1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2023. 7. 27. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 종합부동산세 xxx원 및 농어촌특별세 xxx원에 대한 경정청구거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위 등

가. 원고는 1999. 2. 1. OO공항을 효율적으로 건설, 관리, 운영하도록 함으로써 여객 및 화물운송을 원활하게 하고 국민경제발전에 이바지할 목적으로 OO공항공사법에 의하여 설립된 공기업이다.



나. 원고는 2018. 12. 7. 2018년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2018. 6. 1.) 현재 보유 중인 토지 중 별도합산과세대상으로 재산세가 과세된 OO OO구 OO동 △△-△ 토지를 포함하여 총 xxx개 필지의 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 대하여 2018년 귀속 종합부동산세 xxx원 및 농어촌특별세 xxx원(특별한 사정이 없는 한 종합부동산세와 농어촌특별세를 포괄하여 ‘종합부동산세 등’이라 한다)을 신고ㆍ납부하였다.



다. 원고는 2023. 5. 31. 피고에게 이 사건 토지는 사권제한토지로서 구 종합부동산세법(2020. 6. 9. 법률 제17339호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 종부세법’이라 한다)제6조 제1항 및 구 지방세특례제한법(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정전 지방세특례제한법’이라 한다) 제84조 제2항에 따라 종합부동산세액의 50%를 감면해야 한다는 내용 등으로, 2018년 귀속 종합부동산세 xxx원 및 농어촌특별세 xxx원 합계 2,649,702,776원에 대한 환급을 구하는 경정청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였다.



라. 피고는 2023. 7. 27. 원고에 대하여 이 사건 경정청구를 기각하는 내용의 경정청구 결과통지(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다)를 하였다.

마. 원고는 이 사건 거부처분에 불복하여 2023. 10. 23. 이의신청을 거쳐 2023. 11.30. 조세심판원에 심판청구를 하였으며, 조세심판원은 2024. 6. 19. 위 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

바. 원고는 OO광역시 OO구와 OO광역시를 상대로 인천지방법원 2021가합58843호로 OO광역시 OO구청장이 부과처분한 2017, 2018년 정기분 재산세 및 지방교육세는 구 지방세특례제한법(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정된 것, 이하 ‘개정 지방세특례제한법’이라 한다) 부칙 제15조, 개정전 지방세특례제한법 제84조 제2항에 따라 100분의 50이 경감되어야 한다고 주장하며 정당세액을 초과하는 납부세액을 부당이득으로 반환할 것을 청구하였으나, 위 법원은 2024. 3. 15. 원고의 청구를 기각하는 판결을 선고하였다. 원고는 이에 불복하여 서울고등법원(인천) 2024나11786호로 항소하였으나,2025. 5. 30. 항소가 기각되었고, 다시 대법원 2025다214301호로 상고하였으나, 2025.9. 25. 심리불속행 기각되었다.

[인정근거] 이 법원에 현저하거나, 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함하며, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지



2. 관계 법령

별지 기재와 같다.



3. 원고의 주장

가. 개정전 지방세특례제한법 제84조 제2항은 도시관리계획의 결정ㆍ고시가 된 토지에 대하여 재산세의 100분의 50을 2018년 12월 31일까지 경감해주고 있었는데, 이후 2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정된 지방세특례제한법 제84조 제2항에는 ‘과세기준일 현재 도시관리계획이 미집행된 토지’라는 감면요건이 추가되었다. 다만, 개정 지방세특례제한법은 부칙 제15조(일반적 경과조치)를 두어 종전의 규정인 개정전 지방세특례제한법 제84조 제2항에 따른 감면기한 2018년 12월 31일까지는 여전히 종전의 규정인 개정전 지방세특례제한법이 적용되도록 하였으며, 원고는 개정전 지방세특례제한법 제84조 제2항에 따라 이 사건 토지에 대한 2018년 귀속 종합부동산세 등의 100분의 50을 경감 받을 수 있을 것이라고 신뢰하였으므로, 이 사건 토지가 도시관리계획의 결정ㆍ고시 및 그 집행이 마쳐진 토지라고 하더라도, 개정 지방세특례제한법 부칙 제15조 및 개정전 지방세특례제한법 제84조 제2항에 따라 이 사건 토지에 대한 종합부동산세 등은 100분의 50이 경감되어야 한다.



