심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구인은 2018.1.3. 주식회사 A(이하  "A”라 한다) 발행주식 17,200주(이하  "쟁점주식”이라 한다)를 주식회사 B(현재 법인명이 주식회사 C로 변경되었고, 이하  "C”라 한다)에게 OOO원(1주당 OOO원)에 양도하고 2018.5.18. 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ 납부하였다.



나. 송파세무서장은 C가 청구인으로부터 쟁점주식을 고가매입한 것으로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 쟁점주식 양도가액 OOO원(1주당 OOO원)과 「상속세 및 증여세법」(이하  "상증세법”이라 한다)에 따라 보충적 평가방법을 적용하여 산정한 OOO원(1주당 OOO원)과의 차액 OOO원을 C에게 익금산입하면서, 2024.3.18. 청구인에게 기타소득으로 소득처분하는 내용의 소득금액변동통지(이하  "쟁점소득금액변동통지”라 한다)를 하였고, 이에 따라 처분청은 쟁점주식 매각금액 OOO원 중 OOO원을 양도소득이 아닌 기타소득으로 그 소득의 구분을 변경하여 2024.5.27. 청구인에게 종합소득세OOO원을 부과하고, 양도소득세 OOO원(환급금 OOO원, 환급가산금 OOO원)을 위 납부세액에 충당하였다.



다. C는 2024.6.18. 국세청에 쟁점소득금액변동통지의 취소를 구하는 심사청구를 제기하였는바, 국세청은 2024.8.14. 청구인과 C의 쟁점주식 거래가액(1주당 OOO원)이 시가에 해당한다고 보아, 쟁점소득금액변동통지를 취소하는 결정(이하  "이 건 심사결정”이라 한다)을 하였고, 이에 따라 처분청은 2024.9.24. 청구인에게 쟁점주식 매각에 따른 양도소득세 OOO원의 부과처분(이하  "쟁점처분”이라 한다)을 하면서 종합소득세 환급액 OOO원(2024.9.26. 기준 환급금 OOO원, 환급가산금 OOO원)을 위 양도소득세 OOO원에 충당하였다.



라. 청구인은 이에 불복하여 2024.12.9. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구인 주장 및 처분청 의견



가. 청구인 주장



(1) 쟁점처분은 쟁점소득금액변동통지와 ‘납세의무자’가 다르고, 「국세기본법」 제26조의2 제7항에 해당하지도 않으므로, 동 조항에 따른 특례부과제척기간의 적용 대상이 아니다.



(가) 「국세기본법」 제26조의2 제1항 및 같은 법 시행령 제12조의3 제1항 제1호에 따르면, 과세표준과 세액을 신고하는 국세는 과세표준신고기한의 다음 날부터 5년(이하  "일반부과제척기간”이라 하고, 같은 법 제26조의2 제6항 및 제7항의 부과제척기간을  "특례부과제척기간”이라 한다)이 만료된 날 후에는 부과할 수 없는바, 청구인이 2018.1.3. 쟁점주식을 양도하였으므로 쟁점주식 양도소득세의 일반부과제척기간은 그 신고기한의 다음 날인 2019.6.1.부터 5년이 경과한 2024.5.31.까지이고, 처분청이 2024.9.24.에서야 청구인에 대하여 한 쟁점처분은 일반부과제척기간이 경과하였음이 명백하다.



(나) 「국세기본법」 제26조의2 제7항은, 심사청구에 따른 결정 등에 의하여 ① 명의대여 사실이 확인된 경우, ② 과세의 대상이 되는 재산의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있다는 사실이 확인된 경우, ③ 국내원천소득의 실질귀속자가 확인된 경우에 한하여 당초 과세처분의 납세의무자가 아닌 제3자에게 특례부과제척기간을 적용할 수 있다고 규정하고 있고, 대법원은 원칙적으로 당해 결정에 따라 취소ㆍ 변경되는 과세처분의 납세의무자가 아닌 제3자에 대하여는 특례부과제척기간을 적용할 수 없다고 판시하는 등 납세의무자가 아닌 제3자에 대한 특례부과제척기간을 매우 엄격하게 적용하는 입장이다(대법원 1996.9.24. 선고 96누68 판결, 대법원 2015.9.10. 선고 2013다205433 판결 등).



