그 이외에도 고유목적사업 지출액

7,672,628,874원을 손금산입하고,10) 기부금 한도 초과액을 당초 2,025,561,674원에서 0원으로, 기부금 한도초과 이월액 손금산입을 당초 0원에서 391,352,540원으로 각 경정하도록 하는 내용으로11) 피고에게 원고의 2017 사업연도 법인세 과세자료를 통보하였다.

바. 이에 피고는 2021. 12. 15. 원고에게 2017 사업연도 법인세 1,925,522,770원(가산세 포함)을 경정ㆍ 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2022. 3. 14. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2023. 10. 4. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

가. 구 법인세법 시행령 제2조 제2항은 ‘고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(구 법인세법 시행령 제2조 제1항에 따른 수익사업은 제외)에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인한 수입’은 법인세 과세대상 소득에서 제외하도록 규정하고 있는데, 원고의 고유목적 사업인 **** 사업은 구 법인세법 시행령 제2조 제1항에 따른 수익사업에 해당하지 않는다. 따라서 **** 등 고유목적사업에 직접 사용한 부분에 관한 이 사건 부동산의 처분이익은 원고의 과세소득에서 제외되어야 한다.

나. 법인세법 시행규칙 제76조 제7항은 ‘수익사업과 기타의 사업 사이 안분대상이 될수 있는 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한한다’고 규정하고 있는데, 이 사건부동산 중 교육방송 등 고유목적사업에 직접 사용한 부분과 관련된 처분이익이 원고의과세소득에서 제외되는 이상 과세표준에도 포함될 수 없다. 따라서 위 처분이익은 안분대상이 되는 공통익금에 해당하지 않는바, 이를 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다. 설령 피고의 주장과 같이 이러한 처분이익이 원고의 고유목적사업과 수익사업의 공통익금에 해당한다고 하더라도 각 사업의 매출액 비율에 따라 안분계산하는 것은 불합리한 결과를 초래하기 때문에 사용면적 비율에 따라 안분계산해야 한다.



3. 관계 법령

별지 기재와 같다.



4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 이 사건 부동산의 처분이익이 과세소득의 범위에 포함되는지 여부

1) 관련 법리 등

가) 구 법인세법 제3조 제3항 제5호는 ‘고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입’을 비영리내국법인의 각 사업연도 소득의 하나로 규정하면서, 그 괄호 규정에서 ‘고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것은 제외한다’고 규정함으로써 비과세대상의 범위를 대통령령이 정하도록 위임하고 있다. 그 위임에 따른구 법인세법 시행령 제2조 제2항 전문은 ‘법 제3조 제3항 제5호에서 대통령령으로 정하는 것이라 함은 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다’고 규정하고 있다.

나) 이때 ‘비영리내국법인이 고정자산을 고유목적사업에 직접 사용’하였는지 여부는 법인의 사업목적, 당해 자산을 취득하게 된 경위, 용도, 사용주체나 실태 및 현황,취득 후 경과한 기간, 자산과 법인의 사업과의 관련정도 등을 종합적으로 고려하여 결정하되, 비영리내국법인의 사업목적이 광범위한 경우에는 ‘고유’목적사업에 ‘직접’ 사용한 경우로 한정하여 해석하여야 한다(대법원 2006. 7. 27. 선고 2005두14370 판결 등참조).

2) 구체적 판단

앞서 든 증거와 갑 제10호증, 을 제15호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합적으로 고려하면, 원고의 고유목적사업은 구법인세법 시행령 제2조 제1항에 따른 수익사업에 해당하지 않고, 이 사건 건물 중15,587㎡ 부분은 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 원고의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산에 해당하며, 그에 대응하는 이 사건 토지 부분 역시 마찬가지이다. 따라서 위 15,587㎡ 부분과 관련된 이 사건 부동산의 처분이익은 구법인세법 시행령 제2조 제2항에 따른 비과세대상에 해당하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

가) 앞서 살펴보았듯이, 원고의 업무에는 ㉠ **** ****의 실시, ㉡ *** *****의 실시, ㉢ ** ****의 실시, ㉣ ****의 설치ㆍ 운영 및 관리, ㉤프로그램 제작 및 공급사업, ㉥ **관련행사 등의 주관 및 *****, ㉦ ****에 관한 조사ㆍ 연구, ㉧ 이상의 업무에 부대되는 사업이 있다. ‘고유목적사업’이란 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 구 법인세법 시행령 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 의미하므로(구법인세법 시행령 제56조 제5항 참조), 위 ㉠ 내지 ㉦은 원고의 설립목적을 달성하기 위한 것으로서 고유목적사업에 해당하는 것이고, ㉧은 **사업이나 ****출판사업과 같이 주된 사업에 부대되는 수익사업에 해당하는 것으로 해석된다.