나. 이 사건 토지가 재산세 100분의 50이 경감되는 토지라면, 그 경감비율토지는 재산세 분리과세대상에 해당하므로, 그 경감비율토지는 종합부동산세 과세대상에서 제외되어야 한다. 그런데 원고는 위 100분의 50의 감면을 적용하지 않고 2018년 귀속 종합부동산세를 신고ㆍ납부하였던 관계로, 경감비율 토지가 재산세 분리과세대상임을 간과하고 2018년 귀속 종합부동산세 등을 산출하여 신고ㆍ납부하였는바, 이러한 점에 있어서도 이 사건 경정청구를 기각하는 이 사건 거부처분은 위법하므로 취소되어야 한다.



4. 판단

가. 관련 법리

조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령이 ”이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하여야 할 …세에 대하여는 종전의 규정에 따른다. "는 경과규정을 두고 있고, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 감면한다는 등의 내용을 명시적으로 규정한 것으로 볼 수 있다면, 이러한 경과규정은 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 한 특별규정에 해당하므로, 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전 규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 예외적으로 납세의무 성립 당시의 법령이 아니라 그 원인행위가 이루어진 당시의 법령인 종전 규정이 적용된다고 할 것이다(대법원 1994. 5. 24. 선고 93누5666 전원합의체 판결, 대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결, 대법원 2015. 9. 24. 선고 2015두42152 판결 등 참조).



나. 구체적 판단

1) 지방세특례제한법 제84조 제2항의 개정경과는 다음과 같다.

가) 지방세특례제한법이 2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정되기 전까지, OO광역시를 비롯한 개별 지방자치단체들은 ‘도시관리계획의 결정 이후 장기간 미집행됨으로써 소유권행사에 지장이 있는 토지’의 소유자를 지원하기 위하여 그 재산세 등의 50/100을 경감한다는 취지의 조례를 두고 있었고, 내무부(현 행정안전부)는 1988. 5. 1.경 그러한 개별 지방자치단체들의 조례의 내용을 종합하여 ‘○○구 공공용지에 편입된 사권 제한토지에 대한 재산세 불균일과세에 관한 조례(준칙)’을 마련하여 전국적으로 통일된 재산세 등의 감면이 이루어질 수 있도록 하였다.

나) 그런데 지방세특례제한법이 2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정되면서 제84조 제2항에 재산세의 감경과 관련한 내용이 규정되었으나, 그 적용대상을 ‘도시관리계획이 미집행된 토지’로 한정하고 있지 않았다가, 2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되면서 ‘토지관리계획이 미집행된 토지’ 요건이 추가되었다. 이와 관련하여 정부는그 개정이유를 ‘도시관리계획의 결정 이후 미집행으로 사권이 제한되고 있는 개별 부동산의 소유자들을 지원하기 위한 것이 지방세특례제한법 제84조 제2항의 당초 입법취지이므로 이를 명확히 하여 해석상 논란을 없애기 위함’이라고 밝히고 있다. 그리고 개정 지방세특례제한법 부칙 제2조(일반적 적용례)에서 ”이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다 "고 규정하면서, 제15조(일반적 경과조치)에서 ”이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 지방세를 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다 "고 규정(이하 ‘이 사건 경과규정’이라 한다)하였다.



2) 구 종부세법 제6조 제1항에서 지방세특례제한법에 의한 재산세의 비과세ㆍ과세면제 또는 경감에 관한 규정은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다고 규정하고 있는데, 개정 지방세특례제한법 제84조 제2항은 위와 같이 그 적용대상에 관하여‘지형도면의 고시가 된 후 과세기준일 현재 미집행된’이라는 새로운 요건을 부가하여 집행이 완료된 토지를 감면대상에서 제외하고 있다. 이 사건 토지에 관한 도시관리계획이 이미 오래 전에 집행이 완료된 사실에 대해서는 당사자 사이에 다툼이 없으므로,원고로서는 위 개정으로 인하여 이 사건 토지에 대한 2018년 귀속 종합부동산세 등을 감경받지 못하게 되었는바, 이러한 점에서 위와 같은 지방세특례제한법의 개정은 원고에게 불리한 것에 해당한다고 보아야 한다. 또한 이 사건 경과규정은 ”이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다 "고 규정하고 있고, 종전 규정인 개정전 지방세특례제한법 제84조 제2항에서 ‘그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 2018.12. 31.까지는 재산세 등의 100분의 50을 감면한다’는 내용을 명시적으로 규정하고 있으므로, 앞서 본 법리에 따라 원고에게 보호할 정도의 신뢰가 형성되었다면 이 사건 경과규정에 의하여 개정 지방세특례제한법 제84조 제2항이 아닌 개정전 지방세특례제한법 제84조 제2항이 적용될 수 있는 여지가 있다.