(다) 이 건 심사결정에 따라 취소된 쟁점소득금액변동통지의 납세의무자는 ‘C’이므로, 처분청이 이 건 심사결정을 이유로 C가 아닌 청구인에게 특례부과제척기간을 적용하기 위해서는 이 사건이 「국세기본법」 제26조의2 제7항에 해당되어야 하나, 청구인은 이에 해당되지 아니한다. 청구인이 같은 항 제1호ㆍ 제3호에 해당하지 않음은 그 자체로 명백하여 이론의 여지가 없으므로 같은 항 제2호에 대하여 보면, 제2호는 과세관청이 ‘재산의 실질귀속자가 아닌 자’에게 과세처분을 하였다가 조세쟁송과정에서 ‘재산의 실질귀속자’가 뒤늦게 확인되어 과세관청이 패소한 경우, 특례부과제척기간을 적용하여 ‘재산의 실질귀속자’에게 새로이 과세처분을 하기 위한 규정인바, 이 사건은 청구인이 당초 쟁점주식 매각에 따른 양도소득세를 성실하게 신고ㆍ 납부하였으나, 처분청이 갑자기 위 양도소득세를 환급하고 기타소득세를 부과하였다가, 이 건 심사결정 이후 다시 양도소득세를 재부과한 사안으로, 처분청은 (쟁점주식 매각의 소득구분만을 달리 하였을 뿐) 계속하여 청구인에게 소득세를 부과하여 왔다.



(라) 즉, 이 건 심사결정에서 쟁점소득금액변동통지가 취소된 이유는 조세쟁송과정에서 뒤늦게 확인된 ‘재산의 실질귀속자’에게 새로이 과세처분을 하기 위함이 아니라, 과세관청이 쟁점주식의 시가를 상증세법상 보충적 평가액으로 잘못 산정한 것을 바로잡기 위함이므로, 이 건 심사결정으로 인해 ‘과세대상 재산의 사실상 귀속자가 확인된 경우’에 해당하지 않는 것인바, 이 건 심사결정으로 취소된 쟁점소득금액변동통지의 납세의무자(C)가 아닌 청구인에게는 특례부과제척기간을 적용할 수 없다고 보는 것이 대법원 판례 등에 부합하는 타당한 해석이다.



(2) 쟁점처분은 쟁점소득금액변동통지와 ‘납세의무자’가 다르므로, 「국세기본법」 제26조의2 제6항 제1의2호의 적용대상도 아니다.



(가) 앞서 살펴본 바와 같이, 「국세기본법」 제26조의2 제7항은 특례부과제척기간 적용의 ‘인적범위’와 관련하여 선행 처분과 ‘다른 납세의무자’에게 특례부과제척기간을 적용할 수 있는 예외적인 경우를 규정하고 있고, 같은 법 제26조의2 제6항은 특례부과제척기간 적용의 ‘물적ㆍ 시간적 범위’와 관련해서, 제1의2호에서 선행 처분과 ‘다른 세목’(동일 과세기간 한정) 또는 ‘다른 과세기간’(동일 세목 한정)에 대하여 특례부과제척기간을 적용할 수 있는 예외적인 경우를 규정하고 있다.



(나) 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 그 중에서도 예외규정 내지 특례규정은 더욱 엄격한 해석이 요구되는바, ① 「국세기본법」 제26조의2의 문언 및 체계상 선행 처분과 ‘다른 납세의무자’에게 특례부과제척기간을 적용할 수 있는 예외적인 경우는 제7항에만 규정되어 있는 점(제6항에는 규정되어 있지 않음), ② 만약 같은 법 제26조의2 제7항에 해당하지 않음에도 제6항만을 적용하여 선행 처분과 다른 납세의무자에게 특례부과제척기간을 적용하는 경우, 특례부과제척기간 적용의 ‘인적 범위’를 예외적ㆍ 제한적으로 규정한 제7항의 입법 취지 및 목적이 몰각되는 부당한 결과가 초래될 수 있다는 점 등을 고려하면, 같은 법 제26조의2 제6항은 선행처분과 ‘동일한 납세의무자’를 전제로 다른 세목(동일 과세기간 한정) 또는 다른 과세기간(동일 세목 한정)에 대하여 특례제척기간을 적용할 수 있는 예외적인 경우를 규정하였다고 보는 것이 합리적이다.