나) 원고가 사업을 위하여 사용했던 부동산은 이 사건 부동산과 CC빌딩 3ㆍ 4층, DD빌딩 1ㆍ 2ㆍ 3층, EE빌딩 2층인데, 이 사건 부동산은 원고가 사옥으로 사용하기 위하여 취득한 주된 부동산으로서 이 사건 건물 중 15,587㎡에는 스튜디오, 방송시설, 편집실 등 위 ㉠ 내지 ㉦의 업무를 수행하기 위하여 직접 필요한 시설들이 들어서있고, 원고가 사용한 나머지 건물에는 **사업부, 신성장기획부, ****사업부, ***사업부 등 주로 수익사업을 수행하는 부서들이 들어서 있었다. 따라서 원고는 이 사건 부동산 중 이 사건 건물 15,587㎡에 대응되는 부분을 원고의 고유목적사업에 직접사용했던 것으로 볼 수 있다.

다) 이에 대하여 피고는, 원고의 고유목적사업은 구 법인세법 시행령 제2조 제1항의 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 사업 중 ‘*** ***’에 해당하는 수익사업으로서 구 법인세법 시행령 제2조 제1항 단서에도 해당하지 않으므로, 이사건 부동산의 처분이익을 수익사업소득으로 보아 과세해야 한다는 취지로 주장한다.살피건대 구 법인세법 시행령 제2조 제2항은 비영리내국법인에 대한 비과세의 예외로서 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업 자체가 같은 법 시행령 제2조 제1항에 따른 수익사업에 해당하는 경우에는 그 처분이익을 수익사업소득으로 과세하게 된다고 규정한다. 그러나 원고의 **용역(유상의 ****용역은 제외한다) 제공은 무상의 용역제공으로서 비과세사업에 해당하는바(대법원 2011. 9. 8. 선고 2009두16268 판결 참조),그 사업으로 인하여 수입이 발생하지 않는 경우로서 구 법인세법 시행령 제2조 제1항의 수익사업에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 부동산 중 이 사건 건물 15,587㎡와관련된 부분이 원고의 고유목적사업에 직접 사용된 이상 비과세의 예외에 해당하지 않는다.

라) 또한 피고는 원고가 제공하는 방송용역이 광고방송과 관련성이 인정되는 등 대가관계를 인정할 수 있는 특별한 사정이 있는 경우로서 유상용역의 공급에 해당하므로, 원고의 고유목적사업이 수익사업이라는 취지로도 주장한다. 그러나 원고가 제공하는 **용역은 크게 ****과 ****으로 구분되는데, 이 중 ****은 ****을 보완하고 국민의 ****과 민주적 **발전에 이바지하는 공익적 목적으로 운영되고, 일반 ***에게 무상으로 제공되는 용역으로서 ****과 달리 그 자체로 수입을 동반하지 않는다. 이처럼 ****과 ****은 그 목적과 성격을 달리하는데, 피고가 주장하는 것과 같이 일부 ****이 ****과 관련될 여지가 있다는 사정만으로 모든 ****이 유상용역의 공급에 해당하여 수익사업에 해당한다고 단정할 수없는바, 피고의 위와 같은 주장은 이유 없다.

마) 피고는, 비과세대상이 되는 ‘고유목적사업에 직접 사용한 고정자산’은 ‘고정자산별’로 판단되어야 할 뿐, 그중 ‘일부’가 고유목적사업에 직접 사용되었음을 이유로 이에 대응하는 처분이익만을 법인세 과세소득에서 제외할 수 없고, 특히 이 사건 건물중 위 15,587㎡ 부분은 원고의 고유목적사업과 광고 등의 수익사업에 공통으로 사용되기도 하였는바, 그로 인한 처분이익이 비과세대상에 해당하지 않는다는 취지로 주장한다.

조세법률주의 원칙은 과세요건 등 국민의 납세의무에 관한 사항을 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로써 규정하여야 하고, 그 법률을 집행하는 경우에도 이를 엄격하게 해석ㆍ 적용하여야 함을 의미하므로, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석을 하거나 유추해석을 하는 것은 허용되지 않는다. 그런데 구 법인세법 시행령 제2조제2항은 비과세의 요건으로서 고유목적사업에 직접 사용되었는지 혹은 간접 사용되었는지 아니면 전혀 사용되지 않았는지 여부만을 규정하고 있을 뿐, 이를테면 고정자산을 ‘한 개’의 단위로 보아 고정자산 ‘전체’가 고유목적사업에 직접 사용되었는지 여부나고정자산이 고유목적사업에‘만’ 직접 사용되었는지 여부를 요건으로 하고 있지 않다.

따라서 이 사건 부동산 중 일부가 고유목적사업에 직접 사용된 것임이 명백한 이상 부동산 ‘전체’가 고유목적사업에‘만’ 사용되지 않았다는 사정만으로 비과세의 예외에 해당한다고 볼 것은 아니다(만일 이처럼 해석하지 않는다면 수익사업을 일부 영위하는 비영리내국법인의 고정자산 처분이익은 대부분 비과세의 예외가 될 것이다).