3) 그러나 앞에서 본 지방세특례제한법 제84조 제2항의 개정경과와 앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 토지에 대한 2018년 귀속 종합부동산세 등에 관하여는 당시 시행 중이던 개정 지방세특례제한법 제84조 제2항에 정한 바에 따라 감경 여부가 정해진다고 봄이 타당하다.

가) 조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세．재정정책을 탄력적．합리적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼, 조세에 관한 법규．제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점에서 납세의무자로서는 원칙적으로 세율 등 현재의 세법이 변함없이 유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수 없다. 따라서 조세법령의 개정이 있는 경우 개정 전．후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하는 것이 원칙이라고 할 것이다.개정 지방세특례제한법 부칙 제2조는 이를 반영하여 개정 지방세특례제한법 시행 후납세의무가 성립하는 분부터 적용한다고 규정하였다. 그리고 앞서 본 바와 같은 지방세특례제한법 제84조 제2항의 입법의 경위와 동기 및 그 연혁 등에 비추어 보았을 때,지방세특례제한법 제84조 제2항은, 공공시설로 예정되었으나 미집행된 경우에 수용 대상 토지의 소유자에게 손실을 보상하여 주기 위한 취지로 도입되었고, 이 사건과 같이도시계획 용도대로 집행이 완료된 토지에 대하여까지 적용될 것을 예정한 것은 아니었던 것으로 보인다.

나) 원고와 같은 사업시행자의 경우 도시관리계획에 따라 공공시설을 설치하기 위하여 필요한 토지를 직접 수용하는 지위에 있으므로 도시관리계획의 집행을 통하여 자신의 재산권을 확보해 나간다고 볼 수 있을지언정 도시관리계획으로 인해서 자신의 재산권 행사에 제약을 받게 된다고는 볼 수 없고, 원고가 향후 일정 기간 개정전 지방세특례제한법 제84조 제2항이 정하는 바에 따라 세액 감면을 받을 수 있다는 것을 신뢰하여 이 사건 토지를 취득 또는 보유하고 있었다고 보기도 어려우므로, 개정전 지방세특례제한법 제84조 제2항에 따른 지방세 감면의 혜택을 부여하여야 할 필요성이 크지는 않다.

다) OO광역시 OO구청장 등 과세관청은 개정전 지방세특례제한법이 적용되는 2010년부터 2016년까지의 재산세에 대하여 이미 사업이 완료된 토지는 경감규정의 적용대상이 아니라고 해석하여 원고 등에 대하여 경감하지 않은 재산세를 부과하였는데,법령에 규정되어 있지 않은 불문의 요건을 추가하여 경감조항을 적용하지 아니한 과세처분은 무효임을 전제로 한 소송들이 다수 제기되었다. 이에 개정 지방세특례제한법은‘도시관리계획의 결정 이후 미집행으로 사권이 제한되고 있는 개별 부동산의 소유자들을 지원하기 위한 것이 당초 입법취지이고 이를 명확히 하여 해석상의 논란을 없애기 위하여‘ 경감요건에 ‘과세기준일 현재 미집행된 토지’일 것을 추가하게 되었다. 이에 비추어 보면, 원고가 개정 지방세특례제한법이 위와 같이 개정될 것을 전혀 예견할 수없었다고 보기는 어렵다. 설령 원고가 개정전 지방세특례제한법 제84조 제2항에서 명시한 기간 동안 재산세 등을 경감받을 수 있다고 신뢰하였다고 하더라도 개정 지방세특례제한법의 입법취지와 그로 인하여 달성하려는 공익에 비추어 그와 같은 신뢰가 마땅히 보호하여야 할 가치가 있는 것이라고 판단할 수 없다.



다. 소결

결국, 이 사건 토지에 대한 2018년 귀속 종합부동산세 등을 산정함에 있어 개정지방세특례제한법 제84조 제2항에 따라 100분의 50의 감면률은 적용되지 않는바1), 이와 다른 전제에 선 원고의 주장들은 모두 이유 없다.



5. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.