(다) 나아가, 당해 결정 등을 받은 자로서 그 결정 등의 취소나 변경 대상이 되고 있는 과세처분의 효력이 미치지 아니하는 제3자에 대하여는 특례부과제척기간을 적용할 수 없다는 대법원의 입장 등을 고려하더라도 「국세기본법」 제26조의2 제6항 제1의2호는 당해 결정 등에 연동된 ‘동일한 납세의무자’의 ‘다른 세목 또는 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액’의 조정이 필요한 경우에 한하여 적용된다고 보는 것이 타당하다.



(3) 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과하여야 할 정책적 이유나 사정도 전혀 존재하지 않는다.



(가) 일정 기간 권리를 행사하지 않으면 권리가 소멸한다는 원칙은 비단 조세법의 영역에서만 인정되는 것은 아니며, 이미 민사법의 영역에서부터 법률관계를 조속히 확정시키기 위하여 소멸시효 또는 제척기간이라는 제도를 통하여 오랜 기간 받아들여 온 원칙이다. 따라서 ① 납세자의 경우 경정청구기간이나 불복기한을 도과하면 잘못 납부된 세금이라도 이를 환급받을 수 없고, 위법한 과세처분이라도 그 취소를 구할 수가 없으며, ② 과세관청도 이와 마찬가지로, 부과제척기간이 도과하면 정당한 세금이라도 부과권을 행사할 수 없다. 이는 조세법률주의 원칙에 따른 국세기본법의 명문규정에 근거한 것으로서 공평과세 측면에서의 주관적 판단이 개입될 수 없다.



(나) 다만, 「국세기본법」 제26조의2 제6항 및 제7항은 심사청구에 따른 결정 등이 확정된 경우 일반부과제척기간이 경과하였더라도 일정한 경우에 한하여 처분청이 새로운 과세처분을 할 수 있도록 하는 이른바 ‘특례부과제척기간’을 규정하고 있는바, 이는 일반부과제척기간에 대한 예외 규정에 해당하므로 특례부과제척기간의 적용 범위는 제한적으로 해석되어야 한다(대법원 2012.10.11. 선고 2012두6636 판결 참조).



(다) 또한, 특례부과제척기간 규정의 입법 취지가 국세에 관한 부과처분이 있은 후에 그 처분에 대한 행정심판 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 경과되어 그 결정 또는 판결이 부과제척기간이 지난 후에 확정된 경우, 막대한 노력과 비용, 시간을 들여 쟁송절차에서 유리한 결과를 이끌어 낸 납세자에 대하여 과세관청이 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사태가 발생하는 것을 방지하려는 데 있는 것이지(대법원 2012.10.11. 선고 2012두6636 판결 등, 같은 뜻임), 위법한 부과처분을 한 과세관청을 긍휼히 여겨 부과제척기간을 연장시켜 주기 위한 것이 아니다.



(라) 청구인은 당초부터 과세의 근거가 되는 사실을 전부 밝히고 양도소득세 납세의무를 성실히 이행하였음에도(처분청이 일반부과제척기간 내에 과세의 근거가 될 수 있는 사실관계를 새롭게 밝혀낸 것은 전혀 없다) 불구하고, 처분청은 송파세무서장이 쟁점주식 매각에 대하여 「법인세법」상 부당행위계산 부인 규정을 잘못 적용하여 C에게 쟁점소득금액변동통지를 하자, 청구인이 기납부한 양도소득세를 환급하고 기타소득세를 부과한 것이다. 이후 처분청은 양도소득세에 대한 부과제척기간이 도과할 때까지 아무런 추가적인 조치도 취하지 않았는바, 부과제척기간 도과에 대한 책임은 처분청이 부담하는 것이 당연하므로 쟁점처분이 취소되어 결과적으로 과세권의 일실이 발생하게 된다고 하더라도 이는 전적으로 처분청의 책임이지 청구인의 책임이 아니다.