바) 피고는, 설령 이 사건 건물 중 일부가 고유목적사업에 직접 사용되었을지라도, 이 사건 부동산의 처분이익 대부분이 사실상 이 사건 건물이 아닌 이 사건 토지로인해 발생한 것인 점, 그런데 이 사건 건물의 건폐율이 불과 49.65%에 불과하여 토지와 건물의 연관성이 낮은 점 등을 고려할 때, 이 사건 부동산의 총 처분이익 중 이 사건 건물의 연면적에서 고유목적사업에 직접 사용된 면적이 차지하는 비율에 상당하는처분이익을 비과세대상으로 특정할 수 없다는 취지로 주장한다.

그러나 이 사건 토지의 지상에 이 사건 건물이 존재하고 있는 점, 건축물의 부속 토지는 건축물의 효용과 편익을 위해 사용되는 토지로서 건축물과 같은 용도로 사용되는 것으로 볼 수 있는 점, 이 사건 토지 중 이 사건 건물이 소재한 부분은 이사건 건물의 효용과 편익을 위해 사용되는 토지로 보이는 점, 이 사건 토지 중 이 사건 건물의 바닥 면적을 제외한 부분의 경우에도 토지상의 건물 연면적 중 고유목적사업에 직접 사용되는 면적의 안분비율에 의하여 산정함이 타당한 점(대법원 2007. 10.25. 선고 2006두736 판결 등 참조), 이 사건 건물의 건폐율이 낮다는 사정만으로는 특별히 이 사건 건물과 이 사건 토지의 사용이 무관하다고 볼 수 없고(더욱이 이 사건건물의 건폐율이 낮은 이유는 이 사건 토지의 용도가 제3종일반주거지역임에 따라 관련 법령의 제한을 받기 때문으로 보인다), 달리 이 사건 토지가 이 사건 건물의 사용현황과 무관하게 독자적으로 사용되었다고 볼 만한 사정이 없는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 부동산의 전체 처분이익에서 이 사건 건물의 연면적 중 원고의 고유목적사업에 직접 사용되는 면적이 차지하는 비율에 따라 비과세의 범위를 특정한 것에 어떠한 위법이 있다고도 보기 어렵다.

사) 일정한 범위에서 비영리내국법인의 고정자산 처분 수입에 대하여 비과세하도록 규정한 것은 비영리내국법인으로 하여금 상당한 기간 부동산과 같은 고정자산을 고유목적사업에 직접 사용하도록 유도하는 데에 그 취지가 있다(대법원 2013. 5. 23.선고 2013두1829 판결 등 참조). 원고가 약 15년에 걸쳐 이 사건 건물을 ****등의 고유목적사업에 직접 사용한 이상 위와 같은 입법 목적 역시 달성된 것으로 보인다.

나. 이 사건 부동산의 전체 처분이익이 안분대상이 되는 공통익금에 해당하는지 여부

1) 구 법인세법 제113조 제1항은 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ 부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하도록 규정하고 있고, 구 법인세법 제113조 제6항 및 구 법인세법 시행령 제156조 제1항의 위임에 따라 구분경리의 방법을 정하고있는 법인세법 시행규칙 제76조는 제6항에서 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하도록 하는 한편,제7항에서 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한한다고 규정하고 있다.

2) 이 사건 부동산의 처분이익 중 일부가 비과세대상이 됨은 앞서 본 것과 같고,그 처분이익이 과세표준에 해당하지 않는 이상 법인세법 시행규칙 제76조 제7항에 따라 법인세법 시행규칙 제76조 제6항에 따른 안분대상이 되는 공통익금에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 부동산의 전체 처분이익을 원고의 수익사업과 기타의 사업의 공통익금으로 판단한 뒤 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 제1호에 따라 원고의 고유목적사업과 수익사업의 매출액에 비례하여 안분계산함으로써 이루어진 이 사건 처분은위법하여 취소되어야 한다(원고의 이 부분 주장을 받아들이는 이상, 이 사건 부동산의 전체 처분이익이 안분대상이 되는 공통익금에 해당함을 전제로 한 원고의 나머지 주장은 더 나아가 판단하지 않는다).

다. 취소의 범위

과세처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에따라 판단하는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있으며, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할것이지만, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없고, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결, 대법원 2015. 9. 10. 선고 2015두622 판결 등 참조).

앞서 본 것과 같이 이 사건 처분 중 구 법인세법 시행령 제2조 제2항에 관한 원고의 주장은 모두 이유 있다. 그런데 원고는 이 사건 처분 중 고유목적사업 지출액, 기부금 한도 초과액, 기부금 한도초과 이월액 손금산입과 관련하여 경정ㆍ 고지된 부분에대해서는 다투고 있지 않고, 이 사건 변론종결시까지 제출된 자료만으로는 구 법인세법 시행령 제2조 제2항 부분을 제외한 나머지 부분에 관하여 가산세 등을 포함한2017 사업연도 법인세가 얼마인지 알 수 없다. 따라서 이 사건 처분 전체를 취소할 수밖에 없다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 있어 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고의 항소를 기각한다.