○ 질의법인은 학교법인으로 초ㆍ중ㆍ고 교육기관을 운영하는 공익법인임
○ 질의법인은 ’60년대에 재단 이사장으로부터 증여를 원인으로 하여 수 필지의 부동산을 취득하였고, xx년에 해당 부동산을 양도할 예정임
○ 해당 토지는 수익사업(부동산 임대업)에 사용하던 유형자산으로 처분이익에 대하여 각 사업연도 소득으로 법인세를 신고할 예정이나,
- 해당 토지의 장부가액은 0이며 취득가액을 알 수 있는 어떠한 자료도 남아 있지 않음

○ ’60년대에 증여로 취득한 토지의 장부가액이 없는 경우 취득가액 산정방법

귀 질의의 사실관계와 같이 비영리법인이 수익사업에 사용하던 토지를 처분하는 경우 「법인세법」 부칙 법률 제7838호(2005.12.31. 개정) 제21조 및 같은 법 개정 부칙 법률 제5581호 제8조 제2항에 따라 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 「상속세 및 증여세법」제60조 및 같은 법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있는 것입니다.

○ 법인세법 제4조【과세소득의 범위】- 현행[시행 2025.7.1. 제20613호, 2024.12.31.]

① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

② (생략)

③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 " 수익사업" 이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2.∼4. (생략)

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

6.∼7. (생략)

○ 법인세법 제3조【과세소득의 범위】- 개정 전[시행 1999.01.01. 제5581호, 1998.12.28.]

① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 " 收益事業" 이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

2.∼4. (생략)

5. 고정자산(固有目的事業에 직접 사용하는 固定資産으로서 大統領令이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. (생략)

③ (생략)

○ 법인세법 제3조【과세소득의 범위】- 개정 전[시행 2006.01.01. 제7838호, 2005.12.31.]

① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 " 收益事業" 이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

2.∼4. (생략)

5. 고정자산(固有目的事業에 직접 사용하는 固定資産으로서 大統領令이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. (생략)

③ (생략)

○ 법인세법 부칙 < 제5581호, 1998.12.28.>

제1조 (시행일)

이 법은 1999년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제8조, 제16조, 제17조, 제33조, 제34조, 제36조, 제46조 내지 제49조, 제59조, 제63조, 제79조, 제81조, 제84조, 제86조 및 제99조제11항의 개정규정(分割에 관한 부분에 한한다) 및 제29조제1항의 개정규정은 공포한 날부터, 제28조제2항 내지 제4항 및 제76조제5항의 개정규정은 2000년 1월 1일부터, 제76조제9항제1호 및 제121조제2항의 개정규정은 1999년 7월 1일부터 시행한다.

제8조 (수익사업소득계산에 관한 특례)

① (생략)

② 제3조제2항제5호의 개정규정을 적용함에 있어서 1988년 12월 31일이전에 취득한 토지 및 건물(附屬施設物과 構築物을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1989년 1월 1일 현재 상속세및증여세법 제60조 및 동법 제61조제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액중 큰 금액으로 할 수 있다. (단서 생략)

○ 법인세법 부칙 < 제7838호, 2005.12.31.>

제1조 (시행일)

이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제26조 및 법률 제5581호 법인세법개정법률 부칙 제8조제2항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제98조의5의 개정규정은 2006년 7월 1일부터 시행하며, 제55조의2의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다.




제21조 (수익사업소득계산의 과세특례에 관한 적용례)

법률 제5581호 법인세법개정법률 부칙 제8조제2항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도에 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

○ 법인세법 제41조【자산의 취득가액】

① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다): 매입가액에 부대비용을 더한 금액

1의2. 내국법인이 외국자회사를 인수하여 취득한 주식등으로서 대통령령으로 정하는 주식등: 제18조의4에 따라 익금불산입된 수입배당금액, 인수 시점의 외국자회사의 이익잉여금 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산: 제작원가(制作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 그 밖의 자산: 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제72조【자산의 취득가액 등】

① (생략)

② 법 제41조제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1.∼7. (생략)

8. 그 밖의 방법으로 취득한 자산 : 취득당시의 시가

③∼⑥ (생략)

○ 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】

① (생략)

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 " 시가" 라 한다)을 기준으로 한다.

③∼④ (생략)

○ 법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】

① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. (단서 생략)

② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 및 가상자산은 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」제63조제1항제1호나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」제63조제2항제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조제1항ㆍ제2항을 준용할 때 " 직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)" 은 각각 " 직전 6개월" 로 본다.

③∼⑥ (생략)

상속세 및 증여세법 제61조【부동산 등의 평가】- 현행[시행 2025.03.14. 제20777호, 2025.03.14.]

① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 토지

「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 " 개별공시지가" 라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지(구체적인 판단기준은 대통령령으로 정한다)의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사 토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 토지 가액은 배율방법(倍率方法)으로 평가한 가액으로 한다.

2.∼4. (생략)

② 제1항제1호 단서에서 " 배율방법" 이란 개별공시지가에 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 계산한 금액에 의하여 계산하는 방법을 말한다.

③∼⑥ (생략)

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제50조【부동산의 평가】- 현행[시행 2025.05.07. 제35490호, 2025.05.07.]

① 법 제61조제1항제1호 단서에서 " 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액" 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개별공시지가가 없는 해당 토지와 지목ㆍ이용상황등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 「부동산 가격공시에 관한 법률」제3조제8항에 따른 비교표에 따라 납세지관할세무서장(납세지관할세무서장과 해당 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 해당 토지의 소재지를 관할하는 세무서장으로 한다)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 「지방세법」제4조제1항 단서에 따라 시장ㆍ군수가 산정한 가액 또는 둘 이상의 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액의 평균액을 평가가액으로 할 수 있다.

1. 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 의한 신규등록토지

2. 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 의하여 분할 또는 합병된 토지

3. 토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」상의 지목이 변경된 토지

4. 개별공시지가의 결정ㆍ고시가 누락된 토지(국ㆍ공유지를 포함한다)

②∼⑤ (생략)

⑥ 법 제61조제1항제1호의 규정을 적용함에 있어서 개별공시지가는 평가기준일 현재 고시되어 있는 것을 적용한다.

⑦∼⑧ (생략)

○ 상속세 및 증여세법 제61조【부동산 등의 평가】- 개정 전[시행 2005.07.13. 제7580호, 2005.07.13.]

① 부동산에 대한 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

1. 토지

「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 개별공시지가(이하 " 個別公示地價" 라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역의 토지에 대하여는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

2.∼4. (생략)

②∼⑧ (생략)

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제50조【부동산의 평가】- 개정 전[시행 2005.08.05. 제18989호, 2005.08.05.]

① 법 제61조제1항제1호 단서에서 " 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액" 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 개별공시지가가 없는 당해 토지와 지목ㆍ이용상황등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」제9조제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지관할세무서장(납세지관할세무서장과 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장으로 한다)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 2이상의 감정기관에 의뢰하여 당해 감정기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다.

1. 「지적법」에 의한 신규등록토지

2. 「지적법」에 의하여 분할 또는 합병된 토지

3. 토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 「지적법」상의 지목이 변경된 토지

4. 개별공시지가의 결정ㆍ고시가 누락된 토지(국ㆍ공유지를 포함한다)

○ 부동산 가격공시에 관한 법률 제3조【표준지공시지가의 조사ㆍ평가 및 공시 등】- 현행[시행 2020.06.09. 제17459호, 2020.06.09.]

① 국토교통부장관은 토지이용상황이나 주변 환경, 그 밖의 자연적ㆍ사회적 조건이 일반적으로 유사하다고 인정되는 일단의 토지 중에서 선정한 표준지에 대하여 매년 공시기준일 현재의 단위면적당 적정가격(이하 " 표준지공시지가" 라 한다)을 조사ㆍ평가하고, 제24조에 따른 중앙부동산가격공시위원회의의 심의를 거쳐 이를 공시하여야 한다.

②∼⑦ (생략)

⑧ 국토교통부장관은 제10조에 따른 개별공시지가의 산정을 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 표준지와 산정대상 개별 토지의 가격형성요인에 관한 표준적인 비교표(이하 " 토지가격비준표" 라 한다)를 작성하여 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 제공하여야 한다.

○ 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률 제9조【표준지공시지가의 적용】- 개정 전[시행 2006.03.08. 제7707호, 2005.12.07.]

① 국가ㆍ지방자치단체, 정부투자기관관리기본법에 의한 정부투자기관 그 밖에 대통령령이 정하는 공공단체가 다음 각 호의 목적을 위하여 토지의 가격을 산정하는 경우에는 당해 토지와 유사한 이용가치를 지닌다고 인정되는 하나 또는 둘 이상의 표준지공시지가를 기준으로 하여 당해 토지의 가격과 표준지공시지가가 균형을 유지하도록 하여야 한다. 다만, 필요하다고 인정하는 때에는 산정된 지가를 다음 각호의 목적에 따라 가감조정하여 적용할 수 있다.

1.∼4. (생략)

② 건설교통부장관은 제1항의 목적을 위한 지가산정을 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 표준지와 지가산정대상토지의 지가형성요인에 관한 표준적인 비교표(이하  "토지가격비준표”라 한다)를 작성하여 관계행정기관 등에 제공하여야 하며, 관계행정기관 등은 이를 사용하여 지가를 산정하여야 한다.