(마) 나아가 청구인이 쟁점주식 양도로 인하여 약 OOO원에 달하는 경제적 손실을 입었을 뿐만 아니라, 당초 양도소득세 신고ㆍ 납부 이후 불필요하게 발생한 법적 공방 등으로 인하여 많은 재산적ㆍ 시간적 손실을 입었고, 만약 처분청이 청구인의 당초 양도소득세 신고ㆍ 납부를 그대로 유지하였더라면, 애초부터 청구인에게 납부지연가산세 OOO원이 부과되지 않았을 것인 점 등을 고려하더라도, 「국세기본법」 제26조의2 제6항 및 제7항을 확장해석하여 청구인에게 특례부과제척기간을 적용해야만 하는 사정은 전혀 없다고 할 것이다.



나. 처분청 의견



(1) 이 사건은 특례부과제척기간의 적용이 가능한 사안이다.



(가) 「국세기본법」은 특례부과제척기간을 규정하면서 ‘일정한 사유가 있다면, 일정한 기간(확정판결된 날로부터 1년) 내에 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다’라고 규정하고 있는바, 이러한 법문의 구성 체계에 비추어 보면, 특례부과제척기간은 원칙적으로 일반부과제척기간을 확장하는 취지로 해석하여야지, 청구주장과 같이 부과권을 제한하는 취지로 해석하는 것은 타당하지 않다.



(나) 특히, 특례부과제척기간의 입법취지가 쟁송절차에서 선행처분의 취소가 확정된 후 과세관청이 선행처분과 관련된 과세처분을 새로이 하는 경우 재처분에 이르기까지는 상당히 오랜 시간이 걸릴 수 있으므로 재처분이 필요한 경우임에도 불구하고 일반부과제척기간에 의하여 재처분의 가능성이 차단되는 것을 방지하고 올바른 세법의 적용을 통하여 납세의무를 부담하게끔 하고 보장하는 역할에 있다고 할 수 있는바, 특례부과제척기간은 모든 국민이 적당하고 공평한 세액을 부담한다는 조세정의 및 조세공평주의의 이념을 구현하고자 하는 입법자의 결단인 것이지, 단순히 납세의무자의 권리보호를 위한 규정이라 할 것은 아니다(조심 2023관58, 2023.12.19. 참조).



(다) 이러한 특례부과제척기간의 취지와 조세심판원 선결정례 등에 비추어, 쟁점처분은 일반부과제척기간이 경과하였더라도, 이 건 심사결정 이후 법정기간(결정 또는 판결이 확정된 날로부터 1년)을 도과하기 전까지 과세관청이 행할 수 있는 필요한 처분이라고 볼 수 있으므로, 특례부과제척기간이 적용되는 사안에 해당한다.



(2) 쟁점처분의 납세의무자와 쟁점소득금액변동통지에 대한 납세의무자가 다르지 않고, 쟁점처분은 이 건 심사결정에 따른 경정결정으로서 「국세기본법」 제26조의2 제6항 제1의2호에서 규정하고 있는 ‘특례부과제척기간’의 적용대상에 해당된다.



(가) 청구인은 쟁점소득금액변동통지의 납세의무자가 아니고 과세처분의 효력이 미치지 아니하는 제3자에 해당한다고 주장하나, 「국세기본법」 제2조는 납세의무자란 세법에 의하여 국세를 납부할 의무(국세를 징수하여 납부할 의무는 제외한다)가 있는 자를 말한다고 규정하고 있는바, 조세법률관계에 있어서 조세채무를 부담하는 자인 것이고, 청구인은 쟁점소득금액변동통지에 따른 처분의 귀속 주체에 해당하여 소득세가 과세되므로, 국세를 납부할 의무를 지는 명백한 납세의무자라고 볼 수 있다.



(나) 과세관청의 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지가 있는 경우, 해당 법인은 납세의무자가 아닌, 원천징수의무자(「국세기본법」 제2조 제10호, 납세자)이고, 소득의 직접적인 귀속자인 청구인이 납세의무자(「국세기본법」 제2조 제9호, 납세의무자)라 할 것인바, 소득금액변동통지서를 받은 법인은 ‘원천징수의무자’의 지위에서 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 통지서에 기재된 소득의 귀속자에게 당해 소득금액을 지급한 것으로 의제되어, 원천징수의무자로서 납세의무가 성립과 동시에 확정되는 것이며, 소득의 직접적인 귀속자(청구인)는 소득금액변동통지서상의 소득처분대로 ‘납세의무자’의 지위에서 납세의무가 성립된 후, 소득금액변동통지서를 받은 날이 속하는 다음다음달 말일까지 추가신고를 할 수 있는 것이다.



(다) 특히 이 건 심사청구는 쟁점주식의 시가와 관련한 것으로 청구인에게 귀속되었던 기타소득을 취소하기 위해 제기된 것이나, 심사청구를 제기하기 위해서는 소득금액변동통지의 성격상 원천납세의무자로서의 납세의무자인 청구인이 직접 제기를 할 수 없고, 당사자 적격이 ‘원천징수의무자’의 지위에 있는 법인에만 존재하기 때문에 C가 심사청구를 제기한 것일 뿐이므로, 심사결정의 쟁점이 된 과세대상 및 납세의무자는 청구인으로 보는 것이 타당하다.



(라) 청구인을 쟁점소득금액변동통지와 쟁점처분의 납세의무자로 보는 것이 타당하므로 쟁점처분은 이 건 심사결정에 따른 제3자에 대한 새로운 처분이 아니라, 심사결정대상인 ‘소득금액변동통지’와 관련된 쟁점주식 양도에 대하여, 부당행위계산 부인의 적용이 취소되면서 과세기술적으로 이와 연동된 소득처분이 청구인에게 재처분되었을 뿐이다.



(마) 쟁점처분은 종전 부과처분과는 다른 새로운 처분 또는 새로운 결정이 아니고 그에 부수되는 처분에 해당하는바, 대법원은 선행처분과 후행처분의 과세단위가 변경되는 경우, 후행처분에 대한 특례부과제척기간의 적용은 기본적으로 제한되어야 한다는 입장(대법원 2020.8.20. 선고 2017두 30757 판결)으로, 그 세목이 ‘법인세’와 ‘양도소득세’로 서로 뚜렷이 구별되는 경우, 선행처분과 후행처분 사이의 상호관련성이 떨어지므로, 특례 제척기간이 적용될 수 없는 것이나(조심 2020서1486, 2021.9.8. 참조), 이 사건의 경우 선행처분은 소득금액변동통지 취소 판결 대상이 된 ‘기타소득세’이고, 후행처분은 ‘양도소득세’로 같은 납세의무자에 대한 같은 세목(소득세)이므로, 처분청이 이 건 심사결정에 따라 선행처분과 연관성이 없는 새로운 처분을 하였다고 볼 수 없다.



(바) 즉 쟁점처분은 선행처분과 상호관련성이 충분히 인정되기에 별도의 새로운 처분이라고 볼 수 없고, 선행처분의 결정에 부수된 필요한 처분에 해당하며, 이 건 심사결정에 따라 결정의 대상(기타소득)이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 세목(양도소득세)의 조정이 필요한 경우에 해당하므로 특례부과제척기간의 적용대상에 해당한다.



(3) 쟁점처분은 이 건 심사결정에 따른 필요한 처분을 한 것이므로 잘못된 처분이라거나 정당한 처분이 아니라고 할 수 없고, 청구인에게 특례부과체적기간을 적용하여 쟁점처분을 하여야 할 정책적 이유나 사정이 충분하다.



(가) 「국세기본법」상 특례부과제척기간의 적용이 납세의무자에게 유리한 경우에만 적용된다고 볼 수는 없다.



1) 쟁점처분은 과세관청의 정당한 부과권의 행사이다.



헌법재판소는 특레제척기간의 입법취지를 납세의무자에게 유리한 재처분에 한정하지 않는다고 보는 이상, 납세의무자로서는 원칙적으로 부담하여야 할 납세의무를 이행한다는 점에서 이러한 재처분을 가리켜 조세행정적으로 잘못된 처분이라거나 정당한 처분이 아니라고는 말할 수 없다고 판시하였고, 납세의무자에게 불리한 재처분이 불가능하다고 한다면 형평에 맞지 않는다(헌재 2002.12.18. 선고 2002헌바27 결정)고 보았다.



대법원은 결정이나 판결로부터 1년 이내라고 하여 당해 결정이나 판결에 따르지 아니하는 증액경정을 제한 없이 할 수 있는 것은 아니나, 특레제척기간 규정에 따라 과세관청의 이익을 위하여 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다고 보았고(대법원 1996.5.10. 선고93누4885 판결 등), 특례부과제척기간의 입법취지를 고려하면 재처분의 허용범위는 납세자의 권익과 조세의 공평성, 조세정의 등 납세의무를 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것(조심 2023인9219 2024.5.16., 참조)이다.



2) 쟁점처분과 관련하여, 납세자의 법적안정성 및 신뢰보호보다 과세형평 및 조세정의 실현, 조세일실의 문제가 더 중대한 공익이다.



가) 청구인은 이 건 심사결정 이전에 최초의 소득금액변동통지로 인하여 기타소득세 부과처분과 동시에 양도소득세가 환급되는 과정에서 향후 기타소득세 부과처분이 취소되면 그에 따른 후속 처분으로 양도소득세가 부과될 수 있음을 충분히 유추할 수 있었고, 실제로 청구인이 예상치 못하게 쟁점처분을 받았다고 보기도 어렵다.



나) 만약 이 사건과 반대로 판결 등에 따라 양도가액이 감소되어 납세자가 환급받아야 할 사유가 발생하게 된 경우라면, 과세관청이 납세자의 후발적 경정청구에 대하여 환급요구를 거부할 수 있다고 단정하기 어려운바, 후발적 경정청구에 의하여 환급은 가능하면서도 특례부과제척기간을 적용하여 부과처분만 불가하다고 보는 것은 과세형평에 있어 불합리할 뿐만 아니라, 특례부과제척기간에 따라 허용되는 처분은 반드시 납세의무자에게 유리한 것에 한정된다고 볼 수 없다는 헌법재판소의 결정(헌재 2002.12.28. 선고 2002헌바27 결정)에도 위배된다.



다) 쟁점소득금액변동통지의 취소결정에 따라 처분청이 청구인에게 기타소득세 OOO원을 환급하였음에도 쟁점처분(양도소득세 OOO원 부과처분)의 취소를 구하는 것은 과세형평을 해치는 등 부당하다. 과세관청으로서는 이 사건이 인용될 경우 해당 사안과 같이 부당행위계산 부인이나 특수관계인 간 거래 등 소득처분과 소득금액변동통지가 수반되는 거래가 이후에 불복으로 인하여 취소될 경우, 결정 또는 판결에 따라 필요한 과세처분임에도 부과제척기간 경과로 정당한 과세권을 확보하는데 어려움을 겪게 될 것이고, 이는 과세형평 측면에서도 중대한 공익의 상실을 가져올 우려가 있다.



3) 청구인의 경제적 손실 등의 사정은 고려 대상이 아니다.



청구인은 쟁점주식 매각으로 OOO원의 경제적 손실을 입었고, 향후 C와의 소송 등을 이유로 특례부과제척기간을 적용하여서는 안된다고 주장하나, 청구인과 C가 모두 각자의 경제적 이익의 극대화를 추구하면서 주식거래를 하였으나, 이후 해당 주식이 보호예수 대상이 되는 등의 이유로 주식매각손실을 부담하게 된 사정 등은 쟁점처분과는 전혀 무관하고, 나아가, 이후 C와 청구인 사이에 구상권 청구소송 등이 발생하였다고 하더라도, 그것이 처분청이 필요한 과세처분을 하는데 장애사유로 볼 수 없으며, 아래 ＜표1＞에 의하면, 청구인이 쟁점처분과 관련하여 직접적인 금전적 손실을 입었다고 보기는 어렵다.



＜표1＞ 청구인에 대한 고지 및 환급내역

○○○



3. 심리 및 판단



가. 쟁점



법인에게 한 쟁점소득금액변동통지가 심사결정에 따라 취소되면서 처분청이 해당 소득금액변동통지상 소득자인 청구인에게 한 쟁점처분은 쟁점소득금액변동통지와는 납세의무자 등이 다른 새로운 처분에 해당하므로 특례부과제척기간의 적용 대상이 아닌 것으로 보아야 한다는 청구주장의 당부



나. 관련 법령



(1) 국세기본법



제26조의2 【국세의 부과제척기간】① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 " 부과제척기간" 이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 " 국제거래" 라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우 : 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년

1의2. 제1호의 결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우 : 제1호의 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년

5. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그 거래ㆍ행위 등과 관련된 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)에 의하여 다른 것으로 확정된 경우: 판결이 확정된 날부터 1년

⑦ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 제6항 제1호의 결정 또는 판결에 의하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우에는 당초의 부과처분을 취소하고 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년 이내에 다음 각 호의 구분에 따른 자에게 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 명의대여 사실이 확인된 경우: 실제로 사업을 경영한 자

2. 과세의 대상이 되는 재산의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있다는 사실이 확인된 경우: 재산의 사실상 귀속자

3. 「소득세법」 제119조 및 「법인세법」 제93조에 따른 국내원천소득의 실질귀속자(이하 이 항에서 " 국내원천소득의 실질귀속자" 라 한다)가 확인된 경우: 국내원천소득의 실질귀속자 또는 「소득세법」 제156조 및 「법인세법」 제98조에 따른 원천징수의무자



(2) 국세기본법 시행령



제12조의3 【국세 부과제척기간의 기산일】① 법 제26조의2 제9항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료 등에서 확인되는 내용은 다음과 같다.



(가) 청구인은 2018.1.3. C와 ‘주식 및 경영권 양수도 계약’을 체결하여 쟁점주식을 1주당 OOO원에 매각하였고, 같은 날 청구인의 자녀인 D, E도 C에게 각 A 주식 2,400주를 OOO원(1주당 OOO원)에 매각하였다.



(나) 청구인은 쟁점주식 매각대금으로 C가 유상증자한 신주 2,539,305주를 총 OOO원에 인수(1주당 OOO원)하였는데, 2018.1.3.자 C 이사회 회의록 등에 의하면, 청구인이 인수한 C 주식(1주당 OOO원)은 1년간 보호예수(lock up) 대상으로 확인된다.



(다) 송파세무서장은 C에 대한 세무조사를 실시한 결과, 2024.3.18. C에게 쟁점소득금액변동통지를 하였고, 처분청은 2024.5.27. 쟁점소득금액변동통지에 따라 청구인의 쟁점주식 매각금액 OOO원 중 OOO원을 양도소득이 아닌 기타소득으로 소득의 구분을 변경하여 청구인에게 양도소득세 OOO원을 환급하고, 기타소득세 OOO원을 부과하는 내용의 국세환급금 충당통지서를 아래 ＜표2＞와 같이 발송하였다.



＜표2＞ 양도소득세 환급금 통지서의 주요 내용

○○○



(라) C는 2024.6.18. 쟁점주식 매매거래는 객관적 교환가치가 적정하게 반영된 시가에 따른 거래이므로 부당행위계산 부인 규정이 적용될 수 없다고 주장하면서, 쟁점소득금액변동통지의 취소를 구하는 심사청구를 국세청장에게 제기하였고, 국세청장은 위 심사청구에 대하여, 2024.8.14. C가 쟁점주식을 1주당 OOO원으로 평가하여 거래한 가액은 시가에 해당한다고 보아, 송파세무서장이 C에게 한 쟁점소득금액변동통지를 취소하는 결정을 하였다.



＜이 건 심사결정서의 주요내용＞

○○○



(마) 이 건 심사결정 이후, 처분청은 2024.9.24. 청구인에게 쟁점주식 매각에 따른 양도소득세 OOO원의 부과처분(쟁점처분)을 하면서, 2024.9.26. 기준으로 청구인에게 지급한 기타소득세 환급액 OOO원(환급금 OOO원, 환급가산금 OOO원)으로 위 양도소득세 OOO원을 충당하고 남은 OOO원을 환급하는 내용의 국세환급금 충당통지서를 발송하였는바, 처분청은 ①2024.5.27. 양도소득세를 환급하고 기타소득세를 부과하였다가, ②2024.9.26. 기타소득세를 환급하고 양도소득세를 충당하면서, 양도소득세 환급일의 다음 날인 2024.5.28.부터 양도소득세 충당일(납부일)인 2024.9.26.까지의 기간(121일)에 대한 납부지연가산세 OOO원을 부과한 것으로 나타난다.



(바) 청구인이 제시한 자료를 보면, 청구인은 다음과 같이 쟁점주식 매각으로 인하여 ① 약 OOO원에 달하는 막대한 경제적 손실을 입었을 뿐만 아니라, ② 원천징수의무자인 C와 구상금 청구소송 등으로 인하여 많은 재산적 시간적 손실 및 심리적 고통을 받고 있으므로, 「국세기본법」 제26조의2 제6항, 제7항의 문언을 확장해석하여 청구인에게 특례부과제척기간을 적용해야만 하는 정책적 이유나 특별한 사정도 전혀 존재하지 않는다는 주장이다.



＜청구인이 제시한 쟁점주식 매매과정에서의 재산적 손실 등＞

○○○



(2) 이상의 사실관계와 법령 등에 비추어 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 플라스크가 심사청구한 이 건 심사결정에 의하여 쟁점소득금액변동통지가 취소되면서 처분청이 청구인에게 한 쟁점처분은 이미 부과제척기간이 지났고, 쟁점소득금액변동통지와는 납세의무자와 세목이 다른 새로운 처분에 해당하는 등 「국세기본법」상 특례부과제척기간의 적용대상이 될 수 없으므로, 위법ㆍ 부당하다고 주장하나,



「국세기본법」제26조 제1항의 국세의 부과제척기간은 조세법률관계를 신속히 확정짓기 위한 것으로, 납세인구가 늘어나고 과세대상인 경제거래가 다양해지면서 조세체계가 고도로 전문화되고 복잡해져 조세채권ㆍ 채무관계를 언제까지나 불확정한 상태로 둔다면 조세법률관계가 불안정하게 되어 바람직하지 않게 되므로 이러한 점을 고려하여 납세의무자의 법적 안정을 기하는 동시에 일정 기간의 경과로 국가가 과세권을 행사하는데 있어서의 어려움을 해소하려는데 그 입법취지가 있다 할 것인 점(조심 2015서3925, 2016.5.31. 조세심판관 합동회의, 같은 뜻임),



같은 법 「국세기본법」제26조의2 제6항 제1의2호에서  "제1호의 결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우” 1년 이내에 필요한 처분을 할 수 있도록 규정할 뿐, 결정 등의 주문에 따른 처분만 가능하다고 볼 근거가 없고, 당초처분의 기초사실의 판단에 따른 처분, 즉 결정의 취지에 따른 처분도 할 수 있다고 봄이 상당하다 하겠으며, 세목 등을 달리 하더라도 납세자의 법적안정성을 보호할 필요성보다 공평과세 또는 조세정의의 요청이 강한 경우에는 당초처분과 동일한 사실관계에 기초한 결정 등에 따라 필요한 처분을 할 수 있도록 특례부과제척기간을 적용함이 타당한 점(조심 2015서3925, 2016.5.31. 합동회의, 같은 뜻임),



이 건 심사결정은 당초 청구인과 C의 쟁점주식의 거래가액인 1주당 OOO원이 객관적 교환가치를 적정하게 반영한 시가에 해당하는 것으로 보아, 상증세법상 보충적 평가액으로 쟁점주식의 시가를 산정하고 그 가액과 거래가액의 차액에 대하여 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 C에게 한 쟁점소득금액변동통지를 취소하는 결정으로, 처분청의 쟁점처분 또한 해당 결정의 취지에 따라 당초 소득 구분의 잘못을 바로잡기 위한 것으로 보이는 점,



헌법재판소 또한 특례부과제척기간은 당초처분 등의 경정이 필요한 경우로 족할 뿐, 반드시 납세자에게 유리한 경우로 한정되는 것은 아니라는 입장(헌법재판소 2002.12.28. 선고 2002헌바27 결정, 참조)인바, 당초 잘못된 소득금액변동통지를 바로잡기 위한 처분이 납세자에게 불리한 결과라 하더라도 그러한 사유로 특례부과제척기간의 적용을 배제하기는 곤란한 점 등에 비추어, 쟁점처분은「국세기본법」제26조의2 제6항의 국세부과의 제척기간 특례에 적용되는 필요한 처분으로 보이므로 「국세기본법」제26조의2 제6항의 적용대상에 해당된다고 보아 양도소득세 등을 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.









4